Desarrollo de técnicas avanzadas de seguimiento de posturas para reconocimiento de comportamientos de C. elegans

Tesis por compendio[ES] El objetivo principal de esta tesis es el desarrollo de técnicas avanzadas de seguimiento de posturas para reconocimiento de comportamientos del Caenorhabditis elegans o C. elegans. El C. elegans es una clase de nematodo utilizado como organismo modelo para el estudio y tratamientos de diferentes enfermedades patológicas así como neurodegenerativas. Su comportamiento ofrece información valiosa para la investigación de nuevos fármacos (o productos alimenticios y cosméticos saludables) en el estudio de lifespan y healthspan. Al día de hoy, muchos de los ensayos con C. elegans se realizan de forma manual, es decir, usando microscopios para seguirlos y observar sus comportamientos o en laboratorios más modernos utilizando programas específicos. Estos programas no son totalmente automáticos, requieren ajuste de parámetros. Y en otros casos, son programas para visualización de imágenes donde el operador debe etiquetar maualmente el comportamiento de cada C. elegans. Todo esto se traduce a muchas horas de trabajo, lo cual se puede automatizar utilizando técnicas de visión por computador. Además de poder estimar indicadores de movilidad con mayor precisión que un operador humano. El problema principal en el seguimiento de posturas de C. elegans en placas de Petri son las agregaciones entre nematodos o con ruido del entorno. La pérdida o cambios de identidad son muy comunes ya sea de forma manual o usando programas automáticos/semi-automáticos. Y este problema se vuelve más complicado aún en imágenes de baja resolución. Los programas que automatizan estas tareas de seguimiento de posturas trabajan con técnicas de visión por computador usando técnicas tradicionales de procesamiento de imágenes o técnicas de aprendizaje profundo. Ambas técnicas han demostrado excelentes resultados en la detección y seguimiento de posturas de C. elegan}. Por un lado, técnicas tradicionales utilizan algoritmos/optimizadores para obtener la mejor solución, mientras que las técnicas de aprendizaje profundo aprenden de forma automática características del conjunto de datos de entrenamiento. El problema con las técnicas de aprendizaje profundo es que necesitan un conjunto de datos dedicado y grande para entrenar los modelos. La metodología utilizada para el desarrollo de esta tesis (técnicas avanzadas de seguimiento de posturas) se encuadran dentro del área de investigación de la visión artificial. Y ha sido abordada explorando ambas ramas de visión por computador para resolver los problemas de seguimiento de posturas de C. elegans en imágenes de baja resolución. La primera parte, es decir, secciones 1 y 2, capítulo 2, utilizó técnicas tradicionales de procesamiento de imágenes para realizar la detección y seguimiento de posturas de los C. elegans. Para ello se propuso una nueva técnica de esqueletización y dos nuevos criterios de evaluación para obtener mejores resultados de seguimiento, detección, y segmentación de posturas. Las siguientes secciones del capítulo 2 utilizan técnicas de aprendizaje profundo, y simulación de imágenes sintéticas para entrenar modelos y mejorar los resultados de detección y predicción de posturas. Los resultados demostraron ser más rápidos y más precisos en comparación con técnicas tradicionales. También se demostró que los métodos de aprendizaje profundo son más robustos ante la presencia de ruido en la placa.[CA] L'objectiu principal d'aquesta tesi és el desenvolupament de tècniques avançades de seguiment de postures per a reconeixement de comportaments del Caenorhabditis elegans o C. elegans. El C. elegans és una classe de nematodo utilitzat com a organisme model per a l'estudi i tractaments de diferents malalties patològiques així com neurodegeneratives. El seu comportament ofereix informació valuosa per a la investigació de nous fàrmacs (o productes alimentosos i cosmètics saludables) en l'estudi de lifespan i healthspan. Al dia de hui, molts dels assajos amb C. elegans es realitzen de manera manual, és a dir, usant microscopis per a seguir-los i observar els seus comportaments o en laboratoris més moderns utilitzant programes específics. Aquests programes no són totalment automàtics, requereixen ajust de paràmetres. I en altres casos, són programes per a visualització d'imatges on l'operador ha d'etiquetar maualment el comportament de cada C. elegans. Tot això es tradueix a moltes hores de treball, la qual cosa es pot automatitzar utilitzant tècniques de visió per computador. A més de poder estimar indicadors de mobilitat amb major precisió que un operador humà. El problema principal en el seguiment de postures de C. elegans en plaques de Petri són les agregacions entre nematodes o amb soroll de l'entorn. La pèrdua o canvis d'identitat són molt comuns ja siga de manera manual o usant programes automàtics/semi-automàtics. I aquest problema es torna més complicat encara en imatges de baixa resolució. Els programes que automatitzen aquestes tasques de seguiment de postures treballen amb tècniques de visió per computador usant tècniques tradicionals