Automatic Reporting of TBI Lesion Location in CT based on Deep Learning and Atlas Mapping

Tese de mestrado integrado, Engenharia Biomédica e Biofísica (Biofísica Médica e Fisiologia de Sistemas), 2021, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiênciasThe assessment of Computed Tomography (CT) scans for Traumatic Brain Injury (TBI) management remains a time consuming and challenging task for physicians. Computational methods for quantitative lesion segmentation and localisation may increase consistency in diagnosis and prognosis criteria. Our goal was to develop a registration-based tool to accurately localise several lesion classes (i.e., calculate the volume of lesion per brain region), as an extension of the Brain Lesion Analysis and Segmentation Tool for CT (BLAST-CT). Lesions were located by projecting a Magnetic Resonance Imaging (MRI) labelled atlas from the Montreal Neurological Institute (MNI MRI atlas) to a lesion map in native space. We created a CT template to work as an intermediate step between the two imaging spaces, using 182 non-lesioned CT scans and an unbiased iterative registration approach. We then non-linearly registered the parcellated atlas to the CT template, subsequently registering (affine) the result to native space. From the final atlas alignment, it was possible to calculate the volume of each lesion class per brain region. This pipeline was validated on a multi-centre dataset (n=839 scans), and defined three methods to flag any scans that presented sub-optimal results. The first one was based on the similarity metric of the registration of every scan to the study-specific CT template, the second aimed to identify any scans with regions that were completely collapsed post registration, and the final one identified scans with a significant volume of intra-ventricular haemorrhage outside of the ventricles. Additionally, an assessment of lesion prevalence and of the false negative and false positive rates of the algorithm, per anatomical region, was conducted, along with a bias assessment of the BLAST-CT tool. Our results show that the constructed pipeline is able to successfully localise TBI lesions across the whole brain, although without voxel-wise accuracy. We found the error rates calculated for each brain region to be inversely correlated with the lesion volume within that region. No considerable bias was identified on BLAST-CT, as all the significant correlation coefficients calculated between the Dice scores and clinical variables (i.e., age, Glasgow Coma Scale, Extended Glasgow Outcome Scale and Injury Severity Score) were below 0.2. Our results also suggest that the variation in DSC between male and female patients within a specific age range was caused by the discrepancy in lesion volume presented by the scans included in each sample

O património geológico-mineiro da região de Barrancos (Sul de Portugal)

A região de Barrancos apresenta património geológico-mineiro que tem sido objecto de estudo desde o final do século dezanove. São vários os locais de elevado interesse geológico, particularmente de natureza paleontológica, relacionados com os materiais do Paleozóico. A sua divulgação, protecção e conservação tem sido feita por entidades públicas e privadas

Regulation and function of the cell wall polymer lipoteichoic acid in staphylococcus aureus

A thesis submitted for the Degree of Master in Medical microbiologyExperimental work performed at the Centre for Molecular Bacteriology and Infection, Imperial College LondonLipoteichoic acid (LTA) is an important polymer present in the envelope of various Gram-positive bacteria. In Staphylococcus aureus it is composed of a polyglycerolphosphate chain synthesised by the enzyme LtaS, and is anchored to the membrane via a glycolipid anchor. Depletion of LTA is known to cause growth arrest, aberrant positioning of septa and enlargement of cells leading to eventual cell lysis. This highlights the importance of LTA for bacterial growth and also suggests a possible link between LTA synthesis and cell division. Although key enzymes required for LTA synthesis have been identified, how this process is regulated has not been elucidated. This study investigates the mechanisms of regulation of LTA synthesis, as well as provides further insights into the roles of LTA in S. aureus. In this study, nuclear magnetic resonance (NMR) was used to experimentally confirm a function for LTA in the incorporation of D-alanines into a second polymer, wall teichoic acid (WTA). LTA was also shown to be essential not only for bacterial growth, but also for bacterial survival, as cells become bactericidal in its absence. Furthermore, fluorescence microscopy using a GFP-tagged version of the synthase enzyme indicated that LtaS localises to the septum, suggesting a possible role for LTA in cell division. Regarding LTA regulation, this work has shown that the ltaS gene has two promoters and a large upstream UTR, but that only one promoter is essential and sufficient for expression. Studying the effect of salt stress on LTA production has also revealed that an increase the NaCl concentration in the media causes a reduction in the levels of LTA produced, which in turn has an effect on growth. However this is not due to a decrease in the levels of LtaS, reflecting a possible ionic or osmotic effect on LtaS enzymatic activity

