Dream 3.0. Documentation of references supporting the links in the classification scheme

Both the Driving Reliability and Error Analysis Method (DREAM; Ljung, 2002) and the SafetyNet Accident Causation System (SNACS; Ljung, 2006) have been successfully used as tools for accident analysis in Sweden as well as in other European countries. While the drivervehicle/ traffic environment-organisation triad are used as frames of reference and the Contextual Control Model (COCOM; Hollnagel, 1998) is used to organise human cognition, the links in the classification schemes have not been established by referring to literature. The aim of this literature review is therefore to investigate the empirical support for the links in the classification scheme of DREAM 3.0 (an updated version of DREAM/SNACS)

Thermal proteome profiling of breast cancer cells reveals proteasomal activation by CDK4/6 inhibitor palbociclib

Palbociclib is a CDK4/6 inhibitor approved for metastatic estrogen receptor-positive breast cancer. In addition to G1 cell cycle arrest, palbociclib treatment results in cell senescence, a phenotype that is not readily explained by CDK4/6 inhibition. In order to identify a molecular mechanism responsible for palbociclib-induced senescence, we performed thermal proteome profiling of MCF7 breast cancer cells. In addition to affecting known CDK4/6 targets, palbociclib induces a thermal stabilization of the 20S proteasome, despite not directly binding to it. We further show that palbociclib treatment increases proteasome activity independently of the ubiquitin pathway. This leads to cellular senescence, which can be counteracted by proteasome inhibitors. Palbociclib-induced proteasome activation and senescence is mediated by reduced proteasomal association of ECM29. Loss of ECM29 activates the proteasome, blocks cell proliferation, and induces a senescence-like phenotype. Finally, we find that ECM29 mRNA levels are predictive of relapse-free survival in breast cancer patients treated with endocrine therapy. In conclusion, thermal proteome profiling identifies the proteasome and ECM29 protein as mediators of palbociclib activity in breast cancer cells

Transcriptional networks controlling the cell cycle.

In this work, we map the transcriptional targets of 107 previously identified Drosophila genes whose loss caused the strongest cell-cycle phenotypes in a genome-wide RNA interference screen and mine the resulting data computationally. Besides confirming existing knowledge, the analysis revealed several regulatory systems, among which were two highly-specific and interconnected feedback circuits, one between the ribosome and the proteasome that controls overall protein homeostasis, and the other between the ribosome and Myc/Max that regulates the protein synthesis capacity of cells. We also identified a set of genes that alter the timing of mitosis without affecting gene expression, indicating that the cyclic transcriptional program that produces the components required for cell division can be partially uncoupled from the cell division process itself. These genes all have a function in a pathway that regulates the phosphorylation state of Cdk1. We provide evidence showing that this pathway is involved in regulation of cell size, indicating that a Cdk1-regulated cell size checkpoint exists in metazoans

Vem kan man lita på? Förändringar i politiskt, institutionellt och socialt förtroende bland äldre i Österbotten

