La potestas, la vitae necisque potestas i el dret de corregir: Narració i anàlisi d'històries de judicis sobre casos de parricidi (0871-1929)

Màster Oficial en Antropologia i Etnografia, Departament d'Antropologia, Facultat Geografia i Història, Universitat de Barcelona, Curs: 2013-2014, Director: Ignasi Terrades SaboritDecideixo fer un petit estudi sobre la patria potestas romana i la distinció sui iuris i alieni iuris; model jurídic i categories que segueixo a través de distintes institucions a la península ibèrica (de les institucions visigodes, passant pels Furs, Les Partidas, i la fixació del "dret" en els distints Codis, fins al Codi Penal de 1932). És important senyalar que aquest seguiment es recolza no sobre la idea d´una generalització del dret romà, sinó del caràcter atemporal que hauria agafat com a camp semàntic. Després i a partir d´aquell petit estudi, incorporo –decidint recuperar la seva centralitat dins el treball, tot i estar a les darreres pàgines- les narracions de les històries dels judicis de cada cas amb diferents propostes d´anàlisi

Urbanització del carrer Remei i pont sobre el riu Sec a Cerdanyola del Vallès.

El projecte consisteix en la realització d’un pont, amb pila intermèdia, que connectarà el barri del Banús amb el barri de la Farigola, a Cerdanyola del Vallés. Es tracta d’un pont in-situ de formigó armat i posttesat, amb alleugeridors (porexpan). També hi ha una sèrie de murs d’escullera i les obres d’urbanització per a connectar els dos carrers

Double Trouble

Maintaining the function of the systems and recovering from shocks or chronic stresses is what, nowadays, refers to Urban Resilience. Resilience is a term derived from the Latin verb resilire, which means bounce. It was used as a synonym of resistance in different contexts such as medical, psychological, among others. However, since the 1980s, the concept of resilience was mostly associated with the ecological field and referred to as the capability of dealing with catastrophes (Fooken 2016: 13ff; Voss & Dittmer 2016: 179ff; Wink 2016: 1ff). Currently, it is a topic frequently discussed worldwide due to the Anthropocene, which is aggravating climate change at an accelerated pace. In this context, the term is used to emphasize the constant symbiosis between humans and nature (Prominski 2014: 6ff). The approach of this paper tackles flood risks in a specific neighborhood in the city of Hannover. For that matter, historic events and actions implemented by the municipality, as well as the study of data provided, will be mentioned in this document. After going through a research and discussion phase, the intention is to develop guidelines and propose design strategies to address flood threats at the study case site

Ο ρόλος των μακρών RNAs που δεν κωδικοποιούν για πρωτεΐνες (lncRNAs) στην ανάπτυξη του εγκεφάλου των θηλαστικών

