Is the Bland-Altman plot method useful without inferences for accuracy, precision, and agreement?

OBJECTIVE: This study aims to propose a comprehensive alternative to the Bland-Altman plot method, addressing its limitations and providing a statistical framework for evaluating the equivalences of measurement techniques. This involves introducing an innovative three-step approach for assessing accuracy, precision, and agreement between techniques, which enhances objectivity in equivalence assessment. Additionally, the development of an R package that is easy to use enables researchers to efficiently analyze and interpret technique equivalences. METHODS: Inferential statistics support for equivalence between measurement techniques was proposed in three nested tests. These were based on structural regressions with the goal to assess the equivalence of structural means (accuracy), the equivalence of structural variances (precision), and concordance with the structural bisector line (agreement in measurements obtained from the same subject), using analytical methods and robust approach by bootstrapping. To promote better understanding, graphical outputs following Bland and Altman’s principles were also implemented. RESULTS: The performance of this method was shown and confronted by five data sets from previously published articles that used Bland and Altman’s method. One case demonstrated strict equivalence, three cases showed partial equivalence, and one showed poor equivalence. The developed R package containing open codes and data are available for free and with installation instructions at Harvard Dataverse at https://doi.org/10.7910/DVN/AGJPZH. CONCLUSION: Although e asy t o c ommunicate, t he w idely c ited a nd a pplied B land a nd Altman plot method is often misinterpreted, since it lacks suitable inferential statistical support. Common alternatives, such as Pearson’s correlation or ordinal least-square linear regression, also fail to locate the weakness of each measurement technique. It may be possible to test whether two techniques have full equivalence by preserving graphical communication, in accordance with Bland and Altman’s principles, but also adding robust and suitable inferential statistics. Decomposing equivalence into three features (accuracy, precision, and agreement) helps to locate the sources of the problem when fixing a new technique

Composição florística e estrutura da vegetação arbustivo-arbórea em um cerrado rupestre, Cocalzinho de Goiás, Goiás

Foi realizado um levantamento da vegetação arbutivo-arbórea (indivíduos com diâmetro a 30 cm do solo > 5 cm), em 1,0 hectare de cerrado rupestre (dez parcelas de 20 × 50 m), localizado em Cocalzinho de Goiás, Goiás, Brasil (15º48' S e 48º45' W). O objetivo foi avaliar e comparar as relações florísticas e as características estruturais deste cerrado sobre afloramentos rochosos com aquelas encontradas nos estudos já realizados em áreas de cerrado sentido restrito sobre solos profundos, localizados no Brasil Central. A composição florística do cerrado rupestre estudado é formada predominantemente por espécies das fitofisionomias do cerrado sentido restrito e em menor contribuição por espécies das formações florestais do bioma e espécies endêmicas de ambientes rupestres. A riqueza e a diversidade de espécies estão dentro dos limites normalmente encontrados para as áreas de cerrado sentido restrito do Brasil Central. Em termos estruturais, a densidade e área basal se assemelham aos valores registrados na subdivisão fitofisionômica de cerrado ralo. As condições ambientais limitantes, principalmente edáficas, não resultaram em mudanças expressivas na composição florística, riqueza e diversidade de espécies, mas refletiram em redução da densidade e área basal da vegetação arbustivo-arbórea do cerrado rupestre estudado.A vegetation survey of the woody species (at least 5 cm of trunk diameter at 30 cm above the ground) was conducted in a savanna on rocky soil (cerrado rupestre) in Cocalzinho de Goiás municipality, Goiás State, Brazil (15º48' S and 48º45' W). The objective was to compare the structure characteristics and the floristics of cerrado rupestre with those features found in cerrado stricto sensu areas occuring on deep soils in Central Brazil. The sample consisted in 1.0 hectare (ten plots, 20 × 50 m) in cerrado rupestre. The cerrado rupestre studied showed structural similarities with the physiognomy of open cerrado (cerrado ralo). The richness and the species diversity are similar with other brazilian savanna (cerrado stricto sensu areas of Brazil Central). The floristic composition revealed species predominantly from other physiognomies from the cerrado stricto sensu and to a lesser extent, species from forest formations from the bioma and endemics from this rocky environment. The floristic richness and diversity is similar to other savanna areas of Central Brazil. In structural terms, the density and basal area are similar to values found in open cerrado vegetation. The limiting environmental conditions, mainly edaphics, do not result in expressive changes in floristic composition, richness, and species diversity, but promoted reduction in density and basal area of the wood species in the cerrado rupestre studied

