Merging Generative Linguistics and Psycholinguistics

The author acknowledges financial support from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness through the Severo Ochoa Programme for Centres/Units of Excellence in R&D (SEV-2015-490)

The oscillatory nature of language

First published online: 01 February 2021This research is supported by BERC 2018-2021 program, SEV-2015-0490, and PRE2018-08352

Cérvols i senglars, i també un ós. Trofeus gongorins

Aquest paper planteja una lectura nova de tres passatges de Góngora: un sonet de 1603 («Clavar victorïoso y fatigado») i dos fragments d'uns deu anys més tard (una octava de la Fábula de Polifemo y Galatea i uns versos de la dedicatòria de la primera de les Soledades). En aquests tres passatges Góngora al·ludeix certs rituals de cacera que es remunten, en bona part, a l'antiguitat grega i romana, i que després van tenir una tradició llarga en les literatures romàniques. D'una banda, el repàs de les fonts clàssiques i renaixentistes que Góngora coneixia i tenia presents permet de proposar una interpretació més ajustada dels versos sotmesos a discussió; d'altra banda, l'estudi de lesmaneres canviants com Góngora es refereix als rituals de cacera al llarg de tota la seva producció permet de veure amb nitidesa algun aspecte poc atès dels seus complexos mecanismes creatius.This paper proposes a re-reading of three passages from Gongora: a sonnet from 1683 («Clavar victorioso y fatigado») and two fragments from about ten years later (an octave from Fábula de Polifemo y Galatea and some verse from the dedication of the first of the Soledades). In these three passages, Gongora alludes to certain hunting rituals that mostly go back to ancient Greece and Rome, and subsequently had a long tradition in Romance literature. On the one hand, a review of the Classical and Renaissance sources that Gongora was familiar with and drew upon make it possible to propose a more accurate interpretation of the verse under discussion; on the other, a study of the different ways in which Gongora refers to hunting rituals throughout his literary output provides a clear view of a neglected aspect of the workings of his complex creative ability

Simulación Fluido-Dinámica en CFD de un Radiador aplicado a la Automoción

El presente proyecto aborda el problema de simular en CFD (Computational Fluid Dynamics) un radiador del ámbito de la automoción. Pero no un radiador cualquiera sino un radiador aplicado en el sector de la automoción de competición. Como información de partida se tiene un ensayo realizado en la empresa PENSKE Cars de Inglaterra dónde se han ensayado diferentes tipos de radiadores. Con los resultados de los que se dispone de estos ensayos se basará una primera parte del proyecto que se basa en analizar que variables de entrada son las mejores y que variables servirán para la comprobación de los modelos de radiador simulados con CFD. Una segunda parte del proyecto constará en simular con CFD diferentes tipos de modelos diseñados para ver cual de ellos obtiene los mejores resultados. Para ello se utilizarán las variables anteriormente seleccionadas. Así una vez hechas las simulaciones se será capaz de ver si los modelos simulados son próximos a la realidad o no. Con referencia a las simulaciones con CFD, éstas se harán en el espacio 3D ya que a decisión del autor del proyecto se cree que será de mucho más interés y relevancia que no un análisis en 2D. También mencionar que los resultados que se obtienen en el proyecto se tratarán de forma cualitativa y no cuantitativa ya que el interés del proyecto es alcanzar unos resultados fiables y que sean próximos a la realidad. La decisión de que los resultados se tomen de forma cualitativa viene dada por el fin del presente proyecto. Ya que la simulación posteriormente se intentará introducir en una simulación global de un vehículo. Las variables de entrada no se saben con exactitud, así que si se consigue un modelo que funcione correctamente podrá ser introducido en la simulación global aún sin éste conseguir valores absolutos iguales a los del ensayo real. Una vez obtenido el modelo simulado, se modificará para intentar obtener los mejores resultados posibles. Finalizado el proyecto se habrá conseguido un modelo de simulación de un radiador que simula el comportamiento real. Y cumpliendo así con uno de los objetivos del proyecto, poder incorporar la simulación obtenida en una simulación global de un coche de carreras de LeMans – Serie LMP1

Correlation between cardiovascular disease biomarkers and biochemical and physical milieu in complex vascular environments