Με την έλευση και διάδοση των τεχνολογιών αλληλούχισης νέας γενιάς, ένας αυξανόμενος αριθμός πρώην άγνωστων ρυθμιστικών ειδών RNA έχει έρθει στο προσκήνιο. Μεταξύ αυτών, βρέθηκαν μακρά RNA μόρια που δεν κωδικοποιούν για πρωτεΐνες (long non-coding RNAs – lncRNAs), τα οποία συμμετέχουν στον έλεγχο της πολυδυναμίας των βλαστικών κυττάρων, την καρκινογένεση, την ανάπτυξη και τη λειτουργία πολλών ιστών και οργάνων. Παρόλο που χιλιάδες lncRNAs εκφράζονται στον εγκέφαλο των ενήλικων θηλαστικών με ειδικά και συγκεκριμένα μοτίβα έκφρασης, παραμένουν ελάχιστα αναγνωρισμένα και χαρακτηρισμένα, ενώ οι ρόλοι τους στην ανάπτυξη του εγκεφάλου δεν έχουν ακόμη μελετηθεί. Η αντίληψη ότι το γονιδίωμα ασκεί τις λειτουργίες του μόνο μέσω πρωτεϊνών και τυπικών γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες εμφανίζεται προοδευτικά ως μια μάλλον αφελής απλοποίηση ενός σύνθετου και γοητευτικού συστήματος που βρίθει βρόγχων και δικτύων και που περιλαμβάνει επίσης μόρια RNA εκτός από πρωτεΐνες. Πράγματι, η γνώση μας για τη δραστηριότητα, τη ρύθμιση και την αρχιτεκτονική των γονιδιωμάτων των θηλαστικών έχει αναβαθμιστεί πλήρως μετά από τις τελευταίες εξελίξεις στις τεχνολογίες αλληλούχισης και στα δεδομένα που αποκτήθηκαν από μελέτες μεγάλης κλίμακας όπως το ENCODE και το FANTOM. Επιπλέον, οι συγκρίσεις μεταξύ μεταγραφωμάτων και γονιδιωμάτων θηλαστικών έχουν δείξει ότι περίπου τα δύο τρίτα του γονιδιωματικού DNA μεταγράφονται, αλλά μόνο λιγότερο από το 2% μεταφράζεται τελικά σε πρωτεΐνες. Επιπλέον, ακόμη και αν ληφθούν υπόψη τα παράγωγα που προκύπτουν από εναλλακτικό μάτισμα και από μετα-μεταγραφικές τροποποιήσεις, το επίπεδο της πολυπλοκότητας των οργανισμών μεταξύ των ευκαρυωτικών συσχετίζεται καλύτερα με το κλάσμα των RNAs που δεν κωδικοποιούν για πρωτεΐνες παρά με το άθροισμα των γονιδίων που κωδικοποιούν για πρωτεΐνες. Εκτός από την ήδη γνωστή πληθώρα και πολυπλοκότητα που επιτυγχάνεται από τα γονίδια που κωδικοποιούν για πρωτεΐνες, τα ρυθμιστικά τους στοιχεία και τις μεταξύ τους αλληλεπιδράσεις, έχει αναγνωριστεί ένας εκπληκτικός αριθμός μη κωδικοποιητικών RNA (ncRNAs). Αυτά τα ncRNAs ταξινομούνται σε μικρά (scnRNAs) και μακριά (lncRNAs) μη κωδικοποιητικά RNA, τα οποία διαφέρουν κυρίως σε μέγεθος, αλλά και σε λειτουργία. Τα περισσότερα από τα sncRNA λειτουργούν ως ρυθμιστές σε μετα-μεταγραφικό επίπεδο στο κυτταρόπλασμα, ενώ τα lncRNAs δρουν σε ένα πιο ευρύ και ποικίλο εύρος λειτουργιών. Στην πραγματικότητα, διαπιστώθηκε ότι οι ρυθμιστικοί μηχανισμοί που περιλαμβάνουν lncRNAs επηρεάζουν εκτενώς τη γονιδιακή ρύθμιση μεμονωμένων γονιδίων και γονιδιακών δικτύων σε μεταγραφικό, μετα-μεταγραφικό και μεταφραστικό επίπεδο. Επομένως, τα lncRNAs παρέχουν στα κύτταρα ένα επιπλέον εργαλείο για τον έλεγχο της χωροχρονικής ρύθμισης των γονιδίων, μια κρίσιμη απαίτηση για τα νευρικά βλαστικά κύτταρα κατά την ανάπτυξη του εγκεφάλου. Ο κύριος στόχος αυτής της διδακτορικής διατριβής είναι η καλύτερη κατανόηση της εμπλοκής των lncRNAs στην ανάπτυξη του εγκεφάλου των θηλαστικών και ειδικά στα γονιδιακά ρυθμιστικά δίκτυα που ορίζουν την ταυτότητα των νευρικών βλαστικών κυττάρων. Για το σκοπό αυτό, οι συγκεκριμένοι στόχοι αυτής της διατριβής περιλαμβάνουν: α) Ταυτοποίηση lncRNAs που εκφράζονται σε νευρικά κύτταρα και χαρακτηρισμός των αλλαγών στο προφίλ έκφρασης αυτών των lncRNAs κατά την ανάπτυξη εγκεφάλου μυός (και πιο συγκεκριμένα του τελεγκεφάλου). β) Αξιολόγηση της σημαντικότητας των lncRNAs που προσδιορίστηκαν στον προηγούμενο στόχο και συγκεκριμένα αν απαιτούνται για την ανάπτυξη του εγκεφάλου μυός. Εδώ σκοπεύουμε να εξετάσουμε με συνολικό τρόπο το ρόλο των lncRNAs που προέκυψαν από τον προηγούμενο στόχο στον έλεγχο των ιδιοτήτων των νευρικών βλαστικών κυττάρων μυός. Έχουμε αναπτύξει πειραματικά συστήματα για την απομόνωση, την καλλιέργεια και τη διαφοροποίηση των νευρικών βλαστικών κυττάρων από το εμβρυϊκό κεντρικό νευρικό σύστημα μυών και έχουμε χρησιμοποιήσει αυτά τα συστήματα για να μελετήσουμε τους μοριακούς μηχανισμούς που ελέγχουν τον πολλαπλασιασμό, την επιβίωση, την κυτταρική εξειδίκευση και τη διαφοροποίηση των νευρικών βλαστικών κυττάρων. Αυτός ο στόχος περιλαμβάνει δύο συγκεκριμένους υπο - στόχους: 1: Υπερέκφραση επιλεγμένων lncRNAs και ανάλυση της επίδρασης της υπερέκφρασής τους σε πρωτογενείς καλλιέργειες νευρικών βλαστικών κυττάρων. 2: Αποσιώπηση επιλεγμένων lncRNAs χρησιμοποιώντας ένα σύστημα CRISPR-dCas9-KRAB και ανάλυση της επίδρασης της αποσιώπησής τους σε πρωτογενείς καλλιέργειες νευρικών βλαστικών κυττάρων. Ο απώτερος στόχος αυτής της διατριβής είναι να παρέχει πληροφορίες για τη συμμετοχή των lncRNAs στην οργανογένεση και να συμβάλλει στην κατανόηση του τρόπου με τον οποίο τα lncRNAs και τα γονίδια που κωδικοποιούν για πρωτεΐνες σχηματίζουν ρυθμιστικά δίκτυα με σημαντικές λειτουργίες στα νευρικά κύτταρα. Η κατανόηση του ρόλου των lncRNAs στην οργανογένεση του εγκεφάλου θα μπορούσε να επιφέρει σημαντικότατες προσθήκες στις βασικές αρχές της αναπτυξιακής / κυτταρικής βιολογίας και της νευροεπιστήμης. Για να αντιμετωπίσουμε λοιπόν το βασικό μας ερώτημα, αρχικά πραγματοποιήσαμε RNA-Seq ανάλυση στο αναπτυσσόμενο νευρικό σύστημα εμβρύων μυός. Με βάση αυτήν την ανάλυση, εντοπίσαμε πολλά lncRNAs με υψηλά επίπεδα γονιδιακής έκφρασης σε κύτταρα του νευρικού συστήματος. Εστιάσαμε σε lncRNAs, τα οποία μεταγράφονται από γονιδιωματικούς τόπους σε κοντινή απόσταση με γονίδια που κωδικοποιούν για πρωτεΐνες και πιο συγκεκριμένα, σε κοντινή απόσταση με γονίδια που κωδικοποιούν για μεταγραφικούς παράγοντες με κρίσιμο ρόλο στην ανάπτυξη του εγκεφάλου. Βασιζόμενοι και στη σχετική βιβλιογραφία που πρότεινε ως πιθανό μηχανισμό δράσης των lncRNAs την in cis επίδρασή τους σε διπλανά γονίδια, υποθέσαμε ότι αυτά τα lncRNAs μπορεί να εμπλέκονται στη ρύθμιση των γειτονικών τους γονιδίων που κωδικοποιούν για σημαντικούς μεταγραφικούς παράγοντες. Για να ελέγξουμε αυτήν την αρχική μας υπόθεση, μελετήσαμε τις αλλαγές στα προφίλ έκφρασης κατά την ανάπτυξη του εγκεφάλου μυός ενός αριθμού ζευγαριών lncRNAs και γειτονικών γονιδίων για μεταγραφικούς παράγοντες με real time-qPCR. Από αυτήν τη μελέτη, προέκυψαν ενδιαφέροντα τέτοια ζεύγη, τα οποία αναλύσαμε περαιτέρω με in situ υβριδισμούς σε ιστούς διάφορων αναπτυξιακών σταδίων εμβρυικού εγκεφάλου μυός και κατόπιν υπερέκφρασης των εν λόγω lncRNAs στην κυτταρική σειρά νευροβλαστώματος Ν2Α. Αυτά τα πειράματα, έδωσαν αρκετές πληροφορίες, ώστε αρχικά να εστιάσουμε το ενδιαφέρον μας στο lncRNA TCONS_00034309, που ονομάστηκε από εμάς ως Lacuna. Επομένως, συνεχίσαμε με ex vivo μελέτες υπερέκφρασης και αποσιώπησης του Lacuna σε νευρικά βλαστικά κύτταρα, ώστε να μελετήσουμε το λειτουργικό ρόλο του στη διαφοροποίηση των νευρικών βλαστικών κυττάρων και τη σχέση του με το μεταγραφικό παράγοντα Tbr2 ή Eomes, έναν κρίσιμο ρυθμιστή της νευρογένεσης και συγκεκριμένα της μετάβασης από ενδιάμεσο προγονικό κύτταρο σε μετα-μιτωτικό νευρώνα. Πιο συγκεκριμένα, το γονίδιο που κωδικοποιεί για το Lacuna βρίσκεται στο χρωμόσωμα 9, μόνο περίπου 1kb μακριά από το γονίδιο που κωδικοποιεί για το μεταγραφικό παράγοντα