Analysis of differential gene expression between different libraries of soybean

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães PereiraDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A soja é uma das principais commodities da economia internacional, sendo sua produção mundial de cerca de 220 milhões de toneladas por safra. Além de ser um alimento rico em proteínas e usado para a fabricação de óleo vegetal, a planta vem ganhando visibilidade devido a possibilidade de ser usada na fabricação de biocombustíveis, principalmente o biodiesel. Para o Brasil, a soja tem grande importância na balança comercial, sendo o país o segundo maior produtor do mundo. Neste contexto, no ano de 2007, o governo brasileiro estabeleceu um consórcio de pesquisas em soja - denominado GENOSOJA - com o objetivo de identificar características genéticas que possam facilitar o processo produtivo da planta, com foco nos diversos estresses que acometem a produção nacional, como a ocorrência de secas, o ataque de pragas e a doença da ferrugem asiática, causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi. Este trabalho está inserido no escopo do GENOSOJA, propondo a construção de bancos de dados contendo informações disponíveis nos diversos bancos públicos (sequências genômicas, ESTs e cDNA full-lenght), integrando-as com as informações geradas no decorrer do projeto (tags de SuperSAGE, bibliotecas subtrativas de cDNA e microRNAs). Além disso, foram construídas diversas interfaces web que oferecem aos usuários diversas funcionalidades, incluindo: comparações estatísticas, consultas por palavras-chave, dados sobre anotação e expressão dos genes nas diversas condições e experimentos estudados. Dessa forma, o ferramental de bioinformática aqui apresentado pode facilitar a compreensão de como as diferenças de expressão gênica da planta podem afetar características de importância agronômicaAbstract: Soybean is one of the main commodities in the international economy, with a world production of about 220 millions of tons per harvest. Besides being a protein rich food and used for vegetable oil production, the plant has been gaining visibility due to the possibility of being to make biofuels, especially biodiesel. The soybean culture is of great importance in the Brazilian economy, being the country the second largest producer in the world. In this context, in 2007, the Brazilian government established a research consortium in soybean - called GENOSOJA - aiming to identify genetic traits that may facilitate the production process of the plant, focusing on the different stresses that affect the national production, as the occurrence of drought, pests' attacks and the asian rust disease, caused by the Phakopsora pachyrhizi fungus. This work is inserted in the GENOSOJA, proposing to build a set of databases containing information available in several public databases (genomic sequences, ESTs and full-length cDNA), integrating them with information generated during the project (SuperSAGE tags, cDNA subtractive libraries and miRNAs). Additionally, several web interfaces were built. They offer to users many features, including: statics comparisons, keyword searches, data about annotation and gene expression in different experiments and conditions. Thus, the bioinformatics tools presented here may facilitate the understanding of how the differences in gene expression can affect plant traits with agronomic importanceMestradoBioinformaticaMestre em Genética e Biologia Molecula

A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA project: databases and pipelines

The Genosoja consortium is an initiative to integrate different omics research approaches carried out in Brazil. Basically, the aim of the project is to improve the plant by identifying genes involved in responses against stresses that affect domestic production, like drought stress and Asian Rust fungal disease. To do so, the project generated several types of sequence data using different methodologies, most of them sequenced by next generation sequencers. The initial stage of the project is highly dependent on bioinformatics analysis, providing suitable tools and integrated databases. In this work, we describe the main features of the Genosoja web database, including the pipelines to analyze some kinds of data (ESTs, SuperSAGE, microRNAs, subtractive cDNA libraries), as well as web interfaces to access information about soybean gene annotation and expression.203211Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

REPRODUCTIVE BIOLOGY AND VARIATIONS IN THE GONADAL DEVELOPMENT OF THE FISH CURIMATÃ (Prochilodus brevis STEINDACHNER, 1875) IN CAPTIVITY

