Mitochondrial physiology

As the knowledge base and importance of mitochondrial physiology to evolution, health and disease expands, the necessity for harmonizing the terminology concerning mitochondrial respiratory states and rates has become increasingly apparent. The chemiosmotic theory establishes the mechanism of energy transformation and coupling in oxidative phosphorylation. The unifying concept of the protonmotive force provides the framework for developing a consistent theoretical foundation of mitochondrial physiology and bioenergetics. We follow the latest SI guidelines and those of the International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) on terminology in physical chemistry, extended by considerations of open systems and thermodynamics of irreversible processes. The concept-driven constructive terminology incorporates the meaning of each quantity and aligns concepts and symbols with the nomenclature of classical bioenergetics. We endeavour to provide a balanced view of mitochondrial respiratory control and a critical discussion on reporting data of mitochondrial respiration in terms of metabolic flows and fluxes. Uniform standards for evaluation of respiratory states and rates will ultimately contribute to reproducibility between laboratories and thus support the development of data repositories of mitochondrial respiratory function in species, tissues, and cells. Clarity of concept and consistency of nomenclature facilitate effective transdisciplinary communication, education, and ultimately further discovery

Mitochondrial physiology

As the knowledge base and importance of mitochondrial physiology to evolution, health and disease expands, the necessity for harmonizing the terminology concerning mitochondrial respiratory states and rates has become increasingly apparent. The chemiosmotic theory establishes the mechanism of energy transformation and coupling in oxidative phosphorylation. The unifying concept of the protonmotive force provides the framework for developing a consistent theoretical foundation of mitochondrial physiology and bioenergetics. We follow the latest SI guidelines and those of the International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) on terminology in physical chemistry, extended by considerations of open systems and thermodynamics of irreversible processes. The concept-driven constructive terminology incorporates the meaning of each quantity and aligns concepts and symbols with the nomenclature of classical bioenergetics. We endeavour to provide a balanced view of mitochondrial respiratory control and a critical discussion on reporting data of mitochondrial respiration in terms of metabolic flows and fluxes. Uniform standards for evaluation of respiratory states and rates will ultimately contribute to reproducibility between laboratories and thus support the development of data repositories of mitochondrial respiratory function in species, tissues, and cells. Clarity of concept and consistency of nomenclature facilitate effective transdisciplinary communication, education, and ultimately further discovery

Origin, location and molecular characterization of phytolith carbon: insights for the phytolith carbon cycle.

International audienc

Origin, location and molecular characterization of phytolith carbon: insights for the phytolith carbon cycle.

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Origin, location and molecular characterization of phytolith carbon: insights for the phytolith carbon cycle.

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Le projet ACTION : Accompagnement au Changement vers la TransitION agro-écologique pour une performance globale des exploitations agricoles, Rapport final scientifique