de processament d'imatges o tècniques d'aprenentatge profund. Totes dues tècniques han demostrat excel·lents resultats en la detecció i seguiment de postures de C. elegans. D'una banda, tècniques tradicionals utilitzen algorismes/optimizadors per a obtindre la millor solució, mentre que les tècniques d'aprenentatge profund aprenen de manera automàtica característiques del conjunt de dades d'entrenament. El problema amb les tècniques d'aprenentatge profund és que necessiten un conjunt de dades dedicat i gran per a entrenar els models. La metodologia utilitzada per al desenvolupament d'aquesta tesi (tècniques avançades de seguiment de postures) s'enquadren dins de l'àrea d'investigació de la visió artificial. I ha sigut abordada explorant totes dues branques de visió per computador per a resoldre els problemes de seguiment de postures de C. elegans en imatges de baixa resolució. La primera part, és a dir, secció 1 i 2, capítol 2, va utilitzar tècniques tradicionals de processament d'imatges per a realitzar la detecció i seguiment de postures dels C. elegans. Per a això es va proposar una nova tècnica de esqueletizació i dos nous criteris d'avaluació per a obtindre millors resultats de seguiment, detecció i segmentació de postures. Les següents seccions del capítol 2 utilitzen tècniques d'aprenentatge profund i simulació d'imatges sintètiques per a entrenar models i millorar els resultats de detecció i predicció de postures. Els resultats van demostrar ser més ràpids i més precisos en comparació amb tècniques tradicionals. També es va demostrar que els mètodes d'aprenentatge profund són més robustos davant la presència de soroll en la placa.[EN] The main objective of this thesis is the development of advanced posture-tracking techniques for behavioural recognition of Caenorhabditis elegans or C. elegans. C. elegans is a kind of nematode used as a model organism for the study and treatment of different pathological and neurodegenerative diseases. Their behaviour provides valuable information for the research of new drugs (or healthy food and cosmetic products) in the study of lifespan and healthspan. Today, many of the tests on C. elegans are performed manually, i.e. using microscopes to track them and observe their behaviour, or in more modern laboratories using specific software. These programmes are not fully automatic, requiring parameter adjustment. And in other cases, they are programmes for image visualisation where the operator must label the behaviour of each C. elegans manually. All this translates into many hours of work, which can be automated using computer vision techniques. In addition to being able to estimate mobility indicators more accurately than a human operator. The main problem in tracking C. elegans postures in Petri dishes is aggregations between nematodes or with noise from the environment. Loss or changes of identity are very common either manually or using automatic/semi-automatic programs. And this problem becomes even more complicated in low-resolution images. Programs that automate these pose-tracking tasks work with computer vision techniques using either traditional image processing techniques or deep learning techniques. Both techniques have shown excellent results in the detection and tracking of C. elegans postures. On the one hand, traditional techniques use algorithms/optimizers to obtain the best solution, while deep learning techniques automatically learn features from the training dataset. The problem with deep learning techniques is that they need a dedicated and large dataset to train the models. The methodology used for the development of this thesis (advanced posture-tracking techniques) falls within the research area of computer vision. It has been approached by exploring both branches of computer vision to solve the posture-tracking problems of C. elegans in low-resolution images. The first part, i.e. sections 1 and 2, chapter 2, used traditional image processing techniques to perform posture detection and tracking of C. elegans. For this purpose, a new skeletonization technique and two new evaluation criteria were proposed to obtain better posture-tracking, detection, and segmentation results. The next sections of chapter 2 use deep learning techniques, and synthetic image simulation to train models and improve posture detection and prediction results. The results proved to be faster and more accurate compared to traditional techniques. Deep learning methods were also shown to be more robust in the presence of plate noise.This research was supported by Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades [RTI2018-094312-B-I00 (European FEDER funds); FPI PRE2019-088214], and also was supported by Universitat Politècnica de València [“Funding for open access charge: Uni- versitat Politècnica de València”]. The author received a scholarship from the grant: Ayudas para contratos predoctorales para la formación de doctores 2019.Layana Castro, PE. (2023). Desarrollo de técnicas avanzadas de seguimiento de posturas para reconocimiento de comportamientos de C. elegans [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/198879Compendi

