12 research outputs found

    Integración de herramientas bioinformáticas y métodos en biología molecular para el diseño de un kit diagnóstico del COVID-19: un ejemplo de aprendizaje significativo

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    As a pedagogical form of active learning, topics developed in molecular biology class were related to the coronavirus COVID-19 pandemic that is currently advancing in almost the entire planet. Having an efficient method of diagnosing infection during the onset of this acute respiratory infection is important in detecting both symptomatic and asymptomatic patients. For this reason, seventh semester students from marine and environmental biology courses studying molecular biology at the University of Bogotá Jorge Tadeo Lozano were challenged to design a diagnostic method for the COVID-19 virus based on RT PCR and qPCR. The objective of this academic exercise was to encourage students to propose an effective method to detect the COVID-19 virus using the knowledge acquired during the course. A review of the previous literature was carried out to identify the existing methods for the detection of the virus and, with the help of bioinformatic tools, the analysis of the sequences of the genomes of COVID-19, human SARS and bat SARS available at GenBank was carried out.Como una forma pedagógica de aprendizaje activo, se relacionaron temas desarrollados en clase de biología molecular con la pandemia del coronavirus COVID-19 que en este momento avanza en casi la totalidad del planeta. Contar con un método eficiente para diagnosticar la infección durante el inicio de esta infección respiratoria aguda es importante para detectar tanto los pacientes sintomáticos como los asintomáticos. Por este motivo, se retó a los estudiantes de séptimo semestre de las carreras de biología marina y ambiental que cursan la materia biología molecular en la Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano a diseñar un método diagnóstico para el virus COVID 19 basado en RT PCR y qPCR. El objetivo de este ejercicio académico consistió en incentivar a los estudiantes para que propusieran un método efectivo que permita detectar el virus COVID 19 a través de los conocimientos adquiridos durante el curso. Se realizó una revisión de la literatura previa para identificar los métodos existentes para la detección del virus y con ayuda de herramientas bioinformáticas se realizó el análisis de las secuencias de los genomas del COVID 19, el SARS humano y el SARS de murciélago disponibles en GenBank

    Disorders of sex development : genetic characterization of a patient cohort

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    Q3Q397-106Disorders of sex development (DSDs) are congenital conditions in which the external appearance of the individual does not coincide with the chromosomal constitution or the gonadal sex. In other words, there is an ambiguous or intermediate condition between the male and female phenotypes of the anatomical sex. These atypical conditions are manifested in several ways, ranging from genital ambiguity to phenotypes that are so attenuated that they can go unnoticed or appear normal. Currently, there is a lack of understanding of the factors responsible for these outcomes; however, they are likely to be conditioned by genetic, hormonal and environmental factors during prenatal and postnatal development. The present study determined the genetic etiology of DSDs in Colombian patients by conventional cytogenetic analysis, FISH and MLPA (for SF1, DAX1, SOX9, SRY and WNT4). A cohort of 43 patients with clinical phenotypes of sex development disorder was used in the present study. Using this multistep experimental approach, a diagnostic percentage of 25.58% was obtained: 17 patients (39.53%) were classified as having gonadal development disorders, the majority of which were ovotesticular disorders with numerical and/or structural alterations of the sex chromosomes, 9 patients (20.93%) were classified as having testicular DSD with a 46,XY karyotype, and 3 patients (6.98%) as having ovarian DSD with a 46,XX karyotype. The remaining 14 patients (32.56%) were classified as ‘other’ since they could not be grouped into a specific class of gonadal development, corresponding to hypospadias and multiple congenital anomalies. These findings highlight the importance of histological and cytogenetic studies in a gonadal biopsy. In 11/43 cases, the multistep experimental protocol presented in the present study yielded etiological or histological findings that could be used to define the medical management of patients with DSDs. In conclusion, for the etiological diagnosis of DSDs, a broad‑spectrum approach that includes endocrinological tests, conventional karyotyping, molecular karyotyping by FISH and, molecular tests is required, in addition to gonadal tissue analyses, to identify genetic alterations

    Gene dosage of DAX-1, determining in sexual differentiation : duplication of DAX-1 in two sisters with gonadal dysgenesis

