Escherchia coli ribose binding protein based bioreporters revisited.

Bioreporter bacteria, i.e., strains engineered to respond to chemical exposure by production of reporter proteins, have attracted wide interest because of their potential to offer cheap and simple alternative analytics for specified compounds or conditions. Bioreporter construction has mostly exploited the natural variation of sensory proteins, but it has been proposed that computational design of new substrate binding properties could lead to completely novel detection specificities at very low affinities. Here we reconstruct a bioreporter system based on the native Escherichia coli ribose binding protein RbsB and one of its computationally designed variants, reported to be capable of binding 2,4,6-trinitrotoluene (TNT). Our results show in vivo reporter induction at 50 nM ribose, and a 125 nM affinity constant for in vitro ribose binding to RbsB. In contrast, the purified published TNT-binding variant did not bind TNT nor did TNT cause induction of the E. coli reporter system

ПРОГРАММНЫЙ КОМПЛЕКС «ARTHRON», ПРЕДНАЗНАЧЕННЫЙ ДЛЯ КОЛИЧЕСТВЕННОЙ ОЦЕНКИ СУСТАВНОГО СИНДРОМА ПРИ РЕВМАТИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЯХ

The program complex «Arthron» intended for the quantitative assessment of articular syndrome in rheumatic diseases. It is implemented using object-oriented C # language, interactive development environment MS Visual Studio development and NET 4.0. The program complex «Arthron» can operate under the control of OS Windows XP (SP3) or later. The database server Firebird 2.5 (local or network) is used to store information about patients. The system can be installed on a personal computer, as well as a laptop or tablet, and can be used at the bedside of the patient.Разработан программный комплекс «Arthron», предназначенный для количественной оценки суставного синдрома при ревматических заболеваниях. Он реализован с применением объектно-ориентированного языка C#, среды разработки MS Visual Studio и .NET 4.0. Комплекс может функционировать под управлением ОС Windows XP (SP3) и выше. Для хранения информации о пациентах используются локальный и сетевой сервер баз данных Firebird 2.5. Комплекс может быть инсталлирован на персональный компьютер, а также на ноутбук или планшет, что позволяет использовать его у постели больного

Mixtures of Chemical Pollutants at European Legislation Safety Concentrations: How Safe Are They?

The risk posed by complex chemical mixtures in the environment to wildlife and humans is increasingly debated, but has been rarely tested under environmentally relevant scenarios. To address this issue, two mixtures of 14 or 19 substances of concern (pesticides, pharmaceuticals, heavy metals, polyaromatic hydrocarbons, a surfactant, and a plasticizer), each present at its safety limit concentration imposed by the European legislation, were prepared and tested for their toxic effects. The effects of the mixtures were assessed in 35 bioassays, based on 11 organisms representing different trophic levels. A consortium of 16 laboratories was involved in performing the bioassays. The mixtures elicited quantifiable toxic effects on some of the test systems employed, including i) changes in marine microbial composition, ii) microalgae toxicity, iii) immobilization in the crustacean Daphnia magna, iv) fish embryo toxicity, v) impaired frog embryo development, and vi) increased expression on oxidative stress-linked reporter genes. Estrogenic activity close to regulatory safety limit concentrations was uncovered by receptor-binding assays. The results highlight the need of precautionary actions on the assessment of chemical mixtures even in cases where individual toxicants are present at seemingly harmless concentration

Mixtures of chemical pollutants at European legislation safety concentrations: how safe are they?