Sistem Informasi Hasil Perikanan Berbasis Jaringan Pada Dinas Kelautan Dan Perikanan Provinsi Lampung

Marine and Fisheries Department Lampung Province is a government institution has the duty of carrying out some of the government in the field of maritime affairs and fisheries based on the principle of autonomy, which is responsible for the deconcentration and assistance duty and other duties in accordance with the policies established by the Governor. Marine and Fishery Department purpose to develop monitoring and controlling the use of marine resources as well as supporting and coordinating human resource management of marine resources in coastal or provincial affairs. The system of fishery products in Lampung Province Department of Maritime affairs and Fisheries, not maximum. Based on the problems, the authors developed a system based fisheries information network at Marine and Fishery Department Lampung Province is fishery production and export of fishery production, which uses Microsoft Visual Basic 6.0 as programming language and Microsoft SQL Sever 2000 as the database. With network-based fisheries of information system at Marine and Fishery Department Lampung Province to help avoid errors and speed processing data efficiently and effectively in order to produce information quickly and accurately

Rol de los cuerpos de preocesamiento (P-bodies) durante la apoptosis en Drosophila melanogaster

El objetivo del presente trabajo es estudiar el rol de los cuerpos de procesamiento en el control del inicio de la traducción de genes proapoptóticos en Drosophila melanogaster. Para ello nos planteamos los siguientes objetivos específicos: -determinar la composición de los mRNPs presentes en P-bodies y que regulan la expresión de genes proapoptóticos en Drosophila melanogaster. -estudiar las interacciones entre las proteínas integrantes de estos complejos. -conocer el rol que estas interacciones cumplen en la degradación y el silenciamiento del ARNm.Eje: BiotecnologíaCentro Regional de Estudios Genómico

Implementación de los módulos de convocatoria de artículos y evaluación de artículos para el portal web del componente 8 del proyecto vlir-ESPOL utilizando merode como metodología de análisis y j2ee como arquitectura de diseño

J2EE es una plataforma de programación para desarrollar y ejecutar software de aplicaciones con arquitectura de múltiples capas distribuidas. Se basa ampliamente en componentes modulares de software ejecutándose sobre un servidor de aplicaciones. MERODE es una metodología de análisis orientada a objetos que se basa en el principio de dependencia de existencia para modelar el negocio de manera fácil y flexible, y utiliza métodos formales para asegurar la calidad del modelo resultante. El presente artículo resume la implementación de los módulos de convocatoria de artículos y evaluación de artículos para el portal web del Componente 8 del proyecto VLIR-ESPOL, basada en el uso de MERODE en la etapa de análisis y la arquitectura J2EE en la implementación. Finalmente, presentamos los resultados de las métricas tomadas durante el desarrollo del proyecto, en relación a los cambios de fondo, forma y error, demostrando que ocurren un menor número de cambios en las capas más internas que en las externas como asegura la metodología MERODE

Cytoplasmic Ribonucleoprotein Foci in Eukaryotes: Hotspots of Bio(chemical)Diversity

The life of an mRNA from transcription to degradation offers multiple control check points that regulate gene expression. Transcription, splicing, and translation have been widely studied for many years; however, in recent years, new layers of posttranscriptional and posttranslational control have been uncovered. They involve the regulation of the metabolism of mRNA in cytoplasmic foci. They are collections of ribonucleoprotein complexes that, in most cases, remain still uncharacterized, except the processing bodies (PBs) and stress granules (SGs), which have been studied (and reviewed) in detail. A challenging prospective is to know how many different classes of foci exist, which functions they support, how are they formed, and how do they relate one to each other. Here, we present an update of the component of the different granules, a possible function, and hypothesis on their in vivo dynamics related to translational control

Siempre jugué afuera

La presente tesis de grado de la Licenciatura en Artes Plásticas con Orientación en Grabado y Arte Impreso pretende indagar acerca del Libro de Artista como dispositivo y el rol del espectador. Para la producción se decidió utilizar el Libro de Artista como medio de exploración llevando a cabo distintos formatos del mismo. En su conformación se emplearon diferentes técnicas de reproductibilidad a partir de fotografías, planos, mapas y otras imágenes relacionadas con mi infancia en San Carlos de Bariloche, Río Negro, Argentina.Facultad de Arte

