Human evolution in Siberia: from frozen bodies to ancient DNA

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The Yakuts contrast strikingly with other populations from Siberia due to their cattle- and horse-breeding economy as well as their Turkic language. On the basis of ethnological and linguistic criteria as well as population genetic studies, it has been assumed that they originated from South Siberian populations. However, many questions regarding the origins of this intriguing population still need to be clarified (e.g. the precise origin of paternal lineages and the admixture rate with indigenous populations). This study attempts to better understand the origins of the Yakuts by performing genetic analyses on 58 mummified frozen bodies dated from the 15^thto the 19^thcentury, excavated from Yakutia (Eastern Siberia).</p> <p>Results</p> <p>High quality data were obtained for the autosomal STRs, Y-chromosomal STRs and SNPs and mtDNA due to exceptional sample preservation. A comparison with the same markers on seven museum specimens excavated 3 to 15 years ago showed significant differences in DNA quantity and quality. Direct access to ancient genetic data from these molecular markers combined with the archaeological evidence, demographical studies and comparisons with 166 contemporary individuals from the same location as the frozen bodies helped us to clarify the microevolution of this intriguing population.</p> <p>Conclusion</p> <p>We were able to trace the origins of the male lineages to a small group of horse-riders from the Cis-Baïkal area. Furthermore, mtDNA data showed that intermarriages between the first settlers with Evenks women led to the establishment of genetic characteristics during the 15^thcentury that are still observed today.</p

The BLLAST field experiment: Boundary-Layer late afternoon and sunset turbulence

Due to the major role of the sun in heating the earth's surface, the atmospheric planetary boundary layer over land is inherently marked by a diurnal cycle. The afternoon transition, the period of the day that connects the daytime dry convective boundary layer to the night-time stable boundary layer, still has a number of unanswered scientific questions. This phase of the diurnal cycle is challenging from both modelling and observational perspectives: it is transitory, most of the forcings are small or null and the turbulence regime changes from fully convective, close to homogeneous and isotropic, toward a more heterogeneous and intermittent state. These issues motivated the BLLAST (Boundary-Layer Late Afternoon and Sunset Turbulence) field campaign that was conducted from 14 June to 8 July 2011 in southern France, in an area of complex and heterogeneous terrain. A wide range of instrumented platforms including full-size aircraft, remotely piloted aircraft systems, remote-sensing instruments, radiosoundings, tethered balloons, surface flux stations and various meteorological towers were deployed over different surface types. The boundary layer, from the earth's surface to the free troposphere, was probed during the entire day, with a focus and intense observation periods that were conducted from midday until sunset. The BLLAST field campaign also provided an opportunity to test innovative measurement systems, such as new miniaturized sensors, and a new technique for frequent radiosoundings of the low troposphere. Twelve fair weather days displaying various meteorological conditions were extensively documented during the field experiment. The boundary-layer growth varied from one day to another depending on many contributions including stability, advection, subsidence, the state of the previous day's residual layer, as well as local, meso- or synoptic scale conditions. Ground-based measurements combined with tethered-balloon and airborne observations captured the turbulence decay from the surface throughout the whole boundary layer and documented the evolution of the turbulence characteristic length scales during the transition period. Closely integrated with the field experiment, numerical studies are now underway with a complete hierarchy of models to support the data interpretation and improve the model representations.publishedVersio

GASCON : Gestion agro-écologique de la santé des cultures et des organismes nuisibles

Le croisement des sciences agronomiques, de l’écologie appliquée à la gestion des agroécosystèmes,et des sciences humaines et sociales, qu’implique la transition agroécologique, pose de nouveaux défis pour répondre aux enjeux agricoles: intégrer des connaissances de différentes disciplines et produites à différentes échelles d’organisation pour agir en situation; développer des cadres d’analyse et démarches intégrant la diversité de situations à gérer par les acteurs et permettant de construire des réponses adaptées à chaque situation; et concevoir et mettre en œuvre des pratiques d’enseignement et d’apprentissage, qui dotent les apprenants de capacités à penser leur action en contexte, en mobilisant des savoirs et savoir-faire multiples en termes de contenus disciplinaires et des savoir-être pour construire des solutions avec une diversité d’acteurs. Dans le champ de la formation, ces défis nécessitent dès lors de revisiter les contenus des enseignements dispensés, les modalités pédagogiques et les dispositifs de formation existants, de manière à appréhender au mieux la complexité des processus à l’œuvre. Pour autant, peu de travaux s’attardent sur les modalités pratiques de ce changement et de ses implications, alors même que de nombreuses initiatives en matière de pédagogie et d’agroécologie se développent ces dernières années. L’objectif de ce séminaire est de promouvoir une information partagée et l’échange d’expériences pour répondre aux enjeux posés par l’agroécologie dans la formation (transversalité, pluridisciplinarité, approche systémique, pédagogies actives). Ces enjeux peuvent se décliner suivant plusieurs entrées : les thématiques enseignées (agriculture, élevage, territoire, alimentation, ...); les pratiques et les dispositifs pédagogiques mis en œuvre pour aborder ces questions (enseignement numérique, dispositifs expérimentaux, projets professionnels, référentiels, ...);les publics d’apprenants: élèves, étudiants, professionnels, ..

