Identification of urinary tract pathogens after 3-hours urine culture by MALDI-TOF mass spectrometry

Complicated urinary tract infections, such as pyelonephritis, may lead to sepsis. Rapid diagnosis is needed to identify the causative urinary pathogen and to verify the appropriate empirical antimicrobial therapy. We describe here a rapid identification method for urinary pathogens: urine is incubated on chocolate agar for 3 h at 35 degrees C with 5%CO2 and subjected to MALDI-TOF MS analysis by VITEK MS. Overall 207 screened clinical urine samples were tested in parallel with conventional urine culture. The method, called U-si-MALDI-TOF (urine short incubation MALDI-TOF), showed correct identification for 86% of Gram-negative urinary tract pathogens (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and other Enterobacteriaceae), when present at >10(5) cfu/ml in culture (n = 107), compared with conventional culture method. However, Gram-positive bacteria (n = 28) were not successfully identified by U-si-MALDI-TOF. This method is especially suitable for rapid identification of E. coli, the most common cause of urinary tract infections and urosepsis. Turnaround time for identification using U-si-MALDI-TOF compared with conventional urine culture was improved from 24 h to 4-6 h. (C) 2016 Elsevier B.V. All rights reserved.Peer reviewe

Liikkumisen ja hyvinvoinnin edistäminen alakouluissa:luokanopettajien näkemyksiä Oulun seudulta

Tiivistelmä. Liikkuminen on tärkeä osa jokaisen arkipäivää ja se edistää hyvinvointia ja terveyttä. Olisi tärkeää, että liikkumista tapahtuisi viikon jokaisena päivänä, sillä esimerkiksi pitkäaikaisen istumisen on nähty olevan terveydelle haitallista. Kouluilla on erinomainen mahdollisuus lisätä fyysistä aktiivisuutta erityisesti niille oppilaille, jotka liikkuvat vähän kouluajan ulkopuolella. Koulussa liikkumista voi kerääntyä esimerkiksi oppitunneilla, välitunneilla sekä koulun kerhotoiminnassa. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää opettajien käsityksiä koulun mahdollisuuksista tukea oppilaan hyvinvointia liikunnan avulla. Halusimme saada selville, millaiset valmiudet opettajilla on edistää liikuntaa, miten koulussa otetaan huomioon oppilaiden liikkuminen sekä miten liikkuminen tukee oppilaiden hyvinvointia. Tutkimus on laadullinen fenomenografista lähestymistapaa hyödyntävä tutkimus, jonka keskiössä on ihmisten käsitykset. Tutkimuksen aineisto on kerätty syksyn 2021 aikana lähettämällä Google Forms -kysely (liite 2) Oulun alueen opettajille. Kysely jaettiin sähköpostitse. Tutkimukseen vastasi 18 opettajaa. Aineisto on analysoitu hyödyntäen fenomenografista analyysimenetelmää. Tutkimuksen luotettavuutta lisää eri vaiheiden tarkka kuvaaminen sekä laaja lähdekirjallisuus. Vaikka tutkimus ei ole yleistettävissä suppean aineiston vuoksi, on se hyödyllinen tarkasteltaessa yksittäistä koulua. Esille nousevat monipuoliset tavat toteuttaa ja edistää liikuntaa ja hyvinvointia koulussa. Tutkielma toteutettiin parityönä. Tutkimustulosten perusteella liikkuminen huomioidaan monipuolisesti kouluarjessa. Opettajien vastausten perusteella koulun ympäristö on suuri liikunnallistamiseen liittyvä tekijä. Koulun ympäristö, etenkin lähiluonto ja koulun piha yhdessä monipuolisten välineiden kanssa tukevat oppilaiden liikkumista niin oppitunneilla kuin välitunneilla. Kouluissa myös huomioidaan oppilaiden osallisuus liikuntaa edistäessä sekä hyvinvoinnin fyysisen, psyykkisen sekä sosiaalisen toimintakyvyn osa-alueet nousevat esille. Opettajat olivat myös yhtämielisiä siitä, että liikkuminen vaikuttaa positiivisesti liikkujan itsetuntoon, keskittymiskykyyn sekä tunne- ja vuorovaikutustaitoihin. Tutkimustulosten ajan tasalla olevat uunituoreet vastaukset kannustavat opettajia hyödyntämään liikuntaa sekä edistämään liikunnallista kulttuuria kouluarjessa

