Long-term mortality in hospitalized patients with community-acquired pseumonia

180 p.La neumonía adquirida en la comunidad (NAC) es un importante problema de salud pública con una elevada morbi-mortalidad. La incidencia anual oscila entre dos y ocho por cada 1000 habitantes. En Estados Unidos, junto con la gripe, fue la séptima causa de mortalidad en 2008. La mortalidad a corto plazo de los pacientes ingresados por NAC es elevada siendo aún mayor en aquellos pacientes que requieren un ingreso en una unidad de cuidados intensivos y de hasta un 50 % en los que necesitan drogas vasoactivas. Más allá, la mortalidad a largo plazo persiste siendo elevado a los 90 días, al cabo de uno y cinco años con tasas del 8%, 21% y 36%, respectivamente. Diversos autores han elaborado escalas de gravedad para mortalidad a corto plazo. En este sentido, la mortalidad a 15 días tras el diagnóstico se ha relacionado con el episodio agudo. Sin embargo, la relación entre la neumonía y la mortalidad a largo plazo no está del todo esclarecida. Los pacientes ingresados por neumonía padecen una mortalidad a largo plazo mayor que aquellos ingresados por otros motivos. Algunos autores han tratado de identificar los factores predictores de mortalidad a largo plazo. Sin embargo, hasta la fecha, no se han elaborado escalas de predicción específicas para la mortalidad a un año en estos pacientes. El principal objetivo de esta tesis fue evaluar la mortalidad a un año en pacientes ingresados por NAC. Para ello, se llevaron a cabo tres estudios en tres diferentes cohortes siendo la mortalidad a un año la variable independiente en todos los casos. En primer lugar, se evaluó una muestra de pacientes mayores de 18 años ingresados por NAC desde enero de 2001 hasta julio de 2009. Se determinó la mortalidad a un año mediante el soporte informático del sistema vasco de salud. Al tratarse de mortalidad a largo plazo y tratando de evitar el impacto del episodio de agudo sobre la mortalidad, se excluyeron los muertos de los 15 primeros días desde el diagnóstico. Se incluyeron un total de 2.351 pacientes dividiéndose la muestra en dos, una muestra derivación con 1.208 paciente y otra validación con 1.143. 250 (10.63%) pacientes fallecieron al cabo de un año. Se evaluaron las variables clínicamente relevantes que pudieran estar asociadas con la mortalidad a un año y aquellas que resultaron estadísticamente significativas en el análisis univariante se incluyeron en el análisis multivariante. La edad >80 años, la insuficiencia cardíaca, la demencia, la frecuencia respiratoria ¿30 respiraciones por minuto y el BUN>30 mg/dL se relacionaron de forma significativa con la mortalidad a un año. Se elaboró un modelo de predicción para la mortalidad a un año mediante una escala ponderada (one-year CAPSI) basada en cinco variables. Aquellos pacientes mayores de 80 años obtenían cuatro puntos, la insuficiencia cardíaca dos puntos, la demencia seis puntos, la la frecuencia respiratoria ¿30 respiraciones por minuto dos puntos y el BUN>30 mg/dL tres puntos. Considerando one-year CAPSI en su forma continua, presentó un C-index de 0.76 en la muestra derivación y de 0.77 en la muestra validación. Por cada incremento en un punto en la escala, los pacientes presentaban un hazard ratio de 1.24 para la mortalidad a un año. Al categorizar la escala en tres clases, aquellos pacientes de la muestra derivación que obtenían entre tres y cinco puntos, presentaban un una probabilidad 3.19 (HR) veces mayor de muerte al cabo de un año, mientras que en aquellos con más de cinco puntos era 9.91(HR) veces mayor. Se comparó one-year CAPSI con las escalas existentes en la actualidad en su poder predictivo para la mortalidad a un año, siendo one-year CAPSI superior que las escalas CURB65 y SCAP. En la segunda parte de este trabajo, se evaluó el papel de algunos biomarcadores para la predicción de mortalidad a un año. Además, se pudo evaluar el valor de los biomarcadores obtenidos en el seguimiento para la mortalidad a un año. Recientemente, se ha estudiado la inflamación sistémica en la neumonía con un papel primordial de los biomarcadores. Parece claro que niveles elevados de ciertos biomarcadores se relacionan con una mayor gravedad de la neumonía y de ahí su utilidad para la detección de complicaciones o la muerte. Sin embargo, algunos biomarcadores