A model for simulating structure-function relationships in walnut tree growth processes.

An ecophysiological growth process model, called INCA, for simulating the growth and development of a young walnut tree (Juglans regia L.) during three or four years, is presented. This tool, currently under development, aims at integrating architectural and physiological knowledge of the processes involved, in order to give a more rational understanding of the pruning operation. The model describes a simple three-dimensional representation of tree crown, solar radiation interception, photosynthesis, respiration, growth and partitioning of assimilates to leaves, stems, branches and roots. It supports the hypothesis that the tree grows as a collection of semiautonomous, interacting organs that compete for resources, based on daily sink strengths and proximity to sources. The actual growth rate of organs is not predetermined by empirical data, but reflects the pattern of available resources. The major driving variables are solar radiation, temperature, topological, geometrical and physiological factors. Outputs are hourly and daily photosynthate production and respiration, daily dimensional growth, starch storage, biomass production and total number of different types of organ. The user can interact or override any or all of the input variables to examine the effects of such changes on photosynthate production and growth. Within INCA, the tree entities and the surrounding environment are structured in a frame-based representation whereas the processes are coded in a rule-based language. The simulation mechanism is primarily based on the rule chaining capabilities of an inference engine

Apprendre à gérer des collections patrimoniales en bibliothèque

Vous venez d'être nommé-e responsable de la collection patrimoniale d'une bibliothèque mais vous n'êtes pas spécialiste ou vos connaissances sont lointaines. D'où viennent ces vieux livres qui dorment dans la réserve ? Qu'en faire ? A-t-on le droit de s'en débarrasser s'ils paraissent ne servir à personne ? Y en a-t-il qui sont rares et qu'il faudrait mettre en valeur ? Quelques-uns sont catalogués mais c'est loin d'être le cas de tous, comment faire ? Et puis il y a des gravures dans des portefeuilles, des photographies anciennes ici et là. Comment savoir si elles ont quelque intérêt ? Dans un coin des magasins, des moisissures sont brusquement apparues et semblent contaminer peu à peu les ouvrages. Comment s'en débarrasser ? Qui prévenir ? Si vous vous posez parfois ces délicates questions, ce manuel est pour vous. (Dominique Coq, responsable scientifique du volume) Éclairé par des retours d'expériences de spécialistes, ce manuel réunit un ensemble raisonné d'informations de base, qui présente la marche à suivre pour appréhender, traiter, signaler et valoriser ces fonds patrimoniaux ; il permet d'en comprendre l'environnement juridique, administratif et documentaire. Un document indispensable pour les professionnels peu formés dans le domaine, confrontés pour la première fois à une collection patrimoniale, ou qui s'y destinent, et désireux d'acquérir les rudiments nécessaires pour la gérer

Impact des apports en nutriments sur le réseau trophique planctonique du lagon sud-ouest de Nouvelle-Calédonie

