Dos herramientas bioinformáticas para el análisis de genomas de bacterias fitopatógenas

Comunicación seleccionada como presentación oral plenariaLos avances en tecnología de secuenciación han supuesto una cosiderable reducción en costo y tiempo a la hora de obtener genomas bacterianos completos. Es cada vez más frecuente, pues, secuenciar los genomas de las cepas bacterianas que son de particular interés, creciendo a su vez la necesidad de desarrollar herramientas computacionales para el análisis de las secuencias obtenidas. En lo que a bacterias patógenas se refiere, son de especial relevancia herramientas de detección de genes implicados en virulencia. En este contexto presentamos TTFShunter y ViRfAt, dos aplicaciones bioinformáticas que tienen como objeto facilitar la identificación genómica del arsenal de virulencia de bacterias secuenciadas. TTFShunter (http://bacterial-virulence-factors.cbgp.upm.es/T346Hunter) es una herramienta online de predicción de sistemas de secreción de tipo III, IV y VI (T3SS, T4SS y T6SS, respectivamente). Mediante exhaustivas búsquedas en la bibliografía científica, se construyó una base de datos de las secuencias genómicas correspondientes a los distintos componentes de los T3SS, T4SS y T6SS. Dada la secuencia de ADN de un genoma bacteriano, TTFShunter hace uso de la base de datos anterior para localizar regiones enriquecidas en dichos componentes. ViRfAt es también una aplicación web, en este caso de anotación de factores genómicos asociados a virulencia en planta. ViRfAt busca en genomas bacterianos una batería de factores de virulencia que incluye efectores, fitotoxinas, antibióticos, enzimas extracelulares, hormonas vegetales, adhesinas o sideróforos. Estos factores están incluidos en una base de datos manualmente curada, en cuya elaboración han participado diversos grupos de investigación nacionales expertos en bacterias fitopatógenas. Ambas herramientas presentan una sencilla interfaz web fácil de utilizar, donde una vez analizado el genoma de entrada los resultados se presentan gráficamente a través de un documento HTML intuitivo y fácilmente interpretable. TTFShunter y ViRfAt representan dos herramientas de gran ayuda a microbiológos para la identificación de factores bacterianos de virulencia en planta.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Portable X-ray Fluorescence analysis of Levantine and Schematic art pigments from the River Vero Shelters (Huesca, NE Spain)

The River Vero canyon (Huesca, Spain) contains an exceptional archaeological legacy with more than sixty rock shelters with cave paintings and forms part of the World Heritage ‘Rock Art of the Mediterranean Basin on the Iberian Peninsula’. This study presents the results of the in situ and non-destructive multi-elemental composition analysis of the pigments used in eight of the main shelters through portable X-ray fluorescence spectroscopy (pXRF). Specifically, the cave paintings of the rock shelters of Chimiachas, Muriecho, and Arpán (Levantine Art); and Mallata, Barfaluy, Quizans, Lecina Superior, and Forau del Cocho (Schematic Art) were investigated. The red pigments, based on iron minerals, were the most abundant in all the River Vero rock shelters, with Fe contents in the 0.51–3.06% range. The iron contents of the paintings of Mallata B1 and I, Muriecho, and Forau del Cocho were higher than those of Arpán, Barfaluy, Lecina, and Chimiachas rock-shelters; and, in turn, these were higher than those of Quizans, pointing to noticeable differences in the degree of conservation. Black pigments, in the absence of manganese, were associated with bone char or carbon black. Through the phosphorus content, evidence is provided of the use of bone phosphates as a component of the paints, either as a filler or as a binder. Geological studies indicate that the detected gypsum is of external origin, probably associated with gypsum-rich atmospheric dust. The reported pXRF analysis of this large set of paintings may serve as a basis for future characterization studies involving other portable chemical analysis techniques