Galois Extension GF(2^6) Applied in the Genetic Code Modeling

Para a comunidade científica, um dos maiores desafios é analisar a existência de uma estrutura matemática relacionada com o DNA. Muitas pesquisas vêm sendo realizadas envolvendo o código genético, entre outros fenômenos biológicos, utilizandoa Matemática para contribuir na análise e descrição desses conceitos teóricos. Os códons são formados por uma trinca de bases nitrogenadas, com 64 combinações possíveis. As bases nitrogenadas são a adenina, citosina, guanina e timina/uracila, que são representa das pelas letras A,C,GeT/U, respectivamente, e representamo alfabeto do DNA e por meio da bijeção desse alfabeto com anel Z_4 = {0,1,2,3} é possível obter 24 permutações, que podem ser divididas em 3 rotulamentos (A, B e C). O objetivo deste trabalho é apresentar a utilização de elementos de álgebra na modelagem do código genético. Serão apresentadas uma representação polinomial, vetorial e por potência para a estrutura do código genético, onde para cada códon foi associado um elemento da extensão GF(2^6), uma vez que vemos que existe uma associação um-a-um dos códons do código genético com um elemento da extensão de Galois. Foi obtida a caracterização algébrica para os rotulamentosA, B e C do código genético, por meio dessas representações mencionadas anteriormente, as quais poderão ser utilizadas em futuros estudos envolvendo a análise do código genético.For the scientific community, one of the biggest challenges is to analyze the existence of a mathematical structure related to DNA. Many researches have been carried out involving the genetic code, among other biological phenomena, using Mathematics to contribute to the analysis and description of these theoretical concepts. The codons are formed by acrack of nitrogenous bases, with 64 possible combinations. The nitrogenous bases are adenine, cytosine, guanine and thymine/uracil, which are represented by the letters A, C, G and T/U, respectively, and represent the DNA alphabet and through the bijection of this alphabet with the ring Z 4 = {0,1,2,3} it is possible to obtain 24 permutations, which can be divided into 3 labels (A, B and C). The aim of this work is to present the use of algebra elements in the genetic code modeling. A polynomial, vector and power representation for the genetic code structure will be presented, where an element of the GF(2 6 ) extension was associated for each codon, since we see that there is an one-to-one association of the codons of the genetic code with an element of the Galois extension. The algebraic characterization for the labels A, B and C of the genetic code was obtained through these representations mentioned above, which can be used in future studies involving the analysis of the genetic code

Projetos de extensão da Universidade Federal de Sergipe: correlação e categorização ao perfil das linhas de ações do Projeto Rondon

Trabalho apresentado no II Congresso Nacional do PROJETO RONDON, realizado em Florianópolis, SC, no período de 23 a 25 de setembro de 2015 - Universidade Federal de Santa Catarina.A condição que caracteriza um projeto como de extensão monta-se na sua relevância para as ações na interface universidade e comunidade, cujo maior interesse é o beneficio a um grupo de indivíduos ou a sociedade. Diante dessa condição o presente trabalho tem como finalidade analisar o perfil dos projetos de extensão da Universidade Federal de Sergipe, correlatos às áreas previstas no Edital do Projeto Rondon, de forma a caracterizar e congregar em grupos de ações quais áreas está se destacando mais nas ações de extensão da Universidade. A metodologia se pautou na análise dos 542 projetos cadastrados no SIGAA/UFS (Sistema Integrado de Gestão de Atividades Acadêmicas) para o ano de 2015, caracterizando-os de acordos com as áreas de enquadramento do Rondon: Conjunto A (Cultura, Direitos Humanos e Justiça, Educação e Saúde); Conjunto B (Comunicação, Tecnologia e Produção, Meio Ambiente e Saúde). Concluímos que, apesar das prerrogativas preestabelecidas estivesse montada no desenvolvimento tecnológico e científico, quando da instalação do Campus Universitário, a demanda dos projetos de Extensão tem se voltado mais para o grupo A, com percentual de 84%, em detrimento ao Conjunto B. O quadro atual das ações de extensão tem demonstrado um perfil institucional voltado para a educação e saúde

