The Laboratory of Intervention in Architecture in situ / experiment

UIDB/04647/2020 UIDP/04647/2020This chapter discusses the role of collaborative practices for the production of public spaces. The growing complexity of urban contexts, due to changes in the production model and in urban activities is a challenge for scholars, technicians and residents. In this context collaborative practices have been a common approach in urban interventions in the last decades. The text presents eight editions of the project Laboratory of Intervention in Architecture in situ/, from 2012 to 2018. It is a project of intervention in local public spaces with the partnerships of the Municipality of Almada and numerous local institutions, using collaborative practices as methodological approach. In situ/ is also a learning process, as it is coordinated by a research centre, and has a strong concern with the educational aspects of these living labs and with urban research. Different research themes have been addressed – such as informal neighbourhoods, old industrial areas or coastal environmental protection – but they all have a common ground: how can communities (be they academic, local or institutional) contribute to solve territorial problems in transitional urban contexts using public space as a mediation and negotiation tool? In situ/ projects aim to promote innovative teaching and learning experiences outside the academic context, in multidisciplinary and diverse social and cultural contexts, but also to investigate issues of the city in transition and intervene in real contexts of action, promoting diversified partnerships with local entities, designing and building solutions to the challenges of contemporary metropolitan contexts, thus contributing to improve the quality of life of the populations. Along the same lines, this chapter aims to present the laboratories’ methodological approach, focusing on the organizational aspects, the importance of all the actors involved and of the learning experience.publishersversionpublishe

Commodities Prices Volatility, Expected Inflation and GDP Levels: An Application for a Net-exporting Economy

AbstractThis work applies time series methods, such as VAR, ARMA-GARCH and Cointegration/VEC, in order to test for short and long term relationships between commodities prices changes and relevant macroeconomic variables in Brazil, from January/2005 to May/2013. The main evidences have shown the existence of short term effects of commodities prices shocks on the expected and current consumer inflation, as well as on GDP and exchange rate levels; in turn, the long term relationships have been verified through changes in commodities prices volatility: in long term, an increase of the latter means a context of higher expected inflation and lower GDP levels, thereby showing that economic authorities have scientific reasons to concern with abrupt fluctuations in commodities markets. In this sense, volatility in commodity markets is not neutral

Relativizando o Dilema Estabilidade versus Instabilidade: Keynes, o Mainstream e o Conceito de Bifurcação em Economia

From a methodological perspective, the paper aims to introduce a relativization of the dilemma stability versus unstability in the economic science. Although it was announced by Vercelli (1991), it is not well developed in Economics. While the mainstream regards the economic system as having an exclusively stable nature, Keynes’ General Theory, if not well understood, may take us to a interpretation exclusively unstable of the system. Hence, it’s necessary a complex comprehension of the economic system, that, through concepts as such bifurcation, makes it possible a theory of the historic alteration of phases in Economic Science.Estabilidade, Instabilidade, Mudan¸cas Estruturais, Bifurcação

