Characterization of mitochondrial mRNAs in codfish reveals unique features compared to mammals

Expression and processing of mitochondrial gene transcripts are fundamental to mitochondrial function, but information from early vertebrates like teleost fishes is essentially lacking. We have analyzed mitogenome sequences of ten codfishes (family Gadidae), and provide complete sequences from three new species (Saithe, Pollack and Blue whiting). Characterization of the mitochondrial mRNAs in Saithe and Atlantic cod identified a set of ten poly(A) transcripts, and six UAA stop codons are generated by posttranscriptional polyadenylation. Structural assessment of poly(A) sites is consistent with an RNaseP cleavage activity 5′ of tRNA acceptor-like stems. COI, ND5 and ND6 mRNAs were found to harbor 3′ UTRs with antisense potential extending into neighboring gene regions. While the 3′ UTR of COI mRNA is complementary to the tRNASer (UCN) and highly similar to that detected in human mitochondria, the ND5 and ND6 3′ UTRs appear more heterogenic. Deep sequencing confirms expression of all mitochondrial mRNAs and rRNAs, and provides information about the precise 5′ ends in mature transcripts. Our study supports an overall evolutionary conservation in mitochondrial RNA processing events among vertebrates, but reveals some unique 5′ and 3′ end characteristics in codfish mRNAs with implications to antisense regulation of gene expression

Employment Is Associated with the Health-Related Quality of Life of Morbidly Obese Persons

Published version of an article in the journal: Obesity Surgery. The original publication is available at Springerlink. http://dx.doi.org/10.1007/s11695-010-0289-6. Open AccessBackground  We aimed to investigate whether employment status was associated with health-related quality of life (HRQoL) in a population of morbidly obese subjects. Methods  A total of 143 treatment-seeking morbidly obese patients completed the Medical Outcome Study 36-Item Short-Form Health Survey (SF-36) and the Obesity and Weight-Loss Quality of Life (OWLQOL) questionnaires. The former (SF-36) is a generic measure of physical and mental health status and the latter (OWLQOL) an obesity-specific measure of emotional status. Multiple linear regression analyses included various measures of the HRQoL as dependent variables and employment status, education, marital status, gender, age, body mass index (BMI), type 2 diabetes, hypertension, obstructive sleep apnea, and treatment choice as independent variables. Results  The patients (74% women, 56% employed) had a mean (SD, range) age of 44 (11, 19–66) years and a mean BMI of 44.3 (5.4) kg/m2. The employed patients reported significantly higher HRQoL scores within all eight subscales of SF-36, while the OWLQOL scores were comparable between the two groups. Multiple linear regression confirmed that employment was a strong independent predictor of HRQoL according to the SF-36. Based on part correlation coefficients, employment explained 16% of the variation in the physical and 9% in the mental component summaries of SF-36, while gender explained 22% of the variation in the OWLQOL scores. Conclusion  Employment is associated with the physical and mental HRQoL of morbidly obese subjects, but is not associated with the emotional aspects of quality of life

Detailed stratified GWAS analysis for severe COVID-19 in four European populations

