Detection of BRAF V600E mutation in ctDNA by ddPCR: from laboratory to market

Cutaneous melanoma is the most aggressive form of skin cancer and has a high mortality rate. The current methods used to stage melanoma and detect metastases are imaging techniques and sentinel lymph node biopsies (SLNB). However, these have limited sensitivity for the detection of early stage melanoma and often can’t provide timely clinical evidence of disease recurrence or for monitoring therapies. Cell-free tumour DNA (ctDNA) could be a specific biomarker in melanoma patients which present V600E mutation in BRAF gene. ctDNA is released by cancer cells into the bloodstream and then excreted in urine, allowing it to be analysed by liquid biopsy. This analysis provides a real-time snapshot of tumour burden and represents a non-invasive, cost-effective alternative that can be performed repeatedly. In this work, a surveillance tool was implemented to help patients with melanoma through the detection of BRAF V600E mutation in ctDNA by Droplet Digital PCR (ddPCR). Firstly, we focused on design and optimization of the assay to ensure a low limit of detection and a distinction between false-positives and true-positives. Secondly, the assay was tested in order to show the possibility to detect V600E mutation in BRAF gene in plasma and midstream urine samples from melanoma patients. In addition to the test implementation, a go-to-market strategy was explored for the commercialization of the test through a collection kit. This test is directed to laboratories, clinics and hospitals aiming to help doctors in the diagnosis, prognosis and treatment of their patients. After a market analysis, we concluded that the new test has advantages over existing competitors in the market and has a potential to improve the melanoma management

