A chain-interactive innovation model for the learning economy: Prelude for a proposal

The implementation of innovation has a central role in the dynamic knowledge economy of the twenty-first century. The ability to assemble new expertise and commercialise new business propositions constitutes one of the central characteristics in today’s globalising, learning-intensive, fast changing economic life. This paper sets out to articulate a stylised understanding of the modern innovation process on the basis of the currently available understanding in the innovation studies tradition. The conceptual model seeks to capture the essential features of organisations engaged in developing dynamic factors of competitiveness.innovation; innovation process; conceptual model

Exploring the Venus global super-rotation using a comprehensive General Circulation Model

The atmospheric circulation in Venus is well known to exhibit strong super-rotation. However, the atmospheric mechanisms responsible for the formation of this super-rotation are still not fully understood. In this work, we developed a new Venus general circulation model to study the most likely mechanisms driving the atmosphere to the current observed circulation. Our model includes a new radiative transfer, convection and suitably adapted boundary layer schemes and a dynamical core that takes into account the dependence of the heat capacity at constant pressure with temperature. The new Venus model is able to simulate a super-rotation phenomenon in the cloud region quantitatively similar to the one observed. The mechanisms maintaining the strong winds in the cloud region were found in the model results to be a combination of zonal mean circulation, thermal tides and transient waves. In this process, the semi-diurnal tide excited in the upper clouds has a key contribution in transporting axial angular momentum mainly from the upper atmosphere towards the cloud region. The magnitude of the super-rotation in the cloud region is sensitive to various radiative parameters such as the amount of solar radiative energy absorbed by the surface, which controls the static stability near the surface. In this work, we also discuss the main difficulties in representing the flow below the cloud base in Venus atmospheric models. Our new radiative scheme is more suitable for 3D Venus climate models than those used in previous work due to its easy adaptability to different atmospheric conditions. This flexibility of the model was crucial to explore the uncertainties in the lower atmospheric conditions and may also be used in the future to explore, for example, dynamical-radiative-microphysical feedbacks.Comment: Accepted for publication in Planet. Space Sc

The Shrinking Endogeneity of Optimum Currency Areas Criteria: Evidence from the European Monetary Union – A Beta Regression Approach.

The endogeneity of optimum currency areas criteria has been widely studied since Frankel and Rose (1998) seminal paper. Literature normally suggests that there is a positive relationship between trade and business cycles correlation. This paper develops work on this subject (Silvestre and Mendonça, 2007) where we confirm this hypothesis in euro area countries and UE-15 for 1967-2003 period using OLS and 2SLS estimates. However, we also find then that trade influence on cycles synchronization diminished in the last years. Now our goal was precisely to evaluate this question. Using a non-linear model based on Beta distribution in the same sample, we concluded that trade has a decreasing marginal effect on business cycles correlation. This result shows that trade flows are important in the first stages of economic integration, but become less important as trade intensity increases. Other factors must then be considered.European Monetary Union (EMU); Business Cycles Correlation; Optimum Currency Areas; International Trade; Beta Regression.

Analytical Models of Exoplanetary Atmospheres. II. Radiative Transfer via the Two-stream Approximation

We present a comprehensive analytical study of radiative transfer using the method of moments and include the effects of non-isotropic scattering in the coherent limit. Within this unified formalism, we derive the governing equations and solutions describing two-stream radiative transfer (which approximates the passage of radiation as a pair of outgoing and incoming fluxes), flux-limited diffusion (which describes radiative transfer in the deep interior) and solutions for the temperature-pressure profiles. Generally, the problem is mathematically under-determined unless a set of closures (Eddington coefficients) is specified. We demonstrate that the hemispheric (or hemi-isotropic) closure naturally derives from the radiative transfer equation if energy conservation is obeyed, while the Eddington closure produces spurious enhancements of both reflected light and thermal emission. We concoct recipes for implementing two-stream radiative transfer in stand-alone numerical calculations and general circulation models. We use our two-stream solutions to construct toy models of the runaway greenhouse effect. We present a new solution for temperature-pressure profiles with a non-constant optical opacity and elucidate the effects of non-isotropic scattering in the optical and infrared. We derive generalized expressions for the spherical and Bond albedos and the photon deposition depth. We demonstrate that the value of the optical depth corresponding to the photosphere is not always 2/3 (Milne's solution) and depends on a combination of stellar irradiation, internal heat and the properties of scattering both in optical and infrared. Finally, we derive generalized expressions for the total, net, outgoing and incoming fluxes in the convective regime.Comment: Accepted by ApJS. 23 pages, 11 figures, 3 tables, 158 equations. No change from previous version except for title (to match ApJS convention

