Cobas 8000 System Monitoring and Optimalisation

Přístroj Cobas 8000 je modulární biochemický automatický analyzátor. Podle složení modulů umožňuje stanovovat výsledky klinické chemie (modul c 501 nebo c 702), imunochemickou analýzu (modul e 602) a pomocí ISE modulu koncentraci sodných, draselných a chloridových iontů. V biochemické laboratoři ve Fakultní nemocnici Brno je nainstalovaný přístroj složený z jedné jednotky ISE, dvou modulů c 702 a dvou modulů e 602. Bakalářská práce monitoruje chod přístroje Cobas 8000 a navrhuje jeho optimalizaci, která je testována v reálném provozu. Softwarové nástroje vytvořené v rámci této práce usnadňují kontrolu správného chodu přístroje a analýzu přístrojové časové odezvy. Časová odezva přístroje je doba mezi vložením vzorku do přístroje a odesláním výsledků. Pro potřeby laboratoře byla vytvořeny dva programy v prostředí Visual Basic. První program je určen pro analýzu rozsáhlého souboru dat přístrojové časové odezvy. Výsledky tohoto programu jsou důležitou součástí hodnocení laboratoře. Druhý program je určen pro základní každodenní statistiku časové odezvy statimových vzorků. Optimalizace přístroje je provedena pomocí programu vytvořeného v prostředí Matlab. Program simuluje pracovní tok přístroje. Pro optimalizaci je nejdůležitější rozložení metod na jednotlivé segmenty přístroje. Správné rozdělení zajišťuje rychlejší a plynulejší činnost a delší životnost jednotlivých součástí přístroje.Cobas 8000 system is modular analytic biochemical analyzer. Depending on the composition of modules Cobas 8000 system allows to determine results of clinical chemistry tests (module c 501 or c 702), immunochemical analysis (module e 602) and the concentration of sodium, potassium and chloride ions (ISE module). The system at The University Hospital Brno is composed of one unit of ISE, two modules c 702 and two modules e 602. Bachelor thesis monitors workflow of the Cobas 8000 system and designs optimization that is tested in operation. Software tools developed in this thesis facilitate inspection of the system and analyse the time response. The time response (TAT, Turn Around Time) is time needed to complete a task. There were two program in Visual Basic created. The first program is intended for appraisal of system TAT. The second program is intended for everyday statistics of laboratory TAT. Optimization of the system is performed using program developed in Matlab. This program simulates the workflow of the system Cobas 8000.

Life and social support of the czech soldiers of the army of the Czech Republic in operation in Afghanistan

ANOTATION The bachelor's thesis deals about the quality of life and the degree of psychosocialogic pillar by the soldiers AČR in the outward mission in Afghanistan. It points to the importance of psychologic setout before the departure to the mission, also that the attendence of army psychologists in missions is uncoverable. I'm trying to explain their actions which are connected with this hard life situation for all soldiers who participate there. The accent makes quantitative prospective checking by force of questionary ŽSO/01/11. Pursuant to it I asked to the degree of psychosocialogic pillar and the quality of soldiers who act in the afghanistan outward mission. The points of interest were regular soldiers, the members of 71. mechanized battalion Hranice, who were added at the function of protection commpany 6. PRT mission ISAF.Autor: Lenka Dvořáková, DiS. Instituce: Ústav sociálního lékařství LF UK v Hradci Králové Oddělení ošetřovatelství Název práce: Život a sociální opora u vojáků v zahraniční misi Armády České republiky v Afghánistánu Vedoucí práce: prof. PhDr. Jiří Mareš, CSc. Počet stran: 143 Počet příloh: 16 Rok obhajoby: 2011 Klíčová slova: Armáda České republiky, PRT, sociální opora, vojáci na zahraniční misi, kvalita a způsob života vojáků na základně Bakalářská práce pojednává o kvalitě života a míře psychosociální opory u vojáků v zahraniční misi AČR v Afghánistánu. Také poukazuje na důležitost psychologické přípravy před odjezdem na zahraniční misi, zároveň také na to, že přítomnost vojenských psychologů v zahraničních misích je nenahraditelná. Popisuji jejich úkoly a činnosti, které jsou spojeny s touto náročnou životní situací pro vojáky, kteří zde působí. Těžiště práce tvoří kvantitativní průzkumné šetření pomocí dotazníku ŽSO/01/11. Na jeho základě jsem se dotazovala na míru psychosociální opory a kvality života u vojáků, kteří byli nasazeni v zahraniční misi v Afghánistánu. Zkoumaný vzorek tvořili vojáci z povolání, příslušníci 71. mechanizovaného praporu Hranice, kteří byli zařazeni na funkcích jednotky Roty ochrany 6. PRT mise ISAF.Department of Social MedicineÚstav sociálního lékařstvíLékařská fakulta v Hradci KrálovéFaculty of Medicine in Hradec Králov