Analysis of RAD sequencing data from species of Mediterranean cicadas

Tese de mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019Compreender a divergência e especiação entre espécies próximas sempre foi um tema desafiador no âmbito da biologia evolutiva. Os marcadores de DNA citoplasmáticos, os quais muitas vezes são usados em investigações no contexto de marcadores moleculares, nem sempre deram resultados bem-sucedidos que conseguissem resolver as respetivas filogenias e outras questões. Nos últimos anos, com o surgimento da Nova Geração de Tecnologias de Sequenciação e técnicas associadas que tiram partido de uma reduzida representação do genoma, é agora possível responder a questões relacionadas com a divergência populações e especiação. Aqui retratamos o potencial de uma dessas técnicas – Restriction-site Associated DNA (RAD) Sequencing -, para contribuir para a resolução de algumas questões no âmbito da especiação de um grupo particular de insetos, as cigarras mediterrânicas do género Tettigettalna. A técnica RAD sequencing tira partido da Illumina, uma das Tecnologias da Nova Geração de Sequenciação, para gerar dados genómicos de zonas adjacentes a locais de corte de restrição por enzimas (RAD tags). Isto permite simultaneamente identificar e marcar milhares de SNPs espalhados por todo o genoma, de qualquer tamanho, em centenas de indivíduos e para organismos modelo ou não. Como a RAD-Seq é uma técnica de sequenciação de reduzida representação do genoma, é claro que o seu uso tem muitas mais vantagens em comparação com técnicas de sequenciação de todo o genoma. Isto permitiu que a RAD-Seq se tenha tornado a metodologia genómica mais usada para a descoberta de SNPs em estudos filogenéticos e de evolução de organismos não-modelo como é o caso das espécies de cicadas do género Tettigettalna. Este género constitui um complexo de espécies de cigarras intimamente relacionadas que divergiram recentemente. Elas são morfologicamente semelhantes o que as torna um desafiante grupo taxonómico. Adicionalmente, o canto de chamamento produzido pelos machos é a principal característica que permite a distinção entre as espécies. Na Península Ibérica, a diversidade das cigarras foi amplamente subestimada até à recente descrição e revisão taxonómica de nove espécies de cicadas de pequeno porte pertencentes ao género Tettigettalna: Tettigettalna mariae, Tettigettalna argentata, Tettigettalna aneabi, Tettigettalna josei, Tettigettalna defauti, Tettigettalna armandi, Tettigettalna helianthemi, Tettigettalna boulardi e Tettigettalna estrellae. Algumas das espécies mencionadas são restritas a Espanha, sendo que apenas uma delas, Tettigettalna estrellae, é restrita a Portugal. Tettigettalna argentata é a única que para além da Península Ibérica se estende para mais países Europeus. Alguns estudos focados nas espécies da zona do Mediterrâneo pertencentes a este género evidenciaram a ocorrência de simpatria entre algumas espécies de Tettigettalna do sudoeste da Península Ibérica. As populações de Tettigettalna argentata têm uma distribuição que faz com que por vezes se sobreponham com outras populações de outras espécies. No Algarve (Portugal), as populações de Tettigettalna mariae e Tettigettalna argentata podem ser encontradas em simpatria ou parapatria. Estas duas espécies são consideradas um complexo de espécies gémeas, sendo morfologicamente muito semelhantes e apenas se distinguindo pelo seu canto de chamamento. Trabalhos baseados na análise de sequências mitocondriais (COI) permitiram a separação de populações de Tettigettalna argentata em clade do norte e clade do Sul. Adicionalmente, este clade do Sul revelou não ser geneticamente distinto dos espécimenes de Tettigettalna mariae, com o qual partilha a maior parte dos haplótipos. Assim, é muitas vezes impossível discriminar os espécimenes de T. mariae dos espécimenes de T. argentata (clade do Sul) com base apenas na análise de sequências COI. Como referido, as espécies de Tettigettalna podem ser distinguidas através dos sons produzidos pelos machos, pelo que se pensa que estes sinais acústicos possam ter um papel preponderante no isolamento reprodutivo das espécies. Na verdade, estudos baseados em dados de acústica revelam que diferentes espécies têm diferentes padrões acústicos. Porém, outros trabalhos com dados genéticos não esclarecem várias questões. Nomeadamente, se a partilha de haplótipos entre o clade Sul de Tettigettalna argentata e as Tettigettalna mariae será devida a introgressão (existência de fluxo genético entre populações) ou “Incomplete Lineage Sorting”, (segregação imperfeita de alelos em linhagens bem definidas). Os trabalhos realizados apontam assim para a necessidade de uma metodologia multilocus que possa ser uma melhor abordagem a adotar, por forma a responder às questoes acima mencionadas. Neste trabalho, utilizámos então uma abordagem multilocus, ou seja, dados de RAD-Seq das cigarras do género Tettigettalna. Com este tipo de dados e utilizando ferramentas de limpeza e filtragem dos dados, como o Ipyrad, VCFtools e outros scripts, foi assim possível gerar resultados que permitiram responder melhor a questões que até agora não tinham sido respondidas à luz de abordagens single locus e/ou com dados de outras naturezas. Com esta nova abordagem mostrámos que os dados RAD-Seq tornam evidentes os padrões de distribuição geográficos das espécies/populações das cigarras do género Tettigettalna, bem como parecem indicar que a partilha de haplótipos entre Tettigettalna argentata e Tettigettalna mariae de populações simpátricas na região Algarvia, é explicada pelo fenómeno de introgressão.Understanding population divergence and speciation among closely related species has long been a challenge in evolutionary biology. Cytoplasmic DNA markers, which have been widely used in the context of molecular barcoding, have not always proved successful in resolving phylogenies and other related questions. With the advent of Next-Generation Sequencing technologies and associated techniques of reduced genome representation, not only the phylogenies of closely related species are now being resolved at a much greater detail, but are also allpwing a much better understanding on divergence and speciation patterns and processes. Here we examine the potential of one of such techniques - Restriction-site Associated DNA (RAD) sequencing -, in disentangling questions related to the divergence and speciation of a particular group of insects, the meditteranean cicadas from the Tettigettalna genus. This genus constitutes a complex of closely related and recently diverged species. They are morphologically similar what makes them a taxonomical challenging group. The calling songs are the main character used for their identification. Work focused on the Mediterranean species of this genus revealed the accurance of sympatric populations among some of the southern Iberian Tettigettalna species. In fact, Tettigettalna mariae and Tettigettalna argentata populations can be found in sympatry or close parapatry. As already referred, these two species are morphologically very similar and only distinguishable by their calling songs. However, mitochondrial COI studies also showed that these species share haplotypes but the results couldn’t reveal if this sharing was due to introgression (existence of gene flow between populations) or incomplete lineage sorting (defective segregation of alleles into well-defined lineages). The present multilocus approach with RAD-Seq data, not only revealed a better understanding of the geographical patterns of distribution of the Tettigettalna species and populations, but also gave evidence that it is the phenomenom of introgression that explains the sharing of haplotypes between Tettigettalna argentata and Tettigettalna mariae, when in sympatry. Therefore, the use of the Next-Generation sequencing data, in particular RAD-seq data, in this thesis has reinforced the utility of the methodology applied to solve problems related to recent diverged complexes of species, such our study group of insects in which we were able to give a significant contribution to a better understanding of its divergence and speciation

Is there a potential win for companies when women enrich their role of workers through the enrichement of their family lives?

