Investigating Hfq-Mrna Interactions In Bacteria

Regulatory RNAs (sRNAs) are essential for bacteria to thrive in diverse environments and they also play a key role in virulence [11]. Trans-sRNAs affect the stability and/or translation of their target mRNAs through complementary base-pairing. The base-pairing interaction is not perfect and requires the action of an RNA binding protein, Hfq. Hfq facilitates these RNA-RNA interactions by stabilizing duplex formation, aiding in structural rearrangements, increasing the rate of structural opening, and/or by increasing the rate of annealing [18-21]. Hfq has two well characterized binding surfaces: the proximal surface, which binds AU rich stretches typical of sRNAs, and the distal surface, which binds (ARN)x motifs typically found in target mRNAs [30, 33, 36]. Studies on Hfq-RNA interactions have focused largely on sRNAs until the more recent discovery of an (ARN)x motif within the 5\u27UTR of target mRNAs[36, 37]. The importance of this motif in facilitating Hfq-mRNA binding and its requirement for regulation of a couple well known target mRNAs led us to further characterize the motif in the work described in this thesis. We performed bioinformatic and in vitro analyses to investigate the prevalence, location, structural contexts, and Hfq-binding of (ARN)x motifs in known target mRNAs. We found that the known targets contain single stranded (ARN)x sequences in their 5\u27UTRs that bind to Hfq. Two predominant structural contexts of the single stranded (ARN)x motifs became clear: they were either flanked by stem loop structures or within a loop of an internal bulge, multi-branch junction or hairpin. The key features of the motifs were then used as a bioinformatic tool on a genome wide scale to identify mRNAs that might bind to Hfq. We found that 21% of mRNAs have a suitable (ARN)x motif and therefore likely bind to Hfq. Messages that bind to Hfq may be novel sRNA targets so we investigated this possibility using an in vivo reporter assay and found that 63% of the mRNAs tested are regulated by a specific sRNA. The novel targets are involved in pathways including iron salvage, biofilm formation, and amino acid metabolism. Overall, we defined key features of (ARN)x motifs and were able to use those to predict novel target mRNAs in E. coli. This approach is efficient, effective and adaptable other bacterial species

Noves aproximacions per a l'estudi del sistema HLA : de la tipificació dels loci HLA basada en la PCR a temps real al desenvolupament de tetràmers de classe II /