The endogeneity of optimum currency areas criteria: some evidence from the European Union and Portugal

Observing the statistical relationship between business cycles correlation and trade intensity in the European Union, euro zone, and the Portuguese economy, we conclude that there is, in general, a positive effect that supports the endogeneity argument proposed by Frankel and Rose (The Economic Journal 108(449):pp. 1009–1025, 1998). However, if we analyse this relationship in sub-periods – 1967–1975, 1976–1985, 1986–1992, and 1993–2003 – we conclude that endogeneity hypothesis just hold in the first two, although the correlations are increasing. This could mean that, after the Single European Act in 1986, other forces beyond trade are contributing to business cycle synchronization. The Portuguese business cycle correlation with the European Union and the Euro zone had also increased in these four decades, despite the fact that endogeneity hypothesis is at a 90 percent confidence level. We also analyse the bilateral relationships between the Portuguese economy and the other European Union countries and find that the endogeneity is confirmed in just four cases: Spain, Ireland, Netherlands, and UK.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Vozes e silêncios: apontamentos sobre reflexividade em filmes etnográficos

This article aims to discuss the author’s voice as an expression of subjectivity and reflexivity in ethnographic films. It analyzes three different ways of working with the author’s voice to establish correlations between emotional, audio-visual and theoretical-methodological levels. The voice as a special kind of performance is suggested as an object for further research and practice, although the approach presented here focuses on the ways these voices could be situated in an effort to consider problems of contemporary anthropology, which have been apparent since the 1980’s. Our major concern is to ask how ethnographic films can contribute to anthropological thinking, paying special attention to ethnographic experience, dialogue and subjectivity. The films of anthropologists such as Margaret Mead and Jean Rouch, as well as a more recent Brazilian film-maker, Edgar Cunha, are used as an analytic basis from which the author’s voice can be reevaluated. It is expected that this discussion will contribute to the critical reconsideration of already released productions as well as further projects.Translation: John Cowart DawseyEste artigo pretende discutir a voz autoral como expressão de subjetividade e de reflexividade em filmes etnográficos. Analisa três usos da voz autoral para estabelecer correlações entre níveis teórico-metodológicos, audiovisuais e emocionais. A voz, pensada como um tipo especial de performance corporal, é sugerida como exercício e prática de pesquisa. A abordagem aqui experimentada procura perceber, todavia, como vozes autorais nos filmes podem ser situadas num esforço de aproximação dos problemas da antropologia contemporânea desde os anos 1980. Assim, a preocupação central recai sobre como filmes etnográficos contribuem para o pensamento antropológico, com especial atenção para a experiência etnográfica, o diálogo e a subjetividade. Filmes de antropólogos como Margaret Mead e Jean Rouch, bem como de um autor brasileiro mais recente, Edgar Cunha, são tomados como base analítica a partir da qual a importância da voz autoral pode ser reavaliada. Espera- -se que essa discussão possa contribuir para o exame crítico tanto de produções já realizadas quanto em projetos futuros.Translation: Thaddeus Gregory Blanchett

