Natural selection and demography shape the genomes of New World birds

Genomic diversity is shaped by the interplay between mutation, genetic drift, recombination, and natural selection. A major goal of evolutionary biology is to understand the relative contribution of these different microevolutionary forces to patterns of genetic variation both within and across species. The advent of massive parallel sequencing technologies opened new avenues to investigate the extent to which alternative evolutionary mechanisms impact the genome and the footprints they leave. We can leverage genomic information to, for example, trace back the demographic trajectory of populations and to identify genomic regions underlying adaptive traits. In this dissertation, I employ genomic data to explore the role of demography and natural selection in two New World bird systems distributed along steep environmental gradients: the Altamira Ori-ole (Icterus gularis), a Mesoamerican bird that exhibits large variation in body size across its range, and the Hairy and Downy woodpecker (Dryobates villosus and D. pubescens), two sympatric species whose phenotypes vary extensively in response to environments in North America. In Chapter 1, I combine ecological niche model, phenotypic and ddRAD sequencing data from several individuals of I. gularis to investigate which spatial processes best explain geographic variation in phenotypes and alleles: (i) isolation by distance, (ii) isolation by history or (iii) isolation by environment. I find that the pronounced genetic and phenotypic variation in I. gularis are only partially correlated and differ regarding spatial predictors. Whereas genomic variation is largely explained by historical barriers to gene flow (IBH), variation in body size can be best predicted by contemporary environmental heterogeneity (IBE), which is consistent with a pattern produced by either natural selection or environmental plasticity. In Chapter 2, I conduct whole genome resequencing on 140 individuals of Downy and Hairy Woodpecker from across North America to more explicitly elucidate the impact of demography and natural selection on the genome. I find that despite spatial congruence in allele frequencies, population structure in these two species has been produced at different temporal scales. Whereas Hairy Woodpeckers were isolated into two east-west glacial refugia, Downy woodpecker populations seem to have expanded from a single ancestral refugium. Demographic analyses suggest large variation in Ne over the past one million years in both Hairy and Downy Woodpeckers, with repeated episodes of bottleneck followed by population expansion, consistent with the onset of the climatic oscillations of the Pleistocene. Nucleotide diversity in both species was positively correlated with recombination rate and negatively correlated with gene density, suggesting the effect of linked selection. The magnitude of this effect, however, seems to have been modulated by the individual demographic trajectory of populations and species. Nevertheless, patterns of nucleotide diversity along the genome are highly correlated between Hairy and Downy Woodpecker, which may be attributed to pervasive selection acting on a conserved genomic landscape of recombination. Finally, in Chapter 3, I use a suite of statistical methods to scan the genome of Hairy and Downy Woodpecker for signatures of natural selection associated with population-specific environmental differences. I test whether climatic adaptation was achieved through selection on the same loci in both species, which would indicate parallel genetic mechanisms for adaptation. I find limited evidence of genomic parallelism at the SNP level, but large parallelism at the gene level. Candidate genes were involved in a broad range of biological processes, including immune response, nutritional metabolism, mitochondrial respiration, and embryonic development. Lastly, I identify potential candidates for key phenotypic traits in Downy and Hairy Woodpecker, such as genes in the IGF signaling pathway, putatively linked to differences in body size, and the melanoregulin gene (MREG), potentially involved in plumage variation. Together, these findings highlight the significant role of demography and natural selection in shaping genomic variation