Consultable des del TDXTítol obtingut de la portada digitalitzadaEl Complex Principal de Histocompatibilitat (MHC) és la regió gènica que conté els loci més polimòrfics del genoma. Aquests loci estan implicats en els mecanismes de presentació antigènica als limfòcits T, defineixen la resposta immunitària en general, incloent-hi la histocompatibilitat entre donant i receptor en els trasplantaments d'òrgans. Tot i que existeixen diverses tècniques aplicades a la tipificació dels polimorfismes del MHC i a l'anàlisi de la funcionalitat d'aquestes molècules, les més utilitzades en els laboratoris d'histocompatibilitat presenten encara limitacions i són millorables. En aquest sentit aquesta tesi doctoral descriu la utilització de la PCR a temps real amb sondes d'hibridació com a metodologia per a millorar la tipificació dels loci HLA. En primer lloc s'ha desenvolupat una tècnica de tipificació basada en la PCR a temps real per la família al·lèlica HLA-B27. L'aproximació desenvolupada es basa en tres reaccions amb sondes d'hibridació FRET que permeten donar una resolució mitja-alta dels al·lels HLA-B27 en la població caucàsica, alhora que discriminen els al·lels no associats amb la Espondilitis Anquilopoiètica. Després d'haver comprovat la validesa de la metodologia de tipificació per PCR a temps real amb sondes FRET en una família HLA de polimorfisme reduït, s'ha desenvolupat una aproximació per a la tipificació de baixa resolució del locus HLA-B, el més polimòrfic de tots els loci HLA, basada en la mateixa metodologia. En tercer lloc s'ha comparat la utilització de les sondes de tipus FRET en front a les sondes de tipus Taqman per a la tipificació HLA, i per això s'ha desenvolupat un sistema per a la tipificació del locus de classe II HLA-DR amb aquesta segona metodologia de sondes. Les metodologies de tipificació basades en la PCR a temps real que s'han desenvolupat comparades amb les tècniques de tipificació basades en el DNA tradicionals, comporten diverses avantatges, les principals són en quant a temps total necessari per a realitzar la tècnica i eliminació de passos de processat post PCR. D'altre banda, la comparació de les tres aproximacions de tipificació per PCR a temps real desenvolupades ha demostrat que per a la resolució del polimorfisme HLA són més valides les sondes FRET. Per a millorar les tècniques d'anàlisi de la funcionalitat de les molècules HLA, en la present tesi doctoral s'han elaborat tetràmers de classe II dels loci no clàssics de DRB, en concret dels dos al·lels més freqüents de DRB3. L'aplicació d'aquesta metodologia ha permès millorar les eines disponibles per a l'estudi de la funcionalitat dels denominats loci secundaris de DRB, alhora que també ha permès valorar la magnitud de la resposta cel·lular T CD4+ que reconeix antígens en el context d'aquestes molècules, posant de manifest la rellevància d'aquest locus en la presentació antigènica.The Major Histocompatibility Complex (MHC) is the genetic region that contains the loci more polymorphic of the genome. These loci are involved in the antigenic presentation to the T lymphocytes, defining in general the immune response and specifically including the histocompatibility between donor and acceptor in organ transplantation. There are different techniques that are used for typing the polymorphism of the MHC and also for the analysis of the functionality of these molecules. But the main techniques used for typing in Histocompatibility laboratories have still some limitations that can be solved. In reference to this point this thesis describes the usage of real time PCR with hybridization probes as an assay to be used for HLA typing. As a first approach to prove the validity of the methodology, an HLA-B27 typing assay by real time PCR with FRET probes has been optimized. The described HLA-B27 typing protocol uses three reactions with FRET probes that can achieve a medium-high resolution of the alleles in the Caucasoid population, at the same time alleles non associated with Spondylarthropathies are differentiated. After proving the validity of the real time PCR with FRET probes for a reduced HLA polymorphism, an approach based in the same methodology for typing of the HLA-B locus with a low-medium resolution has been developed. In third place, for HLA typing resolution the usage of the FRET probes has been compared to the usage of Taqman probes. With this aim a typing approach for the HLA-DRB locus with Taqman probes has been developed. The typing methodologies based on real time PCR that have been developed show several advantages when compared to the traditional DNA based typing techniques, the main are on reference to the time required for the developing of the assays and to the elimination of all post-PCR steps. At the same time the evaluation of the three described typing techniques has shown that FRET probes work better to solve the HLA polymorphism. In this thesis MHC class II tetramers have been developed to improve the tools for the functional study of the non classical HLA-DRB loci, concretely of the more frequent alleles of DRB3. This methodology allowed the evaluation of the T CD4+ cell response that recognizes antigens in the context of these HLA molecules, showing the relevancy of this locus in the antigenic presentation

Global lung health: the dangers of mild lung function impairment

The relationship between low lung function and increased mortality risk, especially in the context of ageing and exposure to noxious particles and gases, was established several decades ago. However, it was not until recently that low peak lung function in early adulthood (and thus the vital lung function trajectory that followed, independently of the ageing process) was associated with an increased prevalence, and about a decade earlier incidence, of respiratory and cardiovascular abnormalities, as well as premature death

