Molecular tools for the detection and identification of Ichthyobodo spp. (Kinetoplastida), important fish parasites

-Ichthyobodo spp. are ectoparasitic flagellates of fish that may cause disease (ichthyobodosis), a common problem affecting the aquaculture industry worldwide. Ichthyobodosis in farmed fish is often associated with a range of other infectious agents and diagnosis in for example gill disease may be difficult. Sensitive and effective methods for detection and identification of Ichthyobodo spp. are needed to aid diagnosis of ichthyobodosis and epizootiological studies on Ichthyobodo spp. We have designed a specific quantitative real-time PCR assay targeting SSU rDNA for the detection of Ichthyobodo spp. infections. Also, several novel primer sets are presented for use in identification of Ichthyobodo spp. through PCR and sequencing. These PCR methods have been optimized and tested on samples from wild caught and farmed fish from different geographical areas in Norway. The real-time PCR assay has been tested for sensitivity and efficiency, and we present data demonstrating its use for absolute quantification of Ichthyobodo salmonis in tissue samples through RT-qPCR and qPCR. We demonstrate the use of the described set of molecular tools for the detection and sequencing of Ichthyobodo spp. from farmed and wild fish, and also show that they may aid the discovery of new Ichthyobodo species. The detection of light Ichthyobodo spp. infections through microscopy is time consuming and less sensitive compared to PCR methods. Initial real-time PCR testing and subsequent sequencing of positive samples is a powerful method that will increase diagnostic precision, aid carrier detection and promote species discoveries in the Ichthyobodonidae. Our preliminary observations indicate a high Ichthyobodo spp. diversity

Cardiorespiratory fitness and future risk of venous thromboembolism

This is the peer reviewed version of the following article: Evensen, L. H., Isaksen, T., Brækkan, S. K. & Hansen, J.-B. (2019). Cardiorespiratory fitness and future risk of venous thromboembolism. Journal of Thrombosis and Haemostasis, 17(12), 2160-2168., which has been published in final form at https://doi.org/10.1111/jth.14619. This article may be used for non-commercial purposes in accordance with Wiley Terms and Conditions for Use of Self-Archived Versions.Background - Cardiorespiratory fitness (CRF) is a strong predictor of future arterial cardiovascular disease and premature mortality. However, there are limited data on the association between CRF and the risk of incident venous thromboembolism (VTE). Objectives - To investigate whether estimated CRF (eCRF) was associated with the risk of incident VTE in a cohort recruited from the general population. Methods - Participants (n = 10 393) from the sixth survey of the Tromsø Study (2007—08) were included, and incident VTEs were recorded up to 31 December 2016. CRF was estimated in sex‐specific algorithms based on age, waist circumference, resting heart rate, and self‐reported physical activity. Hazard ratios (HRs) with 95% confidence intervals (CIs) of VTE according to categories of eCRF were estimated in Cox regression models adjusted for sex with age as timescale. The impact of weight status was evaluated in analyses stratified by weight category. Results - There were 176 incident VTEs during follow‐up. Compared with individuals with eCRF 100% of age‐predicted had 46% (HR 0.54; 95% CI 0.39‐0.77) and 67% (HR 0.33; 95% CI 0.20‐0.54) lower VTE risk, respectively. Compared with overweight/obese individuals with eCRF Conclusions - Higher eCRF was associated with lower risk of incident VTE. The association was independent of weight categories, suggesting that higher eCRF may modify the association between obesity and VTE

Marin Overvåking Hordaland – Sammendragsrapport 2019–2022

Miljøovervåkningsprogrammet “Marin Overvåking Hordaland" omfatter ytre- og indre fjordsystemer i Hordaland. Overvåkingen inkluderer vannundersøkelser, bløtbunnundersøkelser og strandsoneundersøkelser. Formålet er å beskrive miljøtilstander basert på biologiske og fysisk-kjemiske parametere. Vannundersøkelsene ble gjennomført på 14 prøvestasjoner fordelt på 11 ulike kystvannforekomster i Hordaland. Undersøkelsen inkluderer målinger og analyser av siktedyp, næringssalter, planteplankton, salinitet, temperatur og oksygen. Bløtbunnundersøkelser ble gjennomført på 7 utvalgte stasjoner i 7 ulike kystvannsforekomster. Bunnundersøkelsene omfatter sedimentprøver for analyser av geologi, kjemi og biologi. Strandsoneundersøkelsene ble i 2022 gjennomført på 12 utvalgte prøvestasjoner i 12 ulike kystvannsforekomster. Undersøkelsene viser generelt gode eller svært gode tilstander med noen unntak. To stasjoner har lave oksygenkonsentrasjoner i bunnvannet. En makroalgestasjon viser moderat tilstand. Forhøyede nivåer av TOC og sink på enkelte bunnstasjoner.Marin Overvåking Hordaland – Sammendragsrapport 2019–2022publishedVersio

