Long-term decreasing trend in forest fires in northwestern Canada

Peer reviewe

Unbiased probabilistic taxonomic classification for DNA barcoding

Motivation: When targeted to a barcoding region, high-throughput sequencing can be used to identify species or operational taxonomical units from environmental samples, and thus to study the diversity and structure of species communities. Although there are many methods which provide confidence scores for assigning taxonomic affiliations, it is not straightforward to translate these values to unbiased probabilities. We present a probabilistic method for taxonomical classification (PROTAX) of DNA sequences. Given a pre-defined taxonomical tree structure that is partially populated by reference sequences, PROTAX decomposes the probability of one to the set of all possible outcomes. PROTAX accounts for species that are present in the taxonomy but that do not have reference sequences, the possibility of unknown taxonomical units, as well as mislabeled reference sequences. PROTAX is based on a statistical multinomial regression model, and it can utilize any kind of sequence similarity measures or the outputs of other classifiers as predictors. Results: We demonstrate the performance of PROTAX by using as predictors the output from BLAST, the phylogenetic classification software TIPP, and the RDP classifier. We show that PROTAX improves the predictions of the baseline implementations of TIPP and RDP classifiers, and that it is able to combine complementary information provided by BLAST and TIPP, resulting in accurate and unbiased classifications even with very challenging cases such as 50% mislabeling of reference sequences.Peer reviewe

Spatially explicit simulation of long-term boreal forest landscape dynamics: incorporating quantitative stand attributes

Spatial simulation models of long-term dynamics of forest landscapes are needed for investigating how different actual or potential disturbance regimes determine the structure and dynamics of forest landscapes. We propose a new approach to bridge the forest stand and landscape processes. Hence, while interested in the boreal forest dynamics at the landscape level, we develop a submodel of stand-level forest dynamics that responds to the landscape-level processes in a spatially explicit landscape model. Compared to the LANDIS model that we used as a starting point, our approach incorporates, in a spatially explicit and quantitative manner: (1) stand-level prediction of basal area and tree volume, and (2) seed dispersal, and sexual and asexual regeneration. Stand development is partly based on growth tables given as model input which means that stand submodel behavior is constrained within a reasonable range. We tested the approach in simulating the development of mixed boreal forests of Quebec, Canada. The simulations demonstrate that stand dynamics can be calibrated to match specific targets and that responses to changes in the initial conditions are realistic. This new modeling approach should allow addressing various theoretical questions and developing, as well as testing, alternative silvicultural and forest management scenarios

Joint species movement modeling : how do traits influence movements?

Joint species distribution modeling has enabled researchers to move from species-level to community-level analyses, leading to statistically more efficient and ecologically more informative use of data. Here, we propose joint species movement modeling (JSMM) as an analogous approach that enables inferring both species- and community-level movement parameters from multispecies movement data. The species-level movement parameters are modeled as a function of species traits and phylogenetic relationships, allowing one to ask how species traits influence movements, and whether phylogenetically related species are similar in their movement behavior. We illustrate the modeling framework with two contrasting case studies: a stochastic redistribution model for direct observations of bird movements and a spatially structured diffusion model for capture-recapture data on moth movements. In both cases, the JSMM identified several traits that explain differences in movement behavior among species, such as movement rate increasing with body size in both birds and moths. We show with simulations that the JSMM approach increases precision of species-specific parameter estimates by borrowing information from other species that are closely related or have similar traits. The JSMM framework is applicable for many kinds of data, and it facilitates a mechanistic understanding of the causes and consequences of interspecific variation in movement behavior.Peer reviewe