La progressió de l'aterosclerosi i la trombosi en pacients amb risc de malaltia cardiovascular depèn en gran mesura de l'entorn únic a nivell físic i bioquímic cada individu. Característiques tals com l'arquitectura de la vasculatura, la composició bioquímica de la sang o el tipus de tractament defineixen el resultat de les intervencions cardiovasculars. La col•locació d'un stent o d'un bypass busca recuperar la permeabilitat del vas, però es veu limitada per la restenosis i la trombosi. El disseny de models multi-escala específics per a cada pacient pot ajudar a entendre la progressió d'aquests esdeveniments en tenir la capacitat per integrar les respostes cel•lulars microscòpiques en el context del flux macroscòpic i de les condicions estructurals. Aquests models poden proporcionar informació sobre com mitigar respostes adverses en funció de cada individu. Emprant mètodes in silico i in vitro prèviament validats, s'ha desenvolupat una plataforma de replicació arterial per reproduir bifurcacions vasculars coronàries i caròtides derivades d'imatges clíniques que s'han fet servir per generar arxius computacionals per a anàlisi in silico per una banda i per fabricar models arterials polimèrics biocompatibles per a anàlisis in vitro de l’altra. En paral•lel amb les simulacions de flux, els models físics van ser sembrats amb cèl•lules vasculars centrals en l'hemostàsia i la resposta a les lesions. Els models vasculars van ser exposats a fluxos fisiològics rellevants i a entorns urèmics, inflamatoris o anti-proliferatius. Després de la caracterització funcional dels models, el progrés de l'aterosclerosi i la trombosi es va quantificar a nivell local i es va correlacionar amb les característiques biològiques, químiques i físiques de l'entorn cel•lular. La quantitat de recirculació i la presència d'agents inflamatoris, productes químics anti proliferatius i de sèrum i soluts urèmics van ser crítics per a l'activació dels biomarcadors d'evolució d'aterosclerosi i trombosi . Plataformes integrades tals com la descrita en aquesta tesi podrien ser molt útils en una varietat de camps de la biomedicina. La plataforma pot ajudar els investigadors a respondre una sèrie de qüestions biològiques clínicament rellevants i té la capacitat de produir empelts vasculars bioimplantables en un futur pròxim.La progresión de la aterosclerosis y la trombosis en pacientes con riesgo de enfermedad cardiovascular depende en gran medida del entorno único a nivel físico y bioquímico de cada individuo. Características tales como la arquitectura de la vasculatura, composición bioquímica de la sangre o el tipo de tratamiento definen el resultado de las intervenciones cardiovasculares. La colocación de un stent o de un bypass busca recuperar la permeabilidad del vaso, pero se ve limitada por la restenosis y la trombosis. El diseño de modelos multi-escala específicos para cada paciente puede ayudar a entender la progresión de estos eventos al tener capacidad para integrar las respuestas celulares microscópicas en el contexto del flujo macroscópico y de las condiciones estructurales. Dichos modelos pueden proporcionar información sobre cómo mitigar respuestas adversas en función de cada individuo. Usando métodos in silico e in vitro previamente validados se ha desarrollado una plataforma de replicación arterial para reproducir bifurcaciones vasculares coronarias y carótidas derivadas de imágenes clínicas, que se han usado para generar archivos computacionales para análisis in silico por un lado y para fabricar modelos arteriales poliméricos biocompatibles para análisis in vitro por otro. En paralelo con las simulaciones de flujo, los modelos físicos fueron sembrados con células vasculares centrales en la hemostasia y la respuesta a las lesiones. Los modelos vasculares fueron expuestos a flujos fisiológicos relevantes y a entornos urémicos, inflamatorios o anti proliferativos. Tras la caracterización funcional de los modelos, el progreso de la aterosclerosis y la trombosis se cuantificó a nivel local y se correlacionó con las características biológicas, químicas y físicas del entorno celular. La cantidad de recirculación y la presencia de agentes inflamatorios, productos químicos anti proliferativos y de suero y solutos urémicos fueron críticos para la activación de los biomarcadores de evolución de aterosclerosis y trombosis. Plataformas integradas tales como la descrita en esta tesis podrían ser muy útiles en una variedad de campos de la biomedicina. La plataforma puede ayudar a los investigadores a responder una serie de cuestiones biológicas clínicamente relevantes y tiene la capacidad de producir injertos vasculares bioimplantables en un futuro próximo.Progression of atherosclerosis and thrombosis in patients at risk of cardiovascular disease depend heavily upon the unique physical and biochemical environment of each individual. Characteristics such as vessel architecture, biochemical composition of blood or type of treatment define the outcome of cardiovascular interventions. Stent placement and graft positioning seek to recover vessel patency, yet are limited by restenosis and thrombosis. Composite, patient-specific, multi-scale models able to integrate microscopic cellular responses in the context of relevant macroscopic flow and structural conditions may help understand the progression of these events, providing insight into how to mitigate adverse responses in specific settings and individuals. Based on previously validated in silico and in vitro methods, an arterial replication platform was developed. Vascular architectures from coronary and carotid bifurcations were derived from clinical imaging and used to generate conjoint computational meshing for in silico analysis and polymeric, biocompatible scaffolds for in vitro models. In parallel with three dimensional flow simulations, the geometrically-realistic constructs were seeded with vascular cells critical to vessel hemostasis and response to injury and exposed to relevant, physiologic flows and uremic, inflammatory or anti-proliferative conditions. Following functional characterization, in vitro surrogates of atherosclerotic and thrombogenic progression were locally quantified and correlated with the biological, chemical and physical characteristics of the cellular environment. The extent of recirculation and the presence of inflammatory agents, anti-proliferative chemicals and uremic serum and solutes were critical to the activation of atherosclerosis and thrombosis progression biomarkers. Integrated frameworks such as the one described in this thesis could be very useful in a range of biomedical fields. The platform may help researchers to answer an array of biological and clinically relevant questions and holds the capacity to cast bioimplantable vascular grafts in a close future