Forekomst av smittsomme fiskepatogener hos villaks fra utvalgte elver på Sunnmøre i 2020

Det har vært nedgang i laksepopulasjonen i en rekke elver på Sunnmøre over flere år. I denne forbindelse ble prosjektet «Mer laks og sjøørret på Sunnmøre» etablert. Prosjektet er ledet av organisasjonen Lakseelvene på Sunnmøre og finansiert av Hofseth Aqua AS med flere offentlige bidragsytere. Et delmål i dette prosjektet var å undersøke smittestatus til laks i utvalgte elver. Denne undersøkelsen ble gjennomført som et pilotstudie av NORCE LFI i samarbeid med Universitetet i Bergen. Årsakene til nedgang i laksepopulasjoner i elvene på Sunnmøre kan være sammensatt og inkluderer redusert overlevelse i havet, menneskelig påvirkning på ferskvannshabitatet, overfiske og fiskeoppdrett (lakselus, rømt fisk, smittespredning). Både menneskelige aktiviteter og klimatiske variasjoner kan bidra til endringer av laksens ferskvannshabitat og miljøforhold som inkluderer vannstand og vannkvalitet i gyteelver. Slike endringer kan bidra til sykdomsutbrudd blant villaks i vassdrag som i verste fall kan ha bestandsreduserende effekt over tid. Alvorlige sykdomsutbrudd som kan ha negativ effekt på villakspopulasjoner kan forekomme dersom smittsomme fiskepatogener er til stede under ugunstige miljøforhold som gjør fisken særlig mottakelig for slike smittestoffer. Høsten 2020 ble det samlet inn villaks for å undersøke smittestatus i elver med både dårlig og god bestandstilstand. Dette inkluderer stamfisk brukt til kultiveringsformål i Bondalselva og Korsbrekkelva, samt stamfisk brukt i levende genbank fra Søre Vartdalselva, Norddalselva og Eidsdalselva. I tillegg ble det samlet inn villfanget parr fra de samme elvene (med unntak av Eidsdalselva). Det ble også samlet inn parr fra andre elver med dårlig eller ustabil bestandsstatus (Ramstaddalselva og Stordalselva) og parr fra elver med god bestandsstatus (Åheimselva, Vikelva, Aureelva og Ørskogselva). Det ble undersøkt totalt 44 stamlaks og 100 lakseparr fra disse nevnte elvene. I undersøkelsen er det rettet fokus mot et utvalg av smittsomme fiskepatogener som er kjent for å forårsake sykdommer i fiskeoppdrett i både sjø og ferskvann, men også andre patogener som kan forekomme hos vill laksefisk i norske vassdrag.publishedVersio

Ichthyobodo salmonis sp. n. (Ichthyobodonidae, Kinetoplastida), an euryhaline ectoparasite infecting Atlantic salmon (Salmo salar L.)

Phylogenetic analyses of SSU rDNA sequences have previously revealed the existence of 2 Ichthyobodo species able to infect Atlantic salmon (Salmo salar L.). Ichthyobodo necator sensu stricto (s.s.) is assumed to be a freshwater parasite, while a genetically distinct but undescribed species, Ichthyobodo sp. II sensu Todal et al. (2004) have been detected on Atlantic salmon in both fresh- and seawater. In the present study a morphological description of Ichthyobodo sp. II from the gills of salmon reared in fresh-, brackish- and seawater is presented, using both light- and electron microscopy. Comparative morphometry show that Ichthyobodo sp. II from both freshwater and seawater displays a different cell shape, and is significantly smaller than I. necator s.s. Also, ultrastructural characteristics distinguish these two species, notably differences in the attachment region and the presence of spine-like surface projections in Ichthyobodo sp. II. Based on both unique SSU rDNA sequences and morphological characteristics, we conclude that Ichthyobodo sp. II. represents a novel species for which we propose the name Ichthyobodo salmonis sp. n