The risk posed by complex chemical mixtures in the environment to wildlife and humans is increasingly debated, but has been rarely tested under environmentally relevant scenarios. To address this issue, two mixtures of 14 or 19 substances of concern (pesticides, pharmaceuticals, heavy metals, polyaromatic hydrocarbons, a surfactant, and a plasticizer), each present at its safety limit concentration imposed by the European legislation, were prepared and tested for their toxic effects. The effects of the mixtures were assessed in 35 bioassays, based on 11 organisms representing different trophic levels. A consortium of 16 laboratories was involved in performing the bioassays. The mixtures elicited quantifiable toxic effects on some of the test systems employed, including i) changes in marine microbial composition, ii) microalgae toxicity, iii) immobilization in the crustacean Daphnia magna, iv) fish embryo toxicity, v) impaired frog embryo development, and vi) increased expression on oxidative stress-linked reporter genes. Estrogenic activity close to regulatory safety limit concentrations was uncovered by receptor-binding assays. The results highlight the need of precautionary actions on the assessment of chemical mixtures even in cases where individual toxicants are present at seemingly harmless concentrations

Влияние полиморфизма -174G/C гена IL-6 на вероятность развития ревматоидного артрита у детского и взрослого населения Республики Беларусь

The usage of clinical and instrumental methods only may be not sufficient for early diagnosis of autoimmune rheumatic diseases, as well as for their course prediction. The progress of modern rheumatology is largely conditioned by the investigation of molecular-genetic nature of diseases and the identification of biomarkers that can significantly improve diagnostics and therapeutic approach. The present study aimed to evaluate the effect of -174G/C IL-6 gene polymorphism on the risk of developing rheumatoid arthritis (RA) in children and adults in Republic of Belarus. It was established that the CC genotype frequency (p = 0.01, OR = 2.19; 95 % CI [1.31-3.67]) as well as the С allele frequency (p = 0.03; OR = 1.44; 95 % CI [1.04-2.00]) was significantly higher among patients with juvenile idiopathic arthritis (JIA) in the entire group and especially in girls (p = 0.04, OR = 2.55; 95 % CI [1.22-5.36]) in comparison with the controls. In addition, there is a tendency to higher frequency of the С allele in adult patients with RA (p = 0.07), reaching statistical significance in the case of RF-negative arthritis (p = 0.03, OR = 3.04; 95 % CI [1.15-8.06]). The minor С allele (p = 0.03, OR = 2.04; 95 % CI [1.09-3.82]) and homozygous CC genotype (p = 0.02, OR = 3.34; 95 % CI [1.38-8.07]) are also associated with seronegative polyarthritis in children. Thus, the presence of this allele in the tested locus increases the likelihood of developing certain rheumatoid arthritis subtypes in adults and children and can be used to reveal individuals with genetic predisposition.Для ранней диагностики аутоиммунных ревматических заболеваний, а также прогнозирования их течения, использование исключительно клинических инструментальных методов может быть недостаточным. Прогресс современной ревматологии во многом обусловлен изучением молекулярно-генетической природы заболеваний и выявлением биомаркеров, позволяющих значительно повысить качество диагностики и облегчающих выбор адекватной терапии. В настоящей работе проведена оценка влияния полиморфизма -174G/C гена IL-6 на риск развития ревматоидного артрита (РА) у детского и взрослого населения Республики Беларусь. Установлено, что частота встречаемости гомозигот СС (р = 0,01; OR = 2,19; 95 % CI [1,31-3,67]) и минорного аллеля С (р = 0,03; OR = 1,44; 95 % CI [1,04-2,00]) достоверно выше среди пациентов с ювенильным идиопатическим артритом (ЮИА) в целом и достигает двукратной разницы в группе девочек (р = 0,04; OR = 2,55; 95 % CI [1,22-5,36]) по сравнению с группой условно здоровых детей. Кроме того, есть тенденция к повышению частоты встречаемости аллеля С у пациентов с РА (р = 0,07), с достижением статистической значимости в случае серонегативного артрита (р = 0,03; OR = 3,04; 95 % CI [1,158,06]). У детей минорный аллель С (р = 0,03; OR = 2,04; 95 % CI [1,09-3,82]) и его гомозиготное состояние (р = 0,02; OR = 3,34; 95 % CI [1,38-8,07]) также ассоциированы с серонегативным полиартритом. Таким образом, наличие данного аллеля в исследуемом локусе гена IL-6 увеличивает вероятность развития определенных подтипов ревматоидного артрита у взрослых и детей и может использоваться при формировании групп риска генетически предрасположенных индивидов