Metsätuhot vuonna 2022

Luonnonvarakeskus tuottaa vuosittaista Metsätuhot - raporttisarjaa. Raporteissa käydään läpi mitä metsissä, taimitarhoilla sekä puisto- että pihapuilla menneenä vuonna tapahtui eri tuhonaiheuttajien osalta. Lisäksi raportissa käydään läpi muitakin metsien mielenkiintoisiä ilmiöitä, vaikkeivat ne varsinaisia tuhoja olisivatkaan olleet. Vuosi 2022 oli tältä osin mielenkiintoinen, sillä helteisen kesän 2021 jäljet näkyivät osin vasta tällöin. Vuonna 2022 kirjanpainajan (Ips typographus) takia hakattiin metsiä metsäkeskuksen keräämien ilmoitusten perusteella enemmän kuin kertaakaan tilastointihistoriassa (2 834 ha). Laji myös parveili aiempaa runsaampana Luken feromoniseurannan pohjoisimmilla alueilla. Kirjanpainajan lisäksi myös toinen havupuiden kaarnakuoriainen, kuusentähtikirjaaja, aiheutti näkyviä latvakuolemia kuuselle eri puolilla Suomea. Molempien ilmiöiden takana vaikutti paitsi kuoriaisille kohtuullinen kesä 2022, niin ennen kaikkea helteinen ja lämmin kesä 2021. Ilmiö konkretisoikin omalla tavallaan ilmaston lämpenemisen mahdollisia vaikutuksia metsissämme. Helteiden tuhoja lisäävät vaikutukset eivät kuitenkaan näkyneet valtakunnan metsien inventoinnissa (VMI) samalla tavalla. VMI:ssä havaitut kirjanpainajatuhot jopa laskivat (-14 %) hieman vuoden takaisesta. Tässä on kuitenkin muistettava, että VMI otanta ei ole ajallisesti eikä spatiaaliselta tarkkuudeltaan soveltuva useimpien hyönteis- ja sienituhojen seurantaan. Merkittävimpinä tuhonaiheuttajina VMI:ssä olivat aiempien vuosien tapaan lumi, tuuli ja hirvieläimet – eli tuhot, joita voidaan yleisesti havaita maastossa inventointiajankohdasta riippumatta. Lämpenevään ilmastoon reagoivat hyönteisten lisäksi useat muutkin kotoperäiset taudinaiheuttajat. Ne hyötyvät ilmastonmuutoksesta mm. laajentamalla esiintymisaluettaan sekä aiheuttamalla puissa enemmän vaurioita, etenkin kun säät muuttuvat suopeimmaksi niille, mutta huonommiksi niiden isäntäpuille. Kuusenjuurikääpää eteläisempi männynjuurikääpä (Heterobasidion annosum s.s.) raportoitiinkin vuonna 2022 Pohjois-Pohjanmaalta saakka. Juurikääpätuhot myös lisääntyivät noin 30 % vuonna 2022 edellisvuoteen verrattuna. Lämpimät ja kuivat kesät ovat myös edesauttaneet tulokaslaji havuparikkaan (Diplodia sapinea) aiheuttaman taudin etelänversosurman puhkeamista. Havuparikkaan levinneisyysaluetta kartoitettiin vuonna 2022 kansalaistieteen avulla, ja sienen esiintyminen olikin ennakoitua laajempi. Myös tulokaslaji havununna (Lymantria monacha) tavattiin hieman aiempaa runsaampana lajin pohjoisemmilla esiintymisalueilla. Vuonna 2022 päätään nostivat valitettavasti myös ilmastosta riippumattomat uhkatekijät: kansainvälisen kasvikaupan ja turismin mukana leviävät haitalliset vieraslajit. Uusia vierasperäisiä