The phylogenetic landscape and nosocomial spread of the multidrug-resistant opportunist Stenotrophomonas maltophilia

yesRecent studies portend a rising global spread and adaptation of human- or healthcare- associated pathogens. Here, we analyse an international collection of the emerging, multi-drug-resistant, opportunistic pathogen Stenotrophomonas maltophilia from 22 countries to infer population structure and clonality at a global level. We show that the S. maltophilia complex is divided into 23 monophyletic lineages, most of which harbour strains of all degrees of human virulence. Lineage Sm6 comprises the highest rate of human-associated strains, linked to key virulence and resistance genes. Transmission analysis identifies potential outbreak events of genetically closely related strains isolated within days or weeks in the same hospitals

2008 Inter-laboratory Comparison Study of a Reference Material for Nutrients in Seawater

Autoclaved natural seawater collected in the North Pacific Ocean was used as a reference material for nutrients in seawater (RMNS) during an inter-laboratory comparison (I/C) study conducted in 2008. This study was a follow-up to previous studies conducted in 2003 and 2006. A set of six samples was distributed to each of 58 laboratories in 15 countries around the globe, and results were returned by 54 of those laboratories (15 countries). The homogeneities of samples used in the 2008 I/C study, based on analyses for three determinants, were improved compared to those of samples used in the 2003 and 2006 I/C studies. Results of these I/C studies indicate that most of the participating laboratories have an analytical technique for nutrients that is sufficient to provide data of high comparability. The differences between reported concentrations from the same laboratories in the 2006 and 2008 I/C studies for the same batch of RMNS indicate that most of the laboratories have been maintaining internal comparability for two years. Thus, with the current high level of performance in the participating laboratories, the use of a common reference material and the adaptation of an internationally accepted nutrient scale system would increase comparability among laboratories worldwide, and the use of a certified reference material would establish traceability. In the 2008 I/C study we observed a problem of non-linearity of the instruments of the participating laboratories similar to that observed among the laboratories in the 2006 I/C study. This problem of non-linearity should be investigated and discussed to improve comparability for the full range of nutrient concentrations. For silicate comparability in particular, we see relatively larger consensus standard deviations than those for nitrate and phosphate

Essai de détermination d'une typologie des sédiments côtiers en fonction de l'apparition d'eaux colorées

The study of different chemical parameters characterizing the coastal sediment, showed a possible relation between, respectively, high levels in organic matter and total copper, and the "red tide"  phenomenon.L'étude de différents paramètres caractérisant la composition chimique du sédiment côtier, a montré l'existence d'une relation possible entre les teneurs élevées en matière organique totale et en cuivre total, avec le phénomène "eaux colorées"

Low occurrence of Pseudomonas aeruginosa in agricultural soils with and without organic amendment

The occurrence of Pseudomonas aeruginosa was monitored at a broad spatial scale in French agricultural soils, from various soil types and under various land uses to evaluate the ability of soil to be a natural habitat for that species. To appreciate the impact of agricultural practices on the potential dispersion of P. aeruginosa, we further investigated the impact of organic amendment at experimental sites in France and Burkina Faso. A real-time quantitative PCR (qPCR) approach was used to analyze a set of 380 samples selected within the French RMQS (‘Réseau de Mesures de la Qualité des Sols’) soil library. In parallel, a culture-dependent approach was tested on a subset of samples. The results showed that P. aeruginosa was very rarely detected suggesting a sporadic presence of this bacterium in soils from France and Burkina Faso, whatever the structural and physico-chemical characteristics or climate. When we analyzed the impact of organic amendment on the prevalence of P. aeruginosa, we found that even if it was detectable in various manures (at levels from 103 to 105 CFU or DNA targets (g drywt)-1 of sample), it was hardly ever detected in the corresponding soils, which raises questions about its survival. The only case reports were from a vineyard soil amended with a compost of mushroom manure in Burgundy, and a few samples from two fields amended with raw urban wastes in the sub-urban area of Ouagadougou, Burkina Faso. In these soils the levels of culturable cells were below 10 CFU (g drywt)-1

Recent Comparability of Oceanographic Nutrients Data: Results of a 2003 Intercomparison Exercise using Reference Materials

