An iOS Framework for the Indivo X Personally Controlled Health Record

The Indivo X personally controlled health record creates a channel between researchers and the patient/subject in several large scale projects. Indivo enables patients to access their health data through a web interface and, as an “apps platform”, can be extended in functionality. Patient-facing apps, such as a medication list, may improve the data flow between researcher and patient, in both directions, and as such provide better data for the researcher and immediate benefit for the patient. However, research projects in general do not allocate large funds to patient facing apps, let alone a mobile interface. Thus we have created a framework that greatly simplifies connecting an iOS app to an Indivo X server. Our open-source framework enables novel as well as experienced iOS developers to build mobile interfaces for their research subjects, taking advantage of Indivo X

Einfluss ökologischer Bewirtschaftung und verschiedener Kulturen auf die Regenwurmfauna

Problemstellung/Ziele:Vorkommen und Artenzusammensetzung der Regenwurmpopulation haben eine grosse Bedeutung im nachhaltigen Ackerbau. Als Architekten und Bauarbeiter des Bodens beeinflussen die Regenwürmer verschiedene Parameter der Bodenfruchtbarkeit und damit das Wachstums der Kulturpflanzen. Der Landwirt beeinflusst das Regenwurmvorkommen bei vorgegebenem Standort und Fruchtfolge vor allem durch Bewirtschaftungsmassnahmen wie Düngung, Pflanzenschutz und Bodenbearbeitung. Um Richtung und Ausmass dieser Einflüsse zu erkennen untersuchten wir von 1997 bis 2001 die Regenwurmpopulationen im ökologischen und den integrierten Anbausystemen des Vergleichsversuches Burgrain (D. Dubois, 1999). Fazit: Ökologische Bewirtschaftung förderte auf Burgrain spezifisch das Vorkommen von anözischen Lumbricus und endogäischen Arten; hingegen nicht das Vorkommen von anözischen Nicodrilus Arten. Letztere wurden hingegen sehr deutlich durch die kulturbedingten Bewirtschaftungsmassnahmen beeinflusst. Besonders das Pflügen im Oktober vor Winterweizen wirkte sich negativ auf die tiefgrabenden anözischen Nicodrilus Arten aus. Hier gilt es Verbesserungsmöglichkeiten zu prüfen

ClinicalTrials.gov as a Data Source for Semi-Automated Point-Of-Care Trial Eligibility Screening

Background: Implementing semi-automated processes to efficiently match patients to clinical trials at the point of care requires both detailed patient data and authoritative information about open studies. Objective: To evaluate the utility of the ClinicalTrials.gov registry as a data source for semi-automated trial eligibility screening. Methods: Eligibility criteria and metadata for 437 trials open for recruitment in four different clinical domains were identified in ClinicalTrials.gov. Trials were evaluated for up to date recruitment status and eligibility criteria were evaluated for obstacles to automated interpretation. Finally, phone or email outreach to coordinators at a subset of the trials was made to assess the accuracy of contact details and recruitment status. Results: 24% (104 of 437) of trials declaring on open recruitment status list a study completion date in the past, indicating out of date records. Substantial barriers to automated eligibility interpretation in free form text are present in 81% to up to 94% of all trials. We were unable to contact coordinators at 31% (45 of 146) of the trials in the subset, either by phone or by email. Only 53% (74 of 146) would confirm that they were still recruiting patients. Conclusion: Because ClinicalTrials.gov has entries on most US and many international trials, the registry could be repurposed as a comprehensive trial matching data source. Semi-automated point of care recruitment would be facilitated by matching the registry's eligibility criteria against clinical data from electronic health records. But the current entries fall short. Ultimately, improved techniques in natural language processing will facilitate semi-automated complex matching. As immediate next steps, we recommend augmenting ClinicalTrials.gov data entry forms to capture key eligibility criteria in a simple, structured format

The unique chemistry of Eastern Mediterranean water masses selects for distinct microbial communities by depth

