Responses of soil microbial communities to clonal variation of Norway spruce

In boreal forests, microorganisms have a pivotal role in nutrient and water supply of trees as well as in litter decomposition and nutrient cycling. This reinforces the link between above-ground and below-ground communities in the context of sustainable productivity of forest ecosystems. In northern boreal forests, the diversity of microbes associated with the trees is high compared to the number of distinct tree species. In this thesis, the aim was to study whether conspecific tree individuals harbour different soil microbes and whether the growth of the trees and the community structure of the associated microbes are connected. The study was performed in a clonal field trial of Norway spruce, which was established in a randomized block design in a clear-cut area. Since out-planting in 1994, the spruce clones showed two-fold growth differences. The fast-growing spruce clones were associated with a more diverse community of ectomycorrhizal fungi than the slow-growing spruce clones. These growth performance groups also differed with respect to other aspects of the associated soil microorganisms: the species composition of ectomycorrhizal fungi, in the amount of extraradical fungal mycelium, in the structure of bacterial community associated with the mycelium, and in the structure of microbial community in the organic layer. The communities of fungi colonizing needle litter of the spruce clones in the field did not differ and the loss of litter mass after two-years decomposition was equal. In vitro, needles of the slow-growing spruce clones were colonized by a more diverse community of endophytic fungi that were shown to be significant needle decomposers. This study showed a relationship between the growth of Norway spruce clones and the community structure of the associated soil microbes. Spatial heterogeneity in soil microbial community was connected with intraspecific variation of trees. The latter may therefore influence soil biodiversity in monospecific forests.Pohjoisen havumetsävyöhykkeen puut elävät symbioosissa tiettyjen maaperäsienien kanssa muodostaen sienijuuria eli mykorritsoja. Symbioosissa mykorritsasieni luovuttaa isäntäpuulleen ravinteita ja vettä. Puu puolestaan tarjoaa sienelle energianlähteeksi yhteyttämistuotteita. Toinen tärkeä mikrobiryhmä metsämaassa on karikkeenhajottajasienet, jotka hajottavat kuollutta orgaanista materiaalia vapauttaen siten ravinteita uudelleen käytettäväksi. Voidaankin todeta, että metsäekosysteemin maanpäällinen eliöyhteisö on jatkuvassa vuorovaikutuksessa maanalaisen eliöyhteisön kanssa ja että maaperän mikro-organismit ovat avainasemassa boreaalisten metsiemme kasvun ja hyvinvoinnin kannalta. Vaikka maaperän mikrobiyhteisö on hyvin lajirikas, on mikrobien kanssa vuorovaikutussuhteessa elävien puulajien lukumäärä metsissämme pieni. Syitä maaperän mikrobiyhteisön monimuotoisuuteen ja laikuittaisuuteen jopa yhden puulajin metsiköissä ei ole täysin osattu selittää, eikä puuyksilöiden vaikutuksesta maaperän mikrobistoon ole juurikaan tutkimustietoa. Tutkimus osoitti, että saman puulajin eri yksilöt voivat vaikuttaa eri tavalla metsämaan mikrobiyhteisöön. Mikrobiyhteisöiden rakenteet erosivat nopeasti ja hitaasti kasvavien kuusiyksilöiden alla ja puiden kasvunopeus oli sitä suurempi mitä monimuotoisempi mykorritsayhteisö niiden juurissa eli. Näin ollen puulajin sisäinen geneettinen vaihtelu saattaa osittain selittää mikrobien laikuittaisuutta ja lajirunsautta metsämaassa. Mykorritsayhteisön monimuotoisuus voi edistää isäntäpuun kasvua mutta lisätutkimuksia kuitenkin tarvitaan, jotta voitaisiin arvioida todellisia syy-seuraussuhteita puiden kasvun ja mykorritsamonimuotoisuuden välillä. Tutkimus tehtiin avohakkuualueelle perustetulla kuusikloonikokeella, jossa eri geeniperimää edustavat kloonatut kuuset oli istutettu 1994 satunnaisesti eri puolille koealaa kolmeen lohkoon. Tutkittujen kahdeksan eri kuusikloonin pituuserot ovat keskimäärin kaksinkertaisia. Alkuperältään kuuset ovat suomalaisten pluspuiden sekä suomalais-saksalaisten risteytysten vapaapölytteisiä jälkeläisiä. Mykorrisasienilajisto tunnistettiin DNA-menetelmillä sekä juuri- että sienirihmastonäytteistä. Neulasten hajoamisnopeutta sekä hajottajasienien yhteisöä tarkasteltiin kenttä- ja laboratoriokokeilla, joissa sienilajiston tunnistus perustui uuteen RNA-menetelmään. Tällä RNA-perustaisella sieniyhteisön analysoinnilla voitiin nimenomaan tunnistaa aktiiviset ja siten hajotuksessa tärkeät sienilajit. Lisäksi maaperämikrobien yhteisörakennetta ja aktiivisuutta tutkittiin biokemiallisilla menetelmillä

