High resolution, on-line identification of strains from the Mycobacterium tuberculosis complex based on tandem repeat typing

BACKGROUND: Currently available reference methods for the molecular epidemiology of the Mycobacterium tuberculosis complex either lack sensitivity or are still too tedious and slow for routine application. Recently, tandem repeat typing has emerged as a potential alternative. This report contributes to the development of tandem repeat typing for M. tuberculosis by summarising the existing data, developing additional markers, and setting up a freely accessible, fast, and easy to use, internet-based service for strain identification. RESULTS: A collection of 21 VNTRs incorporating 13 previously described loci and 8 newly evaluated markers was used to genotype 90 strains from the M. tuberculosis complex (M. tuberculosis (64 strains), M. bovis (9 strains including 4 BCG representatives), M. africanum (17 strains)). Eighty-four different genotypes are defined. Clustering analysis shows that the M. africanum strains fall into three main groups, one of which is closer to the M. tuberculosis strains, and an other one is closer to the M. bovis strains. The resulting data has been made freely accessible over the internet to allow direct strain identification queries. CONCLUSIONS: Tandem-repeat typing is a PCR-based assay which may prove to be a powerful complement to the existing epidemiological tools for the M. tuberculosis complex. The number of markers to type depends on the identification precision which is required, so that identification can be achieved quickly at low cost in terms of consumables, technical expertise and equipment

Evaluation and selection of tandem repeat loci for Streptococcus pneumoniae MLVA strain typing

BACKGROUND: Precise identification of bacterial pathogens at the strain level is essential for epidemiological purposes. In Streptococcus pneumoniae, the existence of 90 different serotypes makes the typing particularly difficult and requires the use of highly informative tools. Available methods are relatively expensive and cannot be used for large-scale or routine typing of any new isolate. We explore here the potential of MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis; VNTR, Variable Number of Tandem Repeats), a method of growing importance in the field of molecular epidemiology, for genotyping of Streptococcus pneumoniae. RESULTS: Available genome sequences were searched for polymorphic tandem repeats. The loci identified were typed across a collection of 56 diverse isolates and including a group of serotype 1 isolates from Africa. Eventually a set of 16 VNTRs was proposed for MLVA-typing of S. pneumoniae. These robust markers were sufficient to discriminate 49 genotypes and to aggregate strains on the basis of the serotype and geographical origin, although some exceptions were found. Such exceptions may reflect serotype switching or horizontal transfer of genetic material. CONCLUSION: We describe a simple PCR-based MLVA genotyping scheme for S. pneumoniae which may prove to be a powerful complement to existing tools for epidemiological studies. Using this technique we uncovered a clonal population of strains, responsible for infections in Burkina Faso. We believe that the proposed MLVA typing scheme can become a standard for epidemiological studies of S. pneumoniae

Two Cases of Pulmonary Tuberculosis Caused by Mycobacterium tuberculosis subsp. canetti

We identified an unusual strain of mycobacteria from two patients with pulmonary tuberculosis by its smooth, glossy morphotype and, primarily, its genotypic characteristics. Spoligotyping and restriction fragment length polymorphism typing were carried out with the insertion sequence IS6110 patterns. All known cases of tuberculosis caused by Mycobacterium canetti have been contracted in the Horn of Africa

Methicillin-susceptible, Doxycycline-resistant Staphylococcus aureus, Côte d’Ivoire

This virulent clone has already spread to other continents

MLVA polymorphism of Salmonella enterica subspecies isolated from humans, animals, and food in Cambodia

