The replication origin of a repABC plasmid

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p><it>repABC </it>operons are present on large, low copy-number plasmids and on some secondary chromosomes in at least 19 α-proteobacterial genera, and are responsible for the replication and segregation properties of these replicons. These operons consist, with some variations, of three genes: <it>repA</it>, <it>repB</it>, and <it>repC</it>. RepA and RepB are involved in plasmid partitioning and in the negative regulation of their own transcription, and RepC is the limiting factor for replication. An antisense RNA encoded between the <it>repB-repC </it>genes modulates <it>repC </it>expression.</p> <p>Results</p> <p>To identify the minimal region of the <it>Rhizobium etli </it>p42d plasmid that is capable of autonomous replication, we amplified different regions of the <it>repABC </it>operon using PCR and cloned the regions into a suicide vector. The resulting vectors were then introduced into <it>R. etli </it>strains that did or did not contain p42d. The minimal replicon consisted of a <it>repC </it>open reading frame under the control of a constitutive promoter with a Shine-Dalgarno sequence that we designed. A sequence analysis of <it>repC </it>revealed the presence of a large A+T-rich region but no iterons or DnaA boxes. Silent mutations that modified the A+T content of this region eliminated the replication capability of the plasmid. The minimal replicon could not be introduced into <it>R. etli </it>strain containing p42d, but similar constructs that carried <it>repC </it>from <it>Sinorhizobium meliloti </it>pSymA or the linear chromosome of <it>Agrobacterium tumefaciens </it>replicated in the presence or absence of p42d, indicating that RepC is an incompatibility factor. A hybrid gene construct expressing a RepC protein with the first 362 amino acid residues from p42d RepC and the last 39 amino acid residues of RepC from SymA was able to replicate in the presence of p42d.</p> <p>Conclusions</p> <p>RepC is the only element encoded in the <it>repABC </it>operon of the <it>R. etli </it>p42d plasmid that is necessary and sufficient for plasmid replication and is probably the initiator protein. The <it>oriV </it>of this plasmid resides within the <it>repC </it>gene and is located close to or inside of a large A+T region. RepC can act as an incompatibility factor, and the last 39 amino acid residues of the carboxy-terminal region of this protein are involved in promoting this phenotype.</p

Propuesta didáctica enfocada al juego cooperativo para afianzar la competencia motriz, en niños con edades de 8 años, de la escuela de formación deportiva Minuto de Dios.

En esta propuesta para que se pudiera concretar, se inicio realizando una serie de observaciones en la Escuela de formación deportiva Minuto de Dios, enfocándonos en la categoría correspondiente a la edad de 8 años, en donde las obcerbaciones no estructuradas nos llevaron a plantear la siguiente problemática, en donde los niños de esta edad y esta población presentaban deficiencias notorias en sus habilidades básicas, una visión centralizada en los objetos que manipulaban por ejemplo el balón, la poca dominancia del segmento corporal que menos utiliza, dificultades en el la ubicación en el espacio y tiempo, presentan dificultades en la medición de distancia y de fuerza, en lo convivencial, ridiculización por parte de los compañeros que tienen mejores habilidades, desmotivación y sentimientos de incompetencia y poca participación en las actividades grupales e individuales propuestas en las sesiones de formación en el deporte. Luego de identificar la problemática se inicio la creación de una serie de pruebas, con unos parámetros que en la realidad y de manera concreta nos permitiera afirmar lo que se había observado; dentro de las pruebas se presentaban una serie de conceptos como lo son la competencia motriz, de Ruiz Pérez, Luis 1994 “conjunto de conocimientos, procedimientos, actitudes y sentimientos que intervienen en las múltiples interacciones que realiza en su medio y con los demás, que permiten que los escolares superen los diferentes problemas motrices planteados, tanto en las sesiones de educación física como en su vida cotidiana”, centrándonos fuertemente en este concepto y los demás mencionados en las palabras claves derivadas de las categorías conceptuales inmersas en el trabajos de grado, siguiendo con el proceso de identificación del problema se realizaron las pruebas corroborando lo que en la fase de observación se planteo como problemática, luego de esto se realizo la tabulación y se emprendió en la tarea de construcción de una propuesta que pudiera dar solución a la problemática planteada, este trabajo de investigación tiene como metodología un enfoque cualicuantitativo, con un diseño cuasi experimental, y un alcance coorelacional. En el planteamiento de la propuesta didáctica se plantearon unos objetivos, unas metas didácticas, unos contenidos definidos por fases, la primera es la fase de preparación física general, la segunda fase de aprendizaje interoceptivo y la tercera fase de respuesta a situaciones reales, con una metodología de formación para la cooperación, mediante la enseñanza basada en problemas, luego de la aplicación de estas fases desarrollada en 18 sesiones, con una serie de actividades en donde estuviera inmerso el juego cooperativo para que con los pares pudieran aprendes y llevar a cavo las actividades propuestas y además fortalecer lo correspondiente a la competencia motriz. Luego de la aplicación y conclusiones de la propuesta se presenta el momento de realizar las pruebas que en un inicio se realizaron con la misma muestra poblacional y los mismos criterios establecidos en la fase de aplicación de las mismas, coo-relacionando luego de la tabulación los resultados de la primera aplicación de las pruebas y las siguientes posterior a la implementación de la propuesta didáctica