Tbr2 / Eomes. Το μετάγραφο αποτελείται από 3 εξώνια και έχει συνολικό μήκος 1661 νουκλεοτιδίων, όπως επιβεβαιώνεται από τη στρατηγική χαρτογράφησης που ακολουθήσαμε. Το Lacuna εκφράζεται διαφορικά στον αναπτυσσόμενο εγκέφαλο μυός με υψηλότερη έκφραση κατά τη διάρκεια των εμβρυϊκών ημερών Ε15 και Ε16. Οι in situ υβριδισμοί που πραγματοποιήσαμε για το Lacuna σε ιστούς εμβρυικού εγκεφάλου μυός έδειξαν ειδική έκφραση στην κοιλιακή στιβάδα και στη φλοιική πλάκα του αναπτυσσόμενου φλοιού εγκεφάλου μυός. Η υποκυτταρική κλασμάτωση των νευρικών βλαστικών κυττάρων και η επακόλουθη real time-qPCR αποκάλυψαν ότι το Lacuna βρίσκεται τόσο στο κυτοσόλιο όσο και στον πυρήνα, υποδηλώνοντας την πιθανότητα να λειτουργεί τόσο in cis όσο και in trans. Για να αποσαφηνίσουμε περαιτέρω το λειτουργικό ρόλο του Lacuna, χρησιμοποιήσαμε ένα σύστημα καλλιέργειας για πρωτογενή νευρικά βλαστικά / προγονικά κύτταρα, όπου τα προγονικά / βλαστικά κύτταρα απομονώνονται από φλοιούς εμβρυικών εγκεφάλων μυός κατά την εμβρυική ημέρα Ε14.5 και στη συνέχεια, καλλιεργούνται κατάλληλα για να σχηματίσουν νευροσφαίρες. Παρουσία αυξητικών παραγόντων, τα νευρικά βλαστικά κύτταρα πολλαπλασιάζονται, ενώ απουσία αυξητικών παραγόντων, διαφοροποιούνται σε νευρώνες και αστροκύτταρα. Χρησιμοποιώντας αυτό το σύστημα καλλιέργειας και μετά από υπερέκφραση του lncRNA Lacuna και ανοσοφθορισμούς, είδαμε ότι η νευρογένεση μειώνεται σημαντικά (δείκτες β-III τουμπουλίνη και NeuN) και ο πληθυσμός Olig2+ αυξάνεται στα κύτταρα που υπερεκφράζουν το Lacuna σε σύγκριση με τις καλλιέργειες ελέγχου. Από την άλλη πλευρά, η αστρογλοιογένεση δεν φαίνεται να επηρεάζεται, καθώς και ο πολλαπλασιασμός (δείκτης BrdU +) και η απόπτωση (δείκτης διασπασμένης κασπάσης 3), αλλά η νεστίνη, ένας δείκτης της πολυδυναμίας των νευρικών βλαστικών κυττάρων, αυξάνεται. Επιπλέον, ο πληθυσμός των κυττάρων που είναι TBR2 / EOMES + και η γονιδιακή έκφραση του παράγοντα Tbr2 / Eomes δεν επηρεάζονται από την υπερέκφραση του Lacuna, γεγονός που υποδηλώνει ότι η επίδραση του Lacuna στις διαδικασίες της νευρογένεσης είναι ανεξάρτητη από το Tbr2 και υπαινίσσεται μια πιθανή in trans δράση του lncRNA Lacuna. Για να διαλευκάνουμε περαιτέρω το ρόλο του Lacuna στη διαφοροποίηση των νευρικών βλαστικών κυττάρων, πραγματοποιήσαμε πειράματα αποσιώπησης του Lacuna στο ίδιο σύστημα καλλιέργειας, χρησιμοποιώντας ένα CRISPR-dCas9-KRAB Effector Σύστημα για την καταστολή της μεταγραφής του Lacuna. Αυτό το σύστημα είναι πολύ αποτελεσματικό στην αποσιώπηση γονιδίων που κωδικοποιούν για lncRNAs και επιλύει το ζήτημα αν τα παρατηρούμενα φαινόμενα αυτών των αποσιωπήσεων είναι αποτέλεσμα της απουσίας του lncRNA μορίου ή του αντίστοιχου DNA. Ο μηχανισμός δράσης αυτού του συστήματος δεν επηρεάζει καθόλου την DNA αλληλουχία. Η dCas9 μαζί με το μεταγραφικό καταστολέα KRAB οδηγούνται στο γονίδιο επιλογής από ειδικά σχεδιασμένα gRNA μόρια και έτσι επιτυγχάνεται η καταστολή της μεταγραφής του γονιδίου επιλογής. Αφού επιβεβαιώσαμε την αποτελεσματικότητα της τεχνικής (το Lacuna καταστέλλεται σημαντικά), επαληθεύσαμε επίσης ότι το σύστημα δεν επηρεάζει γενικά το γενετικό τόπο (τα γειτονικά γονίδια Golga4 και Gm33460 δεν επηρεάζονται). Αντιθέτως, η αποσιώπηση του Lacuna σε νευρικά βλαστικά κύτταρα παρουσία αυξητικών παραγόντων οδηγεί σε δραματική μείωση της έκφρασης του γονιδίου Tbr2 / Eomes, γεγονός που υποδηλώνει ότι το Lacuna είναι απαραίτητο για την έκφραση του Tbr2 / Eomes σε νευρικά βλαστικά κύτταρα. Επιπλέον, απουσία αυξητικών παραγόντων, η αποσιώπηση του Lacuna προάγει σημαντικά τη διαφοροποίηση των νευρικών βλαστικών κυττάρων σε μετα-μιτωτικούς νευρώνες (δείκτης β-III τουμπουλίνης και δείκτης NeuN) και σε αστροκύτταρα (δείκτης GFAP), ενώ ο πληθυσμός των προγονικών κυττάρων που είναι Olig2 + και ο πληθυσμός των βλαστικών κυττάρων που είναι νεστίνη+ μειώνονται. Σε αυτές τις συνθήκες, όπου τα νευρικά βλαστικά κύτταρα έχουν καλλιεργηθεί απουσία αυξητικών παραγόντων, ο μεταγραφικός παράγοντας Tbr2 / Eomes δεν εκφράζεται, καθώς τα περισσότερα από τα κύτταρα έχουν ήδη επιλέξει κυτταρική μοίρα ή απλούστερα, έχουν ξεκινήσει τη διαφοροποίησή τους, υποδηλώνοντας ότι το Lacuna έχει μια δράση in trans που αναστέλλει τη διαφοροποίηση των νευρικών βλαστικών κυττάρων. Ένα άλλο lncRNA που προσέλκυσε την προσοχή μας είναι το Lockd, ένα lncRNA που έχει ήδη μελετηθεί σε μια κυτταρική σειρά ερυθροκυττάρων. Το Lockd είναι ένα lncRNA αποτελούμενο από 434 νουκλεοτίδια και βρίσκεται περίπου 4 kb μακριά από το γονίδιο Cdkn1b. Το γονίδιο Cdkn1b κωδικοποιεί για το p27, έναν καλά μελετημένο κυκλίνο – εξαρτώμενο αναστολέα κινάσης. Το p27 έχει μελετηθεί εκτενώς στο νευρικό σύστημα και έχει καθιερωθεί ως σημαντικός παράγοντας στην προώθηση της εξόδου από τον κυτταρικό κύκλο, στη νευρωνική διαφοροποίηση και στη μετανάστευση των νευρικών κυττάρων. Είναι πολύ ενδιαφέρον ότι τόσο το Lockd όσο και το p27 εκφράζονται διαφορικά κατά την ανάπτυξη του εγκεφάλου του μυός, αλλά τα προφίλ έκφρασής τους είναι ουσιαστικά αντίθετα. Λόγω της εγγύτητας των γενετικών τόπων του Lockd και του p27 και λόγω της συμμετοχής του p27 στη διαδικασία για την έξοδο από τον κυτταρικό κύκλο, αρχικά χρησιμοποιήσαμε N2A κύτταρα, μια ταχέως αναπτυσσόμενη κυτταρική σειρά νευροβλαστώματος μυός για να μελετήσουμε το Lockd και την πιθανή του σχέση με το p27. Πράγματι, κατά την υπερέκφραση του lncRNA Lockd στην κυτταρική σειρά Ν2Α, ο πολλαπλασιασμός αυξάνεται σημαντικά σε σχέση με τις συνθήκες ελέγχου. Επιπλέον, υπό τις ίδιες συνθήκες, η έκφραση του p27 καταστέλλεται σημαντικά, προτείνοντας ότι το Lockd καταστέλλει την έκφραση του p27, το οποίο με τη σειρά του οδηγεί σε αυξημένο πολλαπλασιασμό, καθώς το p27 προάγει φυσιολογικά την έξοδο από τον κυτταρικό κύκλο. Καθώς ο πολλαπλασιασμός είναι μια εξαιρετικά κρίσιμη διαδικασία για τα νευρικά βλαστικά κύτταρα κατά την ανάπτυξη του εγκεφάλου, εξετάσαμε επίσης την έκφραση του Lockd σε πρωτογενείς καλλιέργειες νευρικών βλαστικών κυττάρων. Όντως, το Lockd εκφράζεται σε καλλιέργειες νευρικών βλαστικών κυττάρων, αλλά το πιο ενδιαφέρον στοιχείο είναι ότι η γονιδιακή του έκφραση μειώνεται σημαντικά σε συνθήκες καλλιέργειας χωρίς αυξητικούς παράγοντες σε σύγκριση με την καλλιέργεια παρουσία αυξητικών παραγόντων. Επιπλέον, κατά την υπερέκφραση του Lockd που πραγματοποιήσαμε σε νευρικά βλαστικά κύτταρα, ο πολλαπλασιασμός αυξάνεται και η έκφραση του p27 καταστέλλεται, όπως παρατηρήσαμε στα πειράματα με την κυτταρική σειρά Ν2Α. Αυτά τα πρώτα ευρήματα αποκαλύπτουν μια συναρπαστική σχέση του Lockd με το p27, αλλά και ένα σημαντικό ρόλο αυτού του lncRNA στον πολλαπλασιασμό των Ν2Α κυττάρων και των νευρικών βλαστικών κυττάρων. Εν κατακλείδι, τα δεδομένα μας δείχνουν ότι τα lncRNAs είναι νέοι βασικοί παράγοντες στη διαφοροποίηση και τον πολλαπλασιασμό κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης του εγκεφάλου και παρέχουμε τουλάχιστον δύο τέτοια παραδείγματα. Το Lacuna, ένα νέο lncRNA, είναι απαραίτητο για την έκφραση του μεταγραφικού παράγοντα Tbr2 / Eomes και αναστέλλει τη διαφοροποίηση των νευρικών βλαστικών κυττάρων και το Lockd, ένα ήδη