Given the highly variable clinical phenotype of Coronavirus disease 2019 (COVID-19), a deeper analysis of the host genetic contribution to severe COVID-19 is important to improve our understanding of underlying disease mechanisms. Here, we describe an extended genome-wide association meta-analysis of a well-characterized cohort of 3255 COVID-19 patients with respiratory failure and 12 488 population controls from Italy, Spain, Norway and Germany/Austria, including stratified analyses based on age, sex and disease severity, as well as targeted analyses of chromosome Y haplotypes, the human leukocyte antigen region and the SARS-CoV-2 peptidome. By inversion imputation, we traced a reported association at 17q21.31 to a ~0.9-Mb inversion polymorphism that creates two highly differentiated haplotypes and characterized the potential effects of the inversion in detail. Our data, together with the 5th release of summary statistics from the COVID-19 Host Genetics Initiative including non-Caucasian individuals, also identified a new locus at 19q13.33, including NAPSA, a gene which is expressed primarily in alveolar cells responsible for gas exchange in the lung.S.E.H. and C.A.S. partially supported genotyping through a philanthropic donation. A.F. and D.E. were supported by a grant from the German Federal Ministry of Education and COVID-19 grant Research (BMBF; ID:01KI20197); A.F., D.E. and F.D. were supported by the Deutsche Forschungsgemeinschaft Cluster of Excellence ‘Precision Medicine in Chronic Inflammation’ (EXC2167). D.E. was supported by the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF) within the framework of the Computational Life Sciences funding concept (CompLS grant 031L0165). D.E., K.B. and S.B. acknowledge the Novo Nordisk Foundation (NNF14CC0001 and NNF17OC0027594). T.L.L., A.T. and O.Ö. were funded by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation), project numbers 279645989; 433116033; 437857095. M.W. and H.E. are supported by the German Research Foundation (DFG) through the Research Training Group 1743, ‘Genes, Environment and Inflammation’. L.V. received funding from: Ricerca Finalizzata Ministero della Salute (RF-2016-02364358), Italian Ministry of Health ‘CV PREVITAL’—strategie di prevenzione primaria cardiovascolare primaria nella popolazione italiana; The European Union (EU) Programme Horizon 2020 (under grant agreement No. 777377) for the project LITMUS- and for the project ‘REVEAL’; Fondazione IRCCS Ca’ Granda ‘Ricerca corrente’, Fondazione Sviluppo Ca’ Granda ‘Liver-BIBLE’ (PR-0391), Fondazione IRCCS Ca’ Granda ‘5permille’ ‘COVID-19 Biobank’ (RC100017A). A.B. was supported by a grant from Fondazione Cariplo to Fondazione Tettamanti: ‘Bio-banking of Covid-19 patient samples to support national and international research (Covid-Bank). This research was partly funded by an MIUR grant to the Department of Medical Sciences, under the program ‘Dipartimenti di Eccellenza 2018–2022’. This study makes use of data generated by the GCAT-Genomes for Life. Cohort study of the Genomes of Catalonia, Fundació IGTP (The Institute for Health Science Research Germans Trias i Pujol) IGTP is part of the CERCA Program/Generalitat de Catalunya. GCAT is supported by Acción de Dinamización del ISCIII-MINECO and the Ministry of Health of the Generalitat of Catalunya (ADE 10/00026); the Agència de Gestió d’Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR) (2017-SGR 529). M.M. received research funding from grant PI19/00335 Acción Estratégica en Salud, integrated in the Spanish National RDI Plan and financed by ISCIII-Subdirección General de Evaluación and the Fondo Europeo de Desarrollo Regional (European Regional Development Fund (FEDER)-Una manera de hacer Europa’). B.C. is supported by national grants PI18/01512. X.F. is supported by the VEIS project (001-P-001647) (co-funded by the European Regional Development Fund (ERDF), ‘A way to build Europe’). Additional data included in this study were obtained in part by the COVICAT Study Group (Cohort Covid de Catalunya) supported by IsGlobal and IGTP, European Institute of Innovation & Technology (EIT), a body of the European Union, COVID-19 Rapid Response activity 73A and SR20-01024 La Caixa Foundation. A.J. and S.M. were supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (grant numbers: PSE-010000-2006-6 and IPT-010000-2010-36). A.J. was also supported by national grant PI17/00019 from the Acción Estratégica en Salud (ISCIII) and the European Regional Development Fund (FEDER). The Basque Biobank, a hospital-related platform that also involves all Osakidetza health centres, the Basque government’s Department of Health and Onkologikoa, is operated by the Basque Foundation for Health Innovation and Research-BIOEF. M.C. received Grants BFU2016-77244-R and PID2019-107836RB-I00 funded by the Agencia Estatal de Investigación (AEI, Spain) and the European Regional Development Fund (FEDER, EU). M.R.G., J.A.H., R.G.D. and D.M.M. are supported by the ‘Spanish Ministry of Economy, Innovation and Competition, the Instituto de Salud Carlos III’ (PI19/01404, PI16/01842, PI19/00589, PI17/00535 and GLD19/00100) and by the Andalussian government (Proyectos Estratégicos-Fondos Feder PE-0451-2018, COVID-Premed, COVID GWAs). The position held by Itziar de Rojas Salarich is funded by grant FI20/00215, PFIS Contratos Predoctorales de Formación en Investigación en Salud. Enrique Calderón’s team is supported by CIBER of Epidemiology and Public Health (CIBERESP), ‘Instituto de Salud Carlos III’. J.C.H. reports grants from Research Council of Norway grant no 312780 during the conduct of the study. E.S. reports grants from Research Council of Norway grant no. 312769. The BioMaterialBank Nord is supported by the German Center for Lung Research (DZL), Airway Research Center North (ARCN). The BioMaterialBank Nord is member of popgen 2.0 network (P2N). P.K. Bergisch Gladbach, Germany and the Cologne Excellence Cluster on Cellular Stress Responses in Aging-Associated Diseases, University of Cologne, Cologne, Germany. He is supported by the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF). O.A.C. is supported by the German Federal Ministry of Research and Education and is funded by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation) under Germany’s Excellence Strategy—CECAD, EXC 2030–390661388. The COMRI cohort is funded by Technical University of Munich, Munich, Germany. This work was supported by grants of the Rolf M. Schwiete Stiftung, the Saarland University, BMBF and The States of Saarland and Lower Saxony. K.U.L. is supported by the German Research Foundation (DFG, LU-1944/3-1). Genotyping for the BoSCO study is funded by the Institute of Human Genetics, University Hospital Bonn. F.H. was supported by the Bavarian State Ministry for Science and Arts. Part of the genotyping was supported by a grant to A.R. from the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF, grant: 01ED1619A, European Alzheimer DNA BioBank, EADB) within the context of the EU Joint Programme—Neurodegenerative Disease Research (JPND). Additional funding was derived from the German Research Foundation (DFG) grant: RA 1971/6-1 to A.R. P.R. is supported by the DFG (CCGA Sequencing Centre and DFG ExC2167 PMI and by SH state funds for COVID19 research). F.T. is supported by the Clinician Scientist Program of the Deutsche Forschungsgemeinschaft Cluster of Excellence ‘Precision Medicine in Chronic Inflammation’ (EXC2167). C.L. and J.H. are supported by the German Center for Infection Research (DZIF). T.B., M.M.B., O.W. und A.H. are supported by the Stiftung Universitätsmedizin Essen. M.A.-H. was supported by Juan de la Cierva Incorporacion program, grant IJC2018-035131-I funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033. E.C.S. is supported by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG; SCHU 2419/2-1).Peer reviewe

