Mechanisms of congenital heart disease caused by NAA15 haploinsufficiency

Rationale: NAA15 is a component of the N-terminal (Nt) acetyltransferase complex, NatA. The mechanism by which NAA15 haploinsufficiency causes congenital heart disease (CHD) remains unknown. To better understand molecular processes by which NAA15 haploinsufficiency perturbs cardiac development, we introduced NAA15 variants into human induced pluripotent stem cells (iPSCs) and assessed the consequences of these mutations on RNA and protein expression. Objective: We aim to understand the role of NAA15 haploinsufficiency in cardiac development by investigating proteomic effects on NatA complex activity, and identifying proteins dependent upon a full amount of NAA15. Methods and Results: We introduced heterozygous LoF, compound heterozygous and missense residues (R276W) in iPS cells using CRISPR/Cas9. Haploinsufficient NAA15 iPS cells differentiate into cardiomyocytes, unlike NAA15-null iPS cells, presumably due to altered composition of NatA. Mass spectrometry (MS) analyses reveal ~80% of identified iPS cell NatA targeted proteins displayed partial or complete Nt-acetylation. Between null and haploinsufficient NAA15 cells Nt-acetylation levels of 32 and 9 NatA-specific targeted proteins were reduced, respectively. Similar acetylation loss in few proteins occurred in NAA15 R276W iPSCs. In addition, steady-state protein levels of 562 proteins were altered in both null and haploinsufficient NAA15 cells; eighteen were ribosomal-associated proteins. At least four proteins were encoded by genes known to cause autosomal dominant CHD. Conclusions: These studies define a set of human proteins that requires a full NAA15 complement for normal synthesis and development. A 50% reduction in the amount of NAA15 alters levels of at least 562 proteins and Nt-acetylation of only 9 proteins. One or more modulated proteins are likely responsible for NAA15-haploinsufficiency mediated CHD. Additionally, genetically engineered iPS cells provide a platform for evaluating the consequences of amino acid sequence variants of unknown significance on NAA15 function

Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage

BACKGROUND: LEDGF/p75 (LEDGF) is the main cellular cofactor of HIV-1 integrase (IN). It acts as a tethering factor for IN, and targets the integration of HIV in actively transcribed gene regions of chromatin. A recently developed class of IN allosteric inhibitors can inhibit the LEDGF-IN interaction. RESULTS: We describe a new series of IN-LEDGF allosteric inhibitors, the most active of which is Mut101. We determined the crystal structure of Mut101 in complex with IN and showed that the compound binds to the LEDGF-binding pocket, promoting conformational changes of IN which explain at the atomic level the allosteric effect of the IN/LEDGF interaction inhibitor on IN functions. In vitro, Mut101 inhibited both IN-LEDGF interaction and IN strand transfer activity while enhancing IN-IN interaction. Time of addition experiments indicated that Mut101 behaved as an integration inhibitor. Mut101 was fully active on HIV-1 mutants resistant to INSTIs and other classes of anti-HIV drugs, indicative that this compound has a new mode of action. However, we found that Mut101 also displayed a more potent antiretroviral activity at a post-integration step. Infectivity of viral particles produced in presence of Mut101 was severely decreased. This latter effect also required the binding of the compound to the LEDGF-binding pocket. CONCLUSION: Mut101 has dual anti-HIV-1 activity, at integration and post-integration steps of the viral replication cycle, by binding to a unique target on IN (the LEDGF-binding pocket). The post-integration block of HIV-1 replication in virus-producer cells is the mechanism by which Mut101 is most active as an antiretroviral. To explain this difference between Mut101 antiretroviral activity at integration and post-integration stages, we propose the following model: LEDGF is a nuclear, chromatin-bound protein that is absent in the cytoplasm. Therefore, LEDGF can outcompete compound binding to IN in the nucleus of target cells lowering its antiretroviral activity at integration, but not in the cytoplasm where post-integration production of infectious viral particles takes place

Preseptal transconjunctival approach to the orbital floor fractures. Surgical technique

Orbital floor fractures may be reached through 2 types of conjunctival approaches, the preseptal one and the retroseptal one. While the retroseptal approach offers a more direct and easier route to the orbital rim and floor, it is associated with a significantly higher rate of lower lid complications compared to the preseptal approach. We will focus on the preseptal transconjunctival approach

