Reading literature today: a study of E. M. Forster s and George Orwell s fiction

Tese de doutoramento em Estudos de Cultura (Cultura Inglesa), apresentada à Universidade de Lisboa através da Faculdade de Letras, 200

Discourses on Research and Researchers: The Case of Portuguese Associated Laboratories

This paper aims to map knowledge produced by associated laboratories in Portugal using the two-phase model of discourse analysis proposed by Sousa and Magalhães(2013). We analyse the mission of associated laboratories to understand what is (are) the privileged form(s) of knowing in science and the actors involved in that process. Weidentify discourse organisers (phase one of the model) and the way discourses become dominant/excluded (phase two of the model). The application of the two-phase model of discourse analysis enables us to conclude that research is being constructed as academic science in a post-academic world and researchers are presented as “in training” or as professors

Tratamento do varicocelo e impacto na infertilidade masculina

Trabalho final de mestrado integrado em Medicina área cientifica de Urologia, apresentado à Faculdade de Medicina da Universidade de CoimbraActualmente, a infertilidade é um problema em crescimento, estimando-se que a sua prevalência nos casais em idade reprodutiva seja de aproximadamente 15 %. Considera-se que o factor masculino está associado a 50% dos casos documentados. O varicocelo é uma patologia benigna e comum que atinge sensivelmente 15% da população masculina, podendo estar presente em 40% dos doentes com infertilidade. Objectivos Este artigo de revisão bibliográfica tem como objectivos expor o tratamento do varicocelo e, observar o seu potencial impacto no tratamento da infertilidade masculina. Material e Métodos O método utilizado para a elaboração deste artigo consistiu numa extensa revisão de artigos científicos originais e de revisão na Pubmed / Medline (até Novembro de 2011) em língua inglesa, usando os seguintes termos: varicocele, male infertility, varicocele treatment, varicocelectomy, percutaneous occlusion, medical treatment, semen parameters, pregnancy rates, assisted reproduction techniques, em várias combinações. Adicionalmente foram consultados livros e sites especializados na área e relevantes para a temática. Desenvolvimento A associação entre varicocelo e infertilidade masculina é conhecida desde a década de 1950, permanecendo a fisiopatologia do processo incerta. Os parâmetros seminais estão habitualmente alterados na presença de varicocelo e a oligoastenoteratozoospermia é a anormalidade mais comum. Num contexto de infertilidade conjugal, o tratamento do varicocelo tem como propósito melhorar a função testicular e os parâmetros seminais com vista ao aumento da probabilidade de concepção. Todavia, o Tratgrau em que o tratamento do varicocelo melhora as taxas de gravidez e o sucesso das técnicas de reprodução assistida, continuam a ser temas controversos. Actualmente, estão descritas duas vertentes para o tratamento do varicocelo: tratamento médico e tratamento cirúrgico, com taxas de complicações e recidiva distintas. A varicocelectomia ou a oclusão percutânea da veia espermática interna afectada, são as terapêuticas mais abordadas na literatura, e as preconizadas na maioria dos casos. Conclusão São necessários mais estudos comparativos, controlados e randomizados para uniformizar a informação dispersa por diferentes publicações, com a finalidade de se poder concluir sobre qual o melhor método para o tratamento do varicocelo e, qual o verdadeiro impacto na fertilidade de cada doente.Introduction Currently, infertility is a growing problem, and it is estimated that its prevalence among couples of reproductive age is approximately 15%. It is considered that the male factor is associated with 50% of documented and stated cases. The varicocele is a common and benign condition that affects about 15% of the men and affects 40% of the patients with infertility. Objective This literature review article aims to expose the treatment of varicocele and note its potential impact on the treatment of male infertility. Materials and Methods The method used for the preparation of this article consisted in an extensive review of original papers and reviewed articles in Pubmed / Medline (to November 2011) in English, using the following terms: varicocele, male infertility, varicocele treatment, varicocelectomy, percutaneous occlusion , medical treatment, semen parameters, pregnancy rates, assisted reproduction techniques, in several combinations. In addition, there were some consultation books and websites specialized in this area and relevant to this topic. Evolvement The association between varicocele and male infertility has been known since the 1950s, the pathophysiology of the process remains uncertain. The semen parameters are usually modified in the presence of varicocele and oligoasthenoteratozoospermia is the most common abnormality. In the context of a couple's infertility, the treatment of varicocele aims to improve testicular function and semen parameters in order to increase the probability of conception. However, the degree to which the treatment of varicocele improves pregnancy rates and the success of assisted reproduction techniques, are still controversial topics. Currently, two aspects are described for the treatment of varicocele: medical treatment and surgical treatment, with dissimilar relapse and complications rates. The varicocelectomy or percutaneous occlusion of the affected internal spermatic vein are the most addressed treatment in the therapeutic drug literature and recommended in most cases. Conclusion In order to be able to conclude about the best method for the treatment of varicocele, and what is the real impact on fertility in each patient, it would take more comparative studies, randomized and controlled to standardize the information scattered in different publication