Trusting other people and societal institutions is crucial for social cohesion. Previous research indicates that there has been a decrease in the level of trust in Finland during the last decades. However, this has not been investigated among older adults specifically. The aim of this study is to investigate changes in political, institutional, and social trust from 2005 to 2016 among older Swedish-speaking and Finnish-speaking adults. The data were derived from the Gerontological Regional Database (GERDA) survey conducted in the region of Ostrobothnia, Finland. The sample included 65- and 75-year-olds and consisted of 1545 individuals in 2005 and 1742 individuals in 2016. Logistic regression was used to estimate the probability of having high trust according to year and language group in each trust measure while adjusting for various sociodemographic factors. The level of political and institutional trust was significantly lower in 2016 compared to 2005, while there was no statistically significant change in the level of social trust. Further, the changes in the trust measures varied between the language groups. The decrease in trust found in this study is a potential threat to social capital, which is an important facilitator for active aging, and should therefore be acknowledged and investigated further.Luottamus toisiin ihmisiin ja yhteiskunnallisiin instituutioihin on keskeinen osa sosiaalista yhtenäisyyttä. Aiempi tutkimus on viitannut luotettavuustasojen laskeneen Suomessa viimeisten vuosikymmenien aikana. Tätä ei kuitenkaan ole tutkittu etenkään ikääntyneen väestön näkökulmasta. Tämän tutkimuksen tavoitteena on analysoida vuosien 2005 ja 2016 välistä poliittista, institutionaalista ja sosiaalista luottamusta ruotsin- ja suomenkielisten ikääntyneiden ihmisten keskuudessa. Tutkimuksessa analysoitava data on peräisin Pohjanmaan maakunnassa toteutetusta GERDA-kyselytutkimuksesta (Gerontologisk Regional Databas). Tutkimuksen otos sisällytti 65- ja 75-vuotiaita ikääntyneitä ja se koostui 1545 henkilöstä vuonna 2005 ja 1742 henkilöstä vuonna 2016. Logistista regressiota käytettiin arvioimaan korkean luotettavuuden todennäköisyyttä tutkimusvuoden ja kieliryhmään kuuluvuuden mukaisesti kussakin luottamusmitassa samalla kun erilaiset sosiodemografiset tekijät sisällytettiin kontrollimuuttujiksi. Poliittisen ja institutionaalisen luottamuksen taso oli tilastollisesti merkittävästi alhaisempi vuonna 2016 verrattuna vuoteen 2005, kun taas sosiaalisen luottamuksen suhteen ei havaittu merkittäviä muutoksia. Tulokset paljastivat myös, että muutokset luottamusmitoissa vaihtelivat kieliryhmien välillä. Tässä tutkimuksessa havaitut alhaisemmat luottamustasot ovat mahdollinen uhka sosiaaliselle pääomalle, joka puolestaan on tärkeä aktiivisen ikääntymisen mahdollistaja. Tämän vuoksi luottamustasojen laskua on tarkkailtava ja tutkittava edelleen.Förtroende för andra människor och samhälleliga institutioner är centralt för den sociala sammanhållningen. Tidigare forskning indikerar att förtroendenivåerna i Finland har sjunkit under de senaste decennierna. Detta har dock inte undersökts specifikt bland den äldre befolkningen, och i synnerhet inte för de äldre i landskapet Österbotten. Syftet med denna studie är att analysera förändringar i politiskt, institutionellt och socialt förtroende från år 2005 till 2016 bland svensk- och finskspråkiga äldre personer i Österbotten. I studien analyseras data från enkätstudien Gerontologisk Regional Databas (GERDA) utförd i Österbotten. Urvalet inkluderade 65- och 75-åringar och bestod av 1545 individer år 2005 och 1742 individer år 2016. Logistisk regression användes för att estimera sannolikheten för att ha högt förtroende enligt studieår och språkgruppstillhörighet i vartdera förtroendemått samtidigt som olika sociodemografiska faktorer inkluderades som kontrollvariabler. Nivån av politiskt och institutionellt förtroende var statistiskt signifikant lägre år 2016 jämfört med 2005 medan ingen signifikant förändring hittades gällande det sociala förtroendet. Resultaten visade också att förändringarna i förtroendemåtten varierade mellan språkgrupperna. De lägre nivåerna av förtroende som hittades i denna studie är ett potentiellt hot mot det sociala kapitalet som i sin tur är en viktig möjliggörare för ett aktivt åldrande och borde därför uppmärksammas och undersökas vidare

Cellular allometry of mitochondrial functionality establishes the optimal cell size