μελετημένο lncRNA σε άλλο σύστημα, επηρεάζει αρνητικά την έκφραση του p27 και προάγει τον πολλαπλασιασμό. Η μελέτη μας παρέχει πληροφορίες για τη συμμετοχή των lncRNAs στην οργανογένεση του κεντρικού νευρικού συστήματος και δείχνει ότι τα lncRNAs μαζί με τα γονίδια που κωδικοποιούν για πρωτεΐνες σχηματίζουν ρυθμιστικά δίκτυα με σημαντικές λειτουργίες στα νευρικά βλαστικά κύτταρα και στην ανάπτυξη του εγκεφάλου.With the advent of new generation sequencing technologies, a growing list of formerly unknown regulatory RNA species have come into spotlight. Among them, long non-coding RNAs (lncRNAs) have been found to control stem cell pluripotency, carcinogenesis, development and function of several tissues and organs. Although thousands of lncRNAs are expressed in adult mammalian brain in a highly patterned and specific manner, they remain poorly characterized and their roles in brain development have not yet been studied. To tackle this question, we initially performed RNA-Seq analysis in the developing nervous system of mouse embryo at embryonic day E12.5. Based on this analysis, we identified many lncRNAs highly expressed in neural cells. We focused on lncRNAs, which are transcribed from genomic loci in close proximity with protein coding genes, encoding for critical transcription factors (TFs) in brain development. We hypothesized that these lncRNAs may be implicated in the regulation of neighboring TF genes. To this end, we characterized the changes in the expression profiles of a number of lncRNAs-TF pairs during development of mouse brain with real time-qPCR and in situ hybridizations. In this study, we focused firstly on the functional role of lncRNA TCONS_00034309, named by us as Lacuna, in the differentiation of neural stem cells and its relation to Tbr2 transcription factor, a critical regulator of neurogenesis, by ex vivo overexpression and knockdown studies. More specifically, Lacuna gene is on chromosome 9, around 1kb away from Tbr2/Eomes gene. Its transcript consists of 3 exons and a total length of 1661 nt, as confirmed by our mapping strategy. Lacuna is differentially expressed in the developing mouse brain with higher expression during embryonic days E15 and E16. In situ hybridizations showed specific expression in the ventricular zone and cortical plate of the developing mouse cortex. Subcellular fractionation of neural stem cells and subsequent real time-qPCR revealed that Lacuna is found both in the cytosol and the nucleus, suggesting the possibility that it functions both in cis (affecting the neighboring gene) and in trans (affecting distal gene/genes or being involved in cytoplasmic processes). To further clarify the functional role of Lacuna, we used a culture system for primary neural stem/progenitor cells, where progenitor/stem cells are isolated from mouse embryonic cortices of E14.5 and then, cultured appropriately to form neurospheres. In the presence of growth factors, neural stem cells (NSCs) are proliferating, whereas in the absence of growth factors, NSCs are differentiating into neurons and astrocytes. Using this culture system and upon overexpression of Lacuna, neurogenesis is significantly reduced (b-III tubulin and NeuN markers) and Olig2+ population is increased. On the other hand, astrogliogenesis doesn’t seem affected, as well as proliferation (BrdU+ index) and apoptosis (cleaved caspase 3+ index), but Nestin, a marker of neural cell stemness, is increased. Moreover, TBR2/EOMES+ population and Tbr2/Eomes expression are not affected by Lacuna overexpression, indicating that the effect on neurogenetic events is Tbr2 independent and suggesting a possible in trans action of Lacuna lncRNA. In order to further elucidate this, we performed knock-down experiments in the same culture system, using a CRISPR-dCas9-KRAB Effector System to repress the transcription of Lacuna. After confirming the effectiveness of the technique (Lacuna is significantly repressed), we also confirmed that the system does not affect the locus in general (the neighboring genes Golga4 and Gm33460 are unaffected). Of note, knockdown of Lacuna in NSCs in the presence of growth factors results in dramatic downregulation of Tbr2/Eomes gene, suggesting that Lacuna is necessary for Tbr2 expression in NSCs. Furthermore, in the absence of growth factors, Lacuna knockdown significantly promotes the differentiation of NSCs into both neurons (b-III tubulin+ index and NeuN+ index) and astrocytes (GFAP+ index), whereas the Olig2+ progenitor population and the Nestin+ cells are decreased. In this setup, Tbr2 is not expressed, as most of the cells have already been committed to a cell fate, suggesting that Lacuna has an in trans, differentiation-inhibiting action in NSCs. Another lncRNA that drew our attention is Lockd, a lncRNA that was already studied in an erythroid cell line. Lockd is a 434 nt lncRNA located 4 kb away from Cdkn1b gene. Cdkn1b encodes for p27, a well studied cyclin-dependent kinase inhibitor. p27 is extensively studied in the nervous system, with established roles in promoting cell cycle exit, neuronal differentiation and migration. Intriguingly, both Lockd and p27 are differentially expressed during mouse brain development, but their expression profiles are opposite. Due to the proximity of Lockd and p27 loci and the involvement of p27 in cell cycle exit events, we first used N2A cells, a fast-growing mouse neuroblastoma cell line, to study Lockd and its relation to p27. Indeed, upon overexpression of Lockd lncRNA in N2A cells, proliferation is significantly increased. Furthermore, under the same conditions, p27 expression is repressed, proposing that Lockd inhibits expression of p27, which in turn results in increased proliferation, as p27 physiologically promotes cell cycle exiting. As proliferation is a crucial process in brain development and neural stem cells, we also examined Lockd expression in NSCs cultures. In fact, Lockd is expressed in NSC cultures, but more interestingly, it is significantly downregulated in minus growth factors conditions in comparison to plus growth factors conditions. Additionally, upon overexpression of Lockd in NSCs, proliferation is increased and p27 expression is repressed, as in N2A cells. These primary findings reveal an exciting relation of Lockd with p27, but also an important role of this lncRNA in the proliferation of N2A cells and neural stem cells. To conclude, our data suggest that lncRNAs are new key players in differentiation and proliferation during brain development and we provided at least two such examples. Lacuna, a novel lncRNA, is necessary for Tbr2 expression and inhibits differentiation of NSCs and Lockd, an already studied lncRNA in another system, affects negatively p27 expression and promotes proliferation. Our study provides insights into the involvement of lncRNAs in organogenesis of the CNS and shows that lncRNAs and protein-coding genes form regulatory networks with important functions in neural stem cells and brain development