This report corresponds to the final report of the ACTION project (Accompagnement au Changement vers la TransitION agro-écologique pour une performance globale des exploitations agricoles) supported by the French Ministry of Agriculture and Food Sovereignty under CASDAR funding (APP N° 5727, CASDAR 2017-2022 - programme 776 recherche appliquée et innovation en agriculture) over the period 2017 to 2022. The ACTION project addressed three main objectives: 1) the scientific development of the IDEA method in its new version 4 (IDEA4) in its two evaluative approaches to sustainability (the approach based on the three dimensions of sustainable development and the approach based on the five properties of sustainable agricultural systems), 2) the validation through use of the IDEA4 method by testing its ability to support changes linked to the agro-ecological transition in different activities (agricultural advice, support for farmers and agricultural education) and 3) the development of computerised tools and technical guides to ensure the full use of the method. The main results of this project are as follows. Firstly, the IDEA4 method has been finalised both in its theoretical framework and in its operational framework, with its two functional evaluation approaches. Validation of the method was based on use tests carried out on 531 farms by 311 signatory organisations to the CGU (136 of which were not involved in technical or higher education), enabling validation of the methodological choices and the four tools developed. Four computerised tools have been developed to support the various uses of the method: the method's website (https://methode-idea.org/), the IDEA Excel calculator, the IDEATools R package and the WEB-IDEA platform (https://web-idea.inrae.fr). The Excel calculator performs five essential functions. It collects data on the farm, organises this data using dedicated tabs, calculates the 53 indicators, outputs the results of the dimensional approach in the form of a table and simple graphs, and transfers the data to the WEB-IDEA platform. It comes with a printable survey document. IDEATools is the engine that enables the WEB-IDEA platform to offer the data analyses proposed by the WEB-IDEA platform. The WEB-IDEA platform provides three types of output: (i) automated output on the sustainability of a farm in the two approaches to sustainability (dimensions and properties), (ii) analysis of the sustainability of groups of farms within the same organisation/company, and (iii) access to "benchmark" data on the sustainability of farms that have used the IDEA method4. Secondly, a comprehensive book on the IDEA4 method has been published, describing the theoretical framework, the 53 indicators presented in the form of standardised sheets (calculation methodology, arguments, details and bibliography) and providing recommendations for use. It is supplemented by four dedicated technical guides to support its various uses (advice / support and teaching). Thirdly, four differentiated teaching paths for IDEA4 have been developed with teaching teams for use in agricultural technical education. Finally, the training aspect of the method has been very significant, with 114 staff trained in 61 agricultural technical schools and just over 1,100 students, most of them in Agricultural Engineering Schools (9 out of 10 schools). It also enabled the professional training of 145 professionals, mainly development agents.Ce rapport correspond au rapport final du projet ACTION (Accompagnement au Changement vers la TransitION agro-écologique pour une performance globale des exploitations agricoles) soutenu par le ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté alimentaire au titre des crédits CASDAR (APP N° 5727, CASDAR 2017-2022 - programme 776 recherche appliquée et innovation en agriculture) sur la période 2017 à 2022. Le projet ACTION a répondu à trois objectifs principaux : 1) le développement scientifique de la méthode IDEA dans sa nouvelle version 4 (IDEA4) dans ses deux approches évaluatives de la durabilité (l’approche par les trois dimensions du développement durable et l’approche par les cinq propriétés des systèmes agricoles durables), 2) la validation par l’usage de la méthode IDEA4 en testant sa capacité à accompagner les changements liés à la transition agroécologique dans différentes activités (conseil agricole, accompagnement des agriculteurs et enseignement agricole) et 3) le développement des outils informatisés et guides techniques pour assurer l’usage complet de la méthode. Les principaux résultats acquis lors de ce projet sont les suivants. Premièrement, la méthode IDEA4 a été finalisée à la fois dans son cadre théorique mais aussi dans son cadre opérationnel avec ses deux approches évaluatives qui sont fonctionnelles. La validation de la méthode s’est appuyée sur la réalisation de tests d’usage auprès de 531 exploitations agricoles réalisés par 311 organismes signataires des CGU (dont 136 hors enseignements technique ou supérieur) permettant à la fois de contrôler la validation des choix méthodologiques, des quatre outils développés. Quatre outils informatisés ont été développés pour accompagner les différents usages de la méthode : le site internet de la méthode (https://methode-idea.org/), le calculateur Excel IDEA, le package R IDEATools et la plateforme WEB-IDEA (https://web-idea.inrae.fr). Le calculateur au format Excel assure cinq fonctions essentielles. Il collecte des données sur l’exploitation agricole, organise ces données au travers d’onglets dédiés, calcule les 53 indicateurs, édite les résultats de l’approche par les dimensions sous la forme d’un tableau et de graphiques simples et permet de transfert des données vers la plateforme WEB-IDEA. Il est doté d’un document d’enquête imprimable. IDEATools est le moteur qui permet à la plateforme WEB-IDEA de proposer les analyses de données proposées par la plateforme WEB-IDEA. La plateforme WEB-IDEA permet la sortie de trois types de résultats : i) l’édition de sorties automatisées sur la durabilité d’une exploitation agricole dans les deux approches de la durabilité (dimensions et propriétés), (ii) l’analyse de la durabilité groupes d’exploitations agricoles au sein d’un même organisme et (iii) l’accès à des données « repères » sur la durabilité des exploitations agricoles ayant mobilisé la méthode IDEA4. Deuxièmement, un ouvrage complet sur la méthode IDEA4 a été publié décrivant le cadre théorique, les 53 indicateurs présentés sous forme de fiches standardisées (méthodologie de calcul, argumentaires, précisions et bibliographie) et apportant des recommandations d’usage. Il est complété par quatre guides techniques dédiés pour accompagner ses différents usages (conseil / accompagnement et enseignement). Troisièmement, quatre parcours pédagogiques différenciés d’enseignement à IDEA4 ont été construits avec les équipes pédagogiques pour ses usages dans l'enseignement technique agricole. Enfin, la dimension formation à la méthode a été très marquée avec la formation de 114 personnels dans 61 établissements de l’enseignement technique agricole, un peu plus de 1100 étudiants majoritairement présents dans les établissements supérieurs agronomiques (9 sur 10 établissements). Il a également permis la formation professionnelle de 145 professionnels, principalement des agents du développement (conseillers agricoles, animateurs, chargés de mission, etc..) issus de 68 structures professionnelles

