Abduction in Well-Founded Semantics and Generalized Stable Models

Abductive logic programming offers a formalism to declaratively express and solve problems in areas such as diagnosis, planning, belief revision and hypothetical reasoning. Tabled logic programming offers a computational mechanism that provides a level of declarativity superior to that of Prolog, and which has supported successful applications in fields such as parsing, program analysis, and model checking. In this paper we show how to use tabled logic programming to evaluate queries to abductive frameworks with integrity constraints when these frameworks contain both default and explicit negation. The result is the ability to compute abduction over well-founded semantics with explicit negation and answer sets. Our approach consists of a transformation and an evaluation method. The transformation adjoins to each objective literal $O$ in a program, an objective literal $not(O)$ along with rules that ensure that $not(O)$ will be true if and only if $O$ is false. We call the resulting program a {\em dual} program. The evaluation method, \wfsmeth, then operates on the dual program. \wfsmeth{} is sound and complete for evaluating queries to abductive frameworks whose entailment method is based on either the well-founded semantics with explicit negation, or on answer sets. Further, \wfsmeth{} is asymptotically as efficient as any known method for either class of problems. In addition, when abduction is not desired, \wfsmeth{} operating on a dual program provides a novel tabling method for evaluating queries to ground extended programs whose complexity and termination properties are similar to those of the best tabling methods for the well-founded semantics. A publicly available meta-interpreter has been developed for \wfsmeth{} using the XSB system.Comment: 48 pages; To appear in Theory and Practice in Logic Programmin

The mycobacteriophage ms6 lysb n-terminus displays peptidoglycan binding affinity

Funding Information: Funding: This work was supported in part by Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT-MCES, Portugal) Grant PTDC/IMI-MIC/0694/2012 to MP and PTDC/BIA-MIC/30746/2017 to SF. AG (SFRH/BD/87685/2012) was a recipient PhD fellowship from FCT-MCES, Portugal. Funding Information: This work was supported in part by Funda??o para a Ci?ncia e Tecnologia (FCT-MCES, Portugal) Grant PTDC/IMI-MIC/0694/2012 to MP and PTDC/BIA-MIC/30746/2017 to SF. AG (SFRH/BD/87685/2012) was a recipient PhD fellowship from FCT-MCES, Portugal. Publisher Copyright: © 2021 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.Double-stranded DNA bacteriophages end their lytic cycle by disrupting the host cell envelope, which allows the release of the virion progeny. Each phage must synthesize lysis proteins that target each cell barrier to phage release. In addition to holins, which permeabilize the cytoplasmic membrane, and endolysins, which disrupt the peptidoglycan (PG), mycobacteriophages synthesize a specific lysis protein, LysB, capable of detaching the outer membrane from the complex cell wall of mycobacteria. The family of LysB proteins is highly diverse, with many members presenting an extended N-terminus. The N-terminal region of mycobacteriophage Ms6 LysB shows structural similarity to the PG-binding domain (PGBD) of the φKZ endolysin. A fusion of this region with enhanced green fluorescent protein (Ms6LysBPGBD-EGFP) was shown to bind to Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium vaccae, Mycobacterium bovis BGC and Mycobacterium tuberculosis H37Ra cells pretreated with SDS or Ms6 LysB. In pulldown assays, we demonstrate that Ms6 LysB and Ms6LysBPGBD-EGFP bind to purified peptidoglycan of M. smegmatis, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Bacillus subtilis, demonstrating affinity to PG of the A1γ chemotype. An infection assay with an Ms6 mutant producing a truncated version of LysB lacking the first 90 amino acids resulted in an abrupt lysis. These results clearly demonstrate that the N-terminus of Ms6 LysB binds to the PG.publishersversionpublishe

Modification of the mycobacteriophage Ms6 attP core allows the integration of multiple vectors into different tRNA(ala )T-loops in slow- and fast-growing mycobacteria

