RNA‐seq: Applications and Best Practices

RNA‐sequencing (RNA‐seq) is the state‐of‐the‐art technique for transcriptome analysis that takes advantage of high‐throughput next‐generation sequencing. Although being a powerful approach, RNA‐seq imposes major challenges throughout its steps with numerous caveats. There are currently many experimental options available, and a complete comprehension of each step is critical to make right decisions and avoid getting into inconclusive results. A complete workflow consists of: (1) experimental design; (2) sample and library preparation; (3) sequencing; and (4) data analysis. RNA‐seq enables a wide range of applications such as the discovery of novel genes, gene/transcript quantification, and differential expression and functional analysis. This chapter will encompass the main aspects from sample preparation to downstream data analysis. It will be discussed how to obtain high‐quality samples, replicates amount, library preparation, sequencing platforms and coverage, focusing on best recommended practices based on specialized literature. Basic techniques and well‐known algorithms are presented and discussed, guiding both beginners and experienced users in the implementation of reliable experiments

Application of Next-Generation Sequencing in the Era of Precision Medicine

Next-generation sequencing (NGS) technologies represented the next step in the evolution of DNA sequencing, through the generation of thousands to millions of DNA sequences in a short time. The relatively fast emergence and success of NGS in research revolutionized the field of genomics and medical diagnosis. The traditional medicine model of diagnosis has changed to one precision medicine model, leading to a more accurate diagnosis of human diseases and allowing the selection of molecular target drugs for individual treatment. This chapter attempts to review the main features of NGS technique (concepts, data analysis, applications, advances and challenges), starting with a brief history of DNA sequencing followed by a comprehensive description of most used NGS platforms. Further topics will highlight the application of NGS towards routine practice, including variant detection, whole-exome sequencing (WES), whole-genome sequencing (WGS), custom panels (multi-gene), RNA-seq and epigenetic. The potential use of NGS in precision medicine is vast and a better knowledge of this technique is necessary for an efficacious implementation in the clinical workplace. A centralized chapter describing the main NGS aspects in the clinic could help beginners, scientists, researchers and health care professionals, as they will be responsible for translating genomic data into genomic medicine

Stunting and associated factors in children aged 6 to 24 months attended in the Southwest of Bahia Health Units

Objective: To assess the prevalence and factors associated with stunting among 6 to 24-month old children. Methodology: This was a cross-sectional study including 360 children attended in all health units in the urban area of Vitória da Conquista - BA. A questionnaire was used to collect information and we evaluated anthropometric measures of weight and height. Nutritional status was evaluated according to the cutoff points for anthropometric indexes recommended by the World Health Organization. The association among the studied factors and stunting was assessed by Poisson regression with robust variance. Results: The prevalence of stunting in the assessed children was 13.6%. The factors associated with the outcome were: father’s unemployment (PR: 2.46; 95% CI: 1.34 to 4.49) and low birth weight (OR: 2.29; 95% CI: 1.27 to 4.13). Conclusion: The results show a significant prevalence of stunting among children under two years old, emphasizing the importance of nutritional monitoring and the influence of obstetric and socioeconomic factors.Objetivo: Avaliar a prevalência e os fatores associados ao déficit estatural em crianças de 6 a 24 meses. Metodologia: Trata-se de um estudo transversal realizado com 360 crianças atendidas em todas as unidades de saúde da zona urbana do município de Vitória da Conquista, BA. Foi aplicado um questionário para coleta de informações e foram aferidas medidas antropométricas de peso e estatura. O estado nutricional foi avaliado de acordo com os pontos de corte para os índices antropométricos preconizados pela Organização Mundial de Saúde. A associação entre os fatores em estudo e o déficit estatural foi verificada através da análise de regressão de Poisson, com variâncias robustas. Resultados: A prevalência de déficit estatural nas crianças avaliadas foi de 13,6%. Os fatores que se associaram ao desfecho foram: ausência de trabalho paterno (RP: 2,46; IC 95%: 1,34-4,49) e baixo peso ao nascer (RP: 2,29; IC 95%: 1,27-4,13). Conclusão: Os resultados mostram uma prevalência considerável do déficit de estatura entre as crianças menores de 2 anos, destacando a importância do monitoramento nutricional e a influência de fatores obstétricos e socioeconômicos

Suscetibilidade antimicrobiana de Salmonella spp e Staphylococcus aureus isolados de carnes bovinas comercializadas em Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brasil

