Representing Amino Acid Contacts In Protein Interfaces

Proteins are composed of twenty different types of amino acids, small organic molecules with different chemical and physical properties resulting from different groups of atoms. Protein interactions are mediated by the affinity between groups of atoms belonging to amino acid residues at the surface of each protein, in the interface region. However, it is not clear at what level these contacts are best evaluated, whether by grouping similar amino acids together, considering parts of each amino acid or even individual atoms. The number of databanks and extracted features continue to increase, this means very rich data, but that also brings the problem of the sheer amount of different features and what do they really represent in the big picture of protein interactions.Since the data itself is collected by scientific communities all around the globe, there is a vast amount of information but with that there is also a great diversity of the measured or calculated attributes. This creates a need to learn at which level these contacts occur and what is the best way to combine the information in the literature to learn a valuable representation. With the rise of machine learning algorithms making possible to work with data in various ways that were not previously possible due to practical limitations, various areas are using these algorithms to capture information about the data that was inaccessible before, bioinformatics being one of them. The goal of this work is to use unsupervised deep learning techniques that transform the data in a way that is intended to be informative and non-redundant, facilitating the subsequent learning for other algorithms of classification or regression that will perform better on processed data like this. The transformation involves finding encodings for the collected features that best capture which are the ones that are actually relevant to construct these encodings. These encondings can be latent in relation to the already known information in the area, meaning that they most likely will not be human friendly, in the sense that they will lack interpretability for humans, but can increase the performance of machine learning algorithms

Terapia con Láser de baja intensidad para reducir el dolor en la artritis reumatoide y la osteoartritis : una revisión sistemática

Introdução: Os tratamentos para artrite reumatoide (AR) e osteoartrite (OA) devem diminuir dor, modular inflamação e diminuir deformidades. O LLLT é um biomodulador e pode auxiliar no quadro clínico destas. Objetivo: Analisar os parâmetros mais comumente utilizados para a diminuição das respostas de dor em pacientes com AR e OA em ensaios clínicos controlados e não controlados. Método: Trata-se de uma revisão sistemática com busca de artigos em inglês, português e espanhol na: PUBMED, SCOPUS, LILACS e Web of SCIENCE, entre 2006 a 2018. Foram utilizados os descritores MESH. Critérios de inclusão: avaliação da eficácia do LLLT nestas populações, verificação da dor antes e depois do tratamento, ensaios clínicos controlados e não controlados, publicados integralmente. Foi realizado o cálculo da dosimetria do laser e análise de média, mediana e moda da energia por ponto e energia por tratamento. Resultados: Incluídos neste estudo 3 artigos de AR e 16 de OA. Em relação à dosimetria, apenas um AR apresentou redução da dor, sendo este com a maior dose de energia. Já na OA, a maioria dos artigos apresentou diminuição da dor, e com variabilidade na dosagem aplicada. Alguns tiveram poucos parâmetros apresentados, tornando impossível calcular a dosimetria. Conclusão: há evidências científicas para reduzir a dor relatada em pacientes com OA de joelho, principalmente com doses de 6 J por ponto e 48 J aplicadas no tratamento diário. Para as outras articulações afetadas com OA e AR, seria importante a publicação de mais artigos científicos com melhor qualidade metodológica e descrição da dosimetria.Introduction: Treatments for rheumatoid arthritis (RA) and osteoarthritis (OA) can reduce, modulate inflammation, and reduce deformities. Low-Level Laser Therapy is a biomodulator and may aid in the clinical picture of these conditions. Objective: To analyze the parameters most frequently used to determine the responses of patients with RA and OA in controlled and uncontrolled clinical trials. Method: This is a systematic review with search of articles in English, Portuguese and Spanish in PUBMED, SCOPUS, LILACS and Web of SCIENCE, of articles published between 2006 and 2018. MeSH terms were used. Inclusion criteria: evaluation of LLLT in the evaluations, evaluation and evaluation of the period, controlled and uncontrolled clinical trials, full publications. The base date of the energy dosimetry and the analysis of mean, median and mode of energy per point and energy per treatment. Results: Three articles on RA and 16 on OA were included in this study. Regarding dosimetry, it was one of the most recent of the pain, being this one with a greater energy dose. In OA, most of the articles presented are of importance, with variability in the dosage applied. Conclusion: There are several reports for patient studies purposes, mainly with doses of 6 J per point and 48 J. In the joints affected with OA and AR, it would be important to publish more scientific articles with better methodological quality and description of dosimetry.Introducción: Los tratamientos para la artritis reumatoide (AR) y la osteoartritis (OA) pueden reducirse, modular, encender y disminuir las deformidades. El LLLT es un biomodulador y puede auxiliar en el cuadro clínico de éstas. Objetivo: Analizar los parámetros más frecuentemente utilizados para determinar las respuestas de pacientes con AR y OA en ensayos clínicos controlados y no controlados. Método: Se trata de una revisión sistemática y la búsqueda de artículos en Inglés, portugués y español en: PubMed, SCOPUS, se utilizaron LILACS y Web of Science, entre 2006 y 2018. Los descriptores de malla. Criterios de inclusión: evaluación de la LLLT en las evaluaciones, evaluación y evaluación del período, ensayos clínicos controlados y no controlados, íntegramente. La fecha base de la dosimetría de energía y el análisis de media, media y moda de la energía por punto y energía por tratamiento. Resultados: Incluido en este estudio 3 artículos de AR y 16 de OA. En cuanto a la dosimetría, fue uno de los más recientes del dolor, siendo éste con una dosis mayor de energía. En la OA, la mayoría de los artículos presentados son de importancia, con la variabilidad en la dosificación aplicada. Se han tenido pocos pocos parámetros parámetros parámetros presentados presentados. Conclusión: hay una serie de informes para fines de estudios con pacientes, principalmente con dosis de 6 J por punto y 48 J. Las articulaciones afectadas con OA y AR, sería importante la publicación de más artículos científicos con mejor calidad metodológica y descripción de dosimetría