tuhonaiheuttajia löydettiin niin taimitarhoilta, kuin puistopuistakin. Koivuilla todettiin Discula betulina-sienen aiheuttamaa versolaikkua, pihdoilta taas löydettiin pihtanäppyä (Neonectria macrospora). Haitallisten vieraslajien leviäminen on kansainvälinen ongelma, jolta pohjoinen Suomikaan ei ole turvassa. Luken tutkijat julkaisivat vuonna 2022 suomenkielisen artikkelisarjan mikä sisälsi tietoa useiden eri vieraslajien uhasta. Katsaus muistuttaa, ettei metsiemme valtapuilla useinkaan ole vastustuskykyä näitä uusia tuholaisia vastaan, mikä tekee niistä merkittävän uhan metsien terveydelle. Haitallisten vieraslajien leviämisen estäminen on siis erityisen tärkeää niin nyt kuin tulevaisuudessakin. Tässä kansainvälinen kasvikauppa on pahin uhkatekijä. Metsien ja puutarhojen osalta ulkomaisten taimien ja koristekasvien tuonti muodostaa tehokkaan haitallisten vieraslajien leviämisväylän. Kotimainen taimituotanto taasen tuottaa paitsi terveitä, niin myös alkuperältään tunnettuja ja laadultaan varmistettuja taimia. Näitä taimia jokaisen tulisi suosia niin metsänuudistamisessa kuin kotipihoilla, sillä olemassa oleva lainsäädäntö ei kansainvälistä kasvikauppaa hillitse. Luke kerää ja koosta myös kansalaisten tekemiä ilmoituksia havaituista puustotuhoista tai muista metsien ilmiöstä. Vuonna 2022 okakaarnakuoriaisten (Ips acuminatus) takia tehdyt tuhoilmoitukset jatkoivat kasvuaan vuodelta 2021. Ilmoituksissa ja niiden perusteella tehdyissä maastotarkastuksissa mäntyjen todettiin kuolevan etenkin lounaisrannikolla, missä okakaarnakuoriaiset tuntuivat viihtyvän hyvin yhdessä havuparikkaan kanssa. Selvitys näiden kahden tuholaisen mahdollisesta yhteisvaikutuksesta äkillisesti kuivuneiden mäntyjen kuolemiin jatkuu Lukessa. Tämän vuoden raporttiin omaksi tarinakseen nostettiin myös ilmoituksia kerännyt lehtikuoriaisten runsas esiintyminen, missä etenkin lepillä esiintyvä idänlehtikuoriainen (Agelastica alni) oli näkyvässä roolissa. Vaikka vuoden 2022 perusteella tilanne Suomen metsissä on tuhojen suhteen pääosin hyvä, vuosi muistutti meitä konkreettisesti sekä muuttuvan ilmaston että kansainvälisen kasvikaupan meille tuomista uhkista. Sekä vieras- että tulokaslajien aiheuttamat riskit tulevat kasvamaan lämpenevässä ilmastossa, sillä sen ansiosta nämä lajit pystyvät todennäköisemmin vakiinnuttamaan asemansa uudella alueellaan. Meillä jo ongelmia aiheuttavien lajien kuten juurikäävän tai kirjanpainajan osalta lämpenevä ilmasto ei niin ikään lupaa missään määrin hyvää metsillemme. Ollaksemme varautuneita mahdolliseen tuhojen äkilliseen lisääntymiseen tarvitsemme paitsi aktiivista seurantaa, niin myös perus- ja soveltavaa tutkimusta. sekä tarkempaa analyysiä siitä miten eri tuhonaiheuttajien uhat voivat meillä tulevaisuudessa realisoitua

