Developing the Read/Write Library

Background: This article considers the use of Fedora-based library digital asset management systems (DAMS) as digital humanities (DH) research platforms.Analysis: The features of DAMS are evaluated to identify the ways in which they can currently meet researcher needs, and to suggest areas where further development is necessary.Conclusion and implications: Fedora-based DAMS hold great promise as the basis of digital humanities research platforms. Mature functionality is available for identity management, file and metadata management, versioning, publishing, social media sharing, discovery, interoperability, and long-term preservation. Further development is necessary in order to incorporate annotation, mark-up, and text analysis tools

Lifecycle management in government-driven open source projects – practical framework

In many parts of the world, public sector organizations are increasingly interested in collaborating across organizational (and even national) boundaries to develop software solutions under an open licence. However, without sound lifecycle management practices, the full benefits of open collaboration are not achieved and projects fail to achieve sustained success. This paper introduces a lifecycle management model and framework for government-driven open-source projects and reports about its use in a real-life case study. Our focus is on lifecycle management activities which take place between deployment and end-of-life. The framework was developed iteratively through a series of focus group discussions with representatives of public sector organizations. After the framework had been taken into use in our real-life case project, individual qualitative interviews were conducted to collect experiences on its benefits and weaknesses. According to the initial evidence, the deployment of the framework seems to have brought concrete benefits to the project, e.g. by contributing positively to community growth, software quality and inter-organizational learning

Lifecycle management in government-driven open source projects – practical framework

In many parts of the world, public sector organizations are increasingly interested in collaborating across organizational (and even national) boundaries to develop software solutions under an open licence. However, without sound lifecycle management practices, the full benefits of open collaboration are not achieved and projects fail to achieve sustained success. This paper introduces a lifecycle management model and framework for government-driven open-source projects and reports about its use in a real-life case study. Our focus is on lifecycle management activities which take place between deployment and end-of-life. The framework was developed iteratively through a series of focus group discussions with representatives of public sector organizations. After the framework had been taken into use in our real-life case project, individual qualitative interviews were conducted to collect experiences on its benefits and weaknesses. According to the initial evidence, the deployment of the framework seems to have brought concrete benefits to the project, e.g. by contributing positively to community growth, software quality and inter-organizational learning

Managerial Perspective on Open Source Collaboration and Networked Innovation

This study explores the managerial perspectives towards open source software and networked innovation. We analysed six software companies who use open source software as a significant part of their product or service offering. The study found notable differences in managerial attitudes, expected benefits and key challenges related to open source software and its role in innovative activities. While all companies were using same pieces of software with open source communities, there were different levels of engagement in the development of the software and information flows between companies and communities. A deeper level of involvement enables the exchange of more than just the code: like ideas, influences, opinions and even innovations or parts of them. The differences in managerial views on open source and networked innovation may be explained by industry domains, value chain position and leadership styl

Metagenomic Evaluation of Bacteria from Voles

Voles (Arvicolinae, Rodentia) are known carriers of zoonotic bacteria such as Bartonella spp. and Francisella tularensis. However, apart from F. tularensis, the bacterial microbiome of voles has not previously been determined in Finland and rarely elsewhere. Therefore, we studied liver samples from 61 voles using 16S ribosomal RNA gene PCR analysis, followed by Sanger sequencing. Twenty-three of these samples were also studied with tag-encoded pyrosequencing. The samples originated from 21 field voles (Microtus agrestis), 37 tundra voles (Microtus oeconomus), and 3 bank voles (Myodes glareolus). With the more conventional 16S rDNA PCR analysis, 90 (33%) of the recovered 269 sequence types could be identified to genus level, including Bartonella, Francisella, Mycoplasma, Anaplasma, and Acinetobacter in 31, 15, 9, 9, and 9 sequences, respectively. Seventy-five (28%) matched best with sequences of uncultured bacteria, of which 40/75 could be classified to the order Clostridiales and, more specifically, to families Lachnospiraceae and Ruminococcaceae. Pyrosequencing from 23 samples revealed comparable and similar results: clinically relevant bacterial families such as Mycoplasmataceae, Bartonellaceae, Anaplasmataceae, and Francisellaceae were recognized. These analyses revealed significant bacterial diversity in vole livers, consisting of distinct and constant sequence patterns reflecting bacteria found in the intestinal gut, but including some known zoonotic pathogens as well. The molecular bacterial sequence types determined with the two different techniques shared major similarities and verified remarkable congruency between the methods.Peer reviewe

