Mortality from gastrointestinal congenital anomalies at 264 hospitals in 74 low-income, middle-income, and high-income countries: a multicentre, international, prospective cohort study

Summary Background Congenital anomalies are the fifth leading cause of mortality in children younger than 5 years globally. Many gastrointestinal congenital anomalies are fatal without timely access to neonatal surgical care, but few studies have been done on these conditions in low-income and middle-income countries (LMICs). We compared outcomes of the seven most common gastrointestinal congenital anomalies in low-income, middle-income, and high-income countries globally, and identified factors associated with mortality. Methods We did a multicentre, international prospective cohort study of patients younger than 16 years, presenting to hospital for the first time with oesophageal atresia, congenital diaphragmatic hernia, intestinal atresia, gastroschisis, exomphalos, anorectal malformation, and Hirschsprung’s disease. Recruitment was of consecutive patients for a minimum of 1 month between October, 2018, and April, 2019. We collected data on patient demographics, clinical status, interventions, and outcomes using the REDCap platform. Patients were followed up for 30 days after primary intervention, or 30 days after admission if they did not receive an intervention. The primary outcome was all-cause, in-hospital mortality for all conditions combined and each condition individually, stratified by country income status. We did a complete case analysis. Findings We included 3849 patients with 3975 study conditions (560 with oesophageal atresia, 448 with congenital diaphragmatic hernia, 681 with intestinal atresia, 453 with gastroschisis, 325 with exomphalos, 991 with anorectal malformation, and 517 with Hirschsprung’s disease) from 264 hospitals (89 in high-income countries, 166 in middleincome countries, and nine in low-income countries) in 74 countries. Of the 3849 patients, 2231 (58·0%) were male. Median gestational age at birth was 38 weeks (IQR 36–39) and median bodyweight at presentation was 2·8 kg (2·3–3·3). Mortality among all patients was 37 (39·8%) of 93 in low-income countries, 583 (20·4%) of 2860 in middle-income countries, and 50 (5·6%) of 896 in high-income countries (p<0·0001 between all country income groups). Gastroschisis had the greatest difference in mortality between country income strata (nine [90·0%] of ten in lowincome countries, 97 [31·9%] of 304 in middle-income countries, and two [1·4%] of 139 in high-income countries; p≤0·0001 between all country income groups). Factors significantly associated with higher mortality for all patients combined included country income status (low-income vs high-income countries, risk ratio 2·78 [95% CI 1·88–4·11], p<0·0001; middle-income vs high-income countries, 2·11 [1·59–2·79], p<0·0001), sepsis at presentation (1·20 [1·04–1·40], p=0·016), higher American Society of Anesthesiologists (ASA) score at primary intervention (ASA 4–5 vs ASA 1–2, 1·82 [1·40–2·35], p<0·0001; ASA 3 vs ASA 1–2, 1·58, [1·30–1·92], p<0·0001]), surgical safety checklist not used (1·39 [1·02–1·90], p=0·035), and ventilation or parenteral nutrition unavailable when needed (ventilation 1·96, [1·41–2·71], p=0·0001; parenteral nutrition 1·35, [1·05–1·74], p=0·018). Administration of parenteral nutrition (0·61, [0·47–0·79], p=0·0002) and use of a peripherally inserted central catheter (0·65 [0·50–0·86], p=0·0024) or percutaneous central line (0·69 [0·48–1·00], p=0·049) were associated with lower mortality. Interpretation Unacceptable differences in mortality exist for gastrointestinal congenital anomalies between lowincome, middle-income, and high-income countries. Improving access to quality neonatal surgical care in LMICs will be vital to achieve Sustainable Development Goal 3.2 of ending preventable deaths in neonates and children younger than 5 years by 2030

Distinction entre pneumonie et colonisation à pneumocystis jirovecii (intérêt des nouveaux outils biologiques)