Toiminnanohjausjärjestelmä yritysten tiedonhallinnan tukena

Tämän opinnäytetyön tavoitteena on kartoittaa toiminnanohjausjärjestelmien hyötyjä, sekä perusominaisuuksia ja tutkia yritysten tiedonhallintatapoja. Tarkoitus on tuottaa tutkimuksen pohjalta uutta tietoa lukijoille ja työpaikalle, sekä auttaa ymmärtämään se, millä tavoin toiminnanohjausjärjestelmät ovat yritystoiminnalle parempia, kuin toisenlaiset tiedonhallintatavat. Opinnäytetyön teoriaosa antaa tiedon toiminnanohjausjärjestelmien perusominaisuuksista ja hyödyistä. Kyselytutkimuksessa kerätään tietoa eri yritysten tiedonhallintamenetelmien tavoista. Työssä on pohdittu eri tutkimusmenetelmien hyötyjä sekä haittoja ja valittu vaihtoehto, jolla saatiin parhaat ja kattavimmat tutkimustulokset. Työssä käytettiin pääosin kvalitatiivista tutkimusmenetelmää. Kvalitatiivinen tutkimusmenetelmä toimi laadukkaiden vastauksien pohjana, eli kysymykset pystyttiin luomaan niin, että vastaukset olivat mahdollisimman laajoja ja vastaajien oma kokemus välittyi niistä. Vastaajien kokemuksista samantyyppisten asioiden pohjalta haluttiin myös saada tietoa, eli kvantitatiivista tutkimusmenetelmää käytettiin niiden määrien löytämiseen. Tutkimus toteutettiin sähköpostin kautta lähetetyllä linkillä tutkimuskysymyksiin. Tutkimustuloksista saatiin tärkeää tietoa vastanneiden yritysten tiedonhallintamenetelmistä. Tutkimuksen pohjalta pystyttiin näkemään toiminnanohjausjärjestelmien määrä vastaajien keskuudessa, sekä niiden kautta saavutettuja hyötyjä. Tutkimus edesauttoi myös kartoittamaan yritykselle lisämyyntikohteita.The goal of this Bachelor’s thesis is to determine the benefits and basic features of ERP systems and to study companies’ data management habits. The purpose is to produce new information for the readers and for the company and help to understand how ERP systems are better for business than other methods of data management. The theoretical background of the research paper offers information about the basic features and benefits in ERP systems. The study, which was done with a questionnaire, offers information on how companies operate their data management. In this research paper benefits and disadvantages of research methods were qualified and the method chosen gave the best and optimal results. In this study the qualitative method was the primary research method. Qualitative method works as a base for good quality answers and thus it was possible to make the questions so that the responses were as comprehensive as possible and the persons who answered were able to come across with their own experiences. It was also wanted to get information on how many similar answers there are for same kind of matters and therefore the quantitative method was also used to gain knowledge of these amounts. The study questions were sent an e-mail link. The study produced important data about the companies’ data management habits. The study also gave the knowledge on how many companies had an ERP system operating in their working environment and what benefits it produced. The study also helped company to notice possible sale targets

VERTAILU WEB-SIVUJEN TESTAUSTYÖKALUISTA: TEHOKKUUS, KÄYTETTÄVYYS JA KUSTANNUKSET

Opinnäytetyön aiheena oli etsiä web-sivujen automaatiotestaustyökaluja ja vertailla niitä tehokkuuden, käytettävyyden ja kustannusten perusteella. Työn toimeksiantaja oli Ecomond Oy, joka on kuopiolainen ohjelmisto firma. Opinnäytetyön tavoitteena oli löytää monien automaatiotestaustyökalujen joukosta parhaat niiden ominaisuuksien perusteella. Syvempänä tarkoituksena oli löytää paras mahdollinen työkalu yrityksen tuotteiden jatkokehitystä varten. Opinnäytetyö toteutettiin kahdessa osassa, vertailun tekemisellä ja raportin kirjoittamisella. Työssä edettiin erilaisten karsintakierrosten kautta ja päästiin lopulta tilanteeseen, jossa tutkittavia työkaluja oli jäljellä enää sopiva määrä syvempää tarkastelua varten. Kullakin automaatiotestaustyökalulla suoritettiin monivaiheinen testisarja ja arvioimme niiden käyttökokemusta, työkalun oppimisen pituutta ja testisarjan suoritus aikaa. Opinnäytetyössä päädyttiin lopulta testaamaan seitsemää eri testaustyökalua. Työssä käytettiin monia eri toteutustapoja ja koodikieliä. Lopputuloksena saatiin yleiskatsaus näistä syvemmin tarkastelluista työkaluista ja niiden ominaisuuksista. Työssä onnistuttiin projektisuunnitelman mukaisesti. Käytännön osuus saatiin toteutettua sitä varten suunnitellussa ajassa. Opinnäytetyössä saavutettiin sitä varten asetetut tavoitteet. Työn etenemisprosessi toteutui hieman suunnitellusta poiketen. Opinnäytetyössä lähteinä käytettiin monia erilaisia toteutuksia

Kuopion kaupungin ulkovalaistusverkon huolto- ja kunnossapito-ohjelman kehittäminen