Tapahtuman järjestäminen ja rahoittaminen Case: Kainuun Rastiviikko

Tämän opinnäytetyön tarkoitus oli selvittää Kainuun Rastiviikon eri osapuolten välisen yhteistyön tämänhetkistä tilaa ja tapahtuman kehittämistä jatkossa. Samalla selvitettiin Kainuun Rastiviikon rahoituksen järjestämistä tule-vaisuudessa taloudellisesti tiukkenevina aikoina. Työn toimeksiantaja oli Kainuun Rastiviikko ry ja selvitys toteutettiin kesällä 2013 Webropol-kyselynä, joka lähe-tettiin Kainuun kaupunkien ja kuntien päättäjille sekä alueen matkailukeskuksille ja matkailua markkinoiville yri-tyksille. Lisäksi haastateltiin muutamia Rastiviikkoa sponsoroinutta yritystä heidän mielikuvistaan sponsoroinnista ja sen vaikutuksista. Kyselyn vastausprosentti oli 40. Saaduista vastauksista koottiin raportti ja tulokset annettiin toimenpide-ehdotuksineen toimeksiantajalle, joka niiden perusteella suunnittelee ja kehittää yhteistyötä tulevai-suudessa. Opinnäytetyössä käytettiin laadullista tutkimusmenetelmää ja tuloksista koottiin toimeksiantajalle luovutettava yhteenveto ja toimenpide-ehdotukset. Opinnäytetyön teoriaosuudessa käsitellään myös sponsoreiden vaikutusta tapahtumien budjettiin ja kerrotaan tapahtumien talousasioista. Työssä läpikäydään myös tapahtuman järjestä-mistä ja tapahtumamarkkinointia yleisellä tasolla. Aiheesta on mahdollista tehdä myöhemmin seurantakysely, jolla selvitetään yhteistyön ja tapahtuman rahoituksen kehittymistä. Tämän kyselyn sopiva ajankohta olisi seuraavien Rastiviikkojen jälkeen.The purpose of this thesis was to determine the current state of the Kainuu Orienteering Week collaboration between the different parties, as well as the future development of the event. In addition, one aim was to find out how financing could be arranged in the future in times of an economic downturn. The study was commissioned by the Kainuu Orienteering Week Association and the survey was conducted in the summer of 2013 as a Webropol questionnaire sent to the Kainuu city and municipal decision-makers, as well as tourist resorts and tourism marketing companies. In addition, interviews with a few of the sponsoring compa-nies were made about their views about sponsorship and its effects. The study was made using the qualitative research method and the summarized results were handed over to the client with proposals for a plan of action. In addition, the theoretical part of the thesis deals with issues how sponsors impact the budget of events and ex-plains events in financial terms. The work also covers event organization and event marketing in general. The response rate was 40%. The responses received were compiled into a report and recommended actions were given based on which the client can design and develop cooperation in the future. It is possible to make a subsequent follow-up survey reviewing the development of co-operation and transaction financing. The appropriate time for this kind of survey would be after the following Kainuu Orienteerin Week

Kuntalaistiedottamisen nykytila ja kehittämiskohteet - tiedottaminen ja palvelunohjaus