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p><it>Salmonella </it>(<it>S</it>.) <it>enterica </it>is the main cause of salmonellosis in humans and animals. The epidemiology of this infection involves large geographical distances, and strains related to an episode of salmonellosis therefore need to be reliably discriminated. Due to the limitations of serotyping, molecular genotyping methods have been developed, including multiple loci variable number of tandem repeats (VNTR) analysis (MLVA). In our study, 11 variable number tandem-repeats markers were selected from the <it>S. enterica </it>Typhimurium LT2 genome to evaluate the genetic diversity of 206 <it>S. enterica </it>strains collected in Cambodia between 2001 and 2007.</p> <p>Findings</p> <p>Thirty one serovars were identified from three sources: humans, animals and food. The markers were able to discriminate all strains from 2 to 17 alleles. Using the genotype phylogeny repartition, MLVA distinguished 107 genotypes clustered into two main groups: <it>S. enterica </it>Typhi and other serovars. Four serovars (Derby, Schwarzengrund, Stanley, and Weltevreden) were dispersed in 2 to 5 phylogenic branches. Allelic variations within <it>S. enterica </it>serovars was represented using the minimum spanning tree. For several genotypes, we identified clonal complexes within the serovars. This finding supports the notion of endemo-epidemic diffusion within animals, food, or humans. Furthermore, a clonal transmission from one source to another was reported. Four markers (STTR3, STTR5, STTR8, and Sal20) presented a high diversity index (DI > 0.80).</p> <p>Conclusions</p> <p>In summary, MLVA can be used in the typing and genetic profiling of a large diversity of <it>S. enterica </it>serovars, as well as determining the epidemiological relationships of the strains with the geography of the area.</p

Unusual Transmission of Plasmodium falciparum, Bordeaux, France, 2009

Plasmodium falciparum malaria is usually transmitted by mosquitoes. We report 2 cases in France transmitted by other modes: occupational blood exposure and blood transfusion. Even where malaria is not endemic, it should be considered as a cause of unexplained acute fever

Genomic history of the seventh pandemic of cholera in Africa.

The seventh cholera pandemic has heavily affected Africa, although the origin and continental spread of the disease remain undefined. We used genomic data from 1070 Vibrio cholerae O1 isolates, across 45 African countries and over a 49-year period, to show that past epidemics were attributable to a single expanded lineage. This lineage was introduced at least 11 times since 1970, into two main regions, West Africa and East/Southern Africa, causing epidemics that lasted up to 28 years. The last five introductions into Africa, all from Asia, involved multidrug-resistant sublineages that replaced antibiotic-susceptible sublineages after 2000. This phylogenetic framework describes the periodicity of lineage introduction and the stable routes of cholera spread, which should inform the rational design of control measures for cholera in Africa

Epidémiologie descriptive de la tuberculose dans les armées françaises de 2000 à 2007

OBJECTIFS : Décrire les caractéristiques épidémiologiques de la tuberculose parmi le personnel des armées, les conséquences, les modes de contamination ainsi que les facteurs de risque spécifiques en milieu militaire afin d'améliorer la prévention de cette maladie. MATERIELS ET METHODES : Il s'agit d'une étude rétrospective des cas déclarés de tuberculose en milieu militaire de 2000à 2007 par le biais des fiches spécifiques complétée par l'analyse détaillée de dossiers médicaux. RESULTATS : L'incidence moyenne et le taux d'incidence de la tuberculose entre 2000 et 2007 étaient respectivement de 15 cas/an et 4,5/100 000 personnes-années avec une augmentation sensible notée depuis 2005. Selon la source de données (fiches spécifiques ou dossiers médicaux), la population était constituée de 87,5 à 90,4 % de militaires d'active, 90,5 à 92,5 % étaient de sexe masculin, l'âge médian était de 28,6 ans et la tranche d'âge la plus atteinte était celle des moins de 24 ans. 66,7 à 76,4 % étaient nés en France métropolitaine. Les armées de terre, air ainsi que les services communs semblaient plus à risque que la gendarmerie. Les localisations tuberculeuses étaient pulmonaires chez 80 à 87,5 % des cas. La sensibilité de l'examen direct était de 47,5 à 48,9 % et celle de la culture de 83,2 à 87,5 %. Le germe identifié était M. tuberculosis chez 97,3 à 97,9 % des cas, sensible dans 83,3 % à tous les antituberculeux. Le délai diagnostique moyen était de quatre mois. La notion d'OPEX/MCD ainsi que l'origine étrangère étaient des facteurs de risque retrouvés respectivement chez 42,5 % et 32,5 % des cas. Le lieu de survenue de la maladie était la métropole chez 80,8 à 85 % des cas et Djibouti chez 50 à 66,7 % des cas survenus outre-mer. La maladie était responsable d'une indisponibilité moyenne de six mois et d'une inaptitude outre-mer moyenne de 13 mois. CONCLUSION : La collectivité militaire, forte de ses expériences passées, se doit de rester vigilante dans la surveillance et le dépistage de la maladie, de manière à protéger ses personnels et à maintenir les capacités opérationnelles des forces.BORDEAUX2-BU Santé (330632101) / SudocPARIS-Bib. Serv.Santé Armées (751055204) / SudocSudocFranceF

