Mechanisms of leaf and fine root senescence in black cottonwood (Populus trichocarpa Torr. & Gray)

Wydział BiologiiNadrzędnym celem pracy doktorskiej było poszerzenie wiedzy dotyczącej starzenia i zamierania korzeni chłonnych. Sformułowano hipotezę główną, zakładającą istnienie analogii w przebiegu procesu starzenia liści i korzeni chłonnych poprzez wykształcenie wspólnych mechanizmów regulujących ten proces. Materiał do badań stanowiły liście i korzenie chłonne topoli kalifornijskiej, uprawianej w systemie ryzotronów. System ten umożliwiał obserwację wzrostu i funkcjonowania korzeni w warunkach in situ. Przeprowadzone badania wykazały liczne podobieństwa pomiędzy procesem starzenia liści i korzeni chłonnych. Obejmowały one podobne zmiany na poziomie morfologicznym, anatomicznym i ultrastrukturalnym. W obu organach udokumentowano uruchomienie mechanizmów związanych z procesem autofagii i remobilizacji azotu. Metabolizm węglowodanów różnicował natomiast oba organy, w korzeniach chłonnych były one bowiem magazynowane, podczas gdy w liściach skrobia była wycofywana ze starzejących się tkanek. Analiza ekspresji genów wykazała ponadto znaczne zmiany w ekspresji genów, związanych z sygnalizacją, biosyntezą oraz metabolizmem wielu fitohormonów w tym kwasu abscysynowego i kwasu jasmonowego. Uzyskane wyniki przyczyniły się do szczegółowego poznania biologii starzenia korzeni chłonnych oraz sugerują, że starzenie korzeni chłonnych można sklasyfikować jako jeden z kolejnych przykładów programowanej śmierci komórki podczas rozwoju roślin.The aim of this thesis was to broaden our knowledge of senescence process in fine roots by documenting its temporal occurrence and confirming the similarities that exist between the senescence of fine roots, leaves, and petals due to activation of a common mechanism. All experiments were performed on leaves and fine, absorptive roots of Populus trichocarpa grown in a rhizotron system that enabled in situ observations of roots. Results of the investigation revealed numerous similarities between the senescence process that occurs in leaves and fine roots, including similar changes in morphology, anatomy and cytology. Importantly, the activation of mechanisms associated with autophagy and nitrogen remobilisation were documented in both studied organs. In contrast, differences in the metabolism of carbohydrates were identified in the two studied organs. While carbohydrates accumulated in senescing fine roots, starch levels decreased in senescing leaves. Molecular analyses revealed significant changes in gene expression, including those associated with signaling, biosynthesis, and the metabolism of several phytohormones, including abscisic acid and jasmonic acid. The results of this thesis investigation provide a deeper understanding of the senescence process in fine roots and suggest that fine root senescence should be classified as another type of programmed cell death (PCD) that occurs within the life cycle of plants

Influence of the Demand Planning Process on Logistic System Reliability. Case Study

Authors define the main elements affecting the right logistic system performance level and investigate the possible connections between demand process planning quality and logistic system reliability. Thus, known in the literature definitions of logistic system reliability are characterized. Later, an overview of some recent developments in the analyzed research area is provided. In the next point, authors present the main elements affecting the reliable and available logistic system performance. Finally, the paper is ended by the presentation of the obtained analysis results in comparison with the knowledge about the case companies' present condition