Interactions Between Trypanosoma cruzi the Chagas Disease Parasite and Naturally Infected Wild Mepraia Vectors of Chile

Artículo de publicación ISIChagas disease, which ranks among the world's most neglected diseases, is a chronic, systemic, parasitic infection caused by the protozoan Trypanosoma cruzi. Mepraia species are the wild vectors of this parasite in Chile. Host-parasite interactions can occur at several levels, such as co-speciation and ecological host fitting, among others. Thus, we are exploring the interactions between T. cruzi circulating in naturally infected Mepraia species in all areas endemic of Chile. We evaluated T. cruzi infection rates of 27 different haplotypes of the wild Mepraia species and identified their parasite genotypes using minicircle PCR amplification and hybridization tests with genotype-specific DNA probes. Infection rates were lower in northern Chile where Mepraia gajardoi circulates (10-35%); in central Chile, Mepraia spinolai is most abundant, and infection rates varied in space and time (0-55%). T. cruzi discrete typing units (DTUs) TcI, TcII, TcV, and Tc VI were detected. Mixed infections with two or more DTUs are frequently found in highly infected insects. T. cruzi DTUs have distinct, but not exclusive, ecological and epidemiological associations with their hosts. T. cruzi infection rates of M. spinolai were higher than in M. gajardoi, but the presence of mixed infection with more than one T. cruzi DTU was the same. The same T. cruzi DTUs (TcI, TcII, TcV, and TcVI) were found circulating in both vector species, even though TcI was not equally distributed. These results suggest that T. cruzi DTUs are not associated with any of the two genetically related vector species nor with the geographic area. The T. cruzi vectors interactions are discussed in terms of old and recent events. By exploring T. cruzi DTUs present in Mepraia haplotypes and species from northern to central Chile, we open the analysis on these invertebrate host-parasite interactions.FONDECYT-Chil

BRC4Env, le réseau de Centres de Ressources Biologiques agro-environnementales de l’infrastructure AgroBRC-RARe pour vos recherches en écotoxicologie et agroécologie