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    Q3Q2Artículo original2971-2978Two sisters phenotypically normal females, presenting with tumor abdominal mass with histopathological findings of teratoma and gonadoblastoma associated to 46,XY male-to-female sex reversal syndrome, secondary to a duplication in DAX-1, possibly inherited of maternal gonadal mosaicism. Copy number variation and functional effects of the duplication were done by MLPA multiplex ligation-dependent probe amplification and real time PCR. DAX-1, also known as dosage sensitive sex reversal gene (DSS), is considered the most likely candidate gene involved in XY gonadal dysgenesis when overexpressed. The excess of DAX-1 gene disturbs testicular development by down regulation of SF-1, WT1, and SOX9. This is the first report of 46,XY sex reversal in two siblings who have a maternally inherited duplication of DAX-1 associated with reduced levels of expression of downstream genes as SOX9-SF1

    Evaluación en época seca de ecosistemas acuáticos y terrestres: componentes de vegetación y faunación. Sector Centro Administrativo PNN El Tuparro (Cumaribo, Vichada)

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    La asignatura Ecología Regional Continental tiene como objetivo el análisis de los procesos ecológicos a escala de paisaje y bioma. A lo largo de su existencia dentro del programa curricular de Biología de la Universidad Nacional de Colombia se han realizado distintos estudios ecológicos en distintas regiones del país, ampliando cada vez más el conocimiento de los estudiantes que toman la asignatura y aportando al conocimiento de zonas poco estudiadas. Durante los últimos periodos, la fase de campo se ha realizado en zonas pertenecientes al Sistema de Parques Nacionales Naturales de Colombia. Es así como se realizó un estudio preliminar durante el segundo semestre de 2010 en el PNN Cueva de Los Guacharos en el departamento del Huila, cumpliendo con el objetivo de una evaluación ecológica rápida a nivel de vegetación y limnología de manera dirigida, además de proyectos de distintos temas sobre aspectos ecológicos de la región. Para este periodo, primer semestre de 2011, la fase de campo se desarrolló en el PNN El Tuparro, ubicado en el departamento del Vichada y se incluyó adicionalmente el componente de faunación. Esta zona del país es poco conocida dado su difícil acceso, por lo que la información obtenida es de gran valor

    Recommendations for treatment with recombinant human growth hormone in pediatric patients in Colombia

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    En Colombia, actualmente no existen parámetros claros para el diagnóstico de pacientes con talla baja, ni sobre el tratamiento de esta población con hormona de crecimiento recombinante humana (somatropina), lo cual se ve favorecido por la diversidad de programas de formación de profesionales en endocrinología pediátrica. En respuesta a esta problemática se realizó el primer acuerdo colombiano de expertos en talla baja liderado por la Asociación Colegio Colombiana de Endocrinología Pediátrica (ACCEP); este trabajo contó con la participación y el aval de expertos clínicos de importantes instituciones de salud públicas y privadas del país, además de expertos metodológicos del instituto Keralty, quienes garantizaron la estandarización del uso de la somatropina. Después de realizar una minuciosa revisión de la literatura, se propone la unificación de definiciones, un algoritmo diagnóstico, los parámetros de referencia de las pruebas bioquímicas y dinámicas, una descripción de las consideraciones de uso de la somatropina para el tratamiento de las patologías con aprobación por la entidad regulatoria de medicamentos y alimentos en Colombia y, por último, un formato de consentimiento informado y de ficha técnica del medicamento.In Colombia there are no guidelines for diagnosis and management of patients with short stature and for the use of recombinanthuman growth hormone, mainly caused by the diversity of training centers in pediatric endocrinology. In response to this situation,the Asociación Colegio Colombiana de Endocrinología Pediátrica leds the first colombian short stature expert committee in order tostandardize the use of human recombinant growth hormone. This work had the participation and endorsement of a consortium ofclinical experts representing the Sociedad Colombiana de Pediatría, Secretaría Distrital de Salud de Bogotá- Subred Integrada deServicios de Salud Suroccidente, Fundación Universitaria Sanitas, Universidad de los Andes and some public and private healthinstitutions in the country, in addition to the participation of methodological experts from the Instituto Global de Excelencia ClínicaKeralty. By reviewing the literature and with the best available evidence, we proposed to unify definitions, a diagnostic algorithm,biochemical and dynamic tests with their reference parameters, a description of the considerations about growth hormone use amongthe indications approved by regulatory agency for medications and food in Colombia and finally a proposal for an informed consentand a medication fact sheet available for parents and patients.https://orcid.org/0000-0002-7856-7213https://orcid.org/0000-0003-2241-7854Revista Nacional - Indexad