Antimicrobial effect of the essential oil from Rosmarinus officinalis L. against Staphylococcus pseudintermedius isolated from dogs

This study evaluated the inhibitory effect of Rosmarinus officinalis L. (rosemary) essential oil (ROEO) against 18 isolates of Staphylococcus pseudintermedius isolated from dogs affected by pyoderma in Brazil, by determining the minimum inhibitory concentrations (MIC) and the effects on the bacterial cell viability over 16 h. MIC values of ROEO against the isolates were 2.5 µL/mL (3/18), 5 µL/mL (12/18) or 10 µL/mL (3/18). At all concentrations tested  (¼, ½, 1x, 2x and 4x MIC) the ROEO inhibited  bacterial cell viability after 30 min of exposure, and no recovery in viable cell counts was noted in the later intervals. The ROEO at ½, 1x, 2x and 4x MIC established its bactericidal effect within a maximum exposure time of 16 h. These findings reveal an interesting anti-S. pseudintermedius effect of ROEO, with a rapid and steady kill rate.(Efeito antimicrobiano do óleo essencial de Rosmarinus officinalis L. contra Staphylococcus pseudintermedius isolados de cães). O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito inibitório do óleo essencial de Rosmarinus officinalis L. (alecrim) (OERO) frente a 18 linhagens Staphylococcus pseudintermedius isoladas de cães com piodermite no Brasil, determinando a concentração inibitória mínima (CIM) e os efeitos da viabilidade da célula bacteriana, durante 16 horas. Os valores da CIM do OERO, frente aos isolados avaliados, foram 2,5 µL/mL (3/18), 5 µL/mL (12/18) ou 10 µL/mL (3/18). Em todas as concentrações testadas (¼, ½, 1x, 2x e 4x CIM), o OERO causou inibição da viabilidade celular já após 30 minutos de exposição e não foi constatado restabelecimento da viabilidade celular na contagem de células viáveis nos intervalos mais tardios avaliados. O OERO exerceu atividade bactericida a partir da concentração 1/2 CIM. Esses resultados revelam um interessante efeito anti-S. pseudointermedius do OERO com uma rápida e constante taxa bactericida