communication oraleNational audienceLe réseau de Centres de Ressources Biologiques BRC4Env (https://www.brc4env.fr/), collecte, caractérise, conserve et distribue des ressources biologiques (matériel biologique et données associées) agro-environnementales. Ces ressources sont ouvertes à la recherche fondamentale et appliquée mobilisant des ressources prélevées dans l’environnement, pour caractériser l’évolution de sa dynamique, ou pour proposer des solutions de biocontrôle ou de biostimulation. Ces ressources biologiques sont échantillonnées à partir d’écosystèmes naturels et cultivés.BRC4Env regroupe aujourd’hui 4 centres de ressources biologiques (CRBs) labellisés par le GIS Ibisa et 2 CRBs candidats à la labellisation, répartis sur le territoire métropolitain. D’autres collections sont également candidates pour rejoindre le pilier.-Le centre de ressources génétiques de sols GenoSol (Dijon) et le Conservatoire Européen des Echantillons de Sol (Orléans) conservent des ressources génétiques de sols (ADN) et des sols entiers, respectivement. Ces CRBs intervenant notamment dans des programmes nationaux de suivi des qualités abiotiques et biotiques des sols,-La collection de parasitoïdes oophages EP-Coll (Sophia-Antipolis) maintient une collection vivante de trichogrammes pour des programmes de biocontrôle,-La collection d’arthropodes continentaux CoArCol (Montferrier-sur-Lez) comprend des spécimens d’insectes et d’acariens collectés dans le monde entier depuis un siècle, conservés secs, en solution alcoolique ou sous forme d’ADN,-La collection d’écailles et de tissus de poissons Colisa, répartie sur plusieurs sites (Rennes, Thonon les Bains, Saint-Péesur-Nivelle), regroupe des ressources collectées par plusieurs unités de recherche, notamment dans le cadre de programmes d’observation des cours d’eau, en partenariat avec l’Office Français de la Biodiversité,-La collection internationale de gloméromycètes IBG (Dijon) regroupe des cultures vivantes sur des plantes hôtes de champignons mycorrhiziens à arbuscules.BRC4Env rend ces ressources biologiques disponibles pour les chercheurs du monde académique, mais aussi du secteur privé et de la société civile. Ces ressources biologiques sont mobilisables, en particulier, dans le cadre de projets de recherche en écotoxicologie et agroécologie. Quelques exemples sont présentés ci-dessous.-Les extraits d’ADN des sols détenus par Genosol sont utilisés pour évaluer l’impact des activités humaines sur l’abondance, la diversité et la composition des communautés microbiennes et fongiques des sols.-Les échantillons de sols du CEES sont mobilisés dans l’étude de la contamination chimique des sols français. Récemment le Projet Phytosol a permis une meilleure connaissance des teneurs des sols français en résidus de pesticides.-Les écailles de poisson de Colisa peuvent être mobilisées pour le suivi non létal de la contamination chimique des eaux et pour la détermination de leur qualité. Les tissus de poissons sont utilisés par exemple pour développer des approches d’évaluation du statut écologique d’estuaires français.-Les champignons endomycorhiziens à arbuscules sont mobilisés dans des études aux visées agroécologiques destinées à diminuer l’apport d’engrais phosphaté aux cultures et à améliorer la tolérance et la résilience des cultures à différents stress liés au changement climatique. -Les spécimens de coléoptères contenus dans la Collection d’Arthropodes Continentaux sont utilisés dans un programme national comme référence taxonomique pour (i) aider à la création de librairies de barcodes moléculaires et mettre à point un protocole de métabarcoding pour identifier les coléoptères des paysages agricoles, afin de faciliter les futurs efforts de surveillance; (ii) étudier les effets potentiels des pratiques agricoles sur la diversité des plantes et des coléoptères et (iii) caractériser les liens entre la diversité des plantes et des coléoptères, y compris des liens trophiques.BRC4Env (https://doi.org/10.15454/TRBJTB) est un des piliers constitutifs de l'Infrastructure de Recherche nationale « Ressources Agronomiques pour la recherche », AgroBRC-RARe (https://www.agrobrc-rare.org/), co-portée par INRAE, l’IRD et le CIRAD. BRC4Env est également associé à des plateformes analytiques pour la caractérisation des ressources (Biochem-Env, Genosol…), et est en relation avec l’Infrastructure « Analyse et Expérimentation sur les Ecosystèmes » (AnaEE-France, https://www.anaee-france.fr/) pour l’accès aux écosystèmes

BRC4Env, le réseau de Centres de Ressources Biologiques agro-environnementales de l’infrastructure AgroBRC-RARe

International audienceLe réseau de Centres de Ressources Biologiques BRC4Env (https://www.brc4env.fr/), collecte, caractérise, conserve et distribue des ressources biologiques (matériel biologique et données associées) agro-environnementales. Ces ressources sont ouvertes à la recherche fondamentale et appliquée mobilisant des ressources pour caractériser l’environnement et l’évolution de sa dynamique, ou de proposer des solutions de biocontrôle. Ces ressources biologiques sont échantillonnées à partir d’écosystèmes naturels et cultivés. Elles concernent notamment des sols et les ADNs de leurs communautés microbiennes, des tissus ichtyologiques, des arthropodes et acariens, des hyménoptères parasitoïdes et des champignons mycorhiziens à arbuscule. BRC4Env rend ces ressources disponibles pour les chercheurs du monde académique, mais aussi de l'industrie et de la société civile (ONG...). Ces ressources biologiques sont mobilisables dans le cadre de projets de recherche en écotoxicologie et agroécologie.BRC4Env est un des piliers constitutifs de l'Infrastructure de Recherche nationale « Ressources Agronomiques pour la recherche », AgroBRC-RARe (https://www.agrobrc-rare.org/), co-porté par INRAE, l’IRD et le CIRAD