Lukiolaisten päivittäinen liikkuminen

Tiivistelmä. Tutkielman tarkoituksena oli tarkastella lukiolaisten päivittäistä liikkumista opiskelupäivän aikana sekä vapaa-ajalla. Tavoitteena oli kuvata, miten lukiossa opiskelevat nuoret saavuttavat heille suunnatut liikkumissuositukset, miten he liikkuvat opiskelupäivän aikana ja millaista on heidän vapaa-ajan liikkumisensa. Tutkielma toteutettiin kuvailevana kirjallisuuskatsauksena. Tutkielman aihe on merkittävä ja ajankohtainen, sillä nuorten päivittäinen liikkuminen on tutkitusti vähentynyt ja paikallaanolo lisääntynyt viime vuosikymmenten aikana. Liikkumisen vähentyminen on todettu aiemmin olevan erityisen suurta yläkouluikäisillä, mutta lähivuosina kiinnostus myös lukiolaisten fyysistä aktiivisuutta kohtaan on lisääntynyt. Lukiolaisten vähäinen liikkuminen herättää huolta, sillä liikunnalla on huomattavia terveydellisiä vaikutuksia. Nuorilla on runsaasti haasteita painonhallinnassa, ja heidän kestävyyskuntonsa on heikentymässä. Liikunnasta voi olla myös merkittävästi hyötyä lukiolaisille sekä opiskelussa jaksamisen että opinnoissa menestymisen kannalta. Tutkielma osoittaa, että lukiolaiset liikkuvat liikkumissuosituksiin nähden liian vähän, ja liikkumisen määrä näyttäisi laskevan myös yläkoulun jälkeen lukio-opintojen aikana. Myös opiskelupäivän aikainen liikkuminen on tutkielman perusteella lukiolaisilla liian vähäistä, ja määrältään vielä joiltain osin yläkoululaisiakin heikompaa. Opiskelupäivän aikaista liikkumista voitaisiin lukiolaisten mielestä kuitenkin lisätä useiden eri menetelmien avulla. Tutkielma osoittaa lisäksi, että lukiolaiset suosivat vapaa-ajallaan omatoimista liikuntaa huomattavasti urheiluseuraharrastuksia yleisemmin. Vapaa-ajan liikkuminen on lisääntymässä, mutta se ei ole vieläkään suositusten mukaista. Lukiolaisten vähäiseen liikkumiseen tulisi puuttua, ja liikkumista lisääviä keinoja tarjota aiempaa enemmän. Etenkin opiskelupäivän aikaiseen liikuntaan tulisi panostaa, sillä oppilaitoksilla on mahdollisuus tavoittaa myös ne nuoret, joiden liikkuminen on huolestuttavan vähäistä. Tämän vuoksi lukioissa olisikin tärkeää kehittää opiskelijoille mielekkäitä keinoja liikkumisen lisäämiseksi

Crawling-induced floor dust resuspension affects the microbiota of the infant breathing zone

Background: Floor dust is commonly used for microbial determinations in epidemiological studies to estimate early-life indoor microbial exposures. Resuspension of floor dust and its impact on infant microbial exposure is, however, little explored. The aim of our study was to investigate how floor dust resuspension induced by an infant's crawling motion and an adult walking affects infant inhalation exposure to microbes. Results: We conducted controlled chamber experiments with a simplified mechanical crawling infant robot and an adult volunteer walking over carpeted flooring. We applied bacterial 16S rRNA gene sequencing and quantitative PCR to monitor the infant breathing zone microbial content and compared that to the adult breathing zone and the carpet dust as the source. During crawling, fungal and bacterial levels were, on average, 8- to 21-fold higher in the infant breathing zone compared to measurements from the adult breathing zone. During walking experiments, the increase in microbial levels in the infant breathing zone was far less pronounced. The correlation in rank orders of microbial levels in the carpet dust and the corresponding infant breathing zone sample varied between different microbial groups but was mostly moderate. The relative abundance of bacterial taxa was characteristically distinct in carpet dust and infant and adult breathing zones during the infant crawling experiments. Bacterial diversity in carpet dust and the infant breathing zone did not correlate significantly. Conclusions: The microbiota in the infant breathing zone differ in absolute quantitative and compositional terms from that of the adult breathing zone and of floor dust. Crawling induces resuspension of floor dust from carpeted flooring, creating a concentrated and localized cloud of microbial content around the infant. Thus, the microbial exposure of infants following dust resuspension is difficult to predict based on common house dust or bulk air measurements. Improved approaches for the assessment of infant microbial exposure, such as sampling at the infant breathing zone level, are needed.Peer reviewe

Low incidence of severe bacterial infections in hospitalised patients with COVID-19 : A population-based registry study