Uma filmografia colonial de Timor Português

O documentário foi o género mais usado pelo Estado Novo para promover o colonialismo português. Embora a produção de filmes etnográficos e científicos não tenha sido tão relevante quanto foi noutros impérios coloniais, há que relevar a importância do uso dos filmes articulado com a prática antropológica em Timor Português. Colónia distante e pobre, em comparação com Moçambique ou Angola, não interessou o cinema independente, dada a inexistência de condições para a produção cinematográfica no território adicionalmente aos elevados custos da mesma. Foram, por isso, realizados escassos filmes de propaganda, sobretudo no âmbito de visitas políticas ou militares. O mais importante arquivo de filmes sobre Timor Português surgiu integrado numa prática antropológica e integra duas colecções: a composta pelos filmes feitos pela Missão Antropológica de Timor, dirigida por António de Almeida, e a resultante de filmagens do poeta e antropólogo Ruy Cinatti.The film genre most used by the Estado Novo to promote Portuguese colonialism was documentary. Although the production of ethnographic and scientific films has not been as relevant as it was in other colonial empires, it is important to highlight the relevance of the use of films in the case of the anthropological practice in Portuguese Timor. A distant and poor colony, when compared to Mozambique or Angola, Timor did not interest independent film production, given the lack of conditions for the cinematographic production in the territory in addition to its high costs. Scarce propaganda films were made, mainly in the context of political or military visits. The most important archive about Portuguese Timor is therefore connected to an anthropological practice and comprises two collections: the films produced during the Anthropological Mission of Timor, directed by António de Almeida, and the ones resulting from the filming of the poet and anthropologist Ruy Cinatti.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Change or fail? Small business survival and digital marketing strategies during Covid-19 pandemic

Purpose - Covid-19 has brought a paradigm shift, many small businesses have gone bankrupt, and many others have not known how to take advantage of the digital world to survive and succeed. Seeking to investigate this case, particularly in Portugal and in the Fashion and Handicraft sector, we could see a pattern of digital strategies successfully used by real companies and would come closer to defining the future of digital marketing in the small business sector. Design/methodology/approach - The research employs an interpretative paradigmatic positioning, using the deductive method through qualitative analysis. The research object of this study are the answers of 23 small enterprises owners in Portugal, of the fashion and handicrafts sector, who were interviewed with the aim of analysing the digital marketing strategies currently in place related to providing access to the company, engaging the audience, personalising the offer, connecting with the audience and inviting consumers´ collaboration. Findings - The findings suggest that the identified set of digital strategies found in the literature can be employed by small enterprises, leading to better performance, both financially and socially. It analyzed ways of putting them into practice, their advantages, negative aspects and how they all connect to the consumer. The digital strategies most used by SME's are social media and the use of a website, and they are one of the most effective. The use of product configuration software and CRM (Customer Relationship Management) were proven to be the least used and therefore least effective by SMEs. Originality/value - As a recent topic, it doesn't have many studies on digital strategies when it comes to small enterprises. Intercepting what was found in the literature with the answers of these small company's owners creates a practical and real model of what happens with its use. The contributions of this study could help SME companies to improve their digital marketing strategies and brings another point of view in terms of academic contribution.Objetivo - Covid-19 trouxe uma mudança de paradigma, muitas pequenas empresas foram à falência e muitas outras não souberam tirar partido do mundo digital para sobreviver e ter sucesso. Procurando investigar este caso, particularmente em Portugal e no sector da Moda e Artesanato, pudemos ver um padrão de estratégias digitais utilizadas com sucesso por empresas reais e que se aproximariam da definição do futuro do marketing digital, no sector das pequenas empresas. Conceção/método/abordagem A investigação emprega um posicionamento paradigmático interpretativo, utilizando o método dedutivo através da análise qualitativa. O objeto de investigação deste estudo são as respostas de 23 pequenos empresários em Portugal, do sector da moda e do artesanato, que foram entrevistados com o objetivo de analisar as estratégias de marketing digital atualmente em vigor relacionadas com o acesso à empresa, o envolvimento do público, a personalização da oferta, a ligação com o público e o convite à colaboração dos consumidores. Conclusões - Os resultados sugerem que o conjunto identificado de estratégias digitais encontradas na literatura pode ser utilizado por pequenas empresas, levando a um melhor desempenho, tanto financeiro como social. Foram analisadas formas de as pôr em prática, as suas vantagens, aspetos negativos e a forma como todas elas se ligam ao consumidor. As estratégias digitais mais utilizadas pelas PME's são as Redes Sociais e a utilização de um Website, destacadas como as mais eficazes. A utilização de software de configuração de produtos e CRM provou ser a menos utilizada e, portanto, menos eficaz pelas PMEs. Originalidade/valor - Como tópico recente, não existem muitos estudos sobre estratégias digitais quando se trata de pequenas empresas. Intercetar o que foi encontrado na literatura com as respostas dos proprietários destas pequenas empresas cria um modelo prático e real do que acontece com a sua utilização. As contribuições deste estudo poderiam ajudar as PMEs a melhorar as suas estratégias de marketing digital e traz um outro ponto de vista em termos de contribuição académica

