Assessing and comparing applications of molecular clocks to phylogenetic datasets

Tese de mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2021A implementação de relógios moleculares na inferência filogenética foi uma das maiores descobertas no estudo da área, permitindo à comunidade científica obter resultados mais robustos e com uma menor margem de erro significativa, suportados pelo uso de registos fósseis e geológicos. Nesta tese foram comparados os métodos de inferência filogenética molecular implementados no programa BEAST2 e StarBEAST2, para que se tenha uma ideia de em que cenário um é mais vantajoso aplicar um ou o outro assim como a comparação entre as suas versões mais recentes e antigas. Assim sendo, foram realizadas inferências moleculares independentes a espécies de escaravelhos tigre (Coleoptera: Cicindelini) e a espécies de escaravelhos subterrâneos (Trechus fulvus). As análises tiveram por base a aplicação de um workflow que permite a realização de inferências filogenéticas moleculares inter e intraespecíficas, com base nos recursos disponibilizados pelo pacote do programa BEAST2. Os resultados obtidos com o template standard de BEAST2 demonstram que é fundamental o uso de um outgroup adequado na calibração da árvore filogenética, que garanta suporte de confiança à inferência realizada. Relógios inapropriados ou calibrações incorretas (resultando em valores mínimos de ESS) conduzem a resultados ilusórios de escalas de tempo. Contudo com o programa StarBEAST2 não é necessário o uso de um outgroup, assim como demonstra obter resultados com melhor resolução, intervalos de divergência menores e um tempo de processamento significamente mais rápido comparativamente ao programa BEAST2 (dependendo dos specs do PC usado) ao mesmo tempo usando um método de coalescência multi-espécies o qual habilita ao programa de modelar as árvores de genes dentro da árvore de espécies resultando em geral em resultados de tempos de divergência mais precisos. Porém deve-se ter sempre em atenção o contexto biológico ao averiguar os resultados obtidos na inferência, pois mesmo que sejam bem suportados pela análise dos valores de confiança, nunca deverão ser interpretados isoladamente.The implementation of molecular clocks in phylogenetic inference was one of the largest breakthroughs in the field of genetics and phylogeny, allowing to the scientific community a way to obtain more robust results and with a significantly smaller margin of error, supported by the use of fossil and geological records. In this thesis were compared the methods of molecular phylogenetic inference in the programa BEAST2 and *BEAST2 (or starBEAST2), so as to identify in which scenario is better to use one or the other as well as comparing their most recent versions to their previous iterations so as to ascertain how much better they’ve gotten if at all. And so, were realized phylogenetic inferences on species of tiger beetles (Coleoptera: Cicindelini) and on species of ground beetles (Trechus fulvus). The subsequent analyses had as their core the usage of a workflow designed to standardize the whole procedure permitting the realization of interspecific and intraspecific molecular phylogenetic inferences based on the available resources in BEAST2’s packages. The results obtained through the standard template of BEAST2 show that the usage of an adequate outgroup tailored to the calibration of the phylogenetic tree is fundamental to the credibility of the inference in question. Inaccurate clocks or incorrect calibrations (resulting in low ESS values) inevitably lead to illusory results. However, with the usage of StarBEAST2 an outgroup isn’t required to the phylogenetic inference, as well as it showing (normally) results with better resolution, smaller divergence times and a much faster processing time when compared to BEAST2 (depending on the PC specs) all the while using a multi species Coalescent methods that allows the program to model the analyzed gene trees within the species tree thereby improving the overall accuracy and precision of the divergence times. Although one should always take the biological context into account when analyzing the results as they never should be treated immediately as fact even if well supported by its confidence values

Improving database reporting processes with XML technologies : Case Study of Sage Next

Tese de mestrado integrado. Engenharia Informática e Computação. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 200

Lipases imobilizadas em filmes de amido de Hedychium coronarium e proteína isolada de soja: Aplicação na síntese de ésteres

