Uncovering the expression patterns of chimeric transcripts using surveys of affymetrix GeneChips.

BACKGROUND: A chimeric transcript is a single RNA sequence which results from the transcription of two adjacent genes. Recent studies estimate that at least 4% of tandem human gene pairs may form chimeric transcripts. Affymetrix GeneChip data are used to study the expression patterns of tens of thousands of genes and the probe sequences used in these microarrays can potentially map to exotic RNA sequences such as chimeras. RESULTS: We have studied human chimeras and investigated their expression patterns using large surveys of Affymetrix microarray data obtained from the Gene Expression Omnibus. We show that for six probe sets, a unique probe mapping to a transcript produced by one of the adjacent genes can be used to identify the expression patterns of readthrough transcripts. Furthermore, unique probes mapping to an intergenic exon present only in the MASK-BP3 chimera can be used directly to study the expression levels of this transcript. CONCLUSIONS: We have attempted to implement a new method for identifying tandem chimerism. In this analysis unambiguous probes are needed to measure run-off transcription and probes that map to intergenic exons are particularly valuable for identifying the expression of chimeras

Estabilidade oxidativa de biodiesel de ésteres etílicos de ácidos graxos de soja

Biodiesel consists of long-chain fatty acid esters, derived from renewable sources such as vegetable oils, and its utilization is associated to the substitution of the diesel oil in engines. Depending on the raw material, biodiesel can contain more or less unsaturated fatty acids in its composition, which are susceptible to oxidation reactions accelerated by exposition to oxygen and high temperatures, being able to change into polymerized compounds. The objective of this work was to determine the oxidative stability of biodiesel produced by ethanolysis of neutralized, refined, soybean frying oil waste, and partially hydrogenated soybean frying oil waste. The evaluation was conducted by means of the Rancimat® equipment, at temperatures of 100 and 105ºC, with an air flow of 20 L h-1. The fatty acid composition was determined by GC and the iodine value was calculated. It was observed that even though the neutralized, refined and waste frying soybean oils presented close comparable iodine values, biodiesel presented different oxidative stabilities. The biodiesel from neutralized soybean oil presented greater stability, followed by the refined and the frying waste. Due to the natural antioxidants in its composition, the neutralized soybean oil promoted a larger oxidative stability of the produced biodiesel. During the deodorization process, the vegetable oils lose part of these antioxidants, therefore the biodiesel from refined soybean oil presented a reduced stability. The thermal process degrades the antioxidants, thus the biodiesel from frying waste oil resulted in lower stability, the same occuring with the biodiesel from partially hydrogenated waste oil, even though having lower iodine values than the other.Biodiesel consiste em ésteres de ácidos graxos de cadeia longa, proveniente de fontes renováveis como óleos vegetais, e sua utilização está associada à substituição do diesel em motores. Dependendo da matéria-prima, o biodiesel pode conter mais ou menos ácidos graxos insaturados em sua composição, que são suscetíveis a reações de oxidação aceleradas pela exposição ao oxigênio e altas temperaturas, podendo resultar em compostos poliméricos prejudiciais ao motor. O objetivo deste trabalho foi avaliar a estabilidade oxidativa do biodiesel obtido pela etanólise dos óleos de soja neutro, refinado, usado em fritura, e óleo parcialmente hidrogenado usado em fritura. A avaliação foi feita através do equipamento Rancimat®, nas temperaturas de 100 e 105ºC, com fluxo de ar de 20 L h-1. A composição em ácidos graxos foi determinada por CG e o índice de iodo calculado. Embora os óleos de soja neutro, refinado e usado em fritura apresentassem índices de iodo próximos, a estabilidade oxidativa do biodiesel comportou-se de maneira distinta. O biodiesel de óleo neutro apresentou maior estabilidade, seguido pelo refinado e usado em fritura. Por conter antioxidantes naturais em sua composição, o óleo neutro de soja proporcionou uma estabilidade oxidativa maior ao biodiesel produzido. O proveniente de óleo refinado - que pelo processo de desodorização perde parte destes antioxidantes - apresentou menor estabilidade. O processo térmico degrada os antioxidantes, resultando em menor estabilidade ao biodiesel de óleo de fritura, ocorrendo o mesmo com o biodiesel de óleo hidrogenado usado em fritura, embora este apresentasse índice de iodo inferior aos demais