Characterized by oligotrophic to mesotrophic waters, the SW lagoon of New Caledonia receives an important part of urban effluents from the city of Nouméa. The aim of this work was to assess the response of phytoplankton and bacterioplankton communities to nutrient inputs in this coastal tropical lagoon. An annual survey showed a weak seasonality of phytoplankton and bacterioplankton biomass and production with maximal values in December-January (austral summer) and April-May, and minimum values in August (austral winter). This seasonal trend is overlaid by important short term variations of these variables that most likely originate from wind-induced renewal of lagoon waters. As gradients in nutrient concentrations in the vicinity of Nouméa City are observed during these 3 characteristic periods, these periods were chosen in order to assess the response of bacterioplankton and phytoplankton to nutrient enrichment. Nitrogen was the element limiting phytoplankton production. Phytoplankton biomass and production increase with increasing nutrient concentration as does phytoplankton average size. Bacterioplankton production increases proportionally more than primary production, with bacterioplankton carbon demand largely exceeding particulate primary production at the most eutrophic stations. Within the picophytoplankton, Prochlorococccus dominates in the surrounding oceanic and oligotrophic lagoon waters. However, in the most eutrophicated sites Synechococcus and picoeukaryotic phytoplankton are the dominant species. Among the nano- and microphytoplankton, the dominance of the coccolithophorids and dinoflagellates in oligotrophic waters is replaced by diatom-dominated populations at the most eutrophicated stations. Bacterioplankton community structure assessed using T-RFLP does not exhibit important spatial variations for both free-living and particle-attached bacteria, except in some nutrient-rich head of the bay stations. Free-living bacterioplankton community structure appeared to be stable and independent of bacterial production variations throughout a year long survey at a station considered representative of average lagoon conditions. Conversely, particle-attached bacteria display important temporal variations in community structure.Caractérisé par des eaux oligotrophes à mésotrophes, le lagon Sud Ouest de Nouvelle-Calédonie reçoit une part importante des effluents urbains de la ville de Nouméa. L'objectif de ce travail était d'évaluer les réponses des communautés phytoplanctoniques et bactériennes aux apports en nutriments dans ce système côtier lagonaire tropical. Un suivi annuel montre une faible saisonnalité des biomasses et productions bactériennes et phytoplanctoniques avec des maxima en Décembre-Janvier (été austral) et Avril-Mai et un minimum en Août, pendant l'hiver austral. Cette tendance saisonnière est entachée par d'importantes fluctuations à court terme de ces variables, vraisemblablement induites par le renouvellement des eaux lagonaires par les eaux océaniques sous l'influence du vent. Les gradients en nutriments au voisinage de Nouméa sont observables à ces 3 périodes caractéristiques. Elles ont donc été choisies pour évaluer la réponse des communautés bactérienne et phytoplanctonique aux enrichissements en nutriments. L'azote semble être l'élément limitant la production phytoplanctonique. La biomasse phytoplanctonique et la production primaire augmentent sensiblement en réponse aux accroissements en nutriments et cette stimulation s'accompagne d'une augmentation de la taille moyenne du phytoplancton. La production bactérienne augmente proportionnellement plus que la production primaire et la demande bactérienne en carbone excède largement la production primaire particulaire planctonique aux stations les plus enrichies. Au sein du picophytoplancton, les Prochlorococccus dominent largement dans les eaux océaniques proches et aux stations lagonaires les plus oligotrophes et sont remplacés par les Synechococcus et des picoeucaryotes autotrophes aux sites les plus enrichis. Au sein du nano- et du microphytoplancton, les peuplements des eaux oligotrophes dominés par les coccolithophoracées et les dinoflagellés sont remplacés par des peuplements où les diatomées prédominent aux sites les plus eutrophisés. La structure des communautés bactériennes étudiée par T-RFLP ne montre pas de variations spatiales importantes des communautés bactériennes libres et attachées aux particules, excepté dans les fonds de baie les plus altérés par les apports nutritifs. En une station représentative des conditions lagonaires, la structure des communautés bactériennes libres reste stable au cours de l'année et n'apparaît pas liée à la production bactérienne. A l'opposé, la structure des communautés bactériennes attachées aux particules montre d'importantes variations à court terme

Qualité des eaux côtières du Sud du Golfe de Gascogne par télédétection spatiale (méthodologie de détermination et de quantification de substances particulaires et dissoutes)

Les eaux côtières du Sud du Golfe de Gascogne sont soumises à l expulsion d un panache fluvial au niveau de l estuaire de l Adour. Ces eaux douces peuvent entrainer de fortes variations des concentrations en matières minérales en suspension (MSM, en mg,l-1), en chlorophylle- a (Chla, en mg,m-3) et en matière organiques dissoutes colorées (MODC, en mg,l-1) contenues dans les eaux côtières. En modifiant la transparence de l eau et en charriant des nutriments et des bactéries, elles peuvent affecter la productivité biologique et avoir un impact significatif sur la santé humaine. Notre étude a pour but de développer des algorithmes empiriques et de tester l efficacité des images MODIS-Aqua pour la cartographie des substances particulaires et dissoutes contenues dans les eaux côtières soumises à l'influence du panache de l'Adour. Dans cet objectif, deux missions océanographiques ont été réalisées afin de mesurer simultanément les MSM, la turbidité (en NTU), la Chla et les MODC et la réflectance de télédétection de l eau in-situ. Deux algorithmes empiriques opérationnels pour la quantification des matières minérales en suspension et de la turbidité ont été développés. Une automatisation du traitement des images MODIS-Aqua déjà corrigées des effets atmosphériques et à la résolution de 250 mètres (produit MYD09GQ) a été réalisée. Ce système opérationnel a permis de cartographier les concentrations en sédiments en suspension contenus dans le panache sur 246 jours, entre 2006 et 2009. La première étude à grande échelle spatiale et temporelle de la dynamique hydro-sédimentaire du panache de l'Adour a ainsi pu être réalisée. Finalement, plusieurs algorithmes ont été proposés pour la quantification des concentrations en chlorophylle-a dans le sud du Golfe de Gascogne. Ces relations empiriques devront être testées sur de nouvelles mesures in-situ afin de préciser leurs limites de validité. Notre étude montre l apport de l imagerie satellitaire MODIS pour la surveillance du panache de l'Adour. A plus long terme, un système efficace de surveillance de la qualité des eaux côtières de la côte Aquitaine pourrait être envisagé.The southern Bay of Biscay coastal waters are under the direct influence of the freshwater plume from the Adour estuary. The river outflow leads to a strong variability in the concentration of mineral suspended matters (MSM in mg l-1), chlorophyll-a (Chla, mg, m-3) and colored dissolved organic matters (CDOM in mg l-1) contained in coastal waters. By changing the transparency of the water and carrying nutrients and bacteria, they may affect biological productivity and have a significant impact on human health. Our study aims to develop empirical algorithms and test the efficiency of MODIS-Aqua imagery to map particulate and dissolved substances contained in coastal waters under the influence of the Adour plume. In this aim, two oceanographic missions were carried out to measure simultaneously the MSM, turbidity, Chla and CDOM and the remote sensing reflectance of water. Two empirical operational algorithms for quantification of suspended mineral matters and turbidity have been developed. An automated processing of atmospherically-corrected MODIS-Aqua-250m product (MYD09GQ product) was performed. This operating system has been used to map the concentrations of suspended sediment content in the plume at 246 days between 2006 and 2009. Thus, the first study at large spatial and temporal scale of the Adour plume dynamics has been achieved. Finally, several algorithms have been proposed in order to quantify the concentrations of chlorophyll-a in the southern Bay of Biscay. These empirical relations must be tested on new in-situ measurements to clarify their validity limits. Our study shows the contribution of the MODIS satellite imagery to monitor the Adour plume. In future, an effective monitoring system of Aquitaine coastal water quality could be considered.BORDEAUX1-Bib.electronique (335229901) / SudocSudocFranceF