TCC (graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Físicas e Matemáticas. Curso de Química.Os ésteres de aromas são utilizados como ingredientes em vários produtos nas indústrias de alimentos, farmacêutica e cosmética, para conferir odores florais e frutados. A preparação em condições normais é lenta, sendo importante a presença de um catalisador. Nas últimas décadas, têm sido relatados métodos de esterificação com o uso de biocatalisadores, principalmente as lipases. Quando utilizadas na forma livre, as lipases podem ser tornar instáveis e não suportar temperaturas elevadas ou solventes orgânicos. Estas desvantagens, podem ser superadas através da imobilização, e a escolha do suporte é de grande importância. O amido de lírio-do-brejo (Hedychium coronarium) (ALB) é uma excelente opção para a preparação dos filmes e/ou blendas para imobilizar enzimas, pois apresenta baixo custo, e é renovável. Nesse trabalho, foi realizada a extração do amido, preparação de filmes e/ou de blendas de ALB juntamente com proteína isolada de soja (PIS) e a imobilização de lipases nestes suportes para a preparação do n-propionato de benzila (7). A formação e a quantificação dos produtos foram determinadas por ¹H-RMN. Usando as lipases FAP-15 e LAY-30, as conversões ao éster 7 foram moderadas (15-30%). Quando as lipases, LCR, LAK20, LAK, LAYS, LAN12 foram utilizadas o éster foi obtido com conversões de 53-66%. Os melhores resultados foram obtidos com a lipase LPS-SD (77%). Os valores de conversão foram de 22, 50 e 56% utilizando as lipases LAY-30, LCR e LPS-SD imobilizadas em filme de ALB, respectivamente. Ao utilizar a blenda ALB/PIS (50:50) para imobilizar estas mesmas lipases, os valores conversão foram de 47, 53 e 88%, respectivamente, e ao usar o sistema LPS/PIS as conversões foram de 30, 66 e 77%, respectivamente. Ao variar as temperaturas de 25°- 45° C, as conversões em 7 foram de 28-88%. Ao usar o coquetel LPS/LCR na proporção 15:15 m/m, o valor de conversão foi de 77%. O éster 7 foi obtido com conversões de 32-88% na presença de acetona, acetonitrila, ciclohexano, diclorometano, DMF, etanol, éter etílico, éter diisopropílico, n-hexano, iso-octano, MTBE e THF. O estudo da reutilização do suporte com as lipases LPS/LCR imobilizadas mostrou que o sistema pode ser armazenado em n-hexano a temperatura ambiente, por 60 dias sem perder sua atividade catalítica, formando o éster com até 80% de conversão. Salienta-se que este suporte (ALB/PIS) é barato e de fonte renovável, sendo, portanto, uma das vantagens deste método

Propaganda in Disney’s Raya and the Last Dragon: exploring the stereotypes around the ideas of a woman and femininity

This thesis sets out to investigate how the ideas of what it means to be a woman and femininity are constructed and propagated through the film Raya and the Last Dragon, the latest Disney Princess film, in the form of stereotypes. Previous studies show that Disney Princess films, from The Walt Disney Company, produce effects on the behaviour and thoughts of children when it comes to gender roles. As propaganda became associated with totalitarian regimes, studies about media effects rarely coin said effects as caused by propaganda. Therefore, propaganda as a field of analysis lacks a body of literature and a consensual set of analysis rules. This thesis contributes to the establishment of propaganda as a field of analysis, by defining it under Jacques Ellul’s categorisation. The study relies on a qualitative analysis based on the propaganda analysis model proposed by Garth Jowett and Victoria O’Donnell. The empirical material consists of the film Raya and the Last Dragon, and it is available on Disney+, the streaming service of The Walt Disney Company. The findings of this thesis illuminate how the ideas of a woman and of femininity are constructed in Raya and the Last Dragon and allow to understand, against the literature review, if these constructions have changed and evolved when compared to previous Disney Princess films. The results indicate that the film presents a world where women and men are seen as equal, leading it to break previous stereotypes associated with women and femininity. By presenting a female-centric story, with independent characters who have diverse personalities and clothing, who fight and have no romantic interests, the film subverts the trope of a passive woman in a dress waiting to be rescued by a man from a powerful evil woman. Additionally, the film rotates around the relationship between Raya and Namaari, using the patriarchal trope of plotting a woman against a woman to focus on female friendship. Yet, as the filmmakers are conditioned by their positionality, some stereotypes are still oriented by patriarchal logic and a western perspective, namely the omnipresence of a patriarchal figure that guides the protagonist. In the end, besides its contributions to the field of propaganda analysis, the thesis updates the tradition of studies done on the gendered stereotypes present in the Disney Princess films

Concepção e prática da organização escolar desenvolvido no curso de Licenciatura em Educação do campo da UFS (2008/2012)