Metabolomic effects of single gene deletions in Saccharomyces cerevisiae

Tese de mestrado em Bioquímica, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2021Saccharomyces cerevisae é um organismo modelo com cerca de 6000 genes. A maior parte destes genes podem ser eliminados sem comprometer a viabilidade da levedura, sendo uma vasta fração destas mutações silenciosas, não produzindo um fenótipo aparente observável. Mudanças fenotípicas associadas a muitas mutações podem apenas ser observadas com o crescimento em certos meios de cultura ou sob determinadas condições de stress. No entanto, variações significativas ocorrem no metabolismo intracelular das células mutadas, particularmente se estas mutações estiverem associadas a vias metabólicas chave. Os estudos destas variações normalmente envolvem a caracterização de atividades enzimáticas ou a quantificação de um pequeno número de metabolitos para obter uma pequena fração do metabolismo específico de uma estirpe mutante. O desenvolvimento de plataformas analíticas que permitem a análise de perfis de metabolitos em grande escala, particularmente baseadas em espectrometria de massa, tem contribuído para uma caracterização mais completa do metaboloma de um organismo. A utilização de instrumentos de extrema resolução, tais como o espectrómetro de massa de ressonância ciclotrónica de ião com transformada de Fourier (FT-ICR, Fourier-transform ion cyclotron resonance), permite a deteção de milhares a dezenas de milhares de compostos e os mais recentes permitem até resolver a estrutura isotópica fina molecular, sendo particularmente relevantes na análise discriminatória de compostos com base em perfis químicos complexos. Neste trabalho foi seguida uma abordagem de metabolómica global (também denominada untargeted) baseada em FT-ICR-MS para o estudo do impacto de deleções de um só gene em leveduras da espécie Saccharomyces cerevisiae. Para este efeito, cinco estirpes isogénicas desta espécie foram analisadas. Além da estirpe de referência, foram analisadas três estirpes mutantes com deleção de um gene relacionadas com o catabolismo do metilglioxal, um composto dicarbonilo, muito reativo e citotóxico implicado em diversas condições patológicas. Duas destas estirpes mutantes apresentavam deleções nos genes GLO1 e GLO2, que codificam para os dois enzimas do sistema dos glioxalases, respetivamente o glioxalase I e o glioxalase II. Este sistema catalisa a degradação do metilglioxal de uma forma dependente do glutationo. A terceira estirpe relacionada com o catabolismo do metilglioxal, apresentava uma deleção no gene GRE3, que codifica para o enzima aldose redutase da levedura, o principal atuante num processo alternativo de eliminação do metilglioxal que não depende do glutationo. Finalmente, uma outra estirpe, deficiente no gene ENO1, que codifica para o enzima enolase 1, relacionado com a glicólise, foi também analisada como controlo. As estirpes foram crescidas em iguais condições, tendo sido analisado o seu crescimento a 600nm e posteriormente o seu metaboloma por FT-ICR-MS. Não foi observada alteração de fenótipo de crescimento, tendo as cinco estirpes apresentado curvas de crescimento extremamente semelhantes, atingindo todas a fase estacionária de crescimento ao fim de 10 a 12 horas. A extração dos metabolitos de todas as estirpes, em fase estacionária de crescimento, foi efetuada utilizando uma mistura de metanol/água (1:1) e os diferentes extratos foram de seguida analisados por FT-ICR-MS em modo positivo de ionização por electrospray. As listas de picos dos espectros obtidos foram depois alinhadas e utilizadas para a identificação dos metabolitos, utilizando bases de dados metabolómicas humana e de levedura, e para a obtenção das fórmulas de composição elementar, previstas com base numa série de regras heurísticas. Realizaram-se depois contagens do número de metabolitos em cada amostra e em cada estirpe, e contruiu-se um diagrama de Venn com a distribuição dos números de metabolitos comuns e exclusivos para cada estirpe. Analisaram-se ainda as naturezas químicas das moléculas em cada estirpe, para as quais tinha sido possível prever uma fórmula química, construindo-se diagramas de Van Krevelen e um gráfico de séries de composição química. Três métodos de análise estatística multivariada foram aplicados aos dados de metabolómica. Estes foram a análise de componentes principais (PCA – principal component analysis), a análise de agrupamento hierárquico aglomerativo (HCA- hieararchical clustering analysis) e a análise discriminatória por regressão de mínimos quadrados parciais (PLS-DA – partial least squares discriminant analysis). Os primeiros dois são métodos não-supervisionados, o que significa que não é considerada a existência de grupos previamente definidos pelos quais as amostras se distribuem (neste caso as estirpes). Isto permite-lhes fazer uma separação das amostras com base numa medida global de semelhança entre elas, assegurando que os resultados refletem o perfil químico das amostras. Já o terceiro, PLS-DA, é um método supervisionado que pretende maximizar a covariância entre grupos previamente definidos. Isto leva a uma separação que pode não refletir necessariamente as maiores diferenças entre as amostras, visto que é dada uma maior importância a algumas variáveis (metabolitos) de modo a permitir uma melhor separação entre os grupos pré-definidos (estirpe), independentemente de esses grupos corresponderem ou não à melhor forma de separar as amostras. No entanto, o PLS-DA é útil pois permite a identificação das variáveis que mais contribuem para a separação. Neste trabalho, os dois métodos não supervisionados (PCA e HCA) demonstraram que era possível distinguir as estirpes com base nos seus perfis metabólicos, visto que amostras pertencentes à mesma estirpe apresentaram consistentemente um maior grau