The ballad of the salt sea: cinematographic travel through landscapes without men

Neste artigo procuro analisar porque é que o filme I cruzeiro de férias às colónias ocidentais, encomendado ao prestigiado fotógrafo de arte San Payo para registar o “primeiro cruzeiro de soberania” organizado pela Agência Geral das Colónias, foi projectado uma única vez durante o Estado Novo. Filme de viagens, um subgénero do cinema colonial de propaganda, é uma das primeiras obras de propaganda oficial com a qual se pretende projectar a ideia de que “Portugal não é um país pequeno”: (re)construir o país através de um novo mapa do império, portanto. Filme-sintoma de uma “cultura de mobilidade”, identificada por Jean Brunhes, quer atestar o domínio do espaço imperial através das novas tecnologias da comunicação. Inconsciente desse fenómeno, da aceleração, terá sido vítima da desintegração do olhar sobre o quotidiano das colónias? Ter-lhe-á faltado, para cumprir o desígnio de projectar a grandeza da nação, um movimento, mais íntimo, da contemplação para a compaixão (Orlando Ribeiro)?This paper analyses why the film 1º cruzeiro de férias às colónias ocidentais (First Holiday Cruise to the Western Colonies), commissioned to the noted art photographer San Payo, was projected only once during the Estado Novo. This voyage movie, subgenre of colonial cinematic propaganda, is one of the first works of official propaganda intended to show that “Portugal is not a small country”: therefore, to (re)build the country through a new imperial map. This film is symptomatic of “mobility culture”, identified by Jean Brunhes; its purpose is to testify to the rule of imperial space through new communication technologies. Unaware of this phenomenon of acceleration, this movie may have been a victim of the shattered vision of day-to-day life in the colonies. To fulfil its design to project the nations’ greatness, it might have lacked an even more intimate movement that would behold compassion (Orlando Ribeiro)

Synthesis of Reactive Nanoparticles for Coatings with Enhanced Chemical Resistance

Trabalho apresentado em BIT's 5th Annual World Congress of Advanced Materials, 6-8 junho de 2016, Chongqing, ChinaN/

Unravelling the reaction mechanism of glutamate amidation in Staphylococcus aureus peptidoglycan