Interview with the architectural historian Tim Benton

Interview with the architectural historian Tim Bento

Epigenetic biomarkers as predictors of clinical outcomes in colorectal cancer

Colorectal Cancer is the third most common cancer and the second leading cause of death by cancer worldwide with about 1.3 million new cancer cases and 693,933 deaths reported in 2012. Here, we intend to determine an epigenetic roadmap of Colorectal Cancer to predict tumor progression and patient outcome. We analyzed whole-genome DNA methylation (Illumina Infinium HumanMethylation 450K array) and gene expression (Illumina HiSeq) in multiple stages of CRC (21 normal, 54 stage I, 131 stage II, 111 stage III, and 51 stage IV). The data is available in TCGA database, and was downloaded, processed and analyzed through R programming. Results show that, in stages I, II, III, and IV, 307, 400, 305 and 233 genes are differentially expressed (fold-change absolute value > 1.5, p-value adjusted 0.2, p-value adjusted<0.05), respectively. In addition, all these CpG sites are correlated with the respective gene. When the KEGG and Gene Ontology analysis was performed, we found that the enriched functions are related to nervous system, one of the processes deregulated in cancer progression. Moreover, we also identified 66, 85, 41, and 40 specific genes for stages I, II, III, and IV, respectively. Regarding the diagnosis, were found 238 genes and 835 CpG sites as good diagnosis tool for stage I (AUC>0.8). Furthermore, 6, 1, and 5 genes and 87, 7, and 3 CpG sites were classified as good biomarkers for overall survival for stages I-IV, respectively. In addition, 3, 3, and 2 genes and 30, 12, 9 CpG sites were identified as good biomarkers for recurrence free survival for stages I-IV, respectively. These results suggest that different methylation events are associated to specific stages of CRC which can predict patient outcome and might improve colorectal cancer diagnosis and prognosis.O cancro colorretal é um evento biológico que compreende múltiplos passos, decorrendo de diversas alterações genéticas e epigenéticas. Apesar das melhorias no rastreio, diagnóstico e prognóstico de cancro, incluindo de cancro colorretal, este continua a ser o terceiro tipo de cancro mais comum em homens e segundo em mulheres, com mais de 1,3 milhões de novos casos diagnosticados, e 693.933 mortes reportados em todo o mundo no ano de 2012. Em parte, a incidência e mortalidade continuam elevadas devido à baixa sensibilidade e especificidade na deteção de cancro colorretal nos estádios iniciais da doença. Atualmente, entre os diversos meios de diagnóstico, a técnica mais eficiente é a colonoscopia, contudo apresenta baixa especificidade e sensibilidade. Estudos mais recentes têm apontado outros biomarcadores como forma de diagnóstico e prognóstico para o cancro colorretal, incluindo a septina 9. Este último é um biomarcador epigenético atualmente comercializado. Este projeto teve como objetivos realizar uma análise global do genoma em termos de metilação do ADN e expressão genética através de um código em R, identificar mutações epigenéticas que ocorram ao longo da progressão do cancro colorretal, e, por último, relacionar estas alterações com o efeito causado nos doentes. Métodos: Neste projeto, foi efetuada uma análise global do genoma de um cohort de cancro colorretal, em termos de metilação do ADN (Illumina Infinium HumanMethylation 450K array) e expressão genética (Illumina HiSeq). Neste projeto, foram analisadas 21 amostras de tecido normal adjacente ao tumor e 347 amostras tumorais divididas de acordo com a classificação TNM (54 estadio I, 131 estadio II, 111 estadio III e 51 estadio IV). Estes dados estão publicamente disponíveis, sendo que foram descarregados da base de dados do The Cancer Genome Atlas (TCGA) e analisados através de programação em R. Resultados: Os resultados sugerem que nos estádios I, II, III e IV, estão diferencialmente expressos 307, 400, 305 e 233 genes (valor absoluto de fold-change > 1,5 e p-value ajustado (FDR) 0,2 e p-value ajustado (FDR) < 0.05), respetivamente. Em adição, cada um destes locais de metilação encontra-se correlacionado com os respetivos genes encontrados diferencialmente expressos no mesmo estadio (p-value < 0.05). De seguida, efetuou-se uma análise nas bases de dados KEGG e Gene Ontology (GO). A utilização destas ferramentas revelou que as funções mais enriquecidas estão relacionadas com o sistema nervoso. Estudos anteriores já tinham descrito alterações em genes envolvidos no