BACKGROUND: Mycobacteriophage Ms6 integrates into Mycobacterium smegmatis and M. bovis BCG chromosome at the 3' end of tRNA(ala )genes. Homologous recombination occurs between the phage attP core and the attB site located in the T-loop. Integration-proficient vectors derived from Ms6 are useful genetic tools, but their insertion sites in the BCG chromosome remain poorly defined. The primary objective of this study was to identify Ms6 target genes in M. smegmatis and BCG. We then aimed to modify the attP site in Ms6-derived vectors, to switch integration to other tRNA(ala )loci. This provided the basis for the development of recombinant M. bovis BCG strains expressing several reporter genes inserted into different tRNA(ala )genes. RESULTS: The three tRNA(ala )genes are highly conserved in M. smegmatis and BCG. However, in the T-loop of tRNA(alaU )and tRNA(alaV )containing the attB site, a single base difference was observed between the two species. We observed that the tRNA(alaU )gene was the only site into which Ms6-derived integration-proficient vectors integrated in M. smegmatis, whereas in BCG, the tRNA(alaV )gene was used as the target. No integration occurred in the BCG tRNA(alaU )T-loop, despite a difference of only one base from the 26-base Ms6 attP core. We mutated the attP core to give a perfect match with the other tRNA(ala )T-loops from M. smegmatis and BCG. Modification of the seven-base T-loop decreased integration efficiency, identifying this site as a possible site of strand exchange. Finally, two Ms6 vectors were constructed to integrate two reporter genes into the tRNA(alaU )and tRNA(alaV )T-loops of the same BCG chromosome. CONCLUSION: Small changes in the 7 bp T-loop attP site of Ms6 made it possible to use another attB site, albeit with a lower integration efficiency. These molecular studies on BCG tRNA(ala )genes made it possible to create valuable tools for the site-directed insertion of several genes in the same BCG strain. These tools will be useful for the development of novel multivalent vaccines and genetic studies

VARICOSE VEINS SURGERY OF LOWER LIMBS CAN WE PRESERVE GREAT SAPHENOUS VEIN?

Introdução: A avaliação por eco-Doppler mostrou a grande veia safena como uma veia interfascial e não superficial. O Eco-Doppler mostrou também veias varicosas com junção safeno femoral competente, bem como veias varicosas que envolvem somente veias colaterais ou veias colaterais mais segmentos da grande veia safena. Consequentemente foram definidos dois padrões principais de refluxo venoso: o refluxo axial com envolvimento contínuo da grande veia safena, desde a junção safenofemoral ao maléolo e o refluxo segmentar com envolvimento de segmentos da grande veia safena e/ou veias colaterais, mas sem continuidade entre si. O padrão de refluxo segmentar divide-se em 3 subtipos: no subtipo 1 estão apenas envolvidos ramos superficiais, no subtipo 2 estão envolvidos ramos superficiais mais segmentos da grande veia safena e no subtipo 3 verifica-se refluxo ao nível da junção safenofemoral e de veias colaterais da coxa.Objetivo: Podemos preservar a grande veia safena tratando veias varicosas com um padrão de refluxo segmentar?Metodologia: Foram operados 54 doentes com padrão de refluxo segmentar com preservação da grande veia safena. O seguimento clínico considerou o alívio sintomático e cosmético e a não recorrência de varizes, avaliando a cirurgia como satisfatória. O seguimento por Eco-Doppler classificou o refluxo em: ausência de refluxo, persistência de refluxo ou progressão de refluxo. O tempo médio de seguimento foi de 12,1 meses.Resultados. Resultados clínicos: 98.5% avaliou a cirurgia como satisfatória. Resultados do Eco-Doppler: 58% com ausência de refluxo, 42% com persistência de refluxo e 1 caso com progressão do refluxo.Conclusão: Os resultados do nosso estudo, clínicos e avaliação por Eco-Doppler, sustentam a preservação da grande veia safena.A resposta à nossa questão se podemos preservar a grande veia safena é um sim terminante.Os nossos achados sustentam também o conceito de que as veias varicosas são um processo local e multifocal com início em qualquer segmento de veia e não um processo descendente com início na junção safenofemoral. Os ramos varicosos superficiais aparentam ter um papel principal neste processo e não o tronco da veia safena, como considerado previamente

Combined tools for surgical case packages contents and cost optimization: a preliminary study