Assessment of the Wiki as an Educational Resource in E-Learning

Debido a la necesidad de realizar aprendizajes a lo largo de toda la vida, han surgido nuevas posibilidades formativas, donde gracias a los entornos virtuales de aprendizaje (EVA) se pueden crear procesos de enseñanza-aprendizaje que superan las barreras del tiempo y el espacio. Mediante un estudio de caso de tipo pre-experimental, se valora la wiki como herramienta de trabajo colaborativo en la Universidad. A partir de una muestra de 40 estudiantes se observa cómo, a pesar de haber tenido problemas de manejo y pensar que el resultado final es mejorable, se valora el recurso de manera positiva.The need of a lifelong learning and new teaching and learning processes, such as the virtual learning environments (VLE) which overcome time and space barriers, creates new training opportunities. Wiki, as a collaborative teaching tool at college level, is evaluated by means of a pre-experimental design of a case study model. A sample of 40 subject's show that, despite the usage problems and that the final result can be improved, the tool is positive

Protocolos y hardware para construcciones inteligentes

Históricamente el hombre ha construido edificios o espacios para crear un entorno controlado donde poder vivir y trabajar. Pero a lo largo de las últimas décadas han cambiado las prioridades en diseño y la organización de edificios, como en el caso de las oficinas, las industrias y los campus universitarios. Ahora, se le empieza a dar más importancia a la concepción de un edificio desde su etapa de planeación para así incorporar, desde un principio, todos los elementos que servirán posteriormente para tener un ambiente más productivo, minimizando los costos. Esta tendencia es cada vez más fuerte y ya es irreversible. Por lo anterior se dio inicio a un tipo de construcciones avanzadas, a comienzos de los años ochenta cuando en Estados Unidos y Japón se comenzaron aplicar los conceptos de informática para mejorar la comodidad, habitabilidad y funcionalidad de los mismos, además es definida como una estructura que facilita a usuarios y administradores, herramientas y servicios integrados a la administración y comunicación. Este concepto propuso por primera vez, la integración de todos los sistemas existentes dentro del edificio, tales como teléfono, comunicaciones por computadora, seguridad, control de todos los subsistemas del edificio (calefacción, ventilación, aire acondicionado, etc.) y todas las formas de administración de energía. Pero surge una inquietud ¿Cuándo es posible considerar una construcción inteligente?, a la cual se le podrían dar múltiples respuestas.Incluye bibliografía y glosari

Identificación bioinformática y análisis funcional de factores de transcripción de Pseudomonas savastanoi potencialmente implicados en la infección de Mandevilla spp.

La bacteria fitopatógena Pseudomonas savastanoi, perteneciente al complejo Pseudomonas syringae, incluye 4 patovares aislados de diferentes plantas leñosas: pv. savastanoi (olivo), pv. nerii (adelfa), pv. fraxini (fresno) y pv. retacarpa (retama). Recientemente, se ha caracterizado en nuestro grupo un nuevo patovar causante de necrosis bacteriana en la planta ornamental dipladenia (Mandevilla spp.) (Caballo-Ponce, E, 2017, Tesis Doctoral). Estudios filogenéticos han demostrado la estrecha relación entre cepas del patovar nerii (Psn) y las aisladas de Mandevilla spp. (Psm), sin embargo, éstas difieren en el rango de huésped. En este trabajo hemos llevado a cabo un análisis bioinformático comparativo del repertorio de posibles factores de transcripción codificados en los genomas de la cepa Ph3 de Psm y de las cepas de Psn ICMP16943 (capaz de infectar dipladenia y adelfa) y ESC23 (infecta solamente adelfa). De la comparativa bioinformática de un total de 500 posibles factores de transcripción, se han seleccionado 9 de ellos: 3 factores exclusivos de Psm Ph3, 2 factores truncados en Psm Ph3 y 4 factores ausentes en las cepas capaces de infectar dipladenia (Psn ICMP16943 y Psm Ph3). La ausencia/presencia o el truncamiento de los genes codificadores de estos factores se ha comprobado en estas y otras cepas de P. savastanoi mediante técnicas de PCR y secuenciación. Actualmente estamos llevando a cabo la construcción de mutantes en los factores seleccionados para determinar su papel en la infección de dipladenia. Este trabajo pretende contribuir en el conocimiento de los determinantes genéticos implicados en la especificidad de huésped de los diversos patovares de la especie P. savastanoi.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

La importancia de la actitud del docente universitario: validación de una escala para su consideración.