Caffeinating the biofuels market:Effect of the processing conditions during the production of biofuels and high-value chemicals by hydrothermal treatment of residual coffee pulp

5 figures, 4 tables, supplementary information.-- © 2021. This manuscript version is made available under the CC-BY-NC-ND 4.0 license http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/The manufacturing of coffee, one of the most popular beverages globally, renders enormous amounts of by-products and wastes, which may trigger severe environmental issues if not treated appropriately. The coffee pulp, resulting from the wet processing of coffee, is the predominant by-product, with around 10 Mt annually produced worldwide. For the first time, this work addresses the hydrothermal treatment of coffee pulp to produce biofuels and platform molecules, scrutinising the influence of the processing conditions (temperature, pressure, reaction time and solid/water ratio) on the process. This strategy allowed the transformation of coffee pulp into bio-crude and hydrochar in different yields (10–26% and 10–42%, respectively), depending on the conditions. The bio-crude included a pool of alkanes, carboxylic acids, ketones, phenols and nitrogen species, with varying quantities of C (54–71 wt%), H (6–7 wt%), O (18–34 wt%) and N (3–5 wt%) and a calorific value shifting from 23 to 32 MJ/kg. The hydrochar contained different proportions of C (57–72 wt%), H (4–6 wt%), O (20–35 wt%) and N (2–3 wt%) and had a calorific value between 22 and 29 MJ/kg. Process optimisation showed that up to 45% of the coffee pulp could be simultaneously converted into energy-rich (29 MJ/kg), merchantable liquid (20% bio-crude) and solid (24% hydrochar) biofuels during the treatment of a 15 wt% coffee pulp suspension at 320 °C and 162 bar for 1 h. At the same time, a bio-crude with a high proportion of profitable phenolic derivatives (42%) can be attained in high yield (25%) when a 5 wt% suspension is treated at 280 °C and 120 bar for 2 h. These promising results, along with the bespoke nature of this hydrothermal treatment, are a landmark achievement for the economy and sustainability of coffee producer countries, thus representing a pioneering step change towards the sustainable management of early-stage coffee leftovers.The authors wish to express their gratefulness to FEDER, the Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities (Grant Number ENE2017-83854-R) and the Spanish National Research Council (CSIC) (Grant Number COOPA20367) for providing financial support. Besides, Javier Remón is very grateful to the Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities for the Juan de la Cierva (JdC) fellowships (Grant Numbers FJCI-2016-30847 and IJC2018-037110-I) awarded. Lorena Pedraza-Segura and Pedro Arcelus-Arrillaga would like to acknowledge the financial support of INIAT and DINV at Universidad Iberoamericana for their research.Peer reviewe

Laparoscopic cholecystectomy and common bile duct exploration using choledochotomy and primary closure following failed endoscopic retrograde cholangiopancreatography: A multicentric comparative study using three-port vs multiport