Peer reviewedPublisher PD

Mit Bio blüht die Vielfalt – wildtierfreundlicher Biolandbau

In Bereich Grundlagen und Methoden wurden einige Arbeiten abgeschlossen. Einerseits wurden die statistischen Kennzahlen zum ökologischen Ausgleich auf Biobetrieben und ÖLN-Betrieben in der Schweiz abschliessend dargestellt und eine vergleichende Analyse auf drei Ebenen (Zonen, Kanton, Bezirk) vorgenommen. Der Vergleich der Umsetzungsraten auf allen Betrieben auf Basis der Landwirtschaftlichen Betriebsstrukturerhebung 2005 ergab, dass Ökoausgleichsmassnahmen auf Biobetrieben durchschnittlich um zwei Drittel häufiger umgesetzt werden. Der durchschnittliche Flächenanteil von Ökoausgleichsmassnahmen beträgt auf Biobetrieben 22,4%, und auf ÖLN-Betrieben 13,1%. Die grössten Unterschiede wurden bei „Extensiven Wiesen“, „Wenig intensiven Wiesen“ und „Hecken“ festgestellt. „Rotations- und Buntbrachen“ wurden häufiger auf ÖLN-Betrieben angelegt. Die grossen Umsetzungsunterschiede bei „Hecken“ und „Hochstamm-Feldobstbäumen“ lassen auf eine grundsätzlich andere Einstellung der Biobetriebsleiter zum Naturschutz schliessen und die generell höhere Umsetzung von Ökomassnahmen weist auf höhere Biodiversitätsleistungen von Biobetrieben hin. Die Ergebnisse wurden in der Oktoberausgabe der Zeitschrift ‚Agrarforschung’ publiziert. Im Weiteren wurde ein in Zusammenarbeit mit der Vogelwarte Sempach entwickeltes Beurteilungssystem fertig entwickelt. Das sogenannte ‚Punktesystem’ beurteilt die ökologische Qualität von Landwirtschaftsbetrieben und fokussiert auf die Beurteilung von Zuständen und Massnahmen in Nutzflächen und naturnahen Flächen. Eine Literaturstudie zum Thema ‚Bioackerbau und Naturschutz’ wurde verfasst, um allgemeine Problemfelder im Bioackerbau zu dokumentieren und möglichen Handlungsbedarf abzuleiten. Im Modul 2 „Beratung“ wurde in vier Regionen eine Umsetzungskontrolle der vereinbarten Massnahmen auf den Betriebsflächen durchgeführt. Die Betriebe wurden in der Umsetzungwildtierfreundlicher Bewirtschaftung weiter beraten. Im Teilprojekt Schmetterlingsförderung auf Jura-Graslandbetrieben wurde im Rahmen des Monitorings die Ziel-/Leitarten komplettiert. Die zwei Betriebe wiesen mit 30 bzw. 33 Arten und 4 bis 5 Rote Liste Arten eine beachtlich hohe Artenvielfalt auf. Im Unterengadin wurde die Akzeptanz der Betriebsleiter für Naturschutzmassnahmen und ihre Erfahrungen mit dem gesamtbetrieblichen Beratungsansatz in einer qualitativen Befragung untersucht. Die vorgeschlagenen Massnahmen konnten zu einem grossen Teil im Rahmen des Vernetzungsprojekts Ardez vertraglich festgelegt werden. Insgesamt wurden 31.3 ha Grünland,verteilt auf 300 Parzellen unter Vertrag genommen. Der Anteil an der landwirtschaftlichen Nutzfläche der einzelnen Betriebe liegt zwischen 19,2 und 55,6%. Mit diesen Verträgen kann ein Grünland-Nutzungsmosaik erreicht werden, das den Ansprüchen der Ziel- und Leitarten entspricht. Die Umsetzungskontrolle auf 128 Vertragsparzellen ergab, dass sich die Landwirte schon im ersten Jahr ausnahmslos an die Vertragsbedingungen gehalten haben. Im Modul 3 „Öffentlichkeitsarbeit“ lag der Schwerpunkt auf der Pressearbeit. Es wurden ein Medientermin organisiert und verschiedene Artikel zu Naturschutz in der Biolandwirtschaft in Fach und Publikumszeitschriften publiziert. Im Zuge des Relaunch von www.fibl.org werden die FiBLInternetseiten über das Projekt überarbeitet und ein Internetdossier zum Thema Naturschutz in der Landwirtschaft wird entstehen