Pollen viability and germination in Jatropha ribifolia and Jatropha mollissima (Euphorbiaceae): Species with potential for biofuel production

The aim of this work is to assess pollen viability using the staining  technique and in vitro germination with different concentrations of sucrose in Jatropha ribifolia and Jatropha mollissima, contributing to the knowledge of the reproductive biology and subsidizing their conservation,  management and utilization. Pollen viability was measured by dye method. Acetocarmine, acetic orcein and cotton-blue stain were used. The culture medium for pollen germination was solidificated by the addition of 1% agar combined with 0 (control), 10, 20, 30 and 40% of sucrose. The data were submitted to analysis of variance at 5% probability. All dyes used in this experiment allowed easy differentiation between fertileand non fertile pollen. The rate of formation of pollen tubes was higher in medium with 10% of sucrose for both species because the trend is that the sucrose concentration increases the supply of carbon, changes the osmotic potential and inhibits the formation of pollen tube in vitro.Key words: Plant reproduction, male gametophyte, hybridization, germplasm

Utilização da programação funcional no mundo dos blocos geométricos

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação

VIBRIO FISCHERI: Uma abordagem prática através da Biotecnologia

Vibrio fischeri é uma bactéria marinha luminescente e é utilizada em ensaios de detecção de compostos tóxicos que possam estar presentes em águas e efluentes. A luminescência está ligada ao metabolismo bacteriano,que é sensível à ação de substâncias tóxicas, há redução na emissão de luz. Quanto mais tóxica for a amostra, maiora perda de luminescência. Essa redução é rapidamente desencadeada, assim, Vibrio fischeri é utilizada em avaliações prévias para identificação de toxicidade em amostras ambientais, de extrema importância para o diagnóstico de toxicidade em estações de tratamento de efluentes e em acidentes ambientais