desenvolvimento e regulação do sistema nervoso como desreguladas em diversos tipos de cancro. Em adição, foi ainda realizada uma análise com o objetivo de encontrar quais dos genes encontrados diferencialmente expressos e que continham locais de metilação diferencialmente metilados ainda não tinham sido reportados em associação com cancro colorretal e cancro em geral. Esta análise sugere que 87 genes nunca foram associados nem com cancro colorretal nem com cancro no geral. Em oposição, 511 já forma reportados em algum tipo de cancro. Destes últimos, 278 já foram também reportados em cancro colorretal enquanto 233 nunca foram descritos neste tipo de cancro. Como forma de validação, realizou-se, ainda, uma técnica multivariada de representação gráfica, a qual demonstrou que tanto os genes como os locais de metilação selecionados conseguem distinguir amostras tumorais de amostras normais. Esta técnica permitiu-nos ainda diferenciar amostras tumorais em dois grupos principais distintos. Ainda neste estudo, foram identificados 66, 85, 41 e 40 genes que estão somente diferencialmente expressos nos estádios I, II, III e IV. Curiosamente, apenas 85 genes são comuns aos 4 estadios de desenvolvimento de cancro colorretal O potencial dos genes e locais de metilação, encontrados como diferencialmente expressos e metilados, respetivamente, para distinguir tecido tumoral do tecido normal também foi avaliado através da análise de curvas de receiver operating characteristic (ROC). Como resultado, obteve-se que 238 genes e 835 locais de metilação são bons marcadores de tecido tumoral em estadio I, quando comparado com tecido normal adjacente (AUC > 0,8, sendo que apenas foram selecionados os pontos ótimos com especificidade e sensibilidade > 60%). ASTN1, por exemplo, foi um dos genes classificados como um excelente marcador de diagnóstico (AUC =0,989). Este gene contém ainda o local de metilação cg08104310, o qual foi considerado um excelente marcador de diagnóstico (AUC=1,000). De seguida, a capacidade de prever o outcome do paciente em termos de sobrevida em geral e sobrevida livre de progressão, através dos valores de metilação e expressão dos genes e locais de metilação específicos para cada um dos estádios, foi avaliada. Em relação à sobrevivência em geral, para os estádios II, III e IV, foram identificados 6, 1 e 5 genes e 87, 7 e 3 locais de metilação, respetivamente, como possíveis biomarcadores de prognóstico (p-value < 0.05). Especificamente, genes como o ZNF536 (p-value=0,018; HR=3,133), SOX1 (p-value=0,041; HR=0.459) e BFSP2 (p-value=0,027; HR=2.828), por exemplo, foram identificados como bons preditores de sobrevivência em geral dos estádios II, III e IV, respetivamente. Relativamente aos locais de metilação, as cg02430935 localizada no gene HMX (p-value=0,013; HR=3,139), cg26489108 localizada no gene DMRT3 (p-value=0,027; HR=0,407) e a cg01847754 localizada no gene CXorf1 (p-value=0,019; HR=3,155), por exemplo, foram identificadas como bons marcadores para a sobrevivência em geral dos estádios II, III e IV, respetivamente. Quanto à sobrevivência livre de recorrência, para os estádios II, III e IV, foram identificados 3, 3 e 2 genes e 30, 12 e 9 locais de metilação, respetivamente, capazes de prever se o doente para recorrer ou não. Mais concretamente, genes como o CNTD2 (p-value=0,00033; HR=0,196), SOX1 (p-value=0.01; HR=0,359) e HTR2C (p-value=0,0064; HR=0,285) foram identificados como bons preditores de prognóstico para a sobrevivência livre de progressão nos estádios II, III e IV, respetivamente. Relativamente aos locais de metilação, as cg06162589 localizada no gene SLC5A8 (p-value=0.0066; HR=0,2924), cg03700449 localizada no gene ASCL1 (p-value=0.0055; HR=0,3114) e cg14772660 localizada no gene SLC5A7 (p-value=0.0047; HR=4,3174) são exemplos de bons preditores de sobrevivência livre de progressão para os estádios II, III e IV, respetivamente. Conclusão: Este estudo sugere que as alterações epigenéticas são dinâmicas ao longo da progressão de cancro colorretal, demonstrando que há alterações que são características de estádios específicos, enquanto outras se mantêm alteradas desde o primeiro estadio. Notavelmente, algumas das alterações conseguem distinguir doentes com um prognóstico mais severo de doentes com um prognóstico mais indolente. Assim sendo, este estudo mostrou que existem possíveis biomarcadores para cancro colorretal que devem ser melhor estudados no futuro. Este estudo pode ainda demarcar o início da melhoria das técnicas de diagnóstico e prognóstico

