Evolution post-rift du golfe du Lion en Languedoc : une marge pas si passive que ça !

Livret-guideL'objectif de l'excursion en Languedoc est d'observer les structures géologiquesdu rifting OligoMiocène du Golfe du Lion et d'analyser les évidences tectoniques, sédimentologiques, volcaniques et morphologiques de l'évolution complexe qui a suivi. Le premier jour, nous observerons les relations tectonique sédimentation dans les bassins en extension synrift et post‐rift. Le deuxième jour nous conduira dans l'arrière pays dont le paysage a été façonné par des surrections et des phases d'incisions. Est‐ce l'épaulement du rift ? La troisième journée sera consacrée aux évènements Miocène supérieur à actuel, notamment les évidences de terrain de l'assèchement de la Méditerranée au Messinien et le volcanisme alcalin Quaternaire. Nous terminerons le dernier jour par l'analyse des processus de formation et d'évolution du littoral sableux. L'occasion de se rafraîchir dans la Grande Bleue juste avant de reprendre le chemin du retour pour se préparer pour la rentrée scolaire

Analyse de Programmes par Traçage

National audienceL'analyse de programmes sans code source, regroupant la recherche de vulnérabilités et l'analyse de logiciels malveillants, relève actuellement plus de la programmation système que de l'algorithmique. Par conséquent, ces champs de recherche ne bénéficient pas des avancées en analyse de code et en optimisation. Nous proposons un cadre formel basé sur l'analyse de traces perme- ttant de raisonner sur les propriétés algorithmiques des programmes bi- naires. Nous avons appliqué ce cadre à l'analyse des programmes auto- modifiants comme par exemple les malwares compressés ou chiffrés, et nous avons validé son utilité par l'expérience en testant une implémenta- tion sur un grand nombre d'échantillons collectés sur des honeypots. Les traces présentent un intérêt évident pour l'ingénierie inverse : faciles à collecter de manière générique avec différents outils (même statiques) et plus fiables que le désassemblage, elles permettent de raisonner avec exactitude sur les effets d'un programme sur le système, les flux de don- nées ou encore les multiples chemins d'un exécutable. Elles sont donc une manière simple et élégante d'unifier les différentes branches de l'analyse de programmes

A computability perspective on self-modifying programs

International audienceIn order to increase their stealth, malware com- monly use the self-modification property of programs. By doing so, programs can hide their real code so that it is difficult to define a signature for it. But then, what is the meaning of those programs: the obfuscated form, or the hidden one? Furthermore, from a computability perspective, it becomes hard to speak about the program since, its own code varies over time. To cope with these issues, we provide an operational semantics for self-modifying programs and we show that they can be constructively rewritten to a non-modifying program

The ‘servicelization’ of societies: towards new paradigms in work organization

This article proposes an alternative to the theoretical framework for the approaches to phenomena of the servicelization of work in complex organizational contexts. In contradiction to the models which question the industrialization processes, theoretical paradigms are presented which highlight integration in the analyses of new concepts of work, such as co-production, the supremacy of the client/user, the evaluation of organizational performances and competence logic. Finally, a model of the service enterprise is presented with its alternative configurations in a proposal for empirical application, some of which is now being carried out in Portugal

Complex Recombination Patterns Arising during Geminivirus Coinfections Preserve and Demarcate Biologically Important Intra-Genome Interaction Networks

Genetic recombination is an important process during the evolution of many virus species and occurs particularly frequently amongst begomoviruses in the single stranded DNA virus family, Geminiviridae. As in many other recombining viruses it is apparent that non-random recombination breakpoint distributions observable within begomovirus genomes sampled from nature are the product of variations both in basal recombination rates across genomes and in the over-all viability of different recombinant genomes. Whereas factors influencing basal recombination rates might include local degrees of sequence similarity between recombining genomes, nucleic acid secondary structures and genomic sensitivity to nuclease attack or breakage, the viability of recombinant genomes could be influenced by the degree to which their co-evolved protein-protein and protein-nucleotide and nucleotide-nucleotide interactions are disreputable by recombination. Here we investigate patterns of recombination that occur over 120 day long experimental infections of tomato plants with the begomoviruses Tomato yellow leaf curl virus and Tomato leaf curl Comoros virus. We show that patterns of sequence exchange between these viruses can be extraordinarily complex and present clear evidence that factors such as local degrees of sequence similarity but not genomic secondary structure strongly influence where recombination breakpoints occur. It is also apparent from our experiment that over-all patterns of recombination are strongly influenced by selection against individual recombinants displaying disrupted intra-genomic interactions such as those required for proper protein and nucleic acid folding. Crucially, we find that selection favoring the preservation of co-evolved longer-range protein-protein and protein DNA interactions is so strong that its imprint can even be used to identify the exact sequence tracts involved in these interactions

Sedimentation and subsidence rate in the Gulf of Corinth: what we learn from the <i>Marion Dufresne</i>'s long-piston coring

International audienc

Cenozoic tectonics of the Western Approaches Channel basins and its control of local drainage systems