Reflexe židovství v pražské německé literatuře v období 1900-1920

V roce 1849 byla zru ena ghetta v rakouské í i, co vedlo ke svobodnému st hování a usidlování id . Toto opat ení nastartovalo d le ité hospodá ské, ale p edev ím spole enské mo nosti, které byly jednou z p í in idovské emancipace. P ed rokem 1900 bylo rozhodnuto o zbourání pra ské idovské tvrti (asanace), tzv. ghetta, které bylo vnímáno jako jeden z posledních symbol bývalého nesvobodného postavení id . Autorka této bakalá ské práce bude zkoumat romány z období 1900 - 1920 p edev ím idovských, n mecky pí ících autor . P edm tem zkoumání bude, zda-li a jak lidé vnímali dál existenci ghetta i p esto, e bylo srovnáno se zemí, jaký tento proces m l vliv na esko-n mecko- idovské vztahy, jak bylo na idy nahlí eno v t inovou spole nosti, jak vnímali idé sami sebe, apod. D raz bude kladen na subjektivní pocity a zobrazení autor v historickém kontextu. Asimilace id do eského i n meckého obyvatelstva a vzr stající sionismus budou brány v potaz, ale zkoumání t chto proces není primárním cílem této práce.In 1849 were all ghettos in the Austrian Empire abolished which led to free movement and settlement of the Jews. This procuration started important economical, but more importantly social possibilities which were some of the reasons for Jewish emancipation. Before the year 1900 was determined the demolition (decontamination) of the Prague Jewish quarter, so called ghetto, which was perceived as one of the last symbols of the former unfree position of the Jews. The author of this thesis will examine novels from period 1900 1920 above all of Jewish, in German writing writers. The subject of the study will be whether and how did the people see ongoing existence of the ghetto, even though it was demolished, what kind of influence did this process have on Czech-German-Jewish relationship, how was looked upon the Jews by the majority society, how did the Jews see themselves, etc. The emphasis will be laid on the personal feelings and projection of the authors in the historical context. Assimilation of the Jews to the Czech and German population and the increasing Zionism will be taken into consider, but the examination of these processes is not the main focus of this thesis.Institute of Germanic StudiesÚstav germánských studiíFaculty of ArtsFilozofická fakult

Quantification of T1 for Preclinical MRI

Kvantifikace T1 mapy myokardu je důležité pro diagnostiku myokardické fibrózy. Kardiální magnetická rezonance malých zvířat je obtížná z důvodu vysoké srdeční a respirační frekvence. Pulsní sekvence navržené v této práci jsou typu IR FLASH a Intragate FLASH. Sekvence IR FLASH byla porovnána s referenční sekvencí RARE na statickém fantomu. Obě sekvence byly aplikovány během měření myokardu potkana. Pro kvantifikaci T1 byl vyvinut software v prostředí Matlab. Pomocí tohoto softwaru byly vyhodnoceny T1 mapy myokardu potkana.T1 mapping of myocardial tissue is important for diagnostics of myocardial fibrosis. Cardiac magnetic resonance imaging of small animals is challenging due to high heart and respiratory rates. Pulse sequences for T1 mapping are proposed in this thesis based on inversion recovery FLASH and Intragate FLASH. The sequence IR FLASH was compared to the reference sequence RARE on a static phantom. Both sequences were applied for measuring the myocardium of a rat. For T1 quantification a software in Matlab was developed. Using this software, T1 maps of rat myocardium were calculated.