van más allá pudiendo incluso predecir la mortalidad a largo plazo. Se analizaron 231 pacientes con diagnóstico de NAC entre junio de 2008 y julio de 2009 en los que se pudo obtener muestras sanguíneas para el análisis de biomarcadores en el momento del diagnóstico y a los tres cinco días en algunos de ellos. Los biomarcadores analizados fueron la proteína C reactiva, la procalcitonina y al proadrenomedulina (proADM). De la misma manera que en el primer estudio, se excluyeron los pacientes fallecidos en los 15 primeros días desde el diagnóstico (10.39%). Niveles elevados de proADM se relacionaron de forma significativa con la gravedad en el momento del diagnostico medido por las escalas de gravedad. Las escalas de gravedad mostraron una elevada capacidad predictiva para la mortalidad a un año. Sin embargo, los biomarcadores presentaron un escaso poder predictiva para la mortalidad a un año y tras añadir la proADM a las escalas, la capacidad predictiva no mejoró. En un subanálisis realizado incluyendo todos los muertes desde el diagnóstico hasta el año, la proADM fue el biomarcador que mejor predijo la mortalidad a un año con un C-index de 0.71. Asimismo, al añadirlo a one-year CAPSI la capacidad predictiva mejoró significativamente. Por otro lado, se evaluó el papel del cambio de los niveles de proDAM desde el momento del diagnóstico a los 3-5 días. Tras ajustar por el valor de proADM en el momento del diagnóstico, una reducción de los niveles de proADM desde el diagnóstico a los 3-5 días se asoció de forma significativa con una reducción de la mortalidad a un año. Sin embargo, tras ajustar por gravedad de la enfermedad además de por el valor basal de proADM, únicamente cuando todos los muertos fueron incluidos se asoció con una disminución de la mortalidad a un año. Por lo tanto, basándose en nuestra muestra, la capacidad predictiva de mortalidad de la proADM consiste principalmente en la predicción a corto plazo. Por último, se evaluó la mortalidad a un año en una muestra externa de pacientes con NAC. Para ello, realicé una estancia de tres meses en un centro de referencia internacional en neumonías, Division of Infectious Diseases at the University of Louisville School of Medicine. Una vez allí, evalué de forma retrospectiva la mortalidad a un año de una muestra de pacientes ingresados por NAC desde junio de 2001 a noviembre de 2006, en el hospital ¿Veterans Affairs Medical Center of Louisville¿, en Louisville, Kentucky. Se trató de replicar one-year CAPSI en dicha muestra sin éxito por tratarse de una muestra muy peculiar con pacientes veteranos de guerra con características sociodemográficas y clínicas muy específicas. Se analizaron 455 pacientes ingresados por NAC en Veterans Affairs Medical Center de Louisville, Kentucky, y se evaluaron las variables clínicamente relevantes con la mortalidad a un año. Se utilizó un algoritmo genético para determinar el mejor modelo predictivo de mortalidad a uno y cinco años. 121 (27%) pacientes fallecieron a un año y 265 (58%) a los cinco años. Un modelo incluyendo la edad mayor de 75 años, el cáncer, la insuficiencia cardiaca, demencia, albumina 400,000/L presentaron una capacidad predictiva de 0.77 (AUC). Sin embargo, el mismo modelo presentó una débil capacidad predictiva para la mortalidad a los cinco años. En resumen, la mortalidad a corto plazo en pacientes ingresados por NAC ha sido ampliamente estudiada mientras que el pronóstico a largo plazo no está del todo establecido. El objetivo de esta tesis fue evaluar la mortalidad a un año en pacientes ingresados por NAC. Para ello, se elaboró una escala de fácil implementación basada en cinco variables con un elevado poder predictivo. Por otro lado, a proADM fue de utilidad para la predicción de mortalidad a un año aunque principalmente explicado por la mortalidad a corto plazo. Asimismo, un descenso de los niveles de proADM desde el momento del diagnóstico a los 3-5 días, ajustado pro el valor basal de la proADM, se asoció con una reducción de la mortalidad a un año. Finalmente, se elaboró una escala específica para la mortalidad a un año en una muestra de pacientes ingresados por NAC en Veterans Affairs Medical Center de Louisville, Kentucky. Las investigaciones futuras deberían centrar sus esfuerzos en el impacto de la inflamación en el pronóstico a largo plazo de la NAC