Between doorkeeper apartments and housemaid rooms: ways of living in a changing Lisbon

If the city is a repository of different ways of dwelling that reflect social heterogeneity in terms of class, economic power and social status, the house, as the primary space of intimate and family life, is still the most faithful reflection of these same ways of living and their changes over time. This article proposes to approach processes of social and architectural transformation that marked the domestic space and the culture of living in Lisbon in the mid-20th century. One of the objectives is to illustrate not only how the houses –their architecture, their living– reflect the social, cultural and symbolic values of an era, but also how certain historic characters often underestimated –such as housemaids and doorkeepers– can assume greater prominence in the understanding of the home culture and ways of inhabiting.info:eu-repo/semantics/acceptedVersio

Interview with architect Telmo Cruz

Entrevista ao arquiteto Telmo Cruz.It is with great pleasure that we have as our guest architect and professor Telmo Cruz. Welcome! We wanted to start by asking you to tell us your academic path, about the teachers and what exercises left a mark on you

Search for bioactive compounds from medicinal plants used as antimalarials : the study of Momordica balsamina L.

Tese de doutoramento, Farmácia (Química Farmacêutica e Terapêutica), Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2010The main goal of this dissertation was to search for new antimalarial compounds from plants used in traditional medicine. For the purpose, the claimed antimalarial properties of fifty eight extracts from fifteen plants, used in traditional medicine against malaria and/or fever, mainly in Mozambique, were evaluated against the 3D7 Plasmodium falciparum strain. The highest activity was shown by Momordica balsamina L. (Cucurbitaceae), which was selected for further studies. Bioassay-guided fractionation of the methanol extract of M. balsamina led to the isolation of fourteen new cucurbitane-type triterpenoids, along with five known cucurbitacins and one megastigmane-type nor-isoprenoid. In order to obtain a higher homologous series of compounds required for structure-activity relationships, karavilagenin C and balsaminol F were esterified using several acylating agents, yielding twenty new derivatives, named karavoates A - R, triacetylbalsaminol F and tribenzoylbalsaminol F, respectively. The chemical structures of compounds were deduced from their physical and spectroscopic data (IR, UV, MS, HRMS, 1H and 13C NMR and 2D NMR experiments - COSY, HMQC, HMBC and NOESY experiments). Some of the new compounds feature unusual oxidation patterns, reported for the first time in cucurbitane triterpenoids from plant sources, such as at C-29 (balsaminagenins A, B, balsaminols A - D, and balsaminapentaol) and C-12 (cucurbalsaminols A, B, and C). Moreover, balsaminapentaol has a 23,24-diol system coupled with an exocyclic double bond in the side chain, never found before in cucurbitane-type triterpenoids. Compounds were evaluated for their antimalarial activity against the chloroquine-sensitive (3D7) and chloroquine-resistant (Dd2) P. falciparum strains. Most of them displayed antimalarial activity. Among the natural compounds, the glycoside derivatives and karavilagenin E revealed the highest activity against both strains of P. falciparum tested, displaying IC50 < 9 μM. A strong increase in the activity was found for the majority of alkanoyl ester derivatives of karavilagenin C and balsaminol F. Triacetylbalsaminol F, and karavoates B, D, and E displayed IC50 values similar to those obtained with chloroquine, particularly against the resistant strain (IC50 ≤ 0.6 μM). However, a significant decrease of activity was observed when both positions, C-3 and C-23 of the parent compounds, were esterified with aroyl or cinnamoyl chlorides, highlighting the influence of molecular esteric effects on the antimalarial activity. Moreover, the substitution pattern of ring B seems also to play an