Eukaryotic cells attempt to maintain an optimal size, resulting in size homeostasis. While cellular content scales isometrically with cell size, allometric laws indicate that metabolism per mass unit should decline with increasing size. Here we use elutriation and single-cell flow cytometry to analyze mitochondrial scaling with cell size. While mitochondrial content increases linearly, mitochondrial membrane potential and oxidative phosphorylation are highest at intermediate cell sizes. Thus, mitochondrial content and functional scaling are uncoupled. The nonlinearity of mitochondrial functionality is cell size, not cell cycle, dependent, and it results in an optimal cell size whereby cellular fitness and proliferative capacity are maximized. While optimal cell size is controlled by growth factor signaling, its establishment and maintenance requires mitochondrial dynamics, which can be controlled by the mevalonate pathway. Thus, optimization of cellular fitness and functionality through mitochondria can explain the requirement for size control, as well as provide means for its maintenance

Genome-wide screen of cell-cycle regulators in normal and tumor cells identifies a differential response to nucleosome depletion

PMID: 27929715Peer reviewe

Generalization of a Real-Analysis Result to a Class of Topological Vector Spaces

In this paper, we generalize an elementary real-analysis result to a class of topological vector spaces. We also give an example of a topological vector space to which the result cannot be generalized.Comment: 6 pages, no figure

NQO2 is a reactive oxygen species generating off-target for acetaminophen

[Image: see text] The analgesic and antipyretic compound acetaminophen (paracetamol) is one of the most used drugs worldwide. Acetaminophen overdose is also the most common cause for acute liver toxicity. Here we show that acetaminophen and many structurally related compounds bind quinone reductase 2 (NQO2) in vitro and in live cells, establishing NQO2 as a novel off-target. NQO2 modulates the levels of acetaminophen derived reactive oxygen species, more specifically superoxide anions, in cultured cells. In humans, NQO2 is highly expressed in liver and kidney, the main sites of acetaminophen toxicity. We suggest that NQO2 mediated superoxide production may function as a novel mechanism augmenting acetaminophen toxicity

Sekretariatet för selektivt fiske

Under hösten/vintern 2015/2016 genomförde sekretariatet för selektivt fiske,vid institutionen för akvatiska resurser (SLU-Aqua) tillsammans med svenskt yrkesfiske, nio projekt inom ramen för regeringsuppdraget selektivt fiske. Den övergripande målsättningen för alla projekt inom selektivt fiske är att underlätta införandet av den landningsskyldighet som beslutats i och med reformen av EU:s gemensamma fiskeripolitik. Projekten syftade därför till att minska oönskad fångst i svenskt fiske antingen genom att utveckla befintliga fiskemetoder (framförallt inom trålfiske) eller genom att utveckla alternativa fiskemetoder (främst passiva redskap såsom fällor och burar). 1. "Kombinationsrist för utsortering av fisk och små räkor" (HaV Dnr 1718-15) 2. ”Selektivitet anpassad för små räktrålare” (HaV Dnr 1488-16) 3. "Räkburar” (HaV Dnr 1892-15) 4. ”Vidareutveckling av storleksselektiv kräftrist Halland” (HaV Dnr 1717-15) 5. ”Trål för fångst av plattfisk och stor torsk-rist/stormaskig trål” (HaV Dnr 1716-15) 6. "Förbättrad selektivitet i torsktrålar i Östersjön" (HaV Dnr 2384-15) 7. "Utsortering av gråsej i pelagiska trålar" (HaV Dnr 1715-15) 8. "Selektiv laxfälla" (HaV Dnr 1713-15) 9. "Multifunktionsburar" (HaV Dnr 1712-15) Projekten genomfördes genom att förslag togs fram gemensamt av SLU-Aqua och näringen utifrån fiskets uttryckliga behov och idéer. Projektförslagen prioriterades och beslutades av en särskild styrgrupp på Havs- och vattenmyndigheten (HaV), varefter SLU-Aqua upphandlade utförare och agerade projektledare. Vinnande part ansvarade sedan för att anskaffa och utveckla respektive projektidé enligt projektplanen med stöd från sekretariatet. Projekten avslutades genom en vetenskaplig utvärdering där personal från SLUAqua deltog i ett experimentellt fiske där det nyutvecklade redskapets fångstegenskaper dokumenterades och analyserades under kommersiella fiskeförhållanden