Heat shock proteins - - their role in diagnosis and prognosis of pregnancy related complications

Proteiny tepelného šoku zvyšují svou genovou expresi po vystavení buňky, respektive organismu, určité formě stresu, kterou může být vysoká teplota, infekce, zánět, hypoxie, nedostatek živin nebo vody. Stresovou situací pro organismus jsou i těhotenské komplikace související s placentární insuficiencí - preeklampsie a intrauterinní růstová retardace, ale i další těhotenské komplikace jako fetální růstová retardace a gestační hypertenze. Proto jsem také ve své diplomové práci zjišťovala, zda má výskyt těhotenských komplikací (preeklampsie, fetální růstová retardace, gestační hypertenze) vliv na genovou expresi proteinů tepelného šoku. Detekovala jsem 5 hsp systémů, kterými byly Hsp27, Hsp60, Hsp70, Hsp90 a HspBP1. Detekci jsem prováděla na vzorcích placentární tkáně a plné periferní krve matky. K dispozici jsem měla vzorky jak od žen s fyziologickým průběhem těhotenství, tak od žen, u kterých se během gravidity vyvinula určitá komplikace (PE, FGR, GH). Ze vzorků jsem izolovala RNA. Detekce hsp exprese byla provedena pomocí RT-PCR v reálném čase s využitím komparativní Ct metody. Zjišťovala jsem změny genové exprese testovaného vzorku oproti vzorku referenčnímu. K posouzení rozdílu exprese hsp mezi fyziologickými graviditami a graviditami s vybranými těhotenskými komplikacemi jsem využila analýzy...Heat shock proteins increase their gene expression after exposure of cells or organisms to some forms of stress, which may be high temperature, infection, inflammation, hypoxia, lack of nutrients and water. Stressful situations for the body are also pregnancy-related complications associated with placental insufficiency - preeclampsia and IUGR, as well as other pregnancy-related complications such as fetal growth restriction and gestational hypertension. Therefore, I examined whether the occurrence of pregnancy-related complications (preeclampsia, fetal growth retardation, gestational hypertension) affect the gene expression of heat shock proteins. Five hsp systems was detected, namely Hsp27, Hsp60, Hsp70, Hsp90 and HspBP1 in placental tissue samples and whole maternal peripheral blood. Samples came from women with physiological pregnancy and from women with certain pregnancy-related complications (PE, FGR, GH). RNA was isolated from the samples. Detection of hsp expression was performed by using real-time RT-PCR and the comparative Ct method. Changes in gene expression between the test samples and reference sample were examined. To assess the difference between physiological pregnancies and pregnancies with selected pregnancy- related complications, an analysis of variance (ANOVA) was used....Department of Anthropology and Human GeneticsKatedra antropologie a genetiky člověkaFaculty of SciencePřírodovědecká fakult