Este estudo analisou a biologia reprodutiva de Prochilodus brevis mantida em cativeiro durante o desenvolvimento ontogenético, a fim de contribuir com a conservação e o aprimoramento da reprodução induzida dessa espécie, a qual destaca-se por ter valor comercial atribuído ao consumo de sua “ova” e por ser endêmica da região Nordeste. A amostragem foi quinzenal, sendo analisados 137 exemplares. Observações macroscópicas e microscópicas das gônadas permitiu a identificação de quatro estágios de maturação gonadal: Imaturo, Em Maturação, Maduro e Regressão. A idade de maturação foi prevista com grau satisfatório de confiança, pois o desenvolvimento gonadal foi observado de alevinos até peixes na idade adulta. A eclosão dos alevinos foi acompanhada na Estação de Pesca Estevão de Oliveira, em Caicó/RN/Brasil. Posteriormente, os alevinos foram transferidos para um tanque na Escola Agrícola de Jundiaí, em Macaíba/RN/Brasil. Foram verificados machos e fêmeas juvenis até 225 dias após a eclosão (dae), em início de maturação com 247 dae, indivíduos com gônadas maduras a partir de 274 dae e em regressão a partir de 359 dae para fêmeas e 410 dae para machos, sendo corroborado pela curva de maturação com base nos valores do Índice Gônadossomático. Assim, observou-se que, mesmo em cativeiro, P. brevis atinge todos os estágios de maturação gonadal, com exceção da desova, devido ausência de condições ambientais adequadas, visto ser uma espécie reofílica. Portanto, constatou-se que a maturação gonadal de P. brevis ocorre entre 247 e 340 dae, correspondente ao período de outubro a janeiro, semelhante ao ambiente natural. Palavras-chave: Prochilodus, ontogenia gonadal, histologia gonadal, índice gonadossomático, aquicultura. DOI: http://dx.doi.org/10.18561/2179-5746/biotaamazonia.v5n2p65-7

UTILIZAÇÃO DO RAMO E PROCESSO CORONÓIDE DA MANDÍBULA PARA A RECONSTRUÇÃO TOTAL DE MAXILA ATRÓFICA

A reabilitação implanto-suportada dos maxilares atróficos requer reconstrução prévia do volume ósseo a fim de permitir a instalação de implantes dentários em ótima posição tridimensional e assim proporcionar uma reabilitação protética ideal funcionalmente e esteticamente.  A escolha do sítio doador do enxerto ósseo a ser utilizado deve considerar características e intensidade da atrofia óssea. Diversas fontes doadoras de enxerto ósseo estão disponíveis para reconstruções maxilares, diferenciando-se quanto as características embriológicas (ossificação endocondral x intramembranosa), tipo de osso (cortical x medular), características físicas e morfológicas, volume de osso disponível, morbidade associada à remoção e taxa de reabsorção do enxerto. O presente trabalho visa demonstrar um caso clínico de reconstrução total de maxila atrófica com enxerto ósseo removido dos ramos e processos coronóides da mandíbula. Tal enxerto, além de evitar a remoção de enxertos ósseos de fontes extra-orais e consequentemente a morbidade associada a tal remoção, cumpriu os requisitos ideais dos enxertos ósseos, tais como baixa morbidade do sítio doador, mínima reabsorção, facilidade de remoção, alto componente cortical e principalmente promoção de volume ósseo suficiente para a instalação de implantes dentários após incorporação do osso transplantado

Miocardiopatia dilatada: Um relato de caso / Dilated cardiomyopathy: A case report

Introdução: A Miocardiopatia Dilatada é o subtipo mais comum de um grupo de doenças em que a disfunção primária se encontra no miocárdio. Caracteriza-se por dilatação ventricular esquerda, principalmente, associado a déficit contrátil e adelgaçamento de suas paredes. É responsável por mais de 30% dos casos de Insuficiência Cardíaca na população; e um diagnóstico precoce e início de tratamento adequado influenciam na sua morbimortalidade. Objetivos: Relatar o caso de um paciente diagnosticado com miocardiopatia dilatada e discutir sobre os métodos diagnósticos, possíveis etiologias e as dificuldades para defini-la. Métodos: Foi realizada uma coleta de informações em prontuário do paciente, seguida de entrevista e análise de exames realizados. Cerca de 24 artigos foram selecionados utilizando as plataformas do PubMed, UptoDate e Lilacs, além de 3 livros-texto e 1 diretriz. Relato de Caso: Paciente do sexo masculino, 35 anos, frequentador da APAE, há 6 anos iniciou quadro de cansaço, dispneia aos grandes esforços e tosse noturna. Após atendimento ambulatorial, foi evidenciado uma cardiomegalia à radiografia, iniciado tratamento clínico e encaminhado a Clínica de Insuficiência Cardíaca. Ao ecocardiograma, foi diagnosticado com miocardiopatia dilatada, com múltiplos sintomas de insuficiência cardíaca com baixa fração de ejeção, sem etiologia definida. Após anos estável, apresentou piora grave, necessitando implantar um ressincronizador cardíaco. Conclusão: A Miocardiopatia Dilatada é uma doença multifatorial, com sintomatologia variável, que dificulta seu diagnóstico rápido e definição da etiologia, influenciando no prognóstico e bem-estar do paciente.