Técnicas de obturação termoplásticas: onda contínua de calor e carrier based

O Tratamento Endodôntico Não Cirúrgico, é composto por diferentes fases, entre as quais se destacam o acesso endodôntico, instrumentação, desinfeção e a obturação. Depois de uma abertura cuidadosa, é importante ter o canal instrumentado e conformado para facilitar a irrigação e garantir uma correta desinfeção, o que combinado com uma obturação hermética e tridimensional irá garantir uma maior taxa de sucesso. As técnicas termoplásticas, ao utilizarem um material termoplástico em conjunto com o cimento, permitem preencher melhor os espaços e o acesso a zonas com anatomias mais complexas. O objetivo deste trabalho foi efectuar uma pesquisa bibliográfica para analisar e comparar duas técnicas de obturação: a Onda Contínua de Calor e a Carrier Based. Com a realização deste trabalho encontramos que devido à especificidade do caso clínico e às características anatómicas há influencia na escolha da técnica de obturação.Non-surgical Endodontic Treatment consists of different phases, among which stand out endodontic access, instrumentation, disinfection and a filling. After a careful opening, it is important to have the channel instrumented and shaped to facilitate irrigation and ensure proper disinfection, which combined with a hermetic and three-dimensional seal to ensure a higher success rate. The thermoplastic techniques, when using a thermoplastic material in conjunction with the cement, better accessory of the spaces and access to zones with more complex anatomies. The objective of this work is to perform a bibliographical research to analyze and compare two techniques of obturation: a Continuous Wave and a Carrier Based. With the accomplishment of this work and its specification of the clinical case and the anatomical characteristics in the influence of the choice of the technique of obturation

Update schemes and other extensions to support logical modelling of multicellular systems