Detailed stratified GWAS analysis for severe COVID-19 in four European populations

Given the highly variable clinical phenotype of Coronavirus disease 2019 (COVID-19), a deeper analysis of the host genetic contribution to severe COVID-19 is important to improve our understanding of underlying disease mechanisms. Here, we describe an extended GWAS meta-analysis of a well-characterized cohort of 3,260 COVID-19 patients with respiratory failure and 12,483 population controls from Italy, Spain, Norway and Germany/Austria, including stratified analyses based on age, sex and disease severity, as well as targeted analyses of chromosome Y haplotypes, the human leukocyte antigen (HLA) region and the SARS-CoV-2 peptidome. By inversion imputation, we traced a reported association at 17q21.31 to a highly pleiotropic ∼0.9-Mb inversion polymorphism and characterized the potential effects of the inversion in detail. Our data, together with the 5th release of summary statistics from the COVID-19 Host Genetics Initiative, also identified a new locus at 19q13.33, including NAPSA, a gene which is expressed primarily in alveolar cells responsible for gas exchange in the lung.Andre Franke and David Ellinghaus were supported by a grant from the German Federal Ministry of Education and Research (01KI20197), Andre Franke, David Ellinghaus and Frauke Degenhardt were supported by the Deutsche Forschungsgemeinschaft Cluster of Excellence “Precision Medicine in Chronic Inflammation” (EXC2167). David Ellinghaus was supported by the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF) within the framework of the Computational Life Sciences funding concept (CompLS grant 031L0165). David Ellinghaus, Karina Banasik and Søren Brunak acknowledge the Novo Nordisk Foundation (grant NNF14CC0001 and NNF17OC0027594). Tobias L. Lenz, Ana Teles and Onur Özer were funded by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation), project numbers 279645989; 433116033; 437857095. Mareike Wendorff and Hesham ElAbd are supported by the German Research Foundation (DFG) through the Research Training Group 1743, "Genes, Environment and Inflammation". This project was supported by a Covid-19 grant from the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF; ID: 01KI20197). Luca Valenti received funding from: Ricerca Finalizzata Ministero della Salute RF2016-02364358, Italian Ministry of Health ""CV PREVITAL – strategie di prevenzione primaria cardiovascolare primaria nella popolazione italiana; The European Union (EU) Programme Horizon 2020 (under grant agreement No. 777377) for the project LITMUS- and for the project ""REVEAL""; Fondazione IRCCS Ca' Granda ""Ricerca corrente"", Fondazione Sviluppo Ca' Granda ""Liver-BIBLE"" (PR-0391), Fondazione IRCCS Ca' Granda ""5permille"" ""COVID-19 Biobank"" (RC100017A). Andrea Biondi was supported by the grant from Fondazione Cariplo to Fondazione Tettamanti: "Biobanking of Covid-19 patient samples to support national and international research (Covid-Bank). This research was partly funded by a MIUR grant to the Department of Medical Sciences, under the program "Dipartimenti di Eccellenza 2018–2022". This study makes use of data generated by the GCAT-Genomes for Life. Cohort study of the Genomes of Catalonia, Fundació IGTP. IGTP is part of the CERCA Program / Generalitat de Catalunya. GCAT is supported by Acción de Dinamización del ISCIIIMINECO and the Ministry of Health of the Generalitat of Catalunya (ADE 10/00026); the Agència de Gestió d’Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR) (2017-SGR 529). Marta Marquié received research funding from ant PI19/00335 Acción Estratégica en Salud, integrated in the Spanish National RDI Plan and financed by ISCIIISubdirección General de Evaluación and the Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER-Una manera de hacer Europa").Beatriz Cortes is supported by national grants PI18/01512. Xavier Farre is supported by VEIS project (001-P-001647) (cofunded by European Regional Development Fund (ERDF), “A way to build Europe”). Additional data included in this study was obtained in part by the COVICAT Study Group (Cohort Covid de Catalunya) supported by IsGlobal and