A Critical Look at the Music Classification Experiment Pipeline: Using Interventions to Detect and Account for Confounding Effects

PhD ThesisThis dissertation focuses on the problemof confounding in the design and analysis of music classification experiments. Classification experiments dominate evaluation of music content analysis systems and methods, but achieving high performance on such experiments does not guarantee systems properly address the intended problem. The research presented here proposes and illustrates modifications to the conventional experimental pipeline, which aim at improving the understanding of the evaluated systems and methods, facilitating valid conclusions on their suitability for the target problem. Firstly,multiple analyses are conducted to determinewhich cues scattering-based systems use to predict the annotations of the GTZAN music genre collection. In-depth system analysis informs empirical approaches that alter the experimental pipeline. In particular, deflation manipulations and targeted interventions on the partitioning strategy, the learning algorithm and the frequency content of the data reveal that systems using scattering-based features exploit faults in GTZAN and previously unknown information at inaudible frequencies. Secondly, the use of interventions on the experimental pipeline is extended and systematised to a procedure for characterising effects of confounding information in the results of classification experiments. Regulated bootstrap, a novel resampling strategy, is proposed to address challenges associated with interventions dealing with partitioning. The procedure is demonstrated on GTZAN, analysing the effect of artist replication and infrasonic information on performance measurements using a wide range of systemconstruction methods. Finally, mathematical models relating measurements from classification experiments and potentially contributing factors are proposed and discussed. Suchmodels enable decomposing measurements into contributions of interest, which may differ depending on the goals of the study, including those from pipeline interventions. The adequacy for classification experiments of some conventional assumptions underlying such models is also examined. The reported research highlights the need for evaluation procedures that go beyond performance maximisation. Accounting for the effects of confounding information using procedures grounded on the principles of experimental design promises to facilitate the development of systems that generalise beyond the restricted experimental settings

On-line database of voltammetric data of immobilized particles for identifying pigments and minerals in archaeometry, conservation and restoration (ELCHER database)

[EN] A web-based database of voltammograms is presented for characterizing artists' pigments and corrosion products of ceramic, stone and metal objects by means of the voltammetry of immobilized particles methodology. Description of the website and the database is provided. Voltammograms are, in most cases, accompanied by scanning electron microphotographs, X-ray spectra, infrared spectra acquired in attenuated total reflectance Fourier transform infrared spectroscopy mode (ATR-FTIR) and diffuse reflectance spectra in the UV-Vis-region. For illustrating the usefulness of the database two case studies involving identification of pigments and a case study describing deterioration of an archaeological metallic object are presented. (C) 2016 Elsevier B.V. All rights reserved.Research was conducted within the "Grupo de analisis cientifico de bienes culturales y patrimoniales y estudios de ciencia de la conservacion" Microcluster of the University of Valencia Excellence Campus. Financial support is gratefully acknowledged from the MINECO Projects CTQ2014-53736-C3-1-P and CTQ2014-53736-C3-2-P which are also supported with ERDF funds. The authors would like to thank to Gonzalo Girones Sarrio manager of GongDisseny Co. by the technical support for building the site structure and the structure of the database, Archbishop of Valencia, Dr. Ignacio Bosch Reig and Dr. Pilar Roig Picazo directors of the intervention project in the Basilica de la Virgen de los Desamparados de Valencia, the conservator Estrella Arcos Von Haartman (Quibla Restaura Company) and City Council Town of Malaga, the Museum of Archaeology of Xativa, its director Angel Velasco and the conservators Isabel Martinez Lazaro and Betlem Martinez for facilitating access to samples as well as Manuel Planes Insausti and Dr Jose Luis Moya Lopez technical supervisors of the Electron Microscopy Service of the Universitat Politecnica de Valencia where were carried out SEM-EDX analyses.Domenech-Carbo, A.; Domenech Carbo, MT.; Valle-Algarra, FM.; Gimeno-Adelantado, J.; Osete Cortina, L.; Bosch-Reig, F. (2016). On-line database of voltammetric data of immobilized particles for identifying pigments and minerals in archaeometry, conservation and restoration (ELCHER database). Analytica Chimica Acta. 927:1-12. https://doi.org/10.1016/j.aca.2016.04.052S11292