de semelhança metabólica entre elas do que com amostras pertencentes a estirpes diferentes. Além disso, revelaram-se também a existência de semelhanças entre as duas estirpes mutantes relacionadas com o sistema dos glioxalases (GLO1 e GLO2). A aplicação do método PLS-DA, supervisionado, permitiu maximizar a separação entre as estirpes, o que se revelou extremamente semelhante às separações realizadas pelos dois métodos não supervisionados. Esta concordância indica que a principal causa para as diferenças metabólicas entre as diferentes amostras se relaciona com a diferença de um só gene entre as estirpes, uma vez que a maximização da variância entre todas as amostras produz resultados semelhantes à maximização da covariância entre as estirpes. Através da análise das pontuações de importância da variável na projeção (VIP scores – variable importances on projection scores) calculadas para a separação por PLS-DA, identificaram-se os metabolitos que mais contribuíram para a separação, tendo o glutationo (GSH) emergido como o composto de maior importância, seguido de vários outros que apresentam, na generalidade, uma distribuição de abundâncias relativas semelhante. A asserção da importância do glutationo está em concordância com os níveis de semelhança metabólica verificados pelos métodos de análise estatística não-supervisionados. O glutationo apresenta uma menor abundância relativa nas estirpes com deleções em genes que codificam para os enzimas do sistema dos glioxalases, visto estes enzimas serem essenciais para a regeneração dos níveis desta molécula. Assim sendo, e tendo em consideração a identificação do glutationo como o composto mais importante para a separação por PLS-DA, a qual é extremamente semelhante às separações pelos métodos não supervisionados, é possível teorizar que as semelhanças verificadas entre as estirpes relacionadas com o sistema dos glioxilases são em larga parte devidas ao impacto da diminuição dos níveis de glutationo nas células. Com esta abordagem de metabolómica untargeted baseada em FT-ICR-MS, foi possível distinguir entre cinco estirpes de levedura que diferiam umas das outras em apenas um gene e que não apresentavam quaisquer diferenças fenotípicas observáveis quando crescidas em condições normais.Saccharomyces cerevisiae is a model eukaryote with around 6000 genes. Most of these genes can be deleted without compromising yeast viability, with a vast fraction of these mutations being silent and not producing an apparent observable phenotype. Phenotypic changes associated with many mutations may only be observed in specific growth media or under certain stress conditions. Nevertheless, significant variations occur in the intracellular metabolism of mutated cells, particularly if these mutations are associated with key metabolic pathways. The studies that reveal these variations usually involve the characterization of an enzyme activity or the quantification of a small number of metabolites to obtain “metabolic snapshots” for a specific yeast mutated strain. The development of analytical platforms allowing for the analysis of large metabolite profiles, particularly based on mass spectrometry, has contributed to a more thorough characterization of the organism’s metabolome. The use of extreme resolution instruments, like the Fourier-transform ion cyclotron resonance (FT-ICR) mass spectrometer, allows the detection of thousands to tens of thousands of compounds and the most recent ones are even able to resolve the isotopic fine molecular structure, being particularly relevant in sample discriminatory analysis based on complex chemical profiles. An untargeted metabolomics approach based on FT-ICR-MS was applied to study of the impact of single-gene deletions in the yeast Saccharomyces cerevisiae. For this purpose, five isogenic strains belonging to this species were analysed. Besides the wild-type strain, we chose three null mutants involved in the methylglyoxal catabolism, a well characterized biochemical system in yeast. These mutants lack the genes coding for the main enzymes related with methylglyoxal catabolism, glyoxalase I, glyoxalase II and aldose reductase. Another strain lacking enolase 1 gene, related to glycolysis, was also analysed as control. All strains were grown under the same conditions, without any alteration in growth phenotype being reported. Afterwards, metabolite extraction was performed and the extracts were analysed through FT-ICR-MS. The identified metabolites were putatively annotated with names (using human and yeast metabolomic databases as reference) and with chemical formulas (predicted based on a set of heuristic rules). Three multivariate statistical analysis methods were applied to the MS results. These were principal component analysis (PCA), agglomerative hierarchical clustering analysis (HCA) and partial least squares discriminant analysis (PLS-DA). The two unsupervised methods (PCA and HCA) showed that it was possible to distinguish between the strains based on their metabolic profiles, despite the common genetic background. A higher degree of similarity between samples of the same strain was observed, as expected. Similarities between mutant strains related to the glutathione-dependent pathway of methylglyoxal catabolism were also observed. The PLS-DA method, supervised, performed a separation between the samples that proved very similar to the ones performed by the two unsupervised methods. Through this method, the metabolites that contributed the most to the separation were identified, with glutathione (GSH) emerging as the compound with the greatest importance. Through this approach, it was possible to accurately distinguish between five yeasts strains which differed from other solely in one gene and which did not present any observable phenotypic differences when grown under normal conditions