Background: Laparoscopic surgery has changed many ways in which we as surgeons manage patients, offering better results, quicker recovery, and fewer complications using minimally invasive techniques, especially in common bile duct (CBD) surgery. Not only can laparoscopic techniques be applied to programed surgery but also emergencies and those following failed endoscopic retrograde cholangiopancreatography (ERCP). Objectives and aims: Describe and compare clinical and surgical results of the laparoscopic CBD exploration with primary closure using a 3-port vs multiport approach. Materials and methods: We present a multicentric comparative study of 197 consecutive patients who underwent a laparoscopic gallbladder removal along with CBD exploration with primary closure following failed (ERCP to extract CBD stones; 104 patients were managed by three-port vs 93 multiport laparoscopic surgery in five centers of Bogotá, Colombia, between 2013 and 2017 with follow-up of 1 year. Results: A total of 197 patients were taken to laparoscopic gallbladder removal along with CBD exploration with primary closure, 104 patients via three-port technique and 93 patients via multiport. All (100%) the patients had previously failed ERCP. The average surgical time on the three-port approach was 106 minutes vs 123 minutes on multiport. Only in the multiport technique we had an average conversion of 2%. Mean hospital stay of 2.5 days, less for the three-port approach vs multiport in 5–7 days. There was a need of reintervention in 1% of the patients who underwent three-port exploration. Conclusion: Postoperative pain, use of an additional port, complication rates, operation time, and cost of the three-port technique were similar to those of the conventional approach. Large randomized controlled trials are needed to examine the true benefits of the three-port technique

La apendicectomía laparoscópica de incisión única con puerto de guante quirúrgico es rentable y fiable en la apendicitis aguda complicada: Un estudio multicéntrico de casos y controles en Colombia

Antecedentes: El abordaje laparoscópico de puerto único (SPL) y multipuerto (MPL) son el patrón oro del tratamiento de la apendicitis aguda, debido a sus múltiples ventajas sobre la cirugía abierta, principalmente por sus efectos directos sobre la recuperación, la estética y los costes del procedimiento. Sin embargo, en los países del tercer mundo, el abordaje laparoscópico aún no es totalmente reproducible debido a los costes de la técnica. La apendicectomía laparoscópica de incisión única con puerto de guante quirúrgico (SGP-SILA) se ha propuesto como una opción viable. Sin embargo, nunca ha sido estudiada en Colombia. Objetivo: Evaluar el costo-efectividad y la confiabilidad de la SGP-SILA en el manejo de la apendicitis aguda complicada, comparada con el abordaje tradicional MPL. Materiales y métodos: Se realizó un estudio retrospectivo de casos y controles comparando pacientes sometidos a apendicectomía laparoscópica por SGP-SILA vs. MPL, evaluando costos operatorios asociados a variables intraoperatorias y postoperatorias en dos centros terciarios de Bogotá, Colombia. Los datos fueron analizados y expresados según su naturaleza y distribución. Resultados: Se incluyeron 116 pacientes (SGP-SILA: 62 y MPL: 54). La mediana del tiempo quirúrgico para SGP-SILA fue de 60 min frente a 39 min para MPL. Se demostró que la SGP-SILA causaba una menor frecuencia de infección del sitio quirúrgico (4 frente a 8 pacientes; p = 0,047). Se encontró una correlación significativa entre la infección del sitio quirúrgico de grado III y el tiempo de cirugía (p = 0,047) en el grupo MPL; también, con la estancia hospitalaria (p < 0,001). Asimismo, se encontró un menor riesgo de infección del sitio quirúrgico con la técnica SGP-SILA (22% frente a 31%). La SGP-SILA generó una reducción de los costes operativos directos e indirectos de aproximadamente el 10% (616 USD frente a 683 USD). Conclusiones: La SGP-SILA y la MPL son procedimientos factibles y comparables en la resolución de la apendicitis aguda complicada. La SGP-SILA resulta ser más rentable que la MPL, debido al uso de instrumentos más fácilmente accesibles. Puede ser una técnica reproducible en países de ingresos bajos y medios.Background: The single-port (SPL) and multi-port (MPL) laparoscopic approach are the gold standard of management of acute appendicitis, due to its multiple advantages over open surgery, mainly because of its direct effects on recovery, esthetics and costs of the procedure. However, in third-world countries, the laparoscopic approach is not yet fully reproducible due to the costs of the technique. The surgical-glove port single incision laparoscopic appendectomy (SGP-SILA) has been proposed as a viable option. However, it has never been studied in Colombia. Objective: To evaluate the cost-effectiveness and reliability of SGP-SILA in the management of complicated acute appendicitis, compared to traditional MPL approach. Materials and methods: A retrospective case control study was carried out comparing patients undergoing laparoscopic appendectomy by SGP-SILA vs. MPL, evaluating operating costs asso- ciated with intraoperative and postoperative variables in two tertiary centers in Bogota, Colombia. The data were analyzed and expressed according to their nature and distribution. Results: 116 patients were included (SGP-SILA: 62 and MPL: 54). The median surgical time for SGP-SILA was 60 min vs. 39 min for MPL. SGP-SILA was shown to cause lower frequency of surgical site infection (4 vs. 8 patients; p = 0.047). It was found a significant correlation between Grade III surgical site infection and surgery time (p = 0.047) in the MPL group; also, with hospital stay (p < 0.001). Also, a lower risk of surgical site infection was found with the SGP-SILA technique (22% vs. 31%). SGP-SILA generated a reduction in both direct and indirect oper- ating costs of approximately 10% (616 USD vs. 683 USD). Conclusion: SGP-SILA and MPL are feasible and comparable procedures in the resolution of complicated acute appendicitis. SGP-SILA turns out to be more cost-effective compared to MPL, due to the use of more easily accessible instruments. This may be a reproducible technique in low- and middle-income countries