The study of the quality and improvement of university teaching is mostly based on teacher training, leaving aside other transcendental factors such as attitude. Considered as the behavior of the teacher based on their knowledge and experiences, this work shows the validation of a scale of attitude towards teaching based on 3 dimensions: personal, teaching and research. After content validation by judges, the scale is applied to a representative sample, by branch of knowledge and professional category, of 161 university teachers at the University of Salamanca. The psychometric analysis of the scale, made up of 13 Likert type items with five answer possibilities, shows correlations between average and low total items, an acceptable reliability index (α de Cronbach=.75) and a clear and consistent factor structure where the existence of the three factors is confirmed. In addition, there is a greater distinction between the teaching (.854) and professional (.885) dimensions, as opposed to the researcher (.553). It concludes by stressing the importance of considering the attitudes of teachers as a relevant indicator of study in higher education, using valid and reliable scales such as that offered in this article. As future lines of research, the door remains open to a new validation of the instrument in new contexts of higher education.El estudio de la calidad y la mejora de la docencia universitaria se basa en la mayoría de las ocasiones en la formación del docente, dejando a un lado otros factores transcendentales como puede ser la actitud. Considerada como el comportamiento del docente en base a sus conocimientos y experiencias, este trabajo presenta la validación de una escala de actitud hacia la docencia en base a 3 dimensiones: personal, docente y profesional. Tras una validación de contenido por jueces, se aplica la escala a una muestra, representativa por rama de conocimiento y categoría profesional, de 161 profesores universitarios de la Universidad de Salamanca. El análisis psicométrico de la escala, formada por 13 ítems tipo Likert con cinco opciones de respuesta, muestra correlaciones ítem total medias-bajas, un índice de fiabilidad aceptable (α de Cronbach=.75) y una estructura factorial clara y consistente donde se confirma la existencia de los tres factores. Así mismo, se destaca la mayor distinción de las dimensiones docente (.854) y profesional (.885), frente a la investigadora (.553). Se concluye incidiendo en la importancia de considerar las actitudes del profesorado como indicador relevante de estudio en la enseñanza superior, empleando escalas válidas y fiables como la que se ofrece en este artículo. Como líneas de investigación futuras, queda abierta la puerta a una nueva validación del instrumento en nuevos contextos de enseñanza universitaria

Identificación bioinformática y análisis funcional de factores de transcripción de Pseudomonas savastanoi potencialmente implicados en la infección de Mandevilla spp.

La bacteria fitopatógena Pseudomonas savastanoi, perteneciente al complejo Pseudomonas syringae, incluye cuatro patovares aislados de diferentes plantas leñosas: pv. savastanoi (olivo), pv. nerii (adelfa), pv. fraxini (fresno) y pv. retacarpa (retama). Recientemente, se ha caracterizado en nuestro grupo un nuevo patovar (Psm) causante de necrosis bacteriana en la planta ornamental dipladenia (Mandevilla spp.) (Caballo-Ponce, E, 2017, Tesis Doctoral). Estudios filogenéticos han demostrado la estrecha relación existente entre cepas del patovar nerii (Psn) y las aisladas de Mandevilla spp., aun cuando éstas difieren en el rango de huésped. En este trabajo hemos llevado a cabo un análisis bioinformático comparativo del repertorio de posibles factores de transcripción (Fts) codificados en los genomas de la cepa Ph3 de Psm y de las cepas de Psn ICMP16943 y ESC23. La búsqueda se centró en aquellos Fts posiblemente implicados en la infección de dipladenia, seleccionando un total de nueve posibles Fts: tres factores exclusivos de Psm Ph3, dos factores truncados exclusivamente en Psm Ph3 y cuatro factores ausentes tanto en Psn ICMP16943 como Psm Ph3 (las dos cepas que infectan dipladenia). De entre los TFs identificados, hemos seleccionados tres que forman parte de un posible operón junto a otros genes implicados en quimiotaxis. Se han construido mutantes de este operón en cada uno de los tres genes codificadores de los Fts seleccionados y en dos genes codificadores de Methyl Chemotaxis proteins (MCP). Actualmente estamos analizando el papel de estos genes en la patogenicidad en plantas de dipladenia y su implicación en quimiotaxis. Este trabajo pretende contribuir en el conocimiento de los determinantes genéticos implicados en la especificidad de huésped de los diversos patovares de la especie P. savastanoi.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Design and implementation of an evaluation scale of information skills for secondary education teachers in Spain