IGTP, EIT COVID-19 Rapid Response activity 73A and SR20-01024 La Caixa Foundation. Antonio Julià and Sara Marsal were supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (grant numbers: PSE-010000-2006-6 and IPT-010000-2010-36). Antonio Julià was also supported the by national grant PI17/00019 from the Acción Estratégica en Salud (ISCIII) and the FEDER. The Basque Biobank is a hospitalrelated platform that also involves all Osakidetza health centres, the Basque government's Department of Health and Onkologikoa, is operated by the Basque Foundation for Health Innovation and Research-BIOEF. Mario Cáceres received Grants BFU2016-77244-R and PID2019-107836RB-I00 funded by the Agencia Estatal de Investigación (AEI, Spain) and the European Regional Development Fund (FEDER, EU). Manuel Romero Gómez, Javier Ampuero Herrojo, Rocío Gallego Durán and Douglas Maya Miles are supported by the “Spanish Ministry of Economy, Innovation and Competition, the Instituto de Salud Carlos III” (PI19/01404, PI16/01842, PI19/00589, PI17/00535 and GLD19/00100), and by the Andalussian government (Proyectos Estratégicos-Fondos Feder PE-0451-2018, COVID-Premed, COVID GWAs). The position held by Itziar de Rojas Salarich is funded by grant FI20/00215, PFIS Contratos Predoctorales de Formación en Investigación en Salud. Enrique Calderón's team is supported by CIBER of Epidemiology and Public Health (CIBERESP), "Instituto de Salud Carlos III". Jan Cato Holter reports grants from Research Council of Norway grant no 312780 during the conduct of the study. Dr. Solligård: reports grants from Research Council of Norway grant no 312769. The BioMaterialBank Nord is supported by the German Center for Lung Research (DZL), Airway Research Center North (ARCN). The BioMaterialBank Nord is member of popgen 2.0 network (P2N). Philipp Koehler has received non-financial scientific grants from Miltenyi Biotec GmbH, Bergisch Gladbach, Germany, and the Cologne Excellence Cluster on Cellular Stress Responses in Aging-Associated Diseases, University of Cologne, Cologne, Germany. He is supported by the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF).Oliver A. Cornely is supported by the German Federal Ministry of Research and Education and is funded by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation) under Germany's Excellence Strategy – CECAD, EXC 2030 – 390661388. The COMRI cohort is funded by Technical University of Munich, Munich, Germany. Genotyping was performed by the Genotyping laboratory of Institute for Molecular Medicine Finland FIMM Technology Centre, University of Helsinki. This work was supported by grants of the Rolf M. Schwiete Stiftung, the Saarland University, BMBF and The States of Saarland and Lower Saxony. Kerstin U. Ludwig is supported by the German Research Foundation (DFG, LU-1944/3-1). Genotyping for the BoSCO study is funded by the Institute of Human Genetics, University Hospital Bonn. Frank Hanses was supported by the Bavarian State Ministry for Science and Arts. Part of the genotyping was supported by a grant to Alfredo Ramirez from the German Federal Ministry of Education and Research (BMBF, grant: 01ED1619A, European Alzheimer DNA BioBank, EADB) within the context of the EU Joint Programme – Neurodegenerative Disease Research (JPND). Additional funding was derived from the German Research Foundation (DFG) grant: RA 1971/6-1 to Alfredo Ramirez. Philip Rosenstiel is supported by the DFG (CCGA Sequencing Centre and DFG ExC2167 PMI and by SH state funds for COVID19 research). Florian Tran is supported by the Clinician Scientist Program of the Deutsche Forschungsgemeinschaft Cluster of Excellence “Precision Medicine in Chronic Inflammation” (EXC2167). Christoph Lange and Jan Heyckendorf are supported by the German Center for Infection Research (DZIF). Thorsen Brenner, Marc M Berger, Oliver Witzke und Anke Hinney are supported by the Stiftung Universitätsmedizin Essen. Marialbert Acosta-Herrera was supported by Juan de la Cierva Incorporacion program, grant IJC2018-035131-I funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033. Eva C Schulte is supported by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG; SCHU 2419/2-1).N

