Extracting Canopy Surface Texture from Airborne Laser Scanning Data for the Supervised and Unsupervised Prediction of Area-Based Forest Characteristics

Area-based analyses of airborne laser scanning (ALS) data are an established approach to obtain wall-to-wall predictions of forest characteristics for vast areas. The analyses of sparse data in particular are based on the height value distributions, which do not produce optimal information on the horizontal forest structure. We evaluated the complementary potential of features quantifying the textural variation of ALS-based canopy height models (CHMs) for both supervised (linear regression) and unsupervised (k-Means clustering) analyses. Based on a comprehensive literature review, we identified a total of four texture analysis methods that produced rotation-invariant features of different order and scale. The CHMs and the textural features were derived from practical sparse-density, leaf-off ALS data originally acquired for ground elevation modeling. The features were extracted from a circular window of 254 m(2) and related with boreal forest characteristics observed from altogether 155 field sample plots. Features based on gray-level histograms, distribution of forest patches, and gray-level co-occurrence matrices were related with plot volume, basal area, and mean diameter with coefficients of determination (R-2) of up to 0.63-0.70, whereas features that measured the uniformity of local binary patterns of the CHMs performed poorer. Overall, the textural features compared favorably with benchmark features based on the point data, indicating that the textural features contain additional information useful for the prediction of forest characteristics. Due to the developed processing routines for raster data, the CHM features may potentially be extracted with a lower computational burden, which promotes their use for applications such as pre-stratification or guiding the field plot sampling based solely on ALS data.Peer reviewe

Copy Number Analysis of Complement C4A, C4B and C4A Silencing Mutation by Real-Time Quantitative Polymerase Chain Reaction

Peer reviewe

Maahanmuuttajien keuhkotuberkuloosin seulonta on käynnistynyt hitaasti

Maahanmuuttajien, jotka eivät ole turvapaikanhakijoita tai pakolaisia, keuhkotuberkuloosiseulonta toteutuu vain osassa kunnista ja niissäkin vaihtelevasti. Ongelmia on ollut mm. seulottavien tavoittamisessa

Maahanmuuttajien keuhkotuberkuloosin seulonta on käynnistynyt hitaasti

Maahanmuuttajien, jotka eivät ole turvapaikanhakijoita tai pakolaisia, keuhkotuberkuloosiseulonta toteutuu vain osassa kunnista ja niissäkin vaihtelevasti. Ongelmia on ollut mm. seulottavien tavoittamisessa

Yhteistyörakenteet pitkäaikaistyöttömien, pitkäaikaissairaiden ja maahanmuuttajien palveluissa

Käynnissä olevan sote- ja maakuntauudistuksen kokonaistavoitteina ovat muun muassa palvelujen saatavuuden ja laadun paraneminen, kustannustehokkuuden lisääminen, digitalisaation edistäminen sekä uusien innovatiivisten palveluratkaisujen luominen maakuntiin. Yksi kokonaistavoitteiden saavuttamisen edellytys on palveluiden käsittäminen asiakaslähtöisiksi kokonaisuuksiksi, joiden sisällöt ylittävät perinteisiä organisaatiorajoja ja vaativat toimivaa yhteistyötä eri toimijoiden välillä. Tämä raportti käsittelee yhteistyörakenteita pitkäaikaistyöttömien, pitkäaikaissairaiden ja maahanmuuttajien palveluissa. Raportissa keskitytään erityisesti eri toimijoiden välisiin rajapintoihin ja näiden osalta kuvataan sekä palveluiden nykytilaa että reflektoidaan rajapintojen mahdollista tulevaisuutta maakunnallisessa mallissa. Esille nostetaan myös hyviä käytäntöjä ja mahdollisia ongelmakohtia rajapintayhteistyön näkökulmasta. Selvitys on luonteeltaan yhtäältä nykytilan kartoitus ja toisaalta kehittävää tutkimusta, jolla on pyritty selvittämään valittujen asiakasryhmien pohjalta yleisesti päteviä käytäntöjä rajapintayhteistyössä, kiinnittäen erityishuomio haastavimpiin asiakasryhmiin. Samalla on pyritty tuottamaan käytännönläheistä ja välittömästi hyödynnettävissä olevaa aineistoa uudistuksen valmisteluun. Raportin lopussa esitetään tutkimuskonsortion keskeisiä johtopäätöksiä ja näkökulmia tukemaan eri toimijoiden välisen yhteistyön kehittämistä ja onnistunutta palveluintegraatiot

Estimation of the Timber Quality of Scots Pine with Terrestrial Laser Scanning

Peer reviewe

Introduction and Rapid Spread of SARS-CoV-2 Omicron Variant and Dynamics of BA.1 and BA.1.1 Sublineages, Finland, December 2021

Multiple introductions of SARS-COV-2 Omicron variant BA.1 and BA.1.1. lineages to Finland were detected in early December 2021. Within 3 weeks, Omicron overtook Delta as the most common variant in the capital region. Sequence analysis demonstrated the emergence and spread through community transmission of a large cluster of BA.1.1 virus.Peer reviewe

Role of Lipids in Spheroidal High Density Lipoproteins

We study the structure and dynamics of spherical high density lipoprotein (HDL) particles through coarse-grained multi-microsecond molecular dynamics simulations. We simulate both a lipid droplet without the apolipoprotein A-I (apoA-I) and the full HDL particle including two apoA-I molecules surrounding the lipid compartment. The present models are the first ones among computational studies where the size and lipid composition of HDL are realistic, corresponding to human serum HDL. We focus on the role of lipids in HDL structure and dynamics. Particular attention is paid to the assembly of lipids and the influence of lipid-protein interactions on HDL properties. We find that the properties of lipids depend significantly on their location in the particle (core, intermediate region, surface). Unlike the hydrophobic core, the intermediate and surface regions are characterized by prominent conformational lipid order. Yet, not only the conformations but also the dynamics of lipids are found to be distinctly different in the different regions of HDL, highlighting the importance of dynamics in considering the functionalization of HDL. The structure of the lipid droplet close to the HDL-water interface is altered by the presence of apoA-Is, with most prominent changes being observed for cholesterol and polar lipids. For cholesterol, slow trafficking between the surface layer and the regimes underneath is observed. The lipid-protein interactions are strongest for cholesterol, in particular its interaction with hydrophobic residues of apoA-I. Our results reveal that not only hydrophobicity but also conformational entropy of the molecules are the driving forces in the formation of HDL structure. The results provide the first detailed structural model for HDL and its dynamics with and without apoA-I, and indicate how the interplay and competition between entropy and detailed interactions may be used in nanoparticle and drug design through self-assembly