Unbiased probabilistic taxonomic classification for DNA barcoding

Motivation: When targeted to a barcoding region, high-throughput sequencing can be used to identify species or operational taxonomical units from environmental samples, and thus to study the diversity and structure of species communities. Although there are many methods which provide confidence scores for assigning taxonomic affiliations, it is not straightforward to translate these values to unbiased probabilities. We present a probabilistic method for taxonomical classification (PROTAX) of DNA sequences. Given a pre-defined taxonomical tree structure that is partially populated by reference sequences, PROTAX decomposes the probability of one to the set of all possible outcomes. PROTAX accounts for species that are present in the taxonomy but that do not have reference sequences, the possibility of unknown taxonomical units, as well as mislabeled reference sequences. PROTAX is based on a statistical multinomial regression model, and it can utilize any kind of sequence similarity measures or the outputs of other classifiers as predictors. Results: We demonstrate the performance of PROTAX by using as predictors the output from BLAST, the phylogenetic classification software TIPP, and the RDP classifier. We show that PROTAX improves the predictions of the baseline implementations of TIPP and RDP classifiers, and that it is able to combine complementary information provided by BLAST and TIPP, resulting in accurate and unbiased classifications even with very challenging cases such as 50% mislabeling of reference sequences.Peer reviewe

Terveyden eriarvoisuus Suomessa : ehdotus seurantajärjestelmän kehittämiseen

Suomalaisten terveys on yleisesti kehittynyt melko myönteisesti viime vuosikymmenten aikana eri mittarein tarkasteltuna, mutta väestöryhmien välillä on edelleen suuria terveyseroja (Aromaa & Koskinen 2002; Karvonen ym. 2017; Koponen ym. 2018; Lahelma ym. 2017). Väestön terveys vaihtelee esimerkiksi sosioekonomisen aseman, sukupuolen, siviilisäädyn, asuinalueen ja äidinkielen mukaan. Nämä erot ovat erityisen korostuneita sosioekonomisten ryhmien välillä, eli kun tarkastellaanterveyden vaihtelua esimerkiksi koulutuksen, ammattiaseman tai tulojen mukaisesti. Terveyseroista tai terveyden eriarvoisuudesta puhuttaessa viitataankin yleensä sosioekonomisten ryhmien välillä ilmeneviin eroihin. Systemaattisia terveyseroja ilmenee esimerkiksi terveydentilassa, sairastavuudessa ja kuolleisuudessa

TYYTYVÄISYYS SUKANVETOLAITTEESEEN : QUEST 2.0-kyselyn toteuttaminen Peruspalvelukeskus Oiva-liikelaitoksessa ja Parkanon kaupungissa