Background Bacterial infections complicating COVID-19 are rare but present a challenging clinical entity. The aim of this study was to evaluate the incidence, aetiology and outcome of severe laboratory-verified bacterial infections in hospitalised patients with COVID-19. Methods All laboratory-confirmed patients with COVID-19 admitted to specialised healthcare hospitals in the Capital Province of Finland during the first wave of COVID-19 between 27 February and 21 June 2020 were retrospectively studied. We gathered the blood and respiratory tract culture reports of these patients and analysed their association with 90-day case-fatality using multivariable regression analysis. Results A severe bacterial infection was diagnosed in 40/585 (6.8%) patients with COVID-19. The range of bacteria was diverse, and the most common bacterial findings in respiratory samples were gram-negative, and in blood cultures gram-positive bacteria. Patients with severe bacterial infection had longer hospital stay (mean 31; SD 20 days) compared to patients without (mean 9; SD 9 days; p < 0.001). Case-fatality was higher with bacterial infection (15% vs 11%), but the difference was not statistically significant (OR 1.38 CI95% 0.56-3.41). Conclusions Severe bacterial infection complicating COVID-19 was a rare occurrence in our cohort. Our results are in line with the current understanding that antibiotic treatment for hospitalised COVID-19 patients should only be reserved for situations where a bacterial infection is strongly suspected. The ever-evolving landscape of the pandemic and recent advances in immunomodulatory treatment of COVID-19 patients underline the need for continuous vigilance concerning the possibility and frequency of nosocomial bacterial infections.Peer reviewe

Future socioeconomic conditions may have a larger impact than climate change on nutrient loads to the Baltic Sea

The Baltic Sea is suffering from eutrophication caused by nutrient discharges from land to sea, and these loads might change in a changing climate. We show that the impact from climate change by mid-century is probably less than the direct impact of changing socioeconomic factors such as land use, agricultural practices, atmospheric deposition, and wastewater emissions. We compare results from dynamic modelling of nutrient loads to the Baltic Sea under projections of climate change and scenarios for shared socioeconomic pathways. Average nutrient loads are projected to increase by 8% and 14% for nitrogen and phosphorus, respectively, in response to climate change scenarios. In contrast, changes in the socioeconomic drivers can lead to a decrease of 13% and 6% or an increase of 11% and 9% in nitrogen and phosphorus loads, respectively, depending on the pathway. This indicates that policy decisions still play a major role in climate adaptation and in managing eutrophication in the Baltic Sea region.Peer reviewe

An EMG-Assisted Muscle-Force Driven Finite Element Analysis Pipeline to Investigate Joint- and Tissue-Level Mechanical Responses in Functional Activities : Towards a Rapid Assessment Toolbox

Publisher Copyright: © 1964-2012 IEEE.Joint tissue mechanics (e.g., stress and strain) are believed to have a major involvement in the onset and progression of musculoskeletal disorders, e.g., knee osteoarthritis (KOA). Accordingly, considerable efforts have been made to develop musculoskeletal finite element (MS-FE) models to estimate highly detailed tissue mechanics that predict cartilage degeneration. However, creating such models is time-consuming and requires advanced expertise. This limits these complex, yet promising, MS-FE models to research applications with few participants and makes the models impractical for clinical assessments. Also, these previously developed MS-FE models have not been used to assess activities other than gait. This study introduces and verifies a semi-automated rapid state-of-the-art MS-FE modeling and simulation toolbox incorporating an electromyography- (EMG) assisted MS model and a muscle-force driven FE model of the knee with fibril-reinforced poro(visco)elastic cartilages and menisci. To showcase the usability of the pipeline, we estimated joint- and tissue-level knee mechanics in 15 KOA individuals performing different daily activities. The pipeline was verified by comparing the estimated muscle activations and joint mechanics to existing experimental data. To determine the importance of the EMG-assisted MS analysis approach, results were compared to those from the same FE models but driven by static-optimization-based MS models. The EMG-assisted MS-FE pipeline bore a closer resemblance to experiments compared to the static-optimization-based MS-FE pipeline. Importantly, the developed pipeline showed great potential as a rapid MS-FE analysis toolbox to investigate multiscale knee mechanics during different activities of individuals with KOA.Peer reviewe