Multi-Level Characterization of Eggplant Accessions from Greek Islands and the Mainland Contributes to the Enhancement and Conservation of this Germplasm and Reveals a Large Diversity and Signatures of Differentiation between both Origins

[EN] Crop landraces are found in many inhabited islands of Greece. Due to the particularity of environment and isolation from the mainland, Greek islands represent a natural laboratory for comparing the diversity of landraces from the islands with those of the Greek mainland. A collection of 36 Greek eggplant landraces and traditional cultivars from the mainland and the islands has been phenotypically and genetically characterized using 22 morphological descriptors and 5 SSR markers. The mineral composition (K, Mg, Cu, Fe, Mn, Zn) of fruits was also determined. The objectives of this study include the multi-level characterization of eggplant local landraces and the comparison of diversity among accessions from the Greek mainland and the islands. Characterization of eggplant landraces will contribute to the enhancement and prevention of genetic erosion in this local group and will provide a resource for future investigation and breeding. PCA analysis of morphological traits explained 45.4% of the total variance revealing the formation of two clusters, one with most of the island accessions, and another with most of the mainland ones. The SSR markers used exhibited high average values for the number of alleles/locus (4.6), expected heterozygosity (0.60) and PIC (0.55), while the observed heterozygosity was low (0.13). Both STRUCTURE and PCoA analyses based on SSR data revealed two genetic clusters, one made up mainly by the mainland accessions, while the other one was mainly made up by the island accessions. Although there was considerable variation among the landraces for the concentration of minerals studied, only average Mg concentration was significantly different between mainland and island accessions. Based on our data, the Greek eggplant landraces present considerable morphological and genetic diversity with some differentiation signatures between the island and the mainland accessions. Our results have implications for conservation of Greek landraces and suggest that Greece might be considered as part of a secondary center of diversity for eggplant in the Mediterranean basin."PlantUP" (MIS 5002803) which is implemented under the Action "Reinforcement of the Research and Innovation Infrastructure", funded by the Operational Programme "Competitiveness, Entrepreneurship and Innovation" (NSRF 2014-2020) and co-financed by Greece and the European Union (European Regional Development Fund). Funding was also received from the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Programme under grant agreement No 677379 (G2P-SOL project: Linking genetic resources, genomes and phenotypes of Solanaceous crops), and from Ministerio de Ciencia, Innovacion y Universidades, Agencia Estatal de Investigacion and Fondo Europeo de Desarrollo Regional (grant RTI-2018-094592-B-100 from MCIU/AEI/FEDER, UE). Pietro Gramazio is grateful to Universitat Politecnica de Valencia and to Japan Society for the Promotion of Science for their respective postdoctoral grants (PAID-10-18 and FY2019 JSPS Postdoctoral Fellowship for Research in Japan [Standard]).Gramazio, P.; Chatziefstratiou, E.; Petropoulos, C.; Chioti, V.; Mylona, P.; Kapotis, G.; Vilanova Navarro, S.... (2019). Multi-Level Characterization of Eggplant Accessions from Greek Islands and the Mainland Contributes to the Enhancement and Conservation of this Germplasm and Reveals a Large Diversity and Signatures of Differentiation between both Origins. Agronomy. 9(12):1-20. https://doi.org/10.3390/agronomy9120887S120912Kougioumoutzis, K., Valli, A. T., Georgopoulou, E., Simaiakis, S. M., Triantis, K. A., & Trigas, P. (2016). Network biogeography of a complex island system: the Aegean Archipelago revisited. Journal of Biogeography, 44(3), 651-660. doi:10.1111/jbi.12920GRAHAM, N. R., GRUNER, D. S., LIM, J. Y., & GILLESPIE, R. G. (2017). Island ecology and evolution: challenges in the Anthropocene. Environmental Conservation, 44(4), 323-335. doi:10.1017/s0376892917000315Price, J. P., Otto, R., Menezes de Sequeira, M., Kueffer, C., Schaefer, H., Caujapé-Castells, J., & Fernández-Palacios, J. M. (2018). Colonization and diversification shape species-area relationships in three Macaronesian archipelagos. Journal of Biogeography, 45(9), 2027-2039. doi:10.1111/jbi.13396Warren, B. H., Simberloff, D., Ricklefs, R. E., Aguilée, R., Condamine, F. L., Gravel, D., … Thébaud, C. (2015). Islands as model systems in ecology and evolution: prospects fifty years after MacArthur-Wilson. Ecology Letters, 18(2), 200-217. doi:10.1111/ele.12398Douma, C., Koutis, K., Thanopoulos, R., Tsigou, R., Galanidis, A., & Bebeli, P. J. (2016). Diversity of agricultural plants on Lesvos Island (Northeast Aegean, Greece) with emphasis on fruit trees. Scientia Horticulturae, 210, 65-84. doi:10.1016/j.scienta.2016.07.009Hagenblad, J., Leino, M. W., Hernández Afonso, G., & Afonso Morales, D. (2018). Morphological and genetic characterization of barley (Hordeum vulgare L.) landraces in the Canary Islands. Genetic Resources and Crop Evolution, 66(2), 465-480. doi:10.1007/s10722-018-0726-2Médail, F. (2017). The specific vulnerability of plant biodiversity and vegetation on Mediterranean islands in the face of global change. Regional Environmental Change, 17(6), 1775-1790. doi:10.1007/s10113-017-1123-7Hellenic Statistical Authorityhttp://www.statistics.gr/en/home/Sfenthourakis, S., & Triantis, K. A. (2017). The Aegean archipelago: a natural laboratory of evolution, ecology and civilisations. Journal of Biological Research-Thessaloniki, 24(1). doi:10.1186/s40709-017-0061-3Dimopoulos, P., Raus, T., Bergmeier, E., Constantinidis, T., Iatrou, G., Kokkini, S., … Tzanoudakis, D. (2016). Vascular plants of Greece: An annotated checklist. Supplement. Willdenowia, 46(3), 301-347. doi:10.3372/wi.46.46303Tsanakas, G. F., Mylona, P. V., Koura, K., Gleridou, A., & Polidoros, A. N. (2018). Genetic diversity analysis of the Greek lentil (Lens culinaris) landrace ‘Eglouvis’ using morphological and molecular markers. Plant Genetic Resources: Characterization and Utilization, 16(5), 469-477. doi:10.1017/s1479262118000096Dwivedi, Goldman, & Ortiz. (2019). Pursuing the Potential of Heirloom Cultivars to Improve Adaptation, Nutritional, and Culinary Features of Food Crops. Agronomy, 9(8), 441. doi:10.3390/agronomy9080441Bota, J., Conesa, M. À., Ochogavia, J. M., Medrano, H., Francis, D. M., & Cifre, J. (2014). Characterization of a landrace collection for Tomàtiga de Ramellet (Solanum lycopersicum L.) from the Balearic Islands. Genetic Resources and Crop Evolution, 61(6), 1131-1146. doi:10.1007/s10722-014-0096-3Carillo, P., Kyriacou, M. C., El-Nakhel, C., Pannico, A., dell’ Aversana, E., D’Amelia, L., … Rouphael, Y. (2019). Sensory and functional quality characterization of protected designation of origin ‘Piennolo del Vesuvio’ cherry tomato landraces from Campania-Italy. Food Chemistry, 292, 166-175. doi:10.1016/j.foodchem.2019.04.056Schmidt, S. B., George, T. S., Brown, L. K., Booth, A., Wishart, J., Hedley, P. E., … Husted, S. (2018). Ancient barley landraces adapted to marginal soils demonstrate exceptional tolerance to manganese limitation. Annals of Botany, 123(5), 831-843. doi:10.1093/aob/mcy215Missio, J. C., Rivera, A., Figàs, M. R., Casanova, C., Camí, B., Soler, S., & Simó, J. (2018). A Comparison of Landraces vs. Modern Varieties of Lettuce in Organic Farming During the Winter in the Mediterranean Area: An Approach Considering the Viewpoints of Breeders, Consumers, and Farmers. Frontiers in Plant Science, 9. doi:10.3389/fpls.2018.01491Petropoulos, S. A., Barros, L., & Ferreira, I. C. F. R. (2019). Editorial: Rediscovering Local Landraces: Shaping Horticulture for the Future. Frontiers in Plant Science, 10. doi:10.3389/fpls.2019.00126Karanikolas, P., Bebeli, P. J., & Thanopoulos, R. (2017). Farm economic sustainability and agrobiodiversity: identifying viable farming alternatives during the economic crisis in Greece. Journal of Environmental Economics and Policy, 7(1), 69-84. doi:10.1080/21606544.2017.1360212FAO STATISTICAL DATABASEShttp://www.fao.org/faostat/Augustinos, A. A., Petropoulos, C., Karasoulou, V., Bletsos, F., & Papasotiropoulos, V. (2016). Assessing diversity among traditional Greek and foreign eggplant cultivars using molecular markers and morphometrical descriptors. Spanish Journal of Agricultural Research, 14(4), e0710. doi:10.5424/sjar/2016144-9020Thomas, K., Thanopoulos, R., Knüpffer, H., & Bebeli, P. J. (2011). Plant genetic resources of Lemnos (Greece), an isolated island in the Northern Aegean Sea, with emphasis on landraces. Genetic Resources and Crop Evolution, 59(7), 1417-1440. doi:10.1007/s10722-011-9770-xGarcía-Verdugo, C., Sajeva, M., La Mantia, T., Harrouni, C., Msanda, F., & Caujapé-Castells, J. (2015). Do island plant populations really have lower genetic variation than mainland populations? Effects of selection and distribution range on genetic diversity estimates. Molecular Ecology, 24(4), 726-741. doi:10.1111/mec.13060Hiraoka, Y., Tamaki, I., & Watanabe, A. (2017). The origin of wild populations of Toxicodendron succedaneum on mainland Japan revealed by genetic variation in chloroplast and nuclear DNA. Journal of Plant Research, 131(2), 225-238. doi:10.1007/s10265-017-0992-7Jiménez, A., Weigelt, B., Santos-Guerra, A., Caujapé-Castells, J., Fernández-Palacios, J. M., & Conti, E. (2017). Surviving in isolation: genetic variation, bottlenecks and reproductive strategies in the Canarian endemic Limonium macrophyllum (Plumbaginaceae). Genetica, 145(1), 91-104. doi:10.1007/s10709-017-9948-zWheelwright, N. T., Begin, E., Ellwanger, C., Taylor, S. H., & Stone, J. L. (2016). Minimal loss of genetic diversity and no inbreeding depression in blueflag iris (Iris versicolor) on islands in the Bay of Fundy. Botany, 94(7), 543-554. doi:10.1139/cjb-2016-0004Hufford, K. M., Mazer, S. J., & Hodges, S. A. (2014). Genetic variation among mainland and island populations of a native perennial grass used in restoration. AoB PLANTS, 6. doi:10.1093/aobpla/plt055McGlaughlin, M. E., Wallace, L. E., Wheeler, G. L., Bresowar, G., Riley, L., Britten, N. R., & Helenurm, K. (2013). Do the island biogeography predictions of MacArthur and Wilson hold when examining genetic diversity on the near mainland California Channel Islands? Examples from endemicAcmispon(Fabaceae). Botanical Journal of the Linnean Society, 174(3), 289-304. doi:10.1111/boj.12122Idrissi, O., Piergiovanni, A. R., Toklu, F., Houasli, C., Udupa, S. M., De Keyser, E., … De Riek, J. (2017). Molecular variance and population structure of lentil (Lens culinarisMedik.) landraces from Mediterranean countries as revealed by simple sequence repeat DNA markers: implications for conservation and use. Plant Genetic Resources: Characterization and Utilization, 16(3), 249-259. doi:10.1017/s1479262117000260Acquadro, A., Barchi, L., Gramazio, P., Portis, E., Vilanova, S., Comino, C., … Lanteri, S. (2017). Coding SNPs analysis highlights genetic relationships and evolution pattern in eggplant complexes. PLOS ONE, 12(7), e0180774. doi:10.1371/journal.pone.0180774Cericola, F., Portis, E., Toppino, L., Barchi, L., Acciarri, N., Ciriaci, T., … Lanteri, S. (2013). The Population Structure and Diversity of Eggplant from Asia and the Mediterranean Basin. PLoS ONE, 8(9), e73702. doi:10.1371/journal.pone.0073702Hurtado, M., Vilanova, S., Plazas, M., Gramazio, P., Fonseka, H. H., Fonseka, R., & Prohens, J. (2012). Diversity and Relationships of Eggplants from Three Geographically Distant Secondary Centers of Diversity. PLoS ONE, 7(7), e41748. doi:10.1371/journal.pone.0041748Liu, J., Yang, Y., Zhou, X., Bao, S., & Zhuang, Y. (2018). Genetic diversity and population structure of worldwide eggplant (Solanum melongena L.) germplasm using SSR markers. Genetic Resources and Crop Evolution, 65(6), 1663-1670. doi:10.1007/s10722-018-0643-4Rodriguez-Jimenez, J., Amaya-Guerra, C., Baez-Gonzalez, J., Aguilera-Gonzalez, C., Urias-Orona, V., & Nino-Medina, G. (2018). Physicochemical, Functional, and Nutraceutical Properties of Eggplant Flours Obtained by Different Drying Methods. Molecules, 23(12), 3210. doi:10.3390/molecules23123210Raigón, M. D., Prohens, J., Muñoz-Falcón, J. E., & Nuez, F. (2008). Comparison of eggplant landraces and commercial varieties for fruit content of phenolics, minerals, dry matter and protein. Journal of Food Composition and Analysis, 21(5), 370-376. doi:10.1016/j.jfca.2008.03.006Arivalagan, M., Gangopadhyay, K. K., Kumar, G., Bhardwaj, R., Prasad, T. V., Sarkar, S. K., & Roy, A. (2012). Variability in mineral composition of Indian eggplant (Solanum melongena L.) genotypes. Journal of Food Composition and Analysis, 26(1-2), 173-176. doi:10.1016/j.jfca.2012.03.001Ranil, R. H. G., Niran, H. M. L., Plazas, M., Fonseka, R. M., Fonseka, H. H., Vilanova, S., … Prohens, J. (2015). Improving seed germination of the eggplant rootstock Solanum torvum by testing multiple factors using an orthogonal array design. Scientia Horticulturae, 193, 174-181. doi:10.1016/j.scienta.2015.07.030Van der Weerden, G. M., & Barendse, G. W. M. (2007). A WEB-BASED SEARCHABLE DATABASE DEVELOPED FOR THE EGGNET PROJECT AND APPLIED TO THE RADBOUD UNIVERSITY SOLANACEAE DATABASE. Acta Horticulturae, (745), 503-506. doi:10.17660/actahortic.2007.745.37Kaushik, P., Prohens, J., Vilanova, S., Gramazio, P., & Plazas, M. (2016). Phenotyping of Eggplant Wild Relatives and Interspecific Hybrids with Conventional and Phenomics