Implementació d'una llibreria Java per a comunicació amb targetes Mifare DESfire

Short range communication technologies are receiving growing attention in the last few years thanks, mainly, to the advantages that they offer in easiness and usage comfortability. The number of mobile devices that include NFC connectivity and of contactless smart cards that we have available nowadays are a clear demonstration of the great opportunities for developing useful and imaginative services that exist. The tools that developers have at their disposal, however, do not make this task sufficiently easy. In this sense, the project that is is presented here has been created with the main purpose of providing a Java programming library that allows the development of applications that communicate with Mifare DESfire cards in a high abstraction level and in the simplest possible manner. To achieve this goal we have analysed the main characteristics of short range communication technologies in general, and of Mifare DESFire cards in particular. This contactless card model is one of the most widely used in the last years, as it offers security functionalities by means of standard cryptographic algorithms and a programming interface with a range of native commands. The high abstraction level implementation of those commands is the main core of the developed library. In order to increase the intuitiveness of application development we include, additionally, multiple classes addressed both to isolate the implemented code from the low level communication interface and to abstract the different parameters of transmission and reception of commands, making easier their management and interpretation. The possibilities that the usage of the library offers are shown in a demonstration application that we have developed. More precisely, we present a event ticketing management system with electronic wallet payment. In this way we can show the flexibility and security that are available in Mifare DESFire cards, and how can they be taken profit by means of our library.Las tecnologías de comunicación de corto alcance están recibiendo una atención cada vez mayor gracias, principalmente, a las ventajas que ofrece a nivel de facilidad y comodidad de uso. El número de dispositivos móviles que ofrecen conectividad NFC y de tarjetas inteligentes con comunicación sin contacto de los que disponemos a día de hoy es una muestra clara de que existen grandes oportunidades para el desarrollo de aplicaciones que aprovechen esta situación para ofrecer servicios útiles e imaginativos a los usuarios finales. Las herramientas de las que disponen actualmente los desarrolladores, sin embargo, no facilitan esta tarea. Por este motivo, el proyecto que se presenta en esta memoria se ha elaborado con el propósito principal de ofrecer una librería de programación Java que permita el desarrollo de aplicaciones con comunicación con tarjetas Mifare DESFire a un nivel de abstracción elevado y de la forma más simple posible. Para lograr este objetivo hemos realizado un análisis de las principales características de las tecnologías de corto alcance en general, y de las tarjetas Mifare DESFire en particular. Este modelo de tarjetas sin contacto es uno de los más utilizados en los