La Badalona, històries en femení

La Badalona, històries en femení és el resultat d’un procés de col·laboració amb un grup de 15 ones migrades de diferents països i que ara comparteixen un mateix context: els barris de la Salut i voltants de Badalona. Un projecte pràctic en el qual el disseny es presenta com a eina mediadora a la recerca de canvis i reaccions. El projecte s’ha articulat al voltant d’aquest grup de 15 dones, membres de la Fundació Salut Alta de Badalona on reben formació de la llengua alhora que acompanyament i suport. En aquest marc, s’ha dut a terme un procés conjunt de recerca i dinàmiques per a detectar unes necessitats reals i sinceres que puguin ser resoltes mitjançant les competències que ens aporta l’eina del disseny. Al llarg del procés s’han anat tractant competències com la identitat, la presa de decisions, la mirada crítica... sempre en relació amb l’entorn, i defensant el dret de pertinença i de sentir-se com a casa. Tot aquest procés s’ha transformant finalment, en una oportunitat de disseny que ha pres forma de campanya a nivell de carrer. Una gest activista des de les dones cap al barri amb la intenció de visibilitzar i empoderar aquest col·lectiu alhora que humanitzar el barri i buscar una mirada més positiva, o si més no, diferent, vers aquest.La Badalona, històries en femení es el resultado de un proceso de colaboración con un grupo de 15 mujeres migradas de diferentes países y que ahora comparten un mismo contexto: los barrios de la Salud y alrededores de Badalona. Un proyecto práctico en el que el diseño se presenta como una erramienta mediadora en busca de cambios y reacciones. El proyecto se ha articulado en torno a este grupo de 15 mujeres, miembros de la Fundación Salut Alta de Badalona donde reciben formación de la lengua a la vez que acompañamiento y apoyo. En este marco, se ha llevado a cabo un proceso conjunto de investigación y dinámicas para detectar unas necesidades reales y sinceras que puedan ser resueltas mediante las competencias que nos aporta la herramienta del diseño. A lo largo del proceso se han ido tratando competencias como la identidad, la toma de decisiones, la mirada crítica... siempre en relación con el entorno, defendiendo el derecho de pertenencia y de sentirse como en casa. Todo este proceso se ha transformado finalmente en una oportunidad de diseño que ha tomado forma de campaña a nivel de calle. Un gesto activista desde las mujeres hacia el barrio con la intención de visibilizar y empoderar a este colectivo a la vez que humanizar el barrio y buscar una mirada más positiva, o al menos, diferente, hacia esta comunidad.La Badalona, històries en femení is the result of a collaborative process with a group of 15 migrated women from different countries and who now share the same context: the neighbourhoods of La Salud and the surroundings of Badalona. A practical project in which the design is presented as a mediating tool in search of changes and reactions. The project has been organized around this group of 15 women, members of the Fundació Salut Alta of Badalona where they receive language classes as well as accompaniment and support. In this context, it has been carried out a common process of investigation and dynamics to detect real and sincere needs that can be solved through the competences that the design tool provides us. During the process, skills such as identity, decision-making and critical view were treated, always in relation to the context, defending the right to belong and feel like at home. Finally, this entire process has been transformed into a design opportunity that has taken the form of a street campaign. An activist gesture from women towards the neighbourhood with the intention of making this collective more visible and empowered, while humanizing the district and seeking a more positive of this community

Nou mòdul de gestió de continguts i millora interna per a l'eina de gestió de congressos de CIMNE

El projecte serveix per poder desenvolupar i fer el manteniment de les pàgines web per a congressos. El mòdul s'ha integrat dins un sistema que va ser desenvolupat anteriorment per CIMNE per tal de portar tota la gestió dels congressos i d'aquesta manera s'ha millorat

