Selecting RAD-Seq Data Analysis Parameters for Population Genetics: The More the Better?

Restriction site-associated DNA sequencing (RAD-seq) has become a powerful and widely used tool in molecular ecology studies as it allows to cost-effectively recover thousands of polymorphic sites across individuals of non-model organisms. However, its successful implementation in population genetics relies on correct data processing that would minimize potential loci-assembly biases and consequent genotyping error rates. RAD-seq data processing when no reference genome is available involves the assembly of hundreds of thousands high-throughput sequencing reads into orthologous loci, for which various key parameter values need to be selected by the researcher. Previous studies exploring the effect of these parameter values found or assumed that a larger number of recovered polymorphic loci is associated with a better assembly. Here, using three RAD-seq datasets from different species, we explore the effect of read filtering, loci assembly and polymorphic site selection on number of markers obtained and genetic differentiation inferred using the Stacks software. We find (i) that recovery of higher numbers of polymorphic loci is not necessarily associated with higher genetic differentiation, (ii) that the presence of PCR duplicates, selected loci assembly parameters and selected SNP filtering parameters affect the number of recovered polymorphic loci and degree of genetic differentiation, and (iii) that this effect is different in each dataset, meaning that defining a systematic universal protocol for RAD-seq data analysis may lead to missing relevant information about population differentiation

Inversión reproductiva diferencial en hembras de Lithodes santolla (Decapoda: Anomura) en distintas áreas del sur de Sudamérica

The southern king crab Lithodes santolla experiences low temperatures and unpredictable food conditions, and is under variable fishing pressure. To compare the reproductive investment of females, crabs were captured from three sites (Beagle Channel 55°S, Tierra del Fuego Atlantic coast 52-54°S and San Jorge Gulf 45-47°S). Fecundity, water and lipid contents were measured in midgut gland, ovary and muscle. To assess the maternal investment in the offspring, egg masses were analysed on lipid, protein, water and inorganic matter contents, egg volume and embryo size. Although fecundity was similar among sites, San Jorge Gulf females showed higher water and lower lipid contents in somatic and reproductive organs. The egg mass energy reserves varied among sites, showing the highest lipid values in the Beagle Channel, and the highest protein and inorganic matter content in San Jorge Gulf. Though water content was similar, egg volume and embryo size were higher in San Jorge Gulf. Moreover, maternal size did not correlate with egg volume, embryo size or lipid, protein and inorganic matter content of the eggs. This study suggests that reproductive investment of L. santolla varies among regions exposed to different environmental conditions, such as the quality of food available, denoting a female compensatory mechanism.La centolla, Lithodes santolla, experimenta bajas temperaturas, condiciones de alimentación impredecibles y distintas presiones pesqueras. Para comparar la inversión reproductiva de las hembras, se capturaron centollas de tres sitios (Canal Beagle 55°S, Costa Atlántica de Tierra del Fuego 52-54°S y Golfo San Jorge 45-47°S). Se midió la fecundidad, y el contenido de agua y lípidos en la glándula digestiva, ovario y músculo. Para comparar el aporte materno a la descendencia, se determinó el contenido de lípidos, proteínas, agua y materia inorgánica en la masa de huevos, el volumen del huevo y el tamaño del embrión. Aunque la fecundidad fue similar entre sitios, las hembras del Golfo San Jorge mostraron mayor contenido de agua y lípidos en los órganos somáticos y reproductivos. Las reservas energéticas de la masa de huevos variaron entre sitios, mostrando los mayores valores de lípidos en Canal Beagle y de proteínas y materia inorgánica en el Golfo San Jorge. Aunque el contenido de agua en el huevo fue similar, su volumen y el tamaño del embrión fueron mayores en el Golfo San Jorge. Además, el tamaño materno no se correlacionó con el volumen del huevo, el tamaño del embrión, ni con el contenido de lípidos, proteínas y materia inorgánica de los huevos. Este estudio sugiere que la inversión reproductiva de L. santolla varía entre regiones expuestas a diferentes condiciones ambientales, como la calidad de alimentos disponibles, lo cual denota un mecanismo compensatorio en las hembras

Insights in the Stock Mixing Dynamics of Atlantic Bluefin Tuna in the North Atlantic