Plants population and harvesting times influence in saccharine sorghum BRS 506 production

Saccharine sorghum is an excellent option for ethanol production under industrial and agronomic perspectives, due to high green matter production and succulent stalks with fermentable sugars. The aim of this work was to evaluate the harvesting season and plants population effect over the ethanol and fodder production from sweet sorghum culture BRS 506. The experiment was installed in November 2012, at (CDTCA/UFLA), located in Lavras (MG). The experimental design was in randomized blocks, with 3 repetitions, factorial scheme 4 x 4 (4 populations: 70, 100, 130 and 160 thousand plants ha-1 ; 4 harvesting seasons: flowering (0 days after flowering (DAF), 10 DAF, 20 DAF and physiological maturity at 40 DAF). The variables evaluated at harvesting: green matter weight (GM), dry matter weight (DM), juice volume (JV), total soluble solids (ºbrix), total reducing sugars (TRS) and brix tonnes per hectare (TBH). The populations increase provided the highest JV and it has not affected other variables. The characteristics were influenced by the harvesting seasons. The harvesting season at 40 DAF provided the highest ºbrix. The ºbrix and the TRS showed linear growth with an increase after flowering for plants harvesting. The highest productivities (GM, DM, JV and TBH) were obtained close to 17, 22, 17 and 14 DAF, respectively, favoring higher fodder and ethanol production in these stages

