Reporte de un brote de infección por SARS-CoV-2 por transmisión aérea: evidencia epidemiológica y molecular

Introduction: It has been shown that the transmission of SARS-CoV-2 occurs mainly by air, and the risk of infection is greater in closed spaces. Objective: Describe the epidemiology, virology and molecular characterization of a COVID-19 outbreak at a closed vaccination point during the third wave of SARS-CoV-2 in Colombia. Materials and methods: Diagnostic tests, interviews, sampling, cell cultures and viral sequencing were carried out, the latter being molecular characterization and lineage identification. Results: Seven workers were positive for SARS-CoV-2; among these, 3 samples were analyzed, plus an additional sample belonging to the mother of the presumed index case; all samples were identified with lineage B.1.625, with a maximum of 2 nucleotides difference between them. Conclusions: Variant B.1.625 was identified as the cause of the COVID-19 outbreak, and a co-worker was also identified as the index case. Unexpectedly, attending a vaccination day became a risk factor for acquiring the infection.Introducción. Se ha demostrado que la transmisión de SARS-CoV-2 se da principalmente por vía aérea y el riesgo de infección es mayor en espacios cerrados con alta concentración de personas; este último factor se presentó en algunos de los puestos de vacunación de la ciudad de Medellín. Objetivo. Describir la epidemiología, virología y caracterización molecular de un brote de COVID-19 en un punto de vacunación cerrado durante la tercera ola de SARS-CoV-2 en Colombia. Materiales y métodos. Se realizaron test diagnósticos, entrevistas, toma de muestras, aislamiento viral y secuenciación genómica. Con esta última se realizó caracterización molecular e identificación de linaje. Resultados. Siete trabajadores fueron positivos para SARS-CoV-2, y de estos, tres muestras fueron secuenciadas, más una muestra adicional perteneciente a la madre del presunto caso índice. Todas las muestras fueron identificadas con el linaje B.1.625, con un máximo de 2 nucleótidos de diferencia entre ellas. Conclusiones. Se identificó la variante B.1.625 como la causante del brote de COVID-19, y también un compañero de trabajo fue identificado como el caso índice. De forma imprevista, asistir a una jornada de vacunación se convirtió en un factor de riesgo para adquirir la infección

Genetic associations of the vitamin D and antiviral pathways with natural resistance to HIV-1 infection are influenced by interpopulation variability

Vitamin D (VitD) may modulate anti-HIV-1 responses modifying the risk to acquire the HIV-1-infection. We performed a nested case-control exploratory study involving 413 individuals; HIV-1-exposed seropositives (cases) and seronegatives (HESN) (controls) from three cohorts: sexually-exposed from Colombia and Italy and parenterally-exposed from Spain. The association and interactions of 139 variants in 9 VitD pathway genes, and in 14 antiviral genes with resistance/susceptibility (R/S) to HIV-1 infection was evaluated. Associations between variants and mRNA levels were also analyzed in the Colombian samples. Variants and haplotypes in genes of VitD and antiviral pathways were associated with R/S, but specific associations were not reproduced in all cohorts. Allelic heterogeneity could explain such inconsistency since the associations found in all cohorts were consistently in the same genes: VDR and RXRA of the VitD pathway genes and in TLR2 and RNASE4. Remarkably, the multi-locus genotypes (interacting variants) observed in genes of VitD and antiviral pathways were present in most HESNs of all cohorts. Finally, HESNs carrying resistance-associated variants had higher levels of VitD in plasma, of VDR mRNA in blood cells, and of ELAFIN and defensins mRNA in the oral mucosa. In conclusion, despite allelic heterogeneity, most likely due to differences in the genetic history of the populations, the associations were locus dependent suggesting that genes of the VitD pathway might act in concert with antiviral genes modulating the resistance phenotype of the HESNs. Although these associations were significant after permutation test, only haplotype results remained statistically significant after Bonferroni test, requiring further replications in larger cohorts and functional analyzes to validate these conclusions.This work was supported by Departamento administrativo de ciencia, tecnología e innovación de Colombia, COLCIENCIAS (grant no. 111549326091); Universidad de Antioquia UdeA, Colombia (sostenibilidad); Universidad Cooperativa de Colombia (code INV1900); Consejería de Salud de la Junta de Andalucía (PI-0335/2009, PI-0118-2013, PI-0481-2012, and AC-0095-2013), Gilead (GLDL13-00145), the Ministerio de Sanidad (EC11-2086, PI021476, and PI10/01232), the Red de Investigación en SIDA (ISCIII-RETIC RD06/006 and RD12/0017), the Fundación Maratón TV3 (020730 and 020732) and the Universidad de Jaén (UJA2013/10/03 and UJA2013/08/12)