L objectif de notre travail a été de discriminer, d un point de vue biologique, les pneumonies à P.jirovecii (PPC) et les colonisations. Pour cela, nous avons travaillé de manière rétrospective sur 59 prélèvements respiratoires et 29 échantillons sériques provenant de 17 patients développant une PPC et de 36 patients colonisés par le champignon, hospitalisés au CHU d Amiens entre le 10 janvier 2008 et le 8 janvier 2009. Les prélèvements respiratoires correspondaient à 44 lavages broncho-alvéolaires, neuf expectorations spontanées, cinq aspirations bronchiques et un lavage oro-pharyngé. La distinction des cas de PPC et de colonisation a été établie par l analyse des dossiers cliniques. La quantification de P.jirovecii dans les prélèvements respiratoires a été réalisée à l aide d une technique de PCR ( polymerase chain reaction ) en temps réel. Dans la mesure où les prélèvements respiratoires étaient de nature différente, la quantité d ADN de P.jirovecii amplifié a ensuite été rapportée à la quantité d ADN humain amplifié. Parallèlement, le taux sérique de (1-3) b-D-glucane a été mesuré à l aide d une technique ELISA. La quantité moyenne d ADN de P.jirovecii était significativement plus importante dans les prélèvements respiratoires des patients présentant une PPC que dans ceux des patients colonisés (8,25.106 vs 5,27.102, p<0,05). Le seuil moyen de détection de l ADN de P.jirovecii rapporté au seuil moyen de détection de l ADN humain était significativement plus bas chez les patients présentant une PPC que chez les patients colonisés (1,07 vs 1,49, p<0,05). Le taux sérique moyen de (1-3) b-D-glucane était significativement plus élevé chez les patients présentant une PPC que chez les patients colonisés (1467 vs 77 pg/mL, p<0,05). Au total, la détection quantitative de P.jirovecii, ajustée à la nature du prélèvement respiratoire et associée à la détermination du taux sérique de (1-3) b-D-glucane, apporte de nouvelles données biologiques visant à distinguer les PPC et les colonisations. Ces données, complétées par les éléments cliniques, devraient permettre d adapter au mieux la prise en charge médicale des patients infectés par P.jirovecii.The aim of this study was to develop a method for distinguishing PCP and pulmonary colonisation with P.jirovecii, using a quantitative real time PCR assay for the fungus detection in pulmonary specimens combined with the quantification of (1-3) b-D-glucans in sera. Fifty three patients, who were hospitalized to Amiens University Hospital (Amiens, France) between January 2008 and January 2009, were retrospectively enrolled in the study. They were initially diagnosed with PCP (17 patients) and pulmonary colonization with P.jirovecii (36 patients) based on the detection of the fungus in pulmonary specimens using microscopy or a conventional PCR assay, the clinical presentation of the pulmonary disease and the outcome. Archival pulmonary specimens of the patients were assayed using a quantitative real time PCR assay amplifying the mtLSUrRNA gene of P.jirovecii and a human house keeping gene. A ratio P.jirovecii DNA/human DNA was established. (1-3) b-D-glucans were quantified in patients sera using a commercially available ELISA. P.jirovecii DNA levels were significantly higher in PCP patients than those in colonized patients (8.25.106 vs 5.27.102, p<0.05). The ratio P.jirovecii DNA/human DNA in PCP patients was significantly lower than those in colonized patients (1.05 vs 1.49, p<0.05). (1-3) b-D-glucan levels was significantly higher in PCP patients than those in colonized patients (814.2 pg/mL vs 149 pg/mL, p<0.05). The results show that the quantitative detection of P.jirovecii DNAs correlated with the quantitative detection of human DNAs in pulmonary specimens combined with the quantification of (1 3) b-D-glucans in sera appears as a discriminative method for PCP and pulmonary colonisation diagnoses.AMIENS-BU Santé (800212102) / SudocSudocFranceF

Cryptosporidiose en Haïti (caractérisation moléculaire des oocystes en circulation dans les environnements de Port-au-Prince et du Cap-Haïtien)

Cryptosporidium, agent infectieux de transmission principalement hydrique, représente un enjeu majeur de santé publique dans les pays en voie de développement. Parasitant de nombreux mammifères, seules quelques espèces dont principalement C parvum et C hominis sont impliquées en pathologie humaine provoquant des diarrhées pouvant être sévères chez les sujets immunodéprimés et les enfants souffrant de malnutrition. L objectif de cette étude est de réaliser une identification moléculaire d espèce à partir d extraits d ADN provenant de 16 échantillons d eau destinée à la consommation humaine collectés en octobre 2010 et janvier 2011 dans les environnements du Port-au-Prince et du Cap-Haïtien en Haïti et dans lesquels des oocystes de Cryptosporidium avait déjà été détectés. Afin de réaliser l identification moléculaire d espèce, plusieurs séries de PCR nichées amplifiant le gène de la petite sous unité de l ARN ribosomal 18S ont été réalisées à partir de différents volumes d extraits d ADN, suivies d une technique d analyse de profils de restriction enzymatique et d un séquençage direct. Seul C. parvum a été identifié dans l ensemble des échantillons à l exception d un site pour lequel l ADN de Cryptosporidium n a pu être amplifié. Malgré la variété du réservoir animal présent dans ces deux villes, une seule espèce a été identifiée dans ces échantillons d eaux, ce qui n exclut pas la présence d autres espèces minoritaires non détectables dans les conditions de notre travail. La principale source de contamination de ces eaux serait donc bovine, murine ou humaine reflétant le paysage local (élevage libre, pullulation murine, mauvaise gestions des eaux usées .). Des mesures de prévention telles que l éloignement des animaux domestiques des réservoirs d eau destinés à la consommation et un traitement adéquat de l eau permettrait de diminuer la contamination de ces eaux.AMIENS-BU Santé (800212102) / SudocSudocFranceF