Descriptors Provides Insight for Their Potential Utilization in Breeding. Frontiers in Plant Science, 7. doi:10.3389/fpls.2016.00677Kumar, G., Meena, B. L., Kar, R., Tiwari, S. K., Gangopadhyay, K. K., Bisht, I. S., & Mahajan, R. K. (2008). Morphological diversity in brinjal (Solanum melongena L.) germplasm accessions. Plant Genetic Resources, 6(3), 232-236. doi:10.1017/s1479262108994211Vilanova, S., Manzur, J. P., & Prohens, J. (2011). Development and characterization of genomic simple sequence repeat markers in eggplant and their application to the study of diversity and relationships in a collection of different cultivar types and origins. Molecular Breeding, 30(2), 647-660. doi:10.1007/s11032-011-9650-2Nunome, T., Negoro, S., Kono, I., Kanamori, H., Miyatake, K., Yamaguchi, H., … Fukuoka, H. (2009). Development of SSR markers derived from SSR-enriched genomic library of eggplant (Solanum melongena L.). Theoretical and Applied Genetics, 119(6), 1143-1153. doi:10.1007/s00122-009-1116-0Liu, K., & Muse, S. V. (2005). PowerMarker: an integrated analysis environment for genetic marker analysis. Bioinformatics, 21(9), 2128-2129. doi:10.1093/bioinformatics/bti282Peakall, R., & Smouse, P. E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research--an update. Bioinformatics, 28(19), 2537-2539. doi:10.1093/bioinformatics/bts460Nei, M. (1972). Genetic Distance between Populations. The American Naturalist, 106(949), 283-292. doi:10.1086/282771Wright, S. (1965). THE INTERPRETATION OF POPULATION STRUCTURE BY F-STATISTICS WITH SPECIAL REGARD TO SYSTEMS OF MATING. Evolution, 19(3), 395-420. doi:10.1111/j.1558-5646.1965.tb01731.xEVANNO, G., REGNAUT, S., & GOUDET, J. (2005). Detecting the number of clusters of individuals using the software structure: a simulation study. Molecular Ecology, 14(8), 2611-2620. doi:10.1111/j.1365-294x.2005.02553.xEarl, D. A., & vonHoldt, B. M. (2011). STRUCTURE HARVESTER: a website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method. Conservation Genetics Resources, 4(2), 359-361. doi:10.1007/s12686-011-9548-7Remington, D. L., Thornsberry, J. M., Matsuoka, Y., Wilson, L. M., Whitt, S. R., Doebley, J., … Buckler, E. S. (2001). Structure of linkage disequilibrium and phenotypic associations in the maize genome. Proceedings of the National Academy of Sciences, 98(20), 11479-11484. doi:10.1073/pnas.201394398Beerling, D. J., Leake, J. R., Long, S. P., Scholes, J. D., Ton, J., Nelson, P. N., … Hansen, J. (2018). Farming with crops and rocks to address global climate, food and soil security. Nature Plants, 4(3), 138-147. doi:10.1038/s41477-018-0108-yMarconi, G., Ferradini, N., Russi, L., Concezzi, L., Veronesi, F., & Albertini, E. (2018). Genetic Characterization of the Apple Germplasm Collection in Central Italy: The Value of Local Varieties. Frontiers in Plant Science, 9. doi:10.3389/fpls.2018.01460Wang, L., Li, J., Zhao, J., & He, C. (2015). Evolutionary developmental genetics of fruit morphological variation within the Solanaceae. Frontiers in Plant Science, 6. doi:10.3389/fpls.2015.00248Prohens, J., Blanca, J. M., & Nuez, F. (2005). Morphological and Molecular Variation in a Collection of Eggplants from a Secondary Center of Diversity: Implications for Conservation and Breeding. Journal of the American Society for Horticultural Science, 130(1), 54-63. doi:10.21273/jashs.130.1.54BOYACI, H. F., TOPCU, V., TEPE, A., YILDIRIM, I. K., OTEN, M., & AKTAS, A. (2015). Morphological and Molecular Characterization and Relationships of Turkish Local Eggplant Heirlooms. Notulae Botanicae Horti Agrobotanici Cluj-Napoca, 43(1), 100-107. doi:10.15835/nbha4319773Muñoz-Falcón, J. E., Prohens, J., Vilanova, S., & Nuez, F. (2008). Characterization, diversity, and relationships of the Spanish striped (Listada) eggplants: a model for the enhancement and protection of local heirlooms. Euphytica, 164(2), 405-419. doi:10.1007/s10681-008-9688-3Polignano, G., Uggenti, P., Bisignano, V., & Gatta, C. D. (2009). Genetic divergence analysis in eggplant (Solanum melongena L.) and allied species. Genetic Resources and Crop Evolution, 57(2), 171-181. doi:10.1007/s10722-009-9459-6Russo, V. M. (1996). Cultural Methods and Mineral Content of Eggplant (Solanum melongena) Fruit. Journal of the Science of Food and Agriculture, 71(1), 119-123. doi:10.1002/(sici)1097-0010(199605)71:13.0.co;2-rRaigón, M. D., Rodríguez-Burruezo, A., & Prohens, J. (2010). Effects of Organic and Conventional Cultivation Methods on Composition of Eggplant Fruits. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 58(11), 6833-6840. doi:10.1021/jf904438nGe, H., Liu, Y., Jiang, M., Zhang, J., Han, H., & Chen, H. (2013). Analysis of genetic diversity and structure of eggplant populations (Solanum melongena L.) in China using simple sequence repeat markers. Scientia Horticulturae, 162, 71-75. doi:10.1016/j.scienta.2013.08.004Muñoz-Falcón, J. E., Vilanova, S., Plazas, M., & Prohens, J. (2011). Diversity, relationships, and genetic fingerprinting of the Listada de Gandía eggplant landrace using genomic SSRs and EST-SSRs. Scientia Horticulturae, 129(2), 238-246. doi:10.1016/j.scienta.2011.03.034Demir, K., Bakır, M., Sarıkamış, G., & Acunalp, S. (2010). Genetic diversity of eggplant (Solanum melongena) germplasm from Turkey assessed by SSR and RAPD markers. Genetics and Molecular Research, 9(3), 1568-1576. doi:10.4238/vol9-3gmr878VILANOVA, S., HURTADO, M., CARDONA, A., PLAZAS, M., HERRAIZ, F. J., GRAMAZIO, P., … PROHENS, J. (2014). Genetic Diversity and Relationships in Local Varieties of Eggplant from Different Cultivar Groups as Assessed by Genomic SSR Markers. Notulae Botanicae Horti Agrobotanici Cluj-Napoca, 42(1). doi:10.15835/nbha4219414Muñoz-Falcón, J. E., Prohens, J., Vilanova, S., & Nuez, F. (2009). Diversity in commercial varieties and landraces of black eggplants and implications for broadening the breeders’ gene pool. Annals of Applied Biology, 154(3), 453-465. doi:10.1111/j.1744-7348.2009.00314.xFrankham, R. (1997). Do island populations have less genetic variation than mainland populations? Heredity, 78(3), 311-327. doi:10.1038/hdy.1997.46Hargreaves, S., Maxted, N., Hirano, R., Abberton, M., Skøt, L., & Ford-Lloyd, B. V. (2009). Islands as refugia of Trifolium repens genetic diversity. Conservation Genetics, 11(4), 1317-1326. doi:10.1007/s10592-009-9960-7Lawson, D. A., & Rands, S. A. (2019). The effects of rainfall on plant–pollinator interactions. Arthropod-Plant Interactions, 13(4), 561-569. doi:10.1007/s11829-019-09686-zKyriakopoulou, O. G., Arens, P., Pelgrom, K. T. B., Karapanos, I., Bebeli, P., & Passam, H. C. (2014). Genetic and morphological diversity of okra (Abelmoschus esculentus [L.] Moench.) genotypes and their possible relationships, with particular reference to Greek landraces. Scientia Horticulturae, 171, 58-70. doi:10.1016/j.scienta.2014.03.02