Acidificante urinário em dieta com elevado excesso de bases para gatos adultos

Maintaining the pH of urine in the ideal range (6.2 - 6.4) is of great importance for health promotion in the lower urinary tract of cats. In the economic and standard feed sector this is a major concern, given that the animal urine tends to be alkaline after food consumption of those commercial segments, which predispose to the formation of struvite urolith. Therefore, this study aimed to study the effects of increasing levels of urinary acidifiers (0.0%, 0.3%, 0.6% and 0.9%, on a dry matter base) in feed with high excess base over the acid-basic balance in the organism, apparent digestibility coefficients of nutrients, urinary pH, hydro-electrolyte balance in cats, as well as the adequacy of equations proposed in the literature to estimate the urinary pH. Twenty-four adult cats, males and females were distributed in a completely randomized design, consisting of six animals per treatment. The dry matter content of urine presented a quadratic behavior (p<0,05; y = 9.5863 + 3.2299x + 0.7871x2 R2 = 99,91%), HCO3-, total CO2 and excess blood base during the period in which the animals were fed were high when including 0.9% acidifier compared to 0.6% (p<0.05). In contrast, the use of the additive did not change the urinary pH, blood electrolyte concentration, nutrient digestibility, fecal score, food and water intake (p>0.05). The equations proposed in the literature, which use excess of base in feed to estimate urinary pH, overestimated the pH values found in this study.A manutenção do pH da urina na faixa ideal (6,2 - 6,4) é de grande importância para a promoção da saúde do trato urinário inferior de felinos. Em alimentos do segmento econômico e standard essa é uma grande preocupação, já que a urina dos animais tende a ser alcalina, após o consumo de alimentos desses segmentos comerciais, predispondo à formação de urólito de estruvita. Nesse sentido, neste trabalho, objetivou-se estudar os efeitos de níveis crescentes de acidificante urinário (0,0%; 0,3%; 0,6%; e 0,9%, em base de matéria seca) em alimento com elevado excesso de bases sobre o balanço ácido-básico do organismo, coeficientes de digestibilidade aparente dos nutrientes, pH urinário, equilíbrio hidro-eletrolítico de gatos, bem como a adequação de equações propostas na literatura para estimar o pH urinário. Foram utilizados vinte e quatro gatos adultos, machos e fêmeas, distribuídos em delineamento inteiramente casualizado, constituído de seis animais por tratamento. A matéria seca da urina apresentou comportamento quadrático (p<0,05; y = 9.5863 + 3.2299x + 0.7871x2 R2 = 99,91%), o HCO3 -, CO2 total e excesso de bases sanguíneos, no período em que os animais estavam alimentados, apresentaram-se elevados, na inclusão de 0,9% de acidificante em comparação a 0,6% (p<0,05). Em contrapartida, a utilização do aditivo não alterou o pH urinário, a concentração de eletrólitos sanguíneos, digestibilidade dos nutrientes, escore fecal, consumo de alimento e de água (p>0,05). As equações propostas na literatura, que utilizam o excesso de bases do alimento para estimar o pH urinário, superestimaram os valores de pH encontrados no presente estudo

Avaliação da funcionalidade de idosos com osteoartrite utilizando o Lower Extremity Functional Scale (LEFS)