Cork as a novel material for Printed Electronics

Cork is one of the oldest materials used by Man, with exceptional characteristics that allow its introduction in the field of electronics as a material that is not only innovative but also sustainable. Composite cork agglomerates from cork industrial waste have all the intrinsic properties of natural cork, making it a great starting point for introducing cork into electronics. Motivated by the growing need in the use of new natural and self-sustainable materials, it was developed with the use of another ecological and innovative material, cellulose nanofibers, a simple, low energy and low-cost method of surface planarization, which improves significantly the surface characteristics of cork for later use as an electronic substrate. Several surface studies were carried out on the cork agglomerate at various stages of the planarization process to optimize each step of the overall process. Due to the hydrophobicity of cork surface, oxygen low-pressure plasma treatment was performed as an essential initial step for surface activation, followed by an extensive surface analysis through SEM, ATR-FTIR spectrum, contact angle measurements, and surface energy calculation to understand the induced changes. Subsequently, several types of thin cellulose nanofibers layers were applied over the activated cork agglomerate surface, significantly reducing the surface roughness hitherto presented, with improved adhesion. As a result, planarized cork agglomerate substrates display lower surface roughness, being optimized to be used in a wide range of electronic devices. Proving its applicability in electronic devices, the produced planarized substrates were successfully used alongside carboxymethyl cellulose and zinc oxide in the development of screen- printed ultraviolet sensors, presenting high production replicability, higher photocurrents than the equivalent substrate without any type of treatment, and stable performances over continuous use cycles.A cortiça é um dos materiais mais antigos utilizados pelo Homem, com características excecionais que possibilitam a sua introdução no campo da eletrónica como um material não só inovador, mas também totalmente sustentável. Aglomerados compósitos de cortiça provenientes do desperdício industrial apresentam todas as propriedades intrínsecas da cortiça natural, sendo assim um ótimo ponto de partida para a introdução da cortiça na eletrónica. Motivado pela crescente necessidade que a indústria eletrónica apresenta na utilização de novos materiais naturais e autossustentáveis, foi desenvolvido com a utilização de outro material ecológico e inovador, as nanofibras de celulose, um método de planarização superficial simples e de baixo custo energético, que melhora de forma significativa as características superficiais da cortiça para posterior utilização como substrato eletrónico. Em primeiro lugar, foram realizados diversos estudos superficiais ao aglomerado de cortiça em várias etapas do processo de planarização, a fim de aperfeiçoar cada passo do processo global. Devido à hidrofobia da cortiça, foi realizado como etapa inicial do processo um tratamento de plasma a baixa pressão com oxigénio essencial para a ativação superficial, juntamente com uma extensa análise superficial através de SEM, espectro ATR-FTIR, medição do ângulo de contato e cálculo da energia superficial de modo a analisar as alterações provocadas. Posteriormente, diversos tipos de camadas finas de nanofibras de celulose foram aplicadas sobre a superfície ativada da cortiça, diminuindo de forma acentuada a rugosidade superficial até então apresentada. Como resultado, foram obtidos substratos planarizados que apresentam rugosidades muito inferiores às iniciais, estando otimizados para utilização num vasto leque de dispositivos eletrónicos. Comprovando a sua aplicabilidade num dispositivo eletrónico, os substratos planarizados foram utilizados com sucesso na criação, através de screen-printing, de sensores ultravioleta de carboximetilcelulose e óxido de zinco. Estes sensores possuem elevada reprodutibilidade de produção, fotocorrentes superiores ao substrato equivalente sem qualquer tipo de tratamento e performances estáveis ao longo de ciclos contínuos de utilização

The endogeneity of optimum currency areas criteria: European Union, Euro Zone and the Portuguese case

Six years after the monetary unification in Europe is still too early to provide a definitive evaluation of its consequences but it is possible to find some evidences. Observing the statistical relationship between business cycles correlation and trade intensity in European Union, Euro zone and the Portuguese economy we conclude that there is, in general, a positive effect that supports the endogeneity argument proposed by Frankel and Rose (1998). However, if we analyse this relation in sub-periods - 1967-1975, 1976-1985, 1986-1992 and 1993-2003 – we conclude that endogeneity hypothesis just hold in the first two, although the correlations are increasing. This could mean that, after Single European Act (1986), other forces beyond trade are contributing to business cycle synchronization. The Portuguese business cycle correlation with European Union and Euro zone had also increased in these four decades, despite the fact that endogeneity hypothesis just hold with a 90% confidence level. In this case, exports seem to be the most important trade flow explaining the economic synchronization. The 2 R of the regressions are very low and, for that reason, we can conclude that even with endogeneity hypothesis confirmed there are other variables explaining business cycles correlation.info:eu-repo/semantics/publishedVersio