Le projet ACTION : Accompagnement au Changement vers la TransitION agro-écologique pour une performance globale des exploitations agricoles, Rapport final scientifique

This report corresponds to the final report of the ACTION project (Accompagnement au Changement vers la TransitION agro-écologique pour une performance globale des exploitations agricoles) supported by the French Ministry of Agriculture and Food Sovereignty under CASDAR funding (APP N° 5727, CASDAR 2017-2022 - programme 776 recherche appliquée et innovation en agriculture) over the period 2017 to 2022. The ACTION project addressed three main objectives: 1) the scientific development of the IDEA method in its new version 4 (IDEA4) in its two evaluative approaches to sustainability (the approach based on the three dimensions of sustainable development and the approach based on the five properties of sustainable agricultural systems), 2) the validation through use of the IDEA4 method by testing its ability to support changes linked to the agro-ecological transition in different activities (agricultural advice, support for farmers and agricultural education) and 3) the development of computerised tools and technical guides to ensure the full use of the method. The main results of this project are as follows. Firstly, the IDEA4 method has been finalised both in its theoretical framework and in its operational framework, with its two functional evaluation approaches. Validation of the method was based on use tests carried out on 531 farms by 311 signatory organisations to the CGU (136 of which were not involved in technical or higher education), enabling validation of the methodological choices and the four tools developed. Four computerised tools have been developed to support the various uses of the method: the method's website (https://methode-idea.org/), the IDEA Excel calculator, the IDEATools R package and the WEB-IDEA platform (https://web-idea.inrae.fr). The Excel calculator performs five essential functions. It collects data on the farm, organises this data using dedicated tabs, calculates the 53 indicators, outputs the results of the dimensional approach in the form of a table and simple graphs, and transfers the data to the WEB-IDEA platform. It comes with a printable survey document. IDEATools is the engine that enables the WEB-IDEA platform to offer the data analyses proposed by the WEB-IDEA platform. The WEB-IDEA platform provides three types of output: (i) automated output on the sustainability of a farm in the two approaches to sustainability (dimensions and properties), (ii) analysis of the sustainability of groups of farms within the same organisation/company, and (iii) access to "benchmark" data on the sustainability of farms that have used the IDEA method4. Secondly, a comprehensive book on the IDEA4 method has been published, describing the theoretical framework, the 53 indicators presented in the form of standardised sheets (calculation methodology, arguments, details and bibliography) and providing recommendations for use. It is supplemented by four dedicated technical guides to support its various uses (advice / support and teaching). Thirdly, four differentiated teaching paths for IDEA4 have been developed with teaching teams for use in agricultural technical education. Finally, the training aspect of the method has been very significant, with 114 staff trained in 61 agricultural technical schools and just over 1,100 students, most of them in Agricultural Engineering Schools (9 out of 10 schools). It also enabled the professional training of 145 professionals, mainly development agents.Ce rapport correspond au rapport final du projet ACTION (Accompagnement au Changement vers la TransitION agro-écologique pour une performance globale des exploitations agricoles) soutenu par le ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté alimentaire au titre des crédits CASDAR (APP N° 5727, CASDAR 2017-2022 - programme 776 recherche appliquée et innovation en agriculture) sur la période 2017 à 2022. Le projet ACTION a répondu à trois objectifs principaux : 1) le développement scientifique de la méthode IDEA dans sa nouvelle version 4 (IDEA4) dans ses deux approches évaluatives de la durabilité (l’approche par les trois dimensions du développement durable