Análisis e innovación en vivienda colectiva contemporánea

L'aproximació d'aquest treball a l'habitatge col·lectiu no és completa ni universal, sinó que es basa a realitzar una diagnosi de les necessitats actuals dels habitatges i una anàlisi de diversos mecanismes recents, com poden ser llibres o exposicions, per a detectar els reptes als quals s'enfronta l'habitatge contemporani a Espanya. El present estudi busca desenvolupar una observació i diagnosi sobre les principals fites socials i culturals, ocorreguts a Espanya en les dues últimes dècades, que han afectat d'alguna manera l'habitatge del nostre país (moviments ciutadans, l'evolució d'aquests, factors externs que afecten a aquestes, canvis en l'hàbits de la societat, etc.) i que obliguen a revisar o replantejar la manera de construir aquests habitatges. De manera anàloga, es realitza un estat de la qüestió sobre l'habitatge actual, que tingui en compte la forta evolució que la societat i el país ha sofert en els últims anys. Desxifrar la situació actual dels habitatges col·lectius i descobrir quals són els factors del context històric i arquitectònic que més influeixen en elles. Per tant, el seu principal objectiu és, a través d'una observació de les principals mancances i necessitats de l'habitatge, i una recerca de diversos mecanismes (els casos d'estudi), trobar uns nous estàndards d'habitatge o uns nous reptes que hauran d'incloure's als habitatges del futur perquè aquestes s'adeqüin a les noves condicions i als canvis de l'inici de segle. Finalment, els resultats de l'estudi reflecteixen i demostren la complexitat i el caràcter holístic del tema de l'habitatge col·lectiu i aporten unes possibles solucions a aquests nous paradigmes.La aproximación de este trabajo a la vivienda colectiva no es completa ni universal, sino que se basa en realizar una diagnosis de las necesidades actuales de las viviendas y un análisis de diversos mecanismos recientes, como pueden ser libros o exposiciones, para detectar los retos a los que se enfrenta la vivienda contemporánea en España. El presente estudio busca desarrollar una observación y diagnosis sobre los principales hitos sociales y culturales, ocurridos en España en las dos últimas décadas, que han afectado de alguna manera a la vivienda de nuestro país (movimientos ciudadanos, la evolución de estos, factores externos que afectan a las mismas, cambios en lo hábitos de la sociedad, etc.) y que obligan a revisar o replantear la forma de construir dichas viviendas. De manera análoga, se realiza un estado de la cuestión sobre la vivienda actual, que tenga en cuenta la fuerte evolución que la sociedad y el país ha sufrido en los últimos años. Descifrar la situación actual de las viviendas colectivas y descubrir cuales son los factores del contexto histórico y arquitectónico que más influyen en ellas. Por lo tanto, su principal objetivo es, a través de una observación de las principales carencias y necesidades de la vivienda, y una investigación de diversos mecanismos (los casos de estudio), encontrar unos nuevos estándares de vivienda o unos nuevos retos que deberán incluirse a las viviendas del futuro para que estas se adecuen a las nuevas condiciones y a los cambios del inicio de siglo. Finalmente, los resultados del estudio reflejan y demuestran la complejidad y el carácter holístico del tema de la vivienda colectiva y aportan unas posibles soluciones a estos nuevos paradigmas.The approach of this work to collective housing is neither complete nor universal, but is based on a diagnosis of current housing needs and an analysis of various recent mechanisms, such as books or exhibitions, in order to detect the challenges facing contemporary housing in Spain. This study seeks to develop an observation and diagnosis of the main social and cultural milestones that have occurred in Spain in the last two decades and that have affected housing in our country in some way (citizens’ movements, their evolution, external factors that affect them, changes in society’s habits, etc.) and that force us to revise or rethink the way housing is built. Similarly, a state of the question on current housing is carried out, taking into account the strong evolution that society and the country have undergone in recent years. To decipher the current situation of collective housing and to discover which are the factors of the historical and architectural context that most influence it. Therefore, its main objective is, through an observation of the main shortcomings and needs of housing, and an investigation of various mechanisms (three case studies), to find new housing standards or new challenges that should be included in the housing of the future so that it can adapt to the new conditions and changes at the beginning of the century. Finally, the results of the study reflect and demonstrate the complexity and holistic nature of the collective housing issue and provide possible solutions to these new paradigms

Evaluación del estado nutricional a escolares matriculados en las entidades educativas públicas de la ciudad de Medellín.