Hirvieläinten vaikutuksia yhteiskuntaan, elinkeinoihin ja ekosysteemiin

Tässä raportissa käsitellään luonnonvaraisiin riistaeläimiin lukeutuvien hirvieläinten merkitystä ja vaikutuksia Suomessa. Päähuomion kohteena on hirvieläinten merkitys suomalaisille ekosysteemeille, metsästykselle, maa- ja metsätaloudelle sekä liikenteelle. Tavoitteena on ollut käsitellä myös hirvieläinten taloudellista merkitystä. Työssä on koottu yhteen olemassa olevaa tutkimus- ja tilastotietoa edellä mainituista asioista ja tuotu esille aihepiirin tutkimustiedon puutteita. Hirvieläinten arvo suomalaisena riistavarana on kasvanut sitä mukaa, kun eri lajit ovat viimeisen runsaan puolen vuosisadan aikana runsastuneet ja levittäytyneet maassamme. Kansallisesti arvokkain lajeista on hirvi esimerkiksi metsästyksen osallistujamäärien (hieman yli 100 000 vuosittain vaihdellen), saalismäärien (38 000–68 400), saaliin hyödyntäjien (kotitalouksien ravintokäyttö, jalostusketjut ym.) ja toimintaan liittyvien taloudellisten arvojen näkökulmasta. Esimerkiksi hirvenmetsästäjien suora rahankäyttö on 30 miljoonaa euroa vuosittain, ja kuluttajan ylijäämää kertyy hirvenmetsästyksestä keskimäärin 260 miljoonaa euroa vuodessa. Monilta osin metsästyksen ja saaliin arvoa tunnetaan vähän erityisesti pienten hirvieläinten osalta. Hirvet aiheuttavat vahinkoja talousmetsissä syömällä puuntaimien latva- ja oksakasvaimia ja lehvästöä, kaluamalla puiden kuorta ravinnokseen ja taittamalla isompien taimien runkoja latvakasvaimiin yltääkseen. Pienempien hirvieläinten osalta vakavimmat vahingot eli metsätuhot kohdistuvat tyypillisesti pieniin taimiin taimikon varhaisvaiheessa. Tuhojen seurauksena puiden kasvun vähenee, puita kuolee ja metsiköiden puulajisuhteet muuttuvat. Puiden teknisen vioittumisen seurauksena niistä jatkossa saatava puutavara on heikkolaatuista tai käyttö sahatavarana estyy. Hirvieläintuhot ovat pitkään olleet Valtakunnan Metsien Inventoinnissa (VMI) merkittävin taimikkovaiheen tuhonaiheuttaja. Viimeisimmän inventointivuoden 2020 mukaan metsikön laatua alentaneita hirvieläintuhoja oli 536 000 hehtaarin alalla. VMI:ssä valtaosa eli n. 75 % tuhoalasta on mäntyvaltaisissa metsissä, mutta lehtipuuvaltaisissa puustoissa on kuitenkin suhteellisesti enemmän tuhoja niiden pinta-alaan nähden. Varttuneiden taimikoiden ja sitä isompien puustojen osalta aiheuttajana on todennäköisesti hirvi. Pienissä taimikoissa myös muut hirvieläimet, kuten valkohäntäpeura ja metsäkauris, ovat mahdollisia tuhonaiheuttajia. VMI:n hirvieläintuhojen arviointia olisi tarpeen kehittää siten, että hirvieläintuhoista saataisiin jatkossa tarkempi kuva aiheuttajalajeittain. Hirvieläinten metsätalousvaikutusten taloudellisesta merkityksestä ei tällä hetkellä ole käytettävissä kattavaa analyysiä. Hirvieläinten aiheuttamia vahinkoja on korvattu yksityisille metsänomistajille vuosina 2013–2019 yhteensä noin 17 010 hehtaarin alalta. Valtaosa korvatuista tuhoista on hirven aiheuttamia, mutta korvausjärjestelmän kautta korvataan myös valkohäntäpeuran metsävahinkoja. Vuotuinen korvausala on vaihdellut vajaan 1 300 hehtaarin ja n. 4 300 hehtaarin välillä. Korvattujen vahinkojen arvo oli koko jaksolla n. 6,1 miljoonaa euroa ja se vaihteli vuosittain runsaan 400 000 euron