Ludność dawnego Torunia w świetle badań antropologicznych

The paper presents a general anthropological characterization of early Post-medieval inhabitants of Toruń, carried out based on the anthropological examination of skeletons coming from the cemetery discovered at Wały gen. Sikorskiego Street in Toruń (site 114). Craniological measurements were used for the preliminary comparison of skulls from Toruń and skulls from selected, historical populations diversified both in chronological and geographical terms. There was also reconstructed the height of body of former Toruń inhabitants, which is presented against the background of other historical communities of Poland. It was also carried out a review of some of more interesting pathological changes, amongst others of inflammatory, infectious and metabolic nature, as well as traces of bone injuries and degenerative changes of joints. The population in question, living in the 14th–18th century in the city suburbs, in terms of size and proportions of skulls’ construction have some similarities to craniological series obtained from not too distant Słaboszewo, as well as from Wrocław and central Germany. Skull of men and women from Toruń in light of length-width indicator are short (brachycephalic). Body height of the analysed population is in the range of medium and low values. In this respect the inhabitants of Toruń suburb resemble even the early medieval population. The qualitative image of pathological changes recorded on the remains most likely does not differ from other skeletal populations from Pomerania and wider from Poland. Nevertheless, the population in question is characterized by a particularly high percentage of skulls showing cribra orbitalia. It can be also assumed that population of Toruń suburbs was not particularly exposed to the risk of skeleton injury. New skeletal materials, as well as modern research techniques, which we plan to apply in subsequent stages of research will enable, perhaps, even more detailed and indepth recognition of life history and circumstances of death of former Toruń inhabitants.Wiedza na temat stanu biologicznego średniowiecznej i nowożytnej ludności Torunia jest wysoce niewystarczająca. Niniejszy artykuł stara się tę lukę nieco wypełnić. Badania oparto głównie o materiały osteologiczne pochodzące ze stanowiska 114 przy ul. Wały gen. Sikorskiego w Toruniu. Przedstawiono ogólną strukturę płci i wieku zmarłych, charakterystyki kraniologiczne oraz zrekonstruowaną wysokość ciała. Podano wartości częstości niektórych markerów stresu oraz zmian patologicznych

Ludność dawnego Torunia w świetle badań antropologicznych

Wiedza na temat stanu biologicznego średniowiecznej i nowożytnej ludności Torunia jest wysoce niewystarczająca. Niniejszy artykuł stara się tę lukę nieco wypełnić. Badania oparto głównie o materiały osteologiczne pochodzące ze stanowiska 114 przy ul. Wały gen. Sikorskiego w Toruniu. Przedstawiono ogólną strukturę płci i wieku zmarłych, charakterystyki kraniologiczne oraz zrekonstruowaną wysokość ciała. Podano wartości częstości niektórych markerów stresu oraz zmian patologicznych.The paper presents a general anthropological characterization of early Post-medieval inhabitants of Toruń, carried out based on the anthropological examination of skeletons coming from the cemetery discovered at Wały gen. Sikorskiego Street in Toruń (site 114). Craniological measurements were used for the preliminary comparison of skulls from Toruń and skulls from selected, historical populations diversified both in chronological and geographical terms. There was also reconstructed the height of body of former Toruń inhabitants, which is presented against the background of other historical communities of Poland. It was also carried out a review of some of more interesting pathological changes, amongst others of inflammatory, infectious and metabolic nature, as well as traces of bone injuries and degenerative changes of joints. The population in question, living in the 14th–18th century in the city suburbs, in terms of size and proportions of skulls’ construction have some similarities to craniological series obtained from not too distant Słaboszewo, as well as from Wrocław and central Germany. Skull of men and women from Toruń in light of length-width indicator are short (brachycephalic). Body height of the analysed population is in the range of medium and low values. In this respect the inhabitants of Toruń suburb resemble even the early medieval population. The qualitative image of pathological changes recorded on the remains most likely does not differ from other skeletal populations from Pomerania and wider from Poland. Nevertheless, the population in question is characterized by a particularly high percentage of skulls showing cribra orbitalia. It can be also assumed that population of Toruń suburbs was not particularly exposed to the risk of skeleton injury. New skeletal materials, as well as modern research techniques, which we plan to apply in subsequent stages of research will enable, perhaps, even more detailed and indepth recognition of life history and circumstances of death of former Toruń inhabitants

A Graph Based Neural Network Approach to Immune Profiling of Multiplexed Tissue Samples