MurT-GatD is the bi-enzymatic complex responsible for catalysing the amidation of peptidoglycan in Gram-positive bacteria, ensuring the correct assembly of their cell wall. MurT-GatD is essential in antibiotic resistant human pathogens such as Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae and Mycobacterium tuberculosis, and therefore, constitutes a promising target for the development of new antimicrobial agents. Peptidoglycan amidation is achieved through the glutamine amidotransferase activity of the MurT-GatD complex, requiring the presence of glutamine, ATP and magnesium. The main goal of this thesis is to unravel the reaction mechanism of peptidoglycan amidation through an integrative approach that combines structural methods with functional assays, in order to characterize the structure-function relationship of the S. aureus MurT-GatD complex. The crystal structure of isolated S. aureus GatD was solved at 1.9 Å of resolution (PDB 5N9M) and provided the first structural insights into the MurT-GatD complex. GatD adopts the overall fold of glutaminase proteins and shows the nucleophilic cysteine and the polarizing histidine commonly associated with glutamine hydrolysis. 1H-NMR experiments showed that GatD C94A or H189A abolished the glutaminase activity of the complex. Similarly, GatD R128 also proved to be an essential residue for catalysis, likely by capturing glutamine to the active site. The crystal structure of S. aureus MurT-GatD was solved at 2.9 Å of resolution (PDB 7Q8E), showing a heterodimer in an extended conformation. GatD adopts the same glutaminase-like fold as in its isolated form, while MurT displays two distinct domains: the central domain containing, a cysteine-rich insertion and the ATP binding site, and the C-terminal domain that interacts with GatD. The overall structure of S. aureus MurT-GatD is very different from S. pneumoniae MurT-GatD, which adopts a compact conformation. The two complexes also adopt different conformations in solution, as observed through Small-Angle X-ray Scattering (SAXS) studies, and showed different in vitro enzymatic activities, suggesting that the extended conformation of S. aureus MurT-GatD is catalytically less competent. The structural data of MurT-GatD from S. aureus and S. pneumoniae were combined to identify the molecular determinants involved in the glutaminase and amidotransferase active sites of the complex, as well as, in protein-protein interactions. The work carried out in this thesis contributed to the clarification of the reaction mechanism of peptidoglycan amidation, which can be explored for the development of new drugs with antimicrobial activity.MurT-GatD é o complexo bi-enzimático que catalisa a amidação do peptidoglicano em bactérias Gram-positivas, garantindo a correta organização da sua parece celular. MurT-GatD é essencial em bactérias resistentes a antibióticos que são patogénicas a humanos, como Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae e Mycobacterium tuberculosis, e, consequentemente constitui um alvo promissor a ter em conta no desenvolvimento de novos agentes antimicrobianos. A amidação do peptidoglicano é realizada pela actividade de glutamina amidotransferase do complexo MurT-GatD, requerendo a presença de glutamina, ATP e magnésio. O principal objectivo desta tese é revelar o mecanismo reaccional da amidação do peptidoglicano através de uma abordagem integrativa que combina métodos estruturais com ensaios funcionais, de modo a caracterizar a relação estrutura-função do complexo MurT-GatD de S. aureus. A estrutura cristalina da proteína GatD de S. aureus foi resolvida a 1.9 Å de resolução (PDB 5N9M) e forneceu as primeiras evidências estruturais sobre o complexo MurT-GatD. GatD adopta uma organização 3D semelhante a glutaminases, apresentando uma cisteína nucleofílica e uma histidina polarizadora comummente associadas à hidrólise de glutamina. Experiências de 1H-NMR mostraram que os mutantes C94A ou H189A da GatD aboliram a actividade de glutaminase do complexo. De forma similar, R128 da GatD também provou ser um resíduo essencial na catálise, provavelmente por capturar glutamina para o centro activo. A estrutura cristalina do complexo MurT-GatD de S. aureus foi resolvida a 2.9 Å de resolução (PDB 7Q8E), mostrando um heterodímero numa conformação estendida. A GatD adopta a mesma organização estrutural característica de glutaminases, enquanto a MurT apresenta dois domínios distintos: o domínio central que contém uma inserção rica em cisteínas e o local de ligação ao ATP, e o domínio C-terminal que interage com a GatD. A estrutura global do complexo MurT-GatD de S. aureus é muito diferente do complexo MurT-GatD de S. pneumoniae, tendo em conta que este adopta uma conformação compacta. Os dois complexos também adoptam diferentes conformações em solução, como observado através de estudos de Dispersão de raios X a Baixo Ângulo (SAXS), tendo demonstrado diferentes actividades enzimática in vitro, sugerindo que a conformação estendida de MurT-GatD de S. aureus é cataliticamente menos competente. Os dados estruturais sobre o complexo MurT-GatD de S. aureus e S. pneumoniae foram combinados para identificar os determinantes moleculares envolvidos nos centros activos de glutaminase e de amidotransferase do complexo, assim como, nas interacções proteína-proteína. O trabalho desta tese teve uma importante contribuição para a elucidação do mecanismo reaccional da amidação do peptidoglicano, o que pode vir a ser explorado no desenvolvimento de novos fármacos com actividade antimicrobiana