As falhas na qualidade higiênico-sanitária da carne podem ser identificadas a partir da avaliação de microrganismos patogênicos que comprometem a qualidade microbiológica do alimento e podem veicular doenças de origem alimentar. O presente estudo objetivou avaliar a qualidade higiênica-sanitária de carnes bovinas comercializadas em supermercados, açougues e mercados públicos da cidade de Campo Grande (Mato Grosso do Sul, Brasil) por meio da pesquisa e caracterização fenotípica e genotípica de Salmonella spp. e Escherichia coli produtora de toxina Shiga (STEC) e pesquisa e contagem de Staphylococcus aureus. Foram avaliadas 71 amostras de carne bovina de 17 estabelecimentos comerciais que foram submetidas a pesquisa de detecção de Salmonella spp., Escherichia coli produtora de toxina Shiga (STEC) e pesquisa e contagem de Staphylococcus aureus. Os isolados obtidos foram submetidos ao perfil de sensibilidade aos antimicrobianos pelo teste de difusão em disco, de acordo com o Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI). Constatou-se a presença de Salmonella em 7,04% das amostras avaliadas, sendo que 70,0% dos isolados foram sensíveis aos antimicrobianos testados. Em relação ao Staphylococcus aureus, 25,35% das amostras foram positivas com contagens variando entre 1,0 x 102 a 4,3 x 104 UFC/g, sendo que os isolados apresentaram resistência para penicilina (62,5%), tetraciclina (18,75%) e cloranfenicol (6,25%). Nenhuma amostra apresentou-se positiva para STEC. A detecção desses patógenos em alimentos representa um perigo a saúde pública, principalmente, devido a presença de isolados resistentes a antimicrobianos. Além disso, ressalta-se a necessidade do emprego das boas práticas de higiene e fabricação nos estabelecimentos varejistas. Palavras-chave: antibiótico; comércio varejista; patógenos alimentares; resistência

Design of a school randomized trial for nudging students towards healthy diet and physical activity to prevent obesity:PAAPAS Nudge study protocol

Submitted by Janaína Nascimento ([email protected]) on 2019-06-26T13:41:43Z No. of bitstreams: 1 ve_Cunha_Diana_etal_INI_2017.pdf: 188285 bytes, checksum: 9c5af1590f81759ea357050b01c74cce (MD5)Approved for entry into archive by Janaína Nascimento ([email protected]) on 2019-06-26T14:10:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ve_Cunha_Diana_etal_INI_2017.pdf: 188285 bytes, checksum: 9c5af1590f81759ea357050b01c74cce (MD5)Made available in DSpace on 2019-06-26T14:10:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ve_Cunha_Diana_etal_INI_2017.pdf: 188285 bytes, checksum: 9c5af1590f81759ea357050b01c74cce (MD5) Previous issue date: 2017State University of Rio de Janeiro. Social Medicine Institute. Department of Epidemiology. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.State University of Rio de Janeiro. Social Medicine Institute. Department of Epidemiology. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.State University of Rio de Janeiro. Social Medicine Institute. Department of Epidemiology. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Brazilian Navy. Naval Academy. Department of Physical Education and Sports. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca. Departamento de Epidemiologia e Métodos Quantitativos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.State University of Rio de Janeiro. Social Medicine Institute. Department of Epidemiology. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fluminense Federal University. Institute of Collective Health. Department of Epidemiology and Biostatistics. Niterói, RJ, Brazil.State University of Rio de Janeiro. Social Medicine Institute. Department of Epidemiology. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fluminense Federal University. Institute of Collective Health. Department of Epidemiology and Biostatistics. Niterói, RJ, Brazil.State University of Rio de Janeiro. Nutrition Institute. Department of Social Nutrition. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.State University of Rio de Janeiro. Nutrition Institute. Department of Social Nutrition. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.University of Copenhagen. Department of Food Science. Copenhagen, Denmark.Federal University of Rio de Janeiro. Department of Social and Applied Nutrition. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.State University of Rio de Janeiro. Social Medicine Institute. Department of Epidemiology. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Objective: To evaluate the effectiveness of nudge activities at school on the students’ body mass index (BMI). Design: School-based factorial randomized community trial. Setting: Eighteen public schools in the municipality of Duque de Caxias, metropolitan area of Rio de Janeiro, Brazil. Participants and intervention: The 18 schools will be randomized into 4 group arms: group 1—control (without any activity); group 2—will receive educational activities in the classroom; group 3—will receive changes in the school environment (nudge strategies); group 4—will receive educational activities and changes in the school environment. Activities will occur during the 2018 school-year. Main outcomemeasure(s): The primary (BMI) and secondary (body fat percentage) outcomes will be assessed at baseline and after the study using a portable electronic scale with a segmental body composition monitor. The height will be measured by a portable stadiometer. Analysis: Statistical analyses for each outcome will be conducted through linear mixed models that took into account the missing data and cluster effect of the schools. Abbreviations: BMI = body mass index, CONSORT = Consolidated Standards of Reporting Trials, PAAPPAS = Portuguese abbreviation of parents, students, community health agents and teachers for healthy eating, Rec24-h = 24-hour recall, SLM = Smarter Lunchrooms Movement