Predicting haplogroups using a versatile machine learning program (PredYMaLe) on a new mutationally balanced 32 Y-STR multiplex (CombYplex): Unlocking the full potential of the human STR mutation rate spectrum to estimate forensic parameters

We developed a new mutationally well-balanced 32 Y-STR multiplex (CombYplex) together with a machine learning (ML) program PredYMaLe to assess the impact of STR mutability on haplogourp prediction, while respecting forensic community criteria (high DC/HD). We designed CombYplex around two sub-panels M1 and M2 characterized by average and high-mutation STR panels. Using these two sub-panels, we tested how our program PredYmale reacts to mutability when considering basal branches and, moving down, terminal branches. We tested first the discrimination capacity of CombYplex on 996 human samples using various forensic and statistical parameters and showed that its resolution is sufficient to separate haplogroup classes. In parallel, PredYMaLe was designed and used to test whether a ML approach can predict haplogroup classes from Y-STR profiles. Applied to our kit, SVM and Random Forest classifiers perform very well (average 97 %), better than Neural Network (average 91 %) and Bayesian methods (< 90 %)

Génération de fissures cuticulaires sur la pêche (Prunus Persica (L.) Batsch) en réponse à des opérations culturales : conséquences pour la qualité et la contamination par les monilioses

Diplôme : Diplôme de Recherche UniversitaireBased on experiments realized two years on nectarine fruits grown under various cultural conditions (variable fruit crop loads an irrigation regimes), we quantified cuticular cracks and examined by a modelling approach their contribution to fruit quality via the surface conductance to water vapour diffusion and to fruit contamination by brown rot. Cuticular cracks occur during the final swelling of the fruit and represent up to 12,5% of its surface area when its growth rate is high. They preponderantly participate to conductance (up to 85%) and fruit infection by M. Laxa. The evolution of conductance of its components and of cuticular crack surface area driven by fruit growth and the probability of fruit infection in relation with the cuticular crack surface area and the conidial density were modelled and the equations integrated into an existing "virtual fruit" model simulating organoleptic quality traits. This combined model was used to evalutate technical scenarios, emphazing fruit organoleptic quality, storage potential and environmental quality. Scenarios including water stress offer a good compromise but require an evolution of market standardsA partir d'expérimentations réalisées deux années sur des nectarines soumises à des conditions de croissance contrastées par des charges en fruits et régimes d'irrigation variables, nous avons quantifié les fissures cuticulaires et examiné par une démarche de modélisation leur contribution à la qualité des fruits via la conductance de l'épiderme à la vapeur d'eau et à la contamination par les monilioses. Les fissures cuticulaires, générées durant la phase de grossissement du fruit représentent jusqu'à 12,5 % de sa surface lorsque sa vitesse de croissance est forte. Elles participent largement à la conductance (jusqu'à 85%) et à l'infection des fruits par M. Laxa. L'évolution de la conductance, de ses composantes et de la surface de fissures selon la croissance ainsi que la probabilité d'infection des fruits selon la surface de fissure et la densité de coridies ont été modélisées. Ces équations ont été intégrées à un modèle existant de "fruit virtuel" simulant des critères de qualité organoleptique. Ce modèle combiné a été utilisé pour évaluer différents scénarios techniques sur un profil alliant critères de qualité, potentiel de conservation des fruits et impact environnemental. Des scénarios incluant des stress hydriques permettent un bon compromis mais nécessitent une évolution des standards du march

Génération de fissures cuticulaires sur la pêche (Prunus Persica (L.) Batsch) en réponse à des opérations culturales (conséquences pour la qualité et la contamination par les monilioses)

A partir d'expérimentations réalisées deux années sur des nectarines soumises à des conditions de croissance contrastées par des charges en fruits et régimes d'irrigation variables, nous avons quantifié les fissures cuticulaires et examiné par une démarche de modélisation leur contribution à la qualité des fruits via la conductance de l'épiderme à la vapeur d'eau et à la contamination par les monilioses. Les fissures cuticulaires, générées durant la phase de grossissement du fruit représentent jusqu'à 12,5 % de sa surface lorsque sa vitesse de croissance est forte. Elles participent largement à la conductance (jusqu'à 85%) et à l'infection des fruits par M. Laxa. L'évolution de la conductance, de ses composantes et de la surface de fissures selon la croissance ainsi que la probabilité d'infection des fruits selon la surface de fissure et la densité de coridies ont été modélisées. Ces équations ont été intégrées à un modèle existant de "fruit virtuel" simulant des critères de qualité organoleptique. Ce modèle combiné a été utilisé pour évaluer différents scénarios techniques sur un profil alliant critères de qualité, potentiel de conservation des fruits et impact environnemental. Des scénarios incluant des stress hydriques permettent un bon compromis mais nécessitent une évolution des standards du marchéBased on experiments realized two years on nectarine fruits grown under various cultural conditions (variable fruit crop loads an irrigation regimes), we quantified cuticular cracks and examined by a modelling approach their contribution to fruit quality via the surface conductance to water vapour diffusion and to fruit contamination by brown rot. Cuticular cracks occur during the final swelling of the fruit and represent up to 12,5% of its surface area when its growth rate is high. They preponderantly participate to conductance (up to 85%) and fruit infection by M. Laxa. The evolution of conductance of its components and of cuticular crack surface area driven by fruit growth and the probability of fruit infection in relation with the cuticular crack surface area and the conidial density were modelled and the equations integrated into an existing "virtual fruit" model simulating organoleptic quality traits. This combined model was used to evalutate technical scenarios, emphazing fruit organoleptic quality, storage potential and environmental quality. Scenarios including water stress offer a good compromise but require an evolution of market standardsAVIGNON-BU Centrale (840072102) / SudocSudocFranceF