Opinnäytetyön tavoitteena oli selvittää sukanvetolaitteen käyttäjien tyytyväisyyttä saa¬maansa apuvälineeseen ja apuvälineprosessiin. Tutkimus toteutettiin hyödyntämällä QUEST 2.0-mittaria. QUEST (Quebec User Evaluation of Satisfaction with Assistive Technology) on 12 -kohtainen arviointimenetelmä, jonka avulla arvioidaan käyttäjän tyytyväisyyttä käyttämäänsä apuvälineeseen ja siihen liittyviin palveluihin. Toimintaterapian perusajatuksena on, että aktiivinen osallistuminen merkityksellisiin toimintoihin tukee ihmisen terveyttä sekä hyvinvointia. Apuvälineen avulla voidaan edistää toimintaan osallistumista ja sen suorittamista. Apuvälineen käytön ja tyytyväisyyden tutkiminen on tärkeää, koska siten ammattilaiset saavat tietoonsa käyttöä lisääviä tekijöitä. Tutkimus toteutettiin Peruspalvelukeskus Oiva-liikelaitoksessa ja Parkanon kaupungissa. Kysely lähetettiin 78 henkilölle, jotka olivat saaneet sukanvetolaitteen käyttöönsä vuoden 2004 jälkeen. 46 henkilöä vastasi ja palautti kyselyn, joten vastausprosentti oli 59 %. Niistä hyväksyttyjä vastauksia oli 36 vastaajalla. Keskiarvolla mitaten vastaajat olivat tyytyväisiä sekä sukanvetolaitteeseen että siihen liittyneeseen apuvälineprosessiin. Tyytyväisyydessä oli kuitenkin paljon hajontaa vastaajien välillä. Vastaajien mukaan tärkeimmät tekijät liittyen apuvälineeseen ja sen prosessiin olivat käytön helppous, tarkoituksenmukaisuus, paino, turvallisuus ja luotettavuus, kestävyys sekä apuvä¬lineen käyttöön saamisen prosessi. Tutkimuksen avulla saatujen tulosten perusteella yhteis¬työtahot pystyivät muokkaamaan sukanvetolaitteen apuvälineprosessia tarpeelliseen suun¬taan. He myös saivat käyttökokemuksen QUEST 2.0-kyselystä.The purpose of this study was to survey the satisfaction of stocking aid users with the device and with the related service process. The survey was conducted by using the QUEST 2.0 measurement tool. QUEST (Quebec User Evaluation of Satisfaction with Assistive Technology) is a 12-item assessment method and it is used to assess users’ satisfaction with their assistive devices and the related services. The basic principle in occupational therapy is that active participation in meaningful occupations supports people’s health as well as their well-being. By using assistive devices it is possible to support participation in and the performance of occupations. It is important to study the use of a device and the related satisfaction because this is how professionals will learn about the factors that will increase their use. The survey was conducted in the Basic Service Centre Oiva Ltd and the town of Parkano. A questionnaire was sent to 78 persons who had received a stocking aid for their use after the year 2004. 46 persons returned the questionnaire, which gave a response rate of 59 per cent. Out of them 36 persons had acceptable answers. Based on the mean value, the respondents were satisfied with the stocking aid and the related services. There was, however, a great deal of dispersion between the respondents. According to the respondents, the most important factors concerning the device and its services were simplicity of use, effectiveness, weight, safety, durability and delivery. With the results of this study the cooperation partners were able to modify the service process of the stocking aid to a necessary direction. They were also able to have a user experience of the QUEST 2.0 surve