Tese de Mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional, 2021, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasO estado de uma célula é controlado por vários componentes biológicos, como genes, proteínas, metabólitos, que interagem entre si, criando grandes redes regulatórias. Os componentes dessas redes não só regulam os outros componentes, como também a si próprios, fazendo-o através de fatores de transcrição, fosforilação, entre outros. Vários formalismos foram usados para modelar este tipo de redes, entre eles está o formalismo lógico, que representa uma rede regulatória como um grafo, onde os vértices correspondem a componentes biológicos e as arestas às interações entre estes. Este formalismo é especialmente bem sucedido no estudo deste tipo de redes devido à abstração do componente num vértice que permite que este represente qualquer tipo de componente biológico, refletindo assim a complexidade biológica inerente a estas redes. Também o tipo de interação é abstraído, considerando apenas o impacto da interação, se é positiva ou negativa. O modelo lógico é caracterizado por tradicionalmente considerar apenas dois valores para os seus componentes, a sua ausência (0) ou a sua presença (1). O valor de cada componente é regulado por uma função lógica dependente dos componentes que o regulam, esta função lógica representa as interações antagônicas, acumulativas, entre outras, no componente regulado. O estudo dos sistemas biológicos estende-se também à consideração de sistemas multicelulares. A dinâmica destes sistemas leva à formação de padrões devido à interação (sinalização) entre células. Estes padrões resumem-se a organizações espaciais de células que atingem estados estáveis (estados de onde qualquer célula não consegue sair). O EpiLog (Epithelium Logical modelling) é uma ferramenta informática desenvolvida em Java, com interface gráfica, utilizada para estudar a formação de padrões sobre um epitélio. Este epitélio é modelado por um autómato celular, composto por uma matriz de células hexagonais, onde o estado de cada célula é controlado por um modelo lógico. A implementação e simulação dos modelos lógicos é feita pela biblioteca bioLQM, utilizado pelo EpiLog. O autómato celular, framework usada pelo EpiLog, é um formalismo discreto usado para estudar propriedades de auto-organização emergentes das interações entre os autómatos. Consiste numa matriz de autómatos onde o valor zero ou um associado a cada célula (ou autómato) é regulado pelas interações com os seus vizinhos próximos. O EpiLog estende esta definição ao associar modelos lógicos a cada célula, o que permite uma representação mais complexa do estado da célula. Também a definição de vizinhança é alterada para permitir a modelação de sinalização entre células não adjacentes, representando a sinalização parácrina. A dinâmica de um modelo lógico é influenciada pela escolha do esquema de atualização. O esquema de atualização determina a ordem pela qual os valores dos componentes dos modelos são atualizados, isto é, a ordem pela qual a função de regulação é aplicada. O EpiLog faz a atualização das suas células do epitélio considerando “classes de prioridade”. Este esquema define que os componentes dos modelos se dividam em classes com ranks associados, de tal modo que os componentes pertencentes a classes com ranks mais baixos não são atualizados enquanto existirem componentes de classes com ranks mais elevados que sejam atualizáveis. As classes em si são atualizadas de forma síncrona, isto é, os componentes pertencentes à mesma classe são atualizados simultaneamente, gerando um único sucessor. Do ponto de vista biolófico, o esquema de atualização síncrono não faz sentido, visto implicar que todos os vários processos biológicos aconteçam com a mesma taxa de velocidade. Este pressuposto leva a artefatos de modelação que não correspondem ao observado in vivo. Por oposição ao esquema de atualização síncrono, o assíncrono atualiza cada componente individualmente, criando tantos sucessores quanto o número de componentes que possam ser atualizados. O foco principal desta tese é a implementação de novos esquemas de atualização que introduzem alguma assincronicidade dentro das classes de prioridades, com o objetivo de mitigar e explorar as fragilidades do esquema de atualização síncrona. A implementação é feita no bioLQM, onde as classes são compostas por grupos, sendo que estes têm um esquema de atualização associado, os sucessores da classe são a união dos sucessores dos grupos da classe. O EpiLog limita uma classe a apenas um grupo, tornando os dois essencialmente sinónimos. Os novos esquemas de atualização dividem-se em sucessores múltiplos e sucessores únicos, EpiLog usa apenas os segundos, sendo estes o uniformemente aleatório e não uniformemente aleatório. O esquema uniforme aleatório corresponde à escolha aleatória de um sucessor entre os sucessores resultantes de um esquema assíncrono, enquanto o esquema não uniforme aleatório implica que seja atribuído a cada componente uma probabilidade de ser atualizado, e o sucessor final é escolhido dos sucessores assíncronos com base nessa probabilidade. Ambos os esquemas permitem que um maior número de trajetórias seja explorado, as resultantes do esquema assíncrono, o esquema de atualização não uniforme aleatório permite também integrar conhecimento cinético sobre as interações do sistema, levando à exploração de trajetórias em teoria com maior significado biológico. A utilidade dos novos esquemas foi testada através de um caso de estudo, um modelo lógico já publicado do módulo de genes segment polarity, que consolida os segmentos do embrião da Drosophila. É mostrado que os novos esquemas de atualização permitem obter a maioria dos padrões estáveis obtidos na publicação original ao contrário do esquema síncrono inicial. São testadas várias mutações além do caso wild-type, e são considerados dois epitélios: um único segmento de seis células, e um epitélio de 12 por 12 células. O primeiro epitélio corresponde à situação modelada na publicação original, e a replicação dos resultados foi conseguida com ambos os esquemas de atualização “duas classes com uniforme aleatório” e apenas “não uniforme aleatório” (ou seja uma classe). Este resultado demonstra a necessidade da introdução da assincronicidade nos esquemas de atualização. No epitélio de 12 por 12 células devido ao grande número de células (12×12) e consequentemente ao número elevado de estados possíveis, foi necessário definir um esquema de atualização mais restrito, o “duas classes com não uniforme aleatório” para obter os mesmos resultados. Este último resultado mostra a utilidade da combinação dos novos esquemas de atualização com as classes de prioridade, que oferecem ao modelador maior flexibilidade e controlo sobre que trajetórias explorar. Também é mostrado que com a implementação dos novos esquemas, o EpiLog está mais apto para modelar grandes epitélios, sendo assim uma melhor ferramenta no estudo de formação de padrões em sistemas multicelulares. Uma vez que os novos esquemas de atualização foram implementados no bioLQM, favorecem não só o EpiLog, como também todas as ferramentas dependentes do bioLQM. Estas ferramentas ganham agora classes de prioridades que permitem a definição de vários grupos numa classe, e esquemas de atualização de grupos que aceitam esquemas de atualização com sucessores múltiplos além de únicos. Além da implementação dos novos esquemas de atualização, foram adicionadas duas outras funções ao EpiLog, com o objetivo de tornar mais completa e fácil a experiência de modelação do utilizador. A primeira, chamada “phenotype tracking”, foi motivada pela necessidade de uma visão alternativa e complementar ao output do EpiLog, que se foca ao nível do epitélio, dando uma representação gráfica do estado do mesmo (onde o estado das interno células pode ser consultado ao ser clicado). Esta nova ferramenta gera uma série temporal dos estados internos das células ao longo de uma simulação, o que melhora o entendimento do utilizador sobre os resultados de uma simulação. É também possível definir sobre que estados a informação será gerada, isto é, a definição de fenótipos que consistem em conjuntos de estados da célula (do modelo lógico) que caracterizam uma célula. Os fenótipos são definidos pelo utilizador dependente do interesse biológico que lhe atribui. Foi também implementada uma maneira alternativa de editar as definições de um epitélio, que permite ao utilizador fazê-lo de forma textual, evitando o uso da interface gráfica. Esta adição é indicada para utilizadores mais experientes, permitindo assim uma edição mais rápida e eficiente.The state of a cell is controlled by a regulatory network of biological components. The logical formalism is a powerful discrete framework to model these networks, as it abstracts the type of biological components capturing the nature, positive or negative, of their interactions. Cell-cell signalling results in pattern formation through the acquisition of distinct cellular phenotypes. This work focuses on the logical modelling of multi-cellular systems, accounting for cell-cell signalling. EpiLog is a Java tool for studying pattern formation of an epithelium, modelled by a cellular automaton, composed of a two-dimensional grid of hexagonal cells, where logical models govern their internal states. The dynamics of the cellular logical model are simulated by the bioLQM toolkit, used by EpiLog. The model dynamics are influenced by updating schemes, which set the order of the model components updates. EpiLog uses priority synchronous classes, where all the class components are updated simultaneously. Synchronous updating unrealistically assumes that all processes occur at the same time, producing modelling artefacts. This thesis implements new updating schemes to mitigate the drawbacks of the synchronous update, by introducing some asynchronicity. The usefulness of the new updating schemes is confirmed with a case study, a published logical model of the segment polarity module, which consolidates the fly embryo segments. We show that the new updating schemes capture most of the stable patterns obtained in the original publication, and that EpiLog with these new updaters is thus more suitable to study pattern formation in multi-cellular systems. Additionally, two features were implemented. The user can now better assess simulation results thanks to the generation of data concerning the cell states along the simulation. Furthermore, the possibility to edit model definitions rather than doing so through the GUI facilitates the work of the advanced users