ja 1,95 miljoonan euron välillä. VMI:ssä arvioitujen tuhojen euromääräistä arvoa ei ole toistaiseksi tarkemmin tutkimuksin arvioitu, mutta karkea arvio hirvieläintuhojen vuotuisista suorista metsätalouskustannuksista on n. 50 miljoonaa euroa. Tässä arviossa ei ole mukana piilevien vikojen merkitystä sahatavaran arvolle tulevaisuudessa, eikä vaihtoehtoiskustannuksia hirvituhojen välttämiseksi kasvupaikalle huonosti sopivan puulajin istuttamisesta aiheutuvista kasvutappioista tai seuraustuhoriskeistä. Hirvieläinten maatalousvahinkojen ilmenemiseen vaikuttavat erot eri lajien tyypillisesti käyttämissä elinympäristöissä ja ravinnon valinnassa, viljelykasvien alttius vahingoille sekä mahdolliset torjuntatoimet. Vahinkoja kohdistuu erityisesti viljaoraalle ja kypsyvään viljasatoon. Öljy- ja hernekasvit, mansikka ja salaatit ovat näitä alttiimpia, mutta viljelyalaltaan pienempiä ja usein paremmin suojattuja vahingoilta. Vahinkoriski myös vaikuttaa lajivalintoihin, jolloin alttiita lajeja vältetään korkean riskin alueilla. Syönnin lisäksi vahinkoja aiheutuu tallauksesta sekä kasvustolle että katemateriaalille. Hirvieläinten epäillään myös levittävän rikkakasvien, kuten hukkakauran, siemeniä, mutta tutkimusnäyttö asiasta puuttuu. Näiden lisäksi hirvieläimet voivat levittää taudinaiheuttajia karjaan esim. rehun sekaan päätyvien ulosteiden kautta. Myös karjalla esiintyvät taudit voivat infektoida hirvieläimiä. Hirvieläinten aiheuttamista maatalousvahingoista ei ole kotimaista tutkimusta tai kattavaa seurantaa. Tiedot perustuvat suurelta osin korvaushakemuksiin, joita viljelijät tekevät vahinkojen omavastuuosuuden ja hakemuksen vaatiman työmäärän vuoksi vain osasta vahinkoja. Metsäkauriin aiheuttamia vahinkoja ei korvata, joten niistä ei kerry tilastotietoa. Riistavahinkorekisteri antaa siksi puutteellisen kuvan hirvieläinten aiheuttamista maatalousvahingoista. Hirven aiheuttamien vahinkojen määrässä on 2010 alkaneessa tilastossa suurta vuosien välistä vaihtelua (68 903–306 471 euroa), mutta ei selvää trendiä. Valkohäntäpeuran aiheuttamat vahingot ovat sen sijaan kasvaneet tilastoituna aikana voimakkaasti (7 725 eurosta 425 401 euroon). Muiden hirvieläinten aiheuttamat vahingot ovat merkittävästi näitä pienempiä. Hirvieläinkolarit ovat kasvava riski liikenteessä. Hirvieläinonnettomuuksien määrä on noussut vuoden 2009–2010 n. 4 000 onnettomuuden tasosta noin 13 300 onnettomuuteen vuonna 2019. Hirvionnettomuuksien määrä nousi tänä aikana n. 1 300:sta n. 2 000 onnettomuuteen vuonna 2019. Pienempien hirvieläinten eli ns. peuraonnettomuuksien määrä vastaavasti vajaasta 3000 onnettomuudesta n. 11 300 onnettomuuteen. Kaikista peuraonnettomuuksista suurin osa, n. 60 %, tapahtui valkohäntäpeuran kanssa. Metsäkauriin kanssa tapahtuneita onnettomuuksia oli n. 40 % peuranonnettomuuksista ja loput olivat metsäpeuran ja kuusipeuran kanssa tapahtuneita. Valkohäntäpeuraonnettomuuksien määrä on seurannut selvästi kannan kasvua 2010-luvulla. Metsäkaurisonnettomuuksien osuus peuraonnettomuuksista on noussut vuosina 2017–2019. Eniten kauris- ja peuraonnettomuuksia tapahtui Varsinais-Suomen ja Uudenmaan ELY-keskusten alueilla, joissa niiden osuus oli n. 22–26 % koko maan onnettomuuksista. Seuraavaksi eniten onnettomuuksia