Kuntien tiedottaminen hajautuu ja siirtyy yhä enemmän verkkoon. Tiedottamista ei ole vastuutettu eikä pienissä kunnissa ole laadittu tiedotusstrategiaa. Millaista tietoa kuntalaiset tarvitsevat? Miten palvelunohjaus toimii kunnis-sa, joissa sitä hoitaa maakunta-kuntayhtymä tai yksityinen terveydenhoito-organisaatio? Tässä opinnäytetyössä on seurattu kolmen Kainuun kunnan (Puolanka, Ristijärvi, Sotkamo) ja yhden Lapin kunnan (Enontekiö) tiedottamista kolmen kuukauden ajan 7-9/2015. Kuntien tiedottamista on seurattu mediaseurannalla (sisältöanalyysi). Lisäksi on tehty kuntalaiskysely lukutottumuksista ja tiedottamisen tarpeista sekä vanhusten fokus-ryhmäkeskustelu ja asiantuntijahaastatteluja. Kunnat valittiin Kainuusta sillä perusteella, että Puolanka on kotikun-tani, Ristijärvellä on paljon vanhuksia, kun taas Sotkamo on kehittyvä kunta lähellä Kajaania. Enontekiö toimi ver-tailukohtana. Kaikkia kuntia yhdistää se, että ne ovat pieniä kuntia, joissa tiedottaminen on hajallaan. Opinnäytetyön tuloksena on laadittu kuntalaisviestinnän kehittämisrunko, joka ohjeistaa kuntien viestinnän suun-nittelua ja toteutusta erityisesti ikäihmisten näkökulmasta. Lisäksi on selvitetty kuntalaisten toiveita siitä millaista tietoa he haluavat saada paikallislehdestä, maakuntalehdestä ja kuntien verkkosivuilta. Kuntalaiset antoivat myös kommentteja siitä mistä kunnan maine rakentuu ja mitkä ovat kunnan tärkeimmät tiedottamistehtävät. Opinnäytetyön teoriaosuudessa käydään läpi erilaisia viestintämuotoja, joita kunnan käyttävät, kuntastrategioita, kuntakuvaa, palveluohjausta, viestinnän kehittämistä, työkaluja ja viestinnän mittaamista. Opinnäytetyö eteni aika-taulun mukaisesti ja kyselyyn saatiin 22 vastausta usealta eri paikkakunnalta eri-ikäisiltä kuntalaisilta. Selvitettäessä kuntien palvelunohjausta asiantuntijahaastattelun avulla, kävi ilmi, että kuntalaiset toivovat, että heidän asioitaan lähtee viemään eteenpäin ensimmäinen henkilö, jolle asiasta on kerrottu. Vanhusten osalta ongelmaksi nousi tieto-koneen käyttötaidon puute ja jopa näkökyvyn heikkeneminen niin, että sanomalehden luku käy mahdottomaksi. Tutkimustulosten perusteella kuntalaiset odottavat kunnilta enemmän ajantasaista tietoa ja osallistumismahdolli-suutta kunnan päätöksentekoon. Paikallislehdissä kuntien päätökset tulisi julkaista tiivistetysti ja viipymättä. Kuntien kotisivujen tulisi olla selkeitä, hyvin kategorisoituja ja säännöllisesti päivitettyjä.Dissemination of information in municipalities is getting more and more decentralized and net-based. No one particular person is responsible for providing information and there is no information strategy in small munici-palities. What kind information do inhabitants need? How about information concerning health care services, if there is the federation of municipalities or private sector health clinics taking care of them. In this thesis three Kainuu municipalities (Puolanka, Ristijärvi, Sotkamo) and one Lapland municipality (Enontekiö) have been studied regarding their information services during three months 7-9/2015 by means of media follow-up (contents-analysis). In addition, there was a survey for the inhabitants about their reading habits and information needs, as well as a focus group discussion with senior citizens and expert interviews. The selection of municipalities was made based on the following factors: Puolanka is my home-municipality, Ristijärvi is a senior citizen municipality and Sotkamo is a growing municipality near Kajaani. Enontekiö was chosen as a benchmark. As the outcome of the thesis a model was drawn up for municipalities to organize their information services, as well as to give guidelines how to implement them. In addition, the thesis gives an insight into what kind of information the inhabitants like to read from the local newspaper, regional newspaper or website. The inhabitants could also give comments on the municipality reputation and on what the main tasks of municipal information services are. The theoretical part deals with different information models, municipality strategies, municipality concept, service in health care, information development, tools and information measurement. The thesis was completed on schedule. There were 22 responses from different municipalities and different-aged peo-ple, so the rate can be regarded as good. The problem with older people was the lack of computer skills and even declining eyesight resulting in the difficulty to read

Habitat models of wood-inhabiting fungi along a decay gradient of Norway spruce logs