Introdução: A osteoartrite é uma doença crônico-degenerativa muito prevalente em idosos, a qual desencadeia limitações funcionais e pior qualidade de vida. Embora existam questionários para avaliação da funcionalidade destes pacientes, a busca por instrumentos específi cos para avaliação de membros inferiores apresenta relevância na prática fi sioterapêutica. Objetivos: Avaliar a correlação do Lower Extremity Functional Scale (LEFS) com a funcionalidade e componentes físicos e mentais da qualidade de vida em idosos com osteoartrite. Método: Estudo transversal, no qual a funcionalidade foi avaliada pelos questionários WOMAC, Lequesne e LEFS e a qualidade de vida foi avaliada pelo questionário SF-36. Resultados: Participaram do estudo 105 idosos (Idade: 68,80± 6,3 anos) com osteoartrite de joelho ou quadril, sendo 31homens e 74 mulheres. Não foi observada associação entre a idade (p>0,05) e o comprometimento funcional avaliado tanto pelo índice WOMAC quanto Lequesne (p>0,05) na população estudada. Foi observada correlação negativa entre o indice WOMAC e o LEFS (rS=-0,81) e o Lequesne e o LEFS (rS=-0,86). Além disso, foi verifi cada associação entre os escores do LEFS e a capacidade funcional (rS=0,80), limitação por aspectos físicos (rS=0,44), dor (rS=0,55) e estado geral de saúde (rS=0,44). Ainda, foi verifi cada correlação entre o escore do LEFS e a vitalidade (rS=0,60), aspectos sociais (rS=0,38), limitação por aspectos emocionais (rS=0,38) e saúde mental (rS=0,41). Conclusão: Concluise que o LEFS apresenta boa correlação com os índices WOMAC e Lequesne e com os componentes físicos e mentais da qualidade de vida, podendo constituir um instrumento clínico para avaliação do impacto funcional da osteoartrite em idosos. Introduction: Osteoarthritis is a chronic degenerative disease very prevalent in the elderly, which triggers functional limitations and poorer quality of life. Although there are already established instruments to evaluate the functional status of these patients, the search for specific instruments for assessment of lower limbs has relevance in physical therapy practice. Objective: This study aimed to evaluate the correlation between LEFS with functional status and physical and mental components of quality of life of older adults with osteoarthritis. Methods: At this cross-sectional study, the functional status was assessed by WOMAC, Lequesne and LEFS indexes and the quality of life was assessed by SF-36. Results: This study included 105 elderly (age: 68.80 ± 6.3 years) with osteoarthritis of the knee or hip, being 31 men and 74 women. It was not observed a correlation between age and functional status (p>0.05) analyzed by WOMAC and Lequesne indexes. However, negative correlations between WOMAC and LEFS(rS=- 0.81) as well as Lequesne and LEFS(rS= -0.86) were observed according to Spearman’s correlation. Moreover, there was a correlation between the LEFS’ score and functional capacity (rS = 0.80), limitation by physical aspects (rS= 0.44), pain (rS= 0.55) and general health (rS = 0.44). Moreover, it was also observed a positive correlation between the LEFS’ score and vitality (rS=0.60), social status (rS= 0.38), limitation for emotional aspects (rS=0.38) and mental health (rS= 0.41). Conclusion: LEFS correlates well with the WOMAC and Lequesne indexes as well as the physical and mental components of quality of life and it may be an alternative clinical tool for assessing the functional impact of osteoarthritis in the elderly

Relation of plantar pressure and range of movement of the lower limbs with the risk of falls in older women

Se buscó evaluar la influencia de las variables de la presión plantar y la amplitud de los movimientos (ADM) de la cadera, rodilla y del tobillo en el riesgo de caídas en adultos mayores. Han participado del estudio 39 adultos mayores, de los que se evaluaron su presión máxima y media a través de la baropodometría. Además, se empleó la prueba Timed Up and Go (TUG) y la evaluación de la ADM de flexión de cadera y rodilla, y flexión plantar y dorsal del tobillo a través de un goniómetro. Las variables baropodométricas (presión máxima y media) presentaron influencias en los valores del TUG según el valor de la prueba de hipótesis (p=0,051), lo que demostró una moderada correlación (r=0,487), destacándose la presión máxima, que presentó una significativa correlación con el TUG (pThe aim of this study was to verify the influence of plantar pressure and range of motion of hip, knee and ankle variables with the risk of falls in older women. Thirty-nine older women participated, for which Maximum and Medium Pressure were evaluated using the baropodometry platform. Then, we performed the Timed Up and Go (TUG) test and subsequently the range of motion (ROM) evaluation of hip and knee flexion and dorsal and plantar ankle flexion through the use of a goniometer. Baropodometric variables (Maximum Pressure and Medium Pressure) showed a tendency to influence the values of the TUG according to the value of the hypothesis test (P = 0.051), demonstrating a moderate correlation (R = 0.487), with emphasis on the Maximum Pressure showing significant correlation with the TUG (PObjetivou-se verificar a influência das variáveis de pressão plantar e amplitude de movimento (ADM) de quadril, joelho e tornozelo sobre o risco de quedas em idosas. Participaram 39 idosas, avaliando-se a Pressão Máxima e Média sobre a plataforma de baropodometria. Em seguida, realizou-se o teste Timed Up and Go (TUG) e posteriormente a avaliação da ADM de flexão de quadril e joelho e flexão plantar e dorsal de tornozelo por meio de um goniômetro. As variáveis baropodométricas (Pressão Máxima e Pressão Média) tenderam a influenciar os valores do TUG conforme valor do teste de hipótese (p=0,051), demonstrando correlação moderada (r=0,487), com destaque para a Pressão Máxima, que apresentou correlação significativa com o TUG (