tapahtui Hämeen, Pirkanmaan ja Satakunnan ELY-keskusten liikennevastuualueilla, joissa niiden osuus vaihteli vajaasta 10 %:sta hieman yli 18 %:iin koko maan kauris- ja peuraonnettomuuksista vuosina 2017–2019. Vuosina 2009–2019 hirvieläinonnettomuuksissa loukkaantui yhteensä n. 1 600 henkilöä ja kuoli 24 henkilöä. Kaikki kuolemantapaukset sattuivat hirvionnettomuuksissa. Valtaosa loukkaantumisista, 1 100 henkilöä, sattui hirvikolareissa, kun peurakolareissa niitä sattui 326. Yhteenlasketut hirvieläinten onnettomuuskustannukset olivat vuosina 2017, 2018 ja 2019 noin 88, 92 ja 101 milj. euroa. Hirvieläimillä on suoria ja epäsuoria vaikutuksia ekosysteemien rakenteeseen ja toimintaan useiden eri prosessien kautta. Hirvet voivat muokata metsiä ja muita elinympäristöjä suoraan valikoivan syönnin kautta, tallaamalla kasvillisuutta ja maaperää sekä ulosteiden ja virtsan ravinnevaikutusten kautta. Hirven ravinnonkäytön on arvioitu voivan vaarantaa lehtipuiden, erityisesti haavan, uudistumista luonnonsuojelualueilla. Myös talousmetsissä hirvieläinten lehtipuihin kohdistuva ravinnonkäyttö vähentää niiden osuutta puustossa. Lehtipuuston vähenemisellä on negatiivisia seurausvaikutuksia niistä riippuvalle lajistolle. Lisäksi voi tulla välillisiä vaikutuksia esimerkiksi ravinnekierron hidastumisen kautta, kun lehtipuukarike vähenee. Hirvieläinten aiheuttamien vaikutusten on havaittu vaihtelevan esimerkiksi maaperän tuottokyvyn, kullekin hirvieläinlajille ominaisen ravinnon valikoinnin sekä hirvieläinten tiheyden mukaan. Hirvieläinten loisten kuten hirvikärpästen runsauden on todettu vahvasti olevan riippuvaista eläintiheydestä. Samoin hirvieläinten runsaus vaikuttaa puutiaisten runsauteen ja niiden välittämiin tauteihin kuten borrelioosiin tai puutiaisaivokuumeeseen. Hirvieläinmäärien runsastuminen on myös katsottu mahdollistaneen suurpetokantojen runsastumisen, koska saalisbiomassa pinta-alaa kohden vaikuttaa suurpetokannan potentiaaliseen tiheyteen. Ekosysteemivaikutusten tutkimus on erityisen haastavaa, koska siinä tulee ottaa huomioon eri eliöryhmien välisiä vuorovaikutuksia ja näihin vaikuttavia ilmasto- ja elinympäristötekijöitä. Lisähaasteen tuo ihmistoiminnan vaikutusten kytkeminen tarkasteluihin. Näihin haasteisiin voidaan toivottavasti jatkossa vastata erilaisilla monilajisen kannanhoidon mallinnusmenetelmillä. Mallinnusten perustaksi tarvitaan kuitenkin edelleen empiiristä tutkimusta. Valtaosa tässä raportissa esitetyistä hirvieläinten vaikutuksista ja niihin reagoimisesta kiertyy osaltaan kysymykseksi hirvieläinten sopivasta määrästä erilaisista yhteiskunnallisista tai ekologisista näkökulmista tarkastellen. Tähän nähden Suomesta on monilta osin valitettavan vähän tutkimustietoa, jonka pohjalta voitaisiin kokonaisvaltaisesti arvioida, millaisia ja mihin toimintoihin kohdistuvia vaikutuksia ja riskejä minkäkin kokoisilla hirvieläinkannoilla on. Tutkimusten suuntaaminen tähän ongelmakenttään voisi nykyistä paremmin tukea tavoiteasetantaan liittyvää poliittista prosessia. Samalla kun hirvieläinkantojen arviointia kehitetään ja kantojen koon yhteyksiä vaikutuksiin tutkitaan, myös eläinkantojen hallinnan prosessia voidaan suunnittelutieteiden keinoin tutkia ja etsiä uusia toimintamalleja.202