Robust T cell immunity in convalescent individuals with asymptomatic or mild COVID-19

SARS-CoV-2-specific memory T cells will likely prove critical for long-term immune protection against COVID-19. Here, we systematically mapped the functional and phenotypic landscape of SARS-CoV-2-specific T cell responses in unexposed individuals, exposed family members, and individuals with acute or convalescent COVID-19. Acute-phase SARS-CoV-2-specific T cells displayed a highly activated cytotoxic phenotype that correlated with various clinical markers of disease severity, whereas convalescent-phase SARS-CoV-2-specific T cells were polyfunctional and displayed a stem-like memory phenotype. Importantly, SARS-CoV-2-specific T cells were detectable in antibody-seronegative exposed family members and convalescent individuals with a history of asymptomatic and mild COVID-19. Our collective dataset shows that SARS-CoV-2 elicits broadly directed and functionally replete memory T cell responses, suggesting that natural exposure or infection may prevent recurrent episodes of severe COVID-19

SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity are associated with genetic variants affecting gene expression in a variety of tissues

Variability in SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity between individuals is partly due to genetic factors. Here, we identify 4 genomic loci with suggestive associations for SARS-CoV-2 susceptibility and 19 for COVID-19 disease severity. Four of these 23 loci likely have an ethnicity-specific component. Genome-wide association study (GWAS) signals in 11 loci colocalize with expression quantitative trait loci (eQTLs) associated with the expression of 20 genes in 62 tissues/cell types (range: 1:43 tissues/gene), including lung, brain, heart, muscle, and skin as well as the digestive system and immune system. We perform genetic fine mapping to compute 99% credible SNP sets, which identify 10 GWAS loci that have eight or fewer SNPs in the credible set, including three loci with one single likely causal SNP. Our study suggests that the diverse symptoms and disease severity of COVID-19 observed between individuals is associated with variants across the genome, affecting gene expression levels in a wide variety of tissue types

SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity are associated with genetic variants affecting gene expression in a variety of tissues

Variability in SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity between individuals is partly due to genetic factors. Here, we identify 4 genomic loci with suggestive associations for SARS-CoV-2 susceptibility and 19 for COVID-19 disease severity. Four of these 23 loci likely have an ethnicity-specific component. Genome-wide association study (GWAS) signals in 11 loci colocalize with expression quantitative trait loci (eQTLs) associated with the expression of 20 genes in 62 tissues/cell types (range: 1:43 tissues/gene), including lung, brain, heart, muscle, and skin as well as the digestive system and immune system. We perform genetic fine mapping to compute 99% credible SNP sets, which identify 10 GWAS loci that have eight or fewer SNPs in the credible set, including three loci with one single likely causal SNP. Our study suggests that the diverse symptoms and disease severity of COVID-19 observed between individuals is associated with variants across the genome, affecting gene expression levels in a wide variety of tissue types

Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19

Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2–4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease

A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19

peer reviewe

Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19

Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2,3,4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease

Genusperspektiv på regionala utmaningar, regionalpolitik och demografisk utveckling i en nordisk kontext

Nordens befolkningsstruktur är under förändring. En åldrande befolkning, migration och urbanisering leder till utmaningar för såväl arbetsmarknaden som välfärden i stort. Den könssegregerade arbetsmarknaden, det traditionellt ojämställda omsorgsansvaret och kvinnor och mäns olika flyttmönster, gör det till utmaningar som det är angeläget att belysa utifrån genusperspektiv. Syftet med denna rapport är att på en övergripande nivå sammanställa kunskap som finns om den demografiska utvecklingen i Norden, utmaningar kopplade till den och särskilt visa på genusperspektivets tillämpning och betydelse för frågorna. Utmaningarna återfinns i hela Norden, men präglas av regionala förutsättningar och skillnader mellan rurala och urbana områden. Därför har rapporten särskilt fokus på frågor om regionala utvecklings- och policyfrågor kopplat till demografi och urbanisering. Frågeställningar inom temat handlar bland annat om mobilitet, pendling, försörjningsstrategier samt regionala utvecklingsstrategier. Underlaget till kunskapsöversikten har hämtats från både policydokument och forskning

Genusperspektiv på regionala utmaningar, regionalpolitik och demografisk utveckling i en nordisk kontext : En kunskapsöversikt

Nordens befolkningsstruktur är under förändring. En åldrande befolkning, migration och urbanise-ring leder till utmaningar för såväl arbetsmarkna-den som välfärden i stort. Den könssegregerade arbetsmarknaden, det traditionellt ojämställda omsorgsansvaret och kvinnor och mäns olika flyttmönster, gör det till utmaningar som det är angeläget att belysa utifrån genusperspektiv. Syftet med denna rapport är att på en övergripande nivå sammanställa kunskap som finns om den demografiska utvecklingen i Norden, utmaningar kopplade till den och särskilt visa på genusperspek-tivets tillämpning och betydelse för frågorna.Utmaningarna återfinns i hela Norden, men präglas av regionala förutsättningar och skillnader mellan rurala och urbana områden. Därför har rapporten särskilt fokus på frågor om regionala utvecklings- och policyfrågor kopplat till demografi och urbanisering. Frågeställningar inom temat handlar bland annat om mobilitet, pendling, försörjningsstrategier samt regionala utvecklings-strategier. Underlaget till kunskapsöversikten har hämtats från både policydokument och forskning