International audienceLe domaine des Approches occidentales de la Manche constitue une zone clé pour caractériser l'évolution post-rift des marges continentales NW européennes associées à la collision Afrique/Europe. Malgré les divers témoins des inversions cénozoïques jalonnant le pourtour de la Manche, la structuration et l'amplitude des mouvements demeurent néanmoins incertaines au sein de la partie méridionale française des Approches occidentales. Il en est de même sur le rôle de l'inversion de la mer du Nord dans la mise en place du Fleuve Manche qui drainait un bassin versant bien supérieur à la Manche actuelle durant les grandes régressions plio-quaternaires et alimentait les éventails sous-marins Celtique et Armoricain en bas de pente. La réalisation des campagnes de sismique-réflexion haute résolution GEOMOC et GEOBREST03 dont les résultats font l'objet de cet article permettent de répondre à ces questions en complétant la connaissance géologique de la Manche. Les nouvelles observations soulignent le diachronisme et le contraste de l'amplitude des mouvements du système de failles associées à l'inversion du bassin d'Iroise. Celle-ci se fait en deux épisodes: un épisode paroxysmal paléogène décomposé en deux phases, éocène (Yprésien probable) et oligocène, et un épisode néogène plus modéré réactivant partiellement les structures impliquées antérieurement. Les déformations se concentrent le long de l'accident nord Iroise (NIF) situé dans le prolongement de la faille Médio-Manche et entraîne localement des plissements de la couverture sédimentaire à l'aplomb des accidents profonds. L'inversion induit ainsi un soulèvement de près de 700 m du plateau médian situé au sud de l'accident nord Iroise. La cartographie isochrone des séquences sismiques identifiées démontre également le contrôle majeur des structures tectoniques sur la mise en place des dépôts néogènes. Le soulèvement de la partie orientale du bassin favorise ainsi la mise en place de vastes prismes progradants d'âge miocène supérieur, et contrôle le développement postérieur du réseau des paléo-vallées constituant l'extrémité occidentale du fleuve Manche. Ce réseau présente une géométrie en baïonnette marquée par de brutaux changements de directions variant de N040 à N070, cette dernière direction caractérisant la plus grande partie des failles néogènes associées au bassin d'Iroise. Les paléo-vallées se seraient développées lors d'une chute du niveau marin au-delà du rebord de plate-forme et la stratigraphie établie à travers cette étude amène à placer le début des incisions au Pliocène (Reurévien ou pré-Tiglien). La chute amplifiée par l'inversion du bassin d'Iroise serait suivie d'un basculement tardif de la plate-forme externe à l'instar des observations réalisées sur de nombreuses marges du pourtour nord atlantique

Genomic analysis of an emerging multiresistant Staphylococcus aureus strain rapidly spreading in cystic fibrosis patients revealed the presence of an antibiotic inducible bacteriophage

BACKGROUND: Staphylococcus aureus is a major human pathogen responsible for a variety of nosocomial and community-acquired infections. Recent reports show that the prevalence of Methicillin-Resistant S. aureus (MRSA) infections in cystic fibrosis (CF) patients is increasing. In 2006 in Marseille, France, we have detected an atypical MRSA strain with a specific antibiotic susceptibility profile and a unique growth phenotype. Because of the clinical importance of the spread of such strain among CF patients we decided to sequence the genome of one representative isolate (strain CF-Marseille) to compare this to the published genome sequences. We also conducted a retrospective epidemiological analysis on all S. aureus isolated from 2002 to 2007 in CF patients from our institution. RESULTS: CF-Marseille is multidrug resistant, has a hetero-Glycopeptide-Intermediate resistance S. aureus phenotype, grows on Cepacia agar with intense orange pigmentation and has a thickened cell wall. Phylogenetic analyses using Complete Genome Hybridization and Multi Locus VNTR Assay showed that CF-Marseille was closely related to strain Mu50, representing vancomycin-resistant S. aureus. Analysis of CF-Marseille shows a similar core genome to that of previously sequenced MRSA strains but with a different genomic organization due to the presence of specific mobile genetic elements i.e. a new SCCmec type IV mosaic cassette that has integrated the pUB110 plasmid, and a new phage closely related to phiETA3. Moreover this phage could be seen by electron microscopy when mobilized with several antibiotics commonly used in CF patients including, tobramycin, ciprofloxacin, cotrimoxazole, or imipenem. Phylogenetic analysis of phenotypically similar h-GISA in our study also suggests that CF patients are colonized by polyclonal populations of MRSA that represents an incredible reservoir for lateral gene transfer. CONCLUSION: In conclusion, we demonstrated the emergence and spreading of a new isolate of MRSA in CF patients in Marseille, France, that has probably been selected in the airways by antibiotic pressure. Antibiotic-mediated phage induction may result in high-frequency transfer and the unintended consequence of promoting the spread of virulence and/or antibiotic resistance determinants. The emergence of well-adapted MRSA is worrying in such population chronically colonized and receiving many antibiotics and represents a model for emergence of uncontrollable super bugs in a specific niche. REVIEWERS: This article was reviewed by Eric Bapteste, Pierre Pontarotti, and Igor Zhulin. For the full reviews, please go to the Reviewers' comments section