et l’approche par les cinq propriétés des systèmes agricoles durables), 2) la validation par l’usage de la méthode IDEA4 en testant sa capacité à accompagner les changements liés à la transition agroécologique dans différentes activités (conseil agricole, accompagnement des agriculteurs et enseignement agricole) et 3) le développement des outils informatisés et guides techniques pour assurer l’usage complet de la méthode. Les principaux résultats acquis lors de ce projet sont les suivants. Premièrement, la méthode IDEA4 a été finalisée à la fois dans son cadre théorique mais aussi dans son cadre opérationnel avec ses deux approches évaluatives qui sont fonctionnelles. La validation de la méthode s’est appuyée sur la réalisation de tests d’usage auprès de 531 exploitations agricoles réalisés par 311 organismes signataires des CGU (dont 136 hors enseignements technique ou supérieur) permettant à la fois de contrôler la validation des choix méthodologiques, des quatre outils développés. Quatre outils informatisés ont été développés pour accompagner les différents usages de la méthode : le site internet de la méthode (https://methode-idea.org/), le calculateur Excel IDEA, le package R IDEATools et la plateforme WEB-IDEA (https://web-idea.inrae.fr). Le calculateur au format Excel assure cinq fonctions essentielles. Il collecte des données sur l’exploitation agricole, organise ces données au travers d’onglets dédiés, calcule les 53 indicateurs, édite les résultats de l’approche par les dimensions sous la forme d’un tableau et de graphiques simples et permet de transfert des données vers la plateforme WEB-IDEA. Il est doté d’un document d’enquête imprimable. IDEATools est le moteur qui permet à la plateforme WEB-IDEA de proposer les analyses de données proposées par la plateforme WEB-IDEA. La plateforme WEB-IDEA permet la sortie de trois types de résultats : i) l’édition de sorties automatisées sur la durabilité d’une exploitation agricole dans les deux approches de la durabilité (dimensions et propriétés), (ii) l’analyse de la durabilité groupes d’exploitations agricoles au sein d’un même organisme et (iii) l’accès à des données « repères » sur la durabilité des exploitations agricoles ayant mobilisé la méthode IDEA4. Deuxièmement, un ouvrage complet sur la méthode IDEA4 a été publié décrivant le cadre théorique, les 53 indicateurs présentés sous forme de fiches standardisées (méthodologie de calcul, argumentaires, précisions et bibliographie) et apportant des recommandations d’usage. Il est complété par quatre guides techniques dédiés pour accompagner ses différents usages (conseil / accompagnement et enseignement). Troisièmement, quatre parcours pédagogiques différenciés d’enseignement à IDEA4 ont été construits avec les équipes pédagogiques pour ses usages dans l'enseignement technique agricole. Enfin, la dimension formation à la méthode a été très marquée avec la formation de 114 personnels dans 61 établissements de l’enseignement technique agricole, un peu plus de 1100 étudiants majoritairement présents dans les établissements supérieurs agronomiques (9 sur 10 établissements). Il a également permis la formation professionnelle de 145 professionnels, principalement des agents du développement (conseillers agricoles, animateurs, chargés de mission, etc..) issus de 68 structures professionnelles

The risk of COVID-19 death is much greater and age dependent with type I IFN autoantibodies

International audienceSignificance There is growing evidence that preexisting autoantibodies neutralizing type I interferons (IFNs) are strong determinants of life-threatening COVID-19 pneumonia. It is important to estimate their quantitative impact on COVID-19 mortality upon SARS-CoV-2 infection, by age and sex, as both the prevalence of these autoantibodies and the risk of COVID-19 death increase with age and are higher in men. Using an unvaccinated sample of 1,261 deceased patients and 34,159 individuals from the general population, we found that autoantibodies against type I IFNs strongly increased the SARS-CoV-2 infection fatality rate at all ages, in both men and women. Autoantibodies against type I IFNs are strong and common predictors of life-threatening COVID-19. Testing for these autoantibodies should be considered in the general population