While the work-family relation conflict literature has received much attention, there is a lack of empirical evidence towards work-family positive relation. Furthermore, there is a lack of understanding and recognition of possible benefits obtained by skills’ development during maternity. This study concludes that a family-work relation has a positive outcome, namely the enrichment. It was evident that there is a potential win when women enrich their role as workers through the enrichment of their family lives. Moreover, this enrichment is perceived by mothers along the development of their children; each age and phase have different challenges and enable different skills’ improvement. The findings support the notion that not all work and family experiences are negative and experiences from the work and home can improve outcomes both inside and outside the workplace

A representação do Presidente da República na SIC: Marcelo Rebelo de Sousa

Relatório de estágio apresentado à Escola Superior de Comunicação Social como parte dos requisitos para obtenção de grau de mestre em Jornalismo.O presente relatório foi elaborado no âmbito do Mestrado em Jornalismo, da Escola Superior de Comunicação Social do Instituto Politécnico de Lisboa. A investigação é desenvolvida a partir do estágio na Sociedade Independente de Comunicação (SIC), nas editorias da agenda e de política, e tem como objetivo estudar o Presidente da República, Marcelo Rebelo de Sousa. O estudo procura refletir sobre os poderes do chefe de Estado, dedicando especial atenção à capacidade de influenciar o espaço público e político através do uso que faz da agenda presidencial. Num segundo momento, exploramos as dinâmicas do jornalismo televisivo, com particular atenção para forma como a política é veiculada. Ao longo de seis meses recolhemos dados de agenda e peças televisivas a com presença direta do Presidente da República. A partir deste material desenvolveremos uma análise qualitativa e quantitativa. O período de estágio permitiu-nos ainda responder a algumas questões sobre a abordagem da editoria de política da SIC aos assuntos envolvendo o Presidente da República. O objetivo passa por compreender se o trabalho dos jornalistas contribui para a criação de uma imagem positiva do Presidente da República no espaço público. Para além disso, e atendendo à intensidade da atividade presidencial, procuramos perceber em que termos funciona a relação entre os jornalistas e os assessores do Presidente.ABSTRACT: This internship report has been put together as the final step of the MBA in Journalism at the Higher School of Communication and Media Studies. The research was developed from the internship in the Independent Society of Communication (SIC), specifically in section of the agenda and politics. The subject of our study is the President of the Portuguese Republic, Marcelo Rebelo de Sousa. The research demand to reflect on the powers of the President, with special attention to the ability to influence the public and political space through its use of the presidential agenda. In a second moment, we explore the dynamics of television journalism, with special attention to the way in which the politics is transmitted. Over the course of six months we collected agenda data and television contents with the direct presence of the President of the Republic, from which we proceed to a qualitative and quantitative analysis. The internship period allowed us answering some questions approach SIC contents with President presence. The main goal is comprehend if the journalists contributes to create a positive image of the President in public space. In addition, and given the intensity of presidential activity, we seek to understand in what terms it works the relationship between journalists and the President's advisors.N/

A Framework for the Design and Implementation of Learning Objects: a Competence-based Approach

This paper presents a framework for the design and implementation of learning objects using a competence-based approach. This framework is illustrated by the development of a standalone Windows application (Trilho GOA) whose primary purpose is to create standardized pedagogical contents trough the aggregation and standardization of instructional resources in several formats that can be used later on a Learning Management System (LMS) supporting SCORM 1.2. The paper contains a brief introduction to the developed software, its system architecture, main features and several pedagogical advantages for its users

Uma acção vale mais que mil sensações?: O impacto da actuação, da multimodalidade e do tempo na memória de acções de adultos jovens e adultos idosos