Literatur itzulpena: "La inocencia castigada" ipuin laburraren euskararako itzulpena eta analisia

55 p. -- Bibliogr.: p. 27-29Gradu Amaierako Lan (GrAL) honen helburu nagusia María de Zayas y Sotomayor idazlearen La inocencia castigada obraren pasarte bat euskaratzea da. La inocencia castigada XVII. mendeko ipuin labur bat da, garai hartan emakumeek jasaten zituzten injustiziak ezagutzera ematen dituena. Hala ere, itzulpen hutsaz harago, beste zenbait alderdi landuko dira lan honetan; itzulpen-prozesuan topa daitezkeen zailtasunen aurreikuspena egingo da, eta itzulpenean zehar izandako arazo nagusiei aurre egiteko erabili diren konponbideei eta estrategiei buruzko informazio zehatza emango da. Gauzak horrela, lanak honako egitura hau izango du: sarrera batekin emango zaio hasiera, eta, ondoren, idazlearen eta bere obraren inguruko daturik esanguratsuenak eskainiko dira. Jarraian, jatorri testuaren ezaugarri nagusien analisia egingo da, kanpo eta barne ezaugarriei erreparatuz. Atal horren helburua itzulpen-prozesuan zehar sor daitezkeen zailtasunen aurreikuspena egitea izango da. Segidan, garai bateko testuak gaur egungo euskarara itzultzearen inguruan hausnartuko da, eta, zenbait itzultzaileren iritzia ezagutu eta gero, jarraituko den itzulpen estrategia finkatuko da. Behin pasartea itzulita, lanaren hurrengo pausoa ipuin laburra euskaratzeko orduan topatutako arazo eta zailtasun aipagarrienen (besteak beste, sintaxi korapilatsua, erromantzearen itzulpena, jatorri testuaren ideiak gaur egungo pentsamoldera egokitzea…) azterketa egitea izango da; oztopo horiek gainditu ahal izateko erabili diren estrategiak azalduko dira. Jarraian, lan honetatik atera daitezkeen ondorio nagusiez hitz egingo da, eta, bukaeran, GrALa aurrera eramateko kontsultatu diren erreferentzia bibliografikoak aurkeztuko dira. Aipatu beharra dago, amaieran, itzuli den obraren jatorrizko bertsioa gehitu dela, eranskin moduan. Izan ere, garrantzitsua da proposaturiko itzulpena sorburu testuarekin alderatzeko aukera izatea. Gainera, nahiz eta lan honetan sorburu testuaren pasarte bat besterik itzuli ez den, ipuin laburra osorik txertatuko da, aberasgarriagoa izango baita lana bere osotasunean ezagutzea. GrAL bateko baldintzek zehazten duten karaktere kopurua errespetatzeko, eta sorburu testuak karaktere-muga ia osorik hartzen duela kontuan izanda, eranskinaren atalean aurkeztuko da La inocencia castigada ipuin laburra