Effective fisheries management requires accurate stock identification, which can be challenging in mixed stock fisheries such as the Atlantic bluefin tuna (Thunnus thynnus). This species is currently managed considering two stocks known to spawn in the Mediterranean Sea and Gulf of Mexico, respectively. However, recent studies have shown that individuals from both spawning components can interbreed at a recently discovered spawning ground, located in the Slope Sea. A better understanding of the mixing patterns, as well as the proportion in which both stocks interbreed in the Slope Sea are valuable for a reliable Atlantic bluefin tuna stock assessment. With this aim, we assigned genetic origin of 2000 individuals captured at feeding aggregates across the North Atlantic using a 96 SNP panel and analyzed the genetic profile of 500 individuals including 200 potential Slope Sea spawners (i.e., spawning capable individuals captured in this area at the spawning season), using a 8000 SNP array. We confirmed that stock mixing occurs across different feeding aggregates in the North Atlantic, being stronger in the Northwest Atlantic, where the Mediterranean component was a majority at some locations within and near the Slope Sea spawning ground. The analysis of Slope Sea spawner candidate individuals showed nearly equal representation from both Mediterranean and Gulf of Mexico genetic origin individuals, suggesting similar contribution to the Slope Sea origin offspring. Our findings constitute an important progress towards the understanding of the Atlantic bluefin tuna stock mixing dynamics and the relevance of the recently discovered Slope Sea spawning ground for the conservation of the species.En prens

Genetic connectivity and hybridization with its siter species challenge the current management paradigm of white anglerfish (Lophius piscatorius)

Understanding the inter and intraspecific dynamics of fish populations is essential to promote effective management and conservation actions and to predict adaptation to changing conditions. This is possible through the analysis of thousands of genetic markers, which has proven useful to resolve connectivity among populations. Here, we have tackled this issue in the white anglerfish (Lophius piscatorius), which inhabits the Northeast Atlantic and Mediterranean Sea and coexists with its morphologically almost identical sister species, the black anglerfish (L. budegassa). Our genetic analyses based on 16,000 SNP markers and 700 samples reveal that i) the white anglerfish from the Mediterranean Sea and the Atlantic Ocean are genetically isolated, but that no differentiation can be observed within the later, and that ii) black and white anglerfish naturally hybridize, resulting in a population of about 20% of, most likely sterile, hybrids in some areas. These findings challenge the current paradigm of white anglerfish management, which considers three independent management units within the North East Atlantic and assumes that all mature fish have reproductive potential. Additionally, the northwards distribution of both species, likely due to temperature raises, calls for further monitoring of the abundance and distribution of hybrids to anticipate the effects of climate change in the interactions between both species and their potential resilience

Comparación del tiempo de cepillado de la técnica habitual con la técnica de Bass en estudiantes de Odontología

El proceso de cambio de hábitos comienza con la educación del paciente, promocionando el desarrollo de un aceptable control de la placa. Dentro de este contexto, varios métodos se emplean para ejecutarlo, sin embargo el valor de cepillado en la prevención depende no solo del tipo de cepillo de dientes, sino también en la técnica de cepillado apropiada y del tiempo que se dedique a la ejecución del mismo. El objetivo del estudio fue comparar los tiempos de cepillado con técnica habitual y de Bass en estudiantes de la Cátedra de Odontología Preventiva de la Universidad del Pacífico. El estudio es cuasi-experimental e incluyó la participación de 21 estudiantes del primer año de la carrera de Odontología matriculados en el 2014.En la clase previa al desarrollo del contenido programático ―Control mecánico de placa microbiana‖, se invitó a participar del estudio a todos los estudiantes. Con un espejo de rostro y el cepillo personal del estudiante se le solicitó a cada uno que proceda a cepillarse con su técnica habitual y posterior a la clase, con la de Bass, se registraron en la ficha los tiempos que cada uno tomo, en segundos, a través cronómetro digital. El tiempo promedio con la técnica de Bass fue significativamente (p<0,0001) mayor que con la técnica habitual (193,9±51,9versus 109,6±34,5segundos). El mayor tiempo que se ocupa para el cepillado con la técnica de Bass puede resultar particularmente importante, considerando que el ritmo actual de vida del estudiante y de la población en general implica una carrera contra reloj, limitando así las posibilidades de un adecuado control mecánico de la placa microbiana, reconocida como uno de los más importantes factores cariogénico y periodontopático