Monitoring of CAR-T lymphocytes in the course of hemato-oncological therapy

Charles University in Prague, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biological and Medical Sciences Author Bc. Lenka Dvořáková Supervisor RNDr. Ondřej Souček, Ph.D. Title of Thesis Monitoring of CAR-T lymphocytes in the course of hemato-oncological therapy The diploma thesis deals with the therapy of T cells with a chimeric antigen receptor (CAR) in the treatment of blood malignancies. Specifically, it focuses on monitoring the population of CAR-T cells in patients over time, after the administration of a therapeutic product. Measurements were made from whole blood samples by measurement on a flow cytometer. The theoretical part is devoted to hematological malignancies: their diagnosis and treatment, as well as to CAR-T cells: history, production, clinical use, side effects and determinations. The experimental part is dedicated to processing of the measured results. The goal of the thesis was to prepare a research on the given topic and evaluate the results of monitoring the population of CAR-T cells over time. The performed technique was able to demonstrate CAR-T cells in the blood of all patients, flow cytometry using a test tube from the company Exbio and using the antiFMC63 scFv antibody from the company Acro Biosystems appears to be a suitable method. The rate of expansion of...Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Autor Bc. Lenka Dvořáková Vedoucí RNDr. Ondřej Souček, Ph.D. Název diplomové práce Monitorování populace CAR-T lymfocytů během léčby krevních malignit Diplomová práce se zabývá terapií T lymfocytů s chimérickým antigenním receptorem (CAR) u léčby krevních malignit. Konkrétně se zaměřuje na monitorování populace CAR-T lymfocytů u pacientů v čase, po podání léčebného přípravku. Měření bylo prováděno ze vzorků plné krve měřením na průtokovém cytometru. Teoretická část je věnována hematologickým malignitám: jejich diagnostice a léčbě, dále CAR-T lymfocytům: historii, výrobě, klinickému využití, nežádoucím účinkům a stanovením. Experimentální část je potom věnována zpracování naměřených výsledků. Cílem diplomové práce bylo zpracovat odbornou rešerši o daném tématu a vyhodnotit výsledky sledování populace CAR-T lymfocytů v čase. Provedenou technikou se podařilo prokázat CAR-T lymfocyty v krvi u všech pacientů, průtoková cytometrie s využitím zkumavky od firmy Exbio a použitím protilátky antiFMC63 scFv od firmy Acro Biosystems se jeví jako vhodná metoda. Míra expanze CAR-T lymfocytů byla u jednotlivých pacientů individuální. U dvou pacientek byly...Katedra biologických a lékařských vědDepartment of Biological and Medical SciencesFaculty of Pharmacy in Hradec KrálovéFarmaceutická fakulta v Hradci Králov

Heat shock proteins - their role in diagnosis and prognosis of pregnancy-related complications

Heat shock proteins provide a universal stress response to cells, for example, exposed to high temperature, heavy metals, extreme pH, infection, inflammation, oxygen radicals, or in case of lack of nutrients and oxygen. We assumed that stress conditions associated with pregnancy-related complications will result in a change in gene expression profile of heat shock proteins we selected for the study. Heat shock protein mRNA levels (Hsp27, Hsp60, Hsp70, Hsp90α and HspBP1) were tested in placental tissue, whole peripheral venous blood and maternal plasma in women with the following pregnancy-related complications - preeclampsia (PE), fetal growth restriction (FGR), gestational hypertension (GH), spontaneous preterm birth (PTB), preterm premature rupture of membranes (PPROM) and normal pregnancies. We also investigated whether the severity of the disease had any impact on hsp gene expression in particular biological samples. In placental tissue, overexpression of Hsp27, Hsp90α and HspBP1 was found in patients with mild preeclampsia (that does not require immediate termination of pregnancy if properly treated), and in women with late onset of preeclampsia with clinical manifestation after 34th week of gestation. Concerning preterm birth, overexpression of Hsp27 and Hsp60 was observed in both groups (PTB...Proteiny tepelného šoku zajišťují univerzální stresovou odpověď buněk, například při vystavení buněk vysoké teplotě, těžkým kovům, extrémnímu pH, infekci, zánětu, kyslíkovým radikálům nebo nedostatku živin a kyslíku. Předpokládali jsme, že se stresové podmínky spojené s těhotenskými komplikacemi projeví změnou profilu genové exprese proteinů tepelného šoku, které jsme testovali. Hladiny mRNA proteinů tepelného šoku (Hsp27, Hsp60, Hsp70, Hsp90α a HspBP1) byly testovány v placentární tkáni, plné periferní žilní krvi a mateřské krevní plazmě u žen s následujícími těhotenskými komplikacemi - preeklampsie (PE), fetální růstová restrikce (FGR), gestační hypertenze (GH), spontánní předčasný porod (PTB), předčasný odtok plodové vody (PPROM) a u fyziologických gravidit. Dále jsme zjišťovali, zda má závažnost daného onemocnění vliv na genovou expresi jednotlivých hsp v příslušném biologickém materiálu. V placentární tkáni byla zjištěna zvýšená genová exprese Hsp27, Hsp90α a HspBP1 u pacientek s mírnou preeklampsií (stavu, který nevyžaduje okamžité ukončení těhotenství, pokud je řádně léčen) a u žen s pozdní preeklampsií s klinickou manifestací až po 34. týdnu těhotenství. Co se týče předčasných porodů, byla pozorována zvýšená exprese Hsp27 a Hsp60 u obou skupin (PTB a PPROM). Navíc byla pozorována...Gynekologicko porodnická klinika - oddělení molekulární biologie a patologie buňkyDepartment of Gynaecology and Obstetrics - Division of Molecular Biology and Cell PathologyThird Faculty of Medicine3. lékařská fakult