Caracterización inmunológica de un grupo familiar colombiano con infección por SARS-CoV-2

Introduction: Immunological markers have been described during COVID-19 and persist after recovery. These immune markers are associated with clinical features among SARSCoV-2 infected individuals. Nevertheless, studies reporting a comprehensive analysis of the immune changes occurring during SARS-CoV-2 infection are still limited.Objective: To evaluate the production of proinflammatory cytokines, the antibody response, and the phenotype and function of NK cells and T cells in a Colombian family cluster with SARS-CoV-2 infection.Materials and methods: Proinflammatory cytokines were evaluated by RT-PCR and ELISA. The frequency, phenotype, and function of NK cells (cocultures with K562 cells) and T-cells (stimulated with spike/RdRp peptides) were assessed by flow cytometry. Anti-SARS-CoV-2 antibodies were determined using indirect immunofluorescence and plaque reduction neutralization assay.Results: During COVID-19, we observed a high proinflammatory-cytokine production and a reduced CD56bright-NK cell and cytotoxic response. Compared with healthy controls, infected individuals had a higher frequency of dysfunctional CD8+ T cells CD38+HLA-DR-. During the acute phase, CD8+ T cells stimulated with viral peptides exhibited a monofunctional response characterized by high IL-10 production. However, during recovery, we observed a bifunctional response characterized by the co-expression of CD107a and granzyme B or perforin.Conclusion: Although the proinflammatory response is a hallmark of SARS-CoV-2 infection, other phenotypic and functional alterations in NK cells and CD8+ T cells couldbe associated with the outcome of COVID-19. However, additional studies are required to understand these alterations and to guide future immunotherapy strategies.Introducción. Se han descrito diferentes marcadores inmunológicos durante la COVID-19, los cuales persisten incluso después de la convalecencia y se asocian con los estadios clínicos de la infección. Sin embargo, aún son pocos los estudios orientados al análisis exhaustivo de las alteraciones del sistema inmunológico en el curso de la infección.Objetivo. Evaluar la producción de citocinas proinflamatorias, la reacción de anticuerpos, y el fenotipo y la función de las células NK y los linfocitos T en una familia colombiana con infección por SARS-CoV-2.Materiales y métodos. Se evaluaron las citocinas proinflamatorias mediante RT-PCR y ELISA; la frecuencia, el fenotipo y la función de las células NK (en cocultivos con células K562) y linfocitos T CD8+ (estimulados con péptidos spike/RdRp) mediante citometría de flujo, y los anticuerpos anti-SARS-CoV-2, mediante inmunofluorescencia indirecta y prueba de neutralización por reducción de placa.Resultados. Durante la COVID-19 hubo una producción elevada de citocinas proinflamatorias, con disminución de las células NK CD56bright y reacción citotóxica. Comparados con los controles sanos, los individuos infectados presentaron con gran frecuencia linfocitos T CD8+ disfuncionales CD38+HLA-DR-. Además, en los linfocitos T CD8+ estimulados con péptidos virales, predominó una reacción monofuncional con gran producción de IL-10 durante la fase aguda y una reacción bifuncional caracterizada por la coexpresión de CD107a y granzima B o perforina durante la convalecencia.Conclusión. Aunque la reacción inflamatoria caracteriza la infección por SARS-CoV-2, hay otras alteraciones fenotípicas y funcionales en células NK y linfocitos T CD8+ que podrían asociarse con la progresión de la infección. Se requieren estudios adicionales para entender estas alteraciones y guiar futuras estrategias de inmunoterapia

High expression of antiviral proteins in mucosa from individuals exhibiting resistance to human immunodeficiency virus

ABSTARCT: Several soluble factors have been reported to have the capacity of inhibiting HIV replication at different steps of the virus life cycle, without eliminating infected cells and through enhancement of specific cellular mechanisms. Yet, it is unclear if these antiviral factors play a role in the protection from HIV infection or in the control of viral replication. Here we evaluated two cohorts: i) one of 58 HIV-exposed seronegative individuals (HESNs) who were compared with 59 healthy controls (HCs), and ii) another of 13 HIV-controllers who were compared with 20 HIV-progressors. Peripheral blood, oral and genital mucosa and gut-associated lymphoid tissue (GALT) samples were obtained to analyze the mRNA expression of ELAFIN, APOBEC3G, SAMHD1, TRIM5α, RNase 7 and SerpinA1 using real-time PCR. RESULTS: HESNs exhibited higher expression of all antiviral factors in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), oral or genital mucosa when compared with HCs. Furthermore, HIV-controllers exhibited higher levels of SerpinA1 in GALT. CONCLUSIONS: These findings suggest that the activity of these factors is compartmentalized and that these proteins have a predominant role depending on the tissue to avoid the infection, reduce the viral load and modulate the susceptibility to HIV infection