Farmacocinética da cefuroxima na antibioticoprofilaxia de cirurgia cardíaca

OBJECTIVE: The objective was to investigate the plasma levels and to compare the pharmacokinetics of cefuroxime during and after surgery in adult patients with elective indication for coronary artery bypass grafting. METHODS: Seventeen patients received three 1.5-g bolus IV doses of cefuroxime, one every 12 hrs. Serial blood samples (3 mL) were collected 1, 3, 6, 9, and 12 hrs after the first dose (given during the intervention) and after the second and third doses (postsurgery). Blood samples were centrifuged and stored frozen until being assayed. For assessment of the cefuroxime plasma levels by liquid chromatography, only 200 µL of plasma were required. Determination of cefuroxime plasma levels was followed by a pharmacokinetic (PK)-modeling using PK Solutions 2.0 software. RESULTS: The kinetic parameters obtained remained unchanged after the first, second, and the third dose as follows: elimination half-life: 1.8 h, 1.9 h, and 1.8 h; clearance: 1.4, 1.5, and 1.5 mL/min/kg, respectively. Additionally, the apparent volume of distribution did not change during and after the intervention: 0.19, 0.25, and 0.22 L/kg, after the first, second, and the third dose, respectively. Since the drug has a low volume of distribution, plasma levels obtained after a 1.5-g IV bolus injection of cefuroxime decreased rapidly due to the high plasma clearance, with a consequent short half-life. CONCLUSIONS: The kinetic disposition of cefuroxime remains unaltered in patients undergoing coronary artery bypass grafting; to reduce the fluctuation in plasma concentrations so that the antibiotic prophylaxis in the peri-operative period is guaranteed, the dose regimen should be reviewed.OBJETIVO: Investigar os níveis plasmáticos e comparar a farmacocinética da cefuroxima durante e após cirurgia de revascularização do miocárdio. MÉTODOS: Dezessete pacientes receberam três doses intravenosas de 1,5 g de cefuroxima, a cada 12 horas. Foram coletadas amostras de sangue nos tempos de 1, 3, 6, 9 e 12 horas após a primeira dose (durante a cirurgia) e após a segunda e terceira dose (administradas após a cirurgia). As amostras de sangue foram centrifugadas e armazenadas congeladas até o momento da análise. Os níveis plasmáticos da cefuroxima foram determinados através de cromatografia líquida, utilizando-se apenas 200 mL de plasma. A determinação da farmacocinética da cefuroxima foi realizada utilizando o software PK-solutions 2.0. RESULTADOS: Todos os parâmetros cinéticos obtidos permaneceram inalterados após a adminstração da 1ª, 2ª e 3ª doses: meia vida de eliminação 1,8h, 1,9h and 1,8h, depuração 1,4, 1,5 and 1,5 mL/min/kg respectivamente. Adicionalmente, o volume aparente de distribuição, não se alterou durante ou após a intervenção: 0,19, 0,25 and 0,22 L/kg, após 1ª, 2ª e 3ª dose, respectivamente. Os níveis plasmáticos obtidos após administração da cefuroxima reduziram rapidamente devido à alta depuração plasmática com conseqüente curta meia-vida plasmática, atingindo valores abaixo da concentração inibitória mínima a partir da 9ª hora da administração. CONCLUSÕES: A disposição cinética da cefuroxima permanece inalterada em pacientes submetidos à cirurgia de revascularização do miocárdio, e com vistas à redução da flutuação no período perioperatório, o regime de dose para a antibioticoprofilaxia poderia ser revisto

Efeito de diferentes substratos na germinação de genótipos de girassol

Reutilizar resíduos provenientes de agroindústrias como substrato é uma alternativa que beneficia o meio ambiente e ao produtor. Nesse contexto, pesquisa foi realizada na Universidade Federal de Campina Grande/PB, objetivando-se avaliar o efeito de diferentes substratos provenientes de resíduos agroindustriais na germinação de genótipos de girassol. Foram avaliados a porcentagem de germinação (PG), o índice de velocidade de germinação (IVG), a velocidade média (Vm) e o tempo médio (Tm) de germinação de cada variedade de girassol estudada nos diferentes substratos utilizados. O delineamento foi o de bloco ao acaso e as análises foram realizadas, pelo programa computacional Sistema para Análise de Variância - SISVAR.Em relação ao substrato a porcentagem de germinação variou de 48,17 % a 65,47 %. O Helio 253 com menor valor de IVG (1,41), enquanto que o Olisum 3 com maior valor (4,80) seguido pelos genótipos AG 262 (4,43) e Embrapa 122- v2000 (3,26).  O tempo médio (Tm) de germinação variou de 8,0 a 8,92. Os substratos considerados mais adequados para a germinação de todos os genótipos foram a areia, fibra de coco e a composição fibra de coco + areia

Identification of SNPs in RNA-seq data of two cultivars of Glycine max (soybean) differing in drought resistance