últimos años, ya que ofrece funcionalidades de seguridad mediante algoritmos criptográficos estándar y un amplio abanico de comandos nativos a través de su interfaz de programación. La implementación a un nivel elevado de abstracción de estos comandos supone el núcleo principal de la librería desarrollada. Para lograr que el desarrollo de aplicaciones resulte lo más intuitivo posible se incluyen, además, múltiples clases destinadas tanto a aislar el código implementado por los desarrolladores del interfaz de comunicación de bajo nivel empleado como a abstraer los parámetros de envío y recepción, facilitando así su manejo e interpretación. Las posibilidades que ofrece el uso de la librería quedan reflejadas en la aplicación de demostración que se ha desarrollado. En concreto, se presenta un ejemplo en forma de sistema de compra y gestión de entradas a eventos con pago mediante monedero electrónico. De este modo se muestra la flexibilidad y seguridad que permiten las tarjetas Mifare DESFire, y cómo pueden aprovecharse mediante el uso de la librería.Les tecnologies de comunicació de curt abast estan rebent una atenció cada vegada més gran gràcies, principalment, als avantatges que ofereixen a nivell de facilitat i comoditat d'ús. El número de dispositius mòbils que ofereixen connectivitat NFC, i de targetes intel·ligents amb comunicació sense contacte dels que disposem avui en dia és una clara mostra de que existeixen grans oportunitas pel desenvolupament d'aplicacions que treguin profit per a oferir serveis útils i imaginatius als usuaris finals. Les eines de les que disposen actualment els desenvolupadors, tanmateix, no faciliten aquesta tasca. Per aquest motiu, el projecte que es presenta en aquesta memòria s'ha elaborat amb el propòsit princial d'oferir una llibreria de programació Java que permeti el desenvolupament d'aplicacions amb comunicació amb targetes Mifare DESFire a un nivell alt d'abstracció i de la forma més simple possible. Per a assolir aquest objectiu hem realitzat un análisi de les principals característiques de les tecnologies de curt abast en general, i de les targetes Mifare DESFire en particular. Aquest model de targetes sense contacte és un dels més utilitzats en l'actualitat, ja que ofereix funcionalitats de seguretat mitjançant algoritmes criptogràfics estàndar i un ampli ventall de comandes a través de la seva interficie de programació. La implementació a un nivell elevat d'abstracció d'aquestes comandes suposa el nucli principal de la llibrería desenvolupada. Per tal que el desenvolupament d'aplicacions resulti el més intuitiu possible s'inclouen, a més, múltiples classes destinades tant a aïllar el codi implementat pels desenvolupadors de l'interfície de comunicació de baix nivell com a abstreure els paràmetres d'enviament i recepció, facilitant així la seva manipulació i interpretació. Les possibilitats que ofereix l'ús de la llibreria queden reflexades en l'aplicació de demostració que s'ha desenvolupat. En concret, es presenta un exemple en forma de sistema de compra i gestió d'entrades a events, amb pagament mitjançant moneder electrònic. D'aquesta manera es mostra la flexibilitat i seguretat que permeten les targetes Mifare DESFire, i com poden aprofitar-se mitjançant l'ús de la llibreria