Mit Bio blüht die Vielfalt – wildtierfreundlicher Biolandbau

Die geplanten Projektaktivitäten in den Modulen 1 bis 3 konnten 2007 gestartet werden: In Teilprojekten 1 und 2 des Moduls 1 „Forschung“ wurden Grundlagen und Methoden erarbeitet: Einerseits wurden die statistischen Kennzahlen zum ökologischen Ausgleich auf Biobetrieben und ÖLN-Betrieben dargestellt und eine vergleichende Analyse auf drei Ebenen (Zonen, Kanton,Bezirk) vorgenommen. Es wurde festgestellt, dass auf Biobetrieben deutlich mehr Ökoausgleichsmassnahmen umgesetzt werden sowie die Zone (Berg-/Talgebiet) und die Region die Akzeptanz für einzelne Massnahmen wesentlich beeinflusst. Andererseits wurden gesamtbetriebliche Beurteilungssysteme (Naturpunktesystem; Naturbilanz Berggebiet)entwickelt. Das in Zusammenarbeit mit der Vogelwarte Sempach entwickelte Punktesystem beurteilt die ökologische Qualität von Landwirtschaftsbetrieben und beschränkt sich auf die Beurteilung von Zuständen und Massnahmen in Nutzflächen und naturnahen Flächen. Zurzeit wird diese favorisierte Methode noch evaluiert und später auf Betrieben getestet. In einem weiteren Teilprojekt (Modellbetriebe Schmetterlinge) wurden wesentliche Grundlagen und Massnahmen zur Förderung von Tagfaltern erarbeitet. Auf zwei Biogrünland-Betrieben im Jura nahe Saignelégier wurde im Sommer 2007 die Tagfalterfauna erfasst und anschliessend betriebsbezogene Massnahmen zum Schutz und Erhalt der Schmetterlinge abgeleitet und mit den Landwirten diskutiert. Der Ansatz wurde sehr gut von den Landwirten aufgenommen und erwies sich auf Grünlandbetrieben als sehr geeignet. Mit insgesamt 33 Arten auf den beiden Betrieben wurde eine relativ hohe Artenzahl an Schmetterlingen festgestellt, darunter vier Arten der Roten Liste. Insgesamt wurden 19 verschiedene Massnahmen im Bereich Wald und Waldrand,Hecken, Grünland entwickelt und vorgeschlagen. Im Modul 2 „Beratung“ wurden in drei weiteren Regionen Modellbetriebe zur Umsetzung wildtierfreundlicher Bewirtschaftung bearbeitet. Sie wurden gesamtbetrieblich beraten: Auf der Basis einer Ist-Analyse wurden mit den Landwirten mögliche Massnahmen diskutiert und festgelegt. Zur Auswahl und Feinsteuerung der Massnahmen wurden Ziel- und Leitarten eingesetzt. In der Region Entlebuch waren es fünf und in der Region Münsingen zwei Betriebe. Im Unterengadin wurden auf vier Betrieben zusätzlich zur gesamtbetrieblichen Beratung drei betriebswirtschaftliche Szenarien (Extensiv - Optimiert – Intensiv) kalkuliert und den Landwirten für die Entscheidungsfindung zur Verfügung gestellt. Die Untersuchung hat gezeigt, dass auf den vier untersuchten Betrieben eine Verbesserung der Ökologie unter Berücksichtigung gesamtbetrieblicher Aspekte möglich war. In vielen Fällen konnten durch ökologische Aufwertungen betriebswirtschaftliche Vorteile erzielt werden (geringerer Arbeitsaufwand, höhere Direktzahlungen verbunden mit geringerem Verkaufserlös). Im Modul 3 „Öffentlichkeitsarbeit“ war in der ersten Phase das Ziel, ein Basissortiment an Informationen für die am Projekt beteiligten Landwirte und die Beratung bereitzustellen. Dazu gehörten die allgemeine Vorstellung des Projektes, die Gestaltung des Logos, die Erstellung des Flyers und die Informationen im Internet. Speziell für die am Projekt beteiligten Landwirte und die Beratung wurden ein Infoblatt mit den Besonderheiten des Projektes sowie ein Infoordner mit Broschüren zu Einzelthemen zusammengestellt. Drei Feldrandtafeln zum Thema Artenvielfalt im Tal- und Berggebiet und Säume wurden erstellt. Sie dienen den Landwirten auf ihren Betrieben zur Information von Laien. Für den Tag der Offenen Tür am FiBL wurde ein Infostand konzipiert,der interessierte Laien angesprochen hatte