Information on the habitat requirements of wood-inhabiting fungi is needed to understand the factors that affect their diversity. We applied culture-free DNA extraction and 454-pyrosequencing to study the mycobiota of decaying Norway spruce (Picea abies) logs in five unmanaged boreal forests. Fungal habitat preferences in respect of wood density gradient were then estimated with generalized additive mixed models. Fungal diversity and wood density were inversely related, i.e., OTU richness generally increased as the log became increasingly decomposed. White-rot fungi (e.g., Phellinus nigrolimitatus) and members of Hyphodontia did not show a clear response to the wood-density gradient, whereas abundance of Phellinus viticola and brown-rot fungi (e.g., Fomitopsis pinicola, Antrodia serialis, Coniophora olivaceae) peaked during intermediate decay and mycorrhizal fungi (e.g., Piloderma, Tylospora, Russula) increased in the later stages. This information on fungal habitat requirements facilitates the development of management practices that preserve fungal diversity in managed forests.201

mMRC dyspnoea scale indicates impaired quality of life and increased pain in patients with idiopathic pulmonary fibrosis

Peer reviewe

Factor analysis identifies three separate symptom clusters in idiopathic pulmonary fibrosis

Background: Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a severe and progressive lung disease with a poor prognosis. Patients with IPF suffer from a high symptom burden, which impairs their health-related quality of life (HRQoL). Lack of research on IPF symptoms and their clustering, however, makes symptom-centred care challenging. Methods: We sent two questionnaires, RAND 36-Item Health Survey and Edmonton Symptom Assessment System, to 300 patients from the FinnishIPF registry. Of the 300 patients, 245 (82%) responded. We performed an exploratory factor analysis on the results to search for potential clustering of symptoms into factors. Results: We found three distinct symptom factors: the emotional factor (including depression, anxiety, insomnia, loss of appetite and nausea), the pain factor (pain at rest or in movement) and the respiratory symptoms factor (shortness of breath, cough, tiredness and loss of wellbeing). Correlation was strong within the factors (rho(tau) 0.78-0.85) and also evident between them. The factors correlated with the different dimensions of HRQoL: the emotional factor with mental health (correlation coefficient=-0.69) and vitality (-0.63), the pain factor with bodily pain (-0.72) and the respiratory symptoms factor with vitality (-0.69), general health (-0.64) and physical functioning (-0.62). Conclusion: We found three distinct symptom factors in IPF, of which respiratory and emotional factors showed the strongest association with decreasing HRQoL. Routine assessment of IPF patients' respiratory symptoms, mental health and pain are important as these may be linked with other symptoms and significantly impair the patient's HRQoL.Peer reviewe

Single-cell characterization of leukemic and non-leukemic immune repertoires in CD8(+) T-cell large granular lymphocytic leukemia

T cell large granular lymphocytic leukemia (T-LGLL) is a rare lymphoproliferative disorder of mature, clonally expanded T cells, where somatic-activating STAT3 mutations are common. Although T-LGLL has been described as a chronic T cell response to an antigen, the function of the non-leukemic immune system in this response is largely uncharacterized. Here, by utilizing single-cell RNA and T cell receptor profiling (scRNA+TCR alpha beta-seq), we show that irrespective of STAT3 mutation status, T-LGLL clonotypes are more cytotoxic and exhausted than healthy reactive clonotypes. In addition, T-LGLL clonotypes show more active cell communication than reactive clones with non-leukemic immune cells via costimulatory cell-cell interactions, monocyte-secreted proinflammatory cytokines, and T-LGLL-clone-secreted IFN gamma. Besides the leukemic repertoire, the non-leukemic T cell repertoire in T-LGLL is also more mature, cytotoxic, and clonally restricted than in other cancers and autoimmune disorders. Finally, 72% of the leukemic T-LGLL clonotypes share T cell receptor similarities with their non-leukemic repertoire, linking the leukemic and non-leukemic repertoires together via possible common target antigens. Our results provide a rationale to prioritize therapies that target the entire immune repertoire and not only the T-LGLL clonotype. T cell large granular lymphocytic leukemia (T-LGLL) is a lymphoproliferative disorder involving clonally expanded T cell clones and is not fully understood. Here the authors show that the rest of the immune repertoire is interconnected with the T-LGLL clonotype(s) and is more mature, cytotoxic and clonally restricted than in other cancers and autoimmune disorders.Peer reviewe