Resistance of Brazilian diamondback moth populations to insecticides

Plutella xylostella is a recurring pest on cruciferous crops around the world. In Brazil, it typically requires large number of insecticide sprays, which may lead to fast evolution of resistance. The aim of this study was to assess the susceptibility of Brazilian diamondback moth populations to the insecticides abamectin, deltamethrin, and spinosad. Leaf dip bioassays were used to determine mortality data obtained after 48 h of exposure to insecticides and subjected to Probit analysis. The population from Bonito, state of Pernambuco, Brazil, had the highest toxicity ratio (20.2 - fold) to abamectin compared to the reference population. The LC50 values for deltamethrin ranged from 85.2 to 360.1 mg L-1, demonstrating a high survival of populations in relation to this insecticide field dose rate (7.5 mg L-1). The toxicity ratios of the estimated LC50s, however, were very low (varying from 2.2 - to 4.2 - fold). Most populations exhibited toxicity ratios for spinosad, ranging from 2.3 - to 5.1 - fold, while both the LC50 and LC95 values reflected a high susceptibility to the spinosad field dosage (120 mg L-1). Only the Bonito - PE population resisted to abamectin, while all P. xylostella populations were resistant to deltamethrin, but particularly susceptible to spinosad because of the absence of selection pressure with it in these areas.Plutella xylostella é uma praga recorrente em brássicas de todo o mundo. No Brasil, normalmente exige grande número de pulverizações de inseticidas, que pode levar à rápida evolução da resistência. Avaliou-se a suscetibilidade de populações brasileiras da traça das crucíferas aos inseticidas abamectina, deltametrina e espinosade. Bioensaios de imersão de folhas foram utilizados para determinar a mortalidade, sendo os dados obtidos após 48 h de exposição aos inseticidas e submetidos à análise de Probit. A população de Bonito-PE apresentou a maior razão de toxicidade (20,2 vezes) para abamectina em relação à população de referência. Os valores de CL50s para deltametrina variaram entre 85,2 - 360,1 mg L-1, demonstrando alta sobrevivência das populações a este inseticida com relação à dose de campo (7,5 mg L-1). Entretanto, as razões de toxicidade das CL50 estimadas foram muito baixas (variando de 2,2 a 4,2 vezes). A maioria das populações apresentou razões de toxicidade para espinosade, variando de 2,3 para 5,1 vezes, embora os valores de CL demonstram alta suscetibilidade delas à dose de campo para espinosade (120 mg L-1). Apenas a população de Bonito PE apresentou resistência a abamectina, enquanto todas as populações de P. xylostella estão resistentes a deltametrina, mas suscetíveis ao espinosade particularmente devido à ausência de pressão de seleção com este nestas áreas

Avaliação da dor em pacientes com fibromialgia, osteoartrite e lombalgia

Este estudo teve como objetivo, avaliar e comparar a intensidade da dor referida por pacientes com fibromialgia, osteoartrite e lombalgia visando propor o tratamento fisioterapêutico mais adequado para estes grupos de pacientes. PACIENTES E MÉTODOS: Participaram do estudo 64 pacientes, sendo 24 com fibromialgia, 22 com osteoartrite e 18 com lombalgia. Foi utilizada a versão em português do Questionário de Dor da McGill onde os sujeitos deveriam escolher uma ou nenhuma palavra de uma lista de palavras organizadas em quatro categorias: sensorial, afetiva, avaliativa e micelânia, a que melhor descrevesse a dor que eles sentiam. RESULTADOS: Os pacientes com fibromialgia referiram, comparativamente, dor mais intensa o que pode ser observado através da escolha de um número mais alto de descritores das categorias afetiva e sensorial do que os outros dois grupos e somente eles escolheram específicos descritores afetivos tais como: "maldita", "miserável", "exaustiva", "enlouquecedora". CONCLUSÃO: A partir dos dados, pudemos verificar que cada patologia apresenta uma qualidade única de experiência da dor, já que houve escolha de palavras específicas pelos pacientes dos três grupos, sugerindo que juntamente com tratamento físico, nos pacientes com fibromialgia, que mostraram um forte componente psico-emocional, sejam incluídos também, cuidados emocionais/afetivos.The purpose of this study was to evaluate and compare pain as reported by outpatients with fibromyalgia, osteoarthritis, and low back pain, in view of designing more adequate physical therapy treatment. PATIENTS AND METHODS: A Portuguese version of the McGill Pain Questionnaire - where subjects are asked to choose, from lists of pre-categorized words, one or none that best describes what they feel - was used to assess pain intensity and quality of 64 patients, of which 24 had fibromyalgia, 22 had osteoarthritis, and 18 had low back pain. The pre-categorized words were organized into 4 major classes -- sensory, affective, evaluative, and miscellaneous. RESULTS: Patients with fibromyalgia reported, comparatively, more intense pain through their choice of pain descriptors, both sensory and affective; they also chose a higher number of words from these classes than patients in the other groups and were the only ones to choose specific affective descriptors such as "vicious", "wretched", "exhausting", "blinding". CONCLUSION: Assuming that each disease presents unique qualities of pain experience, and that these can be pointed out by means of this questionnaire by patients' choice of specific groups of words, the findings suggest that fibromyalgia include not only a physical component, but also a psycho-emotional component, indicating that they require both emotional/affective and physical care