O REGISTRO COMO INSTRUMENTO DE REFLEXÃO DA PRÁTICA DOCENTE NO CICLO DE ALFABETIZAÇÃO

The record of teaching practice is something relevant and presupposes, to a certain extent, a record that can be used. Thus, returning to it with its particularities becomes opportune, as this action often persists in identifying itself only as bureaucratic documentation lacking pedagogical meaning. In view of this, we consider it appropriate to investigate how the registration carried out by the teacher of the literacy cycle has contributed to their practice. Therefore, the study aims to understand the view of teachers on the record as an instrument of reflection on teaching practice in the literacy cycle, understand the purpose and use of the record by the teacher and verify the information contained in the record and its relationship with practice. Data collection was carried out in a municipal public school in the Greater ABC Paulista region, with (5) five teachers who teach at the same school for the literacy cycle. For this purpose, we used a qualitative approach and collaborative research, aimed at the participants' joint discussion and reflection on (7) seven established themes of objectives and theoretical foundation, in meetings called collaborative workshops. As a result of this process, we infer that the registration carried out by the teachers of the literacy cycle needs to be taken up for discussion, reflection, aiming at its qualification, even though it is an action practiced for a long time. This process was noted by the teachers as essential for the redefinition of their records and reorganization of practice, reflection, change in the way of seeing and recording the record and as a space for training.El registro de la práctica docente es algo relevante y presupone, en cierta medida, un registro utilizable. Así, se vuelve oportuno volver a él con sus particularidades, pues esta acción a menudo persiste en identificarse solo como documentación burocrática carente de sentido pedagógico. Ante esto, consideramos oportuno investigar cómo ha contribuido a su práctica el registro realizado por el docente del ciclo de alfabetización. Por tanto, el estudio tiene como objetivo comprender la visión de los docentes sobre el registro como instrumento de reflexión sobre la práctica docente en el ciclo de alfabetización, comprender el propósito y uso del registro por parte del docente y verificar la información contenida en el registro y su relación con práctica. La recolección de datos se llevó a cabo en una escuela pública municipal de la región Gran ABC Paulista, con (5) cinco maestros que imparten clases en la misma escuela para el ciclo de alfabetización. Para ello, se utilizó un enfoque cualitativo e investigación colaborativa, orientada a la discusión y reflexión conjunta de los participantes sobre (7) siete temas establecidos de objetivos y fundamentación teórica, en encuentros denominados talleres colaborativos. Como resultado de este proceso, inferimos que el registro que realizan los docentes del ciclo de alfabetización debe ser retomado para la discusión, la reflexión, con miras a su calificación, aunque es una acción practicada desde hace mucho tiempo. Este proceso fue señalado por los docentes como fundamental para la redefinición de sus registros y reorganización de la práctica, la reflexión, el cambio en la forma de ver y hacer el registro y como espacio de formación.O registro da prática docente é algo relevante e pressupõe em certa medida um registro que possa ser utilizado. Assim, retomá-lo com suas particularidades se torna oportuno, pois essa ação, muitas vezes, persiste em se identificar somente como uma documentação burocrática ausente de significado pedagógico. Diante disso, consideramos cabível investigar de que forma o registro realizado pelo professor do ciclo de alfabetização vem contribuindo para a sua prática. Para tanto, o estudo tem por objetivo compreender a visão dos professores sobre o registro como instrumento de reflexão da prática docente no ciclo de alfabetização, compreender a finalidade e utilização do registro pelo professor e verificar as informações contidas no registro e sua relação com a prática. A coleta de dados foi efetivada em uma escola pública municipal na região do Grande ABC Paulista, com (5) cinco professoras que lecionam na mesma escola para o ciclo de alfabetização. Para esse propósito, utilizamos a abordagem qualitativa e a pesquisa colaborativa, destinada a discussão e reflexão conjunta das participantes sobre (7) sete temas estabelecidos dos objetivos e fundamentação teórica, em encontros denominados de oficinas colaborativas. Como resultados desse processo inferimos que o registro realizado pelas professoras do ciclo de alfabetização necessita ser retomado para discussão, reflexão visando sua qualificação, mesmo sendo uma ação praticada a muito tempo. Esse processo foi notabilizado pelas professoras como indispensável para a ressignificação de seus registros e reorganização da prática, reflexão, mudança na forma ver e fazer o registro e como espaço de formação

Pollen morphology in tribe Dicomeae Panero and Funk (Asteraceae)

To better understand the taxonomy and phylogeny of the Dicomeae (Asteraceae) the pollen morphology of seven genera including 15 species of that tribe and six genera with seven species belonging to five related tribes was studied by use of light and scanning electron microscopy. The quantitative data were analysed by use of principal-components analysis (PCA). The exine ultrastructure of Erythrocephalum longifolium and Pleiotaxis rugosa was also studied by use of transmission electron microscopy. Three pollen types were distinguishable from the apertural, columellar, and spinular morphology and inter-spinular sculpture. A dichotomous key to these pollen types is proposed. The existence of the Dicomeae as an independent tribe and its subdivision in two subtribes (Dicominae and Pleiotaxinae) are supported by this study, which also suggests the Oldenburgieae and the Tarchonantheae are the closest tribes to Dicomeae

Declaraciones de enfermeras hospitalarias de la década del ochenta: ayuda para la comprensión de la enfermería actual