Polyglutamine diseases (PolyQ): construction and characterization of yeast models

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e TecnologiaThere are a number of serious diseases which have in common the inappropriate folding of a particular protein, as polyglutamine disease group. Machado-Joseph‟s and Huntington‟s disease are grouped in the polyglutamine diseases, being the cause of the disease the presence of a CAG repeat tract in the causative gene, ATXN3 and HTT, respectively. This CAG repeats tract leads to the formation of polyglutamine tract in ataxin-3 and huntingtin proteins, respectively, that do not allow the correct protein folding. In diverse models, the expansion of the poluglutamine tract into disease related-proteins, promote their aggregation and their negative effect on cellular metabolism were described as associated to toxic effect. In this study, it was proposed the construction of the first yeast model for Machado-Joseph‟s disease and the characterization of the role of autophagy in the yeast model for Huntington‟s disease during yeast life cycle. For the yeast model for Machado-Joseph‟s disease we successfully constructed a Tet On system harboring the variant 1 genes, normal and expanded, fused with GFP gene, to further allow the subcellular localization of the expressed protein into yeast cells. In yeast model for Huntington‟s disease the chronological lifespan (CLS) of yeast cells at different physiological states after expressing the normal and the pathogenic protein and their subcellular localization, using epifluorescent microscopy was studied. It was demonstrated that cells harboring the huntingtin with 103 glutamines (pathogenic protein) during the inhibition of autophagic process, by chloroquine, presents an increased in CLS and the formation of large foci that could correspond to aggregosomes. In aged cells this effect is more pronounced leading to the hypothesis that in these cells the autophagic mechanism is impaired and enhances the toxic effects of expressed huntingtin 103Q and that the inhibition of the autophagic process can rescue the cells from the toxic effects. On the other hand, when the normal huntingtin (25Q) was expressed at exponential phase the inhibition of autophagy led to a drastic decrease on CLS, demonstrated that in functional cells the autophagy had a positive effect being a crucial process, probably removing unwanted intracellular components and providing energy