An intercomparison exercise was conducted using the recently developed Reference Material for Nutrients in Seawater (RMNS). Discrepancies of reported values among laboratories were greater than the homogeneity of RMNS samples and the reported analytical precision of nutrients. The variability of in-house standards of the participating laboratories might be the most likely source of interlaboratory discrepancies. Therefore, the use of common reference materials, i.e. certified RM, is essential to establish and improve the comparability of nutrient data of the world's oceans

Étude sur la prolifération de la micro algue Alexandrium minutum en rade de Brest

Suite à l’événement de grande ampleur d’efflorescence d’Alexandrium minutum et des toxicités associées en Rade de Brest en 2012, un projet a été élaboré avec la Région Bretagne dans le cadre du développement du port de Brest. L’Ifremer a organisé un échantillonnage dans l’estuaire de la rivière de Daoulas, zone la plus touchée en 2012, au cours des printemps-été 2013 et 2014. Un suivi de la présence d’A. minutum dans les sédiments a également été réalisé en hiver 2014. De ces suivis, des mesures réalisées au laboratoire à ce jour, des simulations du modèle Prévimer ainsi que des résultats du réseau Rephy et Velyger, il ressort que: * La rade de Brest peut aujourd’hui être considérée comme une zone à risque pour Alexandrium minutum. En effet, depuis 2012 les blooms sont récurrents, dépassant le seuil d’alerte et entrainant une toxicité des coquillages. L’ensemble de la rade présente des sédiments contaminés par la présence d’A. minutum. * La période à risque s’étend de mi-mai à fin août. Les estuaires du fond de rade, ainsi que le Sillon des Anglais sont les zones les plus touchées. En Baie de Daoulas et au Sillon des Anglais, l’année 2014 a été une année présentant un développement d’A. minutum, ainsi que des toxicités, sur une période très longue par rapport à 2012 et 2013. Le secteur Elorn a vu des concentrations en A. minutum ponctuellement supérieures au seuil d’alerte mais pas de toxicité. * Le suivi Daoulex a mis en évidence l’importance de la température de l’eau pour le démarrage du bloom. 2014 est une année où les températures de l’eau ont été plus chaudes au printemps ce qui coïncide avec un démarrage beaucoup plus précoce, dès mi-mai du bloom. C’était la situation opposée en 2013. * Les apports de nutriments par la rivière Mignonne semblent aussi être un facteur non négligeable, 2014 se situant entre les forts débits de 2012 et les débits plus faibles de 2013. L’intensité du bloom d’A. minutum présente cette même différence interannuelle. * Les blooms d’A. minutum présentent des maxima pour les faibles coefficients de marée, c’est-à-dire lorsque les courants sont plus faibles et permettent un maintien du bloom dans les fonds d’estuaires, plus favorables à la croissance d’A. minutum. * L’hydrodynamique de la rade seule ne peut expliquer la distribution d’A. minutum dans l’ensemble de la rade à partir d’un seul point de germination et de développement. Il s’agit vraisemblablement de plusieurs foyers de germination et de développement, qui ensuite vont contaminer, à de plus faibles abondances, le reste de la rade. * Alexandrium minutum n’est qu’une espèce parmi l’ensemble de la communauté microphytoplanctonique mais elle peut devenir dominante au sein de cette communauté, comme en 2012 et 2014. * Le séquençage de l’ensemble des ARN messagers de souches d’A. minutum a mis en évidence une diversité intra-spécifique extrêmement importante à la fois entre souches isolées au cours d’efflorescences distinctes (à la fois dans l’espace et dans le temps), mais également au sein d’une même efflorescence. L’impact de cette diversité sur la dynamique des efflorescences reste méconnu. * Une approche de génétique des populations a pu mettre en évidence des différences de fréquences alléliques entre sites Bretons touchés par des efflorescences à A. minutum. Ceci indique que ces efflorescences se développent de manière indépendante, sans qu’il existe de forts flux de gènes entre sites. * Les populations d’A. minutum de la rade synthétisent plusieurs types de toxines PSP au cours du bloom. * Un test bandelette de détection et quantification d’A. minutum est en cours de développement