Enfermedades crónicas

Adherencia al tratamiento farmacológico y relación con el control metabólico en pacientes con DM2Aluminio en pacientes con terapia de reemplazo renal crónico con hemodiálisis en Bogotá, ColombiaAmputación de extremidades inferiores: ¿están aumentando las tasas?Consumo de edulcorantes artificiales en jóvenes universitariosCómo crecen niños normales de 2 años que son sobrepeso a los 7 añosDiagnóstico con enfoque territorial de salud cardiovascular en la Región MetropolitanaEfecto a corto plazo de una intervención con ejercicio físico, en niños con sobrepesoEfectos de la cirugía bariátrica en pacientes con síndrome metabólico e IMC < 35 KG/M2Encuesta mundial de tabaquismo en estudiantes de profesiones de saludEnfermedades crónicas no transmisibles: Consecuencias sociales-sanitarias de comunidades rurales en ChileEpidemiología de las muertes hospitalarias por patologías relacionadas a muerte encefálica, Chile 2003-2007Estado nutricional y conductas alimentarias en adolescentes de 4º medio de la Región de CoquimboEstudio de calidad de vida en una muestra del plan piloto para hepatitis CEvaluación del proceso asistencial y de resultados de salud del GES de diabetes mellitus 2Factores de riesgo cardiovascular en población universitaria de la Facsal, universidad de TarapacáImplicancias psicosociales en la génesis, evolución y tratamiento de pacientes con hipertensión arterial esencialInfarto agudo al miocardio (IAM): Realidad en el Hospital de Puerto Natales, 2009-2010Introducción de nuevas TIC y mejoría de la asistencia a un programa de saludNiños obesos atendidos en el Cesfam de Puerto Natales y su entorno familiarPerfil de la mortalidad por cáncer de cuello uterino en Río de JaneiroPerfil del paciente primo-consultante del Programa de Salud Cardiovascular, Consultorio Cordillera Andina, Los AndesPrevalencia de automedicación en mujeres beneficiarias del Hospital Comunitario de Til-TiPrevalencia de caries en población preescolar y su relación con malnutrición por excesoPrevalencia de retinopatía diabética en comunas dependientes del Servicio de Salud Metropolitano Occidente (SSMOC)Problemas de adherencia farmacológica antihipertensiva en población mapuche: Un estudio cualitativoRol biológico de los antioxidantes innatos en pacientes portadores de VIH/SidaSobrepeso en empleados de un restaurante de una universidad pública del estado de São Paul

Estudios actuales de literatura comparada. Teorías de la literatura y diálogos interdisciplinarios

Estos dos volúmenes constituyen una contribución al desarrollo de la comparatística que se realiza, principalmente, desde América Latina. El primer volumen está organizado en tres partes y consta de 22 artículos, mientras que el segundo reúne 24 capítulos.UCR::Vicerrectoría de Docencia::Artes y Letras::Facultad de Letras::Escuela de Filología, Lingüística y LiteraturaUCR::Vicerrectoría de Docencia::Ciencias Básicas::Sistema de Educación General::Escuela de Estudios GeneralesUCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Artes y Letras::Maestría Académica en Literatura FrancesaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Sistema de Estudios de Posgrado::Artes y Letras::Maestría Académica en Literatura LatinoamericanaUCR::Vicerrectoría de Docencia::Artes y Letras::Facultad de Letras::Escuela de Lenguas Moderna

Aprendizajes y prácticas educativas en las actuales condiciones de época: COVID-19

“Esta obra colectiva es el resultado de una convocatoria a docentes, investigadores y profesionales del campo pedagógico a visibilizar procesos investigativos y prácticas educativas situadas en el marco de COVI-19. La misma se inscribe en el trabajo llevado a cabo por el equipo de Investigación responsable del Proyecto “Sentidos y significados acerca de aprender en las actuales condiciones de época: un estudio con docentes y estudiantes de la educación secundarias en la ciudad de Córdoba” de la Facultad de Filosofía y Humanidades. Universidad Nacional de Córdoba. El momento excepcional que estamos atravesando, pero que también nos atraviesa, ha modificado la percepción temporal a punto tal que habitamos un tiempo acelerado y angustiante que nos exige la producción de conocimiento provisorio. La presente publicación surge como un espacio para detenernos a documentar lo que nos acontece y, a su vez, como oportunidad para atesorar y resguardar las experiencias educativas que hemos construido, inventado y reinventando en este contexto. En ella encontrarán pluralidad de voces acerca de enseñar y aprender durante la pandemia. Este texto es una pausa para reflexionar sobre el hacer y las prácticas educativas por venir”.Fil: Beltramino, Lucia (comp.). Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Filosofía y Humanidades. Escuela de Archivología; Argentina

Adelante / Endavant

Séptimo desafío por la erradicación de la violencia contra las mujeres del Institut Universitari d’Estudis Feministes i de Gènere "Purificación Escribano" de la Universitat Jaume