Efficacy of the different baclofen enantiomers on the reduction of binge drinking in a rodent model: a gender study

Trabalho Final de Mestrado Integrado, Ciências Farmacêuticas, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2019Atualmente, de entre os problemas de saúde mundial encontra-se o consumo excessivo de álcool, principalmente decorrente de Binge Drinking, que é o consumo de grandes quantidades de álcool num curto espaço de tempo. Além dos 4 tratamentos farmacológicos possíveis, muitos estudos têm sido realizados de forma a aumentar as possibilidades terapêuticas, de onde se destaca o fármaco baclofeno, a mais recente adição aos fármacos autorizados na França para este tratamento. Nos últimos anos, vários estudos sobre a eficácia do baclofeno foram realizados, principalmente sobre a forma racémica RS(±)-baclofeno, mas resultados divergentes foram encontrados. Após o isolamento dos 2 enantiómeros deste fármaco, o R(+)-baclofeno e o S(-)-baclofeno, descobriu-se que a eficácia reside no enantiómero ativo R, o que levantou a questão se realmente o melhor tratamento seria com a forma racémica RS. Assim, neste estudo procurou-se caracterizar os efeitos enantiosseletivos do baclofeno num modelo animal de consumo crónico binge-like em ratos Long Evans machos e fêmeas, sendo o foco as diferenças entre os 2 géneros, uma vez que ainda não existem estudos neste sentido. R(+)-baclofeno, S(-)-baclofeno e a forma racémica, que é a única ainda administrada aos pacientes, foram avaliados quanto à sua eficácia na diminuição do consumo de álcool. De seguida, avaliou-se o efeito do RS(±)-baclofeno no sistema dopaminérgico, uma vez que a libertação de dopamina na via mesolímbica sofre alterações com o consumo de álcool e o baclofeno, agonista dos recetores GABA-B, atua nas mesmas vias. Os resultados obtidos sugerem que a variabilidade da resposta à forma racémica é devido aos diferentes efeitos dos 2 enantiómeros, sendo que uma diminuição no consumo de álcool e uma reposta positiva à terapêutica são devido à sensibilização do enantiómero R, e, pelo contrário, um aumento do consumo pode ser devido ao enantiómero S. Estas diferenças aparentam resultar de uma resposta diferencial do sistema dopaminérgico. Mais interessante ainda, foi demonstrado que a forma racémica RS não tem efeito nas fêmeas e o efeito do enantiómero R é ainda baixo comparado com os machos. Estes resultados sugerem que o tratamento com baclofeno atualmente disponível origina resposta terapêutica variável nas mulheres.Currently, among the world's health problems is excessive alcohol consumption, especially Binge Drinking, which is the consumption of large amounts of alcohol in a short time. In addition to the 4 possible pharmacological treatments, many studies have been conducted to increase the therapeutic possibilities, with the highlight in the drug baclofen, the latest addition to the list of drugs authorized in France for this treatment. In recent years, several studies to determine the efficacy of baclofen have been performed, mainly on the racemic form RS (±)-baclofen, but divergent results have been found. After the isolation of the 2 enantiomers of this drug, R (+)-baclofen and S (-)-baclofen, it was found the efficacy of the drug lies in the active enantiomer R. That raised the question if really the best treatment would be with the racemic form RS. Thus, this study sought to characterize the enantioselective effects of baclofen in an animal model of chronic binge-like consumption in male and female Long Evans rats, focusing on the differences between the two genders, since there are no studies in this regard. R (+)-baclofen, S (-)-baclofen and the racemic form, which is the only one still administered to patients, were evaluated for their effectiveness. Then, the relation of the dopaminergic system was also evaluated, since the release of dopamine in the mesolimbic pathway changes with alcohol consumption and baclofen, being a GABA-B receptor agonist, acts in the same pathways. The results provide important evidence, as they suggest that the variability of patients' response to racemic form is due to the different effects of the 2 enantiomers and a decrease in alcohol consumption with response to therapy are due to sensitization to the R enantiomer and, on the contrary, an increase in consumption may be due to S enantiomer. A differential response of the dopaminergic system seems to be the reason their differences appear. More interestingly, it has been shown that the racemic form RS has no effect on females and the R enantiomer has little effect compared to males. These results suggest the currently available treatment leads to variable therapeutic response in women.Université de Picardie Jules Verne – INSERN ERI 24: GRA