Ungfiskundersøkelser i Levangerelva 2022

Holthe, E., Berger, H.M., Berg, M. & Dag H. Karlsen. 2022 Ungfiskundersøkelser i Levangerelva 2022. NINA Rapport 2182. Norsk institutt for naturforskning. Ungfiskundersøkelsene i 2022 viste lave tettheter av laksefisk i vassdraget (se avsnitt 3.2 for vurderinger av tetthetsestimat). Samlet gjennomsnittlig tetthet av laksefisk (ørret- og lakseunger) ble i 2022 beregnet til 50 individer per 100 m2 mot 86 individer per 100 m2 i 2021. Det er i hoved-sak tettheten av årsyngel av laks som trekker gjennomsnittet av laksefisk ned i 2022 sammenliknet med 2021. Gjennomsnittlig tetthet av årsyngel av laks ble estimert til fem individer per 100 m2 i 2022. I 2021 var tetthet for samme aldersgruppe nær 50 individer per 100 m2. For eldre laksunger ble det i 2022 funnet en økning i tetthet. Gjennomsnittlig tetthet for disse aldersgruppene ble beregnet til 32 individer per 100 m2, mens tetthet for samme gruppe i 2021 var 19,4 individer per 100 m2. Samlet tetthet av laksunger vurderes som lav i 2022. For årsyngel og eldre ørretunger ble tetthetene beregnet til henholdsvis 5,3 og 7,4 individer per 100 m2 mot 11,7 og 5,0 individer per 100 m2 i 2021. Også her er det årsyngel av ørret som trekker gjennomsnittet ned sammenliknet med 2021. Samlete tettheter av ørretunger vurderes i 2022 som i 2021 som lave i Levangerelva. I tillegg til ungfiskundersøkelsen i 2021 og 2022, er det gjennomført ungfiskundersøkelser i elva i 2004 (Lund 2006), i 2015 (Berger & Ambjørndalen 2017) og i 2017 (Dahlen Lund 2018). I 2004 (Lund 2006) ble det funnet gjennomsnittlige tettheter av årsyngel av laks på 76 individer per 100 m2, mens for eldre laksunger ble den gjennomsnittlige tettheten beregnet til 42 individer pr 100 m2. Dette indikerer at det var moderate tettheter av laks i vassdraget i 2004 basert på forvent-ningsverdier av vanlig fisketetthet av laks og ørret gitt i Johnsen mfl. (2010). Tettheten av årsyngel og eldre ørretunger var henholdsvis 30 og 4 individer pr 100 m2. Samlet tetthet av årsyngel av laksefisk (laks og ørretunger) i vassdraget betegnes derfor som god i 2004. I 2015 fant Berger og Ambjørndalen (2017) høye tettheter av årsyngel av laks, gjennomsnittlig 150 individer pr 100 m2, på ti stasjoner i Levangerelva. På to av stasjonene var tettheten av årsyngel på over 300 individer per 100 m2. Derimot var tettheten av eldre laksunger samme år lave, kun 17 individer pr 100 m2. For ørret var tetthetene av årsyngel og eldre ørretunger på henholdsvis 36 og 2 per pr 100 m2, noe som tilsvarer lave tettheter. Samlet tetthet av årsyngel av laksefisk (laks og ørretunger) i vassdraget var i 2015 god, mens tettheten av eldre laks og ørretunger var lav. Undersøkelsene Dahlen Lund (2018) utførte i 2017 viste moderate tettheter av laksunger. Gjennomsnittlig tetthet av årsyngel var på 36,4 individer pr 100 m2, mens gjennomsnittlig tetthet for eldre laksunger var på hele 53,4 individer per 100 m2. Tettheten av ørretunger var lave, hen-holdsvis 12,6 og 4,4 individer per 100 m2 for årsyngel og eldre ørretunger. Stasjonene som ble brukt av Dahlen Lund, tilsvarer stasjon 5 - 9 i undersøkelsene gjennomført i 2022, og samsvarer også med stasjoner brukt av Lund (2006) og Berger og Ambjørndalen (2017). I tillegg hadde Dahlen Lund én stasjon ved Munkeby. Samlet tetthet av laksefisk ved undersøkelsene i 2017 var moderat. Tetthetene av laksunger som ble funnet i 2022 er samlet sett lavere enn tidligere undersøkelser, mens tettheten av eldre laksunger er høyere enn undersøkelsene i 2015 og 2021. Det er tetthetene av årsyngel av laks som trekker den gjennomsnittlige tettheten ned. For ørretunger er tetthetene som ble funnet i 2021 og 2022 lave. Tetthetene i 2022 er lavere enn i 2021 og det er også her tettheten av årsyngel som er mest endret siden 2021. Også sammenliknet med tilsvarende lakseførende vassdrag i Trondheimsfjorden (Børsaelva og Vigda) er tetthetene av både laks- og ørretunger lave i Levangerelva