Multiplexed immunofluorescence provides an unprecedented opportunity for studying specific cell-to-cell and cell microenvironment interactions. We employ graph neural networks to combine features obtained from tissue morphology with measurements of protein expression to profile the tumour microenvironment associated with different tumour stages. Our framework presents a new approach to analysing and processing these complex multi-dimensional datasets that overcomes some of the key challenges in analysing these data and opens up the opportunity to abstract biologically meaningful interactions

Mechanisms of leaf and fine root senescence in black cottonwood (Populus trichocarpa Torr. & Gray)

Wydział BiologiiNadrzędnym celem pracy doktorskiej było poszerzenie wiedzy dotyczącej starzenia i zamierania korzeni chłonnych. Sformułowano hipotezę główną, zakładającą istnienie analogii w przebiegu procesu starzenia liści i korzeni chłonnych poprzez wykształcenie wspólnych mechanizmów regulujących ten proces. Materiał do badań stanowiły liście i korzenie chłonne topoli kalifornijskiej, uprawianej w systemie ryzotronów. System ten umożliwiał obserwację wzrostu i funkcjonowania korzeni w warunkach in situ. Przeprowadzone badania wykazały liczne podobieństwa pomiędzy procesem starzenia liści i korzeni chłonnych. Obejmowały one podobne zmiany na poziomie morfologicznym, anatomicznym i ultrastrukturalnym. W obu organach udokumentowano uruchomienie mechanizmów związanych z procesem autofagii i remobilizacji azotu. Metabolizm węglowodanów różnicował natomiast oba organy, w korzeniach chłonnych były one bowiem magazynowane, podczas gdy w liściach skrobia była wycofywana ze starzejących się tkanek. Analiza ekspresji genów wykazała ponadto znaczne zmiany w ekspresji genów, związanych z sygnalizacją, biosyntezą oraz metabolizmem wielu fitohormonów w tym kwasu abscysynowego i kwasu jasmonowego. Uzyskane wyniki przyczyniły się do szczegółowego poznania biologii starzenia korzeni chłonnych oraz sugerują, że starzenie korzeni chłonnych można sklasyfikować jako jeden z kolejnych przykładów programowanej śmierci komórki podczas rozwoju roślin.The aim of this thesis was to broaden our knowledge of senescence process in fine roots by documenting its temporal occurrence and confirming the similarities that exist between the senescence of fine roots, leaves, and petals due to activation of a common mechanism. All experiments were performed on leaves and fine, absorptive roots of Populus trichocarpa grown in a rhizotron system that enabled in situ observations of roots. Results of the investigation revealed numerous similarities between the senescence process that occurs in leaves and fine roots, including similar changes in morphology, anatomy and cytology. Importantly, the activation of mechanisms associated with autophagy and nitrogen remobilisation were documented in both studied organs. In contrast, differences in the metabolism of carbohydrates were identified in the two studied organs. While carbohydrates accumulated in senescing fine roots, starch levels decreased in senescing leaves. Molecular analyses revealed significant changes in gene expression, including those associated with signaling, biosynthesis, and the metabolism of several phytohormones, including abscisic acid and jasmonic acid. The results of this thesis investigation provide a deeper understanding of the senescence process in fine roots and suggest that fine root senescence should be classified as another type of programmed cell death (PCD) that occurs within the life cycle of plants

Renewable energy sources as a catalyst for the introduction of the circular economy model