High transcript levels of vitamin D receptor are correlated with higher mRNA expression of human beta defensins and IL-10 in mucosa of HIV-1-exposed seronegative individuals

RESUMEN: La vitamina D (VitD) es un inmunomodulador endógena que podría proteger de la infección por VIH-1 la reducción de la activación inmune y la inducción de la expresión de VIH-1 anti-péptidos. Para establecer una correlación entre VitD y resistencia natural a la infección VIH-1, un estudio de casos y controles utilizando sangre y mucosa muestras de 58 VIH-1 expuesto, pero seronegativos (HESN) individuos , 43 VIH-1 seropositivos (SP) y 59 no controles sanos -exposed (HCS) se llevó a cabo. La concentración VitD en el plasma se determinó por ELISA, y de ARNm de unidades relativas (RU) de VDR, IL-10 , TGF-β, TNF-α e IL-1β en las células mononucleares de sangre periférica (PBMCs), oral y genital mucosa se cuantificó por QRT-PCR. mRNA niveles de humana beta -defensin (HBD) -2 y -3 se informó anteriormente y utilizados para correlaciones. Significativamente más altos niveles de VitD se encontraron en plasma, así como mayor mRNA RU de VDR en PBMCs, y en genital mucosa de HESN en comparación con HC. Además, superior mRNA RU de TNF-α, IL-1β y IL-10 , e inferior mRNA RU de TGF-β se encontraron en PBMC de HESNs en comparación con HC. También se observó mayor IL-10 mRNA RU en genital mucosa de HESNs en comparación con HC, y los ARNm de los niveles de TNF-α en oral y genital mucosa de SPs estábamos más alta en comparación con HESNs. Por otra parte, las correlaciones positivas entre VDR y la IL-10 mRNA RU en PBMCs y genital mucosa encontrados de HESNs. Por último, HBD-2 y HBD-3 ARNm RU fueron positivamente correlacionadas con VDR mRNA expresión en forma oral mucosa de HESNs. Estos resultados sugieren que los altos niveles de VitD y su receptor están asociadas con resistencia natural a la infección por VIH-1. Sobre regulación de los anti-inflamatoria IL-10 , y la inducción de anti-VIH-1 defensinas en la mucosa podría ser parte de los mecanismos implicados en esta asociación. Sin embargo, se necesitan más estudios para definir las asociaciones causales.ABSTRACT: Vitamin D (VitD) is an endogenous immunomodulator that could protect from HIV-1 infection reducing immune activation and inducing the expression of anti-HIV-1 peptides. To establish a correlation between VitD and natural resistance to HIV-1 infection, a case-control study using blood and mucosa samples of 58 HIV-1-exposed but seronegative (HESN) individuals, 43 HIV-1 seropositives (SPs) and 59 non-exposed healthy controls (HCs) was carried out. The VitD concentration in plasma was determined by ELISA, and mRNA relative units (RU) of VDR, IL-10, TGF-β, TNF-α and IL-1β in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), oral and genital mucosa was quantified by qRT-PCR. mRNA levels of human beta-defensin (HBD) -2 and -3 were previously reported and used for correlations. Significantly higher levels of VitD were found in plasma as well as higher mRNA RU of VDR in PBMCs, and in genital mucosa from HESN compared to HCs. In addition, higher mRNA RU of TNF-α, IL-1β and IL-10, and lower mRNA RU of TGF-β were found in PBMC from HESNs compared to HCs. We also observed higher IL-10 mRNA RU in genital mucosa of HESNs compared to HCs, and the mRNA levels of TNF-α in oral and genital mucosa of SPs were higher compared to HESNs. Furthermore, positive correlations between VDR and IL-10 mRNA RU in PBMCs and genital mucosa of HESNs were found. Finally, HBD-2 and HBD-3 mRNA RU were positively correlated with VDR mRNA expression in oral mucosa from HESNs. These results suggest that high levels of VitD and its receptor are associated with natural resistance to HIV-1 infection. Up-regulation of the anti-inflammatory IL-10, and the induction of anti-HIV-1 defensins in mucosa might be part of the mechanisms involved in this association. However, further studies are required to define causal associations