Se presenta alta incidencia y prevalencia de casos de malnutrición en la población infantil de la ciudad de Medellín. El estado nutricional es el resultado del balance entre las necesidades nutricionales y el consumo de alimentos, por lo que las manifestaciones más tempranas de un desbalance se pueden evaluar a través de los cambios que se presentan en el peso de los individuos. Es por ello que la antropometría se convierte en una herramienta indispensable para la vigilancia del estado nutricional y la detección temprana del riesgo de malnutrición, ya sea por exceso o por déficit. Es importante realizar la evaluación y seguimiento periódico del estado nutricional de la población, específicamente en la primera infancia, dado que es un indicador de calidad de vida de las poblaciones, en cuanto determina el desarrollo físico, intelectual y emocional de los individuos, íntimamente relacionados con su estado de salud y factores alimentarios, socioeconómicos, ambientales y culturales, entre otros. Para ello en el presente trabajo se presenta una propuesta para establecer la metodología orientada a realizar las valoraciones nutricionales de los niños, niñas y adolescentes mayores de 5 años y menores de 18 años.Corporación Universitaria Minuto de Dios

Cellular Senescence in Lung Fibrosis

Fibrosing interstitial lung diseases (ILDs) are chronic and ultimately fatal age-related lung diseases characterized by the progressive and irreversible accumulation of scar tissue in the lung parenchyma. Over the past years, significant progress has been made in our incomplete understanding of the pathobiology underlying fibrosing ILDs, in particular in relation to diverse age-related processes and cell perturbations that seem to lead to maladaptation to stress and susceptibility to lung fibrosis. Growing evidence suggests that a specific biological phenomenon known as cellular senescence plays an important role in the initiation and progression of pulmonary fibrosis. Cellular senescence is defined as a cell fate decision caused by the accumulation of unrepairable cellular damage and is characterized by an abundant pro-inflammatory and pro-fibrotic secretome. The senescence response has been widely recognized as a beneficial physiological mechanism during development and in tumour suppression. However, recent evidence strengthens the idea that it also drives degenerative processes such as lung fibrosis, most likely by promoting molecular and cellular changes in chronic fibrosing processes. Here, we review how cellular senescence may contribute to lung fibrosis pathobiology, and we highlight current and emerging therapeutic approaches to treat fibrosing ILDs by targeting cellular senescence

Avances en el desarrollo tecnológico de especies ornamentales nativas: los casos de glandularia y solidago.

La incorporación de especies nativas al mercado ornamental es importante para aumentar la competitividad del mismo. Un número importante de éstas provienen de germoplasma de nuestro país, sin mayores beneficios para el mismo, dada su escasa explotación. El sector de plantas ornamentales depende de variedades desarrolladas en el exterior, lo que implica el pago de regalías inclusive para el caso de variedades derivadas de especies nativas argentinas. Las poblaciones naturales de Glandularia y Solidago poseen amplia variabilidad, la cual permite seleccionar individuos con caracteres de alto valor ornamental. Se ha avanzado en la puesta en marcha de un plan de mejoramiento, que permita disponer de clones adaptados a las distintas condiciones de nuestro país, y que posean las cualidades estéticas acordes al mercado consumidor. Los objetivos del presente proyecto serán lograr avances en la obtención de variedades ornamentales a partir de especies nativas a través de la selección de genotipos superiores, hibridaciones interespecíficas y poliploidización en Glandularia y la caracterización y selección de clones superiores y/o noveles en Solidago. La metodología para lograr dichos objetivos será: recolección de germoplasma en zonas de distribución, identificación taxonómica, domesticación, caracterización y uso de técnicas de mejoramiento genético clásico. Los resultados obtenidos permitirán determinar la aptitud combinatoria de las especies del género Glandularia, como así también se podrán identificar las barreras a la hibridación interespecífica (pre o post cigóticas). Estos conocimientos resultan básicos e indispensables en el momento de establecer estrategias racionales para la superación de las barreras a la hibridación. En el género Solidago, los resultados obtenidos permitirán avanzar sobre la base genética existente como para establecer los lineamientos necesarios para el logro de nuevas variedades ornamentales.A partir de este proyecto, se podrá disponer de material con distintos grados de desarrollo: colecciones de los géneros Glandularia y Solidago caracterizadas, domesticadas y materiales avanzados en el mejoramiento. Estos productos contribuirán al mayor conocimiento de la flora nativa ornamental, colaborarán con la sustentabilidad del sistema agroecológico, permitirán la formación de recursos humanos y su vinculación e integración con el sector productivo