Anti-COX-2 autoantibody is a novel biomarker of immune aplastic anemia

In immune aplastic anemia (IAA), severe pancytopenia results from the immune-mediated destruction of hematopoietic stem cells. Several autoantibodies have been reported, but no clinically applicable autoantibody tests are available for IAA. We screened autoantibodies using a microarray containing >9000 proteins and validated the findings in a large international cohort of IAA patients (n = 405) and controls (n = 815). We identified a novel autoantibody that binds to the C-terminal end of cyclooxygenase 2 (COX-2, aCOX-2 Ab). In total, 37% of all adult IAA patients tested positive for aCOX-2 Ab, while only 1.7% of the controls were aCOX-2 Ab positive. Sporadic non-IAA aCOX-2 Ab positive cases were observed among patients with related bone marrow failure diseases, multiple sclerosis, and type I diabetes, whereas no aCOX-2 Ab seropositivity was detected in the healthy controls, in patients with non-autoinflammatory diseases or rheumatoid arthritis. In IAA, anti-COX-2 Ab positivity correlated with age and the HLA-DRB1*15:01 genotype. 83% of the >40 years old IAA patients with HLA-DRB1*15:01 were anti-COX-2 Ab positive, indicating an excellent sensitivity in this group. aCOX-2 Ab positive IAA patients also presented lower platelet counts. Our results suggest that aCOX-2 Ab defines a distinct subgroup of IAA and may serve as a valuable disease biomarker.Peer reviewe

Nuoret seksuaalirikoksen kokijana : Alle 20-vuotiaiden seksuaaliväkivaltaa kokeneiden nuorten psykososiaalinen tuki ja sen kehittäminen

Nuoren riski altistua seksuaaliväkivallalle on muita ikäkausia suurempi, sillä suurin osa lapsiin kohdistuvasta seksuaaliväkivallasta kohdistuu yli 13-vuotiaisiin. Nuoruusikäisten huomioiminen seksuaalirikoksen uhreille tarkoitetuissa palveluissa on tähän saakka ollut pirstaleista ja puutteellista. Nuorisosensitiivistä työtä on kehitetty Barnahus-hankkeessa vuodesta 2019 lähtien yhteistyössä yliopistosairaaloiden ja pääasiassa Seri-tukikeskusten kanssa. Nuorisosensitiiviset työntekijät, psykososiaalisen tuen koordinaattorit, ovat antaneet nuorille akuuttitukea seksuaaliväkivallan aiheuttamasta traumaattisesta kriisistä toipumiseen ja pyrkineet varmistamaan tarpeiden mukaiselle palvelupolulle. Kehittämistyön aikana on parannettu myös nuorten seksuaaliväkivallan uhrien hoidon saatavuutta ja hoitopolkuja sekä palveluita. Lisäksi on koulutettu nuorten kanssa työskenteleviä ammattilaisia. Työmuoto on osoittautunut tarpeelliseksi. Sitä ei kuitenkaan voida jättää pelkästään hanketyön varaan. Työn juurruttamista ja kansallista yhtenäisyyttä tulee vahvistaa. Barnahus-hankkeen osalta työn tukeminen jatkuu osin vuoteen 2025 saakka

Single-cell characterization of leukemic and non-leukemic immune repertoires in CD8+ T-cell large granular lymphocytic leukemia

T cell large granular lymphocytic leukemia (T-LGLL) is a rare lymphoproliferative disorder of mature, clonally expanded T cells, where somatic-activating STAT3 mutations are common. Although T-LGLL has been described as a chronic T cell response to an antigen, the function of the non-leukemic immune system in this response is largely uncharacterized. Here, by utilizing single-cell RNA and T cell receptor profiling (scRNA+TCRαβ-seq), we show that irrespective of STAT3 mutation status, T-LGLL clonotypes are more cytotoxic and exhausted than healthy reactive clonotypes. In addition, T-LGLL clonotypes show more active cell communication than reactive clones with non-leukemic immune cells via costimulatory cell-cell interactions, monocyte-secreted proinflammatory cytokines, and T-LGLL-clone-secreted IFN gamma. Besides the leukemic repertoire, the non-leukemic T cell repertoire in T-LGLL is also more mature, cytotoxic, and clonally restricted than in other cancers and autoimmune disorders. Finally, 72% of the leukemic T-LGLL clonotypes share T cell receptor similarities with their non-leukemic repertoire, linking the leukemic and non-leukemic repertoires together via possible common target antigens. Our results provide a rationale to prioritize therapies that target the entire immune repertoire and not only the T-LGLL clonotype.</p