The Fascinating Echinocandin-Treated Mouse Model of Pneumocystis murina To Understand Pneumocystis jirovecii

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« Une histoire d’éperon »

International audienceDescription Un jeune garçon de 15 ans est hospitalisé pour malaise et perte de connaissance à la suite d'une dispute avec sa famille d'accueil temporaire. Le bilan étiologique complet, comprenant notamment un scanner cérébral injecté et un électroencéphalogramme, est sans particularité. Au cours de l'hospitalisation, on découvre une hématurie macroscopique, associée à des douleurs scrotales. Le reste de l'examen clinique est normal. Le patient est, par ailleurs, apyrétique et en parfait état général. À l'interrogatoire, on apprend qu'il est originaire de Côte d'Ivoire, qu'il vit le reste de l'année dans un foyer pour mineurs en Seine-Saint-Denis (93), et que son dernier séjour dans son pays natal remonte à cinq ans. Le bilan sanguin montre une légère hyperéosinophilie (1,1 G/L ; N inférieur à 0,5 G/L) sans aucune autre anomalie. Un examen cytobactériologique des urines confirme l'hématurie, accompagnée d'une leucocyturie. La culture est négative. Une échographie vésicale est pratiquée, montrant un épaississement pseudo-polypoïde isoéchogène sur la paroi postérieure de la vessie. Un examen parasitologique des urines est alors réalisé. Outre la présence d'hématies, plusieurs éléments attirent l'attention du microscopiste (figures 1A et 1B). La barre représente 50 μm

« Oh les jolis veaux ! »

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“Seven shades of Cryptosporidium”

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Cryptosporidiosis in Haiti: surprisingly low level of species diversity revealed by molecular characterization of Cryptosporidium oocysts from surface water and groundwater

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Case series of intestinal microsporidiosis in non-HIV patients caused by Encephalitozoon hellem

International audienceIntestinal microsporidiosis is most often caused by Enterocytozoon bieneusi, and to a lesser extent by species of the genus Encephalitozoon. Until now, Encephalitozoon hellem was not clearly known to induce disease restricted to the intestine, or rarely in HIV subjects or in tropical countries. We report here 11 cases of delineated intestinal microsporidioses due to E. hellem diagnosed in France in non-HIV patients. Briefly, all patients were immunocompromised. They all suffered from diarrhoea, associated in nearly 50% of cases with weight loss. Concerning treatment, 5/11 patients had a discontinuation or a decrease of their immunosuppressive therapy, and 4/11 received albendazole. All patients recovered. Five different genotypes were identified based on the rRNA ITS sequence

Novel antimalarial enantiopure arylaminoalcohols as efflux pump substrates to fight resistant P. falciparum

International audienceMalaria still is one of the most threatening diseases in the world. In 2019, the WHO estimated 229 million of cases and 409,000 deaths mainly due to the most prevalent and lethal Plasmodium species: P. falciparum (Pf).Fighting resistant Pf strains is henceforth one of the main challenges to eradicate malaria. Indeed, parasites have developed resistances against all the available therapeutic arsenal, including artemisinin-based combination therapies (ACT). Studies of resistance phenotypes identified efflux pumps involved in this phenomenom of which the multidrug resistance ABC transporter PfMDR1. Its overexpression is partly responsible of the carrying of two ACT partner drugs, mefloquine (MQ) and lumefantrine (LM), into the food vacuole away from their cytosolic targets, leading to the efficacy decline of these arylaminoalcohol drugs.In order to limit this efflux, our laboratory has developed efflux pump inhibitor (EPI) patterns based on previous described resistance reversing agents such as penfluridol. A library of novel arylaminoalcohols is easily affordable into a previously optimized synthesis to obtain MQ, LM and enpiroline analogs. This stereoselective and convergent synthesis requires a key arylvinyl converted to the corresponding enantiopure aryloxirane thanks to a Sharpless asymmetric dihydroxylation followed by a one-pot cyclization. Finally, a regioselective ring-opening by EPI moieties led to efflux pump substrate compounds.Both design and synthesis of these arylaminoalcohols will be herein presented. In vitro efficacy against two Pf strains, cytotoxicity and preliminary results of P-gp, BCRP and MRPs efflux modulation in Caco-2 cells model will be reported. First structure-activity relationships will be discussed