The legume Glycine max (soybean) plays an important economic role in the international commodities market, with a world production of almost 260 million tons for the 2009/2010 harvest. The increase in drought events in the last decade has caused production losses in recent harvests. This fact compels us to understand the drought tolerance mechanisms in soybean, taking into account its variability among commercial and developing cultivars. In order to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes up-regulated during drought stress, we evaluated suppression subtractive libraries (SSH) from two contrasting cultivars upon water deprivation: sensitive (BR 16) and tolerant (Embrapa 48). A total of 2,222 soybean genes were up-regulated in both cultivars. Our method identified more than 6,000 SNPs in tolerant and sensitive Brazilian cultivars in those drought stress related genes. Among these SNPs, 165 (in 127 genes) are positioned at soybean chromosome ends, including transcription factors (MYB, WRKY) related to tolerance to abiotic stress.331334Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

EXPERIÊNCIA DE PRODUÇÃO DE AUDIODESCRIÇÃO PARA VISITA GUIADA NO MUSEU DO INSTITUTO LAURO DE SOUZA LIMA

A promoção da acessibilidade é fator essencial para a inclusão de pessoas com deficiência em diversos âmbitos da sociedade, como em espaços de contato e imersão cultural. Destes, pode-se citar o museu do Instituto Lauro de Souza Lima, de Bauru/SP. Com uma nova exposição em 2020, fez-se necessária a busca pela inclusão de recursos de acessibilidade para que mais públicos pudessem conhecer o museu. Assim, a partir do fomento do ProAC Edital - Programa de Apoio à Cultura 13/2019 do Estado de São Paulo, a museóloga responsável e o projeto de extensão Biblioteca Falada, da Universidade Estadual Paulista (Unesp) de Bauru, produziram audiodescrições para a visita guiada da exposição. A inserção deste recurso e disponibilização de fácil acesso pôde promover a inclusão de pessoas com deficiência visual e outros públicos que se beneficiam da informação em formato sonoro

ANÁLISE BIBLIOMÉTRICA SOBRE PRÁTICAS PEDAGÓGICAS COM TECNOLOGIAS DIGITAIS EM TEMPOS DE COVID-19

This article aims to investigate, through a bibliometric analysis, the problems of pedagogical practices with Digital Technologies in Brazilian education in times of the Covid-19 pandemic, from 2020 to 2022, in basic and higher education. The research has a qualitative approach, with a descriptive focus. Based on the content analysis, the following categories were listed: 1) Scientific production on emergency remote teaching and digital technologies; 2) Main authors; 3) Challenges and possibilities with emergency remote teaching. According to the results, it is evident that the pandemic has unveiled the challenges/difficulties faced in education. The study allowed us to reflect on how the introduction of Digital Technologies in pedagogical practices has been a demand historically built, as well as the questionings/problematizations about which paths will be taken in/for education after Covid-19.Este artículo tiene como objetivo investigar, a través de un análisis bibliométrico, los problemas de las prácticas pedagógicas con Tecnologías Digitales en la educación brasileña en tiempos de la pandemia del Covid-19, en el período de 2020 a 2022, en la educación básica y superior. La investigación tiene un abordaje cualitativo, con enfoque descriptivo. Frente al Análisis de Contenido, fueron listadas las siguientes categorías: 1) Producción científica sobre educación a distancia en emergencia y tecnologías digitales; 2) Principales autores; 3) Desafíos y posibilidades con la educación a distancia en emergencia. De acuerdo con los resultados, es evidente que la pandemia ha desvelado los retos/dificultades a los que se enfrenta la educación. El estudio permitió reflejar cómo la introducción de las Tecnologías Digitales en las prácticas pedagógicas ha sido una demanda históricamente construida, así como los cuestionamientos/problematizaciones sobre qué caminos se tomarán en/para la educación después de Covid-19.Este artigo visa investigar, mediante uma análise bibliométrica, as problemáticas de práticas pedagógicas com Tecnologias Digitais na educação brasileira em tempos de pandemia da Covid-19, no período de 2020 a 2022, na educação básica e superior. A investigação possui uma abordagem qualitativa, com enfoque descritivo. Diante da Análise de Conteúdo, elencaram-se as seguintes categorias: 1) Produção científica sobre ensino remoto emergencial e tecnologias digitais; 2) Principais autores; 3) Desafios e possibilidades com ensino remoto emergencial. De acordo com os resultados, evidencia-se que a pandemia veio descortinar os desafios/dificuldades enfrentados na educação. O estudo nos possibilitou refletir como a introdução das Tecnologias Digitais nas práticas pedagógicas foi sendo uma demanda construída historicamente, bem como os questionamentos/problematizações sobre quais caminhos serão tomados na/para educação pós Covid-19