The Diversity of Parvovirus Telomeres

Parvoviridae are small viruses composed of a 4–6 kb linear single-stranded DNA protected by an icosahedral capsid. The viral genes coding non-structural (NS), capsid, and accessory proteins are flanked by intriguing sequences, namely the telomeres. Telomeres are essential for parvovirus genome replication, encapsidation, and integration. Similar (homotelomeric) or different (heterotelomeric) at the two ends, they all contain imperfect palindromes that fold into hairpin structures. Up to 550 nucleotides in length, they harbor a wide variety of motifs and structures known to be recognized by host cell factors. Our study aims to comprehensively analyze parvovirus ends to better understand the role of these particular sequences in the virus life cycle. Forty Parvoviridae terminal repeats (TR) were publicly available in databases. The folding and specific DNA secondary structures, such as G4 and triplex, were systematically analyzed. A principal component analysis was carried out from the prediction data to determine variables signing parvovirus groups. A special focus will be put on adeno-associated virus (AAV) inverted terminal repeats (ITR), a member of the genus Dependoparvovirus used as vectors for gene therapy. This chapter highlights the diversity of the Parvoviridae telomeres regarding shape and secondary structures, providing information that could be relevant for virus-host interactions studies

A new strategy to boost AAV-mediated gene therapy by engineering the ITR sequences

Parmi les vecteurs viraux utilisés en thérapie génique, ceux dérivés des Virus Adéno-Associés (AAV) sont très prometteurs : cinq médicaments ont obtenus une autorisation de mise sur le marché en Europe et aux Etats-Unis. Malgré les succès obtenus, certaines limitations ont été observées : les doses nécessaires très fortes entraînent à la fois une limitation technique de l’ordre de la production des lots et une limitation clinique de l’ordre de la toxicité pour le patient. Il est à présent nécessaire d’optimiser ces traitements innovants afin d’offrir des médicaments efficaces, surs, et accessibles à tous. Dans ce but, ce travail propose d’étudier et d’améliorer les séquences terminales situées de part et d’autre du génome des vecteurs : nommées ITR, elles sont essentielles à la production et peuvent être à l’origine d’une détection par la cellule-hôte. Nous avons cherché à remplacer les ITR de l’AAV2 sauvage communément utilisés dans les vecteurs viraux par des séquences terminales d’autres Parvovirus. Nous avons montré que le remplacement des deux séquences empêchent toute production de vecteurs dans les deux modèles cellulaires couramment employés. En revanche, le remplacement d’un seul des deux ITR a permis la production de vecteurs viraux que nous avons plus précisément caractérisé. Nous avons également étudié l’impact de mutations ponctuelles de la séquence ITR sauvage et montré que certaines inhibent totalement la production. Certains de ces mutants ont été évalué dans une application d’édition de gènes dans des cellules souches hématopoiétiques et n’ont pas montré d’amélioration par rapport à un vecteur contrôle. Ainsi, il conviendra d’étudier ces vecteurs dans d’autres types de modèles.Among the viral vectors used ingene therapy, those derived from Adeno-Associated Viruses (AAV) are very promising:five drugs have been authorized in Europe andin the US. Despite the successes obtained,limitations have been observed: the very highdoses required lead to both a technical limitationin terms of production and a clinical limitation interms of toxicity for the patient. It is nownecessary to optimize these innovativetreatments in order to bring effective, safe andaccessible drugs to all. To this end, this workaims to study and improve the terminalsequences located on both sides of the vectorgenome: called ITR, they are essential forproduction and can be detected by the host cell.We sought to replace the ITR of wild type AAV2commonly used in viral vectors by otherParvoviruses’ terminal sequences. We showedthat replacing both sequences prevented vectorproduction in the two commonly emplyed cellmodels. In contrast, replacement of only one ofthe two ITR allowed the production of viralvectors that we more precisely characterized.We also studied the impact of point mutations inthe wild-type ITR sequence and showed thatsome of them totally inhibit production. Some ofthese mutants were evaluated in a gene editingapplication in hematopoietic stem cells andshowed. no improvement over a vector control.Thus, these vectors should be studied in othertypes of models

Sähkönlaadun ja energiankulutuksen tutkimus

Opinnäytetyössä tutkitaan sähkönlaadun ja energiankulutusta Raute Oyj:n rakentamissa vaneri- ja LVL-viilupalkkikoneissa. Opinnäytetyön tarkoituksena on selvittää esiintyykö Raute Oyj:n valmistamissa koneissa sähkönlaatua heikentäviä tekijöitä, kuten harmonisia yliaaltoja. Sähkönlaatua heikentävien tekijöiden lisäksi opinnäytetyössä selvitetään mahdollisuutta moottorikeskusten mitoituksessa käytettävän korjauskertoimen tarkentamiselle. Opinnäytetyön teoriaosassa esitellään sähkönlaatuun vaikuttavia tekijöitä, sekä niiden vaikutuksia sähköverkkoon ja verkonkäyttäjälle. Lisäksi teoriaosassa käydään läpi ratkaisuja, joilla esimerkiksi sähköverkossa esiintyvien yliaaltojen pitoisuutta voidaan vähentää tai poistaa kokonaan. Verkossa esiintyville häiriöille kuten harmonisille yliaalloille, taajuuden ja jännitteen vaihteluille on määritelty rajoituksia standardilla SFS-EN 50160, myös näitä rajoituksia ja niiden vaikutuksia sähkönlaatuun käydään läpi opinnäytetyön teoriaosassa. Sähkönlaatua ja energiankulutusta mitattiin kahdessa Raute Oyj:n koneessa, ja näiden mittaukseen käytettiin Fluken power quality analyzer mallia olevaa mittalaitetta. Mittaustuloksissa huomattiin sähkönlaadun olevan yleisesti hyvällä tasolla ja täyttävän standardissa SFS-EN 50160 sähkönlaadulle määritellyt raja-arvot. Tulosten perusteella huomattiin myös, että joissakin tapauksissa keskusten mitoituksessa käytettäviä korjauskertoimia pystyy tarkentamaan.The study researches the quality of electricity and the energy consumption on plywood and laminated veneer lumber (LVL) machines manufactured by Raute Plc. The Thesis aims to examine the potential existence of factors reducing the quality of electric, such as harmonic waves, on machines manufactured by Raute Plc. In addition to examine the electricity quality and consumption of energy, the thesis looks into the possibility of elaboration of motorcabin’s equalisation. The theory part of the Thesis presents factors that influence electric quality, as well as their influences on the electricity network and network’s users. Additionally, the theory part discusses solutions, which for instance reduce or eliminate harmonic waves in electric network. SFS-EN 50160 standard defines restrictions for disturbance in electric network such as harmonic waves, frequency and voltage variation, these restrictions are also presented in the theory part of the Thesis. In this study, electric quality and energy consumption were measured in two different machines manufactured by Raute Plc, and the measurements were conducted by Fluke power quality analyser measuring device. Electric quality was generally high according to the measurements, and it meets the electric quality standards defined in SFS-EN 50160. The measurements also indicated that in some cases the equalisation is possible to elaborate