    Mortality from gastrointestinal congenital anomalies at 264 hospitals in 74 low-income, middle-income, and high-income countries: a multicentre, international, prospective cohort study

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    Summary Background Congenital anomalies are the fifth leading cause of mortality in children younger than 5 years globally. Many gastrointestinal congenital anomalies are fatal without timely access to neonatal surgical care, but few studies have been done on these conditions in low-income and middle-income countries (LMICs). We compared outcomes of the seven most common gastrointestinal congenital anomalies in low-income, middle-income, and high-income countries globally, and identified factors associated with mortality. Methods We did a multicentre, international prospective cohort study of patients younger than 16 years, presenting to hospital for the first time with oesophageal atresia, congenital diaphragmatic hernia, intestinal atresia, gastroschisis, exomphalos, anorectal malformation, and Hirschsprung’s disease. Recruitment was of consecutive patients for a minimum of 1 month between October, 2018, and April, 2019. We collected data on patient demographics, clinical status, interventions, and outcomes using the REDCap platform. Patients were followed up for 30 days after primary intervention, or 30 days after admission if they did not receive an intervention. The primary outcome was all-cause, in-hospital mortality for all conditions combined and each condition individually, stratified by country income status. We did a complete case analysis. Findings We included 3849 patients with 3975 study conditions (560 with oesophageal atresia, 448 with congenital diaphragmatic hernia, 681 with intestinal atresia, 453 with gastroschisis, 325 with exomphalos, 991 with anorectal malformation, and 517 with Hirschsprung’s disease) from 264 hospitals (89 in high-income countries, 166 in middleincome countries, and nine in low-income countries) in 74 countries. Of the 3849 patients, 2231 (58·0%) were male. Median gestational age at birth was 38 weeks (IQR 36–39) and median bodyweight at presentation was 2·8 kg (2·3–3·3). Mortality among all patients was 37 (39·8%) of 93 in low-income countries, 583 (20·4%) of 2860 in middle-income countries, and 50 (5·6%) of 896 in high-income countries (p<0·0001 between all country income groups). Gastroschisis had the greatest difference in mortality between country income strata (nine [90·0%] of ten in lowincome countries, 97 [31·9%] of 304 in middle-income countries, and two [1·4%] of 139 in high-income countries; p≤0·0001 between all country income groups). Factors significantly associated with higher mortality for all patients combined included country income status (low-income vs high-income countries, risk ratio 2·78 [95% CI 1·88–4·11], p<0·0001; middle-income vs high-income countries, 2·11 [1·59–2·79], p<0·0001), sepsis at presentation (1·20 [1·04–1·40], p=0·016), higher American Society of Anesthesiologists (ASA) score at primary intervention (ASA 4–5 vs ASA 1–2, 1·82 [1·40–2·35], p<0·0001; ASA 3 vs ASA 1–2, 1·58, [1·30–1·92], p<0·0001]), surgical safety checklist not used (1·39 [1·02–1·90], p=0·035), and ventilation or parenteral nutrition unavailable when needed (ventilation 1·96, [1·41–2·71], p=0·0001; parenteral nutrition 1·35, [1·05–1·74], p=0·018). Administration of parenteral nutrition (0·61, [0·47–0·79], p=0·0002) and use of a peripherally inserted central catheter (0·65 [0·50–0·86], p=0·0024) or percutaneous central line (0·69 [0·48–1·00], p=0·049) were associated with lower mortality. Interpretation Unacceptable differences in mortality exist for gastrointestinal congenital anomalies between lowincome, middle-income, and high-income countries. Improving access to quality neonatal surgical care in LMICs will be vital to achieve Sustainable Development Goal 3.2 of ending preventable deaths in neonates and children younger than 5 years by 2030

    Memorias de la semana de la Facultad de Educación / VI Semana: Investigaciones educativas y pedagógicas.