Perfil clínico-epidemiológico de pacientes com leptospirose no estado do Pará, no período de 2012 a 2017 / Clinical-epidemiological profile of patients with leptospirosis in the state of Pará, from 2012 to 2017

A Leptospirose é uma doença febril aguda causada pela espiroqueta Leptospira interrogans. Sua transmissão ocorre, principalmente, através do contato com a água ou lama de enchentes contaminadas com urina de animais portadores, sobretudo os ratos. Nessa ótica, foi realizado um estudo descritivo qualitativo com análise de dados secundários disponíveis no Departamento de Informática do SUS (DATASUS), sobre o perfil clínico-epidemiológico leptospirose no estado do Pará entre os anos de 2012 a 2017. Os dados pesquisados foram analisados de acordo com as variáveis: faixa etária, sexo, raça e evolução clínica. Após a análise dos dados, foram evidenciados um total de 782 notificações de casos da doença, no período analisado. O grupo etário mais afetado foi o de 20 a 39 anos de idade. Em relação ao sexo, observou-se predomínio nos homens. Quanto à variável cor, os pardos tiveram 73,9% índice de contágio. Do total de pessoas diagnosticadas com a doença, 11,5% evoluíram para óbito. Observou-se alta incidência da doença no período analisado, com predominância de adultos, homens e pardos. Esse perfil de acometimento pode ser explicado provavelmente pela maior exposição desses grupos à doença, bem como pela composição da população do estado, com ampla preponderância de indivíduos pardos. Nesse sentido, faz-se necessária a adoção, por parte das autoridades de Saúde, de políticas voltadas à prevenção da doença, por meio de ações de educação em saúde sobre a enfermidade para a população, controle da população de roedores e melhorias no saneamento básico da região

Capacitação nacional emergencial em saúde mental e atenção psicossocial na COVID-19: um relato de experiência

In March 2020, the World Health Organization declared a pandemic, due to the rapid spread of the SARS-Cov-2 virus, triggering the global alert about the need for rapid expansion of the capacity for surveillance, prevention and implementation of assistance structures for the countries' health systems. In the day after the statement by the Brazilian Ministry of Health, that recognized community transmission in Brazil, a group of researchers was invited to gather scientific evidence and best practices for mental health and psychosocial care at COVID-19. 1,563 articles were selected that referred to mental health and / or psychosocial care in contexts of health emergencies. Researchers, teachers and volunteers from 25 institutions, recognized for their notorious knowledge, participated, totaling 117 volunteer professionals. It was decided to set up an online national course. Altogether 60,780 professionals joined the course in the first 30 days of enrollment. The online modeling, synchronous and asynchronous, enabled training during a period of social distance, and also allowed professionals from different states in the national territory to have access to updated information based on national and international research, seeking to guarantee the strengthening of actions within the scope health policies, and based on international protocols.Em março/2020, a Organização Mundial da Saúde emitiu a declaração de pandemia, em decorrência da disseminação do vírus SARS-Cov-2, disparando o alerta mundial sobre a necessidade de rápida expansão da capacidade de vigilância, prevenção e implementação das estruturas de assistência dos sistemas de saúde dos países. No dia seguinte a declaração do Ministério da Saúde que reconheceu a transmissão comunitária no Brasil, um grupo de pesquisadores foi convidado a reunir evidências científicas e melhores práticas de SMAPS na COVID-19. Foram selecionados 1.563 artigos que se referiam à saúde mental e/ou atenção psicossocial em contextos de emergências sanitárias. Participaram pesquisadores, docentes e voluntários de 25 instituições reconhecidas pelo notório saber, totalizando um montante de 117 profissionais voluntários. Optou-se por conformar um curso nacional na modalidade de Educação a distância. Ao todo 60.780 profissionais ingressaram no curso nos primeiros 30 dias de inscrição. A modelagem online, síncrona e assíncrona, possibilitou a formação durante período de distanciamento social, e também permitiu que profissionais de todos os estados, e do Distrito Federal, pudessem ter acesso a informações atualizadas e baseadas em pesquisas nacionais e internacionais, buscando garantir o fortalecimento das ações no âmbito das políticas de saúde, e com base nos protocolos internacionais