Dødelighet og skader hos stedegen laksefisk ved fiske etter pukkellaks med kilenot

Havn, T.B., Ulvan, E.M., Bøe, K. & Karlsen, D.H. 2023. Dødelighet og skader hos stedegen laksefisk ved fiske etter pukkellaks med kilenot. NINA Rapport 2639. Norsk institutt for naturforskning Fangstene av pukkellaks i Norge har økt kraftig siden 2017. Ulike tiltak for å bekjempe invasjonen av pukkellaks gjennomføres i en rekke norske elver, blant annet fiskefeller som stopper oppvandring, utfisking med not, stang og harpunering. Et rettet fiske etter pukkellaks i sjøen med kilenot er vurdert av miljøforvaltningen som et ytterligere tiltak. Imidlertid er andel laks, sjøørret og sjørøye som blir skadet eller dør ved fangst i kilenot, og som ikke kan gjenutsettes, betydelig. I forbindelse med overvåkningsfiske med kilenot fra flere steder i landet er det vist at 18-31 % av laksen og 31-64 % av sjøørreten som fanges i kilenot med 58 mm maskevidde ikke kan settes ut. Dødeligheten hos stedegne arter fanget i kilenot er imidlertid ikke undersøkt i år med store mengder pukkellaks i sjøen, eller i Finnmark hvor pukkellaksinnsiget er størst. Sommeren 2023 ble det undersøkt hvor mange laks, sjøørret og sjørøye som var døde eller for skadet til å kunne gjenutsettes ved fangst under ordinært kilenotfiske i to nøter i Varangerfjorden. Den ene nota hadde 58 mm maskevidde i fangstkamrene og den andre 62-64 mm. Kilenotfisket ble gjennomført fra 19. juni til 14. juli. Dette er perioden da innsiget av pukkellaks til Varangerfjorden var forventet å være størst. Det ble fanget 52 laks og 559 pukkelaks i kilenota med 58 mm maskevidde og 88 laks og 331 pukkellaks i kilenota med 62-64 mm maskevidde. Til sammen utgjør dette 140 laks og 890 pukkellaks i de to nøtene. Det ble ikke fanget sjørøye, og kun én sjøørret i nota med 62-64 mm maskevidde. Fangstene av laks var størst i uke 26 (26. til 30. juni) og av pukkellaks i uke 27 (3. til 7. juli) i begge nøtene. Av laksen som ble fanget var 60 % og 64 % døde eller så skadet at de ikke kunne gjenutsettes i henholdsvis nota med 58 mm og 62-64 mm maskevidde. Dette tilsvarer at det ble fanget 19 pukkellaks per laks som døde i nota med 58 mm maskevidde og seks pukkellaks per laks som døde i nota med 62-64 mm maskevidde. De aller fleste laksene var masket enten over gjellene eller over ryggen. Kun 3 % var frittsvømmende i nøtene. Dødeligheten for frittsvømmende fisk og fisk masket over hodet eller tennene var relativt lav (hhv. 0 og 25 %), mens dødeligheten var høy for fisk masket over ryggen (45 %) og svært høy for fisk masket over gjellene (91 %). Resultatene viste at fisk med liten kroppsstørrelse som regel var masket over ryggen eller gjellene, mens større fisk oftere var frittsvømmende eller masket over hodet eller i tennene. Årsaken til at dødeligheten var høyere i Varangerfjorden enn i tidligere undersøkelser skyldes trolig først og fremst at fangstene i Varangerfjorden var dominert av laks med liten kroppstørrelse. Tidligere undersøkelser har vist at dødeligheten hos laks kan være lavere i kilenøter med 40 mm maskevidde enn i nøter med 58 mm maskevidde. I Varangerfjorden var det ingen stor forskjell i dødelighet av laks mellom de to nøtene som inngikk i undersøkelsen. Dette skyldes sannsynligvis av at det er liten forskjell på hvordan laks maskes i garn med 58 og 62-64 mm maskevidde. Hvor ofte nøtene ble røktet, totalt antall fisk i nota ved røkting og miljøforhold (strømstyrke og bølgehøyde) hadde ingen påvirkning på om laks kunne gjenutsettes eller ikke. All fisk som ble fanget i kilenøtene ble påført minst én form for skade. Mest vanlig var skjelltap (97 % av fisken) etterfulgt av finnesplitting (88 %) og klemskader i kroppen forårsaket av masking (50 %). Gjelleblødning ble registrert hos 13 % av fisken, gjellelokkskade hos 12 % og sårskade hos 12 %. Skadefrekvensen var noe lavere for fisk som ble vurdert til å kunne gjenutsettes, men ingen ble registrert som uskadet. I tillegg var også den generelle tilstanden hos denne fisken ofte preget av å ha vært masket i nota, sannsynligvis i lang tid i noen tilfeller. Det er derfor naturlig å anta at det kan være dødelighet en tid etter gjenutsetting hos noen av fiskene som er kategorisert til å kunne gjenutsettes i denne undersøkelsen, hvis de faktisk hadde blitt gjenutsatt. Total dødelighet antas dermed å kunne være høyere enn det som ble registrert (60 og 64 %). Som et pilotforsøk ble 35 pukkellaks fanget i kilenota med 58 mm maskevidde (ved Ropelv) merket med Floy-merker og gjenutsatt. Formålet var å undersøke hvordan pukkellaksen fordeler seg til deler av fjorden og elvene rundt Varangerfjorden. Av disse ble seks fisk (17 %) gjenfanget i fire forskjellige elver i Varangerfjorden. Gjenfangstene fordelte seg over et relativt stort område fra Grense Jakobselv på grensa til Russland (én fisk), Munkelv helt sør i Neidenfjorden (tre fisk) og til Vestre Jakobselv (én fisk) og Vesterelva innerst i Varangerfjorden (én fisk).Miljødirektoratet: M-2649|202