Nuevos hablantes de euskera: identidad y legitimidad

En els últims 40 anys el nombre de bascoparlants ha crescut molt a causa, sobretot, de l'augment dels nous parlants o, utilitzant la terminologia en basc, euskaldunberris, definits aquí com totes aquelles persones que han après aquesta llengua per un mitjà diferent de la transmissió familiar. Encara que el grup dels nous parlants de basc és estratègic per al desenvolupament futur de la llengua, fins a aquesta recerca no hi ha hagut cap estudi en profunditat sobre ells.Aquest article presenta alguns dels resultats relacionats amb la identitat lingüística dels nous parlants. S'hi exploren les autoadscripcions a les tres principals categories que les vehiculen —euskaldun zaharra (parlant nadiu), euskaldunberri (nou parlant) i euskaldun (parlant de basc)— i s'hi argumenta que aquestes categories indexen identitats que se situen en un continuum d'autenticitat que, al seu torn, es correlaciona amb l'autopercepció dels parlants com a legítims parlants de basc.The number of Basque speakers has grown considerably in the last 40 years, due largely to the rising number of new speakers, or euskaldunberris, defined here as those people who have learned the language through any means other than family transmission. Although new Basque speakers constitute a strategic group for the future development of the language, until now no detailed study of this collective had been attempted.In this article we present the results of research into the perceived linguistic identities of new Basque speakers, exploring the participants’ reasons for assigning themselves to one of three principal categories: euskaldun zaharra (native speaker), euskaldunberri (new speaker) and euskaldun (Basque speaker). It is argued that these categories reflect identities that can be situated in a continuum of authenticity that, in turn, correlates with the speakers’ self-perception as legitimate speakers of Basque.En los últimos 40 años el número de vascohablantes ha crecido mucho debido en gran parte al aumento de los nuevos hablantes o, utilizando la terminología en euskera, euskaldunberris, definidos aquí como todas aquellas personas que han aprendido esta lengua por un medio diferente a la transmisión familiar. Aunque el grupo de los nuevos hablantes de euskera es estratégico para el desarrollo futuro de la lengua, hasta esta investigación no ha habido ningún estudio en profundidad sobre ellos.Este artículo presenta algunos de los resultados relacionados con la identidad lingüística de los nuevos hablantes. Se exploran las autoadscripciones a las tres principales categorías que las vehiculan —euskaldun zaharra (hablante nativo), euskaldunberri (nuevo hablante) y euskaldun (hablante de euskera)— y se argumenta que estas categorías indexan identidades que se sitúan en un continuum de autenticidad que, a su vez, se correlaciona con la autopercepción de los hablantes como legítimos hablantes de euskera

Authenticity and linguistic variety among new speakers of Basque

This paper argues that the type of variety learned and used by Basque language learners is a key element in their self-perception as “true” or authentic speakers of Basque. Drawing on focus groups and individual interviews, we find that new speakers are for the most part strongly oriented towards the value of authenticity epitomized by local varieties. While new speakers report the utility of their mastery over the new standard Basque variety, they are not inclined to view this mastery as granting themselves greater authority or ownership over Basque. Rather they strongly valorize the informal and vernacular speech forms indexing colloquial speech and local dialect most identified with native speakers. The new speaker’s sociolinguistic context and motivations for learning Basque seem to be predictive of the strength of this orientation. The findings of this study point to the necessity of further study and documentation of local vernacular as well the urgency for language educators to find ways of incorporating the acquisition of local and dialectal features into language instruction.National Foreign Language Resource Cente

Machine learning-based model for prediction of clinical deterioration in hospitalized patients by COVID 19

[EN] Despite the publication of great number of tools to aid decisions in COVID-19 patients, there is a lack of good instruments to predict clinical deterioration. COVID19-Osakidetza is a prospective cohort study recruiting COVID-19 patients. We collected information from baseline to discharge on: sociodemographic characteristics, comorbidities and associated medications, vital signs, treatment received and lab test results. Outcome was need for intensive ventilatory support (with at least standard high-flow oxygen face mask with a reservoir bag for at least 6 h and need for more intensive therapy afterwards or Optiflow high-flow nasal cannula or noninvasive or invasive mechanical ventilation) and/or admission to a critical care unit and/or death during hospitalization. We developed a Catboost model summarizing the findings using Shapley Additive Explanations. Performance of the model was assessed using area under the receiver operating characteristic and prediction recall curves (AUROC and AUPRC respectively) and calibrated using the Hosmer-Lemeshow test. Overall, 1568 patients were included in the derivation cohort and 956 in the (external) validation cohort. The percentages of patients who reached the composite endpoint were 23.3% vs 20% respectively. The strongest predictors of clinical deterioration were arterial blood oxygen pressure, followed by age, levels of several markers of inflammation (procalcitonin, LDH, CRP) and alterations in blood count and coagulation. Some medications, namely, ATC AO2 (antiacids) and N05 (neuroleptics) were also among the group of main predictors, together with C03 (diuretics). In the validation set, the CatBoost AUROC was 0.79, AUPRC 0.21 and Hosmer-Lemeshow test statistic 0.36. We present a machine learning-based prediction model with excellent performance properties to implement in EHRs. Our main goal was to predict progression to a score of 5 or higher on the WHO Clinical Progression Scale before patients required mechanical ventilation. Future steps are to externally validate the model in other settings and in a cohort from a different period and to apply the algorithm in clinical practice. Registration: ClinicalTrials.gov Identifier: NCT04463706.This work was supported in part by grants from the Instituto de Salud Carlos III and the European Regional Development Fund COVID20/00459; the health outcomes group from Galdakao-Barrualde Health Organization; the Kronikgune Institute for Health Service Research; and the thematic network–REDISSEC (Red de Investigación en Servicios de Salud en Enfermedades Crónicas)–of the Instituto de Salud Carlos III. The funder of the study had no role in study design, data collection, analysis, management or interpretation, or writing of the report