Analysis of the hybrid proline-rich protein families from seven plant species suggests rapid diversification of their sequences and expression patterns

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Plant hybrid proline-rich proteins (HyPRPs) are putative cell wall proteins consisting, usually, of a repetitive proline-rich (PR) N-terminal domain and a conserved eight-cysteine motif (8 CM) C-terminal domain. Understanding the evolutionary dynamics of HyPRPs might provide not only insight into their so far elusive function, but also a model for other large protein families in plants.</p> <p>Results</p> <p>We have performed a phylogenetic analysis of HyPRPs from seven plant species, including representatives of gymnosperms and both monocot and dicot angiosperms. Every species studied possesses a large family of 14–52 HyPRPs. Angiosperm HyPRPs exhibit signs of recent major diversification involving, at least in <it>Arabidopsis </it>and rice, several independent tandem gene multiplications. A distinct subfamily of relatively well-conserved C-type HyPRPs, often with long hydrophobic PR domains, has been identified. In most of gymnosperm (pine) HyPRPs, diversity appears within the C-type group while angiosperms have only a few of well-conserved C-type representatives. Atypical (glycine-rich or extremely short) N-terminal domains apparently evolved independently in multiple lineages of the HyPRP family, possibly via inversion or loss of sequences encoding proline-rich domains. Expression profiles of potato and <it>Arabidopsis HyPRP </it>genes exhibit instances of both overlapping and complementary organ distribution. The diversified non-C-type <it>HyPRP </it>genes from recently amplified chromosomal clusters in <it>Arabidopsis </it>often share their specialized expression profiles. C-type genes have broader expression patterns in both species (potato and Arabidopsis), although orthologous genes exhibit some differences.</p> <p>Conclusion</p> <p>HyPRPs represent a dynamically evolving protein family apparently unique to seed plants. We suggest that ancestral HyPRPs with long proline-rich domains produced the current diversity through ongoing gene duplications accompanied by shortening, modification or loss of the proline-rich domains. Most of the diversity in gymnosperms and angiosperms originates from different branches of the HyPRP family. Rapid sequence diversification is consistent with only limited requirements for structure conservation and, together with high variability of gene expression patterns, limits the interpretation of any functional study focused on a single <it>HyPRP </it>gene or a couple of <it>HYPRP </it>genes in single plant species.</p

Comparison of the carbohydrate content in apples and carrots grown in organic and integrated farming systems

The aim of this study was to compare some quality parameters of apples and carrots from organic and integrated farming systems. In addition, the cultivars of carrots were grown in two plant densities (600 or 900 thousand plants per hectare). The fructose, glucose, saccharose and dry matter content of seven apple cultivars (Florina, Zvonkové, Topaz, Šampion, Ontario, Melrose and Idared) and two carrot cultivars (Afalon F1 and Cortina F1) were analysed by HPLC and gravimetric methods, respectively. Significant differences were found between organic and integrated apple samples. The interactions between cultivars and farming methods were also significant (p &lt;0.0001). The dry matter and sugar level tendencies were not the same for all apple cultivars. Conversely, more consistent data were obtained for the two carrot cultivars. The bio carrots of both cultivars showed significantly lower dry matter content (p = 0.0004) and higher carbohydrate content (pfructose = 0.0303, pglucose = 0.0003, psucrose = 0.0083) than the samples from integrated production. Other factors like cultivar and plant density also played an important role in sugar content in carrots. Different densities of plants significantly affected the glucose content (p = 0.0373). Cultivar Aftalon F1 showed higher concentration of monosaccharides compared to Cortina F1 (pfructose = 0.0001 and pglucose &lt;0.0001)