Análisis de componentes de gránulos ribonucleoproteicos en <i>Drosophila</i>

La regulación de la expresión génica es un proceso altamente regulado, que controla qué genes son expresados en cada momento. Uno de los controles más dinámicos del proteoma celular es la regulación de la traducción. El control de la expresión de los mensajeros celulares se ha relacionado hace algunos años con dos estructuras de silenciamiento particulares, los PB (de processing bodies) y los SG (de stress granules). Ambas son formaciones citoplasmáticas que acumulan ARNm y proteínas. Los PB son estructuras constitutivas de las células mientras que los SG aparecen frente a estímulos de estrés celular. En la primera parte de esta tesis se realizó una caracterización de los PB en células S2 Drosophila melanogaster. Particularmente demostramos la presencia de las proteínas Lsm-1, Me31B y eIF4E en los PB. Durante estrés inducido por arsenito de sodio se encontró a eIF4E en SG. Se realizó un estudio más minucioso sobre eIF4E. El análisis de diversos mutantes demostró que el residuo W117, parte del dominio de unión a las 4E-BP, es el responsable de la ubicación de este factor en PB y SG. Mientras que los residuos que participan en la unión al cap de los mensajeros (W100 y W 146) no están involucrados en este proceso. Finalmente se realizó el estudio de interacciones entre estos componentes en PB de células S2 in vivo mediante FRET. Se demostró que las proteínas Lsm-1 y Me31B interaccionan con eIF4E. Sin embargo no pudo ser demostrada por este método la interacción entre Me31B y Lsm-1. Se realizó la predicción de posibles sitios de interacción entre eIF4E y Me31B mediante modelado por homología.Facultad de Ciencias Exacta

Derecho del trabajo y derechos fundamentales: Ciudadanía en la empresa

Nuestro derecho ha reconocido la horizontalidad de los derechos fundamentales entre particulares. Al respecto la teoría de la horizontalidad cumple un papel fundamental en las relaciones laborales, pues los poderes que ostenta el empleador, deben ser limitados por el respeto y vigencia plena de los derechos fundamentales inespecíficos del trabajador. Es así como la Dirección de Trabajo, en un comienzo, y el legislador laboral después, reconocen que el trabajador no pierde bajo ninguna circunstancia sus derechos fundamentales, ya que es ciudadano tanto dentro como fuera de la empresa. Este trabajo pretende dar una mirada general a la teoría de la horizontalidad de los derechos fundamentales en el plano laboral, analizando los conceptos que se manejan al respecto, la jurisprudencia de la Dirección del Trabajo, y las modificaciones legales que han venido a reconocer expresamente lo que la doctrina laboralista ha llamado: Ciudadanía en la Empresa

A ASSISTÊNCIA GESTACIONAL NO SISTEMA CARCERÁRIO BRASILEIRO:: A NECESSIDADE DE REVISÃO DESSES ESTABELECIMENTOS PARA O ATENDIMENTO ÀS MULHERES ENCARCERADAS

It is known that motherhood is a phase that causes several changes in the woman. Therefore, all assistance, whether material or psychological, becomes essential. Thus, the article aimed to analyze the absence of gestational care in the Brazilian prison system and the need to review proper establishments for care during the gestational period, including also the puerperal. The study had a bibliographic basis with the objective of identifying the absence of assistance in prisons for pregnant women, being adopted qualitative in the methodology. The study was divided into three points, beginning with an understanding of the rights of pregnant women incarcerated. Afterwards, it was about the (in) application of the assistance provided in the legislation for pregnant women and in the puerperal state. At the end, we sought to analyze the need to establish own gestational care facilities. At the end of the studies, it was possible to perceive the lack of inapplicability of care, and it was evidenced the need for greater concern of the State in the establishment&nbsp;of proper establishments for the care of women in the gestational and also puerperal period.&nbsp;&nbsp; &nbsp; Keywords:&nbsp;Pregnant woman. Prison System. Gestational Care.&nbsp;Resumo Sabe-se que a maternidade é uma fase que ocasiona diversas alterações na mulher. Por isso, toda a assistência, seja material ou psicológica, se torna essencial. Assim, o projeto artigo objetivou analisar a ausência da assistência gestacional no sistema prisional brasileiro e a necessidade de revisão desses estabelecimentos para o atendimento no período gestacional, incluindo também o puerperal. O estudo teve amplo fundamento bibliográfico com o objetivo de identificar a ausência de assistência nas prisões para gestantes, sendo adotado qualitativo na metodologia. O estudo dividiu-se em três pontos, iniciando com a compreensão sobre a defesa dos direitos das grávidas encarceradas. Após, tratou-se acerca da (in) aplicação da assistência prevista na legislação para as gestantes e em estado puerperal. E, ao final, buscou-se a análise sobre a necessidade de revisão nesses estabeleciomentos para assistência gestacional. Concluídos os estudos, foi possível perceber a falta de inaplicabilidade assistência, sendo que se evidenciou a necessidade de maior preocupação do Estado na revisão de estabelecimentos para o atendimento das mulheres encarceradas no período puerperal e gestacional. Palavras-chave - Gestante. Sistema Prisional. Assistência Gestacional