"CINEMA IMPERIO": la proyección colonial del ‘Estado Novo’ portugués en las películas de las exposiciones entre guerras mondiales

Este artigo analisa como é que Portugal “imaginou” as ex-colónias através do cinema focando a produção de filmes feitos quer para projecção de Portugal como potência colonial nas exposições internacionais entreguerras quer para fixação das grandes exposições nacionais de afirmação e legitimação do regime ditatorial do Estado Novo português. A análise da instrumentalização do cinema pela propaganda colonial ocidental só agora começa a ser feita, mas se comprova a necessidade de uma investigação abrangente para melhor compreensão do uso propagandista do cinema, pela ditadura portuguesa, para promover a política colonial. Na investigação pós-doutoral em curso, intitulada “‘Cinema Império’. Portugal, França e Inglaterra, representações do império no cinema”, analiso as representações cinematográficas coloniais na longa duração. Neste artigo, porém, analiso especificamente a produção portuguesa de filmes para participação (e sobre as) nas grandes exposições coloniais nacionais – Colonial, do Porto, e Exposição do Mundo Português, em Lisboa – e internacionais – Sevilha, Antuérpia e Paris – entre 1930 e 1940. Que filmes foram feitos, por quem e para quem? Com que propósitos? Que representações propuseram? – são estas as questões que abordo, através da análise fílmica e de algumas fontes documentais que ainda não tinham sido referenciadas.This article analyses how Portugal “imagined” its former colonies through the cinema focusing on a production of films made for the projection of Portugal as a colonial power in the international expositions between the Twentieth Century World Wars or for the registration of the great national exhibitions of affirmation and legitimation of the Estado Novo dictatorial regime. The analysis of the uses of cinema by Western colonial propaganda has begun to be made only recently. There are few studies on how the cinema has represented the former colonies. They confirm the need for a comprehensive investigation for a better understanding of the propagandist use of cinema, especially by the Portuguese dictatorship, to promote colonial politics. In my ongoing postdoctoral research, entitled “’Empire Cinema’. Portugal, France, and England, representations of the empire in the cinema”, I analyse the colonial cinematographic representations in the “long-duration”. In this article, however, I specifically analyse the Portuguese production of films for projection in (and also the films produced about) the great national expositions – the Colonial Exposition, at Porto, and the “Portuguese World” Exposition, in Lisbon - and international expositions - Seville, Antwerp and Paris - between 1930 and 1940. What movies were made, by whom and for what audiences? For what purposes? What colonial representations did they propose? - these are the questions I address, through film analysis and some documentary sources that have not yet been referenced.Este artículo analiza como Portugal “imaginó” las ex-colonias a través del cine, haciendo foco en la producción de películas realizadas tanto para proyección de Portugal en cuanto potencia colonial en las exposiciones internacionales de entreguerras como para las grandes exposiciones nacionales de afirmación y legitimación del régimen dictatorial del Nuevo Estado portugués. El análisis de la instrumentalización del cine por la propaganda colonial occidental es reciente, pero se comprueba la necesidad de una investigación más abarcadora para una mejor comprensión del uso propagandista del cinema por la dictadura portuguesa, con el fin de promover la política colonial. En la investigación postdoctoral en curso, titulada “Cinema Imperio. Portugal, Francia e Inglaterra representaciones del imperio en el cine”, analizo en la larga duración (Braudel) las representaciones cinematográficas coloniales. En este artículo, sin embargo, me centraré específicamente en la producción de películas para (y sobre) participación en las grandes exposiciones coloniales nacionales – Colonial, do Porto y ‘Exposição do Mundo Português’, en Lisboa – e internacionales Sevilla, Antuérpia y París – entre 1930 y 1940. ¿Qué largometrajes fueron hechos, por qué y para quién? ¿Con qué propósitos? ¿Qué representaciones proponen? Son estas las cuestiones que abordo, a través del análisis fílmico y de algunas fuentes documentales que hasta hoy no habían sido referenciadas