Desenvolvimento Serverless: Soluções, Impacto e Futuro

Os processos de implantação de software tradicionais, i.e baseados num modelo on-premises, com um conjunto de servidores mais ou menos estático e bem definido tem cada vez mais vindo a revelar-se problemático quer seja pela rápida obsolescência dos dispositivos, quer seja pelo aumento da necessidade de equipamentos quer seja pelos custos de manutenção, ou outros. Assim, para dar resposta a estes problemas, os processos de implantação tem evoluído e conduzido a novos modelos de serviço que visam então simplificar esta implantação. Deixou de ser necessário preparar e alocar espaço para máquinas físicas e equipamentos de rede, passando-se a alugar máquinas virtuais e a delegar a preocupação de gerir os recursos físicos que estas acarretam a uma outra entidade. Apesar desta evolução, as empresas continuam ainda a pensar e a despender tempo útil nos seus sistemas em termos de servidores, deixando por vezes para segundo plano o que é efetivamente mais relevante para si em termos operacionais: que as suas aplicações executem a lógica que é suposto e que os seus dados estejam seguros e corretos. Neste sentido, desde 2012, têm surgido estudos sobre o que significaria gerir sistemas e não servidores. A esta forma de trabalhar deu-se o nome de serverless, nome esse que não se deve ao facto de não existirem servidores mas sim ao facto de não se pensar tanto neles. Por outro lado, esta evolução nos processos de implantação também tem impactado diretamente a forma como o próprio software é desenvolvido de modo a suportar estes novos modelos e paradigmas (e.g serverless). Assim o principal objetivo desta dissertação é aferir este impacto e identificar e desenhar um conjunto de recomendações que devem ser adotadas no desenvolvimento de aplicações e respetivas arquiteturas com vista a eliminar ou minimizar as dificuldades que condicionam a adoção de serverless. De forma a aferir este impacto foi desenvolvido um caso de estudo, inserido no contexto de uma loja e-Commerce de artigos de arte, que permitiu identificar as diferenças existentes entre o desenvolvimento serverless e os métodos de desenvolvimento atuais como é o caso de desenvolvimento orientado a microserviços. Para além disso, os resultados obtidos na avaliação deste caso de estudo permitiram concluir que, quando aplicado em contextos específicos, o desenvolvimento serverless ainda que apresente um rendimento superior e melhores tempos de resposta quando exposto a cargas de utilização maiores quando comparado com arquiteturas atuais como é o caso de arquiteturas orientadas a microserviços esta diferença nos resultados ainda não é significativa, havendo espaço para evolução neste aspecto.The traditional software deployment processes, i.e., based on an on-premises model, with a more or less static and well-defined set of servers, have been increasingly problematic, whether due to the rapid obsolescence of the devices, the increased need for equipment, or the maintenance costs, or others. Thus, in response to these problems, the deployment processes have evolved and led to new service models that aim to simplify this deployment. It is no longer necessary to prepare and allocate space for physical machines and network equipment, but to rent virtual machines and delegate the concern of managing the physical resources that these entail to another entity. Despite this evolution, companies still continue to think and spend time on their systems in terms of servers, sometimes leaving to the background what is actually more relevant to them in operational terms: that their applications run the logic they are supposed to and that their data is secure and correct. In this sense, since 2012, there have been studies about what it would mean to manage systems and not servers. This way of working has been called serverless, a name that is not due to the fact that there are no servers, but to the fact that we don’t think about them so much. On the other hand, this evolution in the deployment processes has also directly impacted the way the software itself is developed in order to support these new models and paradigms (e.g. serverless). The main goal of this thesis is to assess this impact and to identify and design a set of recommendations that should be adopted in the development of applications and respective architectures in order to eliminate or minimize the difficulties that condition the adoption of serverless. In order to assess this impact, a case study was developed, within the context of an art e-Commerce store, which allowed the identification of the existing differences between serverless development and current development methods, such as microservices oriented development. In addition, the results obtained in the evaluation of this case study allowed to conclude that, when applied in specific contexts, even though serverless development presents superior performance and better response times when exposed to greater use loads when compared to current architectures such as microservices-oriented architectures, the difference in results is still not significant, and there is room for evolution in this aspect

Integration of Geological, Petrographic and Abrasion Resistance Data of the Gneisses from Santa Catarina Granulithic Complex: An Application in the Road Paving Sector

