The Hidden Though Flourishing Justification of Intellectual Property Laws: Distributive Justice, National Versus International Approaches

Bu çalışmada, Gökkuşağı alabalıklarında enfeksiyonoluşturan Ichthyophthirius multifiliis’infarklı bölgelerden izole edilmiş saha suşlarının genotipik yapıları temelindeimmundominant özellik gösteren rekombinant immobilizan antijenlerini(i-antijen) kodlayan genlerin bakteriyel ekspresyon sistemine klonlanarakeksprese ve karakterize edilmeleri, antijenik profillerinin ortaya çıkarılmasıve aşı adayı olabilecek rekombinant antijenlerin elde edilmesi amaçlanmıştır.&nbsp;Çalışmada 2018 ve 2019 yıllarının Temmuz ve Ağustos ayları arasında Gökkuşağıalabalığı yetiştiriciliğinin yoğun yapıldığı Samsun, Rize, Kayseri, Elazığ,Burdur, Antalya ve Muğla illerinde bulunan işletmeler ziyaret edilerek balıkpopülasyonları üzerinde saha araştırmaları yürütülmüş ve I. multifiliis ile enfekte bulunan balıklardan ilgili protokolleregöre izolasyon gerçekleştirilmiştir. Laboratuvara uygun solüsyonlar ve soğukzincir altında intikal ettirilen örneklerden cDNA ve gDNA izolasyonlarıgerçekleştirilmiştir. I. multifiliis i-antijengen lokusunun amplifikasyonu amacıyla optimum primer dizaynı için ön çalışmalaryürütülmüş ve hedef gen bölgeleri uygun amplifikasyon koşullarında PCR’daçoğaltılmıştır. Elde edilen amplikonlar agaroz jel üzerinden saflaştırılmıştır.Multiple gen lokusu sekanslarının belirlenebilmesi amacıyla ilgili pürifiyeamplikonlar pJET 1.2 plazmit vektörüne CloneJET PCR cloning kit (Thermo FisherScientific) kullanılarak klonlanmış ve katı besi yerinde belirlenenkolonilerden rekombinant plazmid DNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Rekombinantplazmidler spesifik primerlerle çift yönlü olarak sekanslanmış vekromotogramlar De Novo Assemble üzerinden işlenerek hedef insert sekanslarvektör plazmid DNA’sı içerisinden çıkarılmış ve konsensüs sekanslar eldeedilmiştir. İlgili primerlerin i-antijen gen lokusu içerisinde çoğalttığı fragmentlerinbelirlenebilmesi amacıyla PCR ürünleri ayrıca yeni nesil dizileme teknolojisi (NGS)kullanılarak işlenmiş ve elde edilen dizilimlerin gen veri tabanlarındakimevcut tüm i-antijen gen lokusları ile filogenetik ilişkileri araştırılmıştır.Tüm bu araştırmalar sonucu karakterize edilen i-antijen genlerinin ekspreseettiği proteinlerin rekombinant olarak eldesi için çalışmalargerçekleştirilmiştir. Aşı adayı potansiyeli olabilecek bazı lokusların bakteriyelekspresyon sistemine aktarımı için kodon optimizasyonları yapılarak pET-32a(+)ekspresyon plazmid DNA’sına (Novagen) klonlanması gerçekleştirilmiştir. Eldeedilen rekombinant plazmitler E. colikompotent BL21(DE3) hücrelerine transforme edilerek optimum koşullardaekspresyon çalışmaları yürütülmüş ve ekspresyon etkinliği SDS-PAGE ve WesternBlot analizleri ile belirlenmiştir. Eksprese edilen rekombinant i-antijenproteinleri afinite kromotografi kulanılarak saflaştırılmış ve immunreaktiflikleri Western Blot analizleri ile tespit edilmiştir.&nbsp;Çalışmada,Elazığ, Rize ve Muğla illerinde ziyaret edilen işletmelerdeki Gökkuşağıalabalıklarında deri ve solungaçlarından hazırlanan preparatların mikroskobikincelemeleri ile I. multifiliisenfeksiyonunun yaygın olduğu görülmüştür. İlgili bölgelerden elde edilen I. multifiliis suşlarına ait cDNA vegDNA izolatlarının i-antijen gen lokusunun dizayn edilen pirmerlerle PCR’daamplifiye edilmesi sonucu 1200-1300 bp büyüklüğünde amplikonlar saptanmıştır.Pürifiye amplikonların klonlanması sonucu ilgili izolatlara ait açık okumaçerçevesi (ORF) sekanslarının analizinde birbirleriyle %38,3-58,8 arasındafarklılık gösteren 4 farklı i-antijen izoformu tespit edilmiştir. Bu izoformlararasında bir antijenik lokusun (ImulTR1-iant) her üç ildeki alabalıkpopülasyonlarından izole edilen I.multifiliis suşlarında da var olduğu NGS analizlerinde görülmüştür.ImulTR1-iant ORF sekansı ayrıca Amerika Birleşik Devletleri’nde alabalıklardanizole edilmiş bir i-antijen izoformuyla %83,3 identiklik gösterirken, diğertespit edilen izoformlara ait sekansların GenBank veri tabanında mevcuti-antijen sekanslarından oldukça farklı olduğu belirlenmiştir. Araştırmadarekaombinant i-antijen eldesi için yaygın belirlenen ImulTR1-iant izolatıüzerinden analizler yürütülmüştür. Bu izoformu kodlayan gen bölgesinin 1263bpbüyüklüğünde olduğu ve ORF’nin 420 amino asitten teşekkül ettiğibelirlenmiştir. ORF amino asit sekanslarının in-slico analizlerde 42,552 kDabüyüklüğünde bir proteini eksprese ettiği, bu proteinin sitoplazmik olduğu vetransmembran bölge içermediği tespit edilmiştir. Ayrıca ilgili ORF sekansıiçerisinde uzunluğu 7-22aa arasında değişen 21 antijenik bölge olduğubelirlenmiştir. Kodon optimizasyonu yapılmış olan ImulTR1-iant izoformuna ait pET-32a(+)rekombinant plazmitinin E. colikompotent BL21(DE3) hücrelerine transformasyonu ve ekspresyonu sonrasındayapılan SDS-PAGE analizlerinde in-silico analiz sonuçlarına paralel olarakyaklaşık 43kDa’luk protein jel üzerinde görüntülenmiştir. İlgili rekombinantprotein afinite kromotografide HisTrap FF crude (GE Healthcare) kolonlarıkullanılarak saflaştırılmış ve pürifiye rekombinant antijenin immun-reaktifliğiWestern-Blot analizleriyle gösterilmiştir.&nbsp;ErciyesÜniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından TOA-2017-7742 kodnumarasıyla desteklenen bu çalışma ile Türkiye’de gökkuşağı alabalıklarındasorun oluşturan ve ekonomik kayıplara yol açan I. multifiliis suşlarına karşı biyoteknolojik aşı geliştirilmesinoktasında aşı adayı olabilecek immobilizan antijenler üzerine özgün veriler sağlanmıştır.Elde edilen aşı adayı rekombinant antijenlerin etkinliğini ortaya koymanoktasında laboratuvar ve saha şartlarında immunizasyon ve çelınç enfeksiyondenemeleri için yeni proje çalışmaları planlanmaktadır.</style

