lmagerie hyperspectrale infrarouge pour l'identification sans marquage de pathogènes sur milieu gélosé

Industry and health care are demanding rapid and inexpensive means for microbial identification. Thanks to its low cost and practical advantages, Petri dish culture is a ubiquitous tool in microbiology, but the sole observation of microbial colonies does not offer a reliable diagnosis. Identification in itself depends on secondary analysis, such as chemical reactions, PCR or mass spectrometry, which require specific sample preparation, which involves additional costs and delays. That is why several dish imaging systems have already been tested to automate the observation of cultures and to propose an identification directly on the Petri dish. However, these systems are generally limited to the visible and near infrared range (400 - 1000 nm), which only provides information on the morphotype of the microorganism colonies and therefore limits the identification accuracy.This thesis focuses on the development of a multispectral imaging system in the mid-infrared. In this wavelength range, images provide information on both the morphotype and the chemical composition of the observed colonies. This non-destructive and label-free imaging could provide species identification of colonies grown on agar, while opening the way to new applications. An experimental system, combining quantum cascade lasers as a light source and a microbolometers array as an imager, allowed the acquisition of images of colonies at nine wavelengths between 5 and 8 µm. 2253 colonies belonging to eight species of common microorganisms were imaged. For one of the species, Staphylococcus epidermidis, three different strains were analyzed to test the typing capabilities of the system.After acquisition, several image classification methods were tested to obtain an average correct identification rate of 94.4%.L’industrie et le domaine de la santé sont demandeurs de moyens rapides et peu couteux pour l’identification de microorganismes. Des avantages pratiques et un coût réduit font de la culture en boite de Petri un outil omniprésent en microbiologie, mais l’observation des colonies microbiennes n’offre pas de diagnostic fiable sans validation par une analyse secondaire. Ces analyses, qu’il s’agisse de réactions chimiques, d’une PCR ou de spectrométrie de masse, demandent une préparation d’échantillon spécifique impliquant des coûts et des délais supplémentaires. C’est pourquoi plusieurs systèmes d’imagerie de boite ont déjà été expérimentés pour automatiser l’observation des cultures et proposer une identification directement sur la boite de Petri. Toutefois, ceux-ci se cantonnent jusqu’à présent au domaine du visible et du proche infrarouge (400 – 1000 nm), ce qui n’apporte des informations que sur le morphotype des colonies de micro-organismes et limite la précision d’identification.Cette thèse est consacrée à l’exploration d’un système d’imagerie multispectrale dans l’infrarouge moyen. Cette gamme de longueurs d’onde apporte des informations à la fois sur le morphotype et sur la composition chimique des colonies observées. Cette imagerie non destructive et sans marquage pourrait fournir une identification à l’espèce des colonies cultivées sur agar, tout en ouvrant la voie à de nouvelles applications. Un système expérimental, combinant des lasers à cascade quantique comme source lumineuse et une matrice de microbolomètres comme imageur, a permis l’acquisition d’images de colonies à neuf longueurs d’ondes comprises entre 5 et 8 µm. 2253 colonies appartenant à huit espèces de microorganismes communs ont ainsi été imagées. Pour l’une des espèces, Staphylococcus epidermidis, trois souches différentes ont été analysées pour tester la capacité du système en matière de typage.Après acquisition, plusieurs méthodes de classification d’image ont été testées pour aboutir à un taux d’identification correct moyen de 94.4 %

Infrared hyperspectral imaging for label-free identification of pathogens on gelose medium