HLA variants related to primary sclerosing cholangitis influence rejection after liver transplantation

AIM: To investigate influence of human leukocyte antigen (HLA) and killer immunoglobuline-like receptor (KIR) genotypes on risks of acute rejection (AR) after liver transplantation (LTX). METHODS: In this retrospective study we included 143 adult donor-recipient pairs with a minimum of 6 mo follow-up after LTX for whom DNA was available from both donor and recipients. Clinical data, all early complications including episodes and severity of AR and graft/patient survival were registered. The diagnosis of AR was based on clinical, biochemical and histological criteria. All suspected episodes of AR were biopsy confirmed. Key classical HLA loci (HLA-A, HLA-B, HLA-C and HLA-DRB1) were genotyped using Sanger sequencing. 16 KIR genes were genotyped using a novel real time PCR approach which allows for determination of the diploid copy number of each KIR gene. Immunohistochemical staining for T (CD3), B (CD20) and natural killer (NK) cells (CD56 and CD57) were performed on liver biopsies from 3 different patient groups [primary sclerosing cholangitis (PSC), primary biliary cirrhosis and non-autoimmune liver disease], 10 in each group, with similar grade of AR. RESULTS: Fourty-four (31%) patients were transplanted on the basis of PSC, 40% of them had AR vs 24% in the non-PSC group (P = 0.04). No significant impact of donor-recipient matching for HLA and KIR genotypes was detected. In the overall recipient population an increased risk of AR was detected for HLA-B*08 (P = 0.002, OR = 2.5; 95%CI: 1.4-4.6), HLA-C*07 (P = 0.001, OR = 2.4; 95%CI: 1.4-4.0) and HLA-DRB1*03 (P = 0.03, OR = 1.9; 95%CI: 1.0-3.3) and a decreased risk for HLA-DRB1*04 (P = 0.001, OR = 0.2; 95%CI: 0.1-0.5). For HLA-B*08, HLA-C*07 and DRB1*04 the associations remained evident in a subgroup analysis of non-PSC recipients (P = 0.04, P = 0.003 and P = 0.02, respectively). In PSC recipients corresponding P values were 0.002, 0.17 and 0.01 for HLA-B*08, HLA-C*07 and DRB1*04, respectively. A dosage effect of AR prevalence according to the PSC associated HLA alleles was also notable in the total recipient population. For HLA-B*08 the frequency of AR was 56% in HLA-B*08 homozygous recipients, 39% in heterozygous recipients and 21% in recipients lacking HLA-B*08 (P = 0.02). The same was observed for the HLA-C*07 allele with AR in 57%, 27% and 18% in recipients being homozygous, heterozygous and lacking HLA-C*07 respectively (P = 0.003). Immunohistochemical analysis showed similar infiltration of T, B and NK cells in biopsies with AR in all three groups. CONCLUSION: We found significant associations between the PSC-associated HLA-B*08, HLA-C*07, HLA-DRB1*03 and HLA-DRB1*04 alleles and risk of AR in liver transplant recipients

Effekten av overvåkingsfiske om høsten på overlevelse og atferd hos laks før og under gyting