Bacteraemic pneumococcal pneumonia and SARS-CoV-2 pneumonia: differences and similarities

OBJECTIVE: To analyse differences in clinical presentation and outcome between bacteraemic pneumococcal community-acquired pneumonia (B-PCAP) and sSvere Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) pneumonia. METHODS: This observational multi-centre study was conducted on patients hospitalized with B-PCAP between 2000 and 2020 and SARS-CoV-2 pneumonia in 2020. Thirty-day survival, predictors of mortality, and intensive care unit (ICU) admission were compared. RESULTS: In total, 663 patients with B-PCAP and 1561 patients with SARS-CoV-2 pneumonia were included in this study. Patients with B-PCAP had more severe disease, a higher ICU admission rate and more complications. Patients with SARS-CoV-2 pneumonia had higher in-hospital mortality (10.8% vs 6.8%; P=0.004). Among patients admitted to the ICU, the need for invasive mechanical ventilation (69.7% vs 36.2%; P<0.001) and mortality were higher in patients with SARS-CoV-2 pneumonia. In patients with B-PCAP, the predictive model found associations between mortality and systemic complications (hyponatraemia, septic shock and neurological complications), lower respiratory reserve and tachypnoea; chest pain and purulent sputum were protective factors in these patients. In patients with SARS-CoV-2 pneumonia, mortality was associated with previous liver and cardiac disease, advanced age, altered mental status, tachypnoea, hypoxaemia, bilateral involvement, pleural effusion, septic shock, neutrophilia and high blood urea nitrogen; in contrast, ≥7 days of symptoms was a protective factor in these patients. In-hospital mortality occurred earlier in patients with B-PCAP. CONCLUSIONS: Although B-PCAP was associated with more severe disease and a higher ICU admission rate, the mortality rate was higher for SARS-CoV-2 pneumonia and deaths occurred later. New prognostic scales and more effective treatments are needed for patients with SARS-CoV-2 pneumonia

In vivo expansion of a CD9+ decidual-like NK cell subset following autologous hematopoietic stem cell transplantation.