Laparoscopic choledochal cyst resection with simplified common bile duct reconstruction in an adult population: A case series

Introducción: Los quistes de colédoco (CC) son una patología congénita poco frecuente en la población adulta. Desde 1995, el manejo laparoscópico ha sido descrito para esta entidad. Sin embargo, su manejo se considera un tema controvertido debido al aumento del riesgo de colangiocarcinoma. Materiales y métodos: se realizó un estudio retrospectivo, observacional y descriptivo considerando pacientes diagnosticados de CC que fueron operados en un centro de referencia de cirugía hepatobiliar desde enero de 2013 hasta junio de 2018. Los pacientes fueron llevados a laparoscopia simplificada hepaticoyeyunostomía con reconstrucción en Y de Roux. Se presenta un análisis retrospectivo de los datos obtenidos. Resultados: Diez pacientes adultos con CC fueron sometidos a reconstrucción biliar quirúrgica a una edad media de 34,5 años; 75% tenía CC Todani tipo I y 25% Todani tipo IV-B CC. Aproximadamente el 50% de los pacientes fueron diagnosticados mediante colangiopancreatografía retrógrada endoscópica (CPRE) y el 50% de ellos mediante colangiopancreatografía por resonancia magnética. Ninguno requirió reintervención, no se informó mortalidad; y la estancia media en el hospital fue 5 días, ningún paciente tuvo fuga biliar posoperatoria, ninguno se convirtió a cirugía abierta y todos los pacientes tuvieron una tolerancia adecuada a la alimentación oral 2 días postoperatorios. El seguimiento a largo plazo no mostró incidencia de colangiocarcinoma después de un seguimiento de 2 años. Conclusión: Los quistes de colédoco en adultos son una patología poco frecuente que tiene una alta probabilidad de desarrollar malignidad cuando no se realiza de forma adecuada quirúrgicamente manejado y debido al reflujo biliar secundario. Estos factores hacen que el manejo quirúrgico sea una decisión crítica. El abordaje laparoscópico simplificado presentado en este trabajo parece ser una alternativa eficaz y segura a la cirugía reconstructiva de la vía biliar.Introduction: Choledochal cysts (CC) are rare congenital pathology in adult population. Since 1995, laparoscopic management has been described for this entity. Nevertheless, its management is considered to be a controversial matter due to the augmented risk of associated cholangiocarcinoma. Materials and methods: A retrospective, observational, and descriptive study was conducted considering patients diagnosed with CC who were operated at a hepatobiliary surgery referral center from January 2013 to June 2018. Patients were taken to simplified laparoscopic hepaticojejunostomy with a Roux-en-Y reconstruction. A retrospective analysis of the data obtained is presented. Results: Ten adult patients with CC underwent surgical biliary reconstruction at a mean age of 34.5 years; 75% had Todani type I CC and 25% Todani type IV-B CC. About 50% of the patients were diagnosed via endoscopic retrograde holangiopancreatography (ERCP) and 50% of them via magnetic resonance cholangiopancreatography. None required re-intervention, no mortality was reported; and the mean hospital stay was 5 days, no patient had postoperative biliary leakage, none was converted to open surgery, and all patients had adequate oral feeding tolerance 2 days postoperative. Long-term follow-up showed no incidence of cholangiocarcinoma after 2-year follow-up. Conclusion: Choledochal cysts in adults is a rare pathology that has a high probability of developing malignancy when not adequately surgically managed and because of secondary bile reflux. These factors make surgical management a critical decision. The simplified laparoscopic approach presented in this paper seems to be an effective and safe alternative to biliary duct reconstructive surgery