Työn tavoitteena oli suunnitella Kuopion kaupungin ulkovalaistusverkon uusi huolto- ja kunnossapito-ohjelma. Opinnäyte-työn tilaajana toimi Mestar, joka on Kuopion kaupungin omistama liikelaitos. Opinnäytetyössä suurimmat uudistukset koskivat ulkovalaistusverkon uusia aluejakoja sekä uutta ohjeistusta huolto- ja kunnossapitotoimintaan. Ulkovalaistus-verkkoon tehtävän määräaikaistarkastuksen suunnittelu kuului myös osaksi työtä. Oleellinen osa työtä oli kunnossapito-ohjelman dokumenttien päivittäminen vastaamaan nykyistä valaistusverkkoa. Mes-tar käyttää ulkovalaistusverkon dokumentointiin Trimble Nis – ohjelmaa. Trimble Nis – ohjelman avulla valaistusverkon tiedot tallennetaan digitaalisiin verkkotietokantoihin. Uutta huolto- ja kunnossapito-ohjelmaa suunniteltaessa tuli ottaa selvää valaistusverkon huoltoon ja kunnossapitoon liit-tyvistä laista sekä standardeista. Huolto- ja kunnossapito-ohjelman kannalta tärkeitä asioita olivat ulkovalaistusverkon sähköturvallisuudesta huolehtiminen sekä verkon komponenttien mekaanisen kunnonvalvonta. Työn lopputuloksena Mestar otti käyttöön ulkovalaistusverkon määräaikaistarkastukset sekä kunnossapitotarkastuksen uuden ohjeistuksen. Opinnäytetyöstä Mestarille jäi materiaalia tulevaisuudessa suoritettaviin kunnossapitotarkastuksiin sekä ulkovalaistusverkon huoltotoimintaan. Uusia dokumentteja ovat mm. kunnossapitotarkastuspöytäkirja sekä kunnos-sapitotarkastuksen ohjeistus. Opinnäytetyö tehtiin Mestarin huoltoa ja kunnossapitoa tekevien asentajien avuksi, koska Mestar vastaa Kuopion kaupungin ulkovalaistusverkon kunnossapidosta. Tulevaisuudessa Mestarilla on parannettavaa ulkovalaistuksen dokumentaatioon. Ulkovalaistusverkon asiakirjoja on pa-perisessa muodossa, mutta tulevaisuudessa kaikki tieto tulisi saada digitaalisiin tietokantoihin, jotta tietoa ja karttoja olisi helpompi pitää ajan tasalla.The purpose of this thesis was to plan and improve the service and maintenance program of the City of Kuopio. This thesis was commissioned by Mestar, which is a public utility owned city of Kuopio. In the thesis the biggest reforms were related to the new structures of outdoor lighting network and new guidance to service and maintenance activities. The planning of periodic inspections to the outdoor lighting network was also part of the thesis. An essential part of the thesis was the updating of the maintenance program documents to reflect the current lighting net-work. Mestar uses the Trimble Nis program for the documentation of the outdoor lighting network. The Trimble Nis pro-gram allows the lighting network information to be stored in digital online databases. In planning the new service and maintenance program it was necessary to find out information about the standards and laws on outdoor lighting network service and maintenance. In the service and maintenance program it was important to take care of electrical safety of the outdoor lighting network and the monitoring of the mechanical condition of the compo-nents. As a result of the thesis, Mestar introduced the new guidelines concerning the outdoor lighting network maintenance and periodic inspections. This thesis offers extensive material to Mestar about maintenance inspections and service operations of outdoor lighting networks in the future. New documents are for example: the maintenance inspection minutes and in-structions about maintenance inspections. The thesis was made to help out Mestar’s service and maintenance installers because Mestar is responsible for the maintenance of the outdoor lighting network of the city of Kuopio. In future there is still much more to do about documentation at Mestar. Documents about outdoor lighting network are in paper form, but in future all information should be made in digital databases to make it easier to keep the information and maps up-to-date