W artykule zostały przedstawione wybrane wskaźniki efektywności energetycznej polskiej gospodarki. Po analizie wskaźników energochłonności, stwierdzono,  że pomimo osiąganej lepszej sprawności w skali mikro i makro, zużycie energii wzrasta w poszczególnych sektorach, szczególnie w transporcie oraz gospodarstwach domowych. Wraz ze wzrostem popytu na energię  powinna zmieniać  się  struktura paliw, w których swój udział  zwiększałyby odnawialne  źródła energii. Polska gospodarka odbiega od postawionych przez Unię Europejską celów w zakresie wykorzystania OZE oraz norm emisji gazów cieplarnianych. Rozwiązaniem tego problemu może być funkcjonowanie zgodne z ideą zrównoważonego rozwoju oraz zastąpienie modelu linearnego gospodarki przez model gospodarki obiegu zamkniętego. Chociaż inwestycje w odnawialne źródła energii wymagają dużych nakładów finansowych, niosą za sobą wiele korzyści.The article presents selected indicators of the energy efficiency of the Polish economy. After analyzing the energy consumption indicators, it was found that despite the better efficiency achieved in the micro and macro scale, energy consumption is increasing in individual sectors, especially in transport and households. The structure of fuels, in which renewable energy sources would increase their share, should change with the increase in demand. The Polish economy deviates from the targets set by the European Union in the field of RES use and greenhouse gas emission standards. The solution to this problem may be functioning in accordance with the idea of sustainable development and replacing the linear model of the economy with a circular economy. Although investing in renewable energy sources is costly, it brings many benefits

Localization and Dynamics of the Methionine Sulfoxide Reductases MsrB1 and MsrB2 in Beech Seeds

Beech seeds are produced irregularly, and there is a need for long-term storage of these seeds for forest management practices. Accumulated reactive oxygen species broadly oxidize molecules, including amino acids, such as methionine, thereby contributing to decreased seed viability. Methionine oxidation can be reversed by the activity of methionine sulfoxide reductases (Msrs), which are enzymes involved in the regulation of many developmental processes and stress responses. Two types of Msrs, MsrB1 and MsrB2, were investigated in beech seeds to determine their abundance and localization. MsrB1 and MsrB2 were detected in the cortical cells and the outer area of the vascular cylinder of the embryonic axes as well as in the epidermis and parenchyma cells of cotyledons. The abundances of MsrB1 and MsrB2 decreased during long-term storage. Ultrastructural analyses have demonstrated the accumulation of these proteins in protein storage vacuoles and in the cytoplasm, especially in close proximity to the cell membrane. In silico predictions of possible Msr interactions supported our findings. In this study, we investigate the contribution of MsrB1 and MsrB2 locations in the regulation of seed viability and suggest that MsrB2 is linked with the longevity of beech seeds via association with proper utilization of storage material

Protection of innovations based on trade secrets after the implementation of Directive 2016/943 - selected issues

Informacje, innowacyjne pomysły, wiedza i doświadczenie są jednymi z najcenniejszych składników w majątku współczesnych przedsiębiorstw. Praca prezentuje wybrane problemy prawne i wyzwania z jakimi muszą zmierzyć się polscy przedsiębiorcy w celu zapewnienia skutecznej ochrony innowacyjnych rozwiązań. Praca przybliża przesłanki statuujące tajemnicę przedsiębiorstwa, prezentuje modele ochronne oraz roszczenia przysługujące przedsiębiorcy przeciwko naruszycielowi, a także okoliczności wyłączające ochronę tajemnicy przedsiębiorstwa. Ponadto, omawia prawne aspekty rozporządzania tajemnicą oraz ujawnienie informacji poufnych w sytuacjach przewidzianych przez prawo. Całość pracy uwzględnia nowelizację ustawy o zwalczaniu nieuczciwej konkurencji w wyniku implementacji unijnej dyrektywy 2016/943 do polskiego porządku prawnego, analizując zmiany oraz nowe regulacje, w tym sytuację whistleblower'ów oraz problematykę inżynierii odwróconej.Information, innovative ideas, knowledge and experience are one of the most valuable elements in the assets of modern enterprises. The master thesis presents selected legal problems and challenges that Polish entrepreneurs have to face in order to ensure effective protection of innovative solutions. The master thesis approximated the premises that set the trade secret, presented protective models and claims against the infringer, as well as the circumstances excluding the protection of trade secrets. In addition, the legal aspects of trade secret handling and disclosure of confidential information in situations provided by law are discussed. The entire master thesis includes the amendment to the polish act which regulates combating unfair competition as a result of the implementation of Directive 2016/943 into the Polish legal order and analyses the changes and new legal regulations, including the situation of whistleblower and the problems of reverse engineering