Participación de las células Th17 en la patogenia de la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana de tipo 1 Th17 cells involvement in the pathogenesis of the human immunodeficiency virus type 1

La infección por el VIH-1 se caracteriza por la eliminación de linfocitos T CD4+, particularmente en la mucosa gastrointestinal, que favorece la traslocación microbiana y la hiperactivación inmunitaria, principal mecanismo patogénico en esta infección. Las células Th17 son una subpoblación proinflamatoria de linfocitos CD4+, que producen IL-17, IL-21 e IL-22, y son importantes en la respuesta antimicrobiana, principalmente en el sistema gastrointestinal, donde promueven la restauración de la mucosa. Aunque su eliminación se ha asociado con progresión de la infección por el VIH-1 y por el virus de la inmunodeficiencia de los simios, y han sido descritas como deletérea en autoinmunidad. Su papel en la patogenia de la infección por el VIH-1 no está claramente establecido. Considerando su capacidad funcional, las células Th17 podrían tener un impacto dual, dependiendo de la fase de la infección en que se encuentre el individuo. Actualmente, hay más información que sugiere que estas células tienen un papel benéfico al promover la recuperación de la mucosa intestinal y disminuir la traslocación microbiana, así como la hiperactivación inmunitaria. Sin embargo, su papel patogénico, particularmente promoviendo la replicación viral mediante la producción de citocinas proinflamatorias, no debe descartarse. En esta revisión, se presentan los datos científicos disponibles del efecto de las células Th17 en la patogenia de la infección por el VIH-1.<br>HIV-1 infection is characterized by a gradual decrease of the immunological competence and a massive depletion of CD4+ T cells, particularly in gut-associated lymphoid tissue, which leads to microbial translocation, contributing to immune hyperactivation, the main pathogenic mechanism during HIV-1 infection. Th17 cells are a proinflammatory CD4+ T cell subset, which produce IL-17, IL-21 and IL-22 and play a pivotal role in host defense, mainly in the gastrointestinal tissue, where they promote antimicrobial responses and gut mucosa restoration. Although Th17 depletion is a hallmark of the progression of the simian and human immunodeficiency viral infections and they have been involved in the pathogenic process in some autoimmune diseases, the role of these cells during HIV-1 infection is not completely understood. Considering their functional potential, Th17 cells could have a dual role, depending on the stage of HIV infection a patient has reached. Currently, most evidence suggests that Th17 cells have a beneficial role by promoting gut mucosa recovery, preventing microbial translocation and decreasing immune hyperactivation. However, the pathogenic role of these cells, particularly, increasing viral replication through the production of inflammatory cytokines should not be ruled out. In this review, scientific evidence regarding the role of Th17 on the pathogenesis of HIV infection is discussed

Expresión diferencial en placenta de beta-defensinas humanas y detección de variantes alélicas en el gen DEFB1 de madres positivas para VIH-1

Introduction. Low infection rates in neonates born to HIV-1-seropositive mothers highlight the existence of natural defense mechanisms in the maternal-fetal interface. Human beta defensins (HBDs) inhibit HIV-1 replication in vitro and their variants are associated with HIV-1 resistance/susceptibility.Objective. Levels of HBD mRNA expression in placentas were obtained from seropositive and healthy mothers to determine whether HIV-1 infection induces anti-viral factors.Materials and methods. HBD-1, -2 and -3 transcripts were quantified by real time RT-PCR, and A692G/G1654A/A1836G variants in the DEFB1 gene were evaluated by sequencing.Results. Transcript levels of HBD-1 were significantly higher, and those of HBD-3 were lower in placenta from seropositive mothers compared to controls. Additionally, simultaneous presence of the A692G A/G and A1836G G/G genotypes was associated with high expression of HBD-1 in all populations and the A692G variant in babies born to seropositive mothers was in Hardy-Weinberg disequilibrium.Conclusion. Contrasting results in levels of HBDs were probably due to viral stimuli and suggest that HIV-1 induce a differential expression of HBDs in placenta and these proteins could be involved in protecting against HIV-1 at least early in pregnancy. However, it was not possible to associate these findings directly with protection against HIV-1 vertical transmission since none of the newborn infants became infected.Introducción. Las bajas tasas de infección en neonatos nacidos de madres seropositivas para el VIH-1 resaltan la existencia de mecanismos de defensa natural en la interfase materno-fetal. Las beta-defensinas humanas inhiben la replicación del VIH-1 in vitro y sus polimorfismos están asociados con la resistencia o susceptibilidad al VIH-1.Objetivo. Comparar los niveles de expresión de ARNm de beta-defensinas humanas en placentas de madres seropositivas y en seronegativas para determinar si la infección por VIH-1 induce factores antivirales que pudieran proteger a los bebés de la transmisión del VIH-1.Materiales y métodos. Los transcritos de HBD-1, 2 y 3 se cuantificaron por PCR en tiempo real y las variantes A692G/G1654A/A1836G del gen DEFB1 se evaluaron por secuenciación.Resultados. Los niveles de transcritos de HBD-1 fueron significativamente mayores, y los de HBD-3 fueron menores en placentas de madres seropositivas en comparación con los controles. Además, la presencia simultánea de los genotipos A692G A/G y A1836G G/G se asoció con alta expresión de HBD-1 en toda la población estudiada y la variante A692G estuvo en desequilibrio de Hardy-Weinberg en los bebés nacidos de madres seropositivas.Conclusión. Los resultados contrastantes de los niveles de HBD se deben, probablemente, a estímulos virales y sugieren que el VIH-1 induce una expresión diferencial de beta-defensinas humanas en placenta y que estas proteínas podrían estar involucradas en la protección contra el VIH-1, al menos, en las etapas tempranas del embarazo. Sin embargo, no fue posible asociar estos hallazgos con la protección contra la transmisión vertical del VIH-1, puesto que ninguno de los bebés adquirió la infección