New methodology of aluminum resistance evaluation in guinea grass

Foi definida nova metodologia de avaliação de genótipos quanto à reação ao alumínio (Al3+), presente em soluções nutritivas, através da associação de análises de componentes principais e de estabilidade/adaptabilidade fenotípicas. Os experimentos foram instalados em delineamentos de blocos ao acaso, em parcelas subdivididas, com três repetições e conduzidos em casa de vegetação da Seção de Genética – Centro Experimental de Campinas/IAC, no período de 1995 a 1997. Em diferentes genótipos de capim-colonião (Panicum maximum Jacq.) foram avaliados caracteres de sistema radicular e de parte aérea, sob três concentrações de Al3+ (zero, 12 e 24 mg/L) e três períodos de permanência em solução (15, 30 e 45 dias). Reduções porcentuais, causadas pela presença do Al3+, foram calculadas para cada caráter analisado e, a partir delas, efetuadas as análises acima citadas. Considerável precisão foi observada na diferenciação dos genótipos quanto ao estresse, sugerindo o seu emprego em programas de melhoramento genético.A new methodology of genotype screening as to aluminum (Al3+) reaction has been proposed, based on the association of principal component and stability/adaptability analyses. Experimental trials, using nutritive solutions, have been carried out in randomized complete block designs (split-plot type), with three replications, at Genetics Department in Instituto Agronômico, Campinas, SP, Brazil, from 1995 to 1997. Root system and plant traits have been evaluated in several guinea grass (Panicum maximum Jacq.) genotypes under three Al3+ concentrations (zero, 12 and 24 mg/L), during three time periods (15, 30 and 45 days). Percentual reductions, due to the presence of Al3+, have been calculated for each character and analyses performed on them. A good precision has been achieved in genotype differentiation, strongly suggesting the use of the new methodology in plant breeding programs

New methodology of aluminum resistance evaluation in guinea grass

A new methodology of genotype screening as to aluminum (Al3+) reaction has been proposed, based on the association of principal component and stability/adaptability analyses. Experimental trials, using nutritive solutions, have been carried out in randomized complete block designs (split-plot type), with three replications, at Genetics Department in Instituto Agronômico, Campinas, SP, Brazil, from 1995 to 1997. Root system and plant traits have been evaluated in several guinea grass (Panicum maximum Jacq.) genotypes under three Al3+ concentrations (zero, 12 and 24 mg/L), during three time periods (15, 30 and 45 days). Percentual reductions, due to the presence of Al3+, have been calculated for each character and analyses performed on them. A good precision has been achieved in genotype differentiation, strongly suggesting the use of the new methodology in plant breeding programs.Foi definida nova metodologia de avaliação de genótipos quanto à reação ao alumínio (Al3+), presente em soluções nutritivas, através da associação de análises de componentes principais e de estabilidade/adaptabilidade fenotípicas. Os experimentos foram instalados em delineamentos de blocos ao acaso, em parcelas subdivididas, com três repetições e conduzidos em casa de vegetação da Seção de Genética - Centro Experimental de Campinas/IAC, no período de 1995 a 1997. Em diferentes genótipos de capim-colonião (Panicum maximum Jacq.) foram avaliados caracteres de sistema radicular e de parte aérea, sob três concentrações de Al3+ (zero, 12 e 24 mg/L) e três períodos de permanência em solução (15, 30 e 45 dias). Reduções porcentuais, causadas pela presença do Al3+, foram calculadas para cada caráter analisado e, a partir delas, efetuadas as análises acima citadas. Considerável precisão foi observada na diferenciação dos genótipos quanto ao estresse, sugerindo o seu emprego em programas de melhoramento genético.2261226