Biliogastrointestinal reconstruction with duodenectomy and pancreas preservation by laparoscopy after open failed coledocoduodenostomy

Las lesiones de la vía biliar y las reconstrucciones biliodigestivas son un reto quirúrgico para el cirujano, además de una situación que exige su máxima habilidad y conocimiento. Presentamos el caso de un paciente con una reconstrucción biliodigestiva por una lesión de vía biliar abierta la cual fue fallida. Se decide llevar a reconstrucción biliodigestiva por laparoscopia, con preservación del páncreas, en un asa con hepatoyeyunostomía y gastroyeyunostomía. Este caso ilustra la posibilidad del manejo con cirugía mínimamente invasiva incluso en los casos más graves; sin embargo, se requiere alta experticia al momento de abordarlo.Bile duct injury and bile duct reconstruction are a surgical challenge for the surgeon, in addition to a situation that demands maximum skill and knowledge. We present a case of a patient with a biliodigestive reconstruction due to an open bile duct injury which was failed, it was decided to take a biliodigestive reconstruction by laparoscopy, with preservation of the pancreas, with hepaticoyejunostomy and gastroyejunostomy. This case illustrates the possibility of handling with minimally invasive surgery even in the most severe cases, however, they require high expertise when addressing it

Unidades de cuidados paliativos en el Perú

Acceso restringido. Si desea contactar a una de los autoras, escriba a [email protected] para reenviar su mensaje.Los cuidados paliativos (CP) especializados son prestados bajo una organización y gestión diferenciadas del resto de servicios asistenciales, con profesionales que tienen formación avanzada en este tipo de asistencia, y que cuenta con recursos físicos y financieros específicos con la finalidad de mejorar la atención; puede estar englobada en un servicio de CP que integre el equipo de soporte hospitalario y/o al equipo de soporte de atención domiciliaria. El elemento fundamental de la gestión de UCP es su integración en una red de servicios especializados de CP y coordinación con el ámbito de atención primaria, atención especializada y los recursos sociales disponibles, que garantice la continuidad de la asistencia. Las ventajas y desventajas de cada modelo organizativo de UCP deben ser considerados en función del modelo de provisión de servicios de cuidados paliativos, organización del hospital y servicios de salud correspondientes, su disponibilidad del recurso y adaptación a cada entorno geográfico y poblacional. La descripción de la organización de la UCP se articula en relación con el proceso de atención al paciente: acceso a la unidad, circulación dentro de la unidad y derivaciones post alta. A lo largo del seguimiento del manejo del paciente en el entorno y dentro de la UCP se dan alternativas organizativas y de gestión distintas. Cada organización sanitaria deberá dar prioridad a las alternativas más adecuadas a su sistema organizativo y de gestión. El paciente y su familia es una unidad básica terapéutica en CP. Se considera una arista importante de abordar en el manejo paliativo, constituyéndose un eje primordial para el logro de los objetivos. En ella encontraremos el primer nivel de cuidados, generalmente al cuidador principal y/o secundarios; y es la unidad dentro de la comunidad en donde se da el desarrollo de hasta el 80% de los cuidados. El Atlas latinoamericano de CP elaborado por la ALCP, muestra que el nivel de desarrollo de los CP en el Perú corresponde al grupo de países de provisión aislada, es decir no existe una red nacional que permita el acceso universal. Se presenta una distribución asimétrica a nivel nacional de los Servicios/ Unidades de CP, los mismos que se concentran en establecimientos de segundo y tercer nivel, y en su mayoría centralizados en la ciudad de Lima.Trabajo de investigació