Differential expression of human beta defensins in placenta and detection of allelic variants in the DEFB1 gene from HIV-1 positive mothers.

Low infection rates in neonates born to HIV-1-seropositive mothers highlight the existence of natural defense mechanisms in the maternal-fetal interface. Human beta defensins (HBDs) inhibit HIV-1 replication in vitro and their variants are associated with HIV-1 resistance/susceptibility.0000-0002-7351-8738wildeman.zapatab@campusucc.edu.c

Participación de la vitamina D en la patogénesis de la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1

ResumenLa vitamina D (VitD), además de su papel en el metabolismo mineral, tiene funciones inmunomoduladoras y podría participar activamente en la fisiopatogénesis de la infección por el VIH-1; sin embargo, la evidencia científica en este campo es limitada y controvertida. La VitD tiene propiedades antiinflamatorias que podrían disminuir la hiperactivación inmunológica, reduciendo el daño asociado a este fenómeno; además, promueve la expresión de péptidos con actividad anti-VIH-1, sustentando su papel protector. En contraste, la VitD activa el promotor del VIH-1 y podría potenciar la replicación del virus; adicionalmente, algunas variantes alélicas en el gen del receptor de la VitD, que aumentan su función, se han asociado con susceptibilidad al VIH-1.Esta revisión presenta evidencia científica sobre el efecto de la vía de la VitD en la patogénesis de la infección por el VIH-1, dada las implicaciones de este tópico en la identificación de nuevos blancos terapéuticos en esta infección.AbstractBeyond its role in mineral metabolism, vitamin D (VitD) has immunomodulatory functions and can actively participate in the physiopathogenesis of HIV-1 infection; however, scientific evidence in this field is limited and controversial. VitD has anti-inflammatory properties that can reduce immune hyperactivation, decreasing the damage associated with this phenomenon. It also promotes the expression of antimicrobial peptides with anti-HIV-1 activity, supporting its protective role. In contrast, VitD activates the HIV-1 promoter and can increase viral replication. Furthermore, a number of allelic variants in the vitamin D receptor gene, which increase its function, have been associated with susceptibility to HIV-1 infection. Given the implications of this topic for the identification of new therapeutic targets in HIV infection, this review presents scientific evidence on the effect of the VitD pathway in HIV-1 pathogenesis

Antiviral molecules correlate with vitamin D pathway genes and are associated with natural resistance to HIV-1 infection

The relationship between the immunomodulatory effects of Vitamin D (VitD) and the expression of anti-HIV-1 molecules has not been explored in HIV-1-exposed seronegative individuals (HESNs). Higher mRNA levels of cathelicidin and HAD-4 in oral-mucosa and peripheralblood, along with higher CYP24A1 mRNA in vaginal-mucosa and lower TLR2 mRNA in endocervical-mucosa were found in HESNs compared to non-exposed controls. Furthermore, the mRNA of anti-HIV molecules Elafin, TRIM5, Cathelicidin, HAD-4 and RNase7, previously associated with natural resistance to HIV-1 infection, positively correlated with the mRNA expression of VDR in HESNs, suggesting the potential participation of VitD in natural resistance to [email protected]