This paper presents a solution proposal based on mathematical and statistical tools to optimize Surgical Case Packages of an Operating Room (OR) in a Portuguese public hospital that it is the most complex environment in a hospital. In this particular hospital, more than 27000 surgeries/year are performed, employing, sometimes, misadjusted composition of standard surgical packages and non-optimized grouping of surgical instruments. Problem consequences are, among others, high transport of various surgical cases packages; high number of open cases and delays in surgical times following surgery. These type of problems are waste that do not add value to the service in the context of Lean Healthcare and must be eliminated using the most suitable tools. After the analysis, different tools were used: combinatorial analysis to optimize surgical cases composition and statistical analysis to identify the instruments usage and surgical basic case patterns. An optimization model was developed which produced a sterilizing initial solution of 135.24€. By identifying the most commonly employed instruments, it was concluded that some instruments have never been used and others rarely and some patterns were identified. The results achieved were based on minor sample and in a form of data collection that needs some adjustments.The authors want to acknowledge the Portuguese public hospital involved and to the ESGI initiative. The authors also would like to express their acknowledgments to national funds by COMPETE: POCI-01-0145-FEDER-007043 and FCT - Fundacao para a Ciencia e Tecnologia within the Project Scope: UID/CEC/00319/2013.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Infeção Cutânea por Mycobacterium Chelonae após Mesoterapia - O contributo do Laboratório de Microbiologia clínica

Nos últimos anos tem aumentado o interesse nos procedimentos cosméticos não cirúrgicos, sendo a mesoterapia uma alternativa à cirurgia. Apesar do risco associado ser teoricamente baixo, têm sido reportados múltiplos casos de infeções da pele e tecidos moles por micobactérias de crescimento rápido (MCR) secundárias a este tratamento. A clínica e o laboratório devem estar sensibilizados para esta questão, nomeadamente em pacientes que desenvolvam tardiamente lesões na pele e tecidos moles que não respondem ao tratamento antibacteriano convencional. Os autores apresentam um caso clínico de uma infeção cutânea por Mycobacterium chelonae após tratamento de mesoterapia, destacando o contributo do laboratório de Microbiologia Clínica no diagnóstico etiológico da infeção

Prevalência de ß-Lactamases de espectro estendido (ESBL) e Carbapenemases (KPC) em Escherichia Coli e Klebsiella Pneumoniae no Laboratório BMAC - Análise retrospetiva de 2011 a 2015

Os antibióticos ß-lactâmicos constituem a principal classe de antibióticos em uso na prática clínica. No entanto, o seu uso indiscriminado provocou a emergência de estirpes resistentes produtoras de ß-lactamases de espectro estendido (ESBL) e multirresistentes a várias classes de antibióticos. A disseminação destas estirpes levou ao aumento da utilização de antibióticos ß-lactâmicos de última linha, os carbapenemos, e ao aparecimento de estirpes produtoras de carbapenemases, colocando novos desafios na terapêutica e no controlo de infeção

Ciências da computação de Alan Turing: Uma viagem pessoal

[Excerto] O moderno cientista da computação, interessado na correção dos seus artefatos, navega num terreno construído sobre as respostas a algumas questões fundamentais. Primeiro ele/ela pode perguntar “O que é demonstrável, refutável ou decidível?”, imediatamente seguido de “O que é inconsistente e o que pode ser validado?”. Mais ainda, é seguro dizer que, quando comparado com o âmbito do artefacto, ele/ela terá sobretudo que basear-se em respostas a outra questão “o que é que se pode aprender?”. Finalmente, quando o interesse se estende à segurança do artefacto e à privacidade do utilizador, o cenário é complicado por questões adicionais, nomeadamente “O que é aleatório? O que é obscuro e à prova de fuga, no sentido da teoria da informação?”. Através de toda a paisagem da Ciência e Engenharia da Computação (CEC) podem detetar-se as pegadas de Turing, algumas desmaiadas, mas outras muito claras e incisivas. Nesta breve monografia tentarei delinear algumas dessas pegadas, escolhendo aquelas que eu acredito serem as mais significativas para a minha visão da CEC. A questão que mais interessou Turing não foi nenhuma das anteriores mas antes O que é computável e, de entre essas ‘coisas computáveis’, o que é fazível? É bem conhecido o papel de Turing (Turing 1936; Soare 2016) na construção de uma resposta pelo menos à primeira parte da questão. A fazibilidade das computações veio mais tarde e é o domínio da Teoria da Complexidade; a sua importância e o papel de Turing foram reconhecidos há algum tempo (Hartmanis 1994). Algumas décadas antes, o início do Séc. XX viu o florescimento de novos fundamentos para o pensamento matemático: a axiomatização dos conjuntos de Zermelo-Fraenkel, construtivismo & intuicionismo e os problemas de decisão de Hilbert são alguns dos programas2 desta era; para além do seu impacto na matemática como um todo, estes programas tiveram um efeito direto nos fundamentos da CEC; de facto, podemos dizer que estes “são” três quartos dos fundamentos da CEC, o restante quarto sendo, obviamente, a computabilidade. [...