Epileptogenic zone localization with (18)FDG PET using a new dynamic parametric analysis

Introduction: [18F]fluorodeoxyglucose (18F-FDG) positron emission tomography (PET) is part of the regular preoperative work-up in medically refractory epilepsy. As a complement to visual evaluation of PET, statistical parametric maps can help in the detection of the epileptogenic zone (EZ). However, software packages currently available are time-consuming and little intuitive for physicians. We develop a user-friendly software (referred as PET-analysis) for EZ localization in PET studies that allows dynamic real-time statistical parametric analysis. To evaluate its performance, the outcome of PET-analysis was compared with the results obtained by visual assessment and Statistical Parametric Mapping (SPM). Methods: Thirty patients with medically refractory epilepsy who underwent presurgical 18F-FDG PET with good post-operative outcomes were included. The 18F-FDG PET studies were evaluated by visual assessment, with SPM8 and PET-analysis. In SPM, parametric T-maps were thresholded at corrected p < 0.05 and cluster size k = 50 and at uncorrected p < 0.001 and k = 100 (the most used parameters in the literature). Since PET-analysis rapidly processes different threshold combinations, T-maps were thresholded with multiple p-value and different clusters sizes. The presurgical EZ identified by visual assessment, SPM and PET-analysis was compared to the confirmed EZ according to post-surgical follow-up. Results: PET-analysis obtained 66.7% (20/30) of correctly localizing studies, comparable to the 70.0% (21/30) achieved by visual assessment and significantly higher (p < 0.05) than that obtained with the SPM threshold p < 0.001/k = 100, of 36.7% (11/30). Only one study was positive, albeit non-localizing, with the SPM threshold corrected p < 0.05/k = 50. Concordance was substantial for PET-analysis (κ = 0.643) and visual interpretation (κ = 0.622), being fair for SPM (κ = 0.242). Conclusion: Compared to SPM with the fixed standard parameters, PET-analysis may be superior in EZ localization with its easy and rapid processing of different threshold combinations. The results of this initial proof-of-concept study validate the clinical use of PET-analysis as a robust objective complementary tool to visual assessment for EZ localization

Las mutaciones dentro de la constitución política de Colombia de 1991

La tesis fue desarrollada ante la necesidad de establecer y determinar cuál es realmente la Constitución Política vigente, a partir de las interpretaciones de la Corte Constitucional. Lo inédito de éste trabajo consiste en identificar las mutaciones que han tenido impacto en los derechos fundamentales y en expresiones que afectan la comunidad jurídica. De lo anterior se concluyó que además de las reformas realizadas por vía de cambios formales como el referendo, y el acto legislativo, la Constitución ha sido también transformada a través de la interpretación realizada por la Corte Constitucional en sus sentencias, que sin cambiar el texto constitucional altera su contenido y alcance de sus disposiciones, encontrando así 15 mutaciones, de las cuales 11 impactan en forma intensa los derechos fundamentales y 4 mutaciones que afectan en forma radical expresiones dentro de la comunidad jurídica.The thesis was developed in light of the need to estabüsh and determine what the current Political Constitution is, based on the interpretations of the Constitutional Court. The unpublished of this work is to identify the mutations that have had an impact on fundamental rights and expressions that affect the legal community. From the above it was concluded that in addition to the reforms made through formal changes such as the referendum, and the legislative act, the Constitution has also been transformed through the interpretaron made by the Constitutional Court in its judgments, which without changing the text Constitutional changes its content and scope of its provisions, finding 15 mutations, of which 11 impact intensely fundamental rights and 4 mutations that radicaliy affect expressions within the legal community.Magíster en Derecho ConstitucionalMaestrí