Полиморфизм некоторых генов JAK-STAT сигнального пути и его регуляторов у пациентов с системной красной волчанкой и люпус нефритом в Республике Беларусь

Genes of interest – STAT4, PTPN2 and PTPN22 – are components of the JAK-STAT signaling pathway, one of the important regulators of the immune system. The JAK-STAT pathway plays a key role in the development of both systemic lupus erythematosus (SLE) and its manifestation, lupus nephritis (LN) by mediating interferon levels and promoting IFN-induced gene expression. We investigated the allele and genotypes frequencies at the polymorphic loci of the STAT4 (rs7574865, rs3821236), PTPN2 (rs2542151, rs7234029) and PTPN22 (rs2476601) genes in groups of children (n = 37) and adults (n = 63) with SLE and LN. The control group included children (n = 420) and adults (n = 345) without autoimmune diseases. The analysis of the combined group of pediatric and adult patients revealed that the rs7574865 polymorphic locus of the STAT4 gene is associated with the risk of developing SLE (Т: OR 1,99 [1,42–2,79], р = 0,0001; TT: OR 3,36 [1,64–6,87], р = 0,0018) and LN (Т: OR 1,91 [1,32–2,78], р = 0,0008; TT: OR 4,25 [2,02–8,95], р = 0,0004). These associations also persisted when analyzing the pediatric and adult groups of patients with SLE and LN separately. Moreover, the rs7574865 polymorphic locus of the STAT4 gene appears to be a common genetic risk factor for autoimmune diseases development. The association of the polymorphic locus rs2542151 of the PTPN2 gene with the SLE (G: OR 1,66 [1,12–2,47], p = 0,014; GT: OR 1,74 [1,10–2,77], р = 0,021) and LN (G: OR 1,87 [1,21–2,88], р = 0,006; GT: OR 1,90 [1,13–3,18], р = 0,017) susceptibility was also found in a combined group of patients. The polymorphic loci rs7234029 in the PTPN2 gene and rs2476601 in the PTPN22 gene were not associated with SLE or LN regardless of the age of the patients.Исследуемые гены STAT4, PTPN2 и PTPN22 являются звеньями JAK-STAT сигнального пути, одного из важных регуляторов функционирования иммунной системы. Опосредованное им повышение уровня интерферонов и экспрессии индуцируемых ими генов играет ключевую роль в развитии как системной красной волчанки (СКВ), так и ее проявления – люпус нефрита (ЛН). В работе определены частоты генотипов и аллелей в полиморфных локусах генов STAT4 (rs7574865, rs3821236), PTPN2 (rs2542151, rs7234029) и PTPN22 (rs2476601) в группах детей (n = 37) и взрослых (n = 63) с СКВ и ЛН. В контрольную группу включены дети (n = 420) и взрослые (n = 345) без аутоиммунных заболеваний. Анализ объединенной группы пациентов детского и взрослого возраста позволил установить, что полиморфный локус rs7574865 гена STAT4 является маркером риска развития СКВ (Т: OR 1,99 [1,42–2,79], р = 0,0001; TT: OR 3,36 [1,64–6,87], р = 0,0018) и ЛН (Т: OR 1,91 [1,32–2,78], р = 0,0008; TT: OR 4,25 [2,02–8,95], р = 0,0004). Эти ассоциации сохранялись и при анализе детской и взрослой групп пациентов с СКВ и ЛН по отдельности. При этом полиморфный локус rs7574865 гена STAT4 является, по-видимому, общим генетическим фактором риска возникновения аутоиммунных заболеваний. Также выявлена ассоциация полиморфного локуса rs2542151 гена PTPN2 с риском развития СКВ (G: OR 1,66 [1,12–2,47], p = 0,014; GT: OR 1,74 [1,10–2,77], р = 0,021) и ЛН (G: OR 1,87 [1,21–2,88], р = 0,006; GT: OR 1,90 [1,13–3,18], р = 0,017) в объединенной группе пациентов. Полиморфные локусы rs7234029 гена PTPN2 и rs2476601 гена PTPN22 не были ассоциированы с СКВ или ЛН вне зависимости от возраста пациентов