The Other(s) in the Swedish Media : Analytical Study of Swedish Media in the Aftermath of Fadime´s Death

Detta är en uppsats som har som syfte att undersöka vad våra medier har för roll i skapandet av våra bilder av De Andra. Den bygger på en medieanalytisk studie av fyra olika tidningar i Sverige i samband med mordet på Fadime. Syftet är också att studera i vilken mån bilderna som förmedlas liknar tidigare mediala bilder av olikheter från oss själva. De undersökta tidningarna är Aftonbladet, Expressen, Svenska Dagbladet samt Dagens Nyheter.För att uppfylla syftet har både kvantitativa och kvalitativa metoder använts. Utifrån en analysnyckel, återkommande ord, begrepp och kategorier, även symboler och associationer i tidningarna, har tidningsartiklarna granskats och kategoriserats. Huvudindelningen utgår från två olika motsatta diskurser, som innehåller en mängd påståenden under varje diskurs. Vidare har flera tidningscitat ur olika artiklar presenterats och diskuterats.För att uppfylla uppsatsens syfte har några teorier arbetats ut för att kunna dra slutsatser utifrån undersökningens resultat. Uppsatsens teoretiska perspektiv innefattar tre huvuddelar, vilka tar upp Konstruktionen av De Andra, Medier och Genus. Gemensamt för alla tre kapitel är att de har sin utgångspunkt i den postkoloniala teoribildningen. Förenklat handlar om att belysa kolonialismens effekter på platser, identiteter, kulturer och samhällen. Den ifrågasätter eurocentrisk kunskapsproduktion och kunskapsförmedling. Vidare är den kritisk till den koloniala diskursens historiebeskrivning och representation av olika platser, identiteter, kulturer och samhällen. Denna teori har stor betydelse även för vårt samhälle än idag. Den ger insikt i vad våra föreställningar om De Andra bygger på, hur dessa uppkom och hur dessa bevaras eller förändras, samt varför.Uppsatsens undersökning visar bland annat att det finns en skillnad mellan de fyra olika tidningarna, och det antas att den kan bero på tidningarnas politiska tillhörighet. Artiklarnas uttryckta åsikters fördelning mellan de två diskurserna pekar på faktumet att det huvudsakligen förmedlas en stereotyp bild av De Andra. Tidningsartiklar som utgår från att det finns ett övergripande förtryck av kvinnan som tema är få, likaså de som gör kopplingar till behovet av samhälleliga åtgärder. Vidare framkommer iakttagelsen att olika bilder av De Andra inte får lika stort utrymme, utan att vissa beskrivningar favoriseras. Undersökningen visar också att det är en kulturrasistisk bild som är den överrepresenterade i de analyserade tidningarnas artiklar. De Andra framställs som kollektiva, traditionella och förtryckande, medan Vi framställs som individuella, moderna och jämställda.I uppsatsens slutsatser menas bland annat att mediernas beskrivning av De Andra är stereotyp. Undantaget är den ”svenska” kvinnan, som här får utgöra motsats till den ”invandrade” kvinnan, och därmed framställs i positiv dager. Denna uppsats ären av få som gör kulturgeografiska kopplingar mellan medier, kön och etnicitet. I den mån som den ändå är jämförbar med tidigare undersökningar av mediernas beskrivning av De Andra, så är likheterna i beskrivningarna ganska stora. Skillnaden är dock att religion inte ses som en så vanlig komponent i De Andras handlande iföreliggande undersökning. I tidigare undersökningar har religion ofta setts som en av huvudkomponenterna i De Andras väsen och natur.Resultatet av den gjorda studien är i mångt och mycket nedslående. Inte minst på grund av detta finns det mycket arbete kvar att göra på området i, särskilt med tanke på de främlingsfientliga vindar som blåser på många håll i Europa idag. Hur vi skapar och upprätthåller våra bilder av De Andra blir allt viktigare

Genusperspektiv på regionala utmaningar, regionalpolitik och demografisk utveckling i en nordisk kontext : En kunskapsöversikt

Nordens befolkningsstruktur är under förändring. En åldrande befolkning, migration och urbanise-ring leder till utmaningar för såväl arbetsmarkna-den som välfärden i stort. Den könssegregerade arbetsmarknaden, det traditionellt ojämställda omsorgsansvaret och kvinnor och mäns olika flyttmönster, gör det till utmaningar som det är angeläget att belysa utifrån genusperspektiv. Syftet med denna rapport är att på en övergripande nivå sammanställa kunskap som finns om den demografiska utvecklingen i Norden, utmaningar kopplade till den och särskilt visa på genusperspek-tivets tillämpning och betydelse för frågorna.Utmaningarna återfinns i hela Norden, men präglas av regionala förutsättningar och skillnader mellan rurala och urbana områden. Därför har rapporten särskilt fokus på frågor om regionala utvecklings- och policyfrågor kopplat till demografi och urbanisering. Frågeställningar inom temat handlar bland annat om mobilitet, pendling, försörjningsstrategier samt regionala utvecklings-strategier. Underlaget till kunskapsöversikten har hämtats från både policydokument och forskning