Equipe mobile de gériatrie du centre hospitalier de Boulogne-sur-Mer (étude descriptive rétrospective des huit premiers mois d activité de la nouvelle équipe, au sein du service des urgences, de janvier à août 2012)

En janvier 2012, une nouvelle équipe mobile de gériatrie a été mise en place au sein du centre hospitalier de Boulogne-sur-mer. Cette équipe a pour but d améliorer la prise en charge des personnes âgées en milieu hospitalier et de faciliter leur orientation, en coordination avec les différents services hospitaliers, réseaux de soins, établissements d hébergement pour personnes âgées dépendantes, aidants et médecins traitants. Cette étude fait le bilan des huit premiers mois d activité de la nouvelle équipe mobile de gériatrie, qui a la particularité de se localiser au sein du service des urgences de l établissement, premier demandeur d une évaluation gériatrique, et donc d y intervenir de façon prépondérante. Il a été étudié les différentes caractéristiques des patients pris en charge par l équipe mobile de gériatrie, leur orientation et leur réhospitalisation non programmée au Centre Hospitalier de Boulogne-sur-mer. Le résultat principal est que la majorité des patients sont maintenus à leur domicile plus de soixante jours après leur sortie de l hôpital. Le premier motif d hospitalisation des personnes âgée est la chute, avec comme principales fragilités les troubles de la marche et les risques de chute. Ces constats ont pour objectif d optimiser le fonctionnement de l équipe mobile de gériatrie, de sensibiliser les équipes d urgences et les services hospitaliers à la prise en charge de la personne âgée, plus particulièrement de la personne âgée fragile, d organiser au mieux le retour et le maintien au domicile des patients.LILLE2-BU Santé-Recherche (593502101) / SudocSudocFranceF

Cuticular cracking on nectarine fruit surface: spatial distribution and development in relation to irrigation and thinning

International audienceInvestigations on "natural" cuticular cracks were conducted on nectarine fruit [Prunus persica (L.) Batsch var. nucipersica (Suckow) C.K. Schneid.]. A method for quantifying the cuticular crack surface area on a whole fruit basis was proposed. By using a stratified sampling design, the spatial distribution of the cuticular cracks over three regions (stylar end, peduncle, and cheek), their morphology, and the estimation of the total proportion of cuticular cracks on the fruit were studied. These features were examined during fruit development and in response to several fruit growing conditions corresponding to various crop loads and irrigation regimes. Cuticular cracks on nectarine fruit occurred during the final rapid fruit growth stage. Larger fruit presented higher cuticular crack densities in the apical regions than in the cheek regions. Thin and larger cuticular cracks occurred continuously during fruit development. Cuticular cracks represented 10% to 12.5% of the fruit surface area for well irrigated or low crop load trees, whereas they covered less than 4.5% for the heavy crop load and water deficit treatments. Cheek regions largely contributed to the total cuticular crack surface area (> 60%), regardless of the fruit growing conditions. After irrigation was restricted, cuticular crack development was limited. A positive relationship was established between the cuticular crack surface area per fruit surface area and the fruit fresh weight

Modelling the effect of cuticular crack surface area and inoculum density on the probability of nectarine fruit infection by <em>Monilinia laxa</em>

International audienceThe effects of cuticular crack surface area and inoculum density on the infection of nectarine fruits by conidia of Monilinia laxa were studied using artificial inoculations with conidial suspensions and dry airborne conidia during the 2004 and 2005 seasons, respectively. Additionally, the effect of ambient humidity on fruit infection was evaluated in the 2005 experiment. An exploratory analysis indicated that (i) ambient humidity did not significantly explain the observed variability of data, but that (ii) the incidence of fruit infection increased both with increasing inoculum density and increasing surface area of cuticular cracks. The product of these two variables represented the inoculum dose in the cracks, and was used as a predictor of fruit infection in the model. Natural infection in the orchard was observed to increase throughout the season in both 2004 and 2005. The relationship between the probability of fruit infection by M. laxa and the artificially inoculated dose in the cuticular cracks was well described by a logistic regression model once natural inoculum density was taken into account (pseudo R2 = 65%). This function could be helpful for estimating the risk of fruit infection at harvest based on fruit size and natural inoculum densit