important role in the antiplasmodial activity of compounds. The preliminary toxicity toward human cells of compounds was also investigated on breast cancer cell line, and the selectivity index was calculated. Compounds were also evaluated for their ability as MDR reversers in both cancer cells and resistant bacteria strains. In cancer cells, the anti-MDR activity was carried out in human MDR1 gene-transfected mouse lymphoma cells, by flow cytometry. Most of the compounds exhibited a strong activity when compared with the one of the positive control, verapamil, in a non-toxic concentration. Karavilagenin C showed the strongest activity, at a low concentration. Structureactivity relationships will be discussed. The presence of free hydroxyl groups at C-3 and C-23 seems to be crucial for the reversing activity. Moreover, in the checkerboard model of combination chemotherapy, the interaction between doxorubicin and most of the compounds synergistically enhanced the effect of the anticancer drug. Some of the results obtained by flow cytometry were corroborated by using a real-time fluorometric method that employs ethidium bromide. Some of the compounds were also able to inhibit, significantly, the efflux of ethidium bromide by methicillinresistant Staphylococcus aureus highly resistant to oxacillin (MRSA COLoxa), and Enterococcus faecalis ATCC29212 strains. A good correlation between MRSA COLoxa reversal activity and the topological polar surface area of compounds was found. Momordica balsamina; Cucurbitane-type triterpenoids; Antimalarial activity; Plasmodium falciparum; Multidrug resistance; P-glycoprotein; MDR modulators.Esta dissertação teve como principal objectivo o isolamento de compostos com actividade antimalárica a partir de plantas usadas na medicina tradicional. Nesse sentido, foram avaliadas as propriedades antimaláricas de cinquenta e oito extractos provenientes de quinze plantas, usadas na sua maioria em Moçambique para o tratamento da malaria e/ou febres associadas, usando a estirpe sensível 3D7 de Plasmodium falciparum. A espécie Africana Momordica balsamina L. (Cucurbitaceae) demonstrou a melhor actividade, sendo escolhida para estudos posteriores. Do fraccionamento bio-guiado do extracto metanólico da espécie M. balsamina resultaram catorze novos compostos com o esqueleto do cucurbitano, juntamente com cinco compostos conhecidos com o mesmo esqueleto e um nor-isoprenóide com o esqueleto do megastigmano. De modo a obter um número de compostos que possibilitasse a realização de estudos de relação estrutura-actividade, os compostos karavilagenina C e balsaminol F, isolados em maiores quantidades da planta, foram esterificados. Do balsaminol F, por acilação em C-3/C-7/C-23 com anidrido acético ou cloreto de benzoílo, obtiveram-se os derivados triacilados, designados por triacetilbalsaminol F e tribenzoilbalsaminol F, respectivamente. Do mesmo modo, a karavilagenina C foi esterificada com vários anidridos/cloretos de ácido, originando dezoito novos compostos (monoésteres em C-23 e diésteres em C-3/C-23) designados de karavoatos A - R. Os compostos foram isolados utilizando técnicas cromatográficas (cromatografia em coluna, cromatografia preparativa em camada fina e cromatografia líquida de alta resolução). A caracterização estrutural foi estabelecida com base nas suas características físicas e dados espectroscópicos (IV, UV, MS, HRMS e RMN unidimensional- 1H, 13C, DEPT e bidimensional- COSY, HMQC, HMBC e NOESY). Alguns dos compostos apresentaram particularidades estruturais identificadas pela primeira vez em compostos com o esqueleto do cucurbitano, isolados a partir de plantas, nomeadamente no padrão de oxidação em C-29 (balsaminageninas A, B; balsaminois A - D e balsaminapentaol) e em C-12 (cucurbalsaminois A - C). O composto balsaminapentaol apresentou igualmente, na cadeia lateral, um sistema 23,24-diol vicinal a uma dupla ligação exocíclica, identificado pela primeira vez em compostos com o esqueleto do cucurbitano. A actividade antimalárica dos compostos obtidos foi avaliada, in vitro, em dois clones de