Modelling the spatial and temporal variability of the SW lagoon of New Caledonia I: A new biogeochemical model based on microbial loop recycling

resum

The use of oxygen microprobes to measure bacterial respiration for determining bacterioplankton growth efficiency

International audienc

Correspondence between the distribution of hydrodynamic time parameters and the distribution of biological and chemical variables in a semi-enclosed coral reef lagoon

Hydrodynamic modeling can be used to spatially characterize water renewal rates in coastal ecosystems. Using a hydrodynamic model implemented over the semi-enclosed Southwest coral lagoon of New Caledonia, a recent study computed the flushing lag as the minimum time required for a particle coming from outside the lagoon (open ocean) to reach a specific station [Jouon, A., Douillet, P., Ouillon, S., Fraunie, P., 2006. Calculations of hydrodynamic time parameters in a semi-opened coastal zone using a 3D hydrodynamic model. Continental Shelf Research 26, 1395-1415]. Local e-flushing time was calculated as the time requested to reach a local grid mesh concentration of 1/e from the precedent step. Here we present an attempt to connect physical forcing to biogeochemical functioning of this coastal ecosystem. An array of stations, located in the lagoonal channel as well as in several bays under anthropogenic influence, was sampled during three cruises. We then tested the statistical relationships between the distribution of flushing indices and those of biological and chemical variables. Among the variables tested, silicate, chlorophyll a and bacterial biomass production present the highest correlations with flushing indices. Correlations are higher with local e-flushing times than with flushing lags or the sum of these two indices. In the bays, these variables often deviate from the relationships determined in the main lagoon channel. In the three bays receiving significant riverine inputs, silicate is well above the regression line, whereas data from the bay receiving almost insignificant freshwater inputs generally fit the lagoon channel regressions. Moreover, in the three bays receiving important urban and industrial effluents, chlorophyll a and bacterial production of biomass generally display values exceeding the lagoon channel regression trends whereas in the bay under moderate anthropogenic influence values follow the regressions obtained in the lagoon channel. The South West lagoon of New Caledonia can hence be viewed as a coastal mesotrophic ecosystem that is flushed by oligotrophic oceanic waters which subsequently replace the lagoonal waters with water considerably impoverished in resources for microbial growth. This flushing was high enough during the periods of study to influence the distribution of phytoplankton biomass, bacterial production of biomass and silicate concentrations in the lagoon channel as well as in some of the bay areas

Variability of primary and bacterial production in a coral reef lagoon (New Caledonia)

International audienceWe assessed the temporal variability of nutrients, phytoplankton and bacterioplankton at two sites of different trophic status in New Caledonia's South-West lagoon, a tropical coastal ecosystem. During stable meteorological conditions, Chl.a, bacterial production and nutrient concentrations experience weak but consistent daily variation. Short-term (1–2 week interval) fluctuations of planktonic variables are in the same range as annual variations at both sites. A part of these short term variations is linked to local meteorological events (wind in the main channel, precipitation at the coastal station). Although annual variations are weak compared to short term variations, phytoplankton and bacterioplankton production show consistent temporal patterns, with maxima in December–January and April–May and minima in August. Annual bacterial production represents 21% and 34% of particulate primary production at the oligotrophic and mesotrophic sites, respectively. Mineral nutrient availability indicates that nitrogen is probably the primary limiting factor of phytoplankton throughout the year