Infections d'allure staphylococcique chez des militaires français au cours d'une mission opérationnelle en zone tropicale en 2006 (fréquence, caractéristiques et facteurs de risque)

BORDEAUX2-BU Santé (330632101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocPARIS-Bib. Serv.Santé Armées (751055204) / SudocSudocFranceF

Les pneumonies à Staphylococcus aureus sécréteur de la leucocidine de Panton-Valentine (à propos d'une série de 10 cas)

INTRODUCTION : La pneumonie aigue à Staphylococcus aureus sécréteur de la leucocidine de Panton et Valentine est une entité clinique touchant principalement le sujet jeune en bonne santé. De nombreux travaux récents ont permis de mieux connaître sa physiopathologie et ses caractéristiques. OBJECTIF : L'objectif de notre étude est de déterminer les caractéristiques cliniques et paracliniques des pneumonies à S. aureus sécréteur de la leucocidine de Panton Valentine. La mise en évidence d'un profil caractéristique permettrait une évocation rapide du diagnostic et donc une mise en route précoce du traitement, facteur déterminant du pronostic de cette pathologie. METHODE : Nous rapportons une série de 10 patients atteints de pneumopathie à S. aureus sécréteur de la leucocidine de Panton et Valentine. Nous avons étudié les caractéristiques cliniques et paracliniques de chaque patient à l'aide d'un questionnaire de recueil de données standardisés. Nous avons comparé notre série à une série de 10 patients témoins atteints de pneumonies à S. aureus non sécréteur de la leucocidine de Panton et Valentine. Les données ont été comparées avec analyse statistique. RESULTAT : Notre série rapporte 8 hommes et 2 femmes avec une moyenne d'âge de 29,5 ans. Aucune immunodépression n'était retrouvée. 4 avaient présenté un syndrome grippal quelques jours avant le début des symptômes. La comparaison des 2 séries mettait en évidence une différence significative en ce qui concerne la moyenne d'âge (64,2 ans dans la série témoin). Aucune différence significative n'était retrouvée en ce qui concerne les signes cliniques. Sur le plan paraclinique, la présence d'une neutropénie et d'une CRP élevée était retrouvée plus fréquemment chez les patients atteints de pneumonies avec leucocidine de Panton et Valentine. Les scores de gravités SAPS2 et IGS2 étaient plus bas en comparaison de notre série témoin. La présence d'un S. aureus résistant à la méticilline en dehors de toute hospitalisation préalable chez de nos patients était noté x fois. CONCLUSION : L'infection à S. aureus sécréteur de la PVL survient chez des sujets jeunes dépourvus de comorbidité et est responsable de pneumonies graves parfois nécrosantes. L'existence d'un syndrome grippal est notée dans 40 % des cas. Il n'existe pas de différence clinique significative. Sur le plan paraclinique, la présence d'une leucopénie doit alerter le clinicien. Les scores de gravité semblent sous estimer le risque d'évolution défavorable malgré un taux de létalité élevé.BORDEAUX2-BU Santé (330632101) / SudocPARIS-Bib. Serv.Santé Armées (751055204) / SudocSudocFranceF