P. falciparum, um sensível 3D7 e um resistente Dd2. A maioria dos compostos demonstrou actividade antimalárica. Dos compostos isolados, as melhores actividades foram observadas para os derivados glicosilados e karavilagenina E (IC50 < 9 μM). No que diz respeito aos ésteres, verificou-se um aumento pronunciado da actividade antimalárica para a maioria dos ésteres alifáticos da karavilagenina C e triacetilbalsaminol F. Com efeito, os derivados triacetilbalsaminol F e karavoatos B, D e E demonstraram uma actividade antimalárica (IC50 ≤ 0.6 μM) comparável à obtida com a cloroquina, principalmente na estirpe resistente de P. falciparum. Contudo, verificou-se que, quando ambas as posições C-3 e C-23 da karavilagenina C são substituídas por grupos aroílo ou cinamoílo, é observada uma diminuição significativa da actividade antimalárica. O mesmo sucedeu no caso do derivado tribenzoílado do balsaminol F. Estes resultados evidenciam a importância de efeitos estéreos na actividade antimalárica deste grupo de compostos. É também de salientar que o padrão de substituição no anel B parece influenciar a actividade. Foi realizado um ensaio preliminar de citotoxicidade em células humanas tumorais de mama (MCF-7). Os valores de IC50 obtidos neste ensaio permitiram o cálculo do índice de selectividade (razão entre a citotoxicidade e a actividade antimalárica) para todos os compostos. Os compostos foram também avaliados no que diz respeito à sua capacidade como reversores de multirresistência em células cancerígenas. Alguns compostos foram também testados em estirpes bacterianas resistentes. Deste modo, estudou-se a actividade anti-MDR em células de linfoma de rato transfectadas com o gene humano MDR1. Neste ensaio avaliou-se, por citometria de fluxo, a acumulação intracelular de rodamina-123, um substrato fluorescente análogo da doxorrubicina. A maioria dos compostos, numa concentração não citotóxica, demonstrou uma potente capacidade inibitória da actividade da glicoproteína-P quando comparada com a do verapamil, usado como controlo positivo. Dos compostos avaliados, a karavilagenina C demonstrou ser o mais activo, quando testado em concentrações baixas. O estudo realizado permitiu retirar algumas conclusões sobre a relação estrutura-actividade dos compostos. É de salientar a importância da presença de grupos hidroxilo livres nas posições C-3 e C-23 para a actividade. A lipofilia e a presença de grupos funcionais com capacidade para estabelecer ligações de hidrogénio foram também evidenciadas como características fundamentais para a actividade reversora da glicoproteína-P. Foram também avaliados os efeitos antiproliferativos in vitro de alguns destes triterpenos em combinação com a doxorrubicina. Todos os compostos, à excepção da balsaminagenina C que mostrou um efeito aditivo, demonstraram um efeito sinérgico sobre a actividade da doxorrubicina. Alguns dos resultados de actividade anti-MDR obtidos no ensaio com a rodamina-123 foram confirmados, utilizando um método fluorimétrico em tempo real que analisa a acumulação de brometo de etídio, um substrato fluorescente. A avaliação de alguns compostos como modeladores de resistência de estirpes bacterianas Gram-positivas e Gram-negativas foi igualmente realizada. Dos compostos testados, o balsaminol E, o balsaminosido A e a karavilagenina C inibiram significativamente o efluxo de brometo de etídio na estirpe de Staphylococcus aureus resistente à meticilina e adaptada à oxaciclina (MRSA COLoxa) e na de Enterococcus faecalis ATCC29212. É de salientar a correlação obtida entre a actividade reversora da estirpe MRSA COLoxa e a área de superfície polar dos compostos testados. Momordica balsamina; Triterpenos; Cucurbitano; Actividade antimalárica; Plasmodium falciparum, Multirresistência, Glicoproteína-P; Modeladores de multirresistência.This thesis was conducted at the Medicinal Chemistry Group of the Research Institute for Medicines and Pharmaceutical Sciences (iMed.UL), Faculdade de Farmácia, Universidade de Lisboa. The financial support was provided by Fundação para a Ciência e a Tecnologia (SFH/BD/22321/2005)