Implementació d'una llibreria Java per a comunicació amb targetes Mifare DESfire

Short range communication technologies are receiving growing attention in the last few years thanks, mainly, to the advantages that they offer in easiness and usage comfortability. The number of mobile devices that include NFC connectivity and of contactless smart cards that we have available nowadays are a clear demonstration of the great opportunities for developing useful and imaginative services that exist. The tools that developers have at their disposal, however, do not make this task sufficiently easy. In this sense, the project that is is presented here has been created with the main purpose of providing a Java programming library that allows the development of applications that communicate with Mifare DESfire cards in a high abstraction level and in the simplest possible manner. To achieve this goal we have analysed the main characteristics of short range communication technologies in general, and of Mifare DESFire cards in particular. This contactless card model is one of the most widely used in the last years, as it offers security functionalities by means of standard cryptographic algorithms and a programming interface with a range of native commands. The high abstraction level implementation of those commands is the main core of the developed library. In order to increase the intuitiveness of application development we include, additionally, multiple classes addressed both to isolate the implemented code from the low level communication interface and to abstract the different parameters of transmission and reception of commands, making easier their management and interpretation. The possibilities that the usage of the library offers are shown in a demonstration application that we have developed. More precisely, we present a event ticketing management system with electronic wallet payment. In this way we can show the flexibility and security that are available in Mifare DESFire cards, and how can they be taken profit by means of our library.Las tecnologías de comunicación de corto alcance están recibiendo una atención cada vez mayor gracias, principalmente, a las ventajas que ofrece a nivel de facilidad y comodidad de uso. El número de dispositivos móviles que ofrecen conectividad NFC y de tarjetas inteligentes con comunicación sin contacto de los que disponemos a día de hoy es una muestra clara de que existen grandes oportunidades para el desarrollo de aplicaciones que aprovechen esta situación para ofrecer servicios útiles e imaginativos a los usuarios finales. Las herramientas de las que disponen actualmente los desarrolladores, sin embargo, no facilitan esta tarea. Por este motivo, el proyecto que se presenta en esta memoria se ha elaborado con el propósito principal de ofrecer una librería de programación Java que permita el desarrollo de aplicaciones con comunicación con tarjetas Mifare DESFire a un nivel de abstracción elevado y de la forma más simple posible. Para lograr este objetivo hemos realizado un análisis de las principales características de las tecnologías de corto alcance en general, y de las tarjetas Mifare DESFire en particular. Este modelo de tarjetas sin contacto es uno de los más utilizados en los últimos años, ya que ofrece funcionalidades de seguridad mediante algoritmos criptográficos estándar y un amplio abanico de comandos nativos a través de su interfaz de programación. La implementación a un nivel elevado de abstracción de estos comandos supone el núcleo principal de la librería desarrollada. Para lograr que el desarrollo de aplicaciones resulte lo más intuitivo posible se incluyen, además, múltiples clases destinadas tanto a aislar el código implementado por los desarrolladores del interfaz de comunicación de bajo nivel empleado como a abstraer los parámetros de envío y recepción, facilitando así su manejo e interpretación. Las posibilidades que ofrece el uso de la librería quedan reflejadas en la aplicación de demostración que se ha desarrollado. En concreto, se presenta un ejemplo en forma de sistema de compra y gestión de entradas a eventos con pago mediante monedero electrónico. De este modo se muestra la flexibilidad y seguridad que permiten las tarjetas Mifare DESFire, y cómo pueden aprovecharse mediante el uso de la librería.Les tecnologies de comunicació de curt abast estan rebent una atenció cada vegada més gran gràcies, principalment, als avantatges que ofereixen a nivell de facilitat i comoditat d'ús. El número de dispositius mòbils que ofereixen connectivitat NFC, i de targetes intel·ligents amb comunicació sense contacte dels que disposem avui en dia és una clara mostra de que existeixen grans oportunitas pel desenvolupament d'aplicacions que treguin profit per a oferir serveis útils i imaginatius als usuaris finals. Les eines de les que disposen actualment els desenvolupadors, tanmateix, no faciliten aquesta tasca. Per aquest motiu, el projecte que es presenta en aquesta memòria s'ha elaborat amb el propòsit princial d'oferir una llibreria de programació Java que permeti el desenvolupament d'aplicacions amb comunicació amb targetes Mifare DESFire a un nivell alt d'abstracció i de la forma més simple possible. Per a assolir aquest objectiu hem realitzat un análisi de les principals característiques de les tecnologies de curt abast en general, i de les targetes Mifare DESFire en particular. Aquest model de targetes sense contacte és un dels més utilitzats en l'actualitat, ja que ofereix funcionalitats de seguretat mitjançant algoritmes criptogràfics estàndar i un ampli ventall de comandes a través de la seva interficie de programació. La implementació a un nivell elevat d'abstracció d'aquestes comandes suposa el nucli principal de la llibrería desenvolupada. Per tal que el desenvolupament d'aplicacions resulti el més intuitiu possible s'inclouen, a més, múltiples classes destinades tant a aïllar el codi implementat pels desenvolupadors de l'interfície de comunicació de baix nivell com a abstreure els paràmetres d'enviament i recepció, facilitant així la seva manipulació i interpretació. Les possibilitats que ofereix l'ús de la llibreria queden reflexades en l'aplicació de demostració que s'ha desenvolupat. En concret, es presenta un exemple en forma de sistema de compra i gestió d'entrades a events, amb pagament mitjançant moneder electrònic. D'aquesta manera es mostra la flexibilitat i seguretat que permeten les targetes Mifare DESFire, i com poden aprofitar-se mitjançant l'ús de la llibreria