L’industrie et le domaine de la santé sont demandeurs de moyens rapides et peu couteux pour l’identification de microorganismes. Des avantages pratiques et un coût réduit font de la culture en boite de Petri un outil omniprésent en microbiologie, mais l’observation des colonies microbiennes n’offre pas de diagnostic fiable sans validation par une analyse secondaire. Ces analyses, qu’il s’agisse de réactions chimiques, d’une PCR ou de spectrométrie de masse, demandent une préparation d’échantillon spécifique impliquant des coûts et des délais supplémentaires. C’est pourquoi plusieurs systèmes d’imagerie de boite ont déjà été expérimentés pour automatiser l’observation des cultures et proposer une identification directement sur la boite de Petri. Toutefois, ceux-ci se cantonnent jusqu’à présent au domaine du visible et du proche infrarouge (400 – 1000 nm), ce qui n’apporte des informations que sur le morphotype des colonies de micro-organismes et limite la précision d’identification.Cette thèse est consacrée à l’exploration d’un système d’imagerie multispectrale dans l’infrarouge moyen. Cette gamme de longueurs d’onde apporte des informations à la fois sur le morphotype et sur la composition chimique des colonies observées. Cette imagerie non destructive et sans marquage pourrait fournir une identification à l’espèce des colonies cultivées sur agar, tout en ouvrant la voie à de nouvelles applications. Un système expérimental, combinant des lasers à cascade quantique comme source lumineuse et une matrice de microbolomètres comme imageur, a permis l’acquisition d’images de colonies à neuf longueurs d’ondes comprises entre 5 et 8 µm. 2253 colonies appartenant à huit espèces de microorganismes communs ont ainsi été imagées. Pour l’une des espèces, Staphylococcus epidermidis, trois souches différentes ont été analysées pour tester la capacité du système en matière de typage.Après acquisition, plusieurs méthodes de classification d’image ont été testées pour aboutir à un taux d’identification correct moyen de 94.4 %.Industry and health care are demanding rapid and inexpensive means for microbial identification. Thanks to its low cost and practical advantages, Petri dish culture is a ubiquitous tool in microbiology, but the sole observation of microbial colonies does not offer a reliable diagnosis. Identification in itself depends on secondary analysis, such as chemical reactions, PCR or mass spectrometry, which require specific sample preparation, which involves additional costs and delays. That is why several dish imaging systems have already been tested to automate the observation of cultures and to propose an identification directly on the Petri dish. However, these systems are generally limited to the visible and near infrared range (400 - 1000 nm), which only provides information on the morphotype of the microorganism colonies and therefore limits the identification accuracy.This thesis focuses on the development of a multispectral imaging system in the mid-infrared. In this wavelength range, images provide information on both the morphotype and the chemical composition of the observed colonies. This non-destructive and label-free imaging could provide species identification of colonies grown on agar, while opening the way to new applications. An experimental system, combining quantum cascade lasers as a light source and a microbolometers array as an imager, allowed the acquisition of images of colonies at nine wavelengths between 5 and 8 µm. 2253 colonies belonging to eight species of common microorganisms were imaged. For one of the species, Staphylococcus epidermidis, three different strains were analyzed to test the typing capabilities of the system.After acquisition, several image classification methods were tested to obtain an average correct identification rate of 94.4%

lmagerie hyperspectrale infrarouge pour l'identification sans marquage de pathogènes sur milieu gélosé

Industry and health care are demanding rapid and inexpensive means for microbial identification. Thanks to its low cost and practical advantages, Petri dish culture is a ubiquitous tool in microbiology, but the sole observation of microbial colonies does not offer a reliable diagnosis. Identification in itself depends on secondary analysis, such as chemical reactions, PCR or mass spectrometry, which require specific sample preparation, which involves additional costs and delays. That is why several dish imaging systems have already been tested to automate the observation of cultures and to propose an identification directly on the Petri dish. However, these systems are generally limited to the visible and near infrared range (400 - 1000 nm), which only provides information on the morphotype of the microorganism colonies and therefore limits the identification accuracy.This thesis focuses on the development of a multispectral imaging system in the mid-infrared. In this wavelength range, images provide information on both the morphotype and the chemical composition of the observed colonies. This non-destructive and label-free imaging could provide species identification of colonies grown on agar, while opening the way to new applications. An experimental system, combining quantum cascade lasers as a light source and a microbolometers array as an imager, allowed the acquisition of images of colonies at nine wavelengths between 5 and 8 µm. 2253 colonies belonging to eight species of common microorganisms were imaged. For one of the species, Staphylococcus epidermidis, three different strains were analyzed to test the typing capabilities of the system.After acquisition, several image classification methods were tested to obtain an average correct identification rate of 94.4%.L’industrie et le domaine de la santé sont demandeurs de moyens rapides et peu couteux pour l’identification de microorganismes. Des avantages pratiques et un coût réduit font de la culture en boite de Petri un outil omniprésent en microbiologie, mais l’observation des colonies microbiennes n’offre pas de diagnostic fiable sans validation par une analyse secondaire. Ces analyses, qu’il s’agisse de réactions chimiques, d’une PCR ou de spectrométrie de masse, demandent une préparation d’échantillon spécifique impliquant des coûts et des délais supplémentaires. C’est pourquoi plusieurs systèmes d’imagerie de boite ont déjà été expérimentés pour automatiser l’observation des cultures et proposer une identification directement sur la boite de Petri. Toutefois, ceux-ci se cantonnent jusqu’à présent au domaine du visible et du proche infrarouge (400 – 1000 nm), ce qui n’apporte des informations que sur le morphotype des colonies de micro-organismes et limite la précision d’identification.Cette thèse est consacrée à l’exploration d’un système d’imagerie multispectrale dans l’infrarouge moyen. Cette gamme de longueurs d’onde apporte des informations à la fois sur le morphotype et sur la composition chimique des colonies observées. Cette imagerie non destructive et sans marquage pourrait fournir une identification à l’espèce des colonies cultivées sur agar, tout en ouvrant la voie à de nouvelles applications. Un système expérimental, combinant des lasers à cascade quantique comme source lumineuse et une matrice de microbolomètres comme imageur, a permis l’acquisition d’images de colonies à neuf longueurs d’ondes comprises entre 5 et 8 µm. 2253 colonies appartenant à huit espèces de microorganismes communs ont ainsi été imagées. Pour l’une des espèces, Staphylococcus epidermidis, trois souches différentes ont été analysées pour tester la capacité du système en matière de typage.Après acquisition, plusieurs méthodes de classification d’image ont été testées pour aboutir à un taux d’identification correct moyen de 94.4 %