Dissertação de mestrado em Psicologia (Psicologia Clínica e Saúde - Psicogerontologia Clínica), apresentada à Faculdade de Psicologia e Ciências da Educação da Universidade de Coimbra.Desde os anos 80 que a investigação (e.g., para revisão ver Zimmer, 2001), numa situação experimental que configura o paradigma subjectperformed task (SPT), tem vindo a dar conta da superioridade na evocação de instruções simples na condição de codificação actuada, comparativamente à condição de codificação verbal. Esta superioridade, designada de efeito de actuação, tem-se verificado para adultos jovens e, de modo menos consistente, para adultos idosos (e.g., Feyereisen, 2009). O presente estudo procurou aprofundar a compreensão do contributo da multimodalidade, implicada na presença do objecto, e da componente motora, implicada na acção, para o efeito de actuação, através dos conceitos de “recodificação” e “compensação”, propostos por Bäckman (1985a). Para tal, aplicou-se o paradigma SPT com manipulação do estado do objecto (presente ou ausente) e do tempo de codificação (rápido ou devagar). A amostra foi constituída por 32 adultos idosos, com idades entre os 63 e os 73 anos, sem sintomatologia depressiva nem indícios de declínio cognitivo, e 32 adultos jovens, com idades entre os 19 e os 27, também sem sintomatologia depressiva. Os grupos foram comparados em termos de aptidão verbal, não tendo sido encontradas diferenças. Os resultados revelaram que o efeito de actuação se mantém, mesmo sem objecto, apontando para o papel não necessário da multimodalidade, para adultos jovens e idosos. Nestes últimos, registou-se uma redução do tamanho do efeito para metade. Não parecem estar em causa processos de recodificação, apesar de subsistirem dúvidas em relação à sua efectiva restrição pela variável tempo. Quanto à compensação, para os adultos idosos, sem restrições de tempo, adicionar a multimodalidade à apresentação verbal levou a melhor desempenho do que adicionar a componente motora. Com restrições de tempo, o padrão inverteu-se. Já adicionar multimodalidade e componente motora à apresentação verbal é a mais benéfica das condições para a melhoria de desempenho dos adultos idosos. Além disto, apesar de não se revelar necessária para a obtenção do efeito de actuação, a multimodalidade parece ser necessária para não se detectarem diferenças entre grupos etários, no desempenho da memória de acções.Since the 80s, the litterature (e.g., for a review see Zimmer, 2001), using an experimental setting referred to as subject-performed task (SPT) paradigm, has been reporting an enhancement in recall for the encoding of simple instructions when they are performed, compared with just verbal encoding. This superiority, termed as enactment effect, has been verified for younger adults, and, in a less consistent way, for older adults (e.g., Feyereisen, 2009). The present study attempted to explore the role of multimodality, engaged in the presence of objects, and the motor component, engaged in the action, in accounting for the enactment effect, using the concepts of “recoding” and “compensation”, proposed by Bäckman (1985a). With this purpose, the SPT paradigm was applied along with the manipulation of state of the object (present or absent) and time of encoding (fast or slow). Thirty-two older adults, aged between 63 and 73 years-old, without depressive symptoms neither signs of cognitive decline, and thirty-two younger adults, with ages between 19 and 27, also without depressive symptoms, participated in the experiment. These groups were compared with respect to their verbal skill, having showed no significant differences. The results showed an enactment effect, despite the absence of the object, pointing to the not necessary role of multimodality in the effect, for younger and older adults. For this last group, the magnitude of the effect was reduced in half. There is no direct evidence that recoding processes are taking place. Nevertheless, some doubts remain about time being actually restricting that processes. Concerning compensation, to older adults, with no time restrain, joining multimodality to verbal presentation of items resulted in a best performance compared to joining the motor component. With time restrain, the pattern reversed. Joining multimodality and motor component to the verbal presentation is the most advantageous condition to older adults’ memory improvement. Furthermore, despite multimodality does not reveal to be necessary for the enactment effect, it seems to be necessary to the absence of detected differences in the memory performance of groups

Reutilização de águas residuais para usos urbanos não potáveis no município de Loures

A implementação de projectos que permitam a reutilização de águas residuais tratadas para aplicações compatíveis com as suas características qualitativas apresenta-se como uma estratégica de conservação dos recursos hídricos e até de poupança de água potável. O consumo de água potável poderá ser substituído, em algumas utilizações menos nobres, por reutilização de águas residuais tratadas. Esta reutilização permitirá ainda um benefício ambiental relevante, decorrente da redução da carga poluente associada ao lançamento de águas residuais tratadas no meio receptor. O presente trabalho teve como objectivo a avaliação dos requisitos necessários para proceder à reutilização de águas residuais tratadas, em condições ambientais e sanitárias seguras, para usos urbanos não potáveis e aplicação no caso prático em desenvolvimento na Divisão de Limpeza Urbana do Departamento de Ambiente, da Câmara Municipal de Loures. A avaliação incidiu sobre os factores condicionantes da reutilização da água para usos urbanos não potáveis, os parâmetros de qualidade da água reutilizada e as especificações relativas à boa prática de reutilização para este tipo de aplicações. Na análise do caso de estudo discriminou-se cada passo já efectuado e as dificuldades encontradas, desenvolvendo-se um conjunto de propostas para a continuidade, melhoria e prossecução do projecto, acautelando-se os fundamentos teóricos apreendidos. Como conclusão constatou-se que o caso de estudo ainda carece de desenvolvimento nomeadamente, na melhoria da fiabilidade do tratamento das águas residuais e na renovação do parecer da autoridade de saúde, para efectuar a reutilização. Mas o início da reutilização de um modo continuado será um horizonte a curto prazo