Análisis de la expresión alternativa de isoformas en el tiempo mediante datos de RNA-seq

[ES] Los avances en tecnologías de secuenciación masiva han dado lugar al desarrollo de la transcriptómica por secuenciación, que permite analizar la expresión de genes e isoformas. El laboratorio de Genómica de la Expresión Génica participa en el proyecto STATegra, en el que se han generado datos de RNA-seq de una serie de diferenciación de células B en ratón que posibilita el análisis de expresión de isoformas. Sin embargo, estos análisis siguen siendo difíciles ya que los problemas de anotación y expresión diferencial de isoformas no están resueltos completamente para estos datos. El objetivo del trabajo es analizar diferentes métodos de cuantificación de isoformas (con eXpress y RSEM) que se anotarán para estudiar diferencias funcionales asociadas a su expresión alternativa. También se estudiará la expresión diferencial de isoformas y se analizarán cambios en la cromatina (medidos también en el proyecto) que se asocien significativamente con los cambios de expresión.[EN] The innovations in massive sequencing technologies have resulted in the development of sequencing transcriptomics that allows for the analysis of gene and isoform expression. The Genomics of Gene Expression laboratory participates in the STATegra project, in which RNASeq data have been generated for a B cell differentiation system. These data make it possible to study isoform expression and splicing variants, which is very interesting in superior eukaryotic organisms because it is the cause of regulation and transcriptional complexity. However, these analyses are still difficult because the annotation and isoform differential expression problems are not completely solved for these data yet. The objective of this work is to compare different methods for isoform quantification (eXpress and RSEM), analyze differential expression and interpret the results in order to understand the functional differences associated to alternative expression.Martorell Marugán, J. (2015). Análisis de la expresión alternativa de isoformas en el tiempo mediante datos de RNA-seq. http://hdl.handle.net/10251/54311.TFG

Simulación Fluido-Dinámica en CFD de un Radiador aplicado a la Automoción

El presente proyecto aborda el problema de simular en CFD (Computational Fluid Dynamics) un radiador del ámbito de la automoción. Pero no un radiador cualquiera sino un radiador aplicado en el sector de la automoción de competición. Como información de partida se tiene un ensayo realizado en la empresa PENSKE Cars de Inglaterra dónde se han ensayado diferentes tipos de radiadores. Con los resultados de los que se dispone de estos ensayos se basará una primera parte del proyecto que se basa en analizar que variables de entrada son las mejores y que variables servirán para la comprobación de los modelos de radiador simulados con CFD. Una segunda parte del proyecto constará en simular con CFD diferentes tipos de modelos diseñados para ver cual de ellos obtiene los mejores resultados. Para ello se utilizarán las variables anteriormente seleccionadas. Así una vez hechas las simulaciones se será capaz de ver si los modelos simulados son próximos a la realidad o no. Con referencia a las simulaciones con CFD, éstas se harán en el espacio 3D ya que a decisión del autor del proyecto se cree que será de mucho más interés y relevancia que no un análisis en 2D. También mencionar que los resultados que se obtienen en el proyecto se tratarán de forma cualitativa y no cuantitativa ya que el interés del proyecto es alcanzar unos resultados fiables y que sean próximos a la realidad. La decisión de que los resultados se tomen de forma cualitativa viene dada por el fin del presente proyecto. Ya que la simulación posteriormente se intentará introducir en una simulación global de un vehículo. Las variables de entrada no se saben con exactitud, así que si se consigue un modelo que funcione correctamente podrá ser introducido en la simulación global aún sin éste conseguir valores absolutos iguales a los del ensayo real. Una vez obtenido el modelo simulado, se modificará para intentar obtener los mejores resultados posibles. Finalizado el proyecto se habrá conseguido un modelo de simulación de un radiador que simula el comportamiento real. Y cumpliendo así con uno de los objetivos del proyecto, poder incorporar la simulación obtenida en una simulación global de un coche de carreras de LeMans – Serie LMP1

Identification of neuronal network properties from the spectral analysis of calcium imaging signals in neuronal cultures

Neuronal networks in vitro are prominent systems to study the development of connections in living neuronal networks and the interplay between connectivity, activity and function. These cultured networks show a rich spontaneous activity that evolves concurrently with the connectivity of the underlying network. In this work we monitor the development of neuronal cultures, and record their activity using calcium fluorescence imaging. We use spectral analysis to characterize global dynamical and structural traits of the neuronal cultures. We first observe that the power spectrum can be used as a signature of the state of the network, for instance when inhibition is active or silent, as well as a measure of the network's connectivity strength. Second, the power spectrum identifies prominent developmental changes in the network such as GABAA switch. And third, the analysis of the spatial distribution of the spectral density, in experiments with a controlled disintegration of the network through CNQX, an AMPA-glutamate receptor antagonist in excitatory neurons, reveals the existence of communities of strongly connected, highly active neurons that display synchronous oscillations. Our work illustrates the interest of spectral analysis for the study of in vitro networks, and its potential use as a network-state indicator, for instance to compare healthy and diseased neuronal networks