Distinction entre pneumonie et colonisation à pneumocystis jirovecii (intérêt des nouveaux outils biologiques)

Abstract

L objectif de notre travail a été de discriminer, d un point de vue biologique, les pneumonies à P.jirovecii (PPC) et les colonisations. Pour cela, nous avons travaillé de manière rétrospective sur 59 prélèvements respiratoires et 29 échantillons sériques provenant de 17 patients développant une PPC et de 36 patients colonisés par le champignon, hospitalisés au CHU d Amiens entre le 10 janvier 2008 et le 8 janvier 2009. Les prélèvements respiratoires correspondaient à 44 lavages broncho-alvéolaires, neuf expectorations spontanées, cinq aspirations bronchiques et un lavage oro-pharyngé. La distinction des cas de PPC et de colonisation a été établie par l analyse des dossiers cliniques. La quantification de P.jirovecii dans les prélèvements respiratoires a été réalisée à l aide d une technique de PCR ( polymerase chain reaction ) en temps réel. Dans la mesure où les prélèvements respiratoires étaient de nature différente, la quantité d ADN de P.jirovecii amplifié a ensuite été rapportée à la quantité d ADN humain amplifié. Parallèlement, le taux sérique de (1-3) b-D-glucane a été mesuré à l aide d une technique ELISA. La quantité moyenne d ADN de P.jirovecii était significativement plus importante dans les prélèvements respiratoires des patients présentant une PPC que dans ceux des patients colonisés (8,25.106 vs 5,27.102, p<0,05). Le seuil moyen de détection de l ADN de P.jirovecii rapporté au seuil moyen de détection de l ADN humain était significativement plus bas chez les patients présentant une PPC que chez les patients colonisés (1,07 vs 1,49, p<0,05). Le taux sérique moyen de (1-3) b-D-glucane était significativement plus élevé chez les patients présentant une PPC que chez les patients colonisés (1467 vs 77 pg/mL, p<0,05). Au total, la détection quantitative de P.jirovecii, ajustée à la nature du prélèvement respiratoire et associée à la détermination du taux sérique de (1-3) b-D-glucane, apporte de nouvelles données biologiques visant à distinguer les PPC et les colonisations. Ces données, complétées par les éléments cliniques, devraient permettre d adapter au mieux la prise en charge médicale des patients infectés par P.jirovecii.The aim of this study was to develop a method for distinguishing PCP and pulmonary colonisation with P.jirovecii, using a quantitative real time PCR assay for the fungus detection in pulmonary specimens combined with the quantification of (1-3) b-D-glucans in sera. Fifty three patients, who were hospitalized to Amiens University Hospital (Amiens, France) between January 2008 and January 2009, were retrospectively enrolled in the study. They were initially diagnosed with PCP (17 patients) and pulmonary colonization with P.jirovecii (36 patients) based on the detection of the fungus in pulmonary specimens using microscopy or a conventional PCR assay, the clinical presentation of the pulmonary disease and the outcome. Archival pulmonary specimens of the patients were assayed using a quantitative real time PCR assay amplifying the mtLSUrRNA gene of P.jirovecii and a human house keeping gene. A ratio P.jirovecii DNA/human DNA was established. (1-3) b-D-glucans were quantified in patients sera using a commercially available ELISA. P.jirovecii DNA levels were significantly higher in PCP patients than those in colonized patients (8.25.106 vs 5.27.102, p<0.05). The ratio P.jirovecii DNA/human DNA in PCP patients was significantly lower than those in colonized patients (1.05 vs 1.49, p<0.05). (1-3) b-D-glucan levels was significantly higher in PCP patients than those in colonized patients (814.2 pg/mL vs 149 pg/mL, p<0.05). The results show that the quantitative detection of P.jirovecii DNAs correlated with the quantitative detection of human DNAs in pulmonary specimens combined with the quantification of (1 3) b-D-glucans in sera appears as a discriminative method for PCP and pulmonary colonisation diagnoses.AMIENS-BU Santé (800212102) / SudocSudocFranceF