Autologous hematopoietic stem cell transplantation (autoHSCT) is a treatment option for hematological disorders and pediatric solid tumors. After an autoHSCT, natural killer (NK) cells are the first lymphocyte subset returning to normal levels. To uncover global changes during NK cell reconstitution after autoHSCT, we performed RNA-sequencing on NK cells before and after autoHSCT. Results showed profound changes in the gene expression profile of NK cells immediately after autoHSCT. Several biological processes including cell cycle, DNA replication and the mevalonate pathway were enriched. Significantly, we observed that following autoHSCT, NK cells acquired a decidual-like gene expression profile, including the expression of CD9. By using multiparametric flow cytometry, we confirmed the expansion of NK cells expressing CD9 immediately after autoHSCT, which exhibited higher granzyme B and perforin expression levels than CD9- NK cells. These results provide insights into the physiopathology of NK cells during their reconstitution after autoHSCT.Supported by the following grants: AECC-Spanish Association Against Cancer (PROYE16074- BORR) and Health Department, Basque Government (2021333006). GA-P is the recipient of a predoctoral contract funded by AECC-Spanish Association Against Cancer (PRDVZ21440ASTA). DP-A is a recipient of a fellowship from the AECC-Spanish Association Against Cancer (PPLAB212164POLA), AA-I and GA-P are recipient of a fellowship from the Jesús de Gangoiti Barrera Foundation (FJGB20/007, FJGB21/001 and FJBG21/005). IT is recipient of a predoctoral contract funded by the Department of Education, Basque Government (PRE_2021_2_0215). OZ is the recipient of a postdoctoral contract funded by ‘‘Instituto de Salud Carlos III-Contratos Sara Borrell 2017 (CD17/00128)’’ and the European Social Fund (ESF)-The ESF invests in your future. FB is an Ikerbasque Research Professor, Ikerbasque, Basque Foundation for Science.S

The burden of PCV13 serotypes in hospitalized pneumococcal pneumonia in Spain using a novel urinary antigen detection test. CAPA study

BACKGROUND: Streptococcus pneumoniae serotypes distribution in community-acquired pneumonia (CAP) requiring hospitalization in adults after introduction of PCV13 in children is not well known. Our aim was to evaluate the distribution of serotypes in pneumococcal pneumonia according to risk factors and comorbidity conditions after the introduction of PCV13 in children in 2010. METHODS: A prospective study from 2011 to 2014 was performed in immunocompetent adults hospitalized with CAP in 3 Spanish hospitals. Microbiological confirmation was obtained using a serotype specific urinary antigen detection test (UAD test), Binax Now and conventional cultures. RESULTS: 1258 adults were enrolled and pneumococcal pneumonia (invasive disease in 17.7%) was confirmed in 368 (29.3%) and 17.6% of the any-cause CAP were caused by PVC13 serotypes (3.5% PCV7 serotypes). Around 60% of pneumococcal CAP were caused by PCV13 serotypes (74.6% in invasive episodes vs 57.4% in non-invasive ones). The most prevalent serotypes in invasive disease were 1, 3, 7F, 19A and 14. No significant differences were observed in the distribution of PCV13 serotypes across the study periods. Regarding comorbidity, the rate of PCV13 serotypes was similar among them, and it was slightly higher in those with no underlying conditions. CONCLUSIONS: Serotypes included in PCV13 caused a significant proportion of CAP in adults with underlying conditions and in healthy adults, with no significant changes in cases due to PCV7 or PCV13 from 2011 to 2014, suggesting an insufficient indirect protection from childhood vaccination. Strategies for implementing pneumococcal vaccination of adults are encouraged to reduce the incidence of pneumococcal episodes

Is the long-term mortality similar in COVID-19 and community-acquired pneumonia?

IntroductionThere are no data on the association of type of pneumonia and long-term mortality by the type of pneumonia (COVID-19 or community-acquired pneumonia [CAP]) on long-term mortality after an adjustment for potential confounding variables. We aimed to assess the type of pneumonia and risk factors for long-term mortality in patients who were hospitalized in conventional ward and later discharged.MethodsRetrospective analysis of two prospective and multicentre cohorts of hospitalized patients with COVID-19 and CAP. The main outcome under study was 1-year mortality in hospitalized patients in conventional ward and later discharged. We adjusted a Bayesian logistic regression model to assess associations between the type of pneumonia and 1-year mortality controlling for confounders.ResultsThe study included a total of 1,693 and 2,374 discharged patients in the COVID-19 and CAP cohorts, respectively. Of these, 1,525 (90.1%) and 2,249 (95%) patients underwent analysis. Until 1-year follow-up, 69 (4.5%) and 148 (6.6%) patients from the COVID-19 and CAP cohorts, respectively, died (p = 0.008). However, the Bayesian model showed a low probability of effect (PE) of finding relevant differences in long-term mortality between CAP and COVID-19 (odds ratio 1.127, 95% credibility interval 0.862–1.591; PE = 0.774).ConclusionCOVID-19 and CAP have similar long-term mortality after adjusting for potential confounders