EVAPOTRANSPIRAÇÃO AUTOMATIZADA: uma revisão sistemática e meta-análise

Given the scarcity of water resources that has been worsening over time and the high consumption of these resources by agribusiness, there is a need for studies that can manage such action in a sustainable way, providing food security for the present and future world population. Background: with the topic: What is the systemic view of automated models and techniques for determining or estimating transpiration, evaporation or evapotranspiration for plantations? Objectives: to identify in recent literature what researchers and scientists have disclosed about automation methods for supervision, with a focus on estimating evapotranspiration. identify methods, models and techniques for inferring evapotranspiration. Methods: A methodology based on exploratory theoretical testing with qualitative and quantitative characteristics through Systematic Review and Meta-Analysis of data. Results: Using specific software and methods, simulation studies with experimental data make it possible to calibrate efficient models to estimate evapotranspiration, but low-cost methods still have little adherence.Dada la escasez de recursos hídricos que se ha ido agravando con el tiempo y el alto consumo de estos recursos por parte de la agroindustria, se necesitan estudios que puedan gestionar dicha acción de manera sostenible, brindando seguridad alimentaria a la población mundial presente y futura. Antecedentes: con el tema: ¿Cuál es la visión sistémica de los modelos y técnicas automatizadas para determinar o estimar la transpiración, evaporación o evapotranspiración para plantaciones? Objetivos: Identificar en la literatura reciente lo que investigadores y científicos han publicado sobre métodos de automatización para riego, con enfoque en la estimación de la evapotranspiración. Identificar métodos, modelos y técnicas para inferir la evapotranspiración. Métodos: La metodología se basó en un ensayo teórico exploratorio con características cualitativas y cuantitativas mediante Revisión Sistemática y Metaanálisis de datos. Resultados: Utilizando software y métodos específicos, los estudios de simulación con datos experimentales permiten calibrar modelos eficientes para estimar la evapotranspiración, pero los métodos de bajo costo aún tienen poca adherencia.Tendo em vista a escassez de recursos hídricos que vem se agravando ao longo do tempo e o alto consumo desses recursos pelo agronegócio, há a necessidade de estudos que possam gerir tal ação de forma sustentável, proporcionando segurança alimentar para a população mundial presente e futura. Background: com o tema: Qual a visão sistêmica dos modelos e técnicas automatizadas para determinação ou estimativa de transpiração, evaporação ou evapotranspiração para plantações? Objetivos: Identificar na literatura recente o que pesquisadores e cientistas têm divulgado sobre métodos de automação para irrigação, com foco na estimativa da evapotranspiração. Identificar métodos, modelos e técnicas de inferência da evapotranspiração. Métodos: A metodologia baseou-se no ensaio teórico exploratório com características qualitativas e quantitativas por meio de Revisão Sistemática e Metanálise dos dados. Resultados: Com o uso de softwares e métodos específicos, estudos de simulação com dados experimentais permitem calibrar modelos eficientes para estimar a evapotranspiração, mas métodos de baixo custo ainda têm pouca aderência

EXPERIÊNCIAS PEDAGÓGICAS, FORMATIVAS E DIALÓGICAS DO PIP FILO

O presente texto é um relato da experiência do Projeto de Inovação Pedagógica do curso de Filosofia (PIP FILO) da Universidade Federal do Tocantins. O projeto teve início em junho de 2021 e sua finalização em dezembro do mesmo ano. O intuito do projeto foi proporcionar a utilização de novas ferramentas digitais para as práticas pedagógicas de ensino. O conteúdo aqui descrito faz parte de um curso de formação digital promovido pelo PIP FILO e que contou com a colaboração do curso de Teatro e do Residência Pedagógica. O projeto se desenvolveu junto com um Tutor&nbsp; e com Monitores de Inovação Pedagógica (MIPs) por dois caminhos; (1) a utilização de ferramentas digitais como prática pedagógica por meio de cursos, oficinas, lives e palestras, (2) a realização de uma chuva de ideias que foi organizada no mindmeister, no qual restringindo-nos à pesquisa sobre fakes news atribuídas a Paulo Freire e que acrescentamos a essa pesquisa uma dose de humor dos cínicos gregos