This study is part of a more extensive project that aims to rescue significant aspects related to the evolution of nursing care from 1950s until 1990s.This study was developed using the technique of oral declaration by active and retired registered nurses, in the context of a school-hospital from the interior of the São Paulo State. The present study particularizes the outcomes regarding to 1980s. As result becomes evident the undertaken effort by nurses in the struggle for profession's recognition and prestige; intense and deep transformations related to nurse's new roles as leadership of the nursinf staff and members of the medical team.Este estudo é parte de um projeto mais amplo que visa resgatar aspectos significativos relacionados à evolução da assistência de enfermagem nas décadas de 50 a 90. Este resgate é feito através da técnica de depoimentos orais de enfermeiros em exercício e aposentados, no contexto de um Hospital Escola do interior paulista. O presente estudo particulariza os resultados obtidos, referentes à década de 80. Como resultado evidencia-se o esforço empreendido pelos enfermeiros na luta pelo reconhecimento e prestígio da profissão, as transformações intensas e profundas aos novos papéis da enfermeira enquanto líder e membro da equipe médica.El estudio es parte de um projecto más ámplio con el intento de rescatar aspectos significativos relacionados a la evolución de la asistencia de enfermería en las décadas de 50 a 90. La capitación se há realizado a traves de la técnica de depoimentos orales de los enfermeros en ejercício de la profesión, en le contexto de un Hospital Escuela del interior del Estado de São Paulo. El presente estudio particulariza los resultados obtenidos, referentes a la década de 80. Como resultados se evidencian el esfuerzo imprimido por las enfermeras en la lucha por el reconocimiento y prestigio de la profésion. Las transformaciones intensas y profundas relacionadas a los nuevos roles de la enfermera como líder de los trabajadores de enfermería y miembro del grupo de la Salud

Mapeamento da fitomassa da caatinga do seridó pelos índices de área de planta e de vegetação da diferença normalizada

Phytomass is a critical information for economic and environmental activities like the establishment of policies for timber resources, forest management, studies of plant nutrient cycling, CO2 sink, among other. The phytomass of a Caatinga area was obtained by an empirical method using normalized difference vegetation index (NDVI) of Landsat images, the plant area index (PAI) and the phytomass inventory. At a first stage, linear, logarithmic and non-linear models were developed and tested. Bush and tree specimens were considered in the study, so that most of the individuals that contribute to the spectral answer detected by satellite images were included. At a second stage, the orbital parameter NDVI was used to map the PAI, which was used to map the phytomass, based on the relationship of this phytomass as a function of PAI. The residues between measurements and estimates based on NDVI varied from 0 to 84%, while the residues of total dry weight of phytomass per ha obtained by mapping and by dendrometrical equations varied from 5 to 104%, with a large trend of 166 and 448% in open Caatinga areas, due to the contribution of the herbaceous stratum to NDVI.A fitomassa, principalmente arbórea, é informação necessária em atividades econômicas e ambientais, como políticas de uso do recurso madeireiro, manejo florestal, estudos de ciclagem de nutrientes, absorção de CO2, entre outros. A finalidade deste estudo foi a verificação de um método empírico para o mapeamento da fitomassa da Caatinga do Seridó, integrando-se um inventário de fitomassa, o índice de área de planta (IAP) e o índice de vegetação da diferença normalizada (NDVI), por meio de imagens Landsat TM. Na primeira etapa foram desenvolvidos e testados modelos lineares, logarítmicos e não lineares. A abordagem de tamanho foi arbustiva e arbórea, incluindo-se a maior parte dos indivíduos que contribuem na resposta espectral mensurada por imagens de satélite. Em uma segunda etapa utilizamos o parâmetro orbital, NDVI, para o mapeamento do IAP, que por sua vez, foi utilizado para mapear a fitomassa. Os desvios entre mensurações de IAP e estimativas a partir do NDVI, variaram de 0 a 84%, enquanto que os desvios entre Peso Seco Total de Fitomassa por ha obtidos pelo mapeamento e por equações dendrométricas, variaram de 5 a 104%, com grandes tendências de 166 e 448% para áreas de caatinga aberta, provocada pela contribuição do estrato herbáceo no NDVI