Regulation des DNA-Polymerase-[alpha]-Gens durch den Transkriptionsfaktor YB-1

Y-box protein-1 involvement in cyclin A and B1 gene regulation has recently been demonstrated (Jurchott, K., Bergmann S., Stein U., Walther W., Janz M., Manni I., Piaggio G., Fietze E., Dietel M., and Royer H.D. (2003) J. Biol. Chem. 278, 27988-96). A more generalised role of this protein for cell-replication is hypothesised as numerous regulatory sequences of cell-cycle related genes contain putative binding sites. In the present study the DNA polymerase Alpha (DPA) gene is identified as another YB-1 responsive gene with a Y-box and 3‘ inverted repeat sequence, designated DPA RE-1, in the serum-responsive promoter region. Overexpressed YB-1 concentration-dependently trans-activated DPA gene expression in reporter assays. Southwestern blotting and DNA binding analyses revealed binding of distinct endogenous proteins to the RE-1 with molecular sizes of 26, 32 and 52 kDa. Among these, YB-1 binding was confirmed using recombinant as well as endogenous proteins, with preferential single-stranded DNA binding. Early serum growth response in mesangial cells was accompanied by a nuclear YB-1 shift and nucleocomplex formation at the RE-1. Fine mapping of the DPA RE-1 sequence unravelled a dependency on co-factors for trans-regulation with gene activation in the context of a heterologous SV40 promoter, however suppression in the context of the abbreviated homologous promoter sequence. These results link YB-1 to serum-responsiveness of DPA gene expression and provide insight into the required sequence and protein binding context

Reply to discussion by R. Tomas, M. Cano, J. Garcia-Barba on "GIS-based kinematic slope instability and slope mass rating (SMR) maps: application to a railway route in Sivas (Turkey)" by Isik Yilmaz, Marian Marschalko, Mustafa Yildirim, Emek Dereli and Martin Bednarik, Bulletin of Engineering Geology and the Environment 71, (2012), 351-357, doi:10.1007/s10064-011-0384-5"

Web of Science72114814

Optical Properties of Nematic Liquid Crystal (C 21 H 27 NO 2 S) Under AC/DC Electric Fields