Among the factors that contribute to the adequate performance of the aggregates, the abrasion resistance of these materials stands out, a parameter strongly related to the mineral composition of the rock. Therefore, this work aims to analyze and integrate data from Los Angeles abrasion tests to the petrographic analysis of gneisses of the Santa Catarina Granulithic Complex in order to understand the petrographic characteristics that can interfere or control the resistance results, such as: composition, texture, mineralogical alterations, granulometry and microfractures. The work was developed in four stages: (1) field activities, where descriptions of the outcrops of the four quarries studied were performed, focusing on the characterization of the compositional, textural and structural aspects of the rocks, in addition to sample collection and photographic survey; (2) petrography via conventional optical microscope and BSE images and semi quantitative analysis by electron microscope; (3) analysis of Los Angeles abrasion test data samples from the studied quarries and (4) their integration with petrographic data. Two main lithologies, enderbitic and tonalitic gneiss were identified. The results of the Los Angeles abrasion tests showed that the crushed aggregates (gneiss) of Gaspar Quarry presented the lowest abrasion values, followed by the Vale Selke, Rio Branco and 1001 quarries. Regarding composition, the enderbitic gneiss presented an average loss of 17.2%, while in the tonalitic gneiss the loss was 17.7%. The composition (high content of mafic minerals), texture and the presence of localized microfractures were the main factors that contributed to the higher values found in quarry 1001. However, both lithologies present acceptable abrasion results, in view of the specifications of the regulatory services, DNIT (031/2006) and DNIT (141/2010). The present study shows a good correlation between the result of the Los Angeles abrasion and the petrographic data, showing that composition is the main determining factor of Los Angeles abrasion results

A aplicabilidade do design instrucional em uma Instituição de Ensino Superior do Sertão Central.

A Educação a Distância (EaD) tem uma longa caminha pela história desde os vestígios que datam do século XVIII até os dias atuais onde a EaD conquistou espaço na área educação no Brasil e no mundo. Toda via, a Educação a Distância passou acontecimentos importantes marcos históricos envolvendo a mesma ao redor do mundo, no Brasil não poderia ser diferente, a chegada da EaD como uma alternativa de educação em relação a tradicional causou marco históricos internamente fazendo com que a EaD ganhasse espaço nacionalmente, isso se configura com a divulgação pelo Ministério da Educação (MEC) de normas e portarias, com base na Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional (Lei n. 9.394, de 20 de dezembro de 1996), que atualmente regulariza a EaD como modalidade de educação em cursos

COMUNICAÇÃO DE MÁS NOTÍCIAS EM EMERGÊNCIAS PEDIÁTRICAS: EXPERIÊNCIAS DOS PROFISSIONAIS NO CONTEXTO PRÉ-HOSPITALAR

Objetivo: compreender como os profissionais de saúde que atuam no pré-hospitalar vivenciam a comunicação de más notícias à família na emergência pediátrica, bem como propor um protocolo de comunicação baseado nessas experiências. Método: pesquisa qualitativa com sustentação teórico-metodológica baseada no Interacionismo Simbólico e na Análise Temática Indutiva, mediante entrevistas semiestruturadas, no 2º semestre de 2019. Resultados: os profissionais vivenciaram o difícil processo de comunicação sob a influência do ambiente hostil. Eles estabeleceram ações para tentar cuidar e acolher a família. O cuidado com a família gerou reflexões e desejo de oferecer um atendimento adequado. Após a análise dessas experiências, foi proposto o Protocolo Acolher. Considerações finais: os profissionais de saúde que atuam no pré-hospitalar sentem-se pouco preparados e extremamente desconfortáveis diante da comunicação de más notícias. O protocolo desenvolvido pode colaborar no direcionamento aos profissionais do Atendimento Pré-hospitalar e ajudá-los no processo de comunicação de más notícias. Descritores: Comunicação em Saúde. Emergências. Socorristas. Enfermagem Familiar. Enfermagem Pediátrica

Resumo sistema microcontrolado de automação de ambientes utilizando dispositivos moveis.

O projeto visa um controle centralizado  e/ ou remoto,  de   forma  a  permitir  uma  maior  comodidade  e   praticidade ao usuários, este projeto tem como propósito fazer com que essas atividades sejam efetuadas de maneira prática e rápida através de um computador ou um dispositivo móvel que seja compatível com a plataforma Android, comunicando-se através da tecnologia Bluetooth com um microcontrolador

EXCLUSÃO JUDICIAL DE SÓCIOS E DISSOLUÇÃO PARCIAL NAS SOCIEDADES ANÔNIMAS

A exclusão de sócios nas sociedades anônimas, ressalvado o sócio remisso, gera controvérsias, tendo em vista a ausência de tratamento da matéria na Lei 6.404/76. Contribuindo para o alargamento da discussão, o Novo Código de Processo Civil introduziu regramento subjetivo acerca da dissolução parcial das sociedades anônimas. Assim, o presente estudo buscará analisar a possibilidade de se excluir sócio de sociedade anônima, via ação de dissolução parcial, bem como sugerir algumas hipóteses em que tal medida poderia ser tomada. Os estudos serão realizados pelo método descritivo, a partir da análise de medidas jurídicas que podem ser tomadas para estruturação patrimonial.