Effekter av endret vanntemperatur på vekst og rekruttering hos laks i Bolstadelva

Evanger kraftverk fører til at vanntemperaturen i Bolstadelva blir kaldere om sommeren og varmere om vinteren. Lavere sommertemperatur resulterer i redusert vekst hos ungfisk av laks og aure, og dermed økt smoltalder. Det er beregnet at den økte smoltalderen reduserer overlevelse av lakseunger i Bolstadelva med om lag 20 %. Totalt fører dette til at den samlede produksjonen av laksesmolt i Vosso og Bolstadelva forventes å være redusert med om lag 7 %. Beregningene av ungfiskoverlevelse er ikke eksakte, men må ses som en tilnærming for å forstå hvilken størrelsesorden effekten av temperaturendringene kan ha på laksebestanden i Vossovassdraget.publishedVersio

Bruk av historisk kunnskap og miljø-DNA for å undersøke mulig forekomst av bleke i Nidelva

Den relikte laksen bleke var tidligere en verdifull ressurs i Nidelva. På grunn av kraftige forsuring forsvant bleka fra fiskefangstene på 1970- og 1980-tallet, og den unike bestanden antas å være tapt for alltid. Imidlertid er det mulig at det fantes vannkjemiske refugier i vassdraget med bedre vannkvalitet, hvor en restbestand av bleke kan ha overlevd forsuringen. Lokale fiskere har verdifull kunnskap om hvor bleka tidligere fantes i vassdraget, og denne kunnskapen har blitt brukt til å velge ut stasjoner for analyser av miljø-DNA. Ni stasjoner ble undersøkt i november 2022, og DNA fra aure ble påvist på åtte. På fire av stasjonene ble det også funnet spor av DNA fra laks. Disse resultatene er interessante, men det kan ikke fastslås at DNA-et stammer fra bleka, da det kan ha kommet fra andre kilder i nedslagsfeltet som avrenning fra renseanlegg eller annen tilførsel. På denne bakgrunn er oppfølgende prøvetaking iverksatt for å identifisere kilden til lakse-DNA beskrevet i foreliggende framdriftsrapport.Bruk av historisk kunnskap og miljø-DNA for å undersøke mulig forekomst av bleke i NidelvapublishedVersio

Net cleaning impacts Atlantic salmon gill health through microbiome dysbiosis

Introduction: Net biofouling has a significant impact for the global salmon industry in the seawater grow-out stage in terms of its management. Current mitigation strategies occur primarily through the regular removal of biofouling using in situ cleaning. While in situ net cleaning is effective there is uncertainty as to whether the equipment or dispersed material has an impact upon the fish in the cages. Through direct contact with the environment, the significant surface area of the gill including its microbiome is directly exposed to the acute environmental changes generated by net cleaning. This study aimed to provide a detailed understanding of the impact of in situ net cleaning on Atlantic salmon (Salmo salar) and rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) gill health. Methods: Three field trials were conducted on commercial fish farms in western Norway. Fouling organisms on net pens and flushed particles during in situ cleaning were identified and screened for major fish pathogens. Hydrographic profile measurements were performed to measure the impact on water quality. Gill samples were examined for histopathological changes, immune gene expression, and the prevalence of major pathogens. 16S rRNA amplicon sequencing was employed to explore the impact of net cleaning on gill microbiome. Results and discussion: Data obtained from these trials identified a diversity of fouling species including hydroids, algae, skeleton shrimps, and filter feeders on net pens, a direct impact on measured water quality indicators, a moderate change in gill inflammatory and antigen presentation activity at the level of mRNA, and a large significant change in gill microbiome. Observed changes in gill microbial community involved a decrease in bacterial richness coupled to an increase in identified bacterial genera related to negative health consequences. Parallel analyses for pathogens load in biofouling organisms and flushed particles highlighted the presence of several fish bacteria and parasites. However, minor changes were detected in salmon gill pathogen diversity and loading. Our results suggest that biofouling organisms may act as transient reservoirs for some fish pathogens but not viruses and that gill microbial dysbiosis could be related to the host stress response during and post net cleaning