Impacts of changing society and climate on nutrient loading to the Baltic Sea

This paper studies the relative importance of societal drivers and changing climate on anthropogenic nutrient inputs to the Baltic Sea. Shared Socioeconomic Pathways and Representative Concentration Pathways are extended at temporal and spatial scales relevant for the most contributing sectors. Extended socioeconomic and climate scenarios are then used as inputs for spatially and temporally detailed models for population and land use change, and their subsequent impact on nutrient loading is computed. According to the model simulations, several factors of varying influence may either increase or decrease total nutrient loads. In general, societal drivers outweigh the impacts of changing climate. Food demand is the most impactful driver, strongly affecting land use and nutrient loads from agricultural lands in the long run. In order to reach the good environmental status of the Baltic Sea, additional nutrient abatement efforts should focus on phosphorus rather than nitrogen. Agriculture is the most important sector to be addressed under the conditions of gradually increasing precipitation in the region and increasing global demand for food. (C) 2020 The Authors. Published by Elsevier B.V.Peer reviewe

Polymerase Chain Reaction (PCR) provides a superior tool for the diagnosis of Pneumococcal Infection in Burkina Faso

Purpose of study: The aim of this study was to determine the value of real-time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR) in the routine surveillance of pneumococcal meningitis in Burkina Faso, compared to standard methods of culture, Gram stain and latex agglutination assay.Materiel and methods: A total of 385 specimens of cerebrospinal fluid were analyzed by the three standard bacteriological methods (Gram stain, latex agglutination assay, and culture) and real-time Polymerase Chain Reaction.Results: Of 385 specimens analyzed by these methods, 204 S. pneumoniae were detected by one or more  methods. Gram stain detected 36.4% (140/385) Gram positive encapsulated diplococci; 37.7% (145/385) and 20.8% (80/385) of the specimens were positive for pneumococci by latex agglutination assay and culture. These specimens were tested with rt-PCR, which confirmed 51.2% (197/385) S. pneumoniae positive. The sensitivity and specificity of culture were 54.4% and 31.5%, respectively, and the sensitivity and specificity of rt-PCR were 96.6% and 100%, respectively. These results showed that rt-PCR was more sensitive than Gram stain (p=0.0235), latex agglutination assay (p=0.0442)and culture (p=0.0006).The culture is the gold standard method; however, the result showed that rt-PCR had specificity and was as specific as Gram stain (p=0.3405) and latex agglutination assay (p=0.7745).Conclusion: rt-PCR was highly sensitive and specific. It could be used as a complementary diagnostic tool to  mprove case confirmation of bacterial meningitis. However,its high cost, the qualification of the technical staff and infrastructures required for its implementation, constitute obstacles to its widened use in countries with limited resources.Keywords: Streptococcus pneumoniae, meningitis, rt-PCR, standard bacteriological methods Objectif: Le but de cette étude était de déterminer la place de la rt-PCR dans la surveillance de routine deméningitespneumococciquesau Burkina Faso et la comparée avec les méthodes de la bactériologie classique: Culture, coloration de Gram et l’agglutination au latex.Matériel etméthodes: Au total, 385 échantillons deliquides céphalorachidiens (LCR)étaient analysés par les trois méthodes de la bactériologie classique (coloration de Gram, agglutination au latex, culture) et la PCR en temps réel.RESULTATS: Parmi 385 échantillons analysés, 204 cas de Streptococcuspneumoniae étaient détectés par une ou plusieurs méthodes. La coloration de Gram adétecté 36,4% (140/385) diplocoques encapsulés à Gram positif (DGP); 37,7% (145/385) et 20,8% (80/385) d’échantillons étaient positifs aux pneumocoques par l’agglutination au latex et la culture. Ces échantillons étaient aussi testés par rt-PCR qui a confirmé 51,2% (197/385) cas positifs de S. pneumoniae. La sensibilité et la spécificité de la culture étaient respectivement de 54,4% et 31,5%, et la sensibilité et la spécificité de rt-PCR étaient respectivement de 96,6% et 100%. Ces résultats ont montré que la rt-PCR était plus sensible que la coloration de Gram (p=0,0235), l’agglutination au latex (p=0,0442) et la  culture(p=0,0006).La culture est une méthode de référence; cependant, le résultat a montré que rt-PCR était plus sensibleet aussi spécifique que la coloration de Gram ((p=0,3405)et l’agglutination au latex (p=0,7745).Conclusion : :rt-PCR était plus sensible et plus spécifique. Elle pourrait être utilisée comme un outil de diagnosticcomplémentaire pour améliorer les cas de confirmation de méningites bactériennes. Cependant, ces coûts de réalisation, la qualification de techniciens et les matériels pour son application constituent des obstacles pour sa vulgarisation dans les pays à ressources limités.Keywords: Streptococcus pneumoniae, méningites, rt-PCR, méthodes de la bactériologie classique Article in English