Sweet dilemma of mine : how glucose levels influence cooperation after a crisis?

Diariamente tomamos decisões complexas que requerem tempo e esforço que não podemos despender. Compreender como decidimos em ambientes ambíguos com recursos cognitivos limitados torna-se essencial para todos nós. Este trabalho surge da intersecção da Psicologia e Neurociência, analisando a tomada de decisão cooperativa. O objectivo é analisar como diferentes níveis de glicemia influenciam a cooperação depois de um evento crítico. Aqui, a crise é operacionalizada como uma crise de recursos num dilema social. Esta investigação torna-se a primeira a explorar a relação entre glucose e cooperação pós-crise. A nossa amostra consiste em 47 adultos voluntários de ambos os géneros, recrutados através do método de amostragem snowball. Usámos uma tarefa commons dilemma com duas condições de perigo de extinção de recurso (High vs Low Danger) e manipulámos os níveis de glicemia dos participantes administrando uma bebida rica em ou sem açúcar. Desta forma, a experiência consistiu num design factorial 2 Glucose (glucose vs placebo) x 2 Danger (High vs Low), inter-sujeitos. Os dados sugerem que participantes com níveis mais elevados de glucose sanguínea são mais cooperativos num contexto pós-crise (e não antes) e principalmente quando há maior perigo de extinção de recursos (condição High Danger). Estes resultados implicam que a glucose sanguínea influencia processos de tomada de decisão, replicando estudos anteriores; e que pode influenciar as decisões cooperativas em alguns contextos. Assim, sugerimos que níveis de glicemia mais baixos estão associados a uma redução dos recursos cognitivos o que promove um processamento cognitivo intuitivo, estimulando o uso de certas heurísticas sociais. Sugerimos que investigações futuras analisem quais as heurísticas sociais mais salientes em diferentes cenários pós-crise, sob diferentes níveis de glicemia. A combinação de métodos da Psicologia, Neurociência e Computação, integrando assim diferentes áreas da Ciência Cognitiva, permitirá continuar a expandir o nosso conhecimento sobre a tomada de decisão cooperativa.Daily we face complex decisions that require time and effort that we do not possess. Understanding how we make decisions in uncertain environments with limited cognitive resources becomes essential to all of us. The present work arises from the intersection of Psychology and Neuroscience, focusing on cooperative decision-making. The goal is to examine how much we cooperate after a critical event, under different glycemic levels. Here, the crisis is operationalized as a crisis of resources in a social dilemma paradigm. This research becomes the first to explore the connection between glucose and post-crisis cooperation. Our sample comprises 47 volunteer adults from both genders, recruited through snowball sampling. We used a commons dilemma task, with two post-crisis conditions of resource depletion (High vs Low Danger) and manipulated participants’ blood glucose levels by administering either a sugar-rich or a no-sugar drink. Thus, the experiment consisted in a 2 Glucose (glucose vs. placebo) x 2 Danger (High vs. Low) factorial design, between subjects. Results suggest participants with higher blood glucose levels are more cooperative only in a post-crisis context (and not before) and mainly under greater danger of resource depletion (High Danger condition). Our findings do not imply a direct causal link between brain glucose and cooperation but instead that blood glucose levels influence decisionmaking processes, replicating previous studies; adding it can influence cooperative decisionmaking in some contexts. We propose lower blood glucose levels are associated with lower cognitive resources that, in turn, promote an intuitive processing type, boosting the use of certain social heuristics. We suggest that future research addresses which social heuristics are more salient in different post-crisis scenarios, under different glycemic levels. Combining methods from Psychology, Neuroscience and Computation, thus integrating different areas of Cognitive Science, could expand our understanding of cooperative decision-making