Havn, T.B., Munkeby, J.O., Lennox, R., Karlsen, D.H., Davidsen, J.G., Ulvan, E.M. & Solem, Ø. 2023. Effekten av overvåkingsfiske om høsten på overlevelse og atferd hos laks før og under gyting. NINA Rapport 2253. Norsk institutt for naturforskning. Innslaget av rømt oppdrettslaks i gytebestandene til villaksen kartlegges årlig i over 200 vassdrag i Norge. En av de vanligste metodene som benyttes er analyser av skjellprøver fra fisk fanget med sportsfiskeredskap om høsten. Høstfiske er en metode som blir benyttet i omtrent 50 elver i Norge hvert år. Fisket foregår stort sett på samme måte som ved ordinært fang og slipp fiske med fiskestang, med unntak av at det tas skjellprøver av fisken og at det benyttes kraftigere redskap. Fisk som blir vurdert som rømt oppdrettsfisk avlives, og antatt villfisk blir gjenutsatt. I likhet med fang og slipp fiske om sommeren kan også gjenutsetting om høsten medføre dødelighet og atferdsendringer. Siden høstfiske ofte foregår kort tid før gyting kan det tenkes at risikoen for negative påvirkninger på gytingen er annerledes enn for laks som gjenutsettes om sommeren, siden restitueringsperioden før gyteperioden begynner er kortere. Hvorvidt gjenutsetting under høstfiske medfører dødelighet og påvirker gytingen er lite undersøkt, og ingen tidligere undersøkelser har inkludert en kontrollgruppe som kan brukes til å vurdere om den observerte atferden hos merket fisk er unormal eller ikke. I 2021 ble det gjennomført en undersøkelse for å evaluere effektene av høstfiske på gjenutsatt laks i Orkla i Orkland kommune. Villaks ble fanget, radiomerket og gjenutsatt både om sommeren (n = 34) og høsten (n = 40), og fulgt regelmessig frem til gytingen var gjennomført. Fisken som ble merket og gjenutsatt på sommeren antas å ha tilnærmet normal atferd i gytetiden, og ga et sammenligningsgrunnlag når atferden hos gjenutsatt fisk på høsten skulle vurderes. Dødelighet før og etter gjenutsetting ble registrert. Av 43 laks fanget under høstfiske døde fire (9,3 %), hvorav tre ble avlivet av fiskere på grunn av blødninger i gjellene og én døde etter gjenutsetting. Det meste av dødeligheten skjedde altså før gjenutsetting (tre av 43, 7 %), mens dødeligheten etter gjenutsetting var lav (én av 40, 2,5 %). Ettersom man kan forvente en viss grad av dødelighet ved høstfiske, både før og etter gjenutsetting, er det viktig å vekte denne dødeligheten (og tilsvarende reduserte rogndeponering) opp mot nytten av å ta ut oppdrettslaks fra elva. Hvor store konsekvenser denne dødeligheten har må vurderes for hver enkelt elv før man eventuelt setter i gang høstfisket, noe som er spesielt viktig i elver med små bestander hvor et uttak av fisk kan gjøre at ulempene med høstfiske er større enn fordelene. Analysene av atferd hos laks fanget om høsten ble delt opp i to; 1) i tiden før gyting, det vil si fra fisken ble fanget og merket om høsten frem til start på gyteperioden (fra 7. september til 11. oktober), og 2) i selve gyteperioden (11. oktober til 31. oktober). I tiden før gyting hadde en overvekt av radiomerket høstfisk (69 %) en annen atferd enn fisk merket om sommeren (kontrollgruppen). De fleste av disse høstfiskene gikk lengre nedstrøms eller kortere oppstrøms enn fisk i kontrollgruppen. Det var også en tendens til at denne effekten var større hos fisk som ble merket nært gyteperioden enn de som ble merket tidlig i september, selv om dette ikke var statistisk signifikant. I selve gyteperioden så det ut til at laksen hadde normal gyteatferd, og det ble ikke funnet noen forskjell i bevegelsesmønster mellom høstgruppen og kontrollgruppen, hverken for totalt samlet forflytningsdistanse eller gjennomsnittlig forflytning per dag. Dette tyder på at gjenutsetting ikke påvirket atferden i gyteperioden i stor grad, og at fisken mest sannsynlig deltok i gytingen. Inkluderingen av en kontrollgruppe i undersøkelsen i Orkla gjorde at vi kunne vise at høstfiske ser ut til å gi en kortvarig atferdsmessig forstyrrelse hos fisken, og at dette kan påvirke hvor i elva de gyter. Det er usikkert hvor stor denne effekten eventuelt er, da forskjellen i forflytning mellom fisk i gruppene var relativt liten i antall meter. Det var heller ingen tydelige tegn på at høstfiske hadde en negativ effekt på atferden under selve gytingen. Likevel viser våre resultater at høstfiske bør avsluttes i så god tid som mulig før gytingen begynner, og at to uker før er et absolutt minimum. Det bør også tas med i denne beregningen at gytetidspunktet i en elv kan variere fra år til år, slik at det kan være fornuftig å vurdere en tidligere stopp på høstfiske enn to uker før antatt start på gytetiden.Miljødirektoratet: M-2465|202