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    El presente libro, publicado en la Editorial de la Corporación Universitaria Minuto de Dios – UNIMINUTO, reúne las memorias de la VI Semana de la Facultad de Educación – FEDU “Investigaciones Educativas y Pedagógicas”, evento que se realiza cada año con el fin de intercambiar experiencias académicas, culturales y deportivas entre los estudiantes y profesores de la Facultad, con la participación de otras Universidades interesadas en compartir sus experiencias en el campo de la investigación, la cultura y el deporte. La temática para la VI Semana de la FEDU en 2016 estuvo relacionada con la investigación en torno a la educación y la pedagogía, de tal forma que los profesores y los estudiantes tuvieron la oportunidad de intercambiar experiencias desarrolladas en los proyectos y en los semilleros de investigación; además, los estudiantes y los egresados tuvieron la oportunidad de presentar los resultados de sus trabajos de grado y otros estudios productos de investigación

    XIV Jornada de Investigación 2023

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    Eje temático I: derecho, cultura y sociedad: En este eje tamático, se presentan ponencias que tienen como propósito analizar y explicar críticamente, a través de la investigación científica y desde el enfoque interdisciplinar, los derechos humanos, el proceso de estructuración de La convivencia y la equidad en la vivencia de los derechos; los valores, las costumbres, las normas, los estilos de vida, el uso de artefactos y la organización social; los procesos de desarrollo espiritual, de conocimiento científico, de desarrollo tecnológico y estético, y la convivencia y sus implicaciones en lo público y lo privado. Eje temático II: desarrollo humano y sostenible. El segundo eje temático que abordó la XII Jornada de Investigación fue desarrollo humano y sostenible, con ponencias que abarcaron todos aquellos aspectos que van, desde el desarrollo y bienestar individual, pasando por los estudios de las comunidades, para llegar a una comprensión global de la sostenibilidad como un factor determinante de existencia de las sociedades. Eje temático III: gestión y tecnología al servicio de la sociedad. Finalmente, en la XII Jornada de Investigación, se trabajóel eje temático gestión y tecnología al servicio de la sociedad, en el cual se presentaron, desde las diferentes disciplinas, ponencias que aportaron al campo del desarrollo productivo y a la solución de los problemas de la sociedad a través de las oportunidades que una buena gestión y un apropiado uso de la tecnología ofrece. (Tomado de la Fuente)EJE TEMÁTICO I: DERECHO, CULTURA Y SOCIEDAD La respuesta económica a la pandemia dentro del Estado social de derecho colombiano. Los espacios intermediarios como contenedores de experiencias significativas. Análisis del estilo lingüístico aplicado a la psicología jurídica. ¿Dejar o transformar? Cinco puntos para entender la ciudad contemporánea. Studiositas y verdad en la educación centrada en la persona. Los derechos de autor en el contrato de trabajo y de prestación de servicios. Afectación de los derechos sexuales reproductivos femeninos durante el conflicto armado en Colombia. Problemas del acceso a la justicia del campesinado de los páramos de Sumapaz y Santurbán. Vulneración del derecho al agua potable en La Guajira: una falta de garantías. Derechos humanos e inteligencia militar: el dilema de la primacía del interés general sobre el particular. Cuantificación del dolor humano por parte de la justicia colombiana. Retos tecnológicos en el derecho vs. Limitaciones en Colombia en las poblaciones más vulnerables. Construir identidad territorial a través del corredor socioambiental Los Nevados. La naturaleza en la arquitectura: una mirada a la arquitectura del siglo XX. Contrato de trabajo del futbolista profesional. La baja educación en las zonas rurales por consecuencia del conflicto armado y la corrupción en el Estado colombiano. Incidentes de la migración venezolana en el ámbito normativo nacional colombiano e internacional. Legalización definitiva del consumo adulto del cannabis en Colombia: un debate jurídico y constitucional. Wawamia jai, síndrome propio de la cultura: una caracterización de los signos y síntomas de una enfermedad cultural del pueblo indígena emberá-katío. La cruda realidad del reclutamiento de niños, niñas y adolescentes en el conflicto armado en Colombia: una visión nacional e internacional. EJE TEMÁTICO II: DESARROLLO HUMANO Y SOSTENIBLE Migración venezolana en Colombia: perspectiva crítica sobre el derecho