This study aimed to analyze the design and practice of school organization developed in the field of Education Bachelor's Degree in 2008 and 2012 at the Federal University of Sergipe. The study object was the course referenced from the concern that the same curriculum requires a specific dimension dedicated to the work processes from the context of land reform and traditional territories. Our research hypothesis was that the development of the course took place in the midst of many contradictions between the proposed and carried out according to the material conditions of the students and the university's own structure. This analysis was structured from rough qualitative research with the critical perspective of the dialectical historical materialism studies. This was a case study where we analyze from the categories contradiction and overcoming all the constituent elements of the training proposal. The study was structured from the content analysis of documents and interviews with graduates in order to find answers to the proposed objectives. This research is part of the project under development by the Centre of Education - OBEDUC / CAPES / MEC, where the UFS is a signatory. It is expected to contribute to the construction of knowledge in the area and create opportunities new demands in the world of educational research field.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESEste estudo teve como objetivo analisar a concepção e a prática da organização escolar desenvolvido no curso de Licenciatura em Educação do Campo no período de 2008 a 2012 na Universidade Federal de Sergipe. O objeto de estudo foi o curso referenciado a partir da preocupação de que o currículo do mesmo requer uma dimensão específica voltada para os processos de trabalho a partir do contexto da reforma agrária e dos territórios tradicionais. Nossa hipótese de pesquisa foi a de que o desenvolvimento do curso se deu em meio a muitas contradições entre o proposto e o realizado de acordo com as condições materiais dos estudantes e da estrutura da própria universidade. Essa análise se estruturou a partir de pesquisa qualitativa aproximada com a perspectiva crítica dos estudos do materialismo histórico dialético. Tratou-se de um estudo de caso onde analisamos os elementos constituintes da proposta de formação. O estudo se estruturou a partir da análise do conteúdo dos documentos e por entrevistas com os egressos a fim de encontrar respostas para os objetivos propostos. Esta pesquisa é parte do projeto em desenvolvimento pelo Observatório de Educação – OBEDUC/CAPES/MEC, onde a UFS é signatária. Espera-se poder contribuir com a construção do conhecimento na área e oportunizar novas demandas no mundo da pesquisa em educação do campo

Da Desvalorização e dominação do mundo: o diagnóstico do racionalismo ocidental a partir de Nietzsche e Weber

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Filosofia e Ciências Humanas, Programa de Pós-Graduação em Sociologia Política, Florianópolis, 2010O fenômeno da racionalização e o atributo da racionalidade são enfatizados no pensamento sociológico como elementos fundamentais pelo qual se define a modernidade. O presente trabalho tem por objetivo refletir sobre os contornos do racionalismo ocidental, considerando nesse caso o racionalismo como um paradigma sóciocultural que informa uma visão ou imagem de mundo. Para tanto, nossa dissertação se concentra especialmente na contribuição de dois clássicos do assunto em questão, F. Nietzsche e M. Weber, em que se destacam respectivamente os conceitos de niilismo e desencantamento do mundo. Ambos os conceitos são avaliados num par de significados: o niilismo enquanto rejeição dos elementos mundanos e desvalorização dos valores supremos, e o desencantamento enquanto rejeição dos elementos mágicos e perda do sentido do mundo. Ao cabo desse exame, buscamos exprimir uma perspectiva de síntese do diagnóstico sobre o racionalismo ocidental pelo qual denominamos como o racionalismo da desvalorização e dominação do mundo. Ao final, como formulação alternativa a tal diagnóstico, elaboramos um posicionamento teórico que, tendo por referência os desenvolvimentos da perspectiva sistêmica e do pensamento complexo, denominamos como o racionalismo da cultivação do mundo.The phenomenon of rationalization and the attribute of rationality are emphasized in the sociological thought as fundamental elements for which it defines the modernity. The general objective this work is to reflect about the contours of the western rationalism. The rationalism must be considered, in this case, while a socio-cultural paradigm that informs a vision or image of the world. To think the diagnosis of western rationalism, we concentrated the reflection on the significances of two concepts revealed for F. Nietzsche e M. Weber: nihilism and disenchantment of the world. Both concepts can be evaluated in a pair of definitions. Then, nihilism as 1) the rejection of the life and 2) the depreciation process of supreme values; and the disenchantment of the world as 1) the rejection of magical elements and 2) the loss of the world meaning. To the handle of this search, we try to set up a synthesis perspective which we call as the rationalism of the world mastery and depreciation. To the end, as an alternative formularization to the diagnosis of western rationalism, we elaborate a theoretical positioning that, taking for reference the developments of the systemic perspective and the complex thought, we call as the rationalism of the world cultivation