Les prodromes de la schizophrénie : d'une revue de la littérature à la mise en place d'une consultation spécialisée

Après avoir présenté le concept de schizophrénie débutante et l'intérêt d'une prise en charge précoce, l'auteur présentera les différents outils pouvant être utilisés pour le repérage de la phase débutante de la maladie. Ensuite, seront présentées les différentes données disponibles concernant les interventions thérapeutiques au stade prodromique de la maladie. Enfin, après avoir discuté de la possibilité d'établir un diagnostic au stade des prodromes et des éventuelles conséquences de ce diagnostic, l'auteur présentera un projet de mis en place d'une consultation spécialisée dans le repérage des psychoses émergentes.BREST-BU Médecine-Odontologie (290192102) / SudocSudocFranceF

Etude de faisabilité et d'acceptabilité d'un dispositif de veille par SMS (Short Message System) destiné aux patients suicidants

Après avoir défini la problématique suicidaire et les différents type de prévention dans le domaine du suicide, l'auteur présentera les dispositifs de veille pouvant être proposés au patients suicidants. Enuite, en s'appuyant sur les travaux utilisant les SMS dans les domaines de la prévention en médecine, l'auteur présentera une étude de faisabilité d'un dispositif de veille par SMS destinés aux patients suicidants. L'acceptabilité de ce dispositf est également explorée auprès des patients inclus. Enfin, les résultats seront commentés en prenant en compte les données techniques et les résultats du questionnaire d'acceptabilité portant sur le développement de ce nouvel outil de prévention.BREST-BU Médecine-Odontologie (290192102) / SudocSudocFranceF

The Stone X Experiment: Simulating Meteorite Atmospheric Entry and its Consequences for Microbial Life

International audienc

Simulating meteorite atmospheric entry and its consequences for microbial life: the STONE X experiment

International audienc

Post-acute crisis text messaging outreach for suicide prevention: a pilot study.

International audienceSeveral post-suicide prevention strategies such as sending postcards or making phone calls have been used to keep in contact with suicide attempters. The continuity of care has been beneficial to the prevention of post-acute suicidal behaviors. The aim of the study was to evaluate the technical feasibility and acceptability of text messaging outreach in post-acute suicide attempters. Eighteen post-suicidal patients were included in a prospective, monocentric, open-label, 2 months pilot study. The text messages were sent from the intranet program that we specially developed for the study. Technical feasibility of this text message intervention was evaluated by the analysis of text message reports. Acceptability of such intervention was evaluated by a standardized phone interview. Our study showed that receiving text messages sent from an intranet program after a suicide attempt is technically possible. This post-crisis outreach program was accepted by the patients who found it to have a positive preventive impact. Text messaging outreach offers several advantages such as lower cost, and easier utilization compared to current post-acute care strategies. We suggest further randomized controlled trials in a large sample of suicidal patients to assess the efficacy of this novel outreach tool for prevention of post-acute suicide

Manifestations neuropsychiatriques dans la sclérose en plaques : et si des symptômes psychotiques annonçaient le début de la maladie ?

International audienc