de acceso a la salud. El estrés laboral. Una imagen no es tradición: la actualidad de la vivienda raizal en el Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina. Aprendizajes del proceso de diseño basado en la investigación: caso de estudio barrio Concepción Norte, Bogotá, Colombia. Sumapaz como territorio potencial hídrico y patrimonio paisajístico y cultural: modelo de región sostenible. Revisión sistemática del liderazgo digital desde las competencias digitales. Intervenciones psicológicas basadas en evidencia: tendencias actuales. Herramientas pedagógicas para la concientización de la comunidad a partir del reconocimiento de la memoria histórica en el barrio San Benito, Bogotá, Colombia. Diseño sostenible como factor diferencial en la reconversión industrial de las curtiembres en el barrio San Benito, Bogotá, Colombia. Motivación escolar como factor relacionado con el rendimiento académico en estudiantes en extraedad en la Institución Educativa Distrital República de México, sede B, jornada mañana. La realidad de los objetos artificiales. Performance en nuestro diario vivir. ¿Es necesario la modificación del lugar para satisfacer las necesidades del ser humano? ¿Es necesario hacer modificaciones al espacio natural para generar cultura? La arquitectura como síntesis entre los objetos con propósito o sin él. La creación de los objetos y sus impactos en el mundo. ¿Cuáles son los determinantes de las brechas de competencia laboral en el departamento de Cundinamarca, Colombia? Buenas prácticas de habitabilidad. Reconocimiento de la arquitectura doméstica tradicional en Colombia como una pauta de identidad para el diseño de nuevas viviendas. Validación de un instrumento para evaluar la procrastinación académica. Escala de medición de la soledad BATAN. Contraste entre el instrumento para medir la resiliencia en adultos jóvenes de Colombia (CLANP) con CD-RISC 10. Finlandia y naturaleza: país modelo en ratificación de normas y tratados para la protección de los derechos de la naturaleza. EJE TEMÁTICO III: GESTIÓN Y TECNOLOGÍA AL SERVICIO DE LA SOCIEDAD Aplicación de una tecnología limpia desde el diseño resiliente: simulación de un módulo básico de vivienda social en la ciudad de Tunja, Colombia. Recorrido virtual de la Universidad Católica de Colombia Sede Claustro para la inducción de estudiantes y docentes. Evaluación de eficiencia de un prototipo de un sistema de atrapanieblas tipo NRP 3.0 para la vereda Gaunza Arriba, municipio de Guateque, departamento de Boyacá, Colombia. Sistema de Información para la Coordinación de Trabajos de Grado del Programa de Ingeniería de Sistemas de la Universidad Católica de Colombia (SIGETG). Estrategias de sostenibilidad para la reducción de la huella hídrica en la vivienda de la Costa Caribe. Sistema de evaluación de resultados de aprendizaje de la Facultad de Psicología de la Universidad Católica de Colombia. Identificación de tendencias en la implementación de DevOps a partir de una revisión sistemática. Desarrollo de un algoritmo de trading para operar el mercado de divisas a través de ondas de Elliott y números de Fibonacci. Los derechos humanos en el espacio de la inteligencia artificial. Construcción de paz a través del ciberactivismo en redes sociales de cuatro organizaciones juveniles de Bogotá. Las redes sociales digitales como herramienta educativa: una propuesta de investigación-innovación. Videojuego de realidad virtual sobre la extracción y el tráfico ilegal de la fauna silvestre en Colombia. Arquitectura de la información de la plataforma de inteligencia artificial para el estudio neurocognitivo y el apoyo a la salud mental. Inmersión sobre la innovación: perspectivas sobre el derecho al trabajo y la inteligencia artificial en el servicio de justicia. El ciberterrorismo en la legislación colombiana: un análisis desde la criminología. Modelo de fabricación digital de diseño sostenible para vivienda social. Uso de los videojuegos en el campo educativo: ventajas y desventajas. Resolución electrónica de controversias en procesos civiles de mínima cuantía en Colombia. Estrategia de evaluación y promoción de la salud mental en el contexto universitario. Caracterización de técnicas y herramientas de inteligencia artificial utilizadas para el perfilamiento de clientes por las mipymes en Colombia. Transformar el casco urbano del municipio de Líbano, departamento del Tolima, Colombia: un proyecto parque industrial para el intercambio de saberes y revitalización ambiental. Aplicación tecnológica en agricultura urbana para promover la seguridad alimentaria en poblaciones vulnerables. CONCLUSIONE