Diálogo das fontes e soluções de antinomias na efetivação da partilha de quotas por ex-cônjuge ou ex-companheiro de sócio

RESUMOO presente artigo objetiva examinar o direito patrimonial do ex-cônjuge ou ex-companheiro de sócio sobre quotas de sociedade limitada, nos casos de rompimento da relação familiar em que haja litígio quanto à divisão dos bens. A matéria atualmente gera controvérsias, pois o art. 600, parágrafo único, do Código de Processo Civil, e o art. 1.027 do Código Civil, que regulam os direitos do ex-cônjuge ou ex-companheiro de sócio nos casos de término da relação conjugal, aparentam conflitar entre si. Diante das controvérsias que permeiam o tema, buscar-se-á, pelo método exploratório, realizar interpretação sistemática e teleológica, para sugerir a aplicação da teoria do diálogo das fontes na compatibilização das normas aparentemente conflitantes.PALAVRAS-CHAVEDivórcio. Partilha de quotas. Diálogo das fontes. ABSTRACTThe purpose of this article is to examine the property rights of a member’s former spouse or partner towards the ownership interests of a limited liability company, in the event of a break in the family relationship, in which there is a dispute over de division of goods owned by the couple. The matter is currently controversial, since Articles 600, sole paragraph, of the Code of Civil Procedure, and Article 1,027 of the Civil Code, which regulate the rights of the former spouse or partner of partners in cases of termination of the conjugal relationship, appear to conflict with each other. Given the controversies that permeate this field, this paper will seek to perform systematic and teleological interpretation, though the exploratory method, in order to suggest the application of the theory of the dialogue of the sources in the compatibilization of the apparently conflicting rules.KEYWORDSDivorce. Division of ownership Interests. Dialogue of the sources

APLICAÇÃO DAS FERRAMENTAS DA QUALIDADE E SIMULAÇÃO EM UMA EMPRESA DO RAMO ALIMENTÍCIO

Este trabalho teve como objetivo analisar os processos operacionais através da aplicação das ferramentas da qualidade e simulação em uma panificadora na cidade de Marabá-PA. As ferramentas da qualidade foram utilizadas na investigação dos problemas e dos fatores que estavam influenciando na produção do salgado assado com tamanho não uniforme, a simulação foi realizada através do software Arena® no setor de atendimento para estudar o comportamento do sistema, com foco nos tempos de espera nos atendimentos. Através das ferramentas da qualidade foi possível identificar as principais falhas na produção, qual problema priorizar, bem como criar um plano de ação constituído de proposições de melhorias para otimização dos processos. Os resultados obtidos das simulações mostraram que a utilização de mais um colaborador no caixa reduz o tempo médio de espera de 75,5367 s para 28,9538 s, refletindo na redução da quantidade de pessoas na fila, visando a otimização do processo

Genomic Architecture Predicts Tree Topology, Population Structuring, and Demographic History in Amazonian Birds

Geographic barriers are frequently invoked to explain genetic structuring across the landscape. However, inferences on the spatial and temporal origins of population variation have been largely limited to evolutionary neutral models, ignoring the potential role of natural selection and intrinsic genomic processes known as genomic architecture in producing heterogeneity in differentiation across the genome. To test how variation in genomic characteristics (e.g. recombination rate) impacts our ability to reconstruct general patterns of differentiation between species that cooccur across geographic barriers, we sequenced the whole genomes of multiple bird populations that are distributed across rivers in southeastern Amazonia. We found that phylogenetic relationships within species and demographic parameters varied across the genome in predictable ways. Genetic diversity was positively associated with recombination rate and negatively associated with species tree support. Gene flow was less pervasive in genomic regions of low recombination, making these windows more likely to retain patterns of population structuring that matched the species tree. We further found that approximately a third of the genome showed evidence of selective sweeps and linked selection, skewing genome-wide estimates of effective population sizes and gene flow between populations toward lower values. In sum, we showed that the effects of intrinsic genomic characteristics and selection can be disentangled from neutral processes to elucidate spatial patterns of population differentiation