BRC4Env, le réseau de Centres de Ressources Biologiques agro-environnementales de l’infrastructure AgroBRC-RARe pour vos recherches en écotoxicologie et agroécologie

communication oraleNational audienceLe réseau de Centres de Ressources Biologiques BRC4Env (https://www.brc4env.fr/), collecte, caractérise, conserve et distribue des ressources biologiques (matériel biologique et données associées) agro-environnementales. Ces ressources sont ouvertes à la recherche fondamentale et appliquée mobilisant des ressources prélevées dans l’environnement, pour caractériser l’évolution de sa dynamique, ou pour proposer des solutions de biocontrôle ou de biostimulation. Ces ressources biologiques sont échantillonnées à partir d’écosystèmes naturels et cultivés.BRC4Env regroupe aujourd’hui 4 centres de ressources biologiques (CRBs) labellisés par le GIS Ibisa et 2 CRBs candidats à la labellisation, répartis sur le territoire métropolitain. D’autres collections sont également candidates pour rejoindre le pilier.-Le centre de ressources génétiques de sols GenoSol (Dijon) et le Conservatoire Européen des Echantillons de Sol (Orléans) conservent des ressources génétiques de sols (ADN) et des sols entiers, respectivement. Ces CRBs intervenant notamment dans des programmes nationaux de suivi des qualités abiotiques et biotiques des sols,-La collection de parasitoïdes oophages EP-Coll (Sophia-Antipolis) maintient une collection vivante de trichogrammes pour des programmes de biocontrôle,-La collection d’arthropodes continentaux CoArCol (Montferrier-sur-Lez) comprend des spécimens d’insectes et d’acariens collectés dans le monde entier depuis un siècle, conservés secs, en solution alcoolique ou sous forme d’ADN,-La collection d’écailles et de tissus de poissons Colisa, répartie sur plusieurs sites (Rennes, Thonon les Bains, Saint-Péesur-Nivelle), regroupe des ressources collectées par plusieurs unités de recherche, notamment dans le cadre de programmes d’observation des cours d’eau, en partenariat avec l’Office Français de la Biodiversité,-La collection internationale de gloméromycètes IBG (Dijon) regroupe des cultures vivantes sur des plantes hôtes de champignons mycorrhiziens à arbuscules.BRC4Env rend ces ressources biologiques disponibles pour les chercheurs du monde académique, mais aussi du secteur privé et de la société civile. Ces ressources biologiques sont mobilisables, en particulier, dans le cadre de projets de recherche en écotoxicologie et agroécologie. Quelques exemples sont présentés ci-dessous.-Les extraits d’ADN des sols détenus par Genosol sont utilisés pour évaluer l’impact des activités humaines sur l’abondance, la diversité et la composition des communautés microbiennes et fongiques des sols.-Les échantillons de sols du CEES sont mobilisés dans l’étude de la contamination chimique des sols français. Récemment le Projet Phytosol a permis une meilleure connaissance des teneurs des sols français en résidus de pesticides.-Les écailles de poisson de Colisa peuvent être mobilisées pour le suivi non létal de la contamination chimique des eaux et pour la détermination de leur qualité. Les tissus de poissons sont utilisés par exemple pour développer des approches d’évaluation du statut écologique d’estuaires français.-Les champignons endomycorhiziens à arbuscules sont mobilisés dans des études aux visées agroécologiques destinées à diminuer l’apport d’engrais phosphaté aux cultures et à améliorer la tolérance et la résilience des cultures à différents stress liés au changement climatique. -Les spécimens de coléoptères contenus dans la Collection d’Arthropodes Continentaux sont utilisés dans un programme national comme référence taxonomique pour (i) aider à la création de librairies de barcodes moléculaires et mettre à point un protocole de métabarcoding pour identifier les coléoptères des paysages agricoles, afin de faciliter les futurs efforts de surveillance; (ii) étudier les effets potentiels des pratiques agricoles sur la diversité des plantes et des coléoptères et (iii) caractériser les liens entre la diversité des plantes et des coléoptères, y compris des liens trophiques.BRC4Env (https://doi.org/10.15454/TRBJTB) est un des piliers constitutifs de l'Infrastructure de Recherche nationale « Ressources Agronomiques pour la recherche », AgroBRC-RARe (https://www.agrobrc-rare.org/), co-portée par INRAE, l’IRD et le CIRAD. BRC4Env est également associé à des plateformes analytiques pour la caractérisation des ressources (Biochem-Env, Genosol…), et est en relation avec l’Infrastructure « Analyse et Expérimentation sur les Ecosystèmes » (AnaEE-France, https://www.anaee-france.fr/) pour l’accès aux écosystèmes