Design and implementation of an evaluation scale of information skills for secondary education teachers in Spain

Prevalencia y factores asociados a sintomatología depresiva en adultos mayores del centro de salud “Micaela Bastidas” Lima-Perú: Prevalence and factors associated with depressive symptomatology in older adults of the “Micaela Bastidas” health center, Lima-Peru

Objective: To evaluate the factors associated with depression in older adults in a marginal urban area of ​​Peru. Material and methods:  It is a cross-sectional analytical study in adults over 60 years of age in a marginal urban area of ​​Lima. The dependent variable was evaluated using the geriatric depression scale of 15 items, the presence of depression with a score ≥ 6 was considered. The factors associated with depression were calculated using raw and adjusted prevalence ratios with 95% confidence intervals (95% CI) using poisson regressions with robust variance. Results: Of the 142 older adults with an average age and standard deviation was 70.4 ± 8.14. The prevalence of the presence of depression was 55.6% (women 39.6% and men 53.4%). The lack of schooling (RPa: 1.40, 95% CI: 1.04 - 1.88) and not working (RPa: 1.50, 95% CI: 1.09 - 2.05) were risk factors that increased the presence of depression. Conclusion: The prevalence of depression in older adults in a marginal urban area of ​​Peru was high. Older adults who did not complete their schooling and did not work were more likely to develop depression.Objetivo: Evaluar los factores asociados a la depresión en adultos mayores residentes en una zona urbano marginal de Perú. Material y Métodos: Es un estudio transversal analítico en adultos mayores de 60 años residentes de una zona urbano marginal de Lima.  Se evaluó la variable dependiente usando la escala de depresión geriátrica de 15 items, se consideró la presencia de depresión con un puntaje ≥ 6. Los factores asociados a la depresión, se calcularon usando razones de prevalencia crudas y ajustadas con intervalos de confianza al 95% (IC 95%) mediante regresiones de poisson con varianza robusta. Resultados: De los 142 adultos mayores con una edad promedio y desviación estándar fue 70,4±8,14. La prevalencia de la presencia de depresión fue 55,6% (mujeres 39,6% y hombres 53,4%). El no tener escolaridad (RPa: 1,40; IC 95%: 1,04 – 1,88) y no estar trabajando (RPa: 1,50; IC 95%: 1,09 – 2,05) fueron factores de riesgo que aumentaban la presencia de depresión. Conclusión: La prevalencia de presencia de depresión en adultos mayores de una zona urbano marginal de Perú fue alta. Los adultos mayores que no completaron su escolaridad y no trabajaban presentaron más probabilidades de presentar depresión

The value of magnetic resonance imaging and computed tomography in the study of spinal disorders

Computed tomography (CT) and magnetic resonance imaging (MRI) have replaced conventional radiography in the study of many spinal conditions, it is essential to know when these techniques are indicated instead of or as complementary tests to radiography, which findings can be expected in different clinical settings, and their significance in the diagnosis of different spinal conditions. Proper use of CT and MRI in spinal disorders may facilitate diagnosis and management of spinal conditions. An adequate clinical approach, a good understanding of the pathological manifestations demonstrated by these imaging techniques and a comprehensive report based on a universally accepted nomenclature represent the indispensable tools to improve the diagnostic approach and the decision-making process in patients with spinal pain. Several guidelines are available to assist clinicians in ordering appropriate imaging techniques to achieve an accurate diagnosis and to ensure appropriate medical care that meets the efficacy and safety needs of patients. This article reviews the clinical indications of CT and MRI in different pathologic conditions affecting the spine, including congenital, traumatic, degenerative, inflammatory, infectious and tumor disorders, as well as their main imaging features. It is intended to be a pictorial guide to clinicians involved in the diagnosis and treatment of spinal disorders