In this study, the effects of the phase transition on the optical transmittance of the nematic liquid crystal C21H27NO2S, 4′-isothiocyanatophenyl-4-pentylbicyclo[2,2,2]octane-1-carboxylate are investigated in terms of temperature variation and rotational angle of the polarizer through electro-optical methods under AC / DC electric fields. It is observed that the domain structure of the material is affected considerably by the applied electric field as the temperature changes. Under applied electric fields, the crystal-nematic (CN) phase-transition point changes and the behaviour of the liquid crystal in the phase-transition region shows some differences. The intensity of the light passing through the system under a DC electric field increases as the electric field rises. Nevertheless, the intensity of the transmitted light under an AC electric field increases at the beginning and then decreases as the electric field rises to a temperature of more than 355 K. These results can be explained through the formation of a domain structure during the phase-transition process and the light scattering caused by these structures

Cellular angiolipoma of the breast with unusual radiologic presentation as a carcinoma

We herein report a case of cellular angiolipoma of the breast mimicking radiologically a breast carcinoma in a 52-year-old woman. Mammography revealed a speculated mass containing microcalcifications. Sonography showed a hypoechoic mass with marginal irregularity. At microscopic examination, a focal lesion within the breast stroma consisting of branching vascular network between mature adipocytes was present. Vascular channels contained red blood cells and numerous fibrin microthrombi. We conclude that the mammographic and sonographic features reflect the degree of vascular proliferation within angiolipoma. © 2003 Elsevier Ireland Ltd. All rights reserved

GIS-based kinematic slope instability and slope mass rating (SMR) maps: application to a railway route in Sivas (Turkey)

The paper discusses the use of kinematic stability and slope mass rating (SMR) maps in GIS based on field studies recording the relationships between the bedding/joint geometry relative to the orientation of the free face. The results indicated the potential for both planar and wedge type failures in many locations along a railway route. Whilst the results showed the procedure to be a useful first assessment of slope stability, it is recommended that the construction of the maps by kinematic slope stability and SMR analysis within the GIS medium should be used in conjunction with more sophisticated slope stability models taking into account of the material strengths, hydrostatic pressures, seepage forces, active forces, passive forces, etc.L’article considère l’utilisation de cartes présentant les conditions cinématiques de rupture de pente et un indice SMR de pente, dans un système d’information géographique, cartes établies à partir d’études de terrain comparant les attitudes respectives des pentes et des joints dans une masse rocheuse. Les résultats montrent que des ruptures planes et des ruptures de dièdres sont possibles en plusieurs endroits le long de la voie ferrée étudiée. La procédure est utile pour une première évaluation de la stabilité des pentes, mais il est recommandé que les cartes donnant les conditions cinématiques de rupture de pente et l’indice SMR de pente, dans un SIG, soient utilisées conjointement avec des modèles plus sophistiqués de stabilité des pentes prenant en compte les résistances des matériaux, les pressions hydrostatiques, les forces d’écoulement, les forces motrices, les forces résistantes, etc.Web of Science71235735

Characterization and Neutron Shielding Behavior of Dehydrated Magnesium Borate Minerals Synthesized via Solid-State Method

Magnesium borates are one of the major groups of boron minerals that have good neutron shielding performance. In this study, dehydrated magnesium borates were synthesized by solid-state method using magnesium oxide (MgO) and boron oxide (B2O3), in order to test their ability of neutron shielding. After synthesizing the dehydrated magnesium borates, characterizations were done by X-ray Diffraction (XRD), fourier transform infrared (FT-IR), Raman spectroscopy, and scanning electron microscopy (SEM). Also boron oxide (B2O3) contents and reaction yields (%) were calculated. XRD results showed that seven different types of dehydrated magnesium borates were synthesized. 1000°C reaction temperature, 240 minutes of reaction time, and 3 : 2, 1 : 1 mole ratios of products were selected and tested for neutron transmission. Also reaction yields were calculated between 84 and 88% for the 3 : 2 mole ratio products. The neutron transmission experiments revealed that the 3 : 2 mole ratio of MgO to B2O3 neutron transmission results (0.618–0.655) was better than the ratio of 1 : 1 (0.772–0.843)

Sustainability in additive manufacturing : Exploring the mechanical potential of recycled PET filaments

Herein, the effects of recycled polymers on the mechanical properties of additively manufactured specimens, specifically those derived by fused deposition modelling, are determined. The intention is to investigate how 3D-printing can be more sustainable and how recycled polymers compare against conventional ones. Initially, sustainability is discussed in general and more sustainable materials such as recycled filaments and biodegradable filaments are introduced. Subsequently, a comparison of the recycled filament recycled Polyethylene terephthalate (rePET) and a conventional Polyethylene terephthalate with glycol (PETG) filament is drawn upon their mechanical performance under tension, and the geometry and slicing strategy for the 3D-printed specimens is discussed. Finally, the outcomes from the experiments are compared against numerically determined results and conclusions are drawn