Ionizing radiation responses appear incidental to desiccation responses in the bdelloid rotifer Adineta vaga

Background: The remarkable resistance to ionizing radiation found in anhydrobiotic organisms, such as some bacteria, tardigrades, and bdelloid rotifers has been hypothesized to be incidental to their desiccation resistance. Both stresses produce reactive oxygen species and cause damage to DNA and other macromolecules. However, this hypothesis has only been investigated in a few species. Results: In this study, we analyzed the transcriptomic response of the bdelloid rotifer Adineta vaga to desiccation and to low- (X-rays) and high- (Fe) LET radiation to highlight the molecular and genetic mechanisms triggered by both stresses. We identified numerous genes encoding antioxidants, but also chaperones, that are constitutively highly expressed, which may contribute to the protection of proteins against oxidative stress during desiccation and ionizing radiation. We also detected a transcriptomic response common to desiccation and ionizing radiation with the over-expression of genes mainly involved in DNA repair and protein modifications but also genes with unknown functions that were bdelloid-specific. A distinct transcriptomic response specific to rehydration was also found, with the over-expression of genes mainly encoding Late Embryogenesis Abundant proteins, specific heat shock proteins, and glucose repressive proteins. Conclusions: These results suggest that the extreme resistance of bdelloid rotifers to radiation might indeed be a consequence of their capacity to resist complete desiccation. This study paves the way to functional genetic experiments on A. vaga targeting promising candidate proteins playing central roles in radiation and desiccation resistance.SCOPUS: ar.jinfo:eu-repo/semantics/publishe

Biocompatible photoresistant far-red emitting, fluorescent polymer probes, with near-infrared two-photon absorption, for living cell and zebrafish embryo imaging.

International audienceExogenous probes with far-red or near-infrared (NIR) two-photon absorption and fluorescence emission are highly desirable for deep tissue imaging while limiting autofluorescence. However, molecular probes exhibiting such properties are often hydrophobic. As an attractive alternative, we synthesized water-soluble polymer probes carrying multiple far-red fluorophores and demonstrated here their potential for live cell and zebrafish embryo imaging. First, at concentrations up to 10 μm, these polymer probes were not cytotoxic. They could efficiently label living HeLa cells, T lymphocytes and neurons at an optimal concentration of 0.5 μm. Moreover, they exhibited a high resistance to photobleaching in usual microscopy conditions. In addition, these polymer probes could be successfully used for in toto labeling and in vivo two-photon microscopy imaging of developing zebrafish embryos, with remarkable properties in terms of biocompatibility, internalization, diffusion, stability and wavelength emission range. The near-infrared two-photon absorption peak at 910 nm is particularly interesting since it does not excite the zebrafish endogenous fluorescence and is likely to enable long-term time-lapse imaging with limited photodamage

Ionizing radiation responses appear incidental to desiccation responses in the bdelloid rotifer Adineta vaga

Abstract Background The remarkable resistance to ionizing radiation found in anhydrobiotic organisms, such as some bacteria, tardigrades, and bdelloid rotifers has been hypothesized to be incidental to their desiccation resistance. Both stresses produce reactive oxygen species and cause damage to DNA and other macromolecules. However, this hypothesis has only been investigated in a few species. Results In this study, we analyzed the transcriptomic response of the bdelloid rotifer Adineta vaga to desiccation and to low- (X-rays) and high- (Fe) LET radiation to highlight the molecular and genetic mechanisms triggered by both stresses. We identified numerous genes encoding antioxidants, but also chaperones, that are constitutively highly expressed, which may contribute to the protection of proteins against oxidative stress during desiccation and ionizing radiation. We also detected a transcriptomic response common to desiccation and ionizing radiation with the over-expression of genes mainly involved in DNA repair and protein modifications but also genes with unknown functions that were bdelloid-specific. A distinct transcriptomic response specific to rehydration was also found, with the over-expression of genes mainly encoding Late Embryogenesis Abundant proteins, specific heat shock proteins, and glucose repressive proteins. Conclusions These results suggest that the extreme resistance of bdelloid rotifers to radiation might indeed be a consequence of their capacity to resist complete desiccation. This study paves the way to functional genetic experiments on A. vaga targeting promising candidate proteins playing central roles in radiation and desiccation resistance