Simulating the Cranfield geological carbon sequestration project with high-resolution static models and an accurate equation of state

Bureau of Economic Geolog

Linking the northern Alps with their foreland: The latest exhumation history resolved by low-temperature thermochronology

The evolution of the Central Alpine deformation front (Subalpine Molasse) and its undeformed foreland is recently debated because of their role for deciphering the late orogenic evolution of the Alps. Its latest exhumation history is poorly understood due to the lack of late Miocene to Pliocene sediments. We constrain the late Miocene to Pliocene history of this transitional zone with apatite fission track and (U-Th)/He data. We used laser ablation inductively coupled mass spectrometry for apatite fission track dating and compare this method with previously published and unpublished external detector method fission track data. Two investigated sections across tectonic slices show that the Subalpine Molasse was tectonically active after the onset of folding of the Jura Mountains. This is much younger than hitherto assumed. Thrusting occurred at 10, 8, 6–5 Ma and potentially thereafter. This is contemporaneous with reported exhumation of the External Crystalline Massifs in the central Alps. The Jura Mountains and the Subalpine Molasse used the same detachments as the External Crystalline Massifs and are therefore kinematically coupled. Estimates on the amount of shortening and thrust displacement corroborate this idea. We argue that the tectonic signal is related to active shortening during the late stage of orogenesis

Characterization of subsurface media from locations up- and down-gradient of a uranium-contaminated aquifer.

The processing of sediment to accurately characterize the spatially-resolved depth profiles of geophysical and geochemical properties along with signatures of microbial density and activity remains a challenge especially in complex contaminated areas. This study processed cores from two sediment boreholes from background and contaminated core sediments and surrounding groundwater. Fresh core sediments were compared by depth to capture the changes in sediment structure, sediment minerals, biomass, and pore water geochemistry in terms of major and trace elements including pollutants, cations, anions, and organic acids. Soil porewater samples were matched to groundwater level, flow rate, and preferential flows and compared to homogenized groundwater-only samples from neighboring monitoring wells. Groundwater analysis of nearby wells only revealed high sulfate and nitrate concentrations while the same analysis using sediment pore water samples with depth was able to suggest areas high in sulfate- and nitrate-reducing bacteria based on their decreased concentration and production of reduced by-products that could not be seen in the groundwater samples. Positive correlations among porewater content, total organic carbon, trace metals and clay minerals revealed a more complicated relationship among contaminant, sediment texture, groundwater table, and biomass. The fluctuating capillary interface had high concentrations of Fe and Mn-oxides combined with trace elements including U, Th, Sr, Ba, Cu, and Co. This suggests the mobility of potentially hazardous elements, sediment structure, and biogeochemical factors are all linked together to impact microbial communities, emphasizing that solid interfaces play an important role in determining the abundance of bacteria in the sediments