Bleomycin Revisited: A Direct Comparison of the Intratracheal Micro-Spraying and the Oropharyngeal Aspiration Routes of Bleomycin Administration in Mice

Idiopathic Pulmonary Fibrosis (IPF) is a fatal disease characterized by exuberant deposition of extracellular matrix components, deterioration of lung architecture and impairment of lung functions. Its etiopathogenesis remains incompletely understood, as reflected in the lack of an appropriate therapy. Modeling the human disease in mice via the administration of bleomycin (BLM), despite the inherent limitations, has provided valuable insights into the underlying pathogenetic mechanisms, and has been instrumental for the development and validation of new pharmacologic interventions. Here we have directly compared the, most widely used, intratracheal (IT) route of administration with oropharyngeal aspiration (OA). Our results suggest that the OA route of BLM-administration can be used as a safe and effective alternative, minimizing peri-operative and experimental mortality, while preserving a solid fibrotic profile, as assessed with a plethora of standardized readout assays

Evaluation of physiological characteristics as selection criteria for drought tolerance in maize inbred lines and their hybrids

Improvement for maize drought tolerance has always been a significantobjective for breeders and plant physiologists. Nowadays, climate change sets new challenges to major crop adaptation at stressful environments. For such a purpose, the measurement of physiological traits related to maize response to drought might prove to be useful indices. The objective of the present study was to establish whether the physiological traits can be used as reliable physiological markers to evaluate the performance of parental genotypes and their hybrids under both dry and normally watered conditions, and under two densities an ultra-low density (ULD) and a normal dense stand (DS). Thirty (30) maize inbred lines and 30 single-crosses among them were evaluated across three diverse locations in Greece. The ULD was 0.74 plants/m-2, while the DS comprised 4.44 plants m-2 in the water deficitregime, and 6.67 and 7.84 plants m-2 in the normal water treatment for lines and hybrids, respectively. There was a very good association between the physiological characteristics studied and grain yield under the ultra-low density and especially for inbred lines. It was shown that the physiological characteristics can facilitate the selection of stress-adaptive genotypes under the low-density conditions and may permit modern maize to be grown at a wider range of environments. At the normal densities such a possibility was not evidenced since physiological parameters and yield did not correlate for either parents or hybrid

Plant foods, stone tools and food preparation in prehistoric Europe: An integrative approach in the context of ERC funded project PLANTCULT

The transformation of food ingredients into meals corresponds to complex choices resulting from the interplay of environmental and cultural factors: available ingredients, technologies of transformation, cultural perceptions of food, as well as taste and food taboos. Project PLANTCULT (ERC Consolidator Grant, GA 682529) aims to investigate prehistoric culinary cultures from the Aegean to Central Europe by focusing on plant foods and associated food preparation technologies spanning the Neolithic through to the Iron Age. Our paper offers an overview of the lines of investigation pursued within the project to address plant food preparation and related stone tool technologies. The wide range of plant foods from the area under investigation (ground cereals, breads, beer, pressed grapes, split pulses, etc.) suggests great variability of culinary preparations. Yet, little is known of the transformation technologies involved (e.g., pounding, grinding, and boiling). Changes in size and shape of grinding stones over time have been associated with efficiency of grinding, specific culinary practices and socioeconomic organisation. Informed by ethnography and experimental data, as well as ancient texts, PLANTCULT integrates archaeobotanical food remains and associated equipment to address these issues. We utilize a multifaceted approach including the study of both published archaeological data and original assemblages from key sites. We aim to develop methods for understanding the interaction of tool type, use-wear formation and associated plant micro- and macro- remains in the archaeological record. Our experimental program aims to generate (a) reference material for the identification of plant processing in the archaeological record and (b) ingredients for the preparation of experimental plant foods, which hold a key role to unlocking the recipes of prehistory. Plant processing technologies are thus investigated across space and through time, in an attempt to explore the dynamic role of culinary transformation of plant ingredients into shaping social and cultural identities in prehistoric Europe