Organisaatiositoutumista edistävät asiat

Työntekijöiden työmarkkinoilla tapahtuvan liikkuvuuden kasvaessa ja organisaatioissa tapahtuvien muutoksien lisääntyessä, henkilöstön säilyttämisestä on tullut tärkeä kilpailutekijä. Organisaatiositoutumista kehittämällä yritys voi pitää kiinni parhaista tekijöistään, jotka myös mahdollistavat muutosten läpiviennin. Tämän tutkimuksen tavoitteena on selvittää, millaisilla asioilla työntekijöiden sitoutumista organisaatioon voidaan tukea. Tutkimuksen teoriaosuudessa tuodaan esiin kirjallisuuden ja aiempien tutkimusten perusteella se, mitä organisaatiositoutumisella tarkoitetaan ja miten henkilöstön sitoutuminen organisaatioon vaikuttaa yrityksen toimintaan. Lisäksi perehdytään henkilöstöjohtamisen käytäntöihin, joiden on todettu edistävän sitoutumista. Tutkimus toteutettiin laadullisin tutkimusmenetelmin ja tutkimusotteeksi valittiin tapaustutkimus, jonka kohteena oli yksi yritys. Tutkimuksen pääaineisto kerättiin kahdessa vaiheessa: esimiehille suunnatussa työpajatilaisuudessa ja haastattelemalla viittä esimiestä. Haastattelumenetelmäksi valittiin puolistrukturoitu teemahaastattelu. Kohdeyrityksen kaikilla esimiehillä oli mahdollisuus vaikuttaa tutkimuksen lopputulokseen. Tutkimuksen tulosten perusteella voitiin todeta, että henkilöstön organisaatiositoutumista on mahdollista edistää lukuisien asioiden kautta. Rekrytointivaiheessa sitoutuneimmat työntekijät voidaan löytää eduista ja mahdollisuuksista viestimällä, käyttämällä useampaa haastattelijaa sekä varmistamalla organisaation ja hakijan yhteensopivuus. Henkilöstön osaamista kehittäessä kuten myös urasuunnittelussa keskeistä sitoutumisen kannalta on huomioida jokaisen yksilölliset kiinnostuksen kohteet sekä sopivan vaativien tehtävien ja vastuiden tarjoaminen. Kun henkilöstön osaamista monipuolistetaan ja harjoittelijoita otetaan tarpeeksi ympäri vuoden, organisaatioon varahenkilösuunnittelu helpottuu. Tämä lisää toiminnan sujuvuutta ja kasvattaa organisaatiositoutumista. Palkitsemisessa sitoutumista ajatellen oleellista on kiittäminen, palautteen anto sekä oikeudenmukaisuus. Tavoiteasetannassa sen sijaan korostuvat tavoitteiden realistisuus ja konkretisointi yksilötasolle. Viestinnän avulla henkilöstön organisaatiositoutumista voidaan kehittää esimerkiksi aktiivisella tiedon jakamisella ja kaikkien työntekijäryhmien esiin nostamisella. Tällä tavoin epävarmuus vähenee ja jokainen kokee tekevänsä arvostettua työtä. Organisaatiossa, jossa henkilöstö on sitoutunut, ilmapiiri on positiivinen, kannustava ja suvaitseva. Tällaisessa organisaatiossa kuka tahansa voi työskennellä kenen tahansa kanssa. Organisaatiositoutumista tukeva esimies järjestää aikaa esimiestyölle, johtaa alaisiaan yksilöllisesti kuuntelemalla, osallistaa alaisiaan sekä huomio alaisen tarpeet. Toimiakseen esimerkillisesti esimies tarvitsee tukea johdolta, esimieskollegoilta ja henkilöstöjohtamisen ammattilaisilta. Myös rooliin kuuluvien tehtävien tulee olla selvät. Mikäli työntekijä päätyy irtisanoutumaan, tulee häntä kohdella loppuun saakka reilusti ja arvostavasti. Ennen lähtöä on kuitenkin tärkeä suorittaa lähtöhaastattelu, jotta mahdollisista virheistä voidaan organisaatiossa oppia

Ultrasensitive lateral flow assays for quantitative analysis

Acute myocardial infarction (AMI), also known as a heart attack, is a major cause of death. The aim of this master`s thesis project is to develop a sensitive and quantitative lateral flow assay (LFA) for the detection of an AMI biomarker, cardiac troponin I (cTnI) with the sensitivity of < 10 ng/L. Two proteins in human plasma, immunoglobulin M (IgM) and C1q, will be investigated as potential causes for the matrix effect in the cTnI LFA. A cTnI LFA was performed for the standard curves of cTnI in buffer, lithium heparin (LiHep) plasma and LiHep plasma treated with a solution, referred as the Clean-up kit, that is designed to remove IgM and rheumatoid factors from blood samples. The specific photoluminescence signals measured of LiHep plasma were lower than the specific signals measured of the two other sample matrixes, which indicates the matrix effect. The calculated LoD values for cTnI were 6.11 ng/L (in buffer), 12.36 ng/L (in LiHep plasma) and 3.79 ng/L (in LiHep plasma treated with the Clean-up kit). IgM did not bind to the anti-cTnI antibodies. C1q bound to the anti-cTnI antibodies but did not decrease the photoluminescence signal levels. Both IgM and C1q do not cause interference in the cTnI LFA. Although the cause of the matrix effect still needs to be discovered, the cTnI LFA shows great potential to be used for the quick diagnosis of AMI in the future