    A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance

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    We present a global atlas of 4,728 metagenomic samples from mass-transit systems in 60 cities over 3 years, representing the first systematic, worldwide catalog of the urban microbial ecosystem. This atlas provides an annotated, geospatial profile of microbial strains, functional characteristics, antimicrobial resistance (AMR) markers, and genetic elements, including 10,928 viruses, 1,302 bacteria, 2 archaea, and 838,532 CRISPR arrays not found in reference databases. We identified 4,246 known species of urban microorganisms and a consistent set of 31 species found in 97% of samples that were distinct from human commensal organisms. Profiles of AMR genes varied widely in type and density across cities. Cities showed distinct microbial taxonomic signatures that were driven by climate and geographic differences. These results constitute a high-resolution global metagenomic atlas that enables discovery of organisms and genes, highlights potential public health and forensic applications, and provides a culture-independent view of AMR burden in cities.Funding: the Tri-I Program in Computational Biology and Medicine (CBM) funded by NIH grant 1T32GM083937; GitHub; Philip Blood and the Extreme Science and Engineering Discovery Environment (XSEDE), supported by NSF grant number ACI-1548562 and NSF award number ACI-1445606; NASA (NNX14AH50G, NNX17AB26G), the NIH (R01AI151059, R25EB020393, R21AI129851, R35GM138152, U01DA053941); STARR Foundation (I13- 0052); LLS (MCL7001-18, LLS 9238-16, LLS-MCL7001-18); the NSF (1840275); the Bill and Melinda Gates Foundation (OPP1151054); the Alfred P. Sloan Foundation (G-2015-13964); Swiss National Science Foundation grant number 407540_167331; NIH award number UL1TR000457; the US Department of Energy Joint Genome Institute under contract number DE-AC02-05CH11231; the National Energy Research Scientific Computing Center, supported by the Office of Science of the US Department of Energy; Stockholm Health Authority grant SLL 20160933; the Institut Pasteur Korea; an NRF Korea grant (NRF-2014K1A4A7A01074645, 2017M3A9G6068246); the CONICYT Fondecyt Iniciación grants 11140666 and 11160905; Keio University Funds for Individual Research; funds from the Yamagata prefectural government and the city of Tsuruoka; JSPS KAKENHI grant number 20K10436; the bilateral AT-UA collaboration fund (WTZ:UA 02/2019; Ministry of Education and Science of Ukraine, UA:M/84-2019, M/126-2020); Kyiv Academic Univeristy; Ministry of Education and Science of Ukraine project numbers 0118U100290 and 0120U101734; Centro de Excelencia Severo Ochoa 2013–2017; the CERCA Programme / Generalitat de Catalunya; the CRG-Novartis-Africa mobility program 2016; research funds from National Cheng Kung University and the Ministry of Science and Technology; Taiwan (MOST grant number 106-2321-B-006-016); we thank all the volunteers who made sampling NYC possible, Minciencias (project no. 639677758300), CNPq (EDN - 309973/2015-5), the Open Research Fund of Key Laboratory of Advanced Theory and Application in Statistics and Data Science – MOE, ECNU, the Research Grants Council of Hong Kong through project 11215017, National Key RD Project of China (2018YFE0201603), and Shanghai Municipal Science and Technology Major Project (2017SHZDZX01) (L.S.
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