Implementació d'una llibreria Java per a comunicació amb targetes Mifare DESfire

Short range communication technologies are receiving growing attention in the last few years thanks, mainly, to the advantages that they offer in easiness and usage comfortability. The number of mobile devices that include NFC connectivity and of contactless smart cards that we have available nowadays are a clear demonstration of the great opportunities for developing useful and imaginative services that exist. The tools that developers have at their disposal, however, do not make this task sufficiently easy. In this sense, the project that is is presented here has been created with the main purpose of providing a Java programming library that allows the development of applications that communicate with Mifare DESfire cards in a high abstraction level and in the simplest possible manner. To achieve this goal we have analysed the main characteristics of short range communication technologies in general, and of Mifare DESFire cards in particular. This contactless card model is one of the most widely used in the last years, as it offers security functionalities by means of standard cryptographic algorithms and a programming interface with a range of native commands. The high abstraction level implementation of those commands is the main core of the developed library. In order to increase the intuitiveness of application development we include, additionally, multiple classes addressed both to isolate the implemented code from the low level communication interface and to abstract the different parameters of transmission and reception of commands, making easier their management and interpretation. The possibilities that the usage of the library offers are shown in a demonstration application that we have developed. More precisely, we present a event ticketing management system with electronic wallet payment. In this way we can show the flexibility and security that are available in Mifare DESFire cards, and how can they be taken profit by means of our library.Las tecnologías de comunicación de corto alcance están recibiendo una atención cada vez mayor gracias, principalmente, a las ventajas que ofrece a nivel de facilidad y comodidad de uso. El número de dispositivos móviles que ofrecen conectividad NFC y de tarjetas inteligentes con comunicación sin contacto de los que disponemos a día de hoy es una muestra clara de que existen grandes oportunidades para el desarrollo de aplicaciones que aprovechen esta situación para ofrecer servicios útiles e imaginativos a los usuarios finales. Las herramientas de las que disponen actualmente los desarrolladores, sin embargo, no facilitan esta tarea. Por este motivo, el proyecto que se presenta en esta memoria se ha elaborado con el propósito principal de ofrecer una librería de programación Java que permita el desarrollo de aplicaciones con comunicación con tarjetas Mifare DESFire a un nivel de abstracción elevado y de la forma más simple posible. Para lograr este objetivo hemos realizado un análisis de las principales características de las tecnologías de corto alcance en general, y de las tarjetas Mifare DESFire en particular. Este modelo de tarjetas sin contacto es uno de los más utilizados en los últimos años, ya que ofrece funcionalidades de seguridad mediante algoritmos criptográficos estándar y un amplio abanico de comandos nativos a través de su interfaz de programación. La implementación a un nivel elevado de abstracción de estos comandos supone el núcleo principal de la librería desarrollada. Para lograr que el desarrollo de aplicaciones resulte lo más intuitivo posible se incluyen, además, múltiples clases destinadas tanto a aislar el código implementado por los desarrolladores del interfaz de comunicación de bajo nivel empleado como a abstraer los parámetros de envío y recepción, facilitando así su manejo e interpretación. Las posibilidades que ofrece el uso de la librería quedan reflejadas en la aplicación de demostración que se ha desarrollado. En concreto, se presenta un ejemplo en forma de sistema de compra y gestión de entradas a eventos con pago mediante monedero electrónico. De este modo se muestra la flexibilidad y seguridad que permiten las tarjetas Mifare DESFire, y cómo pueden aprovecharse mediante el uso de la librería.Les tecnologies de comunicació de curt abast estan rebent una atenció cada vegada més gran gràcies, principalment, als avantatges que ofereixen a nivell de facilitat i comoditat d'ús. El número de dispositius mòbils que ofereixen connectivitat NFC, i de targetes intel·ligents amb comunicació sense contacte dels que disposem avui en dia és una clara mostra de que existeixen grans oportunitas pel desenvolupament d'aplicacions que treguin profit per a oferir serveis útils i imaginatius als usuaris finals. Les eines de les que disposen actualment els desenvolupadors, tanmateix, no faciliten aquesta tasca. Per aquest motiu, el projecte que es presenta en aquesta memòria s'ha elaborat amb el propòsit princial d'oferir una llibreria de programació Java que permeti el desenvolupament d'aplicacions amb comunicació amb targetes Mifare DESFire a un nivell alt d'abstracció i de la forma més simple possible. Per a assolir aquest objectiu hem realitzat un análisi de les principals característiques de les tecnologies de curt abast en general, i de les targetes Mifare DESFire en particular. Aquest model de targetes sense contacte és un dels més utilitzats en l'actualitat, ja que ofereix funcionalitats de seguretat mitjançant algoritmes criptogràfics estàndar i un ampli ventall de comandes a través de la seva interficie de programació. La implementació a un nivell elevat d'abstracció d'aquestes comandes suposa el nucli principal de la llibrería desenvolupada. Per tal que el desenvolupament d'aplicacions resulti el més intuitiu possible s'inclouen, a més, múltiples classes destinades tant a aïllar el codi implementat pels desenvolupadors de l'interfície de comunicació de baix nivell com a abstreure els paràmetres d'enviament i recepció, facilitant així la seva manipulació i interpretació. Les possibilitats que ofereix l'ús de la llibreria queden reflexades en l'aplicació de demostració que s'ha desenvolupat. En concret, es presenta un exemple en forma de sistema de compra i gestió d'entrades a events, amb pagament mitjançant moneder electrònic. D'aquesta manera es mostra la flexibilitat i seguretat que permeten les targetes Mifare DESFire, i com poden aprofitar-se mitjançant l'ús de la llibreria

Assessing Liver Fibrosis Using the FIB4 Index in the Community Setting

Liver disease is frequently asymptomatic, challenging early identification in the primary care setting. The fibrosis 4 (FIB4) index is a liver fibrosis biomarker that is a potential alternative to liver biopsy for diagnosing and managing liver disease. This study aimed to calculate the FIB4 index for screening individuals at high risk of liver disease at the community level. This was a retrospective real-world study analyzing blood and serum test results from a central laboratory. The primary outcome was the number of individuals within each risk category for hepatic fibrosis: high risk (FIB4 ≥ 3.25) and low risk (FIB4 < 1.3). The analysis included samples from 31,753 patients, of which 18,102 were aged 40 to 75 years. In these patients, the FIB4 index had been explicitly requested in 1852 (10.2%) cases and estimated ad hoc in the rest. Of the 263 (1.5%) cases with FIB4 ≥ 3.25, the FIB4 index was requested in 46 (17.5%), and 52 (19.8%) showed evidence of liver fibrosis in their medical records, while the rest did not report any data regarding liver fibrosis. FIB4 is a simple score that can play a role as a "red flag" for early identification of patients at high risk of advanced liver fibrosis and their referral to specialized care

Interruption of Transmission of <i>Onchocerca volvulus</i> in the Southern Chiapas Focus, México

<div><p>Background</p><p>The Southern Chiapas focus of onchocerciasis in Southern Mexico represents one of the major onchocerciasis foci in Latin America. All 559 endemic communities of this focus have undergone semi-annual mass treatment with ivermectin since 1998. In 50 communities of this focus, ivermectin frequency shifted from twice to four times a year in 2003; an additional 113 communities were added to the quarterly treatment regimen in 2009 to achieve a rapid suppression of transmission.</p> <p>Methodology/Principal findings</p><p>In-depth epidemiologic and entomologic assessments were performed in six sentinel communities (which had undergone 2 rounds of ivermectin treatment per year) and three extra-sentinel communities (which had undergone 4 rounds of ivermectin treatment per year). None of the 67,924 <i>Simulium ochraceum</i> s.l. collected from this focus during the dry season of 2011 were found to contain parasite DNA when tested by polymerase chain reaction-enzyme-linked immunosorbent assay (PCR-ELISA), resulting in an upper bound of the 95% confidence interval (95%-ULCI) of the infective rate in the vectors of 0.06/2,000 flies examined. Serological assays testing for <i>Onchocerca volvulus</i> exposure conducted on 4,230 children 5 years of age and under (of a total population of 10,280 in this age group) revealed that 2/4,230 individuals were exposed to <i>O. volvulus</i> (0.05%; one sided 95% confidence interval = 0.08%).</p> <p>Conclusions/Significance</p><p>The in-depth epidemiological and entomological findings from the Southern Chiapas focus meet the criteria for interruption of transmission developed by the international community.</p> </div

Number of individuals with nodules in the Southern Chiapas